Présentation du projet - Les Mahots des Mascareignes - Université ...

Présentation du projet

BACOMAR – Présentation du projetSOMMAIRE1.PRÉSENTATION DU PROJET 31.1.Objectifs ........................................................................................................................ 31.1.1. Construire une plateforme d’identification 31.1.2. Adopter une approche novatrice avec la plateforme IKBS 31.1.3. Créer une base de connaissances sur les Mahots de La Réunion 41.2.Collaborations ............................................................................................................... 41.3.Retombées locales........................................................................................................ 51.3.1. Développement économique 51.3.2. Formation à l’innovation 51.3.3. Développement de collaborations entre acteurs d’origines socioéconomiquesdiverses (effet cluster). 51.4.Impact attendu par rapport aux priorités transversales du POE.................................... 61.5.Évaluation du projet....................................................................................................... 62.MODALITÉS PRATIQUES DE MISE EN ŒUVRE DU PROJET 72.1.Décomposition du projet en tâches ............................................................................... 72.2.Inventaires des ressources humaines nécessaires....................................................... 72.2.1. La maîtrise d’œuvre 72.2.2. Les experts 72.2.3. Les autres ressources 82.3.Croisement tâches-ressources et devis temps.............................................................. 82.4.Planification des tâches................................................................................................. 9pgc/20/03/09 IREMIA - Université de La réunion Page 2/9

BACOMAR – Présentation du projetBase de connaissances sur les Mahots de La Réunion1. PRÉSENTATION DU PROJETCe projet fait l’objet d’un dossier détaillé de présentation dans l’Annexe : « Contenu scientifique détaillé duprojet BACOMAR ». L’Annexe comprend deux chapitres : I. BACOMAR : Pourquoi la plateforme IKBS ?Ce fascicule présente la plateforme IKBS et précise en quoi elle est adaptée pour la création d’un outild’identification assisté par ordinateur (IAO) dans le domaine de la Biologie Végétale. Un plan dedéveloppement et d’adaptation est proposé devant permettre à IKBS de répondre à ces nouvellesproblématiques II. BACOMAR : Pourquoi les Mahots ?.À partir du constat de la richesse et de l’importance écologique des Dombeyoideae, de la complexité de lasous-famille des Dombeyoideae, il est expliqué en quoi les Mahots constituent un support et un modèleexemplaires pour valider l’outil d’IAO à développer.Il est proposé ci-dessous de résumer succinctement ce dossier.1.1. Objectifs1.1.1. Construire une plateforme d’identificationCe projet se situe dans une démarche globale pour développer l’accès aux données sur la biodiversité.L’informatisation des descriptions des organismes vivants initiée dans les années 80, a été relancée demanière importante par l’émergence de grands programmes internationaux d’accès aux données sur labiodiversité (GBIF, Systematic Agenda 2000, etc.). Ces différents projets ont pour objectifs ambitieux deconstituer un inventaire global de la flore et de la faune mondiale. Le principe retenu consiste à stockerl’ensemble des connaissances sur les organismes au sein de bases de données, d’assurer le suivi de cesbases, de mettre en place des moteurs de recherche et enfin d’offrir ces services en ligne. Ainsi, localementle Conservatoire Botanique National de Mascarin développe depuis 2002 un système d’information de laflore et des habitats de La Réunion, baptisé Mascarine 1 .L’objectif final du projet BACOMAR est différent et complémentaire, il s’agit de construire une plateformeinformatique d’identification. Très concrètement une personne (chercheur, agent dans un organisme deconservation, botaniste, écolier, …) a cueilli, photographié ou observé dans un herbier ce que nousappellerons un spécimen végétal et souhaite l’identifier. S’il ne dispose pas d’un expert sous la main, il peututiliser en local ou en ligne, un outil d’identification. Muni du nom botanique ou vernaculaire il peut ensuiteobtenir des informations complémentaires en consultant une base de données en ligne.1.1.2. Adopter une approche novatrice avec la plateforme IKBSL’originalité de la démarche proposée repose sur la spécificité de la plateforme d’appui IKBS. Contrairementaux outils de type système expert basés sur une démarche déductive, IKBS offre des outils de modélisationpour représenter différentes entités comme les taxons (famille, genre, espèce par exemple), les caractèresdescriptifs et diagnostics ou encore les symptômes caractéristiques de maladies. Ces éléments sont mis enrelation au sein de modèles descriptifs qui permettent de décrirent avec précision des cas réels : spécimensrécoltés sur le terrain ou issus de collections, échantillons atypiques ou encore descriptions de patients.L’exploitation des bases par le système offre in fine une aide à la décision : identification et classification enbiologie et aide au diagnostique en médecine.Cette dualité (modélisation abstraite / cas réels), permet de générer des systèmes d’identification efficaces,utiles pour les spécialistes du domaine comme pour les non-spécialistes et de reconstruire desclassifications du vivant afin d’aider le systématicien. En effet, le système peut raisonner sur desconnaissances objectives car issues d’observation d’entités réelles. Pour exemple, une application majeureen cours depuis 2004, intitulée «Bases de Connaissances sur les Coraux des Mascareignes - Phase III»s’est achevé en septembre 2008. Ce projet a pour objectif de répertorier l’ensemble des espècescoralliennes présentes dans les Mascareignes, afin de créer un système d’identification en ligne qui soitutilisable à terme pour une grande majorité des espèces présentes sur la planète.1 http://flore.cbnm.org/index.php?pgc/20/03/09 IREMIA - Université de La réunion Page 3/9

BACOMAR – Présentation du projetooLes associations et acteurs de terrain impliqués dans la défense de l’environnementLe milieu des entreprises TIC avec la participation d’une entreprise innovante locale.1.4. Impact attendu par rapport aux priorités transversales du POECe projet est financé dans le cadre du POE 2007-2013, on précise ci-dessoussa position par rapport auxPRIORITES OUI NON NEUTREÉgalité des chancesProtection environnementDéveloppement durableSociété de l’informationDéveloppement ruralDéveloppement urbain1.5. Évaluation du projetLa réussite du projet se mesurera essentiellement au niveau d’appropriation de la plateforme d’identificationpar les acteurs de terrain concernés : chercheurs, agents des organismes, botanistes, scolaires, grandpublic.On propose par ailleurs des indicateurs plus quantitatifs.NatureQuantificationIndicateurs liés au dossierCréation du sitehttp://www.mahots.univ-reunion.frProduits valorisation grand public et éducationCommunications au niveau internationalStatistiques de consultationsParticipation au blog associéValorisation des résultats dans NexticNiveau de diffusion plaquette et filmNombre des publications etparticipation à congrèspgc/20/03/09 IREMIA - Université de La réunion Page 6/9

BACOMAR – Présentation du projet2. MODALITÉS PRATIQUES DE MISE EN ŒUVRE DU PROJET2.1. Décomposition du projet en tâchesLes tâches se décomposent en deux grandes catégories concernant d’une part le développement de l’outilinformatique d’autre part le traitement de la matière destinée à alimenter l’outil informatique. La naturemême du projet suppose une imbrication très fine entre les tâches relevant du secteur informatique et cellesrelevant du secteur biologique.Les échanges entre les partenaires du projet permettent de proposer l’organisation présentée dans letableau ci-dessous :T1 BibliographieT2 Construction d'un premier modèle IKBS sur les MahotsT3 CollectesT3.1 Dombeya Cav.T3.2 Trochetia DC.:T3.3 Ruizia Cav.T3.4 Astiria Lindl.T4 Analyse des spécimensT5 Intégration dans IKBST6 Développement IKBST6.1 Amélioration du système d'identificationT6.2 Extension du modèle aux données de type phylogénétiqueT6.3 Amélioration ergonomique et interfacesT7 Exploitation des technologies WEB2.0T7.1 Client-serveur, web services, formats d'échangesT7.3 Application Web génériqueT8 Mise en ligne de la base MahotsT9 Système d'information GéographiqueT9.1 GéolocalisationT9.2 Système de navigationT10 Valorisation des résultatsT10.1 FilmT10.2 Plaquette, expositionT11 Coordination et gestion du projet2.2. Inventaires des ressources humaines nécessairesAu-delà des compétences à réunir pour réaliser les diverses tâches identifiées, le bon déroulement du projetsuppose de la part des divers acteurs de fortes capacités d’écoute et d’échange ainsi que la maîtrise,compte tenu de la dispersion géographique, des techniques de travail collaboratif.On propose trois types de compétences à réunir2.2.1. La maîtrise d’œuvreLa maîtrise d’œuvre suppose une ressource à temps plein sur deux ans que nous appellerons« Collaborateur scientifique ». Le collaborateur scientifique doit avoir une bonne expertise dans le domainedes Dombeyoideae, une expérience des techniques moléculaires, des aptitudes à maîtriser les outilsinformatiques. Il doit être de niveau doctorat et pourrait être recruté dans le vivier des doctorants en fin decycle, des post doctorant ou des ingénieurs ayant une expérience de la recherche.2.2.2. Les expertsL’expertise informatiqueLe développement informatique est le point clé du projet. Dans le cadre de l’IREMIA, ce projet est rattaché àl’équipe IC-IHM (Ingénierie des Connaissances et Interaction Homme-Machine), dirigée par Noël Conruyt.La direction scientifique du projet et le management du développement informatique seront assurés par David Grosser (MCF, LIM-IREMIA, Université de La Réunion)pgc/20/03/09 IREMIA - Université de La réunion Page 7/9

BACOMAR – Présentation du projetDavid Grosser est au cœur du projet, il est le créateur et le spécialiste de la plateforme IKBS. Il a développédifférentes applications d’IKBS dans des secteurs aussi divers que le diagnostic médical, la qualité deservices en hôtellerie, la base de connaissances sur les Coraux des Mascareignes qui sert de support auprogramme proposé. Il est associé à l’équipe de l’IREMIA, ICIHM (Ingénierie des Connaissances etInteraction Homme-Machine dirigée par Noël Conruyt) dont les travaux (ETIC, Immersion, …) peuvent enpartie influer sur ce projetL’expertise en biologie Jean-Yves Dubuisson (PR, UMR 5143, Université de Paris 6)Jean-Yves Dubuisson apporte ses compétences en phylogénie, systématique botanique, botaniquetropicale et écologie évolutive. Il maîtrise l’utilisation des techniques moléculaires. Luc Gigord (Chercheur associè, DEE, Université de Lausanne)Luc Gigord a fait sa thèse sur les Mahots de La Réunion, il a une excellente connaissance du domaine ainsique du terrain local. Il est spécialisé en écologie évolutive des plantes et interactions plantes-pollinisateursprédateurs.Il s’intéresse à la biologie de la conservation des écosystèmes terrestres. Laurence Humeau (MCF, UMR PVBMT, Université de La Réunion-CIRAD)Laurence Humeau a également fait thèse sur les Mahots de La Réunion, et a une excellente connaissancedu domaine ainsi que du terrain local. Elle est associée à l’axe 4 de l’UMR et travaille sur l’écologie,l'évolution et la conservation de la biodiversité terrestre en milieu insulaire tropical.Les experts ont confirmé leurs engagements dans le projet par lettres, disponibles en Annexe 1.4.2.2.3. Les autres ressourcesDe nombreuses tâches spécifiques dans l’accompagnement des programmes supposent la mobilisation deressources ponctuelles sous forme de vacations, CDD, stages ou prestations internes et externes.2.3. Croisement tâches-ressources et devis tempsLe tableau ci-dessous rappelle les tâches à réaliser, attribue les ressources nécessaires et propose un devistemps.Ingénieur Experts Interventions ponctuelles (Vacations, CDD,…) PrestationsTâchesRessourcesTotal J/H À recruter Dubuisson Gigord Humeau Ancel GrosserAssist. Cartograterrain pheTraitementherbierTraducteurPhotographeInfographisteTotal J/H : 1722 540 48 96 48 20 120 200 150 100 50 100 150 100Devel.IKBST1 Bibliographie 40 40T2 Construction d'un premier modèle IKBS sur les Mahots 60 50 10T3 Collectes 522 150 48 24 200 100T3.1 Dombeya Cav.T3.2 Trochetia DC.:T3.3 Ruizia Cav.T3.4 Astiria Lindl.T4 Analyse des spécimens 322 150 24 24 24 100T5 Intégration dans IKBS 90 70 20T6 Développement IKBS 208 50 24 24 60 50T6.1 Amélioration du système d'identification 20T6.2 Extension du modèle aux données de type phylogénétique 50 24 24 20T6.3 Amélioration ergonomique et interfaces 20 50T7 Exploitation des technologies WEB2.0 170 20 50 100T7.1 Client-serveur, web services, formats d'échanges 10 50T7.3 Application Web générique 10 50 50T8 Mise en ligne de la base Mahots 60 10 50 O1PURET9 Système d'information Géographique 180 30 150 RDTronicT9.1 Géolocalisation 30 150T9.2 Système de navigationT10 Valorisation des résultats 70 20 50T10.1 Film 20T10.2 Plaquette, exposition 50T11 Coordination et gestion du projet PGCpgc/20/03/09 IREMIA - Université de La réunion Page 8/9

BACOMAR – Présentation du projet2.4. Planification des tâchesS ‘appuyant sur une analyse détaillée des tâches à réaliser et sur une estimation de la durée de chacune, ladurée totale du programme est fixée à deux ans. Un planning prévisionnel est proposé ci-dessous.M1* M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16 M17 M18 M19 M20 M21 M22 M23 M24BibliographieConstruction d'un premier modèle IKBSCollectesAnalyse des spécimensIntégration dans IKBSDéveloppement IKBSExploitation des technologies WEB2.0Mise en ligne de la base MahotsSystème d'Information GéographiqueValorisation des résultatsCoordination et gestion du projet* M1 désigne le premier mois après la signature de la convention de financement__________pgc/20/03/09 IREMIA - Université de La réunion Page 9/9