METINIS PRANEÅ IMAS 2007 - Biotechnologijos institutas

BIOTECHNOLOGIJOS INSTITUTASMETINIS PRANEŠIMAS2007Vilnius – 2008

Metinis pranešimas – 2007BIOTECHNOLOGIJOS INSTITUTASMETINIS PRANEŠIMASVisuotiniam mokslininkų susirinkimui2008Turinys1. Statusas, struktūra, administravimas 41.1. Statusas 41.2. Struktūra 41.3. Valdymas 52. Personalas 72.1. Darbuotojų skaičiaus kitimas 72.2. Mokslinių laboratorijų personalas 72.3. Doktorantūra 92.4. Stažuotės užsienyje 112.5. Personalo sveikatingumo rodikliai 123. Mokslinė veikla3.1. Biudžeto tiesiogiai finansuojami moksliniai tyrimai 133.2. LVMSF subsidijuojami projektai 143.3. Mokslinės sutartys su Lietuvos partneriais 163.4. Dalyvavimas tarptautinėse mokslo programose 173.5. Mokslinės sutartys (kontraktai) su užsienio partneriais 183.6. Mokslinio bendradarbiavimo partneriai 193.7. Disertacijų gynimas 243.8. Mokslinės veiklos pripažinimo ženklai 244. Mokslinės produkcija 254.1. Mokslinė produkcija: kiekybiniai rodikliai 264.2. Mokslinės produkcija: sąrašas 294.3. Konferencijų, simpoziumų etc. medžiaga5. Edukacinė ir visuomeninė veikla 325.1. Paskaitos ir pratybos universitetuose 325.2. Studentų laboratorinės pratybos Institute 345.3. Studentų mokslinė praktika Institute 355.4. Studentų baigiamieji darbai 385.5. Parama kitoms įstaigoms, konsultacijos 415.6. Visuomeninė veikla 435.7. Mokslo populiarinimo ir publicistiniai straipsniai 446. Konferencijos, seminarai, vizitai 456.1. Dalyvavimas konferencijose, simpoziumuose, parodose užInstituto ribų 45© Biotechnologijos institutas 2

Metinis pranešimas – 20076.2. Vizitai į užsienio institucijas 496.3. Bendrainstitutiniai seminarai 506.4. Instituto svečių paskaitos 506.5. Svečių vizitai 517. Laboratorijų veikla 527.1. Baltymų – nukleorūgščių sąveikos tyrimo laboratorija (BNSTL) 527.2. DNR modifikacijos tyrimų laboratorija (DMTL) 537.3. Prokariotų genų inžinerijos laboratorija (PGIL) 557.4. Eukariotų genų inžinerijos laboratorija (EGIL) 577.5. Biotermodinamikos ir vaistų tyrimo laboratorija (BVTL) 597.6. Imunologijos ir ląstelės biologijos laboratorija (ILBL) 617.7. Bioinformatikos laboratorija (BI) 648. Finansai 668.1. Pajamos 668.2. Išlaidos 678.3. Sąmatos įvykdymas 698.4. Laboratorijų iniciatyvinės lėšos 709. Ūkinė veikla9.1. Aptarnaujančios tarnybos 729.2. Ūkinės sutartys 739.3. Pagrindiniai ūkiniai darbai 73© Biotechnologijos institutas 3

Metinis pranešimas – 20071. STATUSAS, STRUKTŪRA, ADMINISTRAVIMAS1.1. StatusasLR Vyriausybės 1997 m. gruodžio 31 d. nutarimu Nr. 1501 Biotechnologijos institutuipratęstas valstybinio mokslo instituto statusas, nenurodant pratęsimo terminų. LR Vyriausybė,svarstydama klausimą „Dėl valstybinių mokslo ir studijų institucijų sistemos restruktūrizavimoplano“, 2001 m. spalio 1 d. protokoliniu nutarimu Nr. 45 nusprendė: „... nereorganizuoti šiųvalstybinių mokslo institutų: ... 2. Biotechnologijos instituto ...“. Tai reiškia, kad Institutas irtoliau išlaiko valstybinio mokslo instituto statusą.1.2. StruktūraInstituto struktūra pateikta lentelėje 1.1.EilNr.Direktorius prof.Direktoriaus pavaduotojasMokslo sekretorius dr.Vyr. buhalterėPersonalo vadovėPirkimų vadybininkasProjektų vadovėSekretorėLaboratorijaInstituto taryba1. AdministracijaK. SasnauskasL. PašakarnisJ. MakariūnaitėO. ŠiurkutėJ. ŽiūkaitėL. KanapieniusG. ŠipailaitėR. Pranskūnienė2. Mokslo darbuotojaiSutrumpintaspavadinimasKrypties vadovai – prof. habil. dr. S. Klimašauskas ir prof. dr. V. Šikšnys1. Baltymų-nukleorūgščių sąveikos tyrimolaboratorijaBNSTLVedėjasLentelė 1.1.prof. dr. V. Šikšnys2. DNR modifikacijos tyrimų laboratorija DMTL prof. habil. dr.S. Klimašauskas3. Prokariotų genų inžinerijos laboratorija PGIL dr. K. StankevičiusKrypties vadovas – prof. habil. dr. K. Sasnauskas, nuo 2007-10-10 dr. G. Žvirblis.© Biotechnologijos institutas 4

Metinis pranešimas – 20074. Eukariotų genų inžinerijos laboratorija EGIL prof. habil. dr.K. Sasnauskasnuo 2008.01.01 –dr.G.ŽvirblisKrypties vadovas – prof. habil. dr. K. Sasnauskas5. Biotermodinamikos ir vaistų tyrimo laboratorija BVTL dr. D. Matulis6. Imunologijos ir ląstelės biologijos laboratorija ILBL dr. A. Žvirblienė7. Bioinformatikos laboratorija BI dr. Č. Venclovas3. Aptarnaujančios tarnybos3.1 Buhalterija D. Noreikienė3.2 Info. sistemos K. Žvaigždinas3.3 Biblioteka R. Misiūnienė3.4 Technikos tarnyba J. Potecki3.5 Transporto ūkis V. Kosevičius3.6 Kitos tarnybos -1.3. ValdymasPagal Instituto Statutą, patvirtintą LR Vyriausybės 2003 m. gegužės 27 d. nutarimuNr. 669 “Dėl valstybės mokslo institutų statutų patvirtinimo”, aukščiausias Instituto savivaldosorganas yra 5 metams sudaryta taryba iš 12 narių. Instituto mokslininkai slaptu balsavimu renka7 tarybos narius, Švietimo ir mokslo ministerija skiria 4 tarybos narius. Instituto direktorius yratarybos narys pagal pareigas.2003 m. birželio 17 d. Instituto mokslininkų susirinkime slaptu balsavimu buvo išrinktišie Instituto tarybos nariai:1. Prof. habil. dr. K. Sasnauskas (2007-06-27 buvo paskirtas instituto direktoriumi irtapo Tarybos nariu pagal pareigas*)2. Prof. dr. V. Šikšnys (2007-09-19 išrinktas Tarybos pirmininku)3. Prof. habil. dr. S. Klimašauskas4. Dr. S. Gražulis5. Dr. A. Lubys (2004-10-15 perėjo dirbti į UAB Fermentas)6. Dr. V. Popendikytė (2006-01-09 perėjo dirbti į UAB “Biomedicininių tyrimųcentras”)7. Dr. A. Žvirblienė© Biotechnologijos institutas 5

Metinis pranešimas – 2007Dviems instituto tarybos nariams, dr. A. Lubiui ir dr. V. Popendikytei, perėjus dirbti įkitas įstaigas, ligšiolinė BTI Tarybos sudėtis neatitiko BTI Statuto reikalavimo - 2/3 jos nariųprivalo būti instituto mokslininkai, todėl 2006 m. birželio 30 d. Instituto mokslininkų susirinkimeslaptu balsavimu buvo išrinkti instituto mokslininkai dr. Č. Venclovas ir dr. D. Matulis.LR Švietimo ir mokslo ministro 2003 m. liepos 4 d. įsakymu Nr. ISAK-1001 paskirti šietarybos nariai:1. Prof. habil. dr. V. Butkus (UAB Fermentas generalinis direktorius)2. Dr. G. Valinčius (Biochemijos instituto vyresnysis mokslo darbuotojas)3. Dr. K. Vilutis (UAB Biocentras projektų vadovas)LR Švietimo ir mokslo ministro 2005 m. vasario 23 d. įsakymu Nr. Įsak-259 vietoje įužsienį išvykusio dr. V. Naktinio paskirtas Imunologijos instituto vyriausias mokslo darbuotojasdr. M. Mauricas.*Tarybos nariu pagal pareigas iki 2007-06-26 buvo instituto direktoriushabil. dr. A. Pauliukonis. LR ŠMM ministro 2007 birželio 22 d. įsakymu Nr. 24.1-09-P1-369instituto direktoriumi nuo 2007-06-27 buvo paskirtas prof. Kęstutis Sasnauskas ir tapo Tarybosnariu pagal pareigas.Instituto taryba 2007 m. liepos 9 d. įvykusio posėdžio metu tarybos pirmininku išrinkoprof. dr. V. Šikšnį, pavaduotoju – prof. S. Klimašauską.Tarybos sekretoriaus funkcijas vykdo Instituto mokslo sekretorė dr. J. Makariūnaitė.Administracija:Direktorius - A. Pauliukonis iki 2007-06-26- K. Sasnauskas nuo 2007-06-27Direktoriaus pav. plėtrai - L. Pašakarnis nuo 2006-06-19Mokslo sekretorė- J. MakariūnaitėVyriaus. buhalterė- O. ŠiurkutėPersonalo vadovė- J. ŽiūkaitėProjektų vadybininkė - V.T. Žemaitaitis iki 2007-07-27- G. Šipalaitė nuo 2007-09-26Pirkimų vadybininkė- Ž. Navaitė (2008 m. L.Kanapienius)Sekretorė - R. Urbonaitė iki 2007-10-29- R. Pranskūnienė nuo 2007-10-30- O. .Mejerytė nuo 2007-05-14Profsąjungos pirmininkėProfsąjungos pirmininkės pavaduotoja- R. Rekešienė(profsąjungoje 3 darbuotojai)- R. Jonaitytė© Biotechnologijos institutas 6

Metinis pranešimas – 20072. PERSONALAS2.1. Darbuotojų skaičiaus kitimasInstituto darbuotojų skaičiaus kitimas parodytas lentelėje 2.1.Darbuotojų grupė1. Mokslo darbuotojai*,plius laborantai (įskaitantstudentus - laborantus)2. AptarnaujančiostarnybosLentelė 2.1.2007.VII 2006.VII Skirtumas 07-06Iš viso Fakt.** Iš viso Fakt.** Iš viso Fakt.**105 102 85 80 +20 +2234,5 34,5 35 35 -0,5 -0,53. Administracija 8 8 8 8 - -Iš viso 145,5 140,5 128 123 +17,5 +17,5Mokslininkų***skaičius 37 33 31,5 29,5 +5,5 +3,5*Mokslo darbuotojai – darbuotojai, užimantys pareigas, nurodytas lentelėje 2.4.**Fakt.: faktiškai dirbančiųjų skaičius, t.y. neįskaitant išvykusių į ilgalaikes stažuotes iresančių ilgalaikėse atostogose.***Mokslininkai - darbuotojai, turintys mokslinius laipsnius (dr., habil. dr.).Lentelėje 2.2. pateiktas laboratorijų darbuotojų dalies kitimas per penkerius metus.Lentelė 2.2.MetaiDarbuotojųskaičius (fakt.)Laboratorijų darbuotojųdalis, % (fakt.)2000 105 62,92001 107,5 63,72002 115,25 64,42003 110,75 62,12004 111,0 63,22005 118,0175 64,62006 123 69,12007 140,5 72,92.2. Mokslinių laboratorijų personalasMokslo darbuotojų skaičius laboratorijose 2007 m. pateiktas lentelėse 2.3 ir 2.4.© Biotechnologijos institutas 7

Metinis pranešimas – 2007Mokslinių laboratorijų įvairių kategorijų darbuotojų skaičiusLentelė 2.3.LaboratorijaIšvisoFaktiškai dirbančiųIlgalaikėsestažuot.IlgalaikėseatostogoseMokslodarbuotojų*BioinžinieriųLaborantųStudentųlaborantųMokslo darbuotojaiBNSTL 14 12 - 1 2 x 0,5 - -DMTL 15 11 1 1 2 x 0,5 1 -PGIL 8,5 6 1 1 1 x 0,5 - -EGIL 26 17,25 1 1,75 10 x 0,5 - 1BVTL 22,5 13,5 22 x 0,51 10 x 0,5 - -ILBL 12 8 1 0,5 3 x 0,5 - 1BL 7 5 1 - 2 x 0,5 - -Iš viso: 105 72,75 8 6,25 15 1 2*Žr. pastabą prie lentelės 2.1.Lentelė 2.4.Mokslinių laboratorijų faktiškai dirbančių mokslo darbuotojų statuso detalizavimasIšvisoVyriaus.m. d.Vyresn.m. d.Pagal pareigasMokslodarb.Jaun. m.darb.LaboratojaDoktorantaiStažuotojaiPagal mokslolaipsnįhabil.dr.hab.proc.BNSTL 12 1 2 3 2 4 1 5DMTL 11 1 1 2 3 3 1 1 4PGIL 6 0 1 2 3 0 - - 3EGIL 17,25 1 4,25 2 5 3 2 1 9BVTL 13,5 1 1,5 4 3 2 2 0,5 9ILBL 8 0 3 1 2 2 - 4BL 5 1 2 0 1 1 - 3Iš viso 72,75 5 14,75 14 19 15 5 2,5 37dr.© Biotechnologijos institutas 8

Metinis pranešimas – 2007Institutui, kaip ir visam Lietuvos mokslui, yra svarbus mokslinio personalo atjauninimas.Lentelėje 2.5 pateikti duomenys apie 2007 m. dirbusių mokslo darbuotojų amžių.Lentelė 2.5.LaboratorijaMokslo darbuotojųamžiaus vidurkis, m.Mokslo darbuotojų iki35 m. dalis, %Priimta jaunų mokslodarbuotojų2006 2007 2006 2007 2006 20071. BNSTL 34,7 35,7 62,5 62,5 2 -2. DMTL 31,3 33,5 85,7 62,5 2 13. PGIL 35,6 36,7 50 50 - 14. EGIL 39,2 37,3 50 41,6 - 45. BVTL 40,9 42,6 50 40 - -6. ILBL 41,7 41,5 25,6 33,3 - 17. BI 36,7 37,7 50 50 - -Institutas 37,1 37,8 53,4 48,5 4 7Iš pateiktų duomenų matyti, jog Institutas yra jaunas kolektyvas - mokslinio personalo(įskaitant doktorantus) amžiaus vidurkis nesiekia 40 metų, tačiau lyginant su 2006 m. mokslodarbuotojų dalis iki 35 m. amžiaus sumažėjo 5%.2.3. DoktorantūraLR Vyriausybės 2003 liepos 15 d. nutarimu Nr. 926 Biotechnologijos institutui kartu suVilniaus universitetu suteikta doktorantūros teisė biochemijos krypties (04 P) mokslo šakose:P 310 baltymai, enzimologija;P 320 nukleino rūgštys, baltymų sintezė.Tuo pačiu nutarimu Biotechnologijos institutui kartu su Vilniaus Gedimino technikosuniversitetu suteikta doktorantūros teisė chemijos inžinerijos mokslo krypties (05 T) mokslošakoje:T 490 biotechnologija.Instituto doktorantūroje 2007 m. studijavo 19 doktorantų; iš jų 4 doktorantai 2007 užbaigėdoktorantūros studijas, ir priimti 6 nauji doktorantai (lentelė 2.6.).Lentelė 2.6.Eil.Nr.LaboratorijaDoktorantai, doktorantūroslaikotarpisMokslošakaVadovasPastabos1. BNSTL R. Sukackaitė,2004-10-01–2008-10-01P 310V. Šikšnys2. D. Golovenko,2004-10-01–2008-10-01P 310S. Gražulis© Biotechnologijos institutas 9

Metinis pranešimas – 2007Eil.Nr.LaboratorijaDoktorantai, doktorantūroslaikotarpis3. N. Laurikietytė,2005-10-01–2009-10-014. G.Gasiūnas,2007-09-17-2011-09-175. DMTL R. Gerasimaitė,2003-09 15–2007-09-156. M. Gudeliauskaitė,2006-09-01-2010-09-017.Z. Liutkevičiūtė,2007-09-17-2011-09-178. T. Radzvilavičius,2007-09-17-2011-09-179. L. Antoniukas,2003-09 15–2007-09-1510. A. Bulavaitė,EGIL 2003-09 15–2007-09-1511. R. Petraitytė,2003-09 15–2007-09-1512. M. Juozapaitis,2004-10-01–2008-10-0113.E. Aleksaitė,2005-10-01–2009-10-0114. E. Čiplys,2007-09-17-2011-09-1715. BVTL L. Baranauskienė,2006-09-01–2010-09-0116. E. Kazlauskas,2007-09-17-2011-09-1717. E. Kučinskaitė,2005-10-01–2009-10-0118. ILBL I. Vainikonytė-Pečiulienė,2005-10-01–2009-10-0119. BI J. Višinskienė,2007-09-17-2011-09-17MokslošakaVadovasPastabosP 310 V. Šikšnys G. SasnauskaskonsultantasP 310P 310P 320P 320P 320V. ŠikšnysS. KlimašauskasS. KlimašauskasS. KlimašauskasS. KlimašauskasT 490 K. Sasnauskas 2005-05-09doktorantuipatvirtintasbiochemijoskrypties studijųplanas P320P 320P 320P 320P 320P 310P 320P 310T 490T 490P 310K. SasnauskasK. SasnauskasK. SasnauskasA. GedvilaitėK. SasnauskasD. MatulisG. DienysA. ŽvirblienėD. MatulisvietojeA. Kazlauskonuo 2006-09-27Č. Venclovas© Biotechnologijos institutas 10

Metinis pranešimas – 20072.4. Stažuotės užsienyjeDalis mokslo darbuotojų 2007 m. buvo stažuotėse užsienio laboratorijose. Duomenys apieužsienio stažuotes pateikti lentelėje 2.7.Lentelė 2.7.Eil.Nr.LaboratorijaPareigos, v., pavardė1. DMTL Mokslo darbuotojaD. Daujotytė2. DoktorantėM. Gudeliauskaitė3. EGIL DoktorantėE. Aleksaitė4.5.ILBLDoktorantė,I. KučinskaitėDoktorantėI. Pečiulienė6. LaborantėE. ČapkauskaitėStažuotės vieta, trukmėMRC Laboratory of Molecular Biology,Cambridge University, Kembridžas,Jungtinė Karalystė,2007.09.25-12.31Université Paul Sabatier, Laboratoire deMicrobiologie et de Génétique Moléculaire,Toulouse, Prancūzija.2007.11.03-11.23.Friedrich-Loeffler-Institute, Boddenblick 5a,D-17493 Greifswald - Insel Riems,Germany,2007.09.09-12.30Friedrich-Loeffler-Institute, Greifswald-Insel Riems, Vokietija,2007.01.08-02.09Karolinska Institute, Nobel MedicineInstitute, Stockholm, Švedija.2007.01-12Prancūzija2007.09.05-12.31© Biotechnologijos institutas 11

Metinis pranešimas – 20072.5. Personalo sveikatingumo rodikliaiInstituto medicinos punktas vykdo laikinojo nedarbingumo priežasčių apskaitą pagalSveikatos apsaugos ministerijos patvirtintą tarptautinę ligų klasifikaciją (žr. lentelę 2.8.), kuriojepateikti pastarųjų 5 metų duomenys.Lentelė 2.8.Rodiklis 2007 2006 2005 2004 20031. Nedarbingumo dėl ligų irtraumų atvejų skaičius100-ui darbuotojų27,0 19,4 22,1 18,4 11,92. Nedarbo dėl ligų ir traumųkalendorinių dienų skaičius100-ui darbuotojų419,6 299,3 395,7 225,4 2622007 m. nedarbingumo atvejų dėl darbuotojų ligų ir traumų padidėjo 39,1%, onedarbingumo kalendorinių dienų skaičius padidėjo 40,2%.© Biotechnologijos institutas 12

Metinis pranešimas – 20073. MOKSLINĖ VEIKLA3.1. Biudžeto tiesiogiai finansuojami moksliniai tyrimai2007 m. iš valstybės biudžeto finansuojami moksliniai tyrimai Biotechnologijos institutebuvo tęsiami pagal LR Vyriausybės 1998 m. liepos 2 d. nutarimu Nr. 825 (nauja nutarimoredakcija 2002 m. liepos 10 d. nutarimas Nr. 1102) patvirtintas veiklos kryptis:I kryptis: Įvairios paskirties rekombinantinių baltymų cheminiai, biologiniai irtechnologiniai tyrimai. Vadovas prof. habil. dr. K. Sasnauskas.II kryptis: Genų veiklos tyrimai mielėse. Vadovas prof. habil. dr. K. Sasnauskas, nuo2007-10-10 dr. G. ŽvirblisIII kryptis: Restrikcijos ir modifikacijos reiškinio molekuliniai genetiniai tyrimai.Vadovai: prof. habil. dr. S. Klimašauskas ir prof. dr. V. Šikšnys.2007 m. buvo vykdoma 11 mokslinių projektų (lentelė 3.1.).Lentelė 3.1.ProjektoNr.KryptisPavadinimasProjekto vadovas (-ai)1/07 I Monokloninių ir rekombinantinių antikūnų kūrimas. A. Žvirblienė2/07 I HIF-3α/IPAS pre-iRNR splaisingas reguliacija A. Kanopka3/07 I Tuberkuliozės molekulinės epidemiologijos tyrimai. P. Stakėnas4/07 I Vaistinių medžiagų kandidatų tyrimai struktūrinėstermodinamikos metodais5/07 I Baltymų sąveikos konservatyvumo trimatėje erdvėjepriklausomybės nuo sąveikaujančių baltymų foldoprigimties tyrimas6/07 II Chimerinių ir natyvių virusinių baltymų sintezėmielėse ir jų panaudojimas7/07 II DNR metiltransferazių struktūriniai funkciniaityrimai (tęsiamas)D. MatulisČ. VenclovasK. SasnauskasS. Klimašauskas8/07 III Restrikcijos endonukleazių mechanizmai V. Šikšnys09/07 III Restrikcijos endonukleazių erdvinės struktūrostyrimas10/07 III Naujus DNR taikinius atpažįstančių AloI restrikcijosendonukleazės mutantų tyrimas11/07 III MbiI restrikcijos endonukleazės struktūrinėsfunkcinėsorganizacijos tyrimas.V. ŠikšnysS. Jurėnaitė-UrbanavičiūtėK. Stankevičius© Biotechnologijos institutas 13

Metinis pranešimas – 20073.2. LVMSF subsidijuojami projektaiLietuvos valstybinis mokslo ir studijų fondas (LVMSF) 2007 m. finansavo šiuosBiotechnologijos instituto darbuotojų pateiktus mokslinių tyrimų projektus:Pramoninės biotechnologijos projektai1. sutartis Nr. N-03/07: „Naujų biokuro komponentų paieška ir antrosios kartos biodegalųgamybos technologiniai tyrimai“, vadovas Dr. B. Surinėnaitė, BVTL. Lėšos 300,0 tūkst. Lt.2. sutartis Nr. N-05/07: „Prolonguoto veikimo terapinės paskirties rekombinantinių baltymųtechnologijų kūrimas“, vadovas dr. G. Žvirblis, EGIL. Lėšos 350,0 tūkst. Lt.3. sutartis Nr. N-06/07: „Junginių, specifiškai slopinančių žmogaus karboanhidrazes, paieškabiotechnologiniais metodais“, vadovas dr. D. Matulis, BVTL. Lėšos 350,0 tūkst. Lt.4. sutartis Nr.N-08/07:„Metagenominiai Lietuvos karštų požeminių vandenų ekstremofilų virusųtyrimai naujų fermentų paieškai“, vadovė dr. A. Gedvilaitė, EGIL. Lėšos 250,0 tūkst. Lt.5. sutartis Nr. N-15/07: „Viroidų ir fitoplazmų detekcija ir pašalinimas iš biotechnologijospramonei vertingų augalų“, vadovas dr. R. Abraitis, EGIL. Lėšos 270,0 tūkst. Lt.Projektai pagal inicijuojamų mokslo programų kryptį:6. sutartis Nr. P-03/07:„Nauji fermentai ir technologijos epigenomo analizei“, vadovas prof.habil. dr. S. Klimašauskas, DMTL. Lėšos 351,0 tūkst. Lt.Mokslininkų grupių ar atskirų mokslininkų iniciatyva pateikti mokslinių tyrimų projektai:7. sutartis Nr. T – 13/07: „Unikalių mikroRNR ir siRNR metiltransferazės HEN1 struktūrinisfunkcinisryšys“, vadovas dr. G. Vilkaitis, DMTL. Lėšos 35,0 tūkst. Lt.8. sutartis Nr. T – 14/07: „Restrikcijos fermentų su pertrauktomis nukleotidų sekomis,mechanizmo tyrimas“, vadovas prof. V. Šikšnys, BNSTL. Lėšos 35,0 tūkst. Lt.9. sutartis Nr. T – 17/07: „Baltymų sąlygotų DNR konformacijos pokyčių tyrimai cheminiais irspektroskopiniais metodais“, vadovas dr. D. Daujotytė, DMTL. Lėšos 34,0 tūkst. Lt.10. sutartis Nr. T – 19/07: „Naujų restrikcijos endonukleazių konstravimas DNR taikinįatpažįstančių domenų rekombinacijos būdu“, vadovas dr. R. Rimšelienė, PGIL. Lėšos34,0 tūkst. Lt.11. sutartis Nr. T – 20/07: „Endonukleazės BfiI katalizuojamas nukleotidų prijungimas prieDNR: naujas DNR žymėjimo metodas“, vadovas dr. G. Sasnauskas BNSTL. Lėšos34,0 tūkst. Lt.12. sutartis Nr. T – 40/07: „H. Pylori J99 mutantų kolekcijos analizė“, vadovasdr. K. Stankevičius, PGIL. Lėšos 30,0 tūkst. Lt.13. sutartis Nr. T – 47/07:„Vaistams atsparios Mycobacterium tuberculosis molekulinėsepidemiologijos tyrimai“, dr. P. Stakėnas, ILBL. Lėšos 35,0 tūkst. Lt.14. sutartis Nr. T-48/07: „Mielių raiškos sistemos tobulinimas, pritaikant jas žmogaus virusųbaltymų sintezei“, vadovas dr. R. Slibinskas, EGIL. Lėšos 30,0 tūkst. Lt.15. sutartis Nr. T-53/07: „Kompiuterinio metodo, skirto tolimiems evoliuciniams ryšiams tarpbaltymų šeimų nustatyti, kūrimas“, vadovas dr. Č. Venclovas, BI. Lėšos 27,0 tūkst. Lt.© Biotechnologijos institutas 14

Metinis pranešimas – 200716. sutartis Nr. T – 83/07: „Hantavirusų epidemiologijos Lietuvoje tyrimai“, vadovasdr. A. Ražanskienė, EGIL. Lėšos 35,0 tūkst. Lt.Projektai pagal tarptautines sutartis17. sutartis Nr. V-04/07: „Molekuliniai įrankiai programuojamam RNR žymėjimui specifinėsesekose“, vadovas prof. S. Klimašauskas, DMTL. Lėšos 45,0 tūkst. Lt.Ūkio subjektų užsakymu vykdomi projektai:18. sutartis Nr. G-03/07: „Chimerinių VPD, skirtų monokloniniams antikūnams prieš tiksliniuspeptidus generuoti, dizainas, konstravimas, ekspresija ir gryninimas,. vadovasdr. A. Gedvilaitė, EGIL. Lėšos 45,0 tūkst. Lt.19. sutartis Nr. G-06/07: „Monokloninių antikūnų prieš tikslinius peptidus kūrimas“, vadovas dr.A. Žvirblienė, ILBL. Lėšos 50,0 tūkst. Lt.20. sutartis Nr.G-42/07: „Kviečių krakmolo gamybos šalutinių produktų racionalaus panaudojimogalimybių tyrimas“, vadovas prof. G. Dienys, BVTL. Lėšos 15,0 tūkst. Lt.21. sutartis Nr. 58/07:"Tymų viruso stabilaus nukleokapsidės baltymo gavimo technologijos kūrimasmielių ekspresijos sistemoje", vadovas Dr. R. Slibinskas, EGIL. Lėšos 20,0 tūkst. Lt.Taip pat LVMSF 2007 m. finansavo projektus, kuriuose Biotechnologijos institutodarbuotojai dalyvavo kaip partneriai:22. sutartis Nr. N-10/07-2:„Biokatalizatorių imobilizavimo ir jų panaudojimobiotechnologiniuose procesuose tyrimai“, vadovas dr. B. Surinėnaitė, BVTL, Lėšos 50,0tūkst. Lt. (VU koordinatorius).23. sutartis Nr. PBP-01/2007-C:„Vaisiniai augalai – natūralių antocianinų producentai“(ANTOCIANINAI),. Vadovas R. Ražanskas, EGIL, Lėšos 60,0 tūkst. Lt. (LSDI -koordinatorius).24. sutartis Nr. PBP-01/2007 „Augalų atsparumo šalčiui padidinimas biotechnologinėmispriemonėmis“ (Atsparumas šalčiui), vadovas dr. V. Kazanavičiūtė, EGIL. Lėšos123,0 tūkst. Lt.25. sutartis Nr. C-01/2007-2: „Lietuvoje paplitusių patogeniškų bakterijų atsparumasantibiotikams: molekulinė epidemiologija ir plitimo prevencija", vadovas dr. P. Stakėnas,ILBL. Lėšos 60,0 tūkst. Lt. (KMU koordinatorius).26. sutartis Nr. C-02/2007/MTDS -150000-1696: „Genetinių ir genominių lūpos ir (arba)gomurio nesuaugimo pagrindų tyrimai (GENOLOG)“, vadovas dr. A. Timinskas, BI, Lėšos15,8 tūkst. Lt. (VU koordinatorius).27. sutartis „Funkciniai baltymų nanodomenai (BaltNano)“, sutartis Nr. 100P-04/2007-BTI.Vadovas prof. habil. dr. S. Klimašauskas, DMTL, lėšos 87,5 tūkst. Lt. (FI koordinatorius).2005 m. iš LVMSF konkurso tvarka vykdomiems projektams gauta 1198,2 tūkst. Lt.(įskaitant ir LVMSF remiamus projektus, kuriuose BTI dalyvauja kaip partneris), 2006 – 1314,0tūkst. Lt. (1-14 projektai). 1071,6 tūkst. Lt. (1-8 projektai) +15,0 tūkst. Lt. (9 projektas) +227,4tūkst. Lt. (10-14 kaip partneriai projektuose remiamuose LVMSF). 2007 – iš pramoninėsbiotechnologijos (1-5) 1,52 mln., mokslininkų grupių (7-16 projektai) – 329,0 tūkst. Lt, ūkiosubjetų (18-21 projektai) – 130,0, iš partnerių projektuose (22-27) - 396,3. Viso kartu su© Biotechnologijos institutas 15

Metinis pranešimas – 2007partneriais (1-27 projektai) 2783,3 tūkst. Lt., jei be jų 2375,0 tūkst. Lt. Kontraagentams iš 2007vykdytų projetų išmokėta 583, 0 tūkst. Lt.3.3. Mokslinės sutartys su Lietuvos partneriaisInstitutas kiekvienais metais sudaro sutartis su Lietuvos nebiudžetiniais ir biudžetiniaissubjektais moksliniams tyrimams ir/ar eksperimentinei plėtrai vykdyti. Duomenys apieužsakovus ir sutarčių objektus pateikti lentelėje 3.2.Lentelė 3.2.Sut.Nr.05-407/06Užsakovas Vykdytojas –grupės vadovasUABFermentas11/07 UABFermentas711 UABFermentas01/07 UABProfarmaML61MuitinėslaboratorijaSutarties objektasA. Gedvilaitė Poliomos viruso VP1 dalelių,eksponuojančių specifiniuspeptidus, konstravimas.2006.09.13-2007.12.30A. Žvirblienė Monokloninių antikūnų prieštikslinius peptidus kūrimas.2007.04.01-2008.06.30V. Šikšnys Nauji fermentai ir technologijosepigenomo analizei.2007-11.26-2008.12.31R. Slibinskas Tymų viruso stabilausnukleokapsido baltymo gavimotechnologijos kūrimas mieliųekspresijos sistemoje.2007.10.01-2007.12.31A. Žvirblienė Galvijų lyties nustatymas mėsosbandiniuose, gautuose išUžsakovo.2007.01-12.18/07 Malsena G. Dienys Kviečių krakmolo gamybosšalutinių produktų racionalauspanaudojimo galimybių tyrimas.2007.07.01-2008.06.30Suma,tūkst. Lt.Pagal šias sutartis 2007 gauta 156,82 tūkst. Lt, 2006 m. su nebiudžetiniais subjektaisatlikta tyrimų už 70,0 tūkst. Lt., o 2005 - 398,4 tūkst. Lt. (čia buvo įskaityti ir LVMSF remiamiprojektai, kur BTI dalyvauja kaip partneris, o taip pat ir Pramoninės biotech galimybių studija) -faktiškai tokių sutarčių 2005 nebuvo pasirašyta ir lėšų iš viso negauta.45,050,020,020,06,8215,0© Biotechnologijos institutas 16

Metinis pranešimas – 20073.4. Dalyvavimas tarptautinėse mokslo programoseDuomenys apie 2007 m. Instituto mokslininkų užsienio grantus pateikiami (lentelėje 3.3.)Lentelė 3.3.Eil.Nr.FinansuojantiorganizacijaVykdytojas -gr. vadovasGranto objektas Trukmė Suma 2007tūkst. Lt1.Commission ofEuropeanCommunities,6 th FrameworkProgramme,Integrating andstrengtheningthe Europeanresearch areaV. Šikšnys(BNSTL)Meganucleases forgene replacement,MenuG2006-2008 186,2832.Commission ofEuropeanCommunities,Marie CurieActions,ResearchTrainingNetworkA multidisciplinaryapproach to thestudy of DNAenzymes down to thesingle molecule level2005-2009 49,23.EuroposSąjungos FP6LaserLabEurope kursutartisExploring themechanochemistryof DNA recognitionby restrictionendonucleases BfiIand Bse634I”, Nr.1299.2006-2007 -4.5.Commission ofEuropeanCommunities,6 th FrameworkProgramme,integratedprojectK. Sasnauskas(EGIL)A. Kanopka(ILBL)Rational design andcomparativeevaluation of novelgenetic vaccinesTargeting newlydiscovered oxygensensingcascades fornovel cancertreatments: Effect ofoxygen tension onsplicing2004-2008 149,9872004-2008 119,9© Biotechnologijos institutas 17

Metinis pranešimas – 2007Eil.Nr.6.7.8.9.10.FinansuojantiorganizacijaCommission ofEuropeanCommunities,Marie CurieInternationalRe-integrationProgrammeEuropeanCommunity,5 th FrameworkProgramme,Quality ofLife, RTDprojectsHowardHughesMedicalInstitute(JAV),Internationalscholarshipprogram forBaltics,Central andEasternEurope,Russia, andUkraineInternationalResearchTrainingGroupVykdytojas -gr. vadovasJ. Matulienė(BVTL)D. Matulis(BVTL)Granto objektas Trukmė Suma 2007tūkst. LtInhibition of Cancerby DisruptingInteraction BetweenPolo-like Kinase 1Polo-box Domainand Spindle TargetsDrug Design byStructuralThermodynamicsA. Pauliukonis Support for theintegration of“newly associatedstates” in theEuropean researcharea “BiotechnologyCentre of Excellenceof Lithuania”Č. Venclovas(BI)V. Šikšnysasocijuotaspartneris(BNSTL)Structuralcharacterization ofprotein interactionsin DNA replication,repair andrecombinationprocesses throughmolecular modelingEnzymes andmultienzymecomplexes acting onnucleic acids2006-2008 83,62004-2006 22,02003-2005 840,92006-2010 260,02006-2010 finansinėsparamosnėraPagal lentelėje pateiktus projektus Instituto mokslininkai 2007 gavo 1711,9 tūkst. Lt, -2006 gauta 1649,6 tūkst. Lt., 2005 gavo 1540,4 tūkst. Lt., 2004 m. gauta 1357,5 tūkst. Lt.3.5. Mokslinės sutartys (kontraktai) su užsienio partneriaisSutartys su užsienio subjektais moksliniams tyrimams ir eksperimentinei plėtrai vykdytisvarbus Instituto mokslininkų finansavimo šaltinis. Duomenys apie 2007 m. pasirašytas sutartissu užsienio subjektais pateikti lentelėje 3.4.© Biotechnologijos institutas 18

Metinis pranešimas – 2007Eil.Nr.Užsakovas Vykdytojas –grupėsvadovas1. Microimmune Ltd.,London, D. BritanijaSutarties objektasK. Sasnauskas Generation of measlesnucleocapsid protein fordiagnostics2. Micromun GmbH K. Sasnauskas Influenza virusų baltymųsintezės tyrimai mielėse3. Euroimmune AG,Liubeck, Vokietija4. Kinijos tymų centras,Pekinas5. Abcam Ltd., CambridgeScience Park,Cambridge, D. Britanija6. Santa CruzBiotechnology, JAVK. Sasnauskas Hantavirusų testavimo sistemųkūrimasLentelė 3.4.Suma,tūkst.Lt28,2146,315,5K. Sasnauskas 25,8A. Žvirblienė Distributorship agreement formarketing and distribution ofproductsA. Žvirblienė Monokloninių antikūnųtiekimas, vadovė A.Žvirblienė.Trukmė 2007.01-12 mėn.* 10% nuo parduotos produkcijos teks Biotechnologijos institutui.Pagal. 2007 sutartis su užsienio partneriais iš viso gauta 284,2 tūkst. Lt., 2006 m274,9 tūkst. Lt., 2005 - 140,9 tūkst. Lt., 2004 - 215,1 tūkst. Lt.37,331,13.6. Mokslinio bendradarbiavimo partneriaiDaug Instituto darbuotojų bendradarbiauja su Lietuvos ir užsienio mokslininkais. Taiatspindi lentelės 3.6. duomenys.Lentelė 3.6.BI darbuotojas Mokslinis partneris Bendradarbiavimo sritisV. ŠikšnysProf. Dr. C. Urbanke,Medizinische Hochschule, Hannover,VokietijaProf. Dr. S.E.Halford, BristolioUniversitetas, Jungtinė KaralystėProf. Dr. B.A. Connolly, NewcastleuniversitetasBaltymų oligomerinėsbūsenos ir denaturacijostyrimai analitinioultracentrifugavimo metoduRestrikcijos fermentųmechanizmai© Biotechnologijos institutas 19

Metinis pranešimas – 2007BI darbuotojas Mokslinis partneris Bendradarbiavimo sritisV. Šikšnys,S. Gražulis,V Šikšnys,G. Sasnauskas,M. ZarembaV. ŠikšnysG.TamulaitisČ. VenclovasA. TiminskasDr. M. Bochtler,Varšuvos IICMB, LenkijaProf.Dr. G. Wuite, Amsterdamo VrijeuniversitetasD. Dryden,Edinburgh Universitetas, JungtinėKaralystėDr. Krzysztof Ginalski,Varšuvos Universitetas, Varšuva, LenkijaDr. Daniel Barsky,Lawrence Livermore NationalLaboratory, Livermoras, Kalifornija, JAVDr. Penny Beuning,North Eastern University, Bostonas,Masačiusetso valstija, JAVProf. habil.dr. Vaidutis Kučinskas,Žmogaus genomo tyrimo centras,Vilniaus Universitetas,Vilnius, LietuvaRestrikcijos endonukleaziųstruktūriniai tyrimaiRestrikcijos fermentųmechanochemijaLaiko sklaidos fluorescencijaTolimų evoliucinių ryšių tarpbaltymų šeimų atpažinimaskompiuterinais metodaisDNR replikacijos baltymų irjų sąveikų charakterizavimaskompiuteriniais metodaisDNR replikacijos irreparacijos baltymų tyrimaiAterosklerozės patogenezėsbioinformacinė analizėS. KlimašauskasProf. Dr. Elmar Weinhold,Institut für Organische Chemie derRWTH, Aachen, VokietijaProf. Ya-Ming HouThomas Jefferson University,Philadelphia, JAVProf. Artūras Petronis,Centre for Addiction and Mental Health,University of Toronto, Toronto, KanadaProf. Xuemei Chen,University of California, Riverside, JAVDr. Yoshitaka Bessho, GSC RIKEN,Yokohama, JaponijaProf. Dr. Thomas Szyperski,State University of New York, Buffalo,JAVProf. Shoi Tajima,Institute for Protein Research, OsakaUniversity, Osaka, JaponijaNauji kofaktoriai DNRmetilazėmsRNR metilazių tyrimaiŽmogaus DNR metilinimotyrimaiRNR metilazių tyrimaiRNR metilazių tyrimaiDNR metilazių tyrimasmagnetinio branduoliųrezonanso spektroskopijaŽinduolių DNR metilaziųstruktūriniai - funkciniaityrimai© Biotechnologijos institutas 20

Metinis pranešimas – 2007BI darbuotojas Mokslinis partneris Bendradarbiavimo sritisK. SasnauskasDr. J. Bujnicki,International Institute of Cellular andMolecular Biology, Warsaw, LenkijaDr. Beatrice Clouet-dOrval,Universite Paul Sabatier, IBCG,Toulouse, PrancūzijaProf. Jaanus Remme,Estonian Biocenter, Tartu, EstijaDr. Andrey Kulbachinkiy,Institute of Molecular Genetics, Moscow,Rusija.Prof. Elizaveta Gromova,Moscow State University, Moscow,RusijaProf. J. Dilner,Malmo University, Malmo, ŠvedijaMetilazių kompjuterinismodeliavimasProgramuojamų RNRmetilazių tyrimaiRNR kovalentinėmodifikacijaRNR polimerazėsmechanizmo tyrimaiDNR metilazių tyrimaiPolyomos virusų diagnostikaK. SasnauskasR. Petraitytė,A. RažanskienėK. Sasnauskas,R. SlibinskasK. Sasnauskas,A. GedvilaitėA. Gedvilaitė,E. AleksaitėK. Sasnauskas,A. Gedvilaitė,A. Ražanskienė,R. Petraitytė,M. Juozapaitis,R. VorobjovienėK. Sasnauskas,M. JuozapaitisDr. Li Jin,HPA, London, JKDr. D. Samuel,HPA, London, JKE.Shikova,Bulgarija, Sofija. The Institute ofExperimental Pathology and ParasitologyDr. Ulrike Blohm,Institute for Novel and EmergingInfectious Diseases Greifswald - InselRiems, GermanyDr. R. Ulrich,Friedrich-Loeffler-Institut, FederalResearch Institute for Animal Health,Institute for Novel and EmergingInfectious DiseasesGreifswald - Insel Riems, VokietijaDr. M. Coiras, Dr. P.Perez-Brena,Virology Service,Virology Service, Instituto de SaludCarlos III, Madrid, IspanijaRubella ir hantaan virusųdiagnostikaTymų ir kiaulytės virusųdiagnostikaPolyomos ir papilomosvirusų testavimasPriešvėžinių vakcinų kūrimasHantavirusai, polyomosvirusai, priešvėžinėsvakcinos, pasiutligės virusaiKvėpavimo virusų PIV irRSV baltymų sintezė mielėse© Biotechnologijos institutas 21

Metinis pranešimas – 2007BI darbuotojas Mokslinis partneris Bendradarbiavimo sritisK. Sasnauskas,A. BulavaitėR. Abraitis,A. AbraitienėG. Žvirblis,M. JuozapaitisL. AntoniukasK. Sasnauskas,A. Ražanskienė,R. PetraitytėProf. W. Michalski,CSIRO Livestock Industries, Geelong,AustralijaProf. W. Gerlich, dr. D. Glebe,Institute of Virology, Giessen University,Giessen, VokietijaProf. Paul Pumpens,Biomedical Research and Study Centre,Riga, LatvijaDr. E.Verschoor,Department of Virology, BiomedicalPrimate Research Centre, Rijswijk, TheNetherlandsProf. F-L. Cosset,Ecole Normale Superiore, Lyon, FranceProf. Robert E. Davis,Dr. Robert A. Owens,Dr. Rosemarie W. HammondPlant Sciences Institute, Beltsville,U.S.A.dr. Rasa Jomantienė,dr. Deividas Valiūnas,Botanikos institutasdr. Gražina Stanienė,dr. Danguolė Kavaliauskaitė ,Lietuvos sodininkystės ir daržininkystėsinstitutasProf. Dr. Martin Schwemmle,Dept. of Virology, University of FreiburgDr. Ulrich Kessler, Institut fürPharmazeutische Wissenschaften, ETHZürich. Gripo viruso polimerazės raiškamielėseProf. U.Reichel, H.Grammel,Max Plank Institute for Dynamics ofComplex Technical Systems, Magdeburg,GermanyDr. R.Moll, EUROIMMUN AG,Seekamp 31, 23560 LübeckNipah, Hendra ir Menanglevirusų baltymų sintezėmielėseŽmogaus hepatito B virusiniųbaltymų ir ląstelių sąveikostyrimaiVirusus primenančios dalelėsir jų taikymasPoliomos virusai ir jųtestavimas.VSV-G ir HCV virusųepitopų ekspozicija daleliųpaviršiujeViroidų ir fitoplazmų paieškasodo augaluoseGripo viruso polimerazėsraiška mielėseHantavirusų nukleokapsidųgryninimo technologijosHantavirusų testavimosistemų kūrimas© Biotechnologijos institutas 22

Metinis pranešimas – 2007BI darbuotojas Mokslinis partneris Bendradarbiavimo sritisR. SlibinskasA. ŽvirblienėA. KanopkaP. StakėnasD. MatulisDr. T.Pohl,Wittmann Institute of Technology andAnalysis of Biomolecules (WITA),Teltow, Germany.Dr. V. Gorboulev,Wurzburg University, Wurzburg,VokietijaDr. R. Ulrich,Friedrich-Loeffler-Institute,Wusterhausen, VokietijaProf. L. Poellinger,Karolinska Institute, Stockholm, ŠvedijaDr. J. Makino,Tokyo University, Tokyo, JaponijaProf. E. Pettersen,Oslo University, Oslo, NorvegijaProf. P. Ebbesen,Aalborg University, Aalborg, DanijaDr. B. Wouters,Mastricht University, Mastricht, Holland-Dr.V. Baumanis,Latvijos Universitetas, Riga, LatvijaDr. A. Sosnovskaja, dr. E. Davidavičienė,Respublikinė tuberkuliozės ir infekciniųligų universitetinė ligoninė, Vilnius,LietuvaDr. I. Devaux,Institut de veille sanitaire (InVS), Sant-Maurice, PrancūzijaDr. K. Kremer, Dr. H. Heersma,National Institute of Public Health andEnvironment (RIVM), Bilthoven,OlandijaProf. Seppo Parkkila,Institute of Medical Technology,University of Tampere, Tampere, FinlandProteominės analizėstechnologijosOrganinių katijonųreceptoriaus (hOCT)imunocheminiai tyrimaiVirusinių antigenųimunologiniai tyrimaiiRNR pokyčiai susidarędioksino receptoriaus mRNAbrendimo metu bei ląsteliųatsakas į stresąLąstelių atsakas į stresąDeguonies sensoriaiDeguonies sensoriaiLąstelių atsakas į stresąTuberkuliozės tyrimaiKarboanhidrazių sritis© Biotechnologijos institutas 23

Metinis pranešimas – 2007BI darbuotojas Mokslinis partneris Bendradarbiavimo sritisProf. Claudiu Supuran,Universita Degli Studi Di Firenze,Dipartimento Di Chimica, ItalijaMatthew Todd, Dr., Johnson&Johnson,Exton, USAGauti dovanoti prietaisai3.7. Disertacijų gynimas2007-03-29 fizinių mokslų srities biochemijos krypties daktaro laipsniui gauti disertaciją„Kristalografiniai ir funkciniai II tipo restrikcijos endonukleazių Eco57I ir SdaI tyrimai”(Crystallographic and Functional Investigations of Type II Restriction Endonucleases Eco57I andSdaI) eksternu apgynė BNSTL jaunesnioji m. d. G. Tamulaitienė. Eksterno moksliniaikonsultantai prof. dr. V. Šikšnys ir dr. S. Gražulis2007-04-19 fizinių mokslų srities biochemijos krypties daktaro laipsniui gauti disertaciją„II tipo restrikcijos endonukleazių domeninės organizacijos tyrimas“ eksternu apgynė PGILjaunesnysis m. d. A. Jakubauskas. Eksterno mokslinis konsultantas: prof. dr. V. Šikšnys.2007-10-12 fizinių mokslų srities biochemijos krypties daktaro laipsniui gauti disertaciją“Metiltransferazių katalizuojamas funkcinių grupių įvedimas specifinėse sekose“ eksternuapgynė DMTL jaunesnysis m. d. G. Lukinavičius. Eksterno mokslinis konsultantas prof.habil. dr. S. Klimašauskas.2007-10-30 fizinių mokslų srities biochemijos krypties daktaro laipsniui gauti disertaciją„Restrikcijos endonukleazė Mnl - HNH nukleazių šeimos atstovė” eksternu apgynė PGILjaunesnioji m.d. E. Kriukienė. Eksternės mokslinis konsultantas dr. A. Lubys.© Biotechnologijos institutas 243.8. Mokslinės veiklos pripažinimo ženklaiLJMS diplomas už geriausias 2006 m. disertacijas įteiktas dr. M. Zarembai už disertaciją„Structure-stability-function correlations within the tetrameric restriction endonuclease Bse634I“(„Tetramerinės restrikcijos endonukleazės Bse634I struktūros, stabilumo ir funkcijos ryšys“).Lietuvos Mokslų akademijos 2006 Jaunųjų mokslininkų mokslinių darbų konkursopremija paskirta G. Tamulaičiui už darbą “Restrikcijos endonukleazių atpažįstančių giminingassekas Ecll8kI ir EcoRII sąveikos su DNR tyrimas“. Premija įteikta 2007-03-20.Už 2005-2006 metais atliktus restrikcijos endonukleazių biocheminius tyrimus suteiktaValstybės stipendija jaunajam mokslininkui dr. G. Sasnauskui.Prof. S. Klimašauskui suteikta Aukščiausio laipsnio valstybės stipendija.Geriausio stendinio pranešimo autoriumi FEBS konferencijoje „DNA and RNAmodification Enzymes: Comparative Structure, Mechanism,” pripažintas G. Lukinavičius –Aussois, France, 2007.09.11-16.Daumantas Matulis – premija (100.000 Lt), Telia Sonera kompanijos projektas “Kryptisnamo.

Metinis pranešimas – 20074. MOKSLINĖ PRODUKCIJA4.1. Mokslinė produkcija: kiekybiniai rodikliai2007-ųjų metų mokslinė produkcija, ir jos palyginimas su 2006 m. rezultatais parodyti4.1 lentelėje.Lentelė 4.1.RezultataiNatūrineišraiška*2007 2006 Skirtumas 07-06BTI autoriųindėlispagal ofic.Skaičiavimą*Natūrineišraiška*BTI autoriųindėlispagal ofic.skaičiavimą**1. Monografijos - -2. Straipsniaižurnaluose, kuriereferuojamiMokslinėsinformacijosinstituto (ISI)Mokslo citavimoindeksųpagrindiniųrecenzuojamųleidinių sąraše3. Straipsniaikituose užsienioleidiniuose4. StraipsniaiLietuvosžurnaluose5. Užsienyje gautipatentai6. Lietuvospatentai7. Parduotalicenzijų8. ApgintadisertacijųNatūrineišraiška*BTIautoriųindėlispagal ofic.Skaičiavimą*24 10,835 20 8,45 4 +2,3852 1,67 7 3,72 -5 -2,055 2,18 9 6,12 -4 -3,941 01 0,75 - - - -1 - 1 - - -4 - 5 - -1 -© Biotechnologijos institutas 25

Metinis pranešimas – 2007*Natūrine išraiška: visi Instituto darbuotojų paskelbti straipsniai, patentai, neatsižvelgiantį tai ar Institutas paminėtas tarp autorių institucijų ar ne, bei neatmetant kitų institucijų autoriųdalies;**Pagal SKVC taisykles: tik publikacijos, kuriose paminėtas BI, atmetant kitų institucijųautorių dalį.Instituto laboratorijų mokslinių publikacijų rodikliai pateikti lentelėje 4.2.Lentelė 4.2.Mokslo darbuotojųPublikacijų skaičius *2Laboratorijaskaičius *1 Iš viso Vienam mokslodarbuotojui2007 2006 2007 2006 2007 2006BNSTL 12 11 2,92 3,24 0,24 0,29DMTL 11 9 1,835 0,14 0,17 0,07PGIL 6 6 1,13 1,83 0,19 0,31EGIL 17,25 13 1,8 1,81 0,1 0,13BVTL 13,5 8,5 1,16 0,49 0,09 0,06ILBL 8 9 1,654 0,76 0,18 0,08BL 5 4 0,33 0,17 0,07 0,04Iš viso: 72,75 60,5 10,835 8,44 0,15 0,14* 1 Faktiškai dirbančių mokslo darbuotojų skaičius, žr. lentelę 2.3.* 2 Publikacijos – straipsniai užsienio spaudoje ir užsienio patentai, vertinant juos pagalSKVC taisykles.Publikacijų skaičius vienam mokslo darbuotojui, vertinant pagal SKVC taisykles, 2005pasiekęs aukščiausią lygį 0,30 per pastaruosius penkerius metus, paskutiniaisiais metaissumažėjo 0,14-0,15. Mažėja. 2000 m. – 0,16; 2001 – 0,18; 2002 – 0,21, 2003 – 0,18, 2004 -0,11 (kritiškai žemas), 2005- 0,30, 2006 – 0,14. Paskirų laboratorijų publikacijų skaičiausrodikliai yra grynai dėl statistikos, nes lentelės 4.2. duomenys neatspindi publikacijų kokybės.4.2. Mokslinė produkcija: sąrašasBaltymų nukleorūgščių sąveikos tyrimo laboratorija1. Sasnauskas G., Connolly B.A., Halford S.E., Siksnys V. Site-specific DNA transesterificationcatalyzed by a restriction enzyme. Proc Natl. Acad. Sci. U S A. 2007 104(7):2115-20.IF 1 9,643/8,267 AIF 2 Multidisciplinary Sciences, taškai 3 56,1, BTI autorių indėlis į publikaciją 4 0,51 Žurnalo svorio koeficientas pagal 2006 duomenis2 Visuminis svorios koeficientas, mažiausias, jei žurnalas priskiriamas kelioms dalykinėms kategorijas pagal ISIWOS3 Taškai suskaičiuoti pagal Mokslo ir studijų institucijų mokslinės produkcijos formaliojo vertinimo metodiką,ŠMM ministro 2006-04-12 įsakymas Nr. ISAK-685 p.10 ir p.18© Biotechnologijos institutas 26

Metinis pranešimas – 20072. Kaus-Drobek M., Czapinska H., Sokolowska M., Tamulaitis G., Szczepanowski R.H., UrbankeC., Siksnys V., Bochtler M. Restriction endonuclease MvaI is a monomer that recognizes itstarget sequence asymmetrically. Nucleic Acids Res. 2007 35(6):2035-46.IF 6,317/4,338 AIF Biochemistry and Molecular Biology, taškai 36,8, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,253. Sukackaite R., Lagunavicius A., Stankevicius K., Urbanke C., Venclovas C., Siksnys V.Restriction endonuclease BpuJI specific for the 5'-CCCGT sequence is related to the archaealHolliday junction resolvase family. Nucleic Acids Res. 2007 35(7):2377-89.IF 6,317/4,338 AIF Biochemistry and Molecular Biology, taškai 86,97, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,834. Sokolowska M, Kaus-Drobek M, Czapinska H, Tamulaitis G., Szczepanowski RH, Urbanke C,Siksnys V. Bochtler M. Monomeric Restriction Endonuclease BcnI in the Apo Form and in anAsymmetric Complex with Target DNA. J Mol Biol. 2007 8;369(3):722-34.IF 4,89/4,338 Biochemistry and Molecular Biology, taškai 31,95, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,255. Tamulaitis G, Zaremba M, Szczepanowski RH, Bochtler M, Siksnys V. Nucleotide flipping byrestriction enzymes analyzed by 2-aminopurine steady-state fluorescence. Nucleic Acids Res.2007 35(14):4792-9.IF 6,317/4,338 AIF Biochemistry and Molecular Biology, taškai 76,7, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,66. Sokolowska M., Kaus-Drobek M., Czapinska H., Tamulaitis G., Siksnys V., Bochtler M.Restriction endonucleases that resemble a component of the bacterial DNA repair machinery CellMol Life Sci. 2007 64(18):2351-7.IF 4,655/4,338 AIF Biochemistry and Molecular biology, taškai 35,85, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,337. Shlyakhtenko LS, Gilmore J, Portillo A, Tamulaitis G, Siksnys V, Lyubchenko YL. DirectVisualization of the EcoRII-DNA Triple Synaptic Complex by Atomic Force Microscopy.Biochemistry. 2007,46(39):11128-36.IF 3,638/4,338 AIF Biochemistry and Molecular Biology, taškai 25,9, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,33DNR modifikacijos tyrimų laboratorija8. Lukinavicius G., Lapiene V., Stasevskij Z., Dalhoff C, Weinhold E, Klimasauskas S. Targetedlabeling of DNA by methyltransferase-directed transfer of activated groups (mTAG). J. Am.Chem. Soc. 2007 129(10):2758-9.IF 7,696/3,366 AIF Chemistry, multidisciplinary , taškai 92,92, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,679. Klimasauskas S., Weinhold E. A new tool for biotechnology: AdoMet-dependentmethyltransferases. Trends Biotechnol. 2007 25(3):99-104.IF 7,955/2,899 AIF Biotechnology and Applied Microbiology, taškai 79,33, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,510. Subach O.M., Maltseva D.V., Shastry A., Kolbanovskiy A., Klimasauskas S., Geacintov N.E.,Gromova E.S.. The stereochemistry of benzo[a]pyrene-2'-deoxyguanosine adducts affects DNAmethylation by SssI and HhaI DNA methyltransferases. FEBS J. 2007 274(8):2121-34.]IF3,033/4,338 AIF Biochemistry and Molecular Biology, taškai 12,64 , BTI autorių indėlis į publikaciją 0,1411. Sevostyanova A., Feklistov A., Barinova N., Heyduk E. Bass I., Klimasauskas S, Heyduk T.,Kulbachinskiy A. Specific recognition of the -10 promoter element by the free RNA polymerasesigma subunit. J Biol Chem. 2007 82(30):22033-9.IF5,808/4,338 AIF Biochemistry and Molecular Biology, taškai 15,2, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,12512. Yang Z, Vilkaitis G, Yu B, Klimasauskas S, Chen X. Approaches for Studying MicroRNA andSmall Interfering RNA Methylation In Vitro and In Vivo. Methods Enzymol. 2007;427:139-54.IF 1,695 /4,338 AIF Biochemistry and Molecular Biology, taškai 23,5, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,413. Gerasimaitė R. and Klimašauskas S., Novel approaches to engineering sequence-specificity ofDNA cytosine-5 methyltransferases, FEBS Journal 274 (Suppl. 1) p. 259, Vienna, Austria, June 7-4 BTI Autorių indėlis į publikaciją suskaičiuotas pagal Mokslo ir studijų institucijų mokslinės ir su ja susijusioskitos veiklos ataskaitos pildymo taisykllių, ŠMM ministro 2006-04-12 įsakymas Nr. ISAK-685, p. 4.1© Biotechnologijos institutas 27

Metinis pranešimas – 200713, 2007.taškai 6, BTI autorių indėlis į publikaciją 1,0Prokariotų genų inžinerijos laboratorija14. Jakubauskas A., Giedriene J., Bujnicki JM, Janulaitis A. Identification of a Single HNH ActiveSite in Type IIS Restriction Endonuclease. J. Mol. Biol. 2007, 370(1):157-69.IF 4,89/4,338 AIF Biochemistry and Molecular Biology, taškai 68,84, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,6315. Jurenaite-Urbanaviciene S., Serksnaite J., Kriukiene E., Giedriene J., Venclovas C., Lubys A.Generation of DNA cleavage specificities of type II restriction endonucleases by reassortment oftarget recognition domains. Proc Natl Acad Sci U S A. 2007, 104 (25):10358-10363.IF9,643/8,267 AIF Multidisciplinary sciences, taškai 61,36, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,67Eukariotų genų inžinerijos laboratorija16. Mindaugas Juozapaitis, Andrius Serva, Aurelija Zvirbliene, Rimantas Slibinskas, JuozasStaniulis, Kestutis Sasnauskas, Brian J. Shiell, Lin-Fa Wang and Wojtek P. Michalski.Generation of henipavirus nucleocapsid proteins in yeast Saccharomyces cerevisiae //VirusResearch. ISSN 0168-1702. 2007, 124(1-2):95-102.IF 2,783/3,838 AIF Virology, taškai 49,92, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,5617. Lundstig A, Stattin P, Persson K, Sasnauskas K, Viscidi RP, Gislefoss RE, Dillner J. No excessrisk for colorectal cancer among subjects seropositive for the JC polyomavirus. Int J Cancer.2007, 121, 1098-1102.IF 4,7/4,477 AIF Oncology, taškai 19,64, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,1418. Juozapaitis M., Serva A., Kucinskaite I., Zvirbliene A., Slibinskas R., Staniulis J, SasnauskasK., Shiell B.J., Bowden T.R., Michalski W.P. Generation of menangle virus nucleocapsid-likeparticles in yeast Saccharomyces cerevisiae. J. Biotechnol. 2007 Jul 15;130(4):441-7.IF2,600/2,899 AIF Biotechnology and Applied Microbiology, taškai 59,2, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,619. Essbauer S., Schmidt-Chanasit J., Madeja E.L., Wegener W., Friedrich R., Petraityte, R.,Sasnauskas K., Jacob J., Koch J., Dobler G., Conraths F.J., Pfeffer M., Pitra C., Ulrich R.Nephropathia epidemica outbreak in a metropolitan area, Germany. Emerging InfectionsDiseases, 2007, 13 (8), 1271-1273. ISSN: 1080-6040.IF 5,094/3,503 AIF infectious Diseases, taškai 41,58, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,2520. Lawatscheck R, Aleksaite E., Schenk JA, Micheel B, Jandrig B, Holland G, Sasnauskas K.,Gedvilaite A., Ulrich RG.Chimeric Polyomavirus-Derived Virus-Like Particles: TheImmunogenicity of an Inserted Peptide Applied without Adjuvant to Mice Depends on ItsInsertion Site and Its Flanking Linker Sequence. Viral Immunol. 2007, 20(3):453-60.IF 2,133/3,838 AIF Virology, taškai 34,9, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,3321. Petraityte R., Jin L, Hunjan R, Razanskiene A., Zvirbliene A., Sasnauskas K. Detection ofHantaan Virus-Specific IgG and IgM in Oral Fluid Using Yeast Expressed RecombinantNucleocapsid Protein. Clin Vaccine Immunol. 2007, 14 (12):1603-1308.taškai 5,66, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,6722. Arvydas Dargevičius, Rasa Petraitytė, Birutė Sribikienė, Elvyra Šileikienė, LoretaRazukevičienė, Edita Žiginskienė, Rita Vorobjovienė, Aušra Ražanskienė, KęstutisSasnauskas, Inga Arūnė Bumblytė, Vytautas Kuzminskis. Antikūnų prieš Hanta virususpaplitimas tarp ligonių, sergančių lėtiniu inkstų nepakankamumu ir gydomų hemodialize Kaune irKauno apskrityje. Medicina (Kaunas) 2007; 43 Suppl. 1:72-76. Kauno medicinos universitetoNefrologijos klinika, 1Biotechnologijos institutas, 2UAB „Kauno dializės centras“, 3„GambroHealthcare Lietuva“taškai 3,1, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,3623. Juozapaitis M, Antoniukas L. Influenza virus. Medicina (Kaunas). 2007;43(12):919-29taškai 6, BTI autorių indėlis į publikaciją 1,0© Biotechnologijos institutas 28

Metinis pranešimas – 200724. Schweighofer A, Kazanaviciute V, Scheikl E, Teige M, Doczi R, Hirt H, Schwanninger M, KantM, Schuurink R, Mauch F, Buchala A, Cardinale F, Meskiene I. The PP2C-Type PhosphataseAP2C1 Negatively Regulates MPK4 and MPK6 and Modulates Innate Immunity and JasmonicAcid and Ethylene Levels in Arabidopsis I. Plant Cell. 2007, 19(7):2213-24. be BTIIF 9,868/2,165 AIF Plant SciencesBiotermodinamikos ir vaistų tyrimo laboratorija25. Zaveckas M., Zvirbliene A., Zvirblis G., Chmieliauskaite V., Bumelis V., Pesliakas H. Effect ofsurface histidine mutations and their number on the partitioning and refolding of recombinanthuman granulocyte-colony stimulating factor (Cys17Ser) in aqueous two-phase systemscontaining chelated metal ions. J. Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci. 2007 1;852(1-2):409-19.IF 2,647/2,384 AIF Chemistry, Analytical, taškai 29,8, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,3326. Dudutiene V., Baranauskiene L., Matulis D. Benzimidazo[1,2-c][1,2,3]thiadiazole-7-sulfonamides as inhibitors of carbonic anhydrase. Bioorg. Med. Chem. Lett. 200715;17(12):3335-8.IF 2,538/2,499 AIF Chemistry, Medicinal, taškai 60,3, BTI autorių indėlis į publikaciją 1,027. T. Romaškevič, S. Budrienė, A. Liubertienė, I. Gerasinčik, A. Zubrienė and G. Dienys. (2007)Synthesis of chitosan-graft-poly(ethylene glycol) methyl ether methacrylate copolymer and itsapplication for immobilization of maltogenase. Chemija. 2007. Vol.18. No.2. P.33-38.taškai 1,41, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,33.Imunologijos ir ląstelės biologijos laboratorija28. Zvirbliene A., Kucinskaite I., Sezaite I., Samuel D., Sasnauskas K. Mapping of B cell epitopesin measles virus nucleocapsid protein. Arch Virol. 2007, 152, 25-39.IF 1,85/3,838 AIF Virology, taškai 50,17, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,829. Makino Y., Uenishi R., Okamoto K., Isoe T., Hosono O., Tanaka H., Kanopka A., Poellinger L.,Haneda M., Morimoto C. Transcriptional upregulation of ipas gene expression by HIF-1: Anegative feedback regulatory circuit in HIF-1-mediated signaling in hypoxic cells. J Biol Chem.2007 282(19):14073-82.IF5,808/4,338 AIF Biochemistry and Molecular Biology, taškai 15,7, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,130. Kucinskaite I., Juozapaitis M, Serva A., Zvirbliene A., Johnson N., Staniulis J., Fooks A.R.,Müller T., Sasnauskas K., Ulrich R.G. Antigenic characterization of yeast-expressed lyssavirusnucleoproteins. Virus Genes 2007, 35(3):521-9.IF 1,102/3,838 AIF Virology, taškai 38,7, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,531. Žvirblienė A., Gedvilaitė A., Ulrich, R., Sasnauskas K. Monokloninių antikūnų gavimo būdas,hibridomos, gautos šiuo būdu, ir rekombinantinės chimerinės į virusus panašios dalelės suįterptais kitų baltymų fragmentais kaip imunogenai hibridomų gavimui šiuo būdu. Patento Nr.5414.BTI autorių indėlis į publikaciją 0,75Bioinformatikos laboratorija32. Albertas Timinskas, Zita Aušrelė Kučinskienė, Vaidutis Kučinskas. Atherosclerosis: alterationsin cell communication. ACTA MEDICA LITUANICA. 2007. VOLUME 14. No. 1. P. 24–29.taškai 2,82, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,3333. Dovilė Rudokaitė-Margelevičienė, Henrikas Pranevičius, Mindaugas Margelevičius. DataClassification Using Dirichlet Mixtures. INFORMATION TECHNOLOGY AND CONTROL,2006, Vol.35, No. 2taškai 1,41, BTI autorių indėlis į publikaciją 0,16© Biotechnologijos institutas 29

Metinis pranešimas – 20074.3. Konferencijų, simpoziumų medžiaga2007 m. Instituto darbuotojai pateikė įvairių konferencijų ar simpoziumų organizatoriamspranešimų tezes (abstracts), kurios buvo atspausdintos konferencijų ar simpoziumų medžiagoje,nepriklausomai nuo to ar autorius dalyvavo konferencijoje ar ne. Žemiau pateikiamas tokiųpranešimų tezių sąrašas.Baltymų – nukleorūgščių sąveikos tyrimo laboratorija1. Zaremba M., Zakrys L., Venclovas C., Siksnys V. Engineering of restrictionendonuclease with redirected substrate specificity by domain fusion. 7 th InternationalMeeting of Recognition Studies in Nucleic Acids (NACON VII), Sheffield, DidžiojiBritanija, 04.1-5.2. Sasnauskas G., Halford S.E., Connolly B.A., Siksnys V. Site-specific DNAtransesterification catalysed by a restriction enzyme. 7 th International Meeting onRecognition Studies in Nucleic Acids (NACON VII), Sheffield University, Sheffield,Didžioji Britanija, 04.01-05.3. Tamulaitis G., Bochtler M., Siksnys V. Analysis of nucleotide flipping by restrictionenzymes using 2-AP as a probe“ konferencijoje „7 th International Meeting of RecognitionStudies in Nucleic Acids (NACON VII)” Šefildo Universitetas, Šefildas, DidžiojiBritanija, 04.-05.4. Kubala M., Biochemical and Structural Studies of TauI and PfoI restrictionendonucleases; Marie Curie Research Training Network “DNA Enzymes”- middle termmeeting; Institute if Biotechnology, Vilnius, Lietuva, 09.02-05.5. Owsicka A.Structure-function relationships within Ecl18KI restriction enzyme: briefintro into the project“,Marie Curie Research Training Network “DNA Enzymes”- middleterm meeting, Institute if Biotechnology, Vilnius, Lietuva, 09.02-05.6. Siksnys V., Tamulaitis G., Zaremba M., Szczepanowski R. and Bochtler M.. Nucleotideflipping is employed by restriction enzymes to achieve specificity and adjust the cleavagepattern. NACON VII 7th International Meeting on Recognition Studies in Nucleic Acids,Sheffield, 04.01-05.7. Siksnys V., Tamulaitis G., Zaremba M., Szczepanowski R. and Bochtler M.. Nucleotideflipping by restriction enzymes: a novel mechanism to achieve specificity. IRTG meetingSuzdal, Russia, 06.20-24.8. Siksnys V., Tamulaitis G., Zaremba M., Szczepanowski R.and Bochtler M. Restrictionenzymes employ base flipping to engineer new specificities. Enzyme EngineeringConference, Dalian, China, 07.22-27.9. Tamulaitis G., Bochtler M., and Siksnys V. Analysis of nucleotide flipping byrestriction enzymes using 2-AP as a probe. NACON VII 7th International Meeting onRecognition Studies in Nucleic Acids, Sheffield, 04.01-05.| DNR modifikacijos tyrimų laboratorija10. Gerasimaitė R. and Klimašauskas S. Novel approaches to engineering sequencespecificityof DNA cytosine-5 methyltransferases, FEBS Journal 274 (Suppl. 1) p. 259,Vienna, Austria, 06.7-13.11. Gudeliauskaite M., Clouet d’Orval B. and Klimasauskas S. Reconstitution of anarchaeal C/D box RNP containing an sRNA K-loop structure, Abstracts of the FEBS© Biotechnologijos institutas 30

Metinis pranešimas – 2007Workshop „DNA and RNA modification Enzymes: Comparative Structure, Mechanism,Function and Evolution“, Aussois, France, 09.11-16.12. Daujotytė D., Liutkevičiūtė Z., Leinartaitė L., Gražulis S. and Klimašauskas S.Structural snapshots of flipped-out bases in HhaI methyltransferase-DNA complexes.Abstracts of the FEBS Workshop “DNA and RNA MODIFICATION ENZYMES:Comparative Structure, Mechanism, Function and Evolution”, 09.11-16.13. Lukinavičius G., Lapienė V., Weinhold E. and Klimašauskas S. Targeted labeling ofDNA by methyltransferase-directed Transfer of Activated Groups, Abstracts of the FEBSWorkshop “DNA and RNA modification Enzymes: Comparative Structure, Mechanism,Function and Evolution”, Aussois, France, 09.11-16.14. Vilkaitis G., Kavaliauskas D., Plotnikova A. and Klimašauskas S. Structural andfunctional analysis of the micro RNA methyltransferase HEN1. Abstracts of the FEBSworkshop „DNA and RNA modification Enzymes: Comparative Structure, Mechanism,Function and Evolution“, Aussois, France, 09.11-16.15. Lukinavičius G., Lapienė V., Weinhold E. ir Klimašauskas S. Targeted labeling ofDNA by methyltransferase-directed Transfer of Activated Groups, Abstracts of the ESFEuropean Conference on Synthetic Biology, Sant Feliu de Guixol, Spain,11.24-29.Eukariotų genų inžinerijos laboratorija16. Slibinskas R., Čiplys E., Samuel D., Žvirblienė A., Sasnauskas K. Synthesis of humanvirus surface glycoproteins induces stress response in yeast cells. II internationalConference on Environmental, Industrial and Applied Microbiology, Seville (Spain),11.28–12.1.Biotermodinamikos ir vaistų tyrimo laboratorija17. Surinenaite B., Bendikiene V., and Juodka B. The effect of alcohols on catalytic activityof Pseudomonas mendocina 3121-1 lipase. Abstracts of 2 nd International Conference onEnvironmental, Industrial and Applied Microbiology, Seville, Spain, 11.28–12.1.© Biotechnologijos institutas 31

Metinis pranešimas – 20075. EDUKACINĖ IR VISUOMENINĖ VEIKLAVienas iš svarbiausių Lietuvos mokslo politikos elementų yra mokslo ir studijųintegracija, t.y. valstybinių mokslo institutų darbuotojų dalyvavimas universitetų edukacinėjeveikloje ir aktyvesnis universitetų dėstytojų dalyvavimas moksliniuose tyrimuose.5.1. Paskaitos ir pratybos universitetuose2007 m. šie instituto mokslininkai skaitė paskaitas ar vedė laboratorinius darbusuniversitetuose (lentelė 5.1.)Lentelė 5.1.Eil.Nr.Lektorius Kurso pavadinimas Universitetas,specialybė; kursas1. D. Matulis Baltymų biofizikinė chemijapaskaitos/pratybosVU, biochemija;magistrantai, II k.Val. sk.482. A. Gedvilaitė Molekulinė biologija sumolekulinės genetikospagrindais3. Biotechnologija4.A. KanopkaBiotechnologijos laboratoriniaiVGTU, bioinžinerija;magistrantai, I k.KTU,biotechnologija;bakalaurai, IV k.KTU,taikomoji chemija;bakalaurai, IV k.KTU,biotechnologija irtaikomoji chemija,bakalaurai, IV k5. S. Klimašauskas Nukleorūgščių chemija VU, biochemija;magistrantai, I k.VGTU, bioinžinerija;magistrantai, I k.6. A. TiminskasBioinformatikateorinis/praktinis kursasVU, biochemijamagistrantai, II k.903232323248Genomika (genoinformatika)teorinis/praktinis kursasBioinformatikateorinis/praktinis kursasVU, genetika;magistrantai, II k.VGTU, bioinžinerija;magistrantai, II k.4848© Biotechnologijos institutas 32

Metinis pranešimas – 2007Eil.Nr.Lektorius Kurso pavadinimas Universitetas,specialybė; kursas7. M. Margelevičius Algoritmų sudarymas ir analizė KTU, informatika;bakalaurai, III k.Val. sk.437 nėraanketoje??8.BioinformatikaKTU, biocheminėstechnologijos,magistrantai, I k.749. R. MarcišauskasBiochemijos pagrindaiBiochemijos pagrindųlaboratoriniai darbaiVGTU, bioinžinerija;bakalaurai, II k.VGTU, bioinžinerija;bakalaurai, II k.10. V. Michailovienė Chromatografijos pagrindai VGTU, bioinžinerija;bakalaurai, III k.11. M. Zaveckas Chromatografijos pagrindai VGTU, bioinžinerija;bakalaurai, III k.12. K. SasnauskasMolekulinė biologijaVU, biochemija;magistrantai, I k.64641283264Genų inžinerijaVU, biochemija;magistrantai, I k.64Genų inžinerijos teoriniaipagrindai13. V. Šikšnys Baltymų – DNR specifinėssąveikos mechanizmaiRentgenostruktūrine analizėVU, biologija;bakalaurai, IV k.VU, biochemija;magistrantai, I k.VU, biochemija;magistrantai I k.14. S. Gražulis Structural Biology Course IBMC, MolecularStructure Group,Porto, Portugalija15. R. SukackaitėBaltymų chemijaBiochemijos laboratoriniaidarbaiVGTU, bioinžinerija,magistrantai II kVU, biologija;II kursas16. A. Žvirblienė Imunologija VGTU, bioinžinerija;bakalaurai, IV k.324010632 valpaskaitos,32 val.pratybos6432© Biotechnologijos institutas 33

Metinis pranešimas – 2007Eil.Nr.Lektorius Kurso pavadinimas Universitetas,specialybė; kursas17. A. Jakubauskas18. G. ŽvirblisRekombinantinių organizmųkonstravimo lab. darbaiGenų inžinerijos pagrindųlaboratoriniai darbaiGenų inžinerijos pagrindaiGenų inžinerijos metodaiVU,biochemija;bakalaurai, IV k.VU, mikrobiologija;magistrantai, I k.VGTU,bioinžinerija,bakalaurai IIIk.VGTU,bioinžinerija,bakalaurai III k.kursasVGTU,bioinžinerija,magistrantai II k.Val. sk.323232323219. M. Gudeliauskaitė Molekulinės biologijospagrindų laboratoriniai darbaiVPU,biologija,bakalaurai III kursas965.2. Studentų laboratorinės pratybos InstituteInstituto laboratorijos yra geriau įrengtos negu universitetinės ir jis talkina universitetams,organizuodamas kai kuriuos biocheminio bei biologinio profilio laboratorinius darbus Institutolaboratorijose (lentelė 5.2).Lentelė 5.2Eil.Nr.Laboratorinių darbų pavadinimas(kuratorius)Studentai:universitetas,specialybė;kursas1. Molekulinės genetikos praktika VU, genetikamagistrantai I k.2. Biochemijos laboratoriniai darbai(kuratorius R. Marcišauskas)3. Genų inžinerijos praktika(kuratorius K. Sasnauskas)VGTU,bioinžinerija;bakalaurai, II k.VU,genetika,magistrai Ik.Darbų vadovas (-ai); laboratorijaK. Sasnauskas,EGILJ. Giedrienė,PGILR. Šapranauskas,PGILVal.sk.24070240© Biotechnologijos institutas 34

Metinis pranešimas – 2007Eil.Nr.Laboratorinių darbų pavadinimas(kuratorius)Studentai:universitetas,specialybė;kursasDarbų vadovas (-ai); laboratorijaVal.sk.4. Mokomoji praktika(kuratorius R. Marcišauskas)VGTU,bioinžinerija;bakalaurai, II k.A. Jakubauskas,PGIL705. Mokomoji praktika(kuratorius R. Marcišauskas)VGTU,bioinžinerija;bakalaurai, II k.A. Žvirblienė,IL406. Mokomoji praktika: baltymųmolekulinės masės nustatymasgelfiltracijos metodu(kuratorius R. Marcišauskas)VGTU,bioinžinerija;bakalaurai, II k.V. Michailovienė,BVTL407. Mokomoji praktika(kuratorius dr. R. Marcišauskas)VGTU,bioinžinerija;bakalaurai II k.A. Jakubauskas,PGIL708. Rekombinnatinių mikroorganizmųkonstravimo lab. darbaiVUmikrobiologijamagistrantai I k.A. Jakubauskas,PGIL965.3 Studentų mokslinė praktika InstituteInstituto mokslo darbuotojai dalyvavo Lietuvos mokslo tarybos kartu su ŠMM Mokslo irstudijų departamentu parengtame ESF projekte “Studentų mokslinės praktikos” (SMP) projekte,kurio tikslas skatinti akademinį jaunimą domėtis moksliniais tyrinėjimais, atskleisti mokslininkoprofesijos bei mokslininko karjeros perspektyvas, sudaryti galimybę įvairių Lietuvos regionų beiaukštųjų mokylų studentams susipažinti su geriausiose Lietuvos mokslininkų grupėse,kolektyvuose ir centruose vykdomais moksliniais tyrimais. Duomenys apie studentus atlikusiusmokslinę praktiką BTI, jų vadovus ir vykdytus darbus pateikti lentelėje 5.3.Lentelė 5.3Nr. Studento v. pavardėUniversitetas,specialybė1. L. Servaitė,VU, II k.biochemija2. G. Miškinytė,VU, II k.biochemija3. J. Dabrišius,VU, II biochemijaDarbo pavadinimasHantavirusų nukleokapsidėsbaltymų gryninimas ir ligoniųkraujo serumų testavimasMutagenezė išsuktos būsenossensorinio elemento nustatymui.Poliomos virusus primenančiųdalelių ekspresija mielėse irDarbo vadovas (-ai),laboratorijaDataR. Petraitytė 06.11-08.15Z. Staševskij 06.20-08.20E. Aleksaitė 07.02-08.31© Biotechnologijos institutas 35

Metinis pranešimas – 2007Nr.Studento v. pavardėUniversitetas,specialybė4. V. Jovaišaitė,VU II k. biochemija5. D. Kavaliauskas,VU, III biochemija6. G. Kostiuk,VU, III biochemija7. L. Malinauskaitė,VU, III k.biochemija8. J. Kamarauskaitė,VU, III K.biochemija9. J. Vaitekūnas,VU, biochemija10. A. Aleliūnaitė,VU, biochemija11. R. Stanytė,VU, III k.biochemija12. D. Šimaitė,VU, III k.biochemija13. P. L. Tamošiūnas,VU, IV k.biochemija14. T. Šinkūnas,VU IV k.biochemija15. I. Vasiliauskaitė,VU, IV k.biochemija16. T. Malinauskas,VU, IV k.biochemijaDarbo pavadinimasgryninimas gel-filtracijosmetoduRestrikcijos endonukleazių AgeIir BsaWI ekspresija, gryninimasir kristalinimaMicroRNR metiltransferazėsHEN1 tyrimasRestrikcijos endonukleazės BcnIDNR atpažinimo mutantųkonstravimas ircharakterizavimasŽmogaus karboanhidraziųklonavimas, ekspresavimas irgryninimasLipolitinių fermentų katalizėsypatumaiKrakmolo B fermentinioaktyvumo tyrimasAugalo geno pagausinimas PGRmetodu bei klonavimasAudinimas ir augalo vystymosistadijai specifinių promotoriųkonstravimasŽmogaus ląsteliųtransmembraninių baltymųepitopų ekspresija chimeriniųvirusus primenančių daleliųpaviršiuje monokloniniųantikūnų gavimuiPlazmidžių rekombinantiniųgenų ekspresijai konstravimas irbaltymų gryninimasChimerinės krienų peroksidazėsPuumala nukleokapsidėsbaltymų raiška mielėse S.cerevisiaeRNAi plazmidės skirtos sukurtitransgeninius Brassica napusaugalus su slopinamaArabidopsis MYB15 homologoekspresija konstravimasMažų molekulių duomenų bazėskūrimasDarbo vadovas (-ai),laboratorijaDataG. Tamulaitienė 07.01-08.31G. Vilkaitis 07.01-08.31G. Tamulaitienė 07.01-08.31J. Matulienė 07.09-09.21B. Surinėnaitė 09.03-11.01G. Dienys 08.01-09.30R. Abraitis 08.06-10.26A. Ražanskienė 09.01-10.30R. Slibinskas 09.17-11.16A. Bulavaitė 06.18-08.31A. Ražanskienė 07.01-09.01V. Kazanavičiūtė 06.18-08.18S. Gražulis 06.20-07.31© Biotechnologijos institutas 36

Metinis pranešimas – 2007Nr. Studento v. pavardėUniversitetas,specialybė17. K. Temčinaitė,VU, I k. molek.biologija18. M. Žilinskaitė,VU, III k. molek.biol.19. G. Baltulionis,III k. molek.biologija20. A. Valinčiūtė,VU, III k. molek.biologija21. D. Gritėnaitė,VU, III k. molek.biolog.22. M. Linkevičius,VU, III k. molek.biolog.23. L. Juknaitė,VU, IV k. molek.biologija24. G. Toleikytė,VU, IV k. molek.biolog.25. R. Demidenko,VU, IV k. biologija26. V. Iešmantavičius,VU, III k. biofizika27. Z. Toleikis,VU, IV k. biofizika28. M. Laganeckas, VUMIF, II k.bioinformatika29. A. Ruškulis,VU, I k. chemija30. J. Butkus,VGTU, II k.bionžinerija31. A. Voroncova,VGTU, III k.Darbo pavadinimasRestrikcijos endonukleaziųrentgenostruktūrinė analizėMielių kamieno su hsp26 genodelecija konstravimasDNR metiltransferazės HhaImutantinių variantų raiška irtyrimaiŽmogaus ląstelių sekreciniokelio genų klonavimas į mieliųekspresijos vektoriusGripo virusų neuraminidazėsbaltymą koduojancių genųklonavimas.Brassica napus šalčio atsakogenų genominės DNRklonavimasRestrikcijos endonukleaziųrentgenostruktūrinė analizėTioman viruso nukleokapsidėsbaltymo raiškos mielėse tyrimaiMbiI restrikcijos endonukleazėsstruktūronės-funkcimėsorganizacijos tyrimasICPD slopiklių jungimasis suHSp90 šaperonuBaltymų denatūravimo tyrimaislėgiuBaltažiedžio vairenio šalčioatsake dalyvaujančių genųklonavimasBaltymų ligandų sąveikosenergetikos tyrimas izoterminiutitravimo kalorimetruMažų molekulių duomenų bazėskūrimasĮ Polo panašių kinaziųklonavimas, ekspresavimas irDarbo vadovas (-ai),laboratorijaDataS. Gražulis 10.01-11.30E. Aleksaitė 07.02-08.31Z. Staševskij 09-28-11.29R. Slibinskas 07.02-08.31M. Juozapaitis 07.02-08.31V. Kazanavičiūtė 06.18-08.18E. Manakova 07.01-07.31(1mėn.)R. Petraitytė 06.18-07.20K. Stankevičius 10.01-11.30D. Matulis 09.03-11.03D. Matulis 07.01-08.31A. Ražanskienė 06.18-07.0108.01-09.16D. Matulis 08.01-09.30S. Gražulis 06.20-07.31;10.01-10.24J. Matulienė 06.26-09.07© Biotechnologijos institutas 37

Metinis pranešimas – 2007Nr. Studento v. pavardėUniversitetas,specialybėbioinžinerija32. E. Gaidamauskas,VU, I M,biochemija33. A. Lapinaitė, VU,I M biochemija34. A. Petuškaitė,VU, I M biochemija35. I. Strodomskytė,VU, I M genetika36. R. Kudarauskaitė,VU, I M genetika37. A. Serva,VU I M, genetika38. E. Čapkauskaitė,VU, I M chemijaDarbo pavadinimastyrimasHhaI metiltransferazėskatalitinės kilpos judėjimotyrimasDNR metiltransferazės HhaIkofaktoriaus surišimo kišenėsmutantų charakterizavimasVirusus primenančių daleliųsavo paviršiuje eksponuojančiųpelės priono fragmentuskonstravimas ir ekspresija mielėM. Pelės imunoglobulinobaltymo peptiduseksponuojančių virususprimenančių daleliųkonstravimas ir gryninimasMonokloninių antikūnųspecifiškumo tyrimaiNeuraminidazės raiškai mielėseskirtų vektorių konstravimasKarboanhidrazės inhibitorių beipradinių junginių jiems gautisintezėDarbo vadovas (-ai),laboratorijaDataG. Lukinavičius 08.01 -09.30G. Lukinavičius 08.01-09.30A. Gedvilaite 07.01-08.31A. Gedvilaitė 07.01-08.31A. Žvirblienė 09.03-10.31M. Juozapaitis 07.01-08.31V. Dudutienė 06.11-08.115.4. Studentų baigiamieji darbaiGrupė universitetų studentų parengė baigiamuosius magistro arba bakalauro darbusInstitute (lentelė 5.4.). 2007 Institute parengta baigiamųjų darbų (14 magistro ir 13 bakalauro),2006 parengta baigiamųjų darbų (9 magistro ir 7 bakalauro). 2005 Institute parengta 26baigiamieji darbai - 11 magistro ir 15 bakalauro, 2004 m. - 15 baigiamųjų darbų - 7 magistro ir8 bakalauro, 2003 m. - 19 baigiamųjų darbų (8 magistro ir 11 bakalauro), 2002 m. –20 baigiamųjų darbų (10 magistro, 10 bakalauro).Lentelė 5.4Eil.Nr.Studento v.pavardėUniversitetas,specialybė1. L. Zakrys VU,biochemija2. G. Gasiūnas VU,biochemijaMagistroDarbo pavadinimas Darbo vadovas (-ai), laboratorijaRestrikcijos endonukleazėsBfiI aktyvumo reguliavimasNaujos II tipo restrikcijosendonukleazių šeimosV. Šikšnys,M. Zaremba,BNSTLG. Sasnauskas,G. Tamulaitis© Biotechnologijos institutas 38

Metinis pranešimas – 2007Eil.Nr.Studento v.pavardėUniversitetas,specialybė3. L. Leinartaitė VU,biochemija4. J. Kavaliauskaitė VU,genetika5. D. Martinkėnaitė VU,genetika6. R. Sabaliauskaitė VU,genetika7. R. Vorobjovienė VU,biochemija8. I. Šėžaitė VU,biochemija9. I. RožankevičiūtėVU,genetika10. E. Čiplys VU,genetika11. I. Mažonytė VU,genetika12. V. Janavičiūtė KTU, CheminėtechnologijaDarbo pavadinimas Darbo vadovas (-ai), laboratorijatyrimasBNSTLDNR citozino-C5metiltransferazės HhaIaktyvaus centro argininųstruktūrinis-funkcinispalyginimasIn vivo transkripcijosinterferencijos sistemoskonstravimas restrikcijosendonukleazių Eco31I irEco31I Q69R/K127I DNRspecifiškumo tyrimamsMutantų rinkiniokonstravimas neesminiųH.pylori J99 genųnustatymuiChimerinių pelių poliomosviruso paviršiaus VP1baltymų, eksponuojančiųHCV epitopuskonstravimasdarbo vadovasHantavirusų diagnostikaLietuvoje ir naujųdiagnostikos įrankių kūrimasMonokloniniai antikūnaiprieš paragripo trečio tipoviruso nukleokapsidėsbaltymąŽiurkėno poliomos virusoVP1 baltymo formuojamų įvirusus panašių daleliųpanaudojimo heterologiniųpeptidų įterpimui tyrimasVirusų paviršiausglikoproteinų sintezė mielėseMolekulinio šaperono HsP90vaidmuo hipoksijosindukuojamo faktoriaus (HIF-1a) stabilumo reguliavimeMAOB geno nekoduojanciojesrityje aptinkamos taškinėsZ. Staševskij,S. Klimašauskas,DMTLA. Jakubauskas,PGILK. Stankevičius,PGILA. Bulavaitė,K. SasnauskasEGILA. Ražanskienė,R. Petraitytė,EGILA. Žvirblienė,ILBLA. Gedvilaitė,EGILR. Slibinskas,EGILA. Kanopka,ILBLA. Kanopka,ILBL© Biotechnologijos institutas 39

Metinis pranešimas – 2007Eil.Nr.Studento v.pavardėUniversitetas,specialybė13. B. Januškevič VGTU,bioinžinerijaDarbo pavadinimas Darbo vadovas (-ai), laboratorijamutacijos įtaka pre-iRNRsplaisinguiBioinformacinėaterosklerozės analizėA. Timinskas,BIBakalauro1. A. Lapinaitė VU,biochemija2. L. Kungytė VU,biochemija3. T. Šinkūnas VU,biochemija4. I. Vasiliauskaitė VU,biochemija5. P. L. Tamošiūnas VU,biochemija6. D. Pipiraitė VU,biochemija7. I. Strodomskytė VU,genetika8. R. Kolendaitė VU,genetikaDNR metiltransferazės HhaImutantai, efektyviaipernešantys prailgintasfunkcinesDNR citozino-N4metiltransferazės BfiIC2kofaktoriaus surišimo centromutagenezėChimerinių krienųperoksidazės – Puumalanukleokapsidės baltymųraiška S. cerevisiaeJuodųjų serbentų reversijosviruso paviršiaus baltymoraiška heterologinėsesistemoseImt geno įtakos Tioman irPuumala virusų baltymųsintezei mielėse tyrimaiAntioksidacinės sistemosaktyvumo ir lipidųperoksidacijos rodikliųpokyčiai skrandžio irstorosios žarnos vėžiusergantiems pacientamsŽiurkėno poliomos virusoVP1 baltymo mutantųpanaudojimas anti-VP1monokloninių antikūnųatpažįstamų epitopųnustatymuiŽmogaus hepatito B virusošerdies antigeno sąveikos suGIPC baltymu tyrimasG. Lukinavičius,S. Klimašauskas,DMTLG. Urbanavičiūtė,S. Klimašauskas,DMTLA. Ražanskienė,EGILA. Ražanskienė,EGILR. Petraitytė,EGILB. Surinėnaitė,BTI BVTL irVU OIA. Gedvilaitė,EGILR. Ražanskas,EGIL© Biotechnologijos institutas 40

Metinis pranešimas – 20079. L. Juknaitė VU,genetika10. R. Kudarauskaitė VU,genetika11. N. Matusevičiūtė VGTU,bioinžinerija12. K. Grabliauskaitė KTU,cheminėinžinerija13. Z. Toleikis VU,biofizika14. A. Plotnikova Sankt-Peterburgovalstybinisuniversitetas,biologijagenetikaChimerinių poliomos VP1baltymų su įterptomisparamiksovirusųnukleokapsidės baltymo C-galinės dalies sritimiskonstravimas ir šių baltymųraiškos tyrimai mielėseSaccharomyces cerevisiaeMycobacterium tuberculosisgenotipavimo ir mutacijų,nulemiančių atsparumąstreptomicinui ir ofloksacinui,tyrimaiMonokloninių antkūnų priešpoliomos viruso kapsidėsbaltymą specifiškumo tyrimas2,3,7,8-tetrachlordibenzo-pdioksinoįtaka pre-iRNRsplaisinguiBaltymo-ligando sąveikostyrimas slėgiuKatalitiniai HEN1metiltransferazės sugebėjimaimodifikuoti mikroRNA,naudojant sintetiniuskofaktoriusM. Juozapaitis,EGILP. Stakėnas,ILBLA. Žvirblienė,ILBLA. Kanopka,ILBLD. Matulis,BVTLG. Vilkaitis,DMTL5.5. Parama kitoms įstaigoms, konsultacijosInstituto mokslininkai teikia metodinę paramą įvairių sričių darbuotojams, norintiemspagerinti savo kvalifikaciją, konsultuoja juos, sudaro galimybes padirbėti Instituto laboratorijose,susipažinti su naujausiais tyrimų metodais, aparatūra ir t.t.Prof. V. Šikšnys skaitė paskaitą „Trumpas įvadas į biotechnologijos pasaulį“ ŠiauliųDubijos pagrindinėje mokykloje, 2007.05.04.Prof. V. Šikšnys dalyvavo Nacionalinėje mokslevių akademijoje, paskaitos 8 val., Nida,2007.08.06-08.Prof. V. Šikšnys - paskaita „Meganucleases for gene replacement“ informacinėje dienoje“7BP specifinė programa IDEJOS”, 2007.12.04.R. Gerasimaitė dalyvavo “Nacionalinėje Moksleivių Akademijoje” (Palanga, Lietuva);sausio 6 d., kur skaitė paskaitą tema „Žmogaus genomas. Genetika ir epigenetika“ (6 akad. val.).dr. S. Gražulis pagal BPD projektą „Mokslininkų kvalifikacijos gerinimas medžiagotyros,biotechnologijos ir aplinkotyros srityse, sutarties Nr. BPD2004-ESF-2.5.0-01-04/004 pravedė© Biotechnologijos institutas 41

Metinis pranešimas – 2007mokymus tarpdisciplininių mokymų tema: „Nauji molekuliniai įrankiai biotechnologijai“ –„Rentgenostruktūrinė analizė“ balandžio 25 –27 d.d.dr. A. Kanopka ir dr. G. Vilkaitis pagal BPD projektą „Mokslininkų kvalifikacijos gerinimasmedžiagotyros, biotechnologijos ir aplinkotyros srityse, sutarties Nr. BPD2004-ESF-2.5.0-01-04/004 pravedė mokymus tarpdisciplininių mokymų tema: „Universalios vaizdo išsaugojimo iranalizės sistemos naudojimai biocheminiuose tyrimuose. 2007 m. birželio 20-21-22 d.dr. A. Kanopka pagal BPD2004-ESF-2.5.0-03-05/0097 „Kauno tarpuniversitetiniųbiomolekulinių mokslų magistrinių studijų integracija“ Naujausių mokslinių pasiekimų naujausiųtyrimo metodų biotechnologijos srityje mokslinė studija “Biotechnologija” paruošė mokymoprogramą (atsakingas vykdutojas Vytauto Didžiojo Uuniversitetas).dr. G. Lukinavičius ir Z. Staševskij pagal BPD projektą „Mokslininkų kvalifikacijosgerinimas medžiagotyros, biotechnologijos ir aplinkotyros srityse, sutarties Nr. BPD2004-ESF-2.5.0-01-04/004 pravedė 13 seminarų po 8 val. tarpdisciplininių mokymų tema: „Naujimolekuliniai įrankiai biotechnologijai.R. Gerasimaitė pagal BPD projektą “Mokslininkų kvalifikacijos gerinimas proteomikossrityje“, sutarties Nr.: BPD2004-ESF-2.5.0-03-05/0089 pravedė praktinius mokymus„Kapiliarinės elektroforezės panaudojimas makromolekulių analizei“ (4 akad. val.) 2007.12.19.Pagal BPD ESF/2004/2.5.0-K02-VS-06/sut-158 įgyvendinamą projektą:Prof. K. Sasnauskas parengė mokomąją medžiagą ir 40 val. paskaitų ciklą „NekoduojantiRNR“ skirtą LMI, LSDI, LŽI ir BTI mokslininkams ir kitiems tyrėjams (40 val.).Dr. G. Žvirblis organizavo teorinį praktinį seminarą „Rekombinantinių baltymų ekspresijaprokariotuose“ skirtą mokslininkams ir kitiems tyrėjams (40 val.).Prof. K. Sasnauskas dalyvavo projekte pagal BPD projektą „Interaktyvaus augalųbiotechnologijos centro įsteigimas“ Nr.ESF/2004/2.5.0-03-05/0045 (atsakingas vykdytojas LMI).Dr. A. Ražanskienė dalyvavo projekte pagal BPD projektą „Interaktyvaus augalųbiotechnologijos centro įsteigimas“ Nr. Nr.ESF/2004/2.5.0-03-05/0045 (atsakingas vykdytojasLMI).Pagal BPD ESF/2004/2.5.0-03-05/0045 įgyvendintą projektą:Dr. A. Abraitienė prisidėjo rengiant segmentus Nr. 2 („Bendrosios pažintinės informacijosapie biotechnologiją, jos kryptis, galimybes duomenų bazės kūrimas“), Nr. 6 („Informacijos apiepasaulyje vykdomus biotechnologijos projektus duomenų bazės kūrimas“) bei Nr. 21 „Genomų irbiotechnologinių tyrimų analizės programų duomenų bazės kūrimas“).Dr. R. Petraitytė prisidėjo rengiant segmentus Nr. 3 („Informacijos apie kitasmedžiagotyros, biotechnologijos ir aplinkotyros mokslo srityse veiklas vykdančias institucijasduomenų bazės kūrimas“), Nr. 7 („Partnerių užsienyje kontaktų, galimybių ir siūlomų paslaugųduomenų bazės kūrimas“) bei Nr. 13 („Eksperimentų ir eksperimentinių objektų (biomedžiagostestavimui, vertinimui ir atrankai) duomenų bazės kūrimas“).Dr. V. Kazanavičiūtė prisidėjo rengiant segmentus Nr. 5 („Bibliografijos (Current contentir kt.), elektroninėje formoje prenumeruojamų žurnalų duomenų bazės kūrimas“), Nr. 14(„Tyrimų rezultatų ataskaitų ir publikacijų duomenų bazės kūrimas“) bei Nr. 18 („Specifinių iroriginalių metodikų bei protokolų duomenų bazės kūrimas“).© Biotechnologijos institutas 42

Metinis pranešimas – 2007Dr. R. Abraitis prisidėjo rengiant segmentus Nr. 10 („Informacijos apie žemės ir miškųūkio augalų biotechnologinių tyrimų tinklo dalyvių teikiamas paslaugas duomenų bazėskūrimas“) ir Nr. 17 („Susekvenuotų genomų duomenų bazės kūrimas“).R. Ražanskas prisidėjo rengiant segmentus Nr. 16 („Bioinformatikos programų duomenųbazės kūrimas“), Nr. 17 („Susekvenuotų genomų duomenų bazės kūrimas“), Nr. 20 („Žinomųaugalų genomų duomenų bazės kūrimas“) bei Nr. 21 („Genomų ir biotechnologinių tyrimųanalizės programų duomenų bazės kūrimas“).Prof. habil. dr. S. Klimašauskas vykdo projektų FP7 ERC, Ideas programme ekspertizes.Prof. habil. dr. S. Klimašauskas Central European Journal of Biology redakcinės kolegijosnarys.dr. A. Žvirblienė Journal of Immunological methods, Acta Biochimica et BiophysicaSinica;dr. A. Kanopka vykdo mokslinių rankraščių, teikiamų British Journal of Cancer,Cheminė technologija ekspertizes .dr. A. Žvirblienė dalyvauja projektų paraiškų vertinime FP7, Health; Human developmentand ageingProf. G. Dienys dalyvavo Jaunųjų ekologų stovykloje „Pažinimas“ Drūkšių ekologiniougdymo mokykloje birželio 20-25 d.d.Prof. G. Dienys organizavo seminarus biocheminių klasių abiturientams Biotechnologijosinstitute lapkričio 27-28 d.d.dr. Č. Venclovas nuolat konsultuoja UAB „Fermentas“ darbuotojus baltymų struktūrųanalizės ir modifikavimo klausimais.5.6. Visuomeninė veiklaV. Šikšnys yra:- Europos sąjungos 7-osios bendrosios mokslinių tyrimų programos ekspertas.LR švietimo ir mokslo ministro įsakymas Nr. ISAK-2198, 2006-11-21.A. Gedvilaitė yra:- Genetiškai modifikuotų organizmų priežiūros komiteto narė. Aplinkos ministroįsakymas 2003-03-20 Nr. 127.A. Ražanskienė yra:- Genetiškai modifikuotų organizmų ekspertų komiteto narė. Aplinkos ministro įsakymas2003-03-20 Nr. 127.S. Klimašauskas yra:- Lietuvos mokslo premijų komiteto narys, Fizinių mokslų sekcija. Lietuvos RespublikosVyriausybės 2003-02-07 nutarimas Nr. 205.R. Abraitis yra:- Lietuvos ŠMM atstovas Europos žinių bioekonomikos tinkle (Nr.ISAK-1027, 2006-05-25 ir Nr.ISAK-1379, 2006-06-29).© Biotechnologijos institutas 43

Metinis pranešimas – 2007D. Matulis- CPVA ekspertas- Ūkio Ministerijos MTEP darbo grupės narys.- Ūkio Ministerijos Verslo konkurencingumo darbo grupės narys.K. Sasnauskas yra:- LMT mokslininkų kvalifikacijos komisijos ekspertas. LMT 2003-10-27nutarimas Nr. VI-3.- SKVC studijų programų apeliacinės komisijos narys.5.7. Mokslo populiarinimo ir publicistiniai straipsniaiVienas mokslo ir technologijų populiarinimo kelių – mokslininkų skaitomos viešospaskaitos ar skelbiami straipsniai šalies laikraščiuose ir žurnaluose.R. Mašalaitė, D. Danusevičius, R. Abraitis. 2007. Naujos perspektyvos. Mūsų girios,Nr. 4, p. 13.© Biotechnologijos institutas 44

Metinis pranešimas – 20076. KONFERENCIJOS, SEMINARAI, VIZITAI6.1. Dalyvavimas konferencijose, simpoziumuose, parodose už Instituto ribų2007 m. šie Instituto darbuotojai skaitė pranešimus konferencijose ir seminaruose užsienyje(lentelė 6.1.).Lentelė 6.1Eil.Nr.Darbuotojo v.pavardė1. M. Zaremba,L. Zakrys,C. Venclovas,V. Šikšnys.Pranešimo pavadinimas, konferencijos vieta(stend.); Engineering of restriction endonucleasewith redirected substrate specificity by domainfusion. 7 th International Meeting of RecognitionStudies in Nucleic Acids (NACON VII), Sheffield,Didžioji BritanijaData04.01-052. G. Sasnauskas,S.E. Halford,B.A. Connolly,V. Šikšnys3. G. Tamulaitis,V. Šikšnys(stend.); Site-specific DNA transesterificationcatalysed by a restriction enzyme. 7 th InternationalMeeting on Recognition Studies in Nucleic Acids(NACON VII), Sheffield University, Sheffield,Didžioji Britanija(stend.); Analysis of nucleotide flipping byrestriction enzymes using 2-AP as a probe. 7 thInternational Meeting of Recognition Studies inNucleic Acids (NACON VII), Šefildo Universitetas,Šefildas, Didžioji Britanija04.01-0504.01-054. N. Laurikietytė The phage display of the BfiI DNA-bindingdomain, Frankfurt, Vokietija 01.195. N. Laurikietytė The phage display of the BfiI DNA-bindingdomain: an update, Vilnius, Lietuva 09.016. M. Kubala Biochemical and Structural Studies of TauI andPfoI restriction endonucleases. Marie CurieResearch Training Network “DNA Enzymes” -middle term meeting, Institute if Biotechnology,Vilnius, Lietuva7. A. Owsicka Structure-function relationships within Ecl18KIrestriction enzyme: brief intro into the project.Marie Curie Research Training Network “DNAEnzymes” - middle term meeting, Institute ofBiotechnology, Vilnius, Lietuva.09.02-0509.02-05© Biotechnologijos institutas 45

Metinis pranešimas – 2007Eil.Nr.Darbuotojo v.pavardė8. V. Šikšnys,G. Tamulaitis,M. Zaremba,R. SzczepanowskiM.Bochtler.Pranešimo pavadinimas, konferencijos vieta(žod.); Nucleotide flipping is employed byrestriction enzymes to achieve specificity andadjust the cleavage pattern. NACON VII 7thInternational Meeting on Recognition Studies inNucleic Acids, Sheffield.9. A. Šilanskas MunI-TFO conjugate for mouse GAA genetargeting, Vilnius, LietuvaData04.01-0509.0110. G. Sasnauskas,V. Šikšnys(stend.); Transesterification reactions catalyzed byrestriction enzyme. Keystone Symposia „NucleicAcid Enzymes“, Taos, New Mexico, JAV. 02.11-1611. V.Šikšnys,G. Tamulaitis,M. Zaremba,R. SzczepanowskiM. Bochtler12. V. Šikšnys,G. Tamulaitis,M. Zaremba,R. SzczepanowskiM. Bochtler13. G. Tamulaitis,M. BochtlerV. Šikšnys(žod.); Nucleotide flipping by restriction enzymes:a novel mechanism to achieve specificity. IRTGmeeting Suzdal, Russia 06.20-24(žod.); Restriction enzymes employ base flipping toengineer new specificities. Enzyme EngineeringConference, Dalian, China 07.22-27(stend.); Analysis of nucleotide flipping byrestriction enzymes using 2-AP as a probe. NACONVII 7th International Meeting on RecognitionStudies in Nucleic Acids, Sheffield04.01-0514. M. Zaremba,L. Zakrys,C. Venclovas,V. ŠikŠnysEngineering of restriction endonuclease withredirected substrate specificity by domain fusion.NACON VII 7th International Meeting onRecognition Studies in Nucleic Acids, Sheffield.04.01-0515. Organizaciniskomitetas:H. Grosjean,S. Klimašauskas,J. BujnickiFEBS Workshop „DNA and RNA modificationEnzymes: Comparative Structure, Mechanism,Function and Evolution“, Aussois, France. 09.11-1616. S. Klimašauskas (žod.); DNA methyltransferases: from molecularmodels to biotechnology tools, InternationalSchool of Biological Magnetic Resonanse, 8 th 06.19-30© Biotechnologijos institutas 46

Metinis pranešimas – 2007Eil.Nr.Darbuotojo v.pavardėPranešimo pavadinimas, konferencijos vietaCourse, Ettore Majorana Foundation and Centre forScientific Culture; Erice, ItalijaData17. S. Klimašauskas (žod.); Transient kinetics methods to studymacromolecular interactions, International Schoolof Biological Magnetic Resonanse, 8 th Course,Ettore Majorana Foundation and Centre forScientific Culture; Erice, Italija18. Z. Staševskij (stend.); Roles of two conserved catalytic argininesin a DNA cytosine-5 methyltransferase;International School of Biological MagneticResonanse, 8 th Course; Ettore MajoranaFoundation and Centre for Scientific Culture;Erice, Italija.19. R. Gerasimaitė (stend.); Novel approaches to engineeringsequence-specificity of DNA cytosine-5methyltransferases, the 32 th FEBS Congress,Vienna, Austrija20. S. Klimašauskas (žod.); DNA base flipping by methyltransferases;FEBS Workshop DNA and RNA modificationEnzymes, Comparative Structure, Mechanism,Function and Evolution. Aussois, Prancūzija21. M. Gudeliauskaitė (stend.); Reconstitution of an archaeal C/D boxRNP containing an sRNA K-loop structure; DNAand RNA modification Enzymes, ComparativeStructure, Mechanism, Function and Evolution.FEBS Workshop, Aussois, Prancūzija22. G. Lukinavičius (stend.); Targeted labeling of DNA bymethyltransferase-directed Transfer of ActivatedGroups (mTAG); DNA and RNA modificationEnzymes: Comparative Structure, Mechanism,Function and Evolution; FEBS Workshop, Aussois,Prancūzija.23. G. Vilkaitis (stend.); Structural and functional analysis of themicro RNA methyltransferase HEN1; DNA andRNA modification Enzymes: ComparativeStructure, Mechanism, Function and Evolution“,FEBS Workshop. Aussois, Prancūzija.24. D. Daujotytė (stend.); Structural snapshots of flipped-out basesin HhaI methyltransferase-DNA complexes; DNA06.19-3006.19-3007.07-1309.11-16.09.11-1609.11-1609.11-1609.11-16© Biotechnologijos institutas 47

Metinis pranešimas – 2007Eil.Nr.Darbuotojo v.pavardėPranešimo pavadinimas, konferencijos vietaand RNA modification Enzymes: ComparativeStructure, Mechanism, Function and Evolution;FEBS Workshop, Aussois, PrancūzijaData25. S. Klimašauskas (stend.); Targeted labeling of DNA bymethyltransferase-directed Transfer of ActivatedGroups (mTAG), ESF European Conference onSynthetic Biology, Sant Feliu de Guixol, Ispanija26. V. Masevičius (žod;) AdoMet analogų, potencialiai tinkančiųbiopolimerų žymėjimaui, sintezė.Podoktorantūrinių stažuotojų konferencija, Vilnius11.24-2910.2627. R. Slibinskas,E. Čiplys,D. Samuel,A. Žvirblienė,K. Sasnauskas28. A. GedvilaitėE. Aleksaitė(stend.); Synthesis of human virus surfaceglycoproteins induces stress response in yeast cells.II international Conference on Environmental,Industrial and Applied Microbiology, Seville Spain(stend.); II International Conference onEnvironmental, Industrial and AppliedMicrobiology, Seville, Spain11.28-12.0111.28-12.0129. A. Žvirblienė Molecular Mechanisms of Alzheimer's Disease -new Approaches for Diagnosis and Therapy, MainzUniversity, Mainz, Vokietija12.1330. A. Žvirblienė Chimeric VLPs are highly efficient immunogensfor hybridoma technology. Engineering the nextgeneration of antibodies, Vienna, Austrija31. A. Žvirblienė32. I. Kučinskaitė33. A. Žvirblienė34. I. Kučinskaitė35. A. Kanokpa36. B. Surinėnaitė11.07-0913 tarptautinis imunologų kongresas, Rio deJaneiro, Brazilija 08.21-25Antigenic characterisation of yeast-expressed viralproteins. EFIS Course on Autoimmunity(Autoimmunity: Basic and Clinical 3), Tartu,06.03-05Estija.(žod.); Immunogenic properties of chimeric-viruslike particles. EFIS Course on Autoimmunity(Autoimmunity: Basic .06.03-05 and Clinical 3), 06.03-05Tartu, Estija3 Spring School of Immunology, Ettal, Vokietija.02.26-30(stend.); Relation between MAO B intron 13 G/Apolymorphism and pre-mRNA splicing. Pre-mRNA 01.14-17processing and disease, Cortina d'Ampezo, Italija.(stend.); The effect of alcohols on catalytic activityof Pseudomonas mendocina 3121-1 lipase. 2 nd 11.28-12.01© Biotechnologijos institutas 48

Metinis pranešimas – 2007Eil.Nr.Darbuotojo v.pavardė37. M. MargelevičiusČ. Venclovas Č.38. Č. Venclovas39. M. MargelevičiusČ. VenclovasPranešimo pavadinimas, konferencijos vietaInternational Conference on Environmental,Industrial and Applied Microbiology, Seville, Spain.(stend.); Comparison of the empirical andanalytical approaches for the estimation ofstatistical significance in sequence profile-profilecomparisons. The 5th European Conference onComputational Biology, Eilat, Izraelis(stend.); Components of eukaryotic DNA clampand clamp-loading complexes: correlation betweentheir interactions and evolutionary conservation;The VII European Symposium of The ProteinSociety - From Proteins to Proteome, Stockholm,Švedija(stend.); Protein sequence profile-profilecomparisons using the analytical approach forestimation of statistical significance. Joint Meetingof XV International Conference on IntelligentSystems for Molecular Biology & VI EuropeanConference on Computational Biology, Vienna,AustrijaData01.21-2405.12-1607.21-256.2. Vizitai į užsienio institucijasTrumpalaikių vizitų užsienyje metu Instituto darbuotojai atlieka moksliniuseksperimentus, aptaria tyrimų rezultatus bei planus, pasidalina patirtimi. Tokiais tikslais 2007 m.buvo išvykę:D. Golovenko, EMBL DESY, Hamburg, Vokietija, nuo 09.24-10.25.S. Gražulis, IBMC - Molecular Structure Group, Porto, Portugalija, 03.11-18; EMBL DESY,Hamburg, Vokietija, 09.24-10.25; 12.08-19.G. Tamulaitis, Edinburgo Universitetas, Edinburgas, Didžioji Britanija, 09.29-10.06.G.Tamulaitienė, EMBL DESY, Hamburg; Vokietija, 09.24-10.25; 12-08-12.19, InternationalInstitute of Molecular and Cell Biology,Varšuva, Lenkija, 10.15-10.20.R. Sukackaitė, EMBL/DESY,Hamburg; Vokietija; 09.24-10.25; 12-08-12-19.D. Daujotytė, MRC Laboratory of Molecular Biology (Cambridge University), Kembridžas,Jungtinė Karalystė, 01.15-16.S. Klimašauskas, NIH (National Institutes of Health), Bethesda, MD, JAV, 07.11-07.16.G. Vilkaitis, Laboratoire de Microbiologie et de Génétique Moléculaires, Université PaulSabatier, Toulouse, Prancūzija, 09.16-19.G. Lukinavičius, Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Institute of ChemicalSciences and Engineering, Lausanne; Šveicarija;.11.12-14; European Molecular BiologyLaboratory (EMBL), Heidelberg, Vokietija,11.27-29.© Biotechnologijos institutas 49

Metinis pranešimas – 2007K. Sasnauskas, Biomedical Research Centre, Riga, Latvia;.03.20-24; Micromun GmbH,Greifswald, Germany, 10.22-24; Institute of Pasteur in Athens, Greece, 11.07-11.A. Bulavaitė, Institute of Pasteur in Athens, Greece, 11.07-11.G. Žvirblis, Institut für Pharmazeutische Wissenschaften, ETH Zürich, 09.04-07.A. Kanopka, Copenhagen, Danija, 02.14.D. Matulis, Institute of Medical Technology/University of Tampere, Finland; 11.18-20.Universita Degli Studi Di Firenze, Dipartimento Di Chimica, Italija, 11.22-24.L. Baranauskienė, EMBL DESY, Hamburg; Vokietija, 12-08-12.19.6.3. Bendrainstitutiniai seminaraiBendrainstitutiniai seminarai yra svarbi mokslininkų lavinimo, tobulinimosi irbendravimo forma.Duomenys apie 2007 m. surengtus bendrainstitutinius seminarus pateikti lentelėje 6.2.Lentelė 6.2Eil. Nr. Darbuotojo v,pavardėPranešimo pavadinimasData1. E. Aleksaitė miRNR ir vėžys 03-022.S, Jurėnaitė-Nesuporuotų nukleotidų reparacija 05-03Urbanavičienė3. V. Masevičius AdoMet analogų, potencialiai tinkančių09-26biopolimerų žymėjimui, sintezė4.I. ČikotienėNaujų Hsp90 šaperono inhibitorių sintezė 10-055.D. KavaliauskaitėPadidinto atsparumo šalčiui augalų kūrimas 11-096.N. LaurikietytėVieno nukleotido polimorfizmas - tylintis, 11-30bet ne nematomas"7.I. KučinskaitėTLR ir jų vaidmuo imuninio atsakoreguliacijoje"12-206.4. Instituto svečių paskaitosKasmet institutą aplanko užsienio ir Lietuvos mokslininkai. Svečių paskaitos teikiagalimybių atnaujinti ir pagilinti žinias, pasikeisti moksline patirtimi.Duomenys apie 2007 m. įvykusius seminarus, kuriuose Lietuvos ir užsienio mokslininkaiskaitė paskaitas ir informacinius pranešimus pateikti lentelėje 6.3.Lentelė 6.3.Eil.Nr.1.Kas skaitė ir iš kur atvyko? Paskaitos pavadinimas DataDaniel Barsky,Lawrence Livermore NationalRelating protein dynamics to09-14© Biotechnologijos institutas 50

Metinis pranešimas – 2007Eil.Nr.LaboratoryKas skaitė ir iš kur atvyko? Paskaitos pavadinimas Data2. Dr. Penny Beuning,Northeastern University3.Dr. Svajūnas Asadauskas4. Dr. R. Kodžius,Molekulinės ir ląstelės biologijosinstitutas, SingapūrasDr. R. Kodžius,5.Molekulinės ir ląstelės biologijosinstitutas, Singapūras6. Prof. Robert E. Davis,Molekulinės augalų patologijoslaboratorija, Augalininkystės mokslųinstitutas, JAV7.Dr. Arnas Palaima,San Francisko Universitetas, JAVfunction: Single moleculeobservations and simulations of aDNA sliding clampA Single Point Mutation in E. coliDNA Polymerase V Renders CellsHypersensitive to UV LightPramonine biotechnologija. Patirtisdirbant JAV su biotepalais beibiokuruTranscriptomo tyrimai CAGEmetodo pagalbaNauji DNR sekos nustatymometodai: genomas uz 1000 dolerių?Phytoplasma and Spiroplasma:Shrinking Genomes in anExpanding Universe"?Pasaulis, globalus atšilimas irekologinė ekonomika: šiuolaikinėpadėtis ir ateities perspektyvos09-2109-2611-0611-1611-1911-26 d6.5. Svečių vizitai2007 m. Institutą aplankiusieji užsienio mokslininkai ir oficialūs asmenys:Dr. R.Ulrich, Friedrich-Loeffler-Institut, Institute for Novel and Emerging Infectious Diseases,Greifswald - Insel Riems, Germany, 04.18-23.Dr. J. Hodgson ir Ms. B. Nasto, The Colin Sanders Innovation Centre; Institute lankėsi 09.6-7.Dr. Daniel Barsky; Senior staff scientist, Lawrence Livermore National Laboratory, Livermore,JAV. 09.13-14.Dr. Penny Beuning; Assistant Professor, Northeastern University, Boston, JAV 09.19-21Prof. Robert E. Davis, Molekulinės augalų patologijos laboratorijos (Molecular Plant PathologyLaboratory) vedėjas, Augalininkystės mokslų institutas (Plant Sciences Institute), Beltsville,U.S.A.,11.08-27.Dr. BWJ Mahy, Centre for Disease Control, Atlanta, USA, 2007.12.09-11.Prof. D.Kolakofsky, Centre Medicale Universitaire Geneve, 2007.12.09-11.© Biotechnologijos institutas 51

Metinis pranešimas – 20077. LABORATORIJŲ VEIKLA7.1. Baltymų – nukleorūgščių sąveikos tyrimo laboratorija (BNSTL)2007 m. laboratorijoje dirbo 15 darbuotojų.Lentelė 7.1.Eil.Nr.Vardas, pavardėMokslinislaipsnis1. Virginijus Šikšnys dr.,prof.Pareigosvyriaus. mokslo darb.-laboratorijos vedėjas2. Saulius Gražulis dr. vyresn. mokslo darb.3. Giedrius Sasnauskas dr. vyresn. mokslo darb.4. Elena Manakova dr. mokslo darb.5. Mindaugas Zaremba dr. mokslo darb.6. Giedrė Tamulaitienėdr.mokslo darb.7. Gintautas Tamulaitis jaun. mokslo darb.8. Arūnas Šilanskas jaun. mokslo darb.9. Rasa Sukackaitė doktorantėbioinžinierė10. Neringa Laurikietytė doktorantė,bioinžinierėPastabosnuo 07.01 ikikonkurso0,375 etato0,375 etato11. Dmitrij Golovenko doktorantas,bioinžinierius12. Giedrius Gasiūnas doktorantas,bioinžinierius0,375 etatonuo 09.1713. Linas Zakrys bioinžinierius 0,5 etato,iki 09.1414. Georgij Kostiuk studentas,laborantas15. Ania Tunevič laborantė2007 m. buvo tęsiami tyrimai šiose kryptyse:1) restrikcijos endonukleazių katalitinio aktyvumo reguliacijos mechanizmai2) restrikcijos endonukleazių erdvinių struktūrų nustatymasnuo 10.01iki 08.06.30© Biotechnologijos institutas 52

Metinis pranešimas – 20073) naujų molekulinių įrankių konstravimas restrikcijos endonukleazių pagrindu;Mes nustatėmė 2 naujų restrikcijos endonukleazių BcnI ir MvaI erdvines struktūras, kuriosparodė restrikcijos fermentų ir reparacijos sistemos fermentų (MutH) ryšiusMes parodėmė, kad restrikcijos endonukleazės BpuJI katalitinis domenas yra evoliuciškai susijęssu Holidėjaus mazgo resolvazėmis, o restrikcijos endonukleazė Cfr42I priklauso GYI-IYGnukleazių šeimai.Mes pirmą kartą parodėme, kad BfiI restrikcijos endonukleazė kanalizuoja ne tik DNR hidrolizės,bet ir transesterifikacijos reakcijas.Mes pirmą kartą parodėme, kad restrikcijos endonukleazės PspGI ir C-EcoRII išsuka centrinębazių porą, sąveikaudamos su savo atpažinimo seka. Panaudodami atominės jėgos mikroskopiją,mes pirmą kartą pademonstravome restrikcijos endonukleazės sąveiką su trimis taikiniais.2007 m. buvo tęsiami pagal FP6 projektą pradėti darbai, kuriuose siekiame pritaikyti restrikcijosendonukleazių MunI ir BfiI fundamentinių tyrimų metu gautus rezultatus, konstruojant naujusįrankius biotechnologijai.7.2. DNR modifikacijos tyrimų laboratorija (DMTL)2007 m. laboratorijoje dirbo 16 darbuotojų.Lentelė 7.2Eil.Nr.Vardas, pavardėMokslinislaipsnis1. Saulius Klimašauskas habil.dr.,prof.Pareigosvyriaus. mokslo darb.laboratorijos vedėjas2. Giedrius Vilkaitis dr vyresn. mokslo darb.Pastabos3. Dalia Daujotytė dr. mokslo darb. konkursas atidėtas,stažuotė nuo 10.01iki 08.09.294. Eglė Merkienė dr. jaun. mokslo darb. iki 07.06.295. Gražvydas Lukinavičius dr. mokslo darb. nuo iki konkurso6. Viktoras Masevičius dr. stažuotojas iki 2008.04.307. Giedrė Urbanavičiūtė jaun. mokslo darb.8. Zdislav Staševskij jaun. mokslo darb.9. Zita Liutkevičiūtė jaun. mokslo darb.doktorantė,bioinžinierė10. Rūta Gerasimaitė doktorantė,bioinžinierė,jaun. mokslo darb.iki 09.17,nuo 09.17,0,375 etato dalisiki 10.150,25 etato,iki konkurso© Biotechnologijos institutas 53

Metinis pranešimas – 2007Eil.Nr.Vardas, pavardėMokslinislaipsnis11. Miglė Gudeliauskaitė doktorantė,bioinžinierė12. Tomas Radzvilavičius doktorantasPareigosPastabosNuo 09.010,375 etato13. Aleksandra Plotnikova bioinžinierė nuo 08-2714. Gaidamauskas Ervinas laborantas (studentas) 0,5 etato iki 08.3115. Darius Kavaliauskas laborantas (studentas)16. Ala Žilionienė laborantėPagrindiniai 2007 m. DMTL vykdyti moksliniai tyrimai:DNR citozino metilazių katalitinio mechanizmo struktūriniai-kinetiniai tyrimai.Pagrindine modeline tyrimų sistema yra DNR citozino-5 metilazė HhaI (M.HhaI). Daugelis DNRmodifikacijos ir reparacijos fermentų, selektyviai išardę bazių porą, išsuka taikinio bazę išdvigrandės DNR spiralės į fermento katalitinį centrą. Nors šis DNR-baltymo sąveikos tipas yraseniai žinomas, iki šiol nėra sukurta patogių ir greitų metodų citozino bazės išsukimo reiškiniuitirti. Naudojant reagentą chloracetaldehidą, kuris specifiškai modifikuoja citozinus ir adeninusviengrandžiuose DNR regionuose, buvo pasiūlytas naujas paprastas ir greitas cheminis metodasišsuktiems citozinams identifikuoti fermento-DNR kompleksuose. Metodo optimizavimui buvopasirinktas modelinis objektas – M.HhaI. Šiuo metodu buvo ištirtos dar dvi citozinometiltransferazės M.AluI ir M.SssI, bei dvi restrikcijos endonukleazės R.Ecl18kI ir R.PspGI.Parodyta, kad, parenkant reakcijos sąlygas, naujasis metodas gali būti pritaikytas įvairių fermentųsąveikos su DNR tyrimuose.Nauji molekuliniai įrankiai kryptingai biopolimerų modifikacijai.Pagrindinį vaidmenį reguliuojant genų raišką atlieka epigenetiniai faktoriai. Nors DNRmetilinimo sąlygojami biologiniai efektai susilaukia vis didesnio susidomėjimo, platesniustyrimus riboja esamų genomo metilinimo lygio analizės technologijų netobulumas. Mūsų tyrimųtikslas - sukurti efektyvias plataus masto genomo metilinimo lygio tyrimo priemones, kuriosgalėtų tapti naujo epigenetinių ligų tyrimo ir diagnostikos metodo pagrindu. Vienas šio projektouždavinių yra nemetilintų genomo rajonų selektyvus žymėjimas ir praturtinimas, naudojant DNRmetiltransferazes ir AdoMet sintetinius analogus. Sprendžiant šį uždavinį, buvo pasiūlytas naujokofaktoriaus, turinčio funkcinę amino grupę, sintezės kelias iš komerciškai prieinamų reagentų,bei paruoštas jo kiekis reikalingas biocheminiams eksperimentams. Ištirti ir pasiūlyti naujųkofaktorių, turinčių merkapto ir azido funkcines grupes, sintezės keliai iš komerciškai prieinamųreagentų; gauti atitinkami tarpiniai junginiai, leidžiantys gauti abu norimus kofaktorius vienusintetiniu žingsniu. Baltymų inžinierijos metodais buvo sukonstruoti ir detaliai ištirti 7 nauji DNRmetiltransferazių variantai su pakeitimais kofaktoriaus surišimo centre, kurie pasižymi aukštesniufunkcinių grupių pernašos nuo sintetinių kofaktorių ant DNR efektyvumu. Tuo būdu sukurtamodelinė eksperimentinė sistema, įgalinanti tiesiogiai vykdyti žmogaus nemetilintų genomosričių žymėjimo ir praturtinimo metodų optimizavimą.© Biotechnologijos institutas 54

Metinis pranešimas – 2007Siekiant sukurti molekulinius įrankius, įgalinančius įvesti norimas funkcines ar reporterinesgrupes į RNR molekules griežtai užsibrėžtose vietose, buvo pradėti archėjų C/Dribonukleoproteinininių (C/D sRNP) kompleksų tyrimai. Šie kompleksai atlieka sekai specifinį2’-O-metilinimą daugybėje svarbių ribosominės ir transportinės RNR vietų. Į kompleksų sudėtįįeinančios kreipiančiosios RNR turi konservatyvias dalis (C/D ir C‘/D‘), kurios lemia sRNPbaltymų L7Ae, Nop5p ir aFib susirinkimą į kompleksą. Pyrococcus abyssi C/D sRNPrekombinantiniai komponentai buvo išgryninti Ni-chelatinės chromatografijos pagalba. Surinktiaktyvūs kompleksai metilina 15 nukleotidų ilgio modelinius bei gamtinius tRNR substratus.Sukurta ir optimizuota sistema, įgalinanti stebėti taikinio nukleotido modifikavimąplonasluoksnės chromatografijos metodu. Naudojant šį metodą parodyta, kad laukinio tipo RNPgali pernešti 3-4 anglies atomų grandines nuo sintetinių AdoMet analogų ant modelinio substrato.Augalų RNR metiltransferazė HEN1: struktūros ir funkcijos ryšys.MikroRNR ir siRNR yra trumpos, baltymus nekoduojančios dvigrandės RNR molekulės, kuriosreguliuoja genų raišką potranskripciniame lygmenyje. Šiuo metu didelis skaičius mažųreguliatorinių RNR identifikuota augaluose, kirmėlėse, vabzdžiuose, žuvyse, varlėse iržinduoliuose: skelbiama, kad iki 10 % žinomų žmogaus genų koduoja mikroRNR. Net 53% išanalizuotų 186 žmogaus mikroRNR genų lokalizuoti genomo rajonuose, sietinuose su vėžinėmligom. HEN1 yra neseniai rasta metiltransferazė iš Arabidopsis thaliana, modifikuojanti trumpasdvigrandes RNR, būtina mikroRNR biogenezei augaluose. Norint geriau suprasti veikimomechanizmą ir apibrėžti biologines HEN1 funkcijas, metiltransferazė buvo tirta in vitro:optimizuota metiltransferazės gryninimo schema ir metilinimo reakcijos sąlygos, nustatytastruktūrinė metiltransferazės organizacija ir apibrėžtos skirtingų baltymo domenų funkcijos.Eksperimentiškai nustatyta, kad baltymas turi mažiausiai du dvigrandę RNR surišančiusmotyvus. Be to parodyta, kad, nors katalitinis metiltransferazės domenas yra pakankamasmetilinimo reakcijai, N-galinis ir/ar centrinis domenai yra svarbūs formuojantis katalitiškaikompetentiškam reakcijos kompleksui.7.3. Prokariotų genų inžinerijos laboratorija (PGIL)2007 m. laboratorijoje dirbo 9 darbuotojai.Lentelė 7.3.Eil.Nr.Vardas, pavardėMokslinislaipsnisPareigos1. Kornelijus Stankevičius dr. vyresnysis mokslo darb.,l. e. laboratorijos vedėjopareigasPastabos2. Artūras Jakubauskas dr. mokslo darb. nuo 05.05 ikikonkurso, atleistas07.12.183. Sonata Jurėnaitė-Urbanavičienėjaun. mokslo darb.4. Eglė Kriukienė dr. jaun. mokslo darb.5. Rimantas Šapranauskas jaun. mokslo darb.© Biotechnologijos institutas 55

Metinis pranešimas – 2007Eil.Nr.Vardas, pavardėMokslinislaipsnisPareigos6. Jolanta Giedrienė jaun. mokslo darb.7. Eglutė Rudokienė bioinžinierius8. Virginija Martinkėnaitė laborantė 07.07.319. Kristina Jatkovskaja laborantėPastabosAloI, PpiI ir TstI restrikcijos endonukleazės (REazės) yra bifunkciniai, IIB REazių potipiuipriklausantys fermentai, galintys ir metilinti, ir hidrolizuoti atpažinimo sekas turinčias DNRmolekules. Šie fermentai atpažįsta pertrauktas DNR sekas ir kerpa DNR iš abiejų atpažinimosekos pusių. AloI, PpiI ir TstI REazių DNR taikinių atpažinime dalyvauja du C-galinėje fermentųdalyje esantys taikinio atpažinimo domenai (TAD), TAD1 ir TAD2, kurie yra atsakingiatitinkamai už REazių atpažinimo taikinio 5’ ir 3’ specifinių dalių atpažinimą. Neseniai TstIREazės TAD1 pakeitus pirmuoju PpiI taikinio atpažinimo domenu, buvo gautas aktyvushibridinis fermentas, kuris atpažino naujus DNR taikinius GAGN 5 GTG. Tokio specifiškumorestrikcijos endonukleazės gamtiniuose kamienuose dar nebuvo rasta (Jurenaite-Urbanaviciene irkiti, 2007).Laboratorijoje atliekamų darbų metu funkciškai aktyvias REazes mėginama sukonstruotiatliekant ir “kryžminę” AloI, PpiI ir TstI REazių TAD rekombinaciją, t. y. vieno baltymo TAD2pakeičiant kitos REazės TAD1 ir atvirkščiai, vieno polipeptido TAD1 pakeičiant kito baltymoantruoju TAD. Skirtingų baltymų segmentų sujungimo vietos pasirenkamos išanalizavusbioinformaciniais metodais sukurtus AloI, PpiI ir TstI REazių C-galinių dalių tretinės struktūrosmodelius. Vienas iš sukonstruotų hibridinių baltymų, kuriame AloI TAD1 buvo pakeistas TAD2iš TstI REazės, atpažino ir karpė numatytus DNR taikinius 5‘-CACN 5 GTTC. Tai unikalusfermentas, kadangi iki šiol REazių, atpažįstančių 5‘-CACN 5 GTTC sekas, dar nebuvo žinoma.Gauti rezultatai rodo, kad naujas, iš anksto suplanuotas DNR sekas atpažįstančias IIB potipioREazes galima kurti “kryžminės” TAD rekombinacijos būdu.© Biotechnologijos institutas 56

Metinis pranešimas – 20077.4. Eukariotų genų inžinerijos laboratorija (EGIL)2007 m. laboratorijoje dirbo 29 darbuotojai.Lentelė 7.4Eil.Nr.Vardas, pavardėMokslinislaipsnis1. Kęstutis Sasnauskas habil.dr., prof.Pareigosvyriaus. mokslo darb.,laboratorijos vedėjas (iki2007.12.31., nuo2008.01.01 –dr.G.Žvirblis)2. Gintautas Žvirblis dr. vyresn. mokslo darb.3. Alma Gedvilaitė dr. vyresn. mokslo darb.4. Aušra Ražanskienė dr. vyresn. mokslo darb.Pastabos5. Edita Mištinienė dr. vyresn. mokslo darb. 0,25 etato nuo 11.26,nepagr. darb.6. Rokas Abraitis dr. mokslo darb.7. Asta Abraitienė dr. mokslo darb. atost. vaikopriežiūrai iki09.07.238. Vaiva Kazanavičiūtė dr. stažuotoja iki 2008.04.309. DanguolėKavaliauskaitėdr. stažuotoja iki 2008.04.3010. Rimantas Šiekštelė jaun. mokslo darb. iki konkurso11. Rimantas Slibinskas dr. mokslo darb.12. Raimundas Ražanskas jaun. mokslo darb.13. Aistė Bulavaitė doktorantė,bioinžinierė,jaun. mokslo darb.14. Rasa Petraitytė doktorantė,bioinžinierėjaun. mokslo darb.15. Mindaugas Juozapaitis doktorantas,bioinžinieriusiki 09.150,5 etatonuo 09.17iki 09.150,5 etatonuo 09.170, 5 etato© Biotechnologijos institutas 57

Metinis pranešimas – 200716. Eglė Aleksaitė doktorantė,bioinžinierė17. Linas Antoniukas doktorantas,bioinžinieriusjaun. mokslo darb.18. Evaldas Čiplys doktorantas,bioinžinierius19. Rita Vorobjovienė bioinžinierius0,5 etatoiki 09.150,5 etatonuo 09.17nuo 09.1720. Agnė Petuškaitė laborantė (studentė) 0,5 etato21. Ieva Strodomskytė laborantė (studentė) 0,5 etato22. Lina Kungytė laborantė (studentė) 0,5 etato nuo10.0123. Tomas Šinkūnas laborantas (studentas) 0,75 etato nuo 08-0124. Dalia Gritėnaitė laborantė (studentė) 0,5 etato nuo 08.3125. Jonas Dabrišius laborantas (studentas) 0,5 etato nuo09.0526. Agnė Valinčiūtė laborantė (studentė) 0,5 etato nuo 09.0627. Milda Žilinskaitė laborantė (studentė) 0,5 etato nuo 09.0628. Gelena Kondratovič laborantė29. Elena Čeberakienė laborantė 0,75 etato2007 m. buvo vystoma tęstinė tema „Chimerinių ir natyvių virusinių baltymų sintezėmielėse ir jų panaudojimas“, apimanti visus su virusais susijusius laboratorijos projektus.Vykdant EB 6-sios programos projektą buvo sukurti viruso VSV glikoproteino producentai beichimerinės virusus primenančios dalelės, eksponuojančios VSV glikoproteino B-ląsteliųepitopus, LCMV viruso glikoproteino T-ląstelių epitopą bei HCV glikoproteinųneutralizuojančius epitopus. Bendradarbiaujant su Friedrich Loffter-Institute kolegomis, sukurtosir dalinai charakterizuotos virusus primenančios dalelės, eksponuojančios modelinį LCMV CTLGP 31-44 epitopą. Pradėti in vivo ir in vitro eksperimentai su šiomis chimerinėmis VLP paveiktomispelių dendritinėmis ląstelėmis, tiriamas imunizacijos jomis poveikis vėžinių auglių augimuipelėse.Bendradarbiaujant su kolegomis iš Botanikos instituto ir LSDI, sodo augaluose buvoieškota ligų sukėlėjų - viroidų ir fitoplazmų. Preliminarūs rezultatai rodo, kad 5 tirti medžiai yragalimai infekuoti viroidais. Taip pat nustatyta, kad 18 tirtų medžių buvo infekuoti fitoplazmomis.Buvo rastas iki šiol Lietuvoje nesurastas naujas fitoplazmos porūšis.Klonuoti rapso Brassica napus CBF/DREB šalčio atsako kelio genai. Bendradarbiaujantsu LSDI ir LŽŪU konstruojami šalčiui atsparūs rapsai ir sodo augalai. Sukonstruoti vektoriaivaisinių augalų bei ląstelių kultūrų su padidinta antocianų produkcija ir stabilumu kūrimui.Bendradarbiaujant su imunologijos ir ląstelės biologijos laboratorija, buvo konstruojamosįvairios virusus primenančios dalelės, eksponuojančios savo paviršiuje norimus epitopus. Šiosdalelės buvo sėkmingai pritaikytos specifinių monokloninių antikūnų gavimui. Vykdant aukštųjų© Biotechnologijos institutas 58

Metinis pranešimas – 2007technologijų plėtros projektą, buvo sukurtos kvėpavimo virusų RSV ir PIV1; 3 bei Rubellaviruso testavimo sistemos. Bendradarbiaujant su Vokietijos kolegomis, susintetinti pasiutligėsvirusų baltymai, tikintis juos panaudoti diagnostikos sistemų kūrimui.Bendradarbiaujant su Vokietijos ir Šveicarijos mokslininkais sėkmingai pradėti darbaikuriant gripo virusų RNR polimerazių producentus.Eil.Nr.7.5. Biotermodinamikos ir vaistų tyrimo laboratorija (BVTL)Biotermodinamikos ir vaistų tyrimo laboratorijoje 2007 m. dirbo 28 darbuotojaiLentelė 7.5Vardas, pavardėMokslinislaipsnisPareigos1. Daumantas Matulis dr. vyriaus. mokslo darb.,laboratorijos vedėjas2. Gervydas Dienys habil.dr.,prof.vyresn. mokslo darb.0,5 etatoPastabos3. Birutė Surinėnaitė dr. vyresn. mokslo darb. iki konkurso4. Asta Zubrienė dr. mokslo darb.5. Virginija Dudutienė dr. mokslo darb.6. MindaugasZaveckas7. MeilutėMeizereitytė8. PiotrasCimmpermandr.mokslo darb.dr. mokslo darb. iki konkurso9. Henrikas Šebėka dr. jaun. mokslo darb.10. VilmaMichailovienėdr. stažuotojas iki 2008.04.30jaun. mokslo darb.11. Jelena Jachno jaun. mokslo darb.12. Lina Mištinaitė doktorantė,bioinžinierė13. Darius Lingė informacinių sistemųinžinierius14. Jolanta Torresan bioinžinierė0,375 etato15. Tatjana Romaškevič bioinžinierė 0,5 etato nepagr. darb16. EigidijusKazlauskasdoktorantas,bioinžinieriusnuo 09.17© Biotechnologijos institutas 59

Metinis pranešimas – 2007Eil.Nr.Vardas, pavardėMokslinislaipsnisPareigos17. Rūya Kulbokaitė bioinžinierė 0,5 etato18. Edita Čapkauskaitė laborantas 0,5 etato19. Zigmas Toleikis laborantas (studentas) 0,5 etatoPastabos20. Dovilė Šapokaitė laborantė (studentė) 0,5 etato nuo 08.0721. Edita Kleinaitė laborantė (studentė) 0,5 etato22. JustasVaitekūnas laborantas (studentas) 0,5 etato nuo 08.0923. VytautasIešmantavičius24. JūratėKamarauskaitėlaborantas (studentas) 0,5 etato nuo 07.09laborantė (studentė) 0,5 etato nuo 07.1625. Agnė Liniauskaitė laborantė (studentė) 0,5 etato nuo 08.0826. Lina Malinauskaitė laborantė (studentė) 0,5 etato nuo 10.0127. Aliona Voroncova laborantė (studentė) 0,5 etato nuo 10.0128. Leokadija Davidian laborantėLaboratorija kuria ir tyrinėja naujoviškus mažamolekulinius gamtinius bei sintetiniusjunginius, kurie pasižymėtų priešvėžinėmis savybėmis. Medžiagų kūrimui naudojami naujoviškistruktūrinės biotermodinamikos metodai, panašūs į pasaulinėse farmacijos kompanijosenaudojamus metodus – izoterminė titravimo kalorimetrija, terminis poslinkis, bei įvairūsorganinės sintezės ir molekulinės biologijos metodai.Pagal racionalaus dizaino principus pasirinkti keturios baltymų grupės – taikiniai, kuriųneteisingas veikimas dalyvauja vėžio sukėlime: karboanhidrazės (žmogaus kūne jų yra 14izoformų vykdančių daugybę funkcijų), šaperonas Hsp90 (padeda vėžį sukeliančių baltymųbiosintezėje), baltymas Hdm2, bei polo-kinazių šeima. Slopinant visas šias baltymų šeimasgalima pristabdyti vėžio ligą.2007 metais paduota tarptautinė patentinė paraiška naujai sukurtų medžiagų grupei, kuriosslopina karboanhidrazes. Laboratorijoje pagamintos 5 rekombinantinės karboanhidrazės. Darviena karboanhidrazė gauta iš Suomijos mokslininkų. Nustatytos preliminarios medžiagųbiotermodinaminės jungimosi savybės, nustatytas preliminarus specifiškumas vėžį sukeliančiomskarboanhidrazėms. Atspausdintas straipsnis žurnale Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters.Ruošiama bendra publikacija su Suomijos ir Italijos mokslininkais.Sukurta ir preliminariai tirta naujoviškų slopiklių klasė Hsp90 šaperonui. Išmatuoti šiųsusintetintų medžiagų jungimosi termodinaminiai parametrai su keliomis rekombinantinėmisšaperono formomis, pagamintomis mūsų laboratorijoje. Laboratorijoje sukurtas ląstelėsbiologijos padalinys/kambarys, kuriame tyrinėtas šių naujoviškų medžiagų poveikis vėžinėmsžmogaus ląstelėms U2OS ir HeLa. Pademonstruota, kad medžiagos slopina šių ląsteliųgyvybingumą ir dauginimąsi. Ruošiama patentinė paraiška bei mokslinės publikacijos.© Biotechnologijos institutas 60

Metinis pranešimas – 2007Taip pat laboratorijoje tyrinėti fundamentiniai baltymų biotermodinaminiai stabilumoparametrai. Sukurtas metodas baltymų denatūracijos entalpijai išmatuoti žemose temperatūrose,tyrinėtas baltymų atsparumas aukštam slėgiui. Viena publikacija išėjo, kitos ruošiamos.Eil.Nr.7.6. Imunologijos ir ląstelės biologijos laboratorija (ILBL)2007 m. laboratorijoje dirbo 15 darbuotojų.Lentelė 7.6.Vardas, pavardėMokslinislaipsnisPareigos1. Aurelija Žvirblienė dr. vyresn. mokslo darb.,laboratorijos vedėja2. Jurga Matulienė dr. vyresn. mokslo darb.3. Petras Stakėnas dr. vyresn. mokslo darb.4. Arvydas Kanopka dr. mokslo darb.5. Daiva Bakonytė jaun. mokslo darb.Pastabos6. Indrė Šėžaitė jaun. mokslo darb. iki konkurso7. Indrė Kučinskaitė doktorantė,bioinžinierė,8. Inga Vainikonytė(Pečiulienė)doktorantėbioinžinierė9. Rita Lasickienė bioinžinierė0,5 etato0,375 etato10. Eglė Markauskaitė laborantė 0,5 etato11. Valda Janavičiūtė laborantė (studentė) 0,5 etato nuo 07.3112. Ieva Kairytė laborantė (studentė) 0,5 etato nuo 11.0213. Rūta Kudarauskaitė laborantė (studentė) 0,5 etato nuo 07.1614. Gražina Petrauskienė laborantė iki 08.11.30 vaikopriežiūros atostogose15. Liodzia Diglienė laborantė 0,5 etato nepagr. darb.2007 metais ILBL vykdomi projektai:Projektas Nr. 01/07. Monokloninių ir rekombinantinių antikūnų kūrimas. VadovėA. Žvirblienė.Monokloniniai antikūnai plačiai naudojami įvairiose mokslo srityse ir turi didžiulįpotencialą kaip diagnostiniai reagentai. Pastaraisiais metais vis platesnį pritaikymą randa irrekombinantiniai antikūnai, pvz., scFv (viengrandžiai kintamosios dalies fragmentai, angl. singlechainfragment variable, Fv). Efektyviausias rekombinantinių scFv kūrimo būdas yra atitinkamųimunoglobulinų genų fragmentų klonavimas iš hibridomų.© Biotechnologijos institutas 61

Metinis pranešimas – 2007Šio projekto tikslas yra sukurti naujus monokloninius ir rekombinantinius antikūnus,turinčius potencialų pritaikymą moksliniuose tyrimuose bei diagnostikoje. Imunizacijoms buvonaudojami rekombinantiniai virusų antigenai, ekspresuoti mielėse. Vėliau planuojama atrinkti kaikurias perspektyviausias hibridomas (pvz., produkuojančias virusus neutralizuojančius antikūnus)ir panaudoti jas scFv kūrimui.Vykdant projektą, buvo sukurtos hibridomos, gaminančios monokloninius antikūnusprieš žaliai fluorescuojantį baltymą (GFP). Monokloniniai antikūnai prieš GFP skirti molekulinėsbiologijos tyrimams.Naudojant rekombinantinį antigeną VP1/GFP-Cter (chimerinį baltymą be C-galinio VP1baltymo fragmento), buvo sukurta 17 naujų monokloninių antikūnų prieš GFP. AntigenasVP1/GFP-Cter, turintis pilno ilgio GFP intarpą, neformuoja į virusus panašių dalelių, tačiau yralabai imunogeniškas. Imunizacija chimeriniu baltymu VP1/GFP-Cter sukėlė stiprų imuninį atsakąprieš intarpą ir silpną atsaką prieš baltymą-nešiklį (VP1). Nustatyta, kad visi gautiejimonokloniniai antikūnai yra IgG klasės. Ištirtas jų specifiškumas, naudojant Cos7 ir 3T3 ląsteles,transfekuotas GFP koduojančia plazmide. Nustatyta, kad šie antikūnai imunoblotinge atpažįstaGFP transfekuotų ląstelių lizatuose.Imunizacijoms taip pat buvo naudotas chimerinis antigenas VP1/GFP, turintis turi pilnoilgio GFP intarpą. Imunizavus baltymu VP1/GFP, gauti 3 hibridomų klonai, produkuojantys IgGklasės antikūnus pieš GFP. Šie antikūnai taip pat reaguoja su GFP transfekuotų ląstelių lizatuose,tiriant imunoblotingu.Buvo sukurti monokloniniai antikūnai prieš Nipah viruso nukleokapsidės baltymą (NP).Imunizacijoms buvo naudotas chimerinis antigenas: pelės poliomos viruso baltymas VP1 suįterptu Nipah NP 35 a.r ilgio fragmentu. Gauta 1 hibridomų linija, produkuojanti antikūnus priešNipah NP. Nustatyta, kad jie yra IgG1 izotipo, specifiškai reaguoja su pilno ilgio Nipah NP irnereaguoja su giminingo Hendra viruso NP.Bendradarbiaujant su Friedrich-Loeffler institutu (Vokietija), buvo atliktas anksčiausukurtų monokloninių antikūnų prieš pasiutligės viruso nukleokapsidės baltymą specifiškumotyrimas. Šia tema paskelbta publikacija (Kučinskaitė ir kt., 2007).Pradėtas rekombinantinių antikūnų kūrimas. Iš anksčiau sukurtos hibridomos,produkuojančios neutralizuojančius antikūnus prieš TNF-alfa (hibridoma NF-2), išskirta mRNRir PGR būdu amplifikuoti kopijinės DNR fragmentai, atitinkantys Ig sunkiosios ir lengvosiosgrandinių variabiliąsias (Fv) sekas. Šie Fv fragmentai klonuoti į pUC57 plazmidę. Atlikus DNRsekvenavimą, atrinkti klonai su reikalingomis sekomis, kurios toliau bus naudojamos scFvekspresijai E.coli.Naujai sukurti monokloniniai antikūnai buvo tiekiami kompanijoms Abcam Ltd(D.Britanija) ir Santa Cruz Biotechnology (JAV.Per ataskaitinį laikotarpį paskelbtos 6 publikacijos tarptautiniuose žurnaluose.Projektas Nr 02/07: Naujai atrasti deguonies sensoriai, kaip priešvėžiniai vaistų taikiniai:Deguonies įtaka pre-iRNR splaisingui. Vadovas A. Kanopka.Vieni aktyviausių piktybinių navikų vystimosi sukėlėjų arba skatintojų yra ląstelės stresąsukeliantys veiksniai, tokie kaip deguonies trūkumas (hipoksija) bei įvairių toksinių medžiagųpoveikis. Sparčiai didėjant augliui, jo viduje paprastai susidaro hipoksinės sąlygos dėlnepakankamos auglio vaskuliarizacijos. Hipoksijos metu ląstelėse suaktyvėja hipoksijosindukuojamų faktorių (HIF) – HIF-1α, HIF-2α ir HIF-3α sintezė. Šie transkripcijos reguliatoriaisąlygoja eilės genų, padidinančių ląstelės bei viso organizmo atsparumą deguonies trūkumui,transkripciją. Didžioji dalis duomenų apie HIF įtaką bei jų funkcijas yra gauti tyrinėjant faktorių© Biotechnologijos institutas 62

Metinis pranešimas – 2007HIF-1α. Parodyta, kad šis faktorius yra svarbus piktybinių navikų vystimuisi, jis randamasdaugelyje žmogaus vėžinių auglių. Šio faktoriaus raiška paprastai lemia blogą prognozę irterapinį atsaką daugelio vėžinių auglių atvejais. Manoma, jog panašios savybės būdingos irfaktoriui HIF-2α, tuo tarpu duomenų apie HIF-3α vaidmenį ląstelėje bei jo funkciją yra nedaug.HIF-1 raiška ir aktyvumas padidėja hipoksinėmis sąlygomis, o reoksigenacijos metu šiebaltymai greitai degraduojami.Neseniai buvo atrastas baltymas, kurio funkcija ląstelėje yra priešinga HIF-3 funkcijai. Šisbaltymas buvo pavadintas IPAS (inhibitorinis PAS domeną turintis baltymas). Parodyta, kadIPAS mRNR susidaro nuo HIF-3α pre-mRNR alternatyvaus pre-mRNR splaisingo pasiekoje. Beto nustatyta, kad šis faktorius nesąveikauja su β-subvienetu tačiau sąveikauja su HIF-1α baltymuir tuo pačiu slopina vėžinių auglių vystimąsi, išlaikant avaskuliarinį jų fenotipą.HIF-3α/IPAS splaisingo reguliacijos tyrinėjimai, lyginant pre-mRNA splaisingo profiliusgautus in vitro pre-mRNR spalisingo reakcijoje HeLa ląstelių augintų normoksinėmis arhiposkinėmis sąlygomis branduolių ekstraktuose parodė kad vienas iš HIF-3α/IPAS splaisingąreguliuojantys faktoriai yra esminiai spalaisingo faktoriai SR baltymai. Nustatyta kad SRbaltymai išskirti iš HeLa ląstelių augintų hipoksinėmis sąlygomis stipriau sąveikaudami su preiRNRskatina IPAS mRNR susidarymą, kai tuo tarpu išskirti iš HeLa ląstelių augintųnormaliomis sąlygomis skatina HIF-3α mRNR susidarymą. Laboratorijoje gauti rezultatai rodokad esminiai pre-iRNR splaisingo faktoriai SR baltymai vaidina svarbų vaidmenį reguliuojantpre-mRNR splaisingą, tuo pačiu ir baltymo slopinančio HIF-1α funkciją susidarymą.Projektas Nr. 03/07.Tuberkuliozės molekulinės epidemiologijos tyrimai. VadovasP. Stakėnas.Tuberkuliozė išlieka rimta sveikatos apsaugos problema Lietuvoje: sergamumo indeksas siekia69,8/100000 gyventojų, sergamumas vaistams atsparios tuberkuliozės formomis – vienas išdidžiausių pasaulyje. Šio tęstinio projekto tikslas yra integruoti tuberkuliozės molekulinėsepidemiologijos tyrimus į Atsparios tuberkuliozės kontrolės strategiją, kas leistų įvertintituberkuliozės sukėlėjo populiacijos pokyčius bei kovos su tuberkulioze efektyvumą. Šiam tiksluipasiekti 2007 metais buvo numatyta genotipavimo metodais detaliai charakterizuoti šiuo metucirkuliuojančių M. tuberculosis padermių populiaciją ir atlikti atsparumo gydymui nuotuberkuliozės naudojamiems rezerviniams genetinių determinančių paiešką. Tyrimai atliktiglaudžiai bendradarbiaujant su Respublikine tuberkuliozės ir infekcinių ligų universitetineligonine.Atlikus 151 neturinčių dauginio atsparumo vaistams M. tuberculosis padermiųgenotipavimo IS6110 RFIP analizės metodu tyrimus buvo identifikuoti 79 unikalūs pagal IS6110RFIP profilius padermių genotipai. Nustatytas aukštas sukibusių į identiškus klasterius M.tuberculosis padermių dažnis (35,1%) patvirtino, kad dauguma žmonių ir vaistams jautriostuberkuliozės atvejais suserga dėl užsikrėtimo tomis pačiomis cirkuliuojančiomis tuberkuliozėssukėlėjo padermėmis. Tačiau padermių klasteriuose dažnis 2007 metais, palyginant su 2005-2006metais, reikšmingai nepakito kas rodo, kad neturinčios dauginio atsparumo vaistamstuberkuliozės situaciją pavyko stabilizuoti. Atlikti 104 turinčių dauginį atsparumą M. tuberculosispadermių analogiškus tyrimai parodė, kad net 98% susirgimų vaistams atsparia tuberkuliozesukėlė anksčiau mūsų identifikuotoms, keturioms padidinto virulentiškumo genetiškaigiminingoms grupėms, priklausančios padermės. Jų paplitimo dažnis, palyginus su ankstesniaistyrimais, nesumažėjo, kas rodo, jog svarbiausios infekcijos pernešimo grandinės nutrauktosnebuvo. Buvo toliau tęsiami M. tuberculosis populiacijos filogenetinės struktūros tyrimai -genotipavimo spoligotipavimo analizės metodu buvo identifikuotos anksčiau minimų padermiųgenetinės genetinės linijos, jų sublinijos ir konkretūs spoligotipų profiliai. Buvo tęsiamiM. tuberculosis atsparumo gydymui nuo atsparios tuberkuliozės rezerviniams vaistams© Biotechnologijos institutas 63

Metinis pranešimas – 2007nulemiančių mutacijų tyrimai, papildomai ištiriant 35 atsparias ofloksacinui ir 35 atspariaskanamicinui padermes. Genotipavimo metodais ištiriant 11 atvejų, pradėti M. tuberculosisgenotipų stebėsenos nuo atsparios tuberkuliozės gydymo eigoje tyrimai, kurie parodė, jogsavavališkai nutraukę gydymą asmenys platina sunkias tuberkuliozės formas. Atlikus reinfekcijostyrimus nustatyta, jog keturiems iš septynių tirtų asmenų jų antrinis tirtas tuberkuliozės atvejisįvyko dėl užsikrėtimo kita M. tuberculosis paderme.7.7. Bioinfomatikos laboratorija (BL)2007 m. laboratorijoje dirbo 8 darbuotojai:Lentelė 7.7.Eil.Nr.Vardas, pavardėMokslinislaipsnisPareigos1. Česlovas Venclovas dr. vyriaus. mokslo darb.2. Albertas Timinskas dr. vyresn. mokslo darb.3. MindaugasMargelevičiusdr.vyresn. mokslo darb.4. Alvydas Špokas jaun. mokslo darb.5. Jolita Višinskienė doktorantė6. Rytis Dičiūnas inžinierius informatikasPastabos7. Darius Kazlauskas laborantas (studentas) iki 08.06.308. Mindaugas Laganeckas laborantas (studentas) iki 08.06.30Per ataskaitinius metus Bioinformatikos laboratorijos darbuotojai intensyviai kūrėbioinformatinius metodus bei juos taikė įvairioms konkrečioms biologinėms problemoms spręsti.Metodų kūrimo srityje šiais metais baigtas automatinės giminingų baltymų paieškos sistemoskūrimas. Ši sistema Re-searcher, nuo angl. recurrent searches) leidžia norimu periodiškumuautomatiškai atlikti baltymų sekų paieškas pasirinktose duomenų bazėse ir pateikti išanalizuotusrezultatus. Tuo būdu ši sistema įgalina vartotoją be jokių papildomų pastangų reguliariai gautiinformaciją apie naujai atsiradusias sekas ir struktūras, giminingas jį dominančiai sekai. Maža to,Re-searcher sistema gali „kuruoti“ ne vieną, bet kelias ar net keliasdešimt baltymų sekų. Researchersistema yra atviro kodo programinė įranga ir yra laisvai prieinama kiekvienambesidominčiam šiuo adresu: http://www.ibt.lt/bioinformatics/re-searcher/Šiais metais taip pat toliau buvo tobulinamas sekų profiliais paremtas metodas tolimiems (ir todėlvisiškai neakivaizdiems) evoliucinio giminingumo ryšiams tarp baltymų šeimų nustatyti.Pagrindiniai metodo kūrimo darbai jau baigti. Lieka nuodugniai naująjį metodą ištestuoti irišsamiai palyginti su kitais, šiuo metu efektyviausiais metodais.Reikšmingų rezultatų taip pat buvo gauta apjungiant bioinformatinius metodus su praktiniaiseksperimentais.© Biotechnologijos institutas 64

Metinis pranešimas – 2007Viename iš tokių projektų, bioinformatikos metodais buvo nusakyti katalitinio BpuJI restrikcijosendonukleazės struktūrinė sankloda ir aktyvaus centro amino rūgštys. Šie nusakymai buvopatvirtinti eksperimentais. Bioinformatiniais metodais taip pat buvo nustatyta, kad giminingidomenai yra plačiai paplitę gamtoje. Jų surasta įvairiose baltymų šiemose, būdingose tiekbakterijoms bei archebakterijoms, tiek eukariotams. Remiantis bioinformatinių tyrimų rezultataiskai kurioms iš šių šeimų nusakyta konkreti molekulinė funkcija.Kitame projekte kompiuterinio molekulinio modeliavimo metodai buvo panaudoti naujo, gamtojeneegzistuojančio, baltymo su norimomis savybėmis kūrimui. Konkrečiai, buvo bandoma sukurtiII tipo restrikcijos endonukleazę, kuri atpažintų ir kirptų naują DNR seką. Tam buvo pasitelktas„Lego“ principas, t.y. naujam baltymui konstruoti panaudoti turimi moduliai (gamtinių baltymųdomenai). Tokiu būdu norimą DNR seką atpažįstantis baltymas iš pradžių buvo sumodeliuotasteoriškai, o po to ši teorinė konstrukcija pagaminta laboratorijoje. Ištyrus dirbtinio baltymosavybes, pasirodė, kad jis sugeba atpažinti ir perskelti numatytą DNR seką. Tokiu būdu buvopadėti pamatai naujam būdui, leidžiančiam sukurti norimo DNR specifiškumo biotechnologiškaisvarbius restrikcijos fermentus.© Biotechnologijos institutas 65

Metinis pranešimas – 20078. FINANSAI8.1 PajamosInstituto pajamos, gautos 2007 m. parodytos lentelėje 8.1. ir schemoje 8.1. Bendra pajamųsuma buvo 10564 tūkst. Lt (be ES struktūrinių fondo lėšų). Lyginant su 2006 m. (gauta 7778.2tūkst. Lt), pajamų buvo gauta 135.8 % daugiau.Nr. Š a l t i n i a i Iš viso2 0 0 7 m.Iš to skaičiausBendroslėšosMokslininkųlėšos2006 m.iš viso2007/2006%Lentelė 8.1.Sąmata2007 m.iš viso1. Biudžeto subsidija 4240,9 4240,9 3758,8 112,8 4233,02. Švietimo ir mokslo362,8 362,8 120,4 301,3ministerijos lėšos2a Lietuvos mokslo taryba 39,8 4,0 35,8 12,0 331,7 21,02b Tarptautinė mokslo irtechnologijų plėtrosprogramos70,1 70,1 83,1 84,43. Mokslinės sutartys,finansuojamos LVMSF4. Mokslinės sutartys suorganizacijomis4.1. Sutartys su UAB“Fermentas”4.2. Sutartys su kt. organizacijomis5.5.1.5.2.5.3.6.6.1.6.2.7.7.1.7.2.Užsienio grantai ir kt.GrantaiSutartysKitos lėšosParamos fondasFinansavimas pinigaisParama mater.vertybėmisŪkinės sutartysSutartis su UAB “Fermentas”Sutartys su kitomisorganizacijomis2375,0 188,6 2186,4 1086,6 218,6 1000,0710,8265,0445,82247,91877,6312,757,626,226,2395,5370,624,992,849,043,8201,9171,230,714,514,5395,5370,624,9618.0216,0402,02046,01706,4282,057,611,711,7302,070,0232,01993,01649,6274,968,559.856.83,0313,9280,733,2235,4378,5192,2265,0265.0112,8 1600.01600.043,846,1126,0132,075,050,050,0326,0292,034,08. Pardavimai -9. Kitos ūkinės veiklos pajamos 95,0 95,0 48,7 195,1 52,0Iš viso: 10564,0 5233,2 5330,8 7778,3 135,8 7526,0Praeitų metų likutis 533,1 123,1 410,0 1049,8 50,8 533,1Iš viso: 11097,1 5356,3 5740,8 8828,1 125,7 8059,1ES struktūriniai fondai 1926,5 1926,5 5768.3 33,4 2320,0© Biotechnologijos institutas 66

Metinis pranešimas – 2007Tiesioginė biudžeto subsidija sudarė 40,1 % Lt visų gautų pajamų. Biudžeto subsidija2007 metais, lyginant su 2006 m., padidėjo 482,1 tūkst. Lt (12,8 %). Lentelėje 8.2 parodytasbiudžeto subsidijos kitimas per pastaruosius 5 metus.Lentelė 8.2MetaiPradinispaskirstymasBiudžeto subsidija, tūkst. LtKitimaimetų bėgyjeFaktinisfinansavimasKitimas (per metus)Tūkst.. Lt %2002 2080 - 2080 + 189 + 10,02003 2052 +2,1 2054,1 - 25,9 -1,32004 2664 +156,7 2820,7 +766,6 +37,32005 3043 +3,0 3046,0 +225,3 +8,02006 3715 +43,8 3758,8 +712,8 +23,42007 4233 +7,9 4240,9 +482,1 +12,82007 m. Švietimo ir mokslo ministerija papildomai skyrė 362.8 tūkst. Lt iš jų: 315,7 tūkst.Lt skirta mokslinės aparatūros įsigijimui, vykdant LR švietimo ir mokslo ministro 2007 m.vasario 27 d. įsakymą Nr. ISAK-286; 26,6 tūkst. Lt ŠMM skyrė lėšas iš Privatizavimo fondoasistentų, jaunesniųjų mokslo darbuotojų, mokslo darbuotojų ir tyrėjų darbo užmokesčiopadidinimui nuo 2007 m. rugsėjo 1d.; 11,7 tūkst.Lt skirta už mokslinį tyrimą „Galimybiųstudija: Aukščiausios kompetencijos specialistų rengimas, moksliniai tyrimai ir eksperimentinėplėtra, mokslui imlaus verslo vystymas biotechnologijos srityje“; 5,8 tūkst.Lt – atstovodalyvavimo ES Žinių bioekonomikos tinklo renginiuose išlaidoms.Pajamos iš ūkinės veiklos turi tendenciją augti (2007 m. – 395,5 tūkst. Lt, 2006 m. -313,9 tūkst. Lt, 2005 m. – 243,9 tūkst. Lt, 2004 m. – 226,1 tūkst. Lt, 2003 m.- 194,7 tūkst. Lt).Kitos Instituto pajamos padidėjo 95,1 % (2007 m. – 95,0 tūkst. Lt, 2006 m.- 48,7 tūkst. Lt, 2005m. – 31,5 tūkst. Lt, 2004 m. – 23,0 tūkst. Lt). Kitos pajamos padidėjo ryšium su atliekamaissekvenavimo darbais įvairioms imstitucijoms.Klasif.Nr.8.2. Išlaidos2007 m. išlaidos parodytos lentelėje 8.3.P a v a d i n i m a sIš visoLentelė 8.3.2 0 0 7 m.Iš to skaičiausIšbendrųpajamųIš mokslininkų2006 m.iš viso2007/2006%Sąmata2007 m.iš viso1. Darbo užmokestis 3122,6 3122,6 2647,9 117,9 2983,71.1. Mokslo darbuotojams 1968,0 1968,0 1670,4 117,8 1924,01.2. Aptarnaujančioms tarnyboms 821,7 821,7 733,6 112,0 786,7© Biotechnologijos institutas 67

Metinis pranešimas – 2007Klasif.Nr.P a v a d i n i m a sIš viso2 0 0 7 m.Iš to skaičiausIšbendrųpajamųIš mokslininkų2006 m.iš viso2007/2006%Sąmata2007 m.iš viso1.3. Administracijai 332,9 332,9 243,9 136,5 273,02. Kiti mokėjimai darbuotojams 1264,9 278,5 986,4 955,8 132,3 1045,03. Socialinis draudimas 1168,7 999,4 169,3 978,4 119,5 11344. Komandiruotės 193,3 2,8 190,5 395,6 48,8 220,05. Elektros energija 91,0 91,0 71,7 126,9 76,06. Šildymas 60,7 60,7 58,4 103,9 80,07. Vanduo ir kanalizacija 15,4 15,4 13,9 110,8 16,08. Ryšių paslaugos 40,9 31,2 9,7 50,8 80,5 51,09. Pagrindinės priemonės mokslodarbams10. Reagentai, medžiagos mokslodarbams11. Pagrind. priemonės ūkinėmsfunkcijoms1226,6 13,5 1213,1 863,7 142,0 775,01001,1 37,2 963,9 1054,0 95,0 820,091,5 91,5 49,7 184,1 114,012. Medžiagos ūkio darbams 23,1 23,0 0,1 11,4 202,6 21,013. Inventorius (baldai ir kt.) 90,2 53,2 37,0 110,3 81,8 72,014. Kanceliarinės, ūkinės prekės 20,0 6,9 13,1 26,3 76,0 27,015. Pastatų, teritorijos remontas irpriežiūra188,6 167,1 21,5 92,6 203,7 95,016. Darbo sąlygos ir darbų sauga 15,4 15,4 9,7 158,8 15,517. Spauda ir informacija 38,5 6,2 32,3 31,1 123,8 63,018. Autotransporto išlaikymas71,3 71,365,2 109,4 80,518.1.1 Kuras ir tepalai48,8 48,846,5 104,9 54,08.2. Atsarginės dalys5,9 5,94,0 147,5 7,018.3. Autoserviso paslaugos7,2 7,24,9 146,9 8,018.4. Angaro komun. patarn.5,5 5,56,0 91,7 6,518.5. Automobilių draudimas3,9 3,93,8 102,6 5,019. Mokėjimai už paslaugas 362,0 130,0 232,0 266,3 135,9 124,020. Draudimas 9,9 9,9 2,4 412,5 3,021. Mokesčiai 12,4 10,6 1,8 2,0 620,0 4,022. Išlaidos reprezentacijai 2,9 1,2 1,7 3,5 82,9 6,0© Biotechnologijos institutas 68

Metinis pranešimas – 2007Klasif.Nr.P a v a d i n i m a sIš viso2 0 0 7 m.Iš to skaičiausIšbendrųpajamųIš mokslininkų2006 m.iš viso2007/2006%Sąmata2007 m.iš viso23. Išlaidos kontragentams 583,0 583,0 199,9 291,6 130,024. Kitos išlaidos 7,1 3,3 3,8 11,2 63,4 12,025. Užsienio mokslo darbuotojų,atvykstančių pagal BIOCELprojektą, komandir.išlaidos26 Netinkamų ESF išlaidųkompensavimas323,091,4Iš viso: 9701,1 5241,9 4459,2 8294,8 117,0 8059,1Pajamų/išlaidų balansas: +1396,0 +114,4 +1281,6 + 533,3 - -ES struktūrinių fondų išlaidos 1457,4 1457,4 5690,7 2320,0Kaip ir kiekvienais metais, pagrindinę išlaidų dalį (32,2 %) sudarė darboužmokestis (2006 m. buvo 32 %). Išlaidos darbo užmokesčiui 2007 m. padidėjo 17,9 % lyginantsu ankstesniais metais. Kiti mokėjimai darbuotojams padidėjo 309,1 tūkst. Lt (32,3 %). Jiepadidėjo todėl, kad buvo gauta daugiau lėšų iš Lietuvos valstybinio mokslo ir studijų fondo.Papildomi mokėjimai mokslo darbuotojams, jų pačių iniciatyvos ir intensyvaus darbo rezultatas,sudarė nemažą dalį jų darbo užmokesčio – 33,4 % nuo ( 1968,0+986,4) tūkst. Lt, 2006 m. buvo30,0 %, 2005 m. – 41,6 %, 2004 m. – 38,1 %, 2003 m. – 34,1 %)..2007 m. tiesioginės išlaidos mokslo reikalams (komandiruotėms, reagentams,laboratorinėms medžiagoms, prietaisams, kontragentams) – 2950,5 tūkst. Lt padidėjo 547,8tūkst. Lt (22,8 %) lyginant su 2006 m. (2006 m. buvo 2402,7 tūkst.Lt, 2005 m. buvo 1879,1tūkst. Lt, 2004 m. – 2207,6 tūkst. Lt, 2003 m. – 1802,2 tūkst. Lt).Institutas įsigijo ilgalaikio turto mokslo darbams už 1226,6 tūkst. Lt (2006 m. už863,7 tūkst.Lt, 2005 m. – 602,8 tūkst.Lt, 2004 m. – 1182,9 tūkst. Lt, 2003 – 613,9 tūkst.Lt).Išlaidos energetiniams ištekliams ir ryšiams (198,3 tūkst. Lt) padidėjo lyginant su2006 m. 12,1 tūkst. Lt (2006 m. – 176,9 tūkst. Lt, 2005 m. – 188,3 tūkst. Lt, 2004 m. – 175,4tūkst. Lt, 2003 m. – 181,9 tūkst. Lt.). Išlaidos autotransporto išlaikymui (71,3 tūkst. Lt) padidėjolyginant su 2006 m. 9,4 % (2006 m. – 65,2 tūkst. Lt , 2005 m. – 68,8 tūkst. Lt , 2004 m. – 76,8tūkst. Lt, 2003 – 82,3 tūkst. Lt.).Bendra išlaidų suma 2007 m. (9701,1 tūkst. Lt ) buvo 1406,3 tūkst. Lt (17,0 %) didesnėuž 2006 m. sumą (8294,8 tūkst. Lt). Visumoje, metai finansiniu požiūriu buvo pakankamaisėkmingi, visi pagrindiniai Instituto poreikiai buvo patenkinami.8.3. Sąmatos įvykdymas2007 m. instituto tarybos patvirtintos sąmatos įvykdymą parodo lentelė 8.4.© Biotechnologijos institutas 69

Metinis pranešimas – 2007RodikliaiLėšų likutismetų pradžiaiPatvirtinta,tūkst. LtĮvykdytaTūkst. Lt %533,1Pajamos 7526,0 10564,0 140,4Išlaidos 8059,1 9701,1 120,4Lėšų likutismetų pabaigai1396,0 -Lentelė 8.4.Gauta 3038,0 tūkst. Lt ( 40,4 %) daugiau pajamų negu buvo numatyta sąmatoje. Metųpabaigoje likęs nepanaudotų lėšų likutis, paaiškinamas tuo, kad dalis mokslininkų dėl įvairiųpriežasčių nespėjo išleisti lėšų, gautų grantų ir sutarčių vykdymui. Planuotos išlaidos perkeltos įsekančius – 2008 metus.2007 m. Biotechnologijos institutas dalyvauja Europos Sąjungos remiamų struktūriniųfondų projektų vykdyme, t.y. 2 ESF projektų vykdyme dalyvauja kaip Vykdytojai, 9 - kaipPartneriai. 2007 m. gauta 2789,1 tūkst. Lt ESF projektų vykdymui. Iš jų 862,6 tūkst. Lt pervestaprojektų Partneriams. 2007 m. iš ESF remiamų projekto lėšų įsigyta priskaičiuota darboužmokesčio su soc. draudimo įmokomis 370,4 tūkst. Lt. Liko nekompensuota ESF lėšomis387,0 tūkst. Lt išlaidų, kurias institutas turėjo padengti savo lėšomis.8.4. Laboratorijų iniciatyvinės lėšosNepakankamo valstybinio finansavimo sąlygomis labai didelę reikšmę turi laboratorijųiniciatyvinės lėšos, t.y. lėšos, gaunamos vykdant mokslines sutartis, programas, gaunant grantusir pan. Aktyvios laboratorijos šiais keliais gauna 40 – 80 tūkst. Lt/ vienam faktiškai dirbančiammokslo darbuotojui (lentelė 8.5). Šių lėšų praktiškai pakanka reagentams bei smulkiailaboratorinei technikai ir dar lieka pelnytiems priedams prie darbo užmokesčio. Iniciatyvinėslėšos praktiškai yra pagrindinis šaltinis būtinų moksliniams tyrimams priemonių įsigijimui.LaboratorijaLėšų šaltiniai ir kiekiai, tūkst.. LtLVMSFsutartysSutartyssuLietvospartn.UžsieniograntaiUžsieniokontraktaiIš viso,tūkst.Lt.Lentelė 8.5Lėšos vienamdarbuo-Dar-tojuibuotojųsk.* 2007 2006EGIL 890,5 65,0 149,99 215,8 1321,29 17,25 76,6 69,3IL 127,5 206,8 119,9 68,4 522,6 8 65,3 50,6© Biotechnologijos institutas 70

Metinis pranešimas – 2007LaboratorijaLėšų šaltiniai ir kiekiai, tūkst.. LtLVMSFsutartysSutartyssuLietvospartn.UžsieniograntaiUžsieniokontraktaiIš viso,tūkst.Lt.Lėšos vienamdarbuo-Dar-tojuibuotojųsk.* 2007 2006BI 42,8 260,0 302,8 5 60,56 78,3BVTL 477 15,0 105,6 597,6 13,5 44,3 22,1DMTL 379,5 20,0 27,4 426,9 11 38,8 18,2BNSTL 207,0 235,5 20,5 462,5 12 38,5 67,0PGIL 64,0 64,0 6 10,7 33,5Iš viso 07 2188,3 306,8 898,4 304,2 3697,7 72,75 - -Iš viso 06 1086,6 302,0 1297,1 274,9 2960,6 60,5 - -* Faktiškai dirbančių mokslo darbuotojų skaičius, žr. lentelę 2.3.Neturiu laboratorijų lėšų, gautų pagal Biocel projektą, todėl jos neįskaičiuotos. Šiosneįskaičiuotos ir už 2006 metus.lėšos© Biotechnologijos institutas 71

Metinis pranešimas – 20079. ŪKINĖ VEIKLA9.1. Aptarnaujančios tarnybosInstitutą 2007 m aptarnavusios tarnybos įvardytos Instituto struktūros lentelėje 1.1.Žemiau pateiktoje lentelėje 9.1 pateikiama smulkesnė jų struktūra.Lentelė 9.1EilNr.TarnybospavadinimasVadovasDarbuotojųskaičiusDarbuotojai1. Buhalterija O. Šiurkutė 3 Vyr. buhalterio pavaduotojas (1),buhalteris (2)2. Biblioteka R. Misiūnienė 2 Vedėjas (1),bibliotekininkas (1)3. Technikos tarnyba J. Potecki 15 Technikos tarnybos vadovas (1),inžinierius – energetikas (1), elektrikas(1),elektrikas – telefonistas (1),santechnikas-suvirintojas (1),santechnikas (1),tekintojas (1),šaltkalvis (1),stiklapūtys (1),vandens paruošimo operatorius (0, 5),statybininkas – remontininkas (3),stalius (1), elektrikas – inžinierius (1),metrologas (05)4. Transporto ūkis V. Kosevičius 6 Inžinierius – automechanikas – ūkiovadovas (1), autošaltkalvis (1),vairuotojas (4)5. Ūkio tarnyba - 5 Budėtojas – kontrolierius (2),valytoja (2),skalbėja – kiemo prižiūrėtoja (1)6. Kitos tarnybos - 3,5 Informacinių sistemų inžinierius – (1),darbosaugos inžinierius (1),ekspeditorius (0,5),medicinos punkto vedėjas (1).2007 instituto aptarnavimo sferoje dirbo 34,5 darbuotojų.© Biotechnologijos institutas 72

Metinis pranešimas – 20079.2. Ūkinės sutartys2007 m. sudarytos ūkinės sutartys su UAB „Fermentas“, UAB BIOK, UAB „SicorBiotech“ , AB „Biosintezė“, UAB „Militė“. Bankrutavus AB „Biosintezei“, elektros tiekimosutartis buvo sudaryta su UAB „CITY PLAZA “, kuri perėmė AB „Biosintezės “įsipareigojimus.Institutas ir UAB „Fermentas“ turi dalinai bendrą ūkinę infrastruktūrą, kurioseksploatacinę priežiūrą, aptarnavimą, remontą atlieka instituto aptarnaujančios tarnybos. Taibendri elektros, vandens, kanalizacijos, šildymo tinklai. Be to, instituto aptarnaujančios tarnybosteikia kai kurias paslaugas, pvz. veža darbuotojus į darbą ir iš darbo, teikia bibliotekos paslaugas,aprūpina stiklapūčio dirbtuvių gaminiais ir kt. Taip pat UAB „Fermentas“ nuomojamosgamybinės patalpos. Iš UAB „Fermentas“. Pagal sudarytas sutartis, iš UAB „Fermentas“institutas 2007 metais gavo 370,6 tūkst.Lt pajamų.Sutartys su kitomis įmonėmis sudarytos dėl transporto, elektros energijos, vandens irkitų paslaugų teikimo. Iš šių organizacijų gauta 24,9 tūkst. Lt. pajamų.9.3. Pagrindiniai ūkiniai darbaiAptarnaujančių techninių tarnybų svarbiausia užduotis yra instituto patalpų ir inžineriniųtinklų – elektros, vandentiekio, kanalizacijos, šildymo, vėdinimo, suspausto oro, kompiuterių irtelefonų tinklų ir kt. normalaus funkcionavimo užtikrinimas, priežiūra ir remontas. Be to,instituto techninės tarnybos veža darbuotojus į/iš darbo, prižiūri instituto teritoriją, pagalgalimybes teikia įvairias paslaugas mokslinėms laboratorijoms.2007 m. buvo tęsiami Instituto infrastruktūros gerinimo darbai:1. NLK 204 lab. remontas.2. NLK 222, 226, 227 lab. smulkus remontas.3. SLK 254, 255, 264, 265 lab. remontas ir įrengimas.4. SLK II aukšto langų pakeitimas.5. SLK II aukšto priešgaisrinės signalizacijos įrengimas.6. Patalpos rūkymui remontas.7. Atskiros elektros linijos bioinformatikos laboratorijai montavimas.8. Šviestuvų ir apšvietimo linijos pakeitimas 207 laboratorijoje.9. SLK II aukšto elektros linijos nuo el. skydinės pravedimas.10. Naujo lab. korpuso dujotiekio linijos pravedimas.11. 225 lab. cirkuliacinio vandentiekio montavimas.12. UAB „Fermentas“ lab. 104 apšvietimo sistemos pakeitimas.13. UAB „Fermentas“ autoklavų instaliavimas.14. Ventiliacijos sistemos įrengimas lab. 210.15. Kondicionavimo sistemų įrengimas 313, 306 lab.16. Oro kompresorių sumontavimas ir patalpos įrengimas (UAB „Fermentas“)© Biotechnologijos institutas 73

Metinis pranešimas – 2007Atlikus išvardytus bei kitus smulkesnius darbus, pagerėjo Instituto darbuotojų darbosąlygos, patalpų techninė ir estetinė būklė, sumažėjo patalpų eksploatacinės išlaidos.© Biotechnologijos institutas 74

© Biotechnologijos institutas 75Metinis pranešimas – 2007