(VIH) chez les adolescents Ã Niamey

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2.4.4. Variabilité génétique [24, 28] : L’analyse phylogénétique de nombreuses souches du VIH 1 d’origines géographiques diverses a révélé trois grands groupes distincts de virus nommés M (pour majeur ou main), N (pour new ou non M, non 0) et O (pour out lier, il ne représente que 50 % d’homologie avec les souches du M dans les séquences du gène de l’enveloppe). La grande majorité des souches responsables de la pandémie appartient au groupe M dans lequel l’analyse phylogénétique a permis d’identifier 11 sous-types (de A à K) et près de 20 % des isolats sont recombinants, avec des parties du génome appartenant à des sous-types différents. Il est important de distinguer les sous-types purs des virus recombinants. Pour être classés comme des sous-types, les isolats doivent se ressembler entre eux et non à d’autres sous-types sur le génome entier. Sur cette base, il y’aurait seulement neuf sous-types au sein du groupe M, étant donné que les virus du prototype E et I dans l’enveloppe sont des recombinants, avec des fractions importantes du génome appartenant à d’autres sous-types. Au Niger, la majorité des souches appartiennent au groupe M et sont des virus recombinants (circulating recombinant forms). Il s’agit du CRFO2-AG (54,3 %) et CRFO6-CPX (18,1 %). 16
Figure 4 : Variabilité génétique de VIH 2.4.5. Réplication virale [19, 20, 41] La fixation et la fusion des virus sur les récepteurs cellulaires sont les premières étapes du cycle viral. Les structures de surface du VIH y jouent un rôle principal et les deux glycoprotéines de l’enveloppe sont directement impliquées dans le mécanisme de fixation et de fusion. La glycoprotéine trans-membranaire participe à la fusion entre l’enveloppe virale et la membrane cellulaire. L’étape suivante est l’intégration génomique. Après que le noyau viral ait été introduit dans la cellule, il est décapsidé et l’ARN du virus est libéré dans le cytoplasme. Le brin de l’ARN est copié en ADN intermédiaire simple brin grâce à une polymérase. On obtient un hybride ARN-ADN. Une ribonucléase intervient alors pour détruire l’ARN d’origine virale et la polymérase produit 17
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