Charles PONCET - Inra
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GENTYANE 2009-2011<br />
Plateforme GENTYANE<br />
Génotypage Séquençage Haut Débit<br />
<strong>Charles</strong> <strong>PONCET</strong><br />
Véronique GAUTIER<br />
Nathalie BERNARD<br />
Lydia JAFFRELO<br />
Pierre DESRAY<br />
Sandra CONTAMINE<br />
Marie-Laure RIFFAT<br />
Plate-forme Opérationnelle IBISA<br />
Plate-forme Stratégique INRA<br />
Présentation Plate-forme de Génotypage et Séquençage GENTYANE<br />
UMR1095 INRA – UBP “Génétique, Diversité & Ecophysiologie des Céréales”
GENTYANE 2009-2011<br />
Une Plate-forme ouverte sur l’extérieur<br />
• Programmes de l ’ UMR prioritaires à concurrence de 50% de la<br />
capacité annuelle (20 projets annuels en moyenne, )<br />
• Le reste de la capacité est ouvert en service pour au niveau national,<br />
par ordre de priorité décroissant (35 projets annuels):<br />
– Les programmes des autres unités du DGAP (25 à 40 projets /an<br />
pour INRA de Rennes, Bordeaux, Avignon, Montpellier, Lusignan,<br />
Colmar, Corse, Antilles…)<br />
– Les programmes des autres EPST (CNRS , Universités, Ifremer,<br />
Cirad, etc)<br />
– Les programmes du secteur privé (Agri Obtention, Limagrain,<br />
Pernod Ricard, Florimond-Desprez, Nestlé, Delbard, Serasem…)<br />
Présentation Plate-forme de Génotypage et Séquençage GENTYANE<br />
UMR1095 INRA – UBP “Génétique, Diversité & Ecophysiologie des Céréales”
GENTYANE 2009-2011<br />
Grande diversité des espèces traitées :<br />
– Espèces végétales : Blé, Colza, Tournesol, RayGras, Orge,<br />
Banane, Igname, Pin, Ivraie, Maïs, Abricotier, Pommier, Rosier,<br />
Pêcher, Pomme de Terre, etc…<br />
– Espèces animales : Flamant rose, Marmotte, Puceron, Ormeau,<br />
Baleine, Espadon, Ecureuil de Corée, Homme…<br />
Présentation Plate-forme de Génotypage et Séquençage GENTYANE<br />
UMR1095 INRA – UBP “Génétique, Diversité & Ecophysiologie des Céréales”
GENTYANE 2009-2011<br />
Une Plateforme Multiservices<br />
Services de génotypage :<br />
• Single Nucleotide Polymorphism (Illumina Veracode, LC480,<br />
Fluidigm Biomark)<br />
• Microsatellites (ABI 3730XL)<br />
• Séquençage Massif sur Roche 454 GS Flex et GS junior,<br />
Illumina HiSeq2000 (2012)<br />
Présentation Plate-forme de Génotypage et Séquençage GENTYANE<br />
UMR1095 INRA – UBP “Génétique, Diversité & Ecophysiologie des Céréales”
GENTYANE 2009-2011<br />
Acquisition 2009:<br />
- Deux robots de pipetage Hamilton Robotics<br />
- 19 thermocycleurs ABI Veriti 96 et 384 puits<br />
- Deux robots Beckman 3000 et FX Illumina<br />
- Q-PCR LightCycler 480 ROCHE<br />
Présentation Plate-forme de Génotypage et Séquençage GENTYANE<br />
UMR1095 INRA – UBP “Génétique, Diversité & Ecophysiologie des Céréales”
GENTYANE 2009-2011<br />
Acquisition Plate-Forme 2010 :<br />
- Séquenceur GS Junior Roche (100 000 reads de 400pb)<br />
- Bras robotisé Caliper twister II alimentant le Light Cycler 480<br />
- Fluidigm Biomark (PCR temps réelle microfluidique)<br />
- Robot Beckman FX Dual (tête 96 et 8 canaux) pour Illumina<br />
- Robot Beckman FX Dual (tête 384 et tête 96) en post-PCR<br />
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UMR1095 INRA – UBP “Génétique, Diversité & Ecophysiologie des Céréales”
GENTYANE 2009-2011<br />
Acquisition 2010:<br />
Fluidigm BioMark (Digital PCR):<br />
- Génotypage par courbe de fusion<br />
- Dosage fin d’échantillons avant passage sur Roche 454<br />
- RT PCR Quantitative en temps réel<br />
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GENTYANE 2009-2011<br />
Démarche Qualité : Certification ISO 9001<br />
Suite à la labellisation CNOC Plate forme stratégique<br />
INRA août 2009 et labellisation IBISA 2009<br />
Présence d’une Ingénieur Qualité 18 mois, Marie-Laure<br />
RIFFAT pour Certification ISO9001 prévue en juillet 2012<br />
Présentation Plate-forme de Génotypage et Séquençage GENTYANE<br />
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GENTYANE 2009-2011<br />
Modalités d’Accès :<br />
Prise de contact direct (Internet, Mail, Téléphone)<br />
Définitions des modalités (échéance, coût, analyse,<br />
intervenants, logistique d’envoi du matériel)<br />
Convention de prestation de service avec :<br />
• Accueil possible de personnel extérieure<br />
• Prise en charge totale du projet<br />
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