La génétique des populations comme outil en épidémiologie

iologie
épidémiologie intégrative
d) Autres paramètres utiles
Il existe des multitudes de paramètre utiles en génétique des populations dont
l’énumération ici serait fastidieuse. Nous ne mentionnerons dans ce paragraphe
que les principaux d’entre eux. Dans le cas de marqueurs génétiques hypervariables
comme les microsatellites, la valeur maximale du F st ne sera pas 1, car il y a
plus d’allèles que de sous-échantillons (voir l’équation 7 pour u très grand). Pour
pallier à ce problème, Hedrick (Hedrick 1999, 2005) propose une méthode
simple pour visualiser de combien le F ST observé peut être éloigné de sa valeur
maximale possible que l’on observerait sans migration entre sous-populations.
Dans une telle situation, et si le nombre de sous-populations est assez grand, Q T =
0 (probabilité d’identité entre individus de sous-populations différentes) et,
d’après (5), le F st est alors égal à Q s = 1−H s = F STmax . On peut ensuite diviser la
valeur observée par cette valeur maximale afin d’avoir une meilleure appréciation
(et non pas une mesure exacte) du flux de gènes échangés entre les sous-populations
échantillonnées.
L’indice d’assignement (AI) correspond au calcul de la probabilité qu’un individu
a, compte tenu de son génotype multilocus, d’appartenir à un échantillon donné.
Cette mesure peut être utile pour déterminer le statut d’immigrant ou d’autochtone
des individus. Plusieurs méthodes permettent de calculer un indice d’assignement
(Paetkau et coll. 1995, Baudouin et coll. 2004, Piry et coll. 2004).
3. Outils statistiques d’aide à la décision
3.1 Bases nécessaires
Nous avons donc des paramètres, leurs estimateurs et les modèles d’inférences en
termes de fonctionnement des populations. Il s’agit maintenant de décider si ces
valeurs estimées ont un sens, c’est-à-dire si la déviation de l’estimation par rapport
à l’attendu sous une hypothèse précise (panmixie, libre circulation des gènes)
dépasse ce que la variance d’échantillonnage permet d’expliquer. L’hypothèse précise
comme par exemple celle qui consiste à dire qu’il existe une panmixie dans
les sous-populations ou que les sous-populations ne sont pas différentes génétiquement
et qu’elles proviennent d’une population homogène s’appelle l’hypothèse
nulle, et elle se note H 0 . L’hypothèse alternative, notée H 1 , peut prendre différentes
formes selon les circonstances. Par exemple, pour tester s’il y a panmixie locale
(test sur le F IS ), on peut poser en H 1 que F IS à une valeur plus extrême (en + ou
en −) qu’attendu sous H 0 (test bilatéral), que F IS est significativement plus grand
qu’attendu (test unilatéral +) ou plus petit qu’attendu (test unilatéral −). Le test
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Livre Intepi.indb 300 12/09/2008 10:20:44