Voorbeeld - caagt

More documents

Recommendations

Info

Aligneren van DNA-sequenties Bedoeling meten van “similariteit” tussen DNA-sequenties concept van “afstand” tussen DNA-seq. Afstand tussen 2 strings in CS Maar Hamming-afstand # posities waarin ze verschillen Hamming-afstand is geen goede maat voor similariteit van DNA-sequenties Cursus Grafentheorie en Combinatorische Optimalisatie (2008–2009) – p.23/71
Similariteit van DNA-sequenties <strong>Voorbeeld</strong>: ATATAT en TATATA Hamming-afstand is 6 maar zeer gelijkend wanneer gealigneerd als ATATAT- -TATATA Cursus Grafentheorie en Combinatorische Optimalisatie (2008–2009) – p.24/71
Page 1 and 2: Gerichte acyclische grafen toepassi
Page 3 and 4: Toerist in Manhattan Gegeven stadsp
Page 5 and 6: Voorstellen als graaf Gewogen geric
Page 7 and 8: Wandeling in Manhattan correspondee
Page 9 and 10: Oplossen van probleem Probleem vert
Page 11 and 12: Bepalen s0,j en sj,0 3 2 4 0 0 3 5
Page 13 and 14: Bepalen s1,j 3 2 4 0 0 3 5 9 9 1 5
Page 15 and 16: Bepalen si,j 3 2 4 0 0 3 5 9 9 1 5
Page 17 and 18: Bepalen van langste pad 3 2 4 0 0 3
Page 19 and 20: Voor algemene DAGs Algemeen graaf i
Page 21 and 22: Bron en bestemming kunnen willekeur
Page 23 and 24: Topologische sortering van DAG Topo
Page 25 and 26: Topologische sortering van DAG Topo
Page 27 and 28: Ordening rooster met diagonalen 1 6
Page 29 and 30: Ordening van algemene DAG Bv. Batma
Page 31: Aligneren van DNA-sequenties Bedoel
Page 35 and 36: Editeerafstand Editeerafstand tusse
Page 37 and 38: Voorbeeld TGCATAT en ATCCGAT kunnen
Page 39 and 40: Voorstellen van aligneringen Aligne
Page 41 and 42: Voorbeeld: ATGTTAT en ATCGTAC A T -
Page 43 and 44: Stringvoorstelling van rijen als st
Page 45 and 46: Interpretatie van tabelvoorstelling
Page 47 and 48: Voorbeeld van alignering 0 1 2 3 4
Page 49 and 50: Voorbeeld van alignering 0 1 2 2 3
Page 51 and 52: Hoe de editeergraaf gebruiken Score
Page 53 and 54: Opstellen van scoreschema gewichten
Page 55 and 56: Opstellen van scoreschema gewichten
Page 57 and 58: Deelsequenties Deelsequentie van st
Page 59 and 60: Gemeenschappelijke deelsequenties G
Page 61 and 62: Langste gemeenschapp. deelseq. Prob
Page 63 and 64: Voorbeeld ATCTGAT en TGCATA kan gea
Page 65 and 66: LCS als aligneringsprobleem Dus LCS
Page 67 and 68: LCS als aligneringsprobleem Booggew
Page 69 and 70: LCS als DP-probleem Notatie si,j =
Page 71 and 72: Voorbeeld A T C T G A T 0 0 0 0 0 0
Page 73 and 74: Voorbeeld A T C T G A T 0 0 0 0 0 0
Page 75 and 76: LCS als DP-probleem Algemene formul
Page 77 and 78: Algoritme in pseudocode Input: stri
Page 79 and 80: Bepalen van LCS Om LCS uit DP-tabel
Page 81 and 82: Voorbeeld Een langste pad: LCS is T
Page 83 and 84:
Complexiteit Tijdscomplexiteit bere
Page 85 and 86:
Globaal aligneren van sequenties Cu
Page 87 and 88:
Globaal aligneren van sequenties Sc
Page 89 and 90:
Globaal aligneren van sequenties Sc
Page 91 and 92:
Recurrente betrekking Notatie si,j
Page 93 and 94:
Voorbeeld Scores −µ voor mismatc
Page 95 and 96:
Opmerkingen LCS als probleem van gl
Page 97 and 98:
Opmerking Globaal aligneren van seq
Page 99 and 100:
Opmerking Globaal aligneren van seq
Page 101 and 102:
Voorbeeld Strings zijn TCCCAGTTATGT
Page 103 and 104:
Probleem van lokaal aligneren Input
Page 105 and 106:
Observatie Globale alignering corre
Page 107 and 108:
Observatie Globale alignering corre
Page 109 and 110:
Oplossen van lokale alignering Eenv
Page 111 and 112:
Opmerking Algemenere aligneringspro
show all

Voorbeeld - caagt

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?