La génétique des populations comme outil en épidémiologie

iologie
épidémiologie intégrative
(causes techniques et sélectives mises à part) reflètent un mode clonal de reproduction,
une différenciation entre partenaires sexuels (zone d’hybrides F1, biais
de dispersion sexe spécifique) ou une faible taille de populations d’autoincompatibles
(comme les helminthes monogènes), dioïques ou de champignons hétérothalliques.
Les valeurs positives correspondent à un mode consanguin de reproduction
(autofécondation, croisements entre apparentés). Le F ST varie de 0
(homogénéité des fréquences) à 1 (sous-populations toutes fixées pour l’un ou
l’autre des allèles présents). Le F IT varie de −1 à 1.
Maintenant, en rappelant que i) Q I = 1−H —
0 est la probabilité d’identité de deux
allèles d’un même locus au sein d’un même individu, que ii) Q S = 1−H s est la probabilité
de tirer deux allèles identiques de deux individus différents de la même
sous-population, et que iii) Q T = 1−H T est la probabilité de tirer deux allèles identiques
de deux individus de deux sous-populations différentes, alors nous pouvons
donner les formules généralisées des F-statistiques pour un degré 3 de subdivision
(individu, sous-population et total) (Rousset 2004) :
ì QI
-QS
FIS
=
1-Q
S
ï QS
-Q
íFST
=
1-QT
QI
-Q
FIT
=
ïî
ï 1-QT
T
T
(5)
b) Outils d’inférences
Avec l’estimation du F IS on peut inférer la proportion s d’autofécondation (Hartl
et Clark 1989) ou c fs de croisements frère-sœur (Chevillon et coll. 2007b) :
ìï 2F
ï
IS
s =
ï 1 + FIS
í
4FIS
c fs =
ï ïî 1+
3F
IS
(6)
Dans un modèle en îles, en modèle de mutation KAM (K Allele Model), et si les
taux de mutation et de migration sont faibles, on montre (relativement) facilement,
en partant de Rousset (Rousset 1996), que :
1
F ST »
é ( sN -1)
K ù n K
1+ 4êN - 1-2u - 2m ú m + u
ë 2 K -1 û n-1 K -1
( )( )
(7)
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Livre Intepi.indb 298 12/09/2008 10:20:44