Livret d'accueil - Ecobio - Université de Rennes 1

Axe Génomique
-
Plate-Forme
Génomique
Structurale et
Fonctionnelle
SOMMAIRE
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Livret d’accueil
Génomique Environementale
de Rennes Beaulieu
(Séquençage Haut Débit)
RNB – DI – Livret d’accueil – V01
1 - PRESENTATION DE LA PLATE-FORME DE SEQUENÇAGE HAUT DEBIT : .................. 2
2 - DEMARCHE QUALITE ....................................................................................................... 2
3 - L’EQUIPE : ......................................................................................................................... 2
4 - LES EQUIPEMENTS : ........................................................................................................ 3
5 - LES SERVICES PROPOSES : ........................................................................................... 3
SERVICE A DISTANCE : ................................................................................................................. 3
TRAITEMENT BIO-INFORMATIQUE DES DONNEES :........................................................................... 3
6 - LES TYPES D’ECHANTILLONS ACCEPTES : .................................................................. 3
7 - REGLES D’ACCES ............................................................................................................ 4
GENERALITES : ........................................................................................................................... 4
OUVRIR UN PROJET : ................................................................................................................... 4
MODALITES D’ENVOI DES ECHANTILLONS....................................................................................... 4
PREPARATION DES ECHANTILLONS A PASSER : .............................................................................. 4
VALIDATION DES ECHANTILLONS ................................................................................................... 4
8 - RESULTATS....................................................................................................................... 4
TRANSMISSION DES RESULTATS : ................................................................................................. 4
VALORISATION DES RESULTATS : .................................................................................................. 5
QUALITE DES RESULTATS :........................................................................................................... 5
9 - SAUVEGARDE DES DONNEES INFORMATIQUES ET DES ECHANTILLONS................ 5
10 - FACTURATION................................................................................................................... 5
11 - HYGIENE ET SECURITE.................................................................................................... 6
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Rédigé par Sophie Coudouel
Validé le 28/01/2011

Plate-forme Génomique Structurale et Fonctionnelle
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1 - Présentation de la plate-forme de séquençage haut débit
La plate-forme de Génomique Environnementale (Séquençage de masse) a été développée par
l’Observatoire de Rennes (ex CAREN, Centre Armoricain de recherche en ENvironnement) et par
l’IFR GFAS (Génomique Fonctionnelle Agronomie et Santé) de l’Université de Rennes 1 qui
regroupent des Unité du CNRS, de l’INRA et de l’INSERM. Cette plate-forme est constituée
essentiellement d’un pyroséquenceur de dernière génération et de l’ensemble de ses satellites
dédiés (GS FLX 454 Life Sciences, Roche).
Cette plate-forme a intégré le réseau Biogenouest en décembre 2008 au sein de la plate-forme de
"Génomique Structurale et Fonctionnelle" qui regroupe actuellement 4 plate-formes.
Le personnel technique a pour mission d’effectuer l’ensemble des expérimentations nécessaires à
la réalisation de vos projets de séquençage haut débit. Il s’assure du bon fonctionnement des
équipements, et organise l’activité de la plate-forme.
La gestion financière est assurée en partenariat avec la délégation régionale du CNRS.
Ce livret a pour objectif de vous permettre de découvrir sa structure, son mode de fonctionnement,
son rayonnement, ses modalités d’accès et de prendre connaissance des précautions en matière
de sécurité. Il est complété par la fiche projet et la fiche d’accompagnement des échantillons.
Le site internet de la plate-forme vous donne également accès à l’ensemble des informations
concernant la plate-forme.
2 - Démarche Qualité
Depuis début 2008, la plate-forme de "Génomique Structurale et Fonctionnelle" de Biogenouest a
entamé la mise en place d’une démarche qualité commune à toutes les plate-formes constitutives.
Sur la plate-forme de séquençage de Rennes Beaulieu, nous avons adhéré à cette démarche dès
notre intégration. Gage de confiance pour les utilisateurs, la démarche s’inscrit dans la politique
générale des organismes de tutelles (INRA, CNRS, INSERM…) et a pour objectif de répondre aux
exigences des structures de labellisation IBiSA et de certification ISO 9001.
3 - L’équipe :
Responsable scientifique : Philippe VANDENKOORNHYUSE (PR Rennes 1)
Vos interlocuteurs au quotidien :
Sophie COUDOUEL (T CNRS),
Alexandra DHEUILLY (IE UnivRennes1 CDD),
Oscar LIMA (IE CNRS),
Delphine NAQUIN (IE IRISA CDD),
contact : Philippe.Vandenkoornhuyse@univ-rennes1.fr
site internet : http://osur.univ-rennes1.fr/page.php?93
Adresse postale pour l’envoi de vos échantillons :
Université de Rennes 1 - Campus de Beaulieu
CNRS - CAREN - Bat. 14A
263 avenue du Général Leclerc
35042 RENNES
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Plate-forme Génomique Structurale et Fonctionnelle
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Cette plate-forme s’est dotée d’un comité de pilotage composé de 8 membres et 8 suppléants
issus des unités de recherche de l’Observatoire de Rennes et de l’IFR GFAS. Il a pour mission,
entre autres, d’étudier et de valider les projets, d’établir un calendrier, de réaliser une veille
technologique et de hiérarchiser les développements méthodologiques.
Les missions du personnel de la plate-forme consistent en :
• L’organisation générale de l’activité sur la plate-forme
• L’ information sur la technologie et le conseil auprès des utilisateurs
• La validation, la maintenance et l’entretien des équipements robotiques et de l’informatique
associée,
• Les développements méthodologiques,
• La mise en place d’une politique d’assurance qualité.
Le personnel se forme continuellement pour acquérir une expertise dans l’utilisation des appareils
mis à disposition et la mise au point de nouveaux protocoles.
4 - Les équipements :
La plate-forme de séquençage haut débit dispose des équipements suivants :
• Pyroséquenceur 454 GS FLX (ROCHE) pour le séquençage en masse
• Cluster informatique (20x) pour les analyses de données de séquences
• Beckman Z1, Compteur de cellules, satellite du séquenceur pour vérification des banques
• Station d’hybridation Nimblegen pour analyses génomiques soustractives
• 4 thermocycleurs MasterCycler (eppendorf) pour PCR
• Station d’Hybridation et de Lavage pour séquençage soustractif (Nimblegen)
• système d’électrophorèse microfluidique Bioanalyser 2100 Agilent pour le contrôle qualité
des acides nucléiques
• Pipettes mécaniques et électroniques de divers volumes.
5 - Les services proposés :
Conduite de projet en génomique:
La plate-forme prend en charge vos échantillons et réalise les expérimentations pour obtenir les
séquences par la technologie de pyroséquençage 454 GS FLX (ROCHE).
Il est possible d’amener les échantillons ou de les envoyer par la poste ou autre service de
livraison. Pour tout envoi, il est recommandé de mettre les échantillons dans de la carboglace.
Traitement bio-informatique des données :
Dans tous les cas, il est possible de demander un traitement bio-informatique des données. Pour
cela, contactez nous.
6 - Les types d’échantillons acceptés :
• ADN génomique de très bonne qualité en solution dans du TE
• Amplicons (produits de PCR) purifiés
• ADNc double brin
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7 - Règles d’accès
Généralités :
La plate-forme de séquençage haut débit est accessible en priorité aux unités de recherche de
OSUR – CAREN et de GFAS, et à la communauté scientifique de Biogenouest. Dans la limite des
disponibilités, il peut également accueillir des projets émanant d’autres équipes publiques
françaises et/ou européennes, ou du secteur privé.
Systématiquement, tous les projets, seront soumis à l’acceptation du comité de pilotage. Les
projets seront acceptés, dans la limite de 50% d’ouverture et dans la limite de la charge de travail.
Ouvrir un projet :
A l’ouverture d’un projet, vous devez remplir une "Fiche Projet". Celle-ci est en ligne sur le site
internet de la plate-forme.
Vous donnerez un titre à votre projet (50 caractères maximum), que vous utiliserez ensuite à
chaque fois que vous aurez des échantillons à amener ou envoyer. Vous ferez une brève
description du projet (15 lignes maximum). Sur ce document apparaitra également le nom de la
personne statutaire responsable du projet (une personne en poste, pas un thésard ou un
stagiaire), et la liste des personnes pouvant intervenir sur ce projet, avec un numéro de téléphone
et une adresse électronique valable pour chacune.
Modalités d’envoi des échantillons
Chaque série d’échantillons sera ensuite rattachée à une « fiche d’accompagnement
d’échantillons ». Cette fiche nous permettra de nommer les résultats avec les vrais noms de vos
échantillons. Cette feuille est disponible en ligne. Elle contiendra les noms de vos échantillons
(sans accents, ni caractères spéciaux, seuls les – seront acceptés). Cette fiche contiendra
également les informations concernant le projet concerné, la nature des échantillons et leur
qualité.
Préparation des échantillons à passer :
Il est fortement recommandé d’envoyer les échantillons dans de la carboglace. Si les échantillons
nous parviennent à température ambiante, le plateau ne pourra pas être tenu responsable de
résultats de mauvaise qualité.
Validation des échantillons
Après réception de vos échantillons, nous procédons à un contrôle de la qualité de ceux-ci :
mesure au spectrophotomètre Nanodrop (si besoin) et analyse au Bioanalyser 2100 Agilent. Nous
vous informerons des résultats obtenus. La bonne qualité des échantillons est la condition
première pour poursuivre les expérimentations.
8 - Résultats
Transmission des résultats :
Les résultats sont transmis via le web.
Nous vous informons par mail du lien pour accéder à vos résultats (utilisation de votre nom
d’utilisateur et de votre mot de passe indiqué dans le mail). Seule la personne identifiée comme
responsable des échantillons peut recevoir ce mail.
Chaque institut a un mot de passe différent. Les mots de passe ne sont donnés qu’à une
personne statutaire, qui le communique aux personnes qui en ont besoin au sein de son équipe.
Nous demandons à l’utilisateur de renvoyer l’enquête de satisfaction pour lequel la plate-forme le
solicite l’année de la réalisation de son projet.
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Plate-forme Génomique Structurale et Fonctionnelle
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Valorisation des résultats :
Il est conclu que les personnels du plateau technique:
• Seront associés au rang d’auteurs des publications, communications écrites et/ou
orales, pour tout projet ayant requis un travail de mise au point méthodologique particuliére
• Si un projet ne rentait pas dans le cas de figure du point précédent, alors les personnels
du plateau technique sont remerciée dans les publications, communications écrites et/ou
orales,
En cas de litige, le responsable scientifique est le seul habilité à décider du degré d’implication
effective des personnels sous sa responsabilité.
Les utilisateurs de la plate-forme de séquençage haut débit s’engagent à informer ce dernier de
toute publication, communication écrite et/ou orale découlant des travaux réalisés grâce au
soutien technique et lui fournir dès que possible, les références complètes, et un tiré à part.
Qualité des résultats :
Nous mettons tout en œuvre pour fournir des résultats conformes à vos attentes.
Dans le contrat qui peut-être signé avant l'execution des expériences un paragraphe fixe l'accord
entre les 2 parties dans le cas contraire.
9 - Sauvegarde des données informatiques et des échantillons
La plate-forme de séquençage haut-débit s’engage à conserver les données brutes pendant 6
mois. Pendant une période de 2 mois, le client s’engage à récupérer ses propres données. Au
delà de 6 mois, la plate-forme procède à leur destruction.
Les échantillons sont conservés au congélateur 2 mois après le rendu des résultats. Ils peuvent
être réexpédiés (ou récupérés directement sur place) ou alors retraités sur demande pendant ce
délai. Ils sont ensuite détruits. La température de ces congélateurs est régulièrement vérifiée. La
réexpédition des échantillons est à la charge des utilisateurs.
10 - Facturation
La mise en place de la facturation est en cours. En voici les principes de base :
Pour tous les projets :
Chaque projet fera l’objet d’un contrat entre les 2 parties, associé à un devis prévisionnel du coût.
La facturation pourra se faire en deux temps, préparation des banques d’ADN et run de
séquençage.
Pour les académiques :
La facturation comprend uniquement le coût des consommables, fluides, et maintenances. La
plate-forme ne fait aucun bénéfice sur cette facturation.
Pour les entreprises privées :
La facturation comprend le coût des consommables, fluides, et maintenances, ainsi que les
salaires et amortissement des machines. La tarification sera effectuée sur la base du contrat signé
entre les 2 parties avant la mise en œuvre du projet.
Détérioration du matériel :
En cas de détérioration du matériel, le coût des réparations sera à la charge du client (qu’il soit
académique ou une entreprise privée).
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Plate-forme Génomique Structurale et Fonctionnelle
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11 - Hygiène et sécurité
Les consignes usuelles de laboratoire sont en vigueur sur la plate-forme. Le personnel est à votre
disposition pour tout renseignement concernant des consignes particulières.
Un classeur répertoriant les fiches de toxicité des principaux produits chimiques utilisés est
disponible sur simple demande.
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