Biologie Bachelor jaar 2 en 3 - Bètawetenschappen - Universiteit ...

STUDIEGIDS
Bacheloropleiding
36B94BIOLOGIE
jaar 2 en 3
Studiejaar 2012-2013
Bijgewerkt op 27 augustus 2012
Universiteit Utrecht
Departement Biologie
Studiepunt Biologie
Buys Ballotlaboratorium (kamer 1.24)
Princetonplein 5, 3584 CC Utrecht
tel. 030-2531858

De UBV geeft een alternatieve studiegids uit. In deze gids geven
studenten hun persoonlijke mening over de cursussen van jaar 2 en 3.
Het departement Biologie is niet verantwoordelijk voor de inhoud van
deze alternatieve gids.

INHOUDSOPGAVE
INLEIDING ............................................................................................................. 1
HET STUDIEPUNT BIOLOGIE ..................................................................................... 2
HET ONDERWIJS VAN JAAR 2 EN 3 VAN DE BACHELOROPLEIDING BIOLOGIE .................... 3
Onder ‘naslag en regelingen’ . .................................................................................. 3
Het programma van de opleiding ............................................................................... 3
De profileringsruimte .............................................................................................. 4
Minor ................................................................................................................. 4
Samenvatting....................................................................................................... 4
Cursussen buiten de opleiding Biologie ....................................................................... 5
Het rooster .......................................................................................................... 5
DE CURSUSSEN VAN NIVEAU 2 ................................................................................. 7
Overzicht van de niveau 2 cursussen in 2012-‘13 ........................................................... 7
Uitsluitingen ........................................................................................................ 8
DE CURSUSSEN VAN NIVEAU 3 ................................................................................. 9
Overzicht van de niveau 3 cursussen in 2012-‘13 ........................................................... 9
Uitsluitingen .......................................................................................................11
TOELATING TOT JAAR 2 EN 3 ...................................................................................12
Verplichte volgorde toelating tot de cursussen ..............................................................12
VOORLICHTING, AANMELDING EN PLAATSING ............................................................13
Voorlichting ........................................................................................................13
Inschrijving cursussen via OSIRIS-student ...................................................................13
Uitschrijving cursussen via OSIRIS-student ..................................................................14
Regels bij de aanmelding en plaatsing ........................................................................14
MASTERPROGRAMMA’S .........................................................................................16
ARBEIDSMARKTORIËNTATIE ...................................................................................17
DE STUDIEPADEN IN DE OPLEIDING BIOLOGIE ...........................................................19
Studiepad Organismen, Ecosystemen en Biodiversiteit....................................................19
Studiepad Gedragsbiologie .....................................................................................21
Studiepad Moleculaire Levenswetenschappen ..............................................................22
Studiepad Educatie, Communicatie en Management (ECM) .............................................23
Periode 1, niveau 2 cursussen ....................................................................................25
De Cel ..............................................................................................................25
Mariene wetenschappen 1 ......................................................................................27
Microbiële interacties ............................................................................................30
Plantenfysiologie..................................................................................................32
Ontwikkelingsbiologie ............................................................................................35
Theoretische ecologie ...........................................................................................37
Periode 2, niveau 2 cursussen ....................................................................................40
Gedragsbiologie ..................................................................................................40
Gentherapie, kanker, aids .......................................................................................43
Metabolisme .......................................................................................................45
Toegepaste biostatistiek .........................................................................................47
Periode 3, niveau 2 cursussen ....................................................................................50
Didactiek ...........................................................................................................50
Evolutie en ecologie (AW) .......................................................................................52
Evolutie .............................................................................................................54
Paleoecologie .....................................................................................................57
Toxicologie ........................................................................................................59
Sedimentaire systemen (AW) ..................................................................................61

Periode 4, niveau 2 cursussen ....................................................................................63
De Cel ..............................................................................................................25
Metabolisme .......................................................................................................45
Moleculaire genetica .............................................................................................63
Natuurbehoud, duurzaamheid en plantendiversiteit ........................................................65
Neurobiologie .....................................................................................................68
Wetenschapscommunicatie .....................................................................................70
Alle perioden, cursussen niveau 3 ................................................................................73
Afstudeeropdracht (scriptiecursus) ............................................................................73
Onderzoeksproject (scriptiecursus gecombineerd met onderzoek) ......................................75
Periode 1, niveau 3 cursussen ....................................................................................77
Biodiversiteit en landschap .....................................................................................77
Bio-ethiek ..........................................................................................................80
Endocrinologie ....................................................................................................82
Gedragsecologie..................................................................................................85
Genoombiologie ..................................................................................................87
Landschapsecologie en natuurbeheer (GEO) ...............................................................89
Paleoklimatologie-paleoecologie (AW) .......................................................................91
Periode 2, niveau 3 cursussen ....................................................................................93
Computationele biologie .........................................................................................93
Mariene wetenschappen 2: ‘Oceans of the future’ ..........................................................95
Milieuverandering door de tijd ..................................................................................97
Oriëntatie op de communicatieve en educatieve praktijk (OCEP) ...................................... 100
Tropische ecosystemen en klimaat .......................................................................... 103
Wetenschapper in beleid ...................................................................................... 106
Periode 3, niveau 3 cursussen .................................................................................. 108
Eukaryote microbiologie ....................................................................................... 108
Moleculaire en cellulaire biologie ............................................................................ 110
Ontwikkelingsbiologie en genetica ........................................................................... 112
Oriëntatie op de communicatieve en educatieve praktijk (OCEP) ...................................... 100
Planten, adaptatie en afweer ................................................................................. 114
Wetenschapper in advies ..................................................................................... 117
Paleo-oceanografie (AW) ..................................................................................... 119
Sedimentatie, fauna en klimaat (AW) ....................................................................... 121
Periode 4, niveau 3 cursussen .................................................................................. 123
Aquatische ecologie ............................................................................................ 123
Cognitie en gedrag ............................................................................................. 125
Geschiedenis en wijsbegeerte van de biologie ............................................................ 128
Immunobiologie ................................................................................................. 130
Veldwerk 2 - Pyreneeën (AW) ................................................................................ 132

INLEIDING
In het eerste jaar van de bacheloropleiding Biologie heb je met veel
deelgebieden van de biologie kennis gemaakt. In jaar 2 en 3 ga je jezelf meer
verdiepen in bepaalde specialisaties binnen de biologie. In de eerste
cursusperiode van het tweede jaar volg je cursussen op een verdiepend niveau
(niveau 2). In periode 2 volg je de voor alle studenten verplichte cursus
Toegepaste biostatistiek.
Het onderwijs op niveau 2 geeft je de gelegenheid om je te oriënteren op een
biologische richting waarin je je daarna kunt specialiseren. Voor het volgen van
niveau 3 cursussen kunnen niveau 2 cursussen als ingangseis verplicht worden
gesteld. In andere gevallen kan het wenselijk zijn dat je een niveau 2 cursus
hebt gevolgd als voorbereiding op een niveau 3 cursus. Om welke cursussen dit
gaat, kun je lezen bij de cursusbeschrijvingen in deze gids. De
cursusbeschrijvingen in deze gids vind je ook op het web in de universitaire
onderwijscatalogus. Deze onderwijscatalogus kun je bereiken via HOSIRIS-studentH
als je als student ingescheven bent bij de Universiteit Utrecht of via de openbare
versie op
https://www.osiris.universiteitutrecht.nl/osistu_ospr/OnderwijsCatalogus.do H
Behalve een oriënterende functie heeft het niveau 2 onderwijs nog twee andere
doelstellingen. Tijdens deze cursussen maak je kennis, meer dan in het eerste
jaar, met de onderzoekscyclus. Daarnaast bekwaam je je verder in een aantal
(academische) vaardigheden voor het vervolg van je studie en daarna.
In de eerste periode van jaar 2 volg je twee niveau 2 cursussen, daarna kies je
in de major biologie keuzecursussen op verdiepend (niveau 2) en/of gevorderd
niveau (niveau 3). Een deel van jaar 2 en/of jaar 3 mag je besteden aan
cursussen bij andere opleidingen. Dit noemen we de profileringsruimte (zie
verder bladzijde 3). De bacheloropleiding sluit je af met de afstudeeropdracht.
Deze bestaat naar keuze uit de scriptiecursus (7½ stp) of het onderzoeksproject
gecombineerd met de scriptiecursus (samen 15 stp).
Het onderwijs van niveau 2 en 3 is georganiseerd in ‘studiepaden’. Deze
vergemakkelijken het kiezen van een samenhangend pakket van cursussen in
een richting van de Biologie. Met het kiezen van een studiepad kun je je goed
voorbereiden op een masterprogramma. Je hoeft je echter bij je keuze van de
cursussen niet (strikt) te houden aan cursussen van één studiepad.
Het departement Biologie garandeert haar studenten na het behalen van het
bachelordiploma een plaats in een van haar masterprogramma’s.
Hoe de kansen van studenten met een bachelordiploma zijn op de arbeidsmarkt,
is nog niet goed bekend.
1

HET STUDIEPUNT BIOLOGIE
Het studiepunt Biologie is onderdeel van de afdeling Onderwijs- en
studentenzaken van de faculteit Bètawetenschappen. Het studiepunt is het
aanspreekpunt voor studenten, docenten en medewerkers over de
bacheloropleiding biologie.
Studiepunt Biologie
Buys Ballotlaboratorium (kamer 1.24)
Princetonplein 5, 3584 CC Utrecht
mw. S. (Suzanne) Kollar en mw Y. (Yvonne) de Jong
tel. 030-253 1858
fax 030-253 6535
e-mail: Hstudiepunt.bio@uu.nl
Het studiepunt Biologie is voor studenten van maandag tot en met vrijdag
geopend van 10.00-15.30 uur.
Ook voor telefonische inlichtingen (030-253 1858) kun je alleen dan terecht.
Correspondentie voor de examencommissie biologie kun je eveneens sturen
naar het studiepunt Biologie.
Studieadviseur voor de bacheloropleiding
Mw.dr. I. (Isolde) den Tonkelaar, BBL, kamer 1.83
e-mail: Hstudieadviseur.bio@uu.nl
spreekuren:
maandag en donderdag van 11.00-12.00 uur, op afspraak
maandag en donderdag van 12.30-13.30 uur, open spreekuur
Je maakt je afspraak via het studiepunt (zie hieronder)
Vertrouwenspersoon en klachtencoördinator
mw.dr. S. (Shirrinka) Goubitz, BBL kamer 1.19, tel. 030-253 1858
e-mail: Hs.goubitz@uu.nlH
Coördinator/manager bacheloropleiding biologie
dr. A.J.M. (Ton) Peeters
Kruytgebouw, kamer Z407
e-mail: a.j.m.peeters@uu.nl
Iedere biologiestudent wordt dringend verzocht om verandering of beëindiging
van de studie, langdurige studieonderbreking e.d. aan het studiepunt Biologie
door te geven.
2

HET ONDERWIJS VAN JAAR 2 EN 3 VAN DE
BACHELOROPLEIDING BIOLOGIE
De bacheloropleiding biologie heeft een omvang van 180 EC-studiepunten en
1FF
bestaat uit de major biologie en een vrij deel, de profileringsruimte. Het
programma van de opleiding en de bijbehorende regelingen staan beschreven in
de Onderwijs- en Examenregelingen (OER). De OER wordt elk jaar opnieuw
herzien en is te vinden op de website: http://www.uu.nl/studenten/biologie H
Onder ‘naslag en regelingen’ .
Het programma van de opleiding
De opleiding bestaat uit een major (135 studiepunten, stp) en een
profileringsruimte (45 stp) gevuld met cursussen van elk 7½ stp of een veelvoud
daarvan op drie niveaus. Die van jaar 1 zijn alle van niveau 1(inleidend), de
cursussen van jaar 2 en 3 hebben het label niveau 2 (verdiepend) of niveau 3
(gevorderd). De cursussen die tot de major biologie horen, staan vermeld in de
OER. De beschrijving van deze cursussen vind je in deze studiegids en in de
onderwijscatalogus op het web. Cursussen, die niet in de OER van Biologie staan
en die je volgt bij andere opleidingen, breng je onder in de profileringsruimte van
je bachelorprogramma.
De major biologie bestaat uit 18 cursussen van 7½ stp. Hiervan zijn er 10 (75
stp) verplicht. Dit zijn:
- alle 8 vakken van het eerste jaar (niveau 1), samen 60 stp,
- de cursus Toegepaste biostatistiek (niveau 2), 7½ stp, en
- de Afstudeeropdracht (niveau 3), 7½ stp.
De Afstudeeropdracht kun je volgen als Scriptiecursus (7½ stp) of als het
Onderzoeksproject (15 stp, waarvan 7½ stp als Scriptiecursus en 7½ stp, het
onderzoeksdeel, als een keuzecursus van de major (zie onder).
De overige 8 cursussen (60 stp) van de major zijn keuzecursussen die in de OER
staan en in deze gids zijn beschreven.
Voor het volgen van deze 8 cursussen gelden een aantal regels:
- je volgt tenminste 2 keuzecursussen (15 stp) op niveau 2,
- je volgt tenminste 4 keuzecursussen (30 stp) op niveau 3,
- voor de overige 2 keuzecursussen (15 stp) ben je vrij om te kiezen uit de lijst
van niveau 2 en 3 cursussen van de major (uit de gids).
In totaal moet je in de major dus tenminste 5 niveau 3 cursussen (inclusief de
Scriptiecursus).
Je kunt in de profileringsruimte (zie onder) ook kiezen uit de lijst van
keuzecursussen van de major van biologie.
1 Een EC-studiepunt, afgekort als stp, is 28 uur studie (ECTS is de afkorting van
European Credit Transfer System)
3

De profileringsruimte
In de bacheloropleiding biologie heb je een profileringsruimte van 45 stp (6
cursussen van 7½ stp). De cursussen in deze ruimte kun je zowel buiten als
binnen de bacheloropleiding biologie kiezen. Alle cursussen van de Universiteit
Utrecht vind je in de universitaire onderwijscatalogus (via HOSIRIS-student of via
de openbare versie
op Hhttps://www.osiris.universiteitutrecht.nl/osistu_ospr/OnderwijsCatalogus.do H
Tenminste twee cursussen (15 stp) van de profileringruimte moeten bestaan uit
cursussen op niveau 2 of 3.
Minor
Een minor is een samenhangend pakket cursussen, dat je in je profileringsruimte
kunt volgen. Je kunt een minor bij een andere bacheloropleiding volgen. Een
steeds groter aantal bacheloropleidingen bieden complete minorprogramma’s
aan. Wil je bij een andere opleiding of bij Biologie zelf je minorprogramma
samenstellen, dan moet je daarvoor bij de examencommissie van die opleiding
toestemming vragen. Die commissie bepaalt dan of je gekozen pakket cursussen
voldoet aan de eisen van een minor: voldoende omvang (30 stp), samenhang en
niveau (tenminste 7½ stp op niveau 2).
Informatie over minorprogramma’s van andere Utrechtse opleidingen kun je
vinden via de minorsite:
www.uu.nl/NL/onderwijs/hetonderwijsaanbod/minor/Pages/default.aspxH
Samenvatting
Major biologie (135 stp):
tenminste:
a niveau 1: 60 stp in jaar 1 8 cursussen
b niveau 2: 22,5 stp 3 cursussen, waaronder Toegepaste biostatistiek
c niveau 3: 37,5 stp 5 cursussen, waaronder de Scriptiecursus (7½ stp)
d niveau 2 e/o 3: 15 stp 2 cursussen
Onderzoeksproject (15 stp): helft valt onder c, andere helft valt onder d
Profileringsruimte (45 stp)
niveau 2: 15 stp 2 cursussen
niv. 1, 2 e/o 3: 30 stp
4 cursussen
Minor ( is 30 stp van de profileringsruimte)
niveau 2: 7,5 stp tenminste 1 cursus op niveau 2
niv. 1, 2 e/o 3: 22,5 stp
3 cursussen
Major en profileringsruimte samen: tenminste 45 stp moet zijn op niveau 3.
Vaardigheden
In het eerste studiejaar besteed je veel aandacht aan (academische)
vaardigheden die je (later) nodig hebt in het vervolg van je studie en daarna. In
jaar 2 en 3 wordt deze vaardighedenlijn voortgezet. Welke vaardigheid(heden) in
een cursus speciaal aandacht krijgen, kun je lezen bij de cursusbeschrijvingen in
het tweede deel van deze studiegids.
4

Cursussen buiten de opleiding Biologie
Als je (in de profileringsruimte) onderwijs bij een andere opleiding aan de
Universiteit Utrecht (UU) of daarbuiten volgt, dan kun je in die periode (of
timeslot) geen onderwijs van Biologie zelf volgen. In het biologierooster is geen
ruimte gereserveerd om daarbuiten onderwijs te volgen. De bachelorcursussen
aan de UU zijn alle in dezelfde 4 cursusperioden geroosterd. Bij andere
universiteiten gelden andere perioden.
Voor het volgen van cursussen buiten de Universiteit Utrecht moet je vóóraf
toestemming vragen aan de examencommissie door middel van een e-mail naar
studiepunt.bio@uu.nl
Cursussen bij buitenlandse universiteiten kun je het beste met behulp van het
internet zoeken via:
http://www.uu.nl/nl/informatie/studenten/onderwijs/studerenbuitenland/Pages/d
efault.aspx
In het ERASMUS uitwisselingsprogramma kun je aan veel Europese universiteiten
cursussen volgen zonder dat je daarvoor extra collegegeld moet betalen. Ook
zijn structurele uitwisselingsprogramma’s opgezet met enkele buitenlandse
universiteiten in Japan, Canada, Australië en de VS.
Begin tijdig met het plannen van vakken die je buiten de eigen opleiding wilt
volgen! Houd er rekening mee, dat:
─ de onderwijsperiodes en inschrijfprocedures bij andere onderwijsinstellingen
vaak niet overeenkomen met die van de UU en dat je daardoor
studievertraging kunt oplopen,
─ cursussen die je buiten Biologie wilt volgen, in een vrij vroeg stadium al vol
kunnen zitten,
─ er ingangseisen kunnen zijn om een cursus te mogen volgen.
Het rooster
Het jaarrooster bestaat uit vier onderwijsperioden van elk 10 weken. In elke
periode volg je, om de 60 studiepunten per studiejaar te halen, twee cursussen.
Het is niet mogelijk en ook niet toegestaan, om bij Biologie meer dan twee
cursussen tegelijk in één periode te volgen. Reden hiervan is dat Biologie 2
timeslotcombinaties voor elke cursus gebruikt en vanwege overlap.
Een timeslot bestaat uit een aantal halve dagen van de week waarin de cursus
wordt gegeven.
Er zijn 4 timeslots:
A: op maandagmorgen en woensdagmorgen,
B: op dinsdagmorgen en donderdagmiddag,
C: op maandag- en dinsdagmiddag en op donderdagochtend,
D: op woensdagmiddag en de vrijdagmorgen en middag .
De cursussen van Biologie worden, op een paar uitzonderingen na, gegeven in de
timeslotcombinaties A+D (maandagmorgen, woensdag en vrijdag) en B+C
(maandagmiddag, dinsdag en donderdag).
In een onderwijsperiode kun je bij biologie twee cursussen tegelijk volgen, de
ene in timeslot A+D, de andere in timeslot B+C.
In het studiejaar 2012-’13 beginnen de cursussen op maandag 3 september.
De indeling van de onderwijsperioden is als volgt:
5

periode 1:
van maandag 3 september tot en met vrijdag 9 november;
op donderdag 3 en vrijdag 4 januari ’13 (aan het eind van de
kerstvakantie) zijn de herkansingstoetsen van de cursussen uit
periode 1.
periode 2: van maandag 12 november ’12 tot en met vrijdag 1 februari ‘13,
de kerstvakantie is van zaterdag 22 december ’11 tot maandag 7
januari ‘13,
op donderdag 18 en vrijdag 19 april ’13 zijn de herkansingstoetsen
van de cursussen uit periode 2.
periode 3: van maandag 4 februari tot en met vrijdag 12 april ’13.
van maandag 15 april tot en met vrijdag 19 april geen onderwijs,
op donderdag 4 en vrijdag 5 juli zijn herkansingstoetsen van de
cursussen uit periode 3.
periode 4: van maandag 22 april tot en met vrijdag 28 juni ‘13,
Op maandag 19 en dinsdag 20 augustus ’13 zijn de
herkansingstoetsen van de cursussen van periode 4.
`
LET OPFF
2
FF:
voor als je voor een cursus een onvoldoende eindcijfer haalt:
1. Is je eindcijfer voor de cursus lager dan 4.0 (dus 3,9 en lager), dan mag je
niet meedoen aan de herkansingstoetsen!
2. Als je na het afleggen van een herkansingstoets nog geen voldoende
eindcijfer (5,5 en hoger) voor de cursus hebt gehaald, vervallen alle
deelcijfers van de betreffende cursus, ook de eventueel behaalde voldoende
deelcijfers.
Een verplichte cursus moet je het studiejaar daarop overdoen of, als het een
keuzecursus betreft, kun je een andere kiezen. Je kunt je onvoldoende dus
niet wegwerken door in het volgende studiejaar alleen deel te nemen aan de
herkansingstoets(en).
Als je vanwege een aantoonbare overmachtsituatie (bijvoorbeeld je bent/was
ziek) niet in staat bent of niet in staat bent geweest tot het afleggen van
maximaal één deeltoets per cursus, dan mag je alsnog aan de herkansingstoets
deelnemen, mits:
1. je de overmachtsituatie zo snel mogelijk (voor of na) de toets die je hebt
gemist, hebt gemeld bij het studiepunt Biologie. Ingeval van ziekte moet je
een doktersverklaring inleveren.
2. De herkansingstoets wordt eenmaal gegeven. Mis je deze, om welke reden
dan ook, dus ook door overmacht, dan is er niet nog een volgende
inhaalmogelijkheid.
2 Deze punten zijn opgenomen in de Onderwijs- en ExamenRegeling (OER) van de
bacheloropleiding Biologie 2012-‘13 (zie website).
6

DE CURSUSSEN VAN NIVEAU 2
De cursussen op niveau 2 (verdiepend) geven je een oriëntatie op en verdieping
in deelgebieden van de Biologie. Je doet in deze cursussen onderzoekservaring
op, past onderdelen van de empirische cyclus toe en ontwikkel je eenvoudige
biologische concepten. Daarbij maak je gebruik van wetenschappelijke literatuur.
We verwachten van je dat je leert argumenteren over biologischmaatschappelijke
problemen, kritisch leert analyseren en leert reflecteren op je
eigen functioneren en studievoortgang.
De BLAUW gemarkeerde cursussen in onderstaande overzichten zijn cursussen
die voor studenten tot en met cohort 2009-’10 gelden als behorend tot de
keuzecursussen van de major Biologie. Voor studenten die met de studie zijn
begonnen in het studiejaar 2010-’11 en later zijn het cursussen die
ondergebracht worden in de profileringsruimte, niet meer in de major (Zie OER
2011-’12)
Overzicht van de niveau 2 cursussen in 2012-‘13
periode 1
CURSUSSEN timeslot stp opmerkingen
De Cel (B-B3CEL09) A+D 7½
Plantenfysiologie (B-B2PLFY09) A+D 7½
Theoretische ecologie (B-
B2THEC05)
Mariene wetenschappen 1
(B-B2MSCI07)
Microbiële interacties
(B-B2MINT10)
A+D
B+C
B+C
7½
7½
7½
Ontwikkelingsbiologie (B-B2OBI07) B+C 7½
periode 2
Gentherapie, kanker en aids
(B-B2GKA05)
Toegepaste biostatistiek
(B-B2TBS05)
Gedragsbiologie (B-B2GEBI05) B+C 7½
Metabolisme B+C 7½
periode 3
Didactiek (B-B2DIDA09) A+D 7½
Toxicologie (B-B2TOX05) A+D 7½
Evolutie (B-B2EVO09) B+C 7½
Paleoecologie (B-B2PALE09) B+C 7½
A+D 7½ volgen in jaar 3
A+D 7½ Verplicht in jaar 2!!
7

profileringscursussen:
Evolutie en ecologie (AW) (GEO2-
1215)
Sedimentaire systemen (AW)
(GEO2-1208)
periode 4
A
C
7½
7½
De Cel (B-B3CEL09) A+D 7½
Neurobiologie (B-B2NEUR10) A+D 7½
Natuurbehoud, duurzaamheid en
plantendiversiteit (B-B2NADU11)
Wetenschapscommunicatie (B-
B2WECO09)
B+C
B+C
7½
7½
inschrijven en plaatsing via
Aardwetenschappen
Inschrijven en plaatsing via
Aardwetenschappen
Uitsluitingen
Een aantal niveau 2 cursussen hebben veel overlap met ‘oude’ cursussen. Het is
daarom niet toegestaan om de huidige cursus te volgen als je de ‘oude’ al hebt
afgerond. Hieronder staan deze cursussen genoemd met de namen van de
cursus die ze vervangen.
Huidige cursus
De Cel
Niet toegestaan als je hebt
gevolgd:
Celbiologie
Microbiologie Moleculaire microbiologie 1
Mariene wetenschappen 1
Microbiële interacties
Neurowetenschappen (BMW)
Paleoecologie
Mariene ecologie
Plant-microbe interacties
Neurobiologie (Biol)
Paleobiologie van Planten
8

DE CURSUSSEN VAN NIVEAU 3
De niveau 3 cursussen geven je door een breed aanbod van cursussen de
mogelijkheid om een verantwoorde keuze te maken voor een masterprogramma.
Op niveau 3 werk je vrijwel uitsluitend met primaire literatuur op het vakgebied
van een onderzoeksgroep. Je neemt dan in de vorm van kleine projecten actief
deel aan het universitaire onderzoek.
In de niveau 3 cursussen leer je:
─ Integreren / synthetiseren, dat wil zeggen voorspellen op basis van theorie;
zicht krijgen op samenhang tussen bestudeerde vakken en theorieën; theorie
toepassen; aanzet tot specialisatie; vaardigheden en kennis toepassen bij een
biologische vraagstelling.
─ Wetenschappelijk en conceptueel denken: specifieke methoden en technieken
toepassen, een eigen bijdrage leveren aan een onderzoeksvraagstelling,
ontwerpen en uitvoeren van experimenten, in samenhang evalueren van
wetenschappelijk informatie over hetzelfde onderwerp uit verschillende
bronnen en bovendien vanuit verschillende wetenschappelijke theorieën en
perspectieven.
Voor een aantal niveau 3 cursussen is ‘voorkennis’ nodig. Voor die cursussen
worden ingangseisen gesteld. Die voorkennis doe je voor een belangrijk deel op
in je eerste studiejaar (dit is belangrijk voor studenten van andere opleidingen
die bij Biologie cursus(sen) willen volgen) of door het volgen van een of meer
niveau 2 cursussen. Bij de cursusbeschrijvingen staat aangegeven wat de
ingangseisen zijn.
Overzicht van de niveau 3 cursussen in 2012-‘13
Cursussen timeslot stp opmerkingen
periode 1
Biodiversiteit en landschap (B-B2BILA09) A t/m D 15
Gedragsecologie (B-B3GECO09) A+D 7½
Genoombiologie (B-B3GENB09) A+D 7½
Bio-ethiek (B-B3BETH05) B+C 7½
Endocrinologie (B-B3ENDO10) B+C 7½
Afstudeeropdracht (scriptiecursus)
(B-B3AFST05) zonder onderzoeksproject
Onderzoeksproject(B-B3ONPR09) met
afstudeeropdracht (scriptiecursus)
Cursussen voor profileringsruimte :
A t/m D
7½
A t/m D 15
Paleoklimatologie (GEO3-1329) A 7½
Landschapsecologie en natuurbeheer
(GEO3-2140)
D
7½
alleen als 120 stp in
de major Biologie
zijn behaald!!
alleen als 120 stp in
de major Biologie
zijn behaald!!
inschrijven en plaatsing
via Aardwetenschappen
inschrijven en plaatsing
via Geowetenschappen
9

Introduction into Molecular Life Sciences
(SK-BIMCLS)
B+C
7½
inschrijven en plaatsing
via Scheikunde
periode 2
De wetenschapper in beleid (B-B3WBEL09) A+D 7½
Milieuveranderingen door de tijd/
Environmental change (B-B3ENVCH)
A+D
Computationele biologie (B-B3..10) B+C 7½ nieuwe cursus
7½
Mariene wetenschappen 2 (B-B3MSCI05) B+C 7½
Oriëntatie op de communicatieve en
educatieve praktijk (OCEP), (B-B3OCEP05)
Tropische ecosystemen en klimaat
(B-B3TREK11)
B+C
7½
alleen in jaar 3,
max. 20 deelnemers
B+C 7½ nieuwe cursus
Afstudeeropdracht (scriptiecursus)
(B-B3AFST05) zonder onderzoeksproject
Onderzoeksproject(B-B3ONPR09) met
afstudeeropdracht (scriptiecursus)
A t/m D
7½
A t/m D 15
alleen als 120 stp in
de major Biologie
zijn behaald!!
alleen als 120 stp in
de major Biologie
zijn behaald!!
periode 3
Eukaryote microbiologie (B-B3EUKA09) A+D 7½
Wetenschapper in advies (B-B3WEAD09) A+D 7½
Moleculaire en cellulaire biologie
(B-B3MCB05)
Ontwikkelingsbiologie en genetica
(B-B3OBG05)
Oriëntatie op de communicatieve en
educatieve praktijk (OCEP),
(B-B3OCEP05)
Planten, adaptatie en afweer (B-
B3PLAA05)
Afstudeeropdracht (scriptiecursus)
(B-B3AFST05) zonder onderzoeksproject
A+D
B+C
7½
7½
B+C 7½
B+C
A+D of
B+C
7½
7½
alleen in jaar 3,
max. 20 deelnemers
alleen als 120 stp in de major
Biologie zijn behaald.
Onderzoeksproject(B-B3ONPR09) met
afstudeeropdracht (scriptiecursus)
A t/m D 15
alleen als 120 stp in de major
Biologie zijn behaald.
Cursussen voor profileringsruimte :
Paleo-oceanografie (AW) (GEO3-1318) A 7½
Sedimentatie, fauna en klimaat (AW)
(GEO3-1319)
C
7½
inschrijven en plaatsing via
Aardwetenschappen
inschrijven en plaatsing via
Aardwetenschappen
10

periode 4
Cognitie en gedrag (B-B3CEG05) A+D 7½ Gaat mogelijk naar B+C
Geschiedenis en wijsbegeerte van de
biologie (B-B3GESB05)
A+D
7½
Immunobiologie (B-B3IMMB09) A+D 7½
Aquatische ecologie (B-B3AQEC05), B+C 7½ max. 14 deelnemers
Afstudeeropdracht (scriptiecursus)
(B-B3AFST05) zonder onderzoeksproject
A+D of
B+C
7½
Alleen als 120 stp in de major
Biologie zijn behaald.
Onderzoeksproject(B-B3ONPR09) met
afstudeeropdracht (scriptiecursus)
A t/m D 15 Alleen als 120 stp in de major
Biologie zijn behaald.
Cursussen voor profileringsruimte :
Veldwerk Pyreneeën (AW) A t/m D 15 Zie toelatingseisen
Uitsluitingen
Een aantal nieuwe niveau 3 cursussen hebben veel overlap met ‘oude’ cursussen.
Het is daarom niet toegestaan om de ‘nieuwe’ cursus te volgen als je de ‘oude’ al
hebt afgerond. Hieronder staan deze cursussen genoemd met de namen van de
‘oude’ cursus die ze vervangen.
Nieuwe cursus
Niet toegestaan als je hebt
gevolgd:
Endocrinologie
Endocrinologie en metabolisme
Eukaryote microbiologie
Moleculaire microbiologie 1 of
Microbiologie (beide niveau 2)
Genoombiologie
Chromosoomorganisatie
Gedragsecologie Gedragsecologie (niveau 2)
Tropische ecosystemen en klimaat
Wetenschapper in beleid
Wetenschapper in advies
Planten en klimaatsveranderingen
(niveau 2)
Milieu, biologie en samenleving
De onderzoeker als adviseur
11

TOELATING TOT JAAR 2 EN 3
Verplichte volgorde toelating tot de cursussen
Je kunt na je eerste jaar niet zonder meer beginnen aan de cursussen van jaar 2.
Eerst moeten van jaar 1 een aantal cursussen zijn gehaald. In de Onderwijs en
Examenregeling (OER) van de bacheloropleiding Biologie (studiejaar 2012-’13),
staan die regels beschreven.
De OER wordt steeds voor een volgend studiejaar vastgesteld en zo nodig
aangepast. Er verschijnt dus elk jaar een nieuwe OER die de vorige vervangt. Je
kunt de OER vinden op de website: Hwww.uu.nl/opleiding/studerenopleidingH
In het artikel uit de OER dat de toelating tot het onderwijs van niveau 2 en 3
regelt, staat:
art. 4.2 – verplichte volgorde major
1. Toegang tot de cursussen van het verdiepende niveau (niveau 2) van de
opleiding heeft de student die van het eerste jaar van de opleiding onderdelen
met een studielast van tenminste 37,5 studiepunten heeft behaald(tenminste
5 cursussen).
2. Toegang tot de cursussen van het gevorderde niveau (niveau 3) van de
opleiding heeft de student die van de keuzeonderdelen van de opleiding op
verdiepend niveau (niveau 2) van het 2 e jaar onderdelen met een studielast
van tenminste 15 studiepunten (twee cursussen) heeft behaald.
3. Toegang tot de afstudeeropdracht (scriptiecursus) heeft de student die
tenminste 120 studiepunten van de major van de opleiding heeft afgerond
met een voldoende eindcijfer, waarvan het verplichte deel van de major (67,5
studiepunten) geheel moet zijn behaald. Cursussen in de profileringsruimte
tellen NIET mee!
Je kunt dus pas aan niveau 3 cursussen beginnen als je tenminste twee niveau 2
keuzecursussen hebt gevolgd en gehaald. Je begint daarom in je tweede
studiejaar met het volgen van twee niveau 2 cursussen in periode 1. In periode 2
is de cursus Toegepaste biostatistiek voor alle studenten verplicht. Van de niveau
3 cursussen is de Afstudeeropdracht (scriptie) verplicht.
6BHet kiezen van de niveau 2 en 3 cursussen
Met het volgen van de niveau 2 en 3 keuzecursussen bereid je je voor op een
masterprogramma of op de arbeidsmarkt. Ideaal zou het zijn als je al vrij vroeg
in je studie (aan het einde van het eerste jaar) weet of je en zo ja welk
masterprogramma je na de bachelor wilt volgen. Dat vergemakkelijkt het kiezen
van cursussen. Weet je aan het einde van het eerste jaar nog niet in welke
richting van de biologie je je wilt specialiseren, dan kun je oriënteren door uit
een paar studiepaden niveau 2 cursussen te kiezen.
In de major Biologie zijn de keuzecursussen ondergebracht in vier studiepaden.
Deze studiepaden zijn gemaakt om richting te geven aan je studie en daarbij het
kiezen van een samenhangen pakket cursussen te vergemakkelijken en
(roostertechnisch) mogelijk te maken.
Bij het kiezen van de cursussen in jaar 2 en 3 heb je veel vrijheid. Je kunt je
specialiseren door alle cursussen van één studiepad te volgen, maar je kunt ook
een combinatie maken van een paar studiepaden. Als je je breed wilt oriënteren,
bijvoorbeeld als je later de lerarenopleiding wilt volgen, dan kan het zelfs
12

verstandig zijn om je niet aan een studiepad te houden maar cursussen te kiezen
uit het hele aanbod.
Wil je een masterprogramma volgen, dan moet je bachelorprogramma daarop
aansluiten. Het is echter niet zo dat je alle cursussen van het voorbereidende
studiepad gevolgd moet hebben. Je kunt uitgaan van 2 tot 3 cursussen op niveau
3 voor toelating tot de master.
VOORLICHTING, AANMELDING EN PLAATSING
Voorlichting
In mei krijgen de eerstejaars studenten algemene studievoorlichting over de
studiejaren 2 en 3 van de bacheloropleiding. De precieze data en tijden worden
per e-mail bekend gemaakt. Tweede en derdejaars studenten zijn uiteraard ook
welkom.
Inschrijving cursussen via OSIRIS-student
De inschrijving voor de cursussen vindt plaats via OSIRIS-student .
De opgegeven inschrijfperiodes gelden voor alle bacheloropleidingen van de
Universiteit Utrecht.
Houd er rekening mee dat de cursussen van Biologie al vol zijn bij de eerste
inschrijvingsperiode. Dan is er ook GEEN na-inschrijving!
Je aanmelden voor een na-inschrijving kun je doen door een e-mail te sturen
naar studiepunt.bio@uu.nl
Het uitschrijven voor een cursus doe je via OSIRIS-student
Semester 1
─ Periode 1 (start op maandag 3 september 2012)
Aanmelden (via OSIRIS-student) van maandag 4 juni tot en met zondag 1
juli 2012.
Na-inschrijven (via e-mail naar studiepunt) en uitschrijven (via OSIRISstudent)
voor een cursus is mogelijk tot en met dinsdag 21 augustus.
─ Periode 2 (start op maandag 12 november 2012)
Aanmelden (via OSIRIS-student) van maandag 3 september tot en met
zondag 30 september 2012.
Na-inschrijven (via e-mail naar studiepunt) en uitschrijven (via OSIRISstudent)
voor een cursus is mogelijk tot en met dinsdag 30 oktober.
Semester 2
─ Periode 3 (start op maandag 4 februari 2013)
Aanmelden (via OSIRIS-student) van maandag 5 november tot en met
zondag 2 december 2012.
Na-inschrijven (via e-mail naar studiepunt) en uitschrijven (via OSIRISstudent)
voor een cursus is mogelijk tot en met dinsdag 22 januari ‘13.
13

─ Periode 4 (start op maandag 22 april 2013)
Aanmelden (via OSIRIS-student) van maandag 28 januari tot en met
zondag 24 februari 2013.
Na-inschrijven (via e-mail naar studiepunt) en uitschrijven (via OSIRISstudent)
voor een cursus is mogelijk tot en met dinsdag 9 april ‘13.
De inschrijving/aanmelding voor de cursussen via OSIRIS-student en de
plaatsing in de cursus zijn in de tijd gescheiden trajecten.
Ongeveer drie weken na de sluitingsdatum (aanmelden is dan niet meer
mogelijk) krijg je bericht over de cursussen waarvoor je in de volgende periode
bent geplaatst.
De cursussen van jaar 2 en 3 hebben een maximumcapaciteit. Voor de niveau 2
cursussen is het maximum aantal deelnemers meestal 60, voor de niveau 3
cursussen is dit 40. Het komt regelmatig voor dat zich voor een cursus meer
studenten aanmelden dan er plaatsen zijn.
Om te voorkomen dat je bij uitloten geen plaats hebt bij een cursus bij Biologie,
haal je van de website van het studiepunt Biologie of bij het studiepunt zelf een
tweede en derde keus formulier.
De uiterste inleverdatum voor dit formulier is gelijk aan de sluitingsdatum van de
inschrijving op OSIRIS-student.
Bij de definitieve plaatsing voor de cursussen houden we er rekening mee dat je
gedurende een studiejaar zo min mogelijk geplaatst wordt bij een tweede of
derde keus cursus, bij voorkeur niet meer dan één keer.
Uitschrijving cursussen via OSIRIS-student
Evenals de inschrijving gaat de uitschrijving voor een cursus via OSIRIS-student.
De eerste dag van uitschrijving is gelijk aan die van de inschrijving. De laatste
dag dat je je kunt uitschrijven voor een cursus is voor:
Periode 1: dinsdag 21 augustus 2012
Periode 2: dinsdag 30 oktober 2012
Periode 3: dinsdag 22 januari 2013
Periode 4: dinsdag 9 april 2013.
Regels bij de aanmelding en plaatsing
Vrijwel iedere cursus heeft een maximum capaciteit. Bij meer inschrijvingen voor
dan plaatsen bij een cursus kunnen niet alle studenten worden geplaatst.
Bij de plaatsing, die na de inschrijfperiode gebeurt, wordt gelet of je toegang
hebt tot de cursus aan de hand van de ingangseisen. Kunnen daarna nog niet
alle inschrijvingen worden geplaatst, dan kan er worden geloot.
Mocht je onverhoopt voor een cursus worden uitgeloot of niet geplaatst, dan kun
je je het volgende studiejaar opnieuw voor deze cursus inschrijven. Meld dit aan
de studentenbalie door bijvoorbeeld een e-mail te sturen. We houden er dan
rekening mee bij de plaatsing.
─ De inschrijving voor de cursussen vindt ALLEEN plaats via OSIRIS-student in
de genoemde inschrijfperioden. LET HIEROP!!
─ Je tweede (en derde) keuze geef je op met een formulier dat je kunt vinden
bij de studentenbalie en op de website.
─ Als je geen tweede (en derde) keuze cursus opgeeft, geef je daarmee aan dat
14

je, ingeval je niet geplaatst wordt bij je eerste keuze cursus, je in de
betreffende periode bij Biologie GEEN andere cursus wilt volgen. Het is dus
NIET zo, dat als je GEEN tweede/derde keuze hebt opgegeven, dit je
plaatsingskans voor je eerstekeuze cursus vergroot.
Je mag je per periode voor maximaal 2 cursussen van Biologie inschrijven. Deze
moeten in een verschillend timeslot vallen. Meld je je wel voor meer dan 1
cursus per timeslot aan (zo dit mogelijk is), dan word je voor geen van de
aangemelde cursussen geplaatst.
─ Als je je in een periode naast 2 cursussen bij Biologie ook inschrijft voor
cursussen bij andere opleidingen, dan verklein je je plaatsingskans bij de
Biologiecursussen.
─ We proberen zo veel mogelijk te voorkomen dat sommigen heel goed en
anderen heel slecht worden bedeeld. Als je in niet bent geplaatst bij je eerste
keuze cursus, dan houden we daar bij de volgende plaatsingen rekening mee.
We houden als maximum aan dat je niet meer dan één keer per studiejaar bij
een tweedekeuze cursus wordt geplaatst.
─ Het is via OSIRIS-student niet mogelijk om je na de sluitingsdatum nog in te
schrijven! Dit kan alleen nog op de twee na-inschrijvingsdagen, mits er dan
nog plaats is (zie hiervoor de website).
─ Voor sommige cursussen vragen we je om een bevestiging van deelname.
Reageer je daar niet op, dan annuleren we je plaatsing.
Wil je cursussen bij andere bacheloropleidingen volgen, dan moet je er rekening
mee houden dat de plaatsingsprocedures bij die opleidingen anders kan zijn dan
die bij Biologie.
15

MASTERPROGRAMMA’S
De studiepaden bieden je een goede voorbereiding voor de programma's van de
masteropleiding Biological Sciences. Deze programma's vallen (mede) onder
de verantwoordelijkheid van het departement Biologie.
3
Hieronder volgt een opgave van de masterprogramma’s van Biological sciencesFF FF:
De opleiding geeft als ‘doorstroomopleiding’ rechtstreeks toegang tot de
masteropleiding Biologische Wetenschappen (CROHO 60293). Let op, elk
masterprogramma selecteert bij toelating, het is dus niet zeker dat je het
programma van je keuze ook kan volgen.
De programma’s van de masteropleiding Biologische wetenschappen zijn:
─ Environmental Biology
─ Molecular and Cellular Life Sciences
─ Neuroscience and Cognition
─ Toxicology and Environmental Health
De bachelor biologie geeft ook goede toegang tot meer toegepaste bètabrede
masters als:
-Science Education and Communication
-Science and Business Management
De volgende research masterprogramma's vallen (deels) onder de
verantwoordelijkheid van een andere faculteit, maar sluiten wel (soms met
aangepast vakkenpakket) goed aan bij de opleiding:
─ Biomedical Image Sciences
─ Biology of Disease
─ Cancer Genomics and Developmental Biology
─ Drug Innovation
─ Immunity and Infection
─ Epidemiology
─ Regenerative Medicine and Technology
─ History and Philosophy of Science
─ Energy Science (www.energyscience.uu.nl)
─ Earth , Life and Climate
Meer informatie over masterprogramma’s kun je vinden op de website:
www.uu.nl/masters
3 Je moet er wel rekening mee houden dat een aantal namen van deze programma’s in de
komende tijd nog kan veranderen.
16

ARBEIDSMARKTORIËNTATIE
Landelijk
Wat? Beschrijving Wanneer Hoe kom je
ermee in
aanraking?
LOBS
masterdag
BCF Career
Event
Nibi
Career week +
life sciences
event
Markt waarbij (bijna) alle biologie-gerelateerde
masters aanwezig zijn
Carrière-event; zelf aanmelden. Leden van
studieverenigingen krijgen korting
Nederlands Biologie Instituut, biedt gratis carrièreadvies
aan voor haar leden. Biologen worden
gestimuleerd lid te worden, speciale aanbieding via
UBV.
http://www.makeamove.nl/Steden/Utrecht/Carrierewe
ek.aspx
rond begin
februari
mei
hele jaar
beschikbaar
november
wordt reclame
gemaakt via
studievereniging
zelf achteraan,
korting via UBV
zelf achteraan
uitnodiging per
students mail, zelf
aanmelden.
UU-breed
Centrum
Studiekeuze
Studeren in
Buitenland
informatie
Loopbaanbegeleiding
Carrièredag UU
Masteravond
Gratis beschikbaar voor elke UU-student.
Via Exchange Office: waar studenten altijd langs
mogen. Via UU-site voorlichtingsavonden te vinden.
Gratis voor UU-studenten.
Link: http://www.uu.nl/NL/Informatie/studenten/
arbeidsmarkt/Loopbaanadvies/Pages/default.aspx
Dag waarop bedrijven zich presenteren, carrièremarkt
en workshops.
Waarbij (bijna) alle UU masters zich presenteren, met
voorlichting en extra activiteiten.
hele jaar
beschikbaar
hele jaar
beschikbaar
hele jaar
beschikbaar
februari
februari en
oktober
folders overal te
vinden
UU-site
UU-site (moeilijk
te vinden!)
info via students
mail
aanmelden via
UU-site, overal
posters etc.
Bèta
Website ‘Your
βetter Future’
Nog in de maak; website met overzicht van alle
loopbaanoriëntatie binnen Bètafaculteit, met
kleurcodes per sector.
hele jaar
beschikbaar
wordt nog
gemaakt, hopelijk
rond februari
klaar
Biologie (cursief valt onder tutoraat)
Studieadviseur Biologie Voor alle vragen, wijst studenten door naar
allerlei andere informatiepunten
Studentbestuurslid Biologie Voor kleine vragen; makkelijk te
benaderen. Kan studenten doorverwijzen
naar de juiste informatiepunten.
Arbeidsmarktoriënterende
lezingen
BSA informatie
Arbeidsmarktoriëntatie
Info studiepaden
Elke vrijdag gedurende periode 1 zijn er
lezingen van oa AiO’s over wat zij doen
Door de studieadviseur; informatie dat er
gewerkt hoort te worden, anders wordt je
uitgeschreven
Informatie-dag over arbeidskansen
algemeen voor biologen, in samenwerking
met Nibi.
Informatie over de studiepaden en hoe die
aansluiten op masters
hele jaar
beschikbaar
hele jaar
beschikbaar
september
t/m
november
september
mei
mei
mail;
spreekuren
makkelijk
benaderbaar;
mail /
aanspreken
1 e jaars
tutoraathandleiding
1 e jaars college
1 e jaars
tutoraathandleiding
1 e jaars
tutoraathandleiding
Masterinformatie Over de masters februari 1 e jaars
tutoraathandleiding
17

Utrechtse Biologen Vereniging (UBV)
Kanalen om studenten te bereiken: posters, Facebook, nieuwsbrief, website, verenigingskamer
Studeren in
buitenland avond
Waarbij studenten van andere studenten en
studieadviseur horen hoe het is, hoe te regelen etc.
Veel ruimte voor vragen
oktober
Alternatieve Avond waarbij studenten over hun masterprogramma februari
masterdag
en stage komen vertellen
Bijna
afgestudeerden
dag (BAD)
Avond waarop bedrijven zich presenteren aan
studenten, misschien uitbreiding met informatie over
promoveren / academische carrière
oktober
Sollicitatie
workshop
Kleinschalige avond waarbij het Recruitmentbedrijfje
People in Science een workshop aanbiedt
april
CV check
Mogelijkheid voor UBV-leden om te laten doen bij hele jaar
People in Science
beschikbaar
Stagebank
Leerstoelgroepen kunnen stages aanbieden; ook plaats hele jaar
voor studentassistentschappen en banenbank
beschikbaar
Lezingen Korte lezingen door mensen die met biologie werken +/- 1 per
maand
Buitenlandse Reis met een bezoek aan een buitenlandse Universiteit juli -
Studiereis
/ instelling
augustus
Bedrijfsexcursies Excursies naar bedrijven waar biologen kunnen werken meerdere
per jaar
Bioborrel
Borrel waarbij studenten en medewerkers van het eens per
departement met elkaar in contact kunnen komen maand
Alternatieve
studiegids
Alternatieve
mastergids
Informele studiegids waarin studenten hun mening
geven over cursussen
Informele studiegids waarin studenten hun mening
geven over masterprogramma’s en hun stage
uitleggen
via UBV
via UBV
via UBV en mail
naar alle Life
Sciences
studenten
via UBV
via UBV
UBV website;
nog in de maak
via UBV
via UBV
via UBV
via UBV en
departement
Biologie
4 per jaar via UBV
eens per jaar
via UBV
18

DE STUDIEPADEN IN DE OPLEIDING BIOLOGIE
De studiepaden zijn afgestemd op de masterprogramma’s van Biologie
Je stelt je eigen pakket samen, eventueel in overleg met je tutor en/of
studieadviseur. Bij de mastercoördinatoren kun je terecht voor inhoudelijke
informatie. Het is niet nodig alle vakken in dit adviespakket te volgen.
Afhankelijk van verplichte en sterk geadviseerde cursussen per track en andere
cursussen die je binnen dit master programma wilt gaan volgen, pas je je keuzes
aan.
In alle studiepaden zijn de cursussen Toegepaste biostatistiek (die je volgt in je
tweede studiejaar) en de Afstudeeropdracht (scriptiecursus) verplicht. De cursus
Toegepaste biostatistiek 1 staat cursief gedrukt in de cursusoverzichten van de
studiepaden. De scriptiecursus staat niet in de schema’s omdat je die cursus
kunt volgen in periode 2 of periode 4. Je kiest zelf in welke periode je die cursus
volgt.
Onderscheiden worden de volgende studiepaden:
─ Organismen, Ecosystemen en Biodiversiteit
─ Gedragsbiologie
─ Moleculaire Levenswetenschappen
─ Educatie, Communicatie en Management
Hieronder volgt een korte samenvatting van deze studiepaden met de
bijbehorende geadviseerde cursussen.
Studiepad Organismen, Ecosystemen en Biodiversiteit
Het studiepad Organismen, Ecosystemen en Biodiversiteit richt zich op het
bestuderen van biologische processen die ten grondslag liggen aan de manier
waarop ecosystemen, populaties, en individuen zich aanpassen aan hun biotische
en abiotische leefomgeving, in heden en verleden. Het is een breed vakgebied
dat alle organisatieniveaus bestrijkt van molecuul tot ecosysteem. De
vakgebieden binnen dit pad proberen onder andere antwoorden te vinden op
grote actuele wetenschappelijke en maatschappelijke vragen over de effecten
van klimaatverandering op het functioneren van biologische systemen,
bijvoorbeeld:
─ hoe verandert het regenwoud?
─ hoe reageren organismen op veranderingen in hun leefmilieu?
Naast fundamentele zijn ook duidelijke toepassingen mogelijk (landbouw,
natuurbehoud, natuurlijke waterzuivering):
─ wat is de rol van ecosystemen bij het tegengaan van klimaatsverandering?
─ Hoe kunnen landbouwgewassen zich verdedigen tegen pathogenen?
In het studiepad zijn 3 (elkaar overlappende) hoofdthema’s te onderscheiden
met als vraagstellingen/onderwerpen:
1. Organismaal
─ Hoe reageren individuele organismen op hun omgeving?
─ Begrijpen van de moleculaire en fysiologische regulatie van reacties op
abiotische stressfactoren (bv. schaduw).
─ Begrijpen van de permanente wapenwedloop waarin organismen verwikkeld
19

zijn met elkaar.
─ aandacht voor het belang van organismen in biotechnologie voor de productie
van voedsel, grondstoffen en medicijnen.
2. Ecologisch
─ Waar komen organismen voor, met hoeveel en wat doen ze?
─ Hoe verloopt de interactie tussen organismen en hun (a)biotische omgeving?
─ Hoe komt biodiversiteit tot stand en wordt het gereguleerd?
─ Is een ecosysteem met meerdere soorten beter bestand tegen verstoringen?
─ Hoe bepalen organismen nutriënten kringlopen in het landschap.
3. Paleoecologisch
─ Wat zijn de effecten van milieuveranderingen op mariene en continentale
ecosystemen?
─ Inzicht in de evolutie van planten, dieren en paleoecologisch belangrijke
fossielgroepen.
─ Inzicht in de samenstelling van fossiele biota in monsters van continentale en
mariene sedimenten (effecten klimaatverandering).
─ Inzicht in fysische, chemische en biologische processen in oceanen en de
specifieke ecosystemen van Noordzee en Wadden.
De cursussen van het studiepad Organismen, Ecosystemen en Biodiversiteit zijn:
Niveau 2
Periode 1: Theoretische ecologie, Microbiële interacties, Mariene wetenschappen
I, Plantenfysiologie,
Periode 2: Metabolisme,
Periode 3: Evolutie, Toxicologie, Palaeoecologie,
Periode 4: Biodiversiteit, natuurbescherming en duurzaamheid Niveau 3
Periode 1: Genoombiologie, Biodiversiteit en landschap
Periode 2: Milieuveranderingen door de tijd, Mariene wetenschappen II,
Computationele biologie, Tropische ecosystemen en klimaat
Periode 3: Eukaryote microbiologie, Planten, adaptatie en afweer
Periode 4: Aquatische ecologie
Het studiepad geeft een goede voorbereiding op het masterprogramma
Environmental biology, met daarbinnen specialisatiemogelijkheden als: Plant
Biology, Fungal Biology, Ecology and Natural Resource Management en
Biomarine Sciences and Palaeoecology.
Na afstuderen in een van de masterprogramma’s is er een breed scala aan
carrièremogelijkheden bij:
─ universiteiten/onderzoeksinstituten als junior onderzoeker of promovendus
(AiO),
─ (biotechnologische) bedrijven zoals Rijk Zwaan, Keygene of bij
onderzoeksinstituten als Plant Research International,
─ researchinstellingen (b.v. Deltares, NIOO, NIOZ, TNO), bij ecologische
adviesbureaus (b.v. Arcadis, Royal Haskoning), bij
natuurbeschermingsorganisaties (WWF, Natuurmonumenten)
─ beleidsorganisaties of de overheid,
de internationale olie- en gas exploratie, musea.
20

Studiepad Gedragsbiologie
Het studiepad Gedragsbiologie kenmerkt zich door een nadruk op de bestudering
en verklaring van gedrag van organismen. Het gedrag van een dier is de wijze
waarop het als individu reageert op en interacteert met zijn omgeving. Gedrag is
daarmee de uitkomst van alle interne processen (o.a. endocrinologisch,
neurobiologisch) in dit dier in samenhang met externe invloeden.
Gedragsbiologie (Ethologie) en daarmee ook het studiepad Gedragsbiologie,
heeft als focus de studie van gedrag en ook toepassingsaspecten zoals welzijn en
conservatie, en heeft raakvlakken met de verschillende biologische
integratieniveaus, van molecuul tot populatie.
In Gedragsbiologie komen vier aspecten van gedrag naar voren:
─ het mechanisme (stimuli, hersenprocessen,cognitie),
─ ontwikkeling van gedrag en leerprocessen,
─ functie van gedrag,
─ de evolutionaire ontwikkeling van het gedrag.
De cursussen van het studiepad Gedragsbiologie zijn:
Niveau 2
Periode 2: Gedragsbiologie,
Periode 3: Evolutie
Periode 4: Neurobiologie
Niveau 3
Periode 1: Gedragsecologie, Endocrinologie, Bio-ethiek
Periode 4: Cognitie en gedrag.
Het studiepad bevat een relatief klein aantal cursussen. Je hebt dus ruim de
mogelijkheid om buiten het adviespad cursussen te kiezen. Nog aanvullende
cursussen kunnen zijn Aquatische ecologie, Theoretische ecologie en Educatie en
Communicatiecursussen
Het studiepad Gedragsbiologie bereidt voor op:
─ het masterprogramma Environmental Biology, specialisatieprogramma
Behavioural ecology
─ Het masterprogramma Neuroscience and Cognition track Cognitive
Neuroscience.
Met een diploma van een van deze programma’s kun je op vele gebieden een
baan vinden:
─ Onderzoeksbanen op vele gebieden (o.a. ecologie, cognitie, neuroscience,
conservatie, welzijn) bij universiteiten en instituten als NIOO, RIVM,
─ Adviesbureaus,
─ Ministerie van EL&I,
─ Noldus,
─ Dierentuinen (onderzoeker, curator, educator),
─ Onderwijs, musea
─ Natuurbeschermingsorganisaties zoals Greenpeace, Stichting AAP,
Dierenbescherming, Wakker Dier
21

Studiepad Moleculaire Levenswetenschappen
Het studiepad Moleculaire Levenswetenschappen kenmerkt zich door een nadruk
op de bestudering van biologische processen op moleculair, cellulair en
weefselniveau die ten grondslag liggen aan het functioneren van celbiologische,
ontwikkelingsbiologische en organismale fenomenen. Je bestudeert ook hoe
complexe biologische systemen zijn geёvolueerd.
In het studiepad zijn 4 belangrijke richtingen te onderscheiden:
Theoretische biologie en bioinformatica, Ontwikkelingsbiologie, Microbiële
ontwikkeling en Moleculaire celbiologie.
Richting Theoretische biologie en bioinformatica
niveau 2
─ Theoretische ecologie
niveau 3
─ Computationele biologie
Richting Ontwikkelingsbiologie
niveau 2
─ Ontwikkelingsbiologie 1
─ De Cel
niveau 3
─ Ontwikkelings en genetica
─ Genoombiologie.
Richting Microbiële ontwikkeling
niveau 2
─ Microbiële interacties
─ De Cel
niveau 3
─ Eukaryote microbiologie
─ Mol en Cell biologie
Richting Moleculaire Celbiologie
niveau 2
─ Scheikunde cursus
─ De Cel
niveau 3
─ Moleculaire en cellulaire biologie
Het studiepad bereidt voor op het masterprogramma MCLS (Molecular Cellular
Life Sciences http://web.science.uu.nl/biomolecularsciences/ ). Daarnaast is dit
studiepad een uitstekende voorbereiding op masterprogramma‟s als Cancer
Genomics and Developmental Biology, Drug Innovation, Immunity and Infection
en Neuroscience and Cognition.
Na afstuderen in een van de masterprogramma‟s zijn er carrièremogelijk-heden:
─ in het onderzoek bij een universiteit of een onderzoeksinstelling in binnen- en
buitenland
─ in het bedrijfsleven (DSM, Unilever, Westburg, etc.)
in research and developmentafdelingen van biotechnologische of farmaceutische
bedrijven.
22

Studiepad Educatie, Communicatie en Management
(ECM)
Onderzoek van het NIBI laat zien dat ongeveer de helft van de afgestudeerde
biologen buiten het (wetenschappelijk) onderzoek terecht komt. Zij werken in
beleid, advies, management, educatie en communicatie of in een commerciële
functie.
De wereld buiten de universiteit is deels een andere dan die daarbinnen.
Bedrijven maken producten of verlenen diensten, de overheid maakt beleid, op
scholen wordt onderwijs gegeven. In deze organisaties wordt biologische kennis
gebruikt, toegepast en bewerkt en soms wordt ook nieuwe kennis ontwikkeld,
maar in een andere context dan die van de universiteit. Communiceren en
samenwerken met allerlei personen en groepen is daarbij essentieel.
In deze andere contexten van onderwijs, beleid en bedrijfsleven, heb je te
maken met andere rollen van biologen en met andere perspectieven op natuur,
gezondheid en zelfs op wetenschap. In het studiepad ECM kun je cursussen
volgen waarin je kunt leren om te gaan met die andere rollen en perspectieven.
Elke cursus richt zich op een specifieke context. We veronderstellen dat je weet
hoe je in principe biologisch onderzoek moet doen en wat belangrijke biologische
kennis is in verschillende disciplines van de biologie. In het studiepad ECM wordt
je kijk op de biologie verbreed en verrijkt.
Meer informatie vind je op de volgende site onder het kopje ‘Studiepad ECM’:
http://www.fi.uu.nl/fisme/nl/studeren/bachelor.html
Cursussen in het studiepad ECM
De ECM vakken kunnen ook worden ingezet in de major biologie.
Niveau 2
Periode 3: Didactiek
Periode 4: Wetenschapscommunicatie
Niveau 3
Periode 2 en 3: Oriëntatie op de communicatieve en educatieve praktijk
Periode 2: De wetenschapper in beleid
Periode 3: De wetenschapper in advies
Masters
Het studiepad ECM is een goede voorbereiding op een aantal masterprogramma’s
aan de Universiteit Utrecht:
─ Science Education and Communication
─ Environmental Biology, met name track Ecology & natural resources
management
─ Sustainable Development
─ Science and Business Management, of
─ iedere andere biologische master
Maar ook kun je:
─ de eenjarige lerarenopleiding volgen nadat je een (andere) onderzoeks- of
beleidsmaster hebt gevolgd en zo je eerstegraads onderwijsbevoegdheid
halen,
23

─ een smalle tweedegraads onderwijsbevoegdheid halen via de educatieve
minor verzorgd door de faculteit bètawetenschappen (dit is onder te brengen
in de profileringsruimte van je bachelorprogramma)
Kijk voor mogelijkheden in bachelor- en masteropleiding in Science Education
and Communication op: http://www.fi.uu.nl/fisme/nl/studeren/welcome.html
Je kunt de ECM vakken natuurlijk ook uit interesse volgen als je niet kiest voor
een vervolgopleiding op het gebied van ECM. Communicatie en educatie over
wetenschap is van belang in elke vervolgmaster en/of het beroepsveld.
24

Periode 1, cursussen niveau 2
Periode 1, niveau 2 cursussen
DE CEL
The Cell
Coördinator:
Docenten:
dr. J.A. Post,
Onderzoeksgroep Biomolecular Imaging
H.R. Kruytgebouw
kamer W505, tel.: 030-253 3894
e-mail: j.a.post@uu.nl
H
dr. J.A. Post, j.a.post@uu.nl
dr. A. Thomas, a.a.m.thomas@uu.nl
dr. F. Cremers, a.f.m.cremers@uu.nl
Cursuscode: B-B2CEL09
Studiepunten: 7½
Timeslot: A+D (in periode 1 en in periode 4)
Ingangseisen
De cursus Moleculaire biologie op 1 niveau uit de bachelor opleiding Biologie of
kennis die daarmee vergelijkbaar is.
Uitsluiting
De theorie in de cursus De Cel is is nagenoeg gelijk met die van de cursus
Celbiologie die tot en met het studiejaar 2008-’09 is gegeven. Daarom is het niet
toegestaan om beide cursussen te volgen. Het is eveneens niet toegestaan om
De Cel te volgen als je de niveau 3 cursus Moleculaire Celbiologie al hebt
gevolgd.
Studiepad
De Cel is een kerncursus in het studiepad Moleculaire levenswetenschappen.
Leerdoelen
Aan het eind van de cursus kun je:
─ met elk cellulair proces werken op het niveau van het boek The Cell (Alberts).
Met deze kennis kan je primaire artikelen lezen.
─ een celbiologisch onderwerp/probleem eigen maken en uitdiepen aan de hand
van primaire literatuur.
Vaardigheden
Aan de ordekomen:
─ lezen en verwerken van primaire literatuur,
─ samenwerken en komen tot een gezamenlijk product (minisymposium),
─ rapporteren,
─ houden van een presentatie.
25

Periode 1, cursussen niveau 2
Inhoud
In deze cursus krijg je inzicht in het functioneren van de eukaryotische cel op
zowel moleculair als celbiologisch niveau. Dit wordt gedaan aan de hand van het
boek ‘Molecular Biology of the Cell’ (zie studiemateriaal).
Inzicht in de processen die zich afspelen in cellen en tussen cellen spelen zijn van
groot belang voor onder andere gezondheid en biotechnologie.
In de cursus komen de volgende drie onderdelen aan bod:
─ genregulatie en expressie,
─ signaaltransductie en compartimentalisatie,
─ celskelet, celcyclus en celdood).
Elk onderdeel bestaat uit hoorcolleges en werkcolleges en soms een COO en elk
blok wordt afgesloten met een deeltoets. Daarnaast werk je gedurende de hele
cursus met een groep aan een bepaald celbiologisch probleem/proces. Aan het
eind van de cursus organiseer je met je medestudenten een minisymposium
waar je een presentatie geeft over je bestudeerde celbiologische
probleem/proces.
Werkvormen
Hoorcolleges, werkcolleges, COO, organiseren minisymposium.
Toetsing
De eindbeoordeling van de cursus bestaat uit een drietal deeltoetsen en het minisymposium.
Elk deel telt voor 25% mee in het eindcijfer.
De beoordeling voor het theoretisch deel mag niet lager dan 5.0 zijn en voor het
succesvol afronden van het minisymposium is naast een voldoende groepscijfer
ook een individuele goede inzet noodzakelijk.
Studiemateriaal
Het boek: ‘Molecular Biology of the Cell’, 5 Ed., van Alberts et al.
26

Periode 1, cursussen niveau 2
MARIENE WETENSCHAPPEN 1
Marine sciences 1
Coördinator:
Docenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
dr. Appy Sluijs
Leerstoelgroep Mariene Palynologie (Geowetenschappen),
Gebouw Aardwetenschappen
Budapestlaan 4, 3584 CD Utrecht
kamer Z312, tel.: 030-253 2638
e-mail: Ha.sluijs@uu.nl
secretariaat: Hm.mullen@uu.nlH; tel. 030-253 2629
dr. Henk Brinkhuis, Hh.brinkhuis@uu.nl
dr.ir. Katja Philippart, Hkatja@nioz.nl
dr. Francesca Sangiorgi, Hf.sangiorgi@uu.nl
dr. Stefan Schouten, Hstefan.schouten@nioz.nl
dr. Appy Sluijs, Ha.sluijs@uu.nl
B-B2MSCI07
7½
B+C
Ingangseisen
Jaar 1 van de bacheloropleidingen Biologie of Aardwetenschappen. De cursus
bouwt voort op de biologiecursussen Evolutie en biodiversiteit en de cursus
Ecologie van jaar 1.
Studiepad
De cursus is van belang voor studenten die het studiepad Oganismen,
ecosystemen en biodiversiteit volgen.
Leerdoelen
In deze multidisciplinaire cursus leer je verbanden tussen fysische, chemische en
biologische processen die mariene ecosystemen in brede zin te bepalen. Na
afloop kun/heb je:
─ een basisinzicht in (de evolutie van) en fysische, chemische en biologische
processen in de oceanen, en de ecologische gevolgen van antropogene
invloeden,
─ kennis van de belangrijkste groepen phyto en zoöplankton, benthos,
─ inzicht in de specifieke Noordzee en Wadden ecosystemen,
─ basaal inzicht in de belangrijkste biogeochemische kringlopen,
─ kennis gemaakt met professioneel marienecologisch veldonderzoek (NIOZ,
Texel).
27

Periode 1, cursussen niveau 2
Vaardigheden
─ Selecteren en verwerken eenvoudige media, literatuur en internetbronnen,
─ inzicht in praktijk (op NIOZ, Texel),
─ systematische benadering problemen; kritisch denken, mondelinge
rapportage (Engels); wetenschappelijke discussie,
─ professionele posterpresentatie (engels),
─ microscopie,
─ kennis(vorming) complexe mariene (eco)systemen.
Inhoud
Het hoofdthema in deze bij uitstek multidisciplinaire cursus is een introductie in
oceanografie en mariene ecosystemen, en het leren zien van (basale) verbanden
tussen fysische, chemische en biologische processen, in het verleden (paleo) en
heden, die mariene ecosystemen in brede zin bepalen en of bepaald hebben. Ook
besteed je aandacht aan verwachtingen voor de nabije toekomst.
In de eerste weken volg je inleidende colleges over het ontstaan van de oceanen
en hun evolutie, biochemische kringlopen, (fysisch, chemische) oceanografie, en
pelagische en benthische ecosystemen, en later een introductie in
paleoceanografie. Practica gaan in op belangrijke groepen fyto-, en zoöplankton
(diatomeeën, dinoflagellaten, foraminiferen) en benthische groepen, naast
werkcolleges/practica oceanografie, en inleidende colleges en practica organische
biogeochemie. De colleges gaan ook in op actuele thema’s zoals opwarming van
de Aarde, globale biodiversiteits-veranderingen, effecten van vervuiling, en de
typische Wadden- en Noordzee ecosystemen, mede aan de hand van (redelijk
eenvoudige) literatuur en discussies, en de dagelijkse ‘news of the day’
discussies.
Presentaties voor en door studenten vormen hier een onderdeel van. Een deel
van de colleges, en enkele veldpractica volg je op het Koninklijk NIOZ te Texel
gegeven (tenminste 2 dagen).
Op het NIOZ ervaar je in groepjes het praktijkonderzoek naar een veelvoud van
onderwerpen en vraagstellingen uit de professionele micro- en macro mariene
biologie/ecologie.
Let op: er zal in de vroege ochtend (rond 0700 uur) naar Texel gereisd moeten
worden!
In de cursus ligt de nadruk op het herkennen van processen, patronen en
verbanden (bijvoorbeeld pelagic-benthic coupling) in het mariene domein. Je
besteedt aandacht aan actuele vraagstellingen, en hoe onderzoek in de praktijk
wordt verricht. In de laatste week maak je een poster en houd je een presentatie
(Engels), die deels is voorbereid in de voorafgaande weken, aan de hand van
zelfgekozen, of voorgestelde probleemstellingen.
Onderwijsvormen
Hoorcolleges, practica, veldpractica, discussie, presentatie(s), poster
Toetsing
De cursus is voldoende afgerond als je een voldoende hebt behaald voor de
onderdelen:
1. ‘presentatie’,
2. ‘poster’ en
3. het afsluitende tentamen over de gehele stof.
28

Periode 1, cursussen niveau 2
Het eindcijfer wordt bepaald in de verhouding 1: 1: 2, (met niet meer dan één
maal een 5) en als aan alle practicumverplichtingen is voldaan.
De practica worden niet beoordeeld met een cijfer maar actieve deelname aan
alle hoorcolleges en practicumonderdelen is verplicht. Opdrachten/uitkomsten
worden gecontroleerd!
Studiemateriaal
─ Regenkleding, laarzen, etc. voor Texel,
─ De kosten van de reizen naar Texel en terug zijn voor eigen rekening.
Het boek: Garrison, T., 2002, Oceanography, an invitation to marine science, 6th
Edition, Thomson/Brooks/Cole Press, ISBN 0-534-37557-X, ca. € 70,- (korting
mogelijk via UBV), is VERPLICHT!
29

Periode 1, cursussen niveau 2
MICROBIËLE INTERACTIES
Microbial interactions
Coördinator:
dr. P.A.H.M. Bakker (Peter)
Onderzoeksgroep Plant-microbe interacties
H.R. Kruytgebouw, kamer W307
tel.: 030-253 6861
e-mail: Hp.a.h.m.bakker@uu.nl
Docenten :
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
dr. P.A.H.M. Bakker, Hp.a.h.m.bakker@uu.nl
prof. dr. M.G.A. van der Heijden
(Hmarcel.vanderheijden@art.admin.ch H)
dr. M.C. Koster (HM.C.Koster@uu.nlH)
prof.dr.ir. C.M.J. Pieterse, Hc.m.j.pieterse@uu.nl
B-B2MINT10
7½
B+C
Ingangseisen
De eerstejaars cursussen Plantenbiologie en Evolutie en biodiversiteit.
Studiepad
De cursus is een goede voorbereiding op andere cursussen waarin microorganismen
en afweer een rol spelen. De cursus kan daarom gevolgd worden als
onderdeel van verschillende studiepaden, zoals Environmental Biologie
(Plantenbiologie), Biomolecular Sciences of Biology and Biocomplexity.
Leerdoelen:
Tijdens de cursus microbiele interacties kom je zowel theoretisch als praktisch in
aanraking met verschillende vormen van interacties tussen micro-organismen en
dieren of planten. Hierbij komen pathogenen, symbionten, probiotica en
beheersing van pathogenen aan de orde.
Na afloop van deze cursus kun je:
─ de karakteristieken beschrijven van verschillende vormen van dier-microbe en
plant-microbe interacties,
─ de belangrijkste mechanismen beschrijven van interacties tussen dier/plant
en micro-organismen,
─ de belangrijkste mechanismen beschrijven van interacties tussen microorganismen,
─ begrip hebben van het belang van micro-organismen voor het functioneren
van dieren/planten,
─ afwijkingen aan planten waarnemen,
─ virulentie factoren van bacteriën bestuderen,
─ een onderzoeksvraag formuleren, wetenschappelijke experimenten bedenken
en uitvoeren,
─ een literatuuronderzoek doen, een poster maken, een presentatie maken en
geven.
30

Periode 1, cursussen niveau 2
Vaardigheden
Lezen en analyse van wetenschappelijke artikelen, chemisch rekenen, uitvoeren
van de onderzoekscyclus, systematische benadering van problemen, kritisch
denken, creatief en probleemoplossend denken en werken, omgaan met
complexe systemen, plannen, mondelinge rapportage, wetenschappelijke
discussie.
Inhoudsbeschrijving
Micro-organismen veroorzaken niet alleen ziekten maar zijn ook onmisbaar zijn
voor het normaal functioneren van dieren en planten.
Afhankelijk van de aard van het micro-organisme kunnen neutrale, positieve en
negatieve interacties tussen micro-organismen en dieren/planten plaatsvinden.
In deze cursus komen mechanismen van interacties aan de orde waarbij duidelijk
wordt hoe complex de biotische omgeving van een dier/plant is.
De interacties worden tijdens de cursus van beschrijvend tot op het moleculaire
niveau behandeld. Vragen die aan de orde komen zijn: Welke signalen zijn
betrokken bij communicatie tussen dieren/planten en micro-organismen? Wat is
het voordeel van de interactie voor de micro-organismen? Heeft het dier/de plant
een voor- of nadeel van de interactie? Hoe kunnen interacties door de mens
worden benut?
In vier modules, waarin colleges en practica/werkcolleges op elkaar zijn
afgestemd, komen de volgende thema’s aan de orde:
- Plant pathogene en symbiotische interacties
- Antagonisten en onderdrukking van plantenziekten
- Mens/dier pathogene en symbiotische interacties
- Beheersing van pathogenen
In de eerste module leer je nauwkeurig waarnemen en zal met behulp van
handboeken en internet informatie worden verzameld die mondeling wordt
gepresenteerd. In de tweede module wordt de experimentele cyclus doorlopen,
vervolgens wordt een verslag geschreven waarin een drietal aparte experimenten
worden geïntegreerd. In de derde module worden virulentie factoren van
bacteriën bestudeerd en in een plenaire discussie besproken. De vierde module,
waarin met name literatuur wordt verzameld en gelezen, wordt afgesloten met
een posterpresentatie.
De laatste anderhalve week van de cursus schrijf je in groepen van 10 een essay
over een specifiek onderwerp binnen het veld van de microbiële interacties.
Onderwijsvormen
De cursus omvat hoorcolleges, werkcolleges, en practica. Er wordt gepresenteerd
in de vorm van een mondelinge presentatie, een verslag, een plenaire discussie,
een poster en een essay.
Toetsing
Actieve deelname aan practica en presentatieopdrachten is verplicht. Voor het
eindcijfer telt het gemiddelde van de drie deeltoetsen voor 65% mee en de
beoordeling voor de practica voor 35%. Beide cijfers moeten voldoende zijn.
Studiemateriaal
Labjas, practicumhandleiding en labjournaal
31

Periode 1, cursussen niveau 2
PLANTENFYSIOLOGIE
Plant Physiology
Coördinator:
Docenten :
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
dr. M.C.G. Proveniers (Marcel)
Onderzoeksgroep Moleculaire Plantenfysiologie
H.R. Kruytgebouw, kamer O403
tel.: 030-253 3172
e-mail: m.proveniers@uu.nl
dr. M.C.G. Proveniers, m.proveniers@uu.nl
Gastdocenten, nog niet bekend
B-B2PLFY09
7½
A+D
Ingangseisen
De eerstejaars cursus Plantenbiologie.
Studiepad
De cursus is onderdeel van het studiepad Organismen, ecosystemen en
biodiversiteit. De cursus vormt een goede voorbereiding op de niveau 3 cursus
Planten, adaptatie en afweer.
Leerdoelen:
De doelstelling van de cursus is de student inzicht te geven in de fysiologische
processen die zich afspelen in hogere planten. Hierbij wordt de plant vooral als
geheel bekeken en wordt de interactie van de plant met zijn omgeving verder
uitgediept.
Na afloop van deze cursus:
─ heb je inzicht verworven in het moleculair functioneren van een plant op het
niveau van cel, weefsel, en volledige plant
─ kun je de mechanismen beschrijven waarover hogere planten beschikken om
op diverse omgevingsfactoren te reageren,
─ kun je plantreacties vertalen naar moleculaire mechanismen die aan de basis
liggen van deze reacties,
─ kun je beschrijven hoe een plant zich aan kan passen aan verschillende types
van stress in zijn leefmilieu,
─ kun je onderzoeksgericht denken om mogelijke plantreacties te evalueren en
te kunnen sturen,
─ heb je inzicht verkregen in verschillende maatschappelijke ontwikkelingen
waarin planten centraal staan, zoals de moderne landbouw, de discussie
omtrent transgene gewassen, de plant als energiebron (biofuels) en de
effecten van klimaatverandering op plantengroei en -ontwikkeling.
32

Periode 1, cursussen niveau 2
Vaardigheden
Lezen en analyse van wetenschappelijke artikelen, systematische benadering van
problemen, kritisch denken, mondelinge rapportage, wetenschappelijke
discussie.
Je oefent ook je presentatietechniek en door middel van peer-review een oordeel
te vellen over het werk van anderen.
Inhoud
Het centrale thema in de cursus plantenfysiologie is het functioneren van de
plant in zijn omgeving. Planten zijn, in tegenstelling tot dieren, niet mobiel en ze
moeten hun groei en ontwikkeling daarom continu afstemmen op veranderingen
in hun leefomgeving. Dit kunnen acute veranderingen zijn, zoals de de
plotselinge aanwezigheid van (a)biotische stressoren, maar ook graduele,
seizoensgebonden veranderingen, zoals de verandering van daglengte en
omgevingstemperatuur gedurende de loop van het seizoen.
In de cursus wordt zowel stilgestaan bij de basale processen die voor groei en
ontwikkeling van de plant nodig zijn, alsmede bij de verschillende mechanismen
waarover hogere planten beschikken om op de diverse omgevingsfactoren te
reageren. Ook zal worden ingegaan op hoe verschillende omgevingssignalen en
plant-eigen signalen geïntegreerd worden om ontwikkelingsprocessen te “finetunen”.
Hierbij komen alle aspecten van de moderne plantenfysiologie aan de orde:
─ transport van water, ionen en suikers,
─ metabolisme (fotosynthese, respiratie, assimilatie),
─ groei en ontwikkeling (patroonvorming, meristemen, organogenese),
─ regulatie van bloei (integratie van daglengte, omgevingstemperatuur en
ontwikkelingsafhankelijke signalen),
─ de rol van hormonen (auxine, gibberelline, cytokinine, ethyleen, abscisinezuur
en brassinosteroiden) als signaalmoleculen tijdens de ontwikkeling, hun
werkingsmechanisme en onderlinge interacties,
─ de rol van licht tijdens verschillende stadia van de ontwikkeling
(fotomorfogenese; rood, verrrood en blauw licht responsen),
─ stressfysiologie; adaptatie aan biotische en, met name, abiotische stress
(droogte, hitte, zout, koude, anaerobie).
Alle processen worden behandeld op diverse niveaus: de hele plant, de cel en op
moleculair niveau (genen, eiwitten etc.).
Hiernaast beoogt de cursus aan de hand van de besproken stof inzicht te geven
in maatschappelijke ontwikkelingen waarin planten centraal staan, zoals
gewasontwikkeling in de moderne landbouw (domesticatie/veredeling,
biotechnologie), de discussie omtrent transgene gewassen, de plant als
energiebron (biofuels) en de gevolgen van klimaatverandering voor planten als
energieleverancier voor bijna alle ecosystemen op aarde.
Onderwijsvormen
Naast hoorcolleges, zijn werkcolleges, het schrijven en reviewen van een
“position paper”, presentatie van een primair onderzoeksartikel en zelfstudie de
onderwijsvormen in deze cursus.
33

Periode 1, cursussen niveau 2
Toetsing
Voor het eindcijfer telt de eindtoets voor 60 % mee, de beoordeling voor het
essay + review voor 30% en de poster voor 10%. Alle cijfers moeten voldoende
zijn.
Studiemateriaal
Boek Plant Physiology (5e editie, Sinauer) van Taiz & Zeiger
Tijdens de cursus op te zoeken en aan te reiken literatuur.
34

Periode 1, cursussen niveau 2
ONTWIKKELINGSBIOLOGIE
Developmental biology
Coördinator:
Docenten:
dr. W.J.A.G. Dictus
Biomedische Wetenschappen
Hijmans van den Berghgebouw, HB4.04b,
tel.: 088-7559961
e-mail: w.j.a.g.dictus@umcutrecht.nl
dr. W.J.A.G. Dictus
prof. dr. S.J.L. van den Heuvel, s.j.l.vandenHeuvel@uu.nl
dr. A.A.M.Thomas, Ha.a.m.thomas@uu.nl H
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
B-B2OBI07
7½
B+C
Ingangseisen
Het blok sluit aan op eerdere onderdelen van het eerste jaar Biologie
(Moleculaire biologie, Biologie van Dieren en Biodiversiteit) c.q. het 1 e jaar
Biomedische Wetenschappen (Cellen en Organisme) en het tweede jaar
Biomedische Wetenschappen (Biomembranen/Signaaltransductie). Daarbij zijn
aan de orde geweest: transcriptie, translatie, interacties tussen cellen,
signaaltransductie, celcyclus, embryogenese, bouwplan. Bij het uitvoeren van
experimenten wordt voortgebouwd op de theoretische en praktische ervaring van
de cursussen “Biologie van Dieren” (Biologie) of “Weefsels” (Biomedische
wetenschappen)”. Bij niet voldoen aan de ingangseisen kan door de
blokcoördinator extra stof worden opgegeven, die voorafgaand aan het blok
bestudeerd dient te worden.
Studieadviespad
Het blok is voorbereidend voor het studieadviespad Moleculaire
levenswetenschappen.
Leerdoelen
Na afloop van de cursus kun/heb je:
─ inzicht in de embryonale ontwikkeling van de gangbare modelsystemen in de
ontwikkelingsbiologie (muis, zebravis, Xenopus, Drosophila en C. elegans),
─ inzicht in de wijze waarop de moleculair genetische informatie, die in het DNA
is opgeslagen, wordt gedecodeerd en vertaald in de contouren van het
bouwplan van een embryo, de bevruchting van eicellen, de rol van
asymmetrische delingen van embryo’s, de differentiatie van weefsels, de
vorming van organen en de uitgroei van het embryo tot een volwassen
individu, en de relatie tussen ontwikkelingsbiologie en evolutie,
─ verklaren hoe verstoringen in de bovengenoemde processen kunnen leiden
tot ziekten met een ontregeling van celgroei of celdifferentiatie en tot erfelijk
bepaalde ontwikkelingsstoornissen,
─ 3-4 recente artikelen op een van de gebieden van de ontwikkelingsbiologie
helder samen te vatten in de vorm van een essay en via peer-review een
essay van anderen te voorzien van feedback.
35

Periode 1, cursussen niveau 2
Vaardigheden
Bibliotheekgebruik, selecteren en verwerken literatuur, lezen wetenschappelijk
artikel, hanteren biologische variabiliteit, omgaan met complexe systemen,
wetenschappelijke discussie, beargumenteren standpunten, schriftelijke
rapportage in het Nederlands of Engels, microscoopgebruik,
dissectievaardigheden, ethisch bewustzijn, kritisch denken, peer-review en
samenwerken.
Inhoudsbeschrijving en onderwijsvormen
Tijdens de cursus worden aan de hand van een aantal veelgebruikte
modelsystemen, zowel van vertebraten, invertebraten als planten, de volgende
aspecten behandeld: klievingen, gastrulatie, neurulatie, organogenese, het
ontstaan van de lichaamsassen, positionele informatie, Hox-genen,
mesodermvorming, celdifferentiatie, celmigratie, recombinant/knock
out/transgene dieren, de moleculair-genetische regulatie van gecoördineerde
ontwikkeling. Naast de normale ontwikkeling besteed je tijdens de cursus
aandacht aan stoornissen die bij de ontwikkeling kunnen optreden.
In een 6-tal practica bekijk je levende embryo’s van kippen en zebravissen en
preparaten van embryo’s van de kip en de hamster. Het ontstaan van het
embryonale kraakbeenskelet van de kip maak je zichtbaar in een zelf uit te
voeren kleuringsprocedure.
Naast hoorcolleges en practica volg je werkcolleges, nabesprekingen van
hoorcolleges en practica, computerpractica en gestructureerde zelfstudie. Daarbij
word je ondersteund door een BlackBoard site waar handouts van de colleges (in
kleur), zelftesten, roosterwijzigingen, uitslagen, een oefententamen en allerlei
andere informatie te vinden is. Er wordt vanuit gegaan dat je regelmatig de
BlackBoard site raadpleegt.
In samenwerking met de bibliotheekmedewerkers krijg je instructie in het zoeken
van gegevens in wetenschappelijke databestanden. Hieraan gekoppeld schrijf je
in een groepje van 4-5 studenten een literatuuropdracht over een onderwerp dat
gebaseerd is op een van de 24 onderwerpen uit de ‘Milestones in Developmental
Biology’ (publicatie Nature, juli 2004). Deze onderwerpen gaan over een van de
volgende terreinen: ontwikkeling van het zenuwstelsel, kiemcellen en
geslachtsdeterminatie, regeneratie, groei en veroudering, evolutie en
ontwikkeling.
Toetsing
Het eindcijfer van de cursus wordt voor 80% bepaald door een drietal toetsen.
De zwaarte van deze toetsen is gelijk.
De literatuuropdracht telt voor 20% mee.
Deelname aan toetsen, voorcolleges van practica, practica, computerpractica,
werkcolleges, als mede aan het eerste hoorcollege is verplicht, ook voor
recidivisten. De hoorcolleges zijn niet verplicht maar wel zéér aan te raden.
Individuele toetsen kunnen niet worden herkanst, tenzij in geval van overmacht.
Studiemateriaal
─ Het boek ‘Principles of Development’ van Wolpert & Tickle (4 e druk),
─ Snijset, labjas, kleurpotloden, gum.
36

Periode 1, cursussen niveau 2
THEORETISCHE ECOLOGIE
Theoretical Ecology
Coördinator:
Docenten:
prof.dr. Rob J. de Boer
Onderzoeksgroep Theoretische Biologie
H.R. Kruytgebouw
kamer Z502, tel.: 030-2537560
e-mail: Hr.j.deboer@uu.nlH
dr. F. Schieving, Hf.schieving@uu.nl
prof.dr. R.J. de Boer, Hr.j.deboer@uu.nlH
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
B-B2THEC05
7½
A+D
Ingangseisen
Systeembiologie (jaar 1) en Ecologie (jaar 1)
Studiepad
Deze cursus behoort tot de studiepaden Organismen, ecosystemen en
biodiversiteit
Leerdoelen
In deze cursus leer je:
─ ecologische processen beschrijven en begrijpen met behulp van wiskundige
modellen,
─ wiskundige modellen lezen, begrijpen (kunnen toelichten) en bekritiseren,
─ klassieke modellen uit de theoretische ecologie begrijpen en herkennen,
─ nieuwe wiskundige modellen opstellen voor ecologische vraagstukken,
─ wiskundige modellen analyseren in termen van de biologische betekenis,
─ theoretische resultaten vertalen naar een biologische interpretatie,
─ wiskundige modellen op een computer analyseren en simuleren,
─ toepassen van eenvoudige algebra om evenwichten en isoclines uit te
rekenen,
─ toepassen van begrippen als stabiliteit, periodiek gedrag, attractor, hysterese,
complex systemen,
─ een mondelinge presentatie maken en presenteren,
─ schriftelijk rapporteren,
─ speltheorie kennen en begrijpen.
Vaardigheden
Bibliotheekgebruik, lezen en analyseren van een wetenschappelijk artikel,
beroepsspecifieke tools, computer als leeromgeving, programmeren, uitvoeren
van de onderzoekscyclus, omgaan met complexe systemen, mondelinge
rapportage (Engels), schriftelijke rapportage (Engels).
37

Periode 1, cursussen niveau 2
Inhoud
Theoretisch onderzoek speelt een belangrijke rol in de ecologie. De cursus
behandelt een groot aantal eenvoudige en een aantal gecompliceerde modellen
om te laten zien hoe men met een dergelijke formele behandeling ecologische
processen kan beschrijven en leren begrijpen. Studenten worden vertrouwd
gemaakt met het opstellen en analyseren van wiskundige modellen. Theoretische
ecologische modellen zouden na deze cursus niet langer als ‘black box’
beschouwd mogen worden. Resultaten van modellen, en hun eventuele
ecologische consequenties, moeten kritisch gewogen worden aan de hand van de
inhoud, de complexiteit, de realiteit, en het formalisme van het model.
In het onderdeel ‘modellering van populatiedynamica’ worden bekende modellen
uit de theoretische ecologie opnieuw afgeleid. Door modellen zelf af te leiden uit
eenvoudige biologische aannames leert de student dergelijke modellen kritisch te
beschouwen en doet de student ervaring op met het zelf ontwikkelen van
wiskundige modellen. De klassieke modellen voor de groei van populaties,
roofdier-prooisystemen, concurrentie, en metapopulaties komen allen aan de
orde. De student leert de resultaten verkregen met dergelijke modellen vertalen
naar een biologische interpretatie (totaal 4 weken).
In het onderdeel "speltheorie en ecologie" zullen een aantal klassieke modellen
uit de speltheorie worden afgeleid. Door deze modellen te vergelijken met een
aantal concrete optimalisatie modellen, bespreken we hoe speltheorie inzicht
geeft in de strategien waarmee organismen interacteren met hun omgeving. We
gebruiken modellen uit het "populatiedynamica onderdeel" om inzicht te krijgen
in de verspreiding van strategien in populaties. Door de modellen samen met de
docent zelf af te leiden, leer je een kritisch inzicht te ontwikkelen in hoe de
biologische resultaten van modellen samenhangen met hun wiskundige structuur
(totaal 3 weken).
De grote opdracht bestaat uit een onderzoekscyclus die doorlopen wordt aan de
hand van een wetenschappelijke publicatie. In kleine groepen verdiepen de
studenten de resultaten van dit gepubliceerde model, of stellen zij een nieuw
model op. Dit wordt afgesloten met een degelijk schriftelijk verslag en korte
mondelinge presentatie (totaal 3 weken).
Werkvormen
Nieuwe stof wordt gegeven in hoorcolleges, in werkcolleges en computerpractica
wordt de stof van het hoorcollege geoefend. daarnaast wordt tijd gereserveerd
voor zelfstudie. In week 8-10 wordt zo zelfstandig mogelijk aan een groot project
gewerkt.
Toetsing
Het eindcijfer is een gewogen gemiddelde over de drie onderdelen. Voor de
practica zelf krijg je geen cijfer, de deelname aan de practica is niet verplicht. In
de praktijk blijken de practica essentieel voor een voldoende begrip van de stof.
38

Periode 1, cursussen niveau 2
Studiemateriaal
- Het e-boek “Modeling Population Dynamics” van Rob de Boer wordt bij
aanvang van de cursus verstrekt (tegen een kostprijs van ongeveer € 10) en
is ook verkrijgbaar via “http://theory.bio.uu.nl/rdb/books”.
- De reader “Speltheorie en ecologie door Feike Schieving wordt in week 5
verstrekt.
- De computerprogamma's GRIND en Berkeley Madonna staan geïnstalleerd in
de computerleerzalen. GRIND is ook vrij beschikbaar
via Hhttp://theory.bio.uu.nl/rdb/grindH
Informatie
Tijdens de cursus krijg je actuele informatie via WebCT en/of
Hhttp://theory.bio.uu.nl/rdb/te
39

Periode 2, cursussen niveau 2
Periode 2, niveau 2 cursussen
GEDRAGSBIOLOGIE
Behaviour Biology
Coördinatoren:
dr. M.J. Duchateau (Marie José)
Onderzoeksgroep Gedragsbiologie
Kruytgebouw, kamer O 210
tel.: 030-2535435
e-mail: s.m.reader@uu.nl
Docenten:
Cursuscode:
prof. dr. J.J. Bolhuis, j.j.bolhuis@uu.nl
mw.dr. M.J.H.M. Duchateau, m.j.h.m.duchateau@uu.nl
mw.dr. E.H.M.Sterck, e.h.m.sterck@uu.nl
dr. J. de Vries, j.devries@uu.nl
dr. M.A. Zandbergen, m.a.zandbergen@uu.nl
Gastdocenten
B-B2GEBI05
Studiepunten: 7½
Timeslot: B+C
Capaciteit: max. 60
Ingangseisen
De cursus is een vervolg op de onderdelen Gedragsbiologie en Gedragsecologie
uit de niveau 1 cursussen Biologie van Dieren en Evolutiebiologie. De cursus kan
gezien worden als een voorbereiding van de niveau 3 cursus Cognitie en Gedrag
en de meer functionele en evolutionaire benadering van gedrag van de niveau 3
cursus Gedragsecologie.
Studiepad
De cursus is maakt deel uit van het studiepad Gedragsbiologie. Zij bereidt mede
voor op de Master Neuroscience and Cognition en het specialisatieprogramma
Behavioural Ecology binnen de master Environmental Biology.
Leerdoelen
Na afloop van deze cursus kun je:
─ de neurobioologische principes van stimulus perceptie, structuren voor de
zintuiglijke verwerking en resulterend motorisch gedrag beschrijven,
─ aangeven wat motivatie is en welke modellen motivatie beschrijven en welke
factoren bij motivatie een rol spelen,
─ verschillende motivatiesystemen en hun interacties beschrijven,
─ aangeven hoe emoties en beloningssystemen aan elkaar gerelateerd zijn
aangeven welke biologische ritmes er zijn, hoe ze ontstaan en werken en wat
hun invloed is op gedrag,
─ aan de hand van auditieve perceptie bij de uil, cognitieve verwerking van
leren bij de honingbij en motorische output van zang van vogels de neurale
mechanismen van gedrag beschrijven,
40

Periode 2, cursussen niveau 2
─ aangeven wat nature/nurture controverse inhoudt, aangeven wat imprinting
is, de ontwikkeling van gedrag aan de hand van vogelzang beschrijven, de rol
van hormonen en de ontwikkeling van de hersenen in de ontwikkeling van
gedrag aangeven,
─ de verschillende soorten van leren beschrijven en de rol van het
werkgeheugen en referentiegeheugen in het leerproces aangeven,
─ een beschrijving geven van de verschillende cognitieve vaardigheden van
dieren zoals ruimtelijke representaties, representaties van aantallen, inzicht,
gereedschapsgebruik, sociale representaties waaronder theory of mind, social
learning en taal,
─ aangeven wat communicatie is, verschillende vormen van
communicatiesignalen en eigenschappen ervan beschrijven, de oorsprong van
signalen uitleggen,
─ aangeven wat seksuele selectie is en de verschillende effecten van seksuele
selectie beschrijven,
─ de evolutie van gedrag uitleggen aan de hand van 'strong inference',
fylogenie en coëvolutie,
─ de factoren aangeven die een rol spelen in het ontstaan van sociale groepen,
de verschillende vormen van samenwerking beschrijven, de mogelijke
consequenties van groepsleven beschrijven,
─ uitleggen wat dierenwelzijn is, kennis van diergedrag bij de groei en het
hanteren van dieren in gevangenschap toepassen,
─ diergedrag in de conservatiebiologie toepassen,
─ toepassen van verklaringen voor diergedrag en de evolutie van gedrag op het
gedrag van mensen,
Vaardigheden
─ Mondelinge en schriftelijke rapportage in het Nederlands,
─ Het schrijven van een onderzoeksvoorstel aan de hand van een opgegeven
onderwerp. Dit presenteren en verdedigen.
─ Toepassen van kennis,
─ Bibliotheekgebruik,
─ Creativiteit en problemen oplossen,
─ Beargumenteren van standpunten.
Inhoud
Gedragsbiologie is de wetenschappelijke bestudering van het gedrag van dieren.
Ruim veertig jaar geleden heeft de Nederlandse etholoog Niko Tinbergen de vier
grote vragen in de gedragsbiologie gepostuleerd: evolutie, functie, ontwikkeling
en causatie.
De eerste twee vragen kan men omschrijven als vragen naar het waarom van
gedrag. Hieronder valt onder andere het deelgebied van de gedragsecologie. De
laatste twee vragen betreffen het hoe van gedrag, de mechanismen die aan het
gedrag ten grondslag liggen.
Gedragsbiologie is de moderne versie van wat we vroeger ethologie noemden.
Het is echter veel breder dan de traditionele ethologie en omvat ook disciplines
als cognitieve ethologie, neurobiologie van gedrag, en de meer toegepaste
disciplines als zoo conservatie biologie en dierenwelzijn. Dit zijn disciplines die in
de dagen van Lorenz en Tinbergen, de grondleggers van de ethologie, nog niet
bestonden.
In de cursus Gedragsbiologie komen alle vier vragen van Tinbergen aan bod.
Door middel van hoorcolleges en werkcolleges krijg je een gedetailleerd beeld
41

Periode 2, cursussen niveau 2
van de moderne gedragswetenschap. Hierbij gebruiken we het boek ‘The
Behavior of Animals’.
Behalve het belang van de vier vragen voor onderzoek naar gedrag bespreken
we ook de noodzaak waarom je deze vragen moet onderscheiden. Hierbij komt
de (on-)mogelijkheid van integratie van causatie en functie aan bod.
Werkvormen
Je krijgt in het theoretische eerste deel van de cursus colleges, werkopdrachten
en –colleges, computerpractica, en zelfstudie. De stof wordt middels 2
deeltentamens getentamineerd.
In het 2 e deel van de cursus schrijf je in een groepje medestudenten een
onderzoeksvoorstel aan de hand van een opgegeven onderwerp over één van de
thema's uit het boek. Het voorstel verdedig je met een korte presentatie voor de
groep. Daarbij moet je opmerkingen verdedigen van andere studenten uit de
cursus die je voorstel hebben gelezen en van kritische vragen en opmerkingen
hebben voorzien.
Toetsing
Het eindcijfer van de cursus is samengesteld uit:
─ de schriftelijke toets (2/3 van het eindcijfer, als elk deeltentamen minstens
5.0 is en beide deelcijfers gemiddeld minstens 5.5 is),
─ de opdracht 'Onderzoeksvoorstel' (1/3 van het eindcijfer)
De beoordeling van het ‘Onderzoeksvoorstel’ bestaat uit het zelf geschreven
voorstel en de presentatie (3/4) en uit de review en interview van een ander
onderzoeksvoorstel en je werkhouding (1/4).
Je krijgt pas een eindcijfer als zowel de theoretische toets als de opdracht
voldoende zijn afgerond.
Studiemateriaal
Boek: ‘The Behavior of Animals: Mechanisms, Function, and Evolution’. Blackwell
Publishing, Oxford, 2005 (Eds. Johan J. Bolhuis & Luc-Alain Giraldeau)
ISBN 0-631-23125-0
42

Periode 2, cursussen niveau 2
GENTHERAPIE, KANKER, AIDS
Gene therapy, cancer, AIDS
Coördinator:
Docent:
dr. A.A.M. Thomas
Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie
H.R. Kruytgebouw, kamer O506
tel.: 030-2533971
e-mail: Ha.a.m.thomas@uu.nlH
dr. A.A.M. Thomas
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
B-B2GKA05
7½
A+D
Ingangseisen
Noodzakelijke voorafgaande cursussen bevatten kennis van replicatie,
transcriptie, translatie, basale kennis over het ontstaan van kanker, (zoals te
vinden in Campbell and Reece, 9 e druk, hoofdstukken 15- 21), kennis van
celbiologie, (hoofdstukken 7, 8, 11, en 12), basale kennis van immunologie,
zoals ter sprake komt in huidige Biologie-cursussen jaar 1 (hoofdstuk 43), basale
kennis van virusreplicatie, zoals in hoofdstuk 19, kennis van veel gebruikte
technieken in de moleculaire biologie zoals beschreven in hoofdstuk 20, kennis
van dierlijke weefsels, vormen en functies, zoals in hoofdstuk 40.
Studiepad
De cursus past in de studiepaden Moleculaire levenswetenschappen (vanaf
2009), Biomoleculaire wetenschappen, Dierwetenschappen,
Ontwikkelingsbiologie en genetica, en Toxicologie. Je kunt de cursus ook volgen
vanuit een bredere interesse.
Leerdoelen:
Na de cursus kun je:
─ uitleggen welke vormen van genetische therapie bestaan, hoe ze werken, en
bij welke aandoeningen dit theoretisch of praktisch haalbaar zou kunnen zijn,
─ ben je op de hoogte van de ethische aspecten rondom genetische therapieën,
─ uitleggen welke cellulaire processen belangrijk zijn bij het ontstaan van een
tumor en bij uitzaaiingen, en hoe en welke therapieën deze processen
beïnvloeden,
─ uitleggen wat de normale afweerreactie is tegen een infectie, en wat de
reactie is bij een HIV infectie,
─ uitleggen wat het effect is van bestaande en te ontwikkelen medicijnen tegen
HIV en AIDS,
─ uitleggen hoe het immuunsysteem reageert op een vaccin, een tumor, of een
virusinfectie,
─ uitleggen waarom er virale variatie is en hoe de variatie invloed heeft op
medicijnen en vaccins,
─ relevante gegevens verzamelen via internet en wetenschappelijke
tijdschriften,
43

Periode 2, cursussen niveau 2
─ een essay maken over een medicijn.
De cursus is op gevorderd niveau qua moleculaire en celbiologische aspecten, en
verdiepend wat betreft immunologische aspecten.
Vaardigheden
Selecteren en verwerken literatuur, omgaan met complexe systemen,
wetenschappelijke discussie, schriftelijke rapportage in het Nederlands, ethisch
bewustzijn wat betreft gentherapie, gebruik van medicijnen en vaccins.
Inhoudsbeschrijving
De cursus geeft je inzicht in humane cellulaire processen met een geïntegreerde
benadering vanuit de moleculaire biologie, biochemie, en celbiologie. Die kennis
gebruik je in een aantal toepassingsgerichte biotechnologische problemen zoals
gentherapie, RNA interferentie, en gencorrectie, en bij het begrijpen van
tumorontwikkeling, metastasering, en het ontstaan van AIDS.
De cursus zal de volgende thema’s behandelen: gentherapie, anti-sense
therapie, RNA-interferentie, DNA-repair als genetische therapie, ontstaan van
tumoren, oncogenen, tumorsuppressors, apoptose, telomeren, receptoren en
liganden, monoklonale antilichamen, antikanker medicijnen, vaccins tegen
kanker, virussen als vaccins, adhesiemoleculen, integrine’s, metastasering,
angiogenese.
Bij het HIV-AIDS deel: Koch’s postulaten, moleculaire biologie van HIV, interactie
van HIV met immuunsysteem, belangrijke cellen van het immuunsysteem,
immuundominantie, eigenschappen van virale polymerase, ontstaan van virale
varianten, mechanisme van HIV medicijnen, virusreceptoren, resistentie, HIVvaccins,
ethiek rondom gebruik medicijnen en ontwikkeling van vaccins.
Werkvormen en bijbehorende inhoud
De cursus is theoretisch. Werkvormen zijn hoorcolleges, zelfstudie, en het
schrijven van een essay.
Toetsing
Aanwezigheid bij het eerste college is verplicht. De cursus is voldoende afgerond
als de twee toetscijfers (elk 40%) en de beoordeling van het ingeleverde essay
(20%) resulteren in een voldoende.
Studiemateriaal
─ cursushandleiding met hand-outs
─ kopieën van de benodigde artikelen, te verkrijgen via internet of bibliotheek
44

Periode 2, cursussen niveau 2
METABOLISME
Metabolism
Coördinator:
Docenten:
mw.dr. H. Schlüpmann
Onderzoeksgroep Moleculaire Plantenfysiologie
H.R. Kruytgebouw, Padualaan 8
kamer O405, tel.: 030-2533289
e-mail: Hh.schlupmann@uu.nlH
dr. F. Cremers, a.f.m.cremers@uu.nl
dr. H. Schlüpmann, h.schlupmann@uu.nl
Cursuscode: B-B2META09
Studiepunten: 7½
Timeslot: B+C (in periode 2 en in periode 4)
Ingangseisen
De cursus Moleculaire biologie op niveau 1 uit de bacheloropleiding Biologie of
kennis die daarmee vergelijkbaar is.
Studiepad
De cursus ‘Metabolisme’ maakt deel uit van de studiepaden Moleculaire
levenswetenschappen en Organismen, ecosystemen en biodiversiteit.
Leerdoelen
De cursus heeft als doel om het effect van metabolisme op fysiologie te
illustreren met betrekking op metabolische ziekten.
Deze cursus leert je de beginselen van de biochemie waaronder:
─ de thermodynamica van enzymatische reacties, enzym kinetica en regulatie,
─ de meest belangrijke metabolisme cascades die betrekking hebben op het
vergaren van energie en primaire stoffen, hoe ze met elkaar in verbinding
staan en in welke cel compartimenten ze plaats vinden.
De metabolismeconcepten worden geoefend met behulp van computerpractica en
met behulp van oefeningen uit het tekstboek.
Tijdens een practicum in het laboratorium worden de basisprincipes van enzymthermodynamica
en -kinetica behandeld.
Vaardigheden
─ Bepalen van kinetische parameters van enzymatische reacties in de praktijk,
─ onderzoek van primaire en secondaire literatuur,
─ presenteren van kennis die gerelateerd is aan de integratie van metabolisme
en fysiologie.
Inhoud
Metabolism underlies every living organism and defines the organisms’ ecological
niche. Metabolism occurs at differing scales. At a larger scale, metabolism affects
the composition of gases in the atmosphere with oxygen resulting from photo
and redox-syntheses that occurred in ancient bacteria. At a cellular scale
metabolism provides the energy and building blocks required for cellular growth
and differentiation of cells to form functional organs. Metabolism determines also
the physiological integration of organs.
45

Periode 2, cursussen niveau 2
Understanding metabolism requires knowledge of biochemistry. Current research
in metabolism goes beyond the chemical characterization of all metabolites,
detection of their content in cellular compartments and of their flux through
interwoven pathways. The challenge today is to reconstruct metabolite
interactions with proteins, their distribution over pathways and cellular
compartments in computed models that allow predicting organ growth and
development.
In comparison to the ambitions of modern research in metabolism, the topics
studied during the course are very humble and include:
─ an introduction into thermodynamics, enzyme kinetics and regulation,
─ carbon and energy metabolism across sub-cellular compartments,
─ energy storage and its metabolic regulation,
─ the classes of primary compounds amino acids, nucleotides and lipids and
their metabolic interconnections,
─ essential metabolites from outside: vitamins,
─ metabolic diseases that uncover physiological connections beyond cellular
metabolism.
The course will lay foundations for Niveau 3 courses in cell biology and
physiology.
Werkvormen
Hoor- en werkcollege, zelfstudie, practicum en computerpracticum met report,
presenteren van metabolische ziektes.
Toetsing
Toets 1 30%
Toets 2 40%
Report Practicum en Computerpracticum 20%
Presentatie Metabolische Ziekte 10%
Studiemateriaal
─ verplicht: het boek ‘Biochemisry’, 6th edition, J.M. Berg, J.L. Tymoczko en L.
Stryer, 2007
─ aanbevolen: ‘Student Companion to accompagny Biochemistry Sixth Edition’,
Gumport, Deis, Counts Gerber en Koeppe II; ISBN 0-7167-7067-9
46

Periode 2, cursussen niveau 2
TOEGEPASTE BIOSTATISTIEK
Applied Biostatistics
Coördinator:
Mw. R.K Stellato MSc
UMC Utrecht, Julius Biostatistics
Stratenum
kamer 7.125, tel.: 088-755 0794
e-mail: Hr.k.stellato@umcutrecht.nl
Docenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
Capaciteit:
Mw. R.K. Stellato (Rebecca), Hr.k.stellato@umcutrecht.nl
dr. P. Westers (Paul), Hp.westers@umcutrecht.nl
drs. W.M. van der Wal (Willem), W.M.vanderWal-2@umcutrecht.nl
B-B2TBS05
7½
A+D
verplichte cursus major Biologie
Studiepad
Het vak is van belang voor alle biologiestudenten, omdat er een basis wordt
gelegd voor inzicht in de onderzoekscyclus binnen biologisch onderzoek, de
plaats van methodologie en statistiek hierin, een verantwoorde methodologische
opzet van experimenten en de analyse en interpretatie van gegevens die
verzameld zijn in het onderzoek. Hiermee is dit vak voor een ieder die zich
binnen de wetenschap wil ontwikkeling van belang.
Leerdoelen
Na afloop van deze cursus kun je:
─ basisconcepten (bv. populatie vs. steekproef, componenten van variatie,
inferentie) uit het onderzoek beschrijven,
─ de gevolgen van keuzes in studieopzet (bv. studie design, gepaard of
ongepaard, keuze meetniveau) op de resultaten en conclusies uiteenzetten,
─ de optimale beschrijvende methode(n) (bijv grafische weergave, weergave
mbv kengetallen) kiezen en toepassen,
─ in relatie tot de vraagstelling, opzet en waargenomen data, een optimale
keuze maken uit de beschikbare statistische methoden en deze toepassen,
─ uitvoer van statistisch programmatuur lezen en interpreteren,
─ aan de hand van de resultaten van statistische analyses, een antwoord op de
onderzoeksvraag formuleren,
─ de resultaten van de statistische analyse, de verantwoording van de
gemaakte keuzes, en de conclusie mbt de vraagstelling vastleggen in een
wetenschappelijk verslag,gepubliceerd onderzoek kritisch beoordelen.
47

Periode 2, cursussen niveau 2
Vaardigheden
Statistisch analyseren en kritisch interpreteren van eenvoudig biologisch
cijfermateriaal, zowel met de hand als met behulp van het statistisch
computerprogramma SPSS. Het schrijftelijk vastleggen van statistische
resultaten in een wetenschappelijk verslag.
Inhoud
In de onderzoekscyclus nemen de opzet van een experiment en het uitwerken
van de onderzoeksgegevens een belangrijke plaats in. Welke rol speelt de
statistiek hierin?
Met behulp van statistische methoden kunnen de verkregen gegevens
overzichtelijk gemaakt worden (beschrijvende statistiek). Met statistisch toetsen
en schatten kunnen conclusies getrokken worden over het veel grotere geheel
(de populatie), waaruit de waarnemingen (de steekproef) afkomstig zijn
(verklarende statistiek). Voor het toetsen en schatten is enige kennis van de
belangrijkste kansverdelingen noodzakelijk.
Beschrijvende statistiek:
─ Populatie, steekproef, aselecte trekkingen, de aard van de te meten
grootheid, meetmethoden, meetvariatie en meetfout, frequentietabellen,
grafieken, karakteristieke getallen, correlatiecoëfficiënt en
regressiecoëfficiënten.
Kansverdelingen
─ Kansverdeling van het gemiddelde van een aselecte steekproef, bijzondere
kansverdelingen zoals de binomiale, de Poisson en de normale verdeling.
Verklarende statistiek:
─ Algemene toetsings- en schattingstheorie, toetsen voor 1,2 en meer dan 2
steekproeven voor continue data (t-toetsen, F-toets, ANOVA), voor nietnormaal
verdeelde data (toetsen van Wilcoxon, Mann-Whitney, Kruskal-
Wallis) en voor dichotome data (tekentoets, chi-kwadraattoets),
aanpassingstoetsen, schattingen van parameters en
betrouwbaarheidsintervallen, toetsen voor correlatie- en
regressiecoëfficiënten.
Verder bestudeer je aan de hand van kleine casestudies de relatie tussen de
opzet van een proef en de analyse van de gegevens en op de bepaling van de
groepsgrootte voor experimenten.
Onderwijsvormen
Na een korte uitleg en samenvatting van de theorie in een hoorcollege ga je in
werkcolleges en computerpractica de theorie uitwerken. Een goede voorbereiding
(thuis) van theorie en opgaven is belangrijk.
In groepjes van 3 analyseer je een databestand. Hierover schrijf je een verslag
in de vorm van een wetenschappelijk artikel.
Gastdocenten bespreken in een hoorcollege de toepassing van biostatistiek in
hun onderzoek.
Toetsing
Deze bestaat uit een tussentoets met meerkeuzevragen en een eindtoets met
‘open’ vragen. De tussen- en eindtoets mag je met ‘open boek’ beantwoorden.
Voor het eindcijfer telt de tussentoets voor 30%, de eindtoets voor 50% en het
verslag voor 20% mee.
48

Periode 2, cursussen niveau 2
Studiemateriaal
─ The Analysis of Biological Data – MC Whitlock and D Schluter, 2009,
─ collegeaantekeningen en werkboek Toegepaste Biostatistiek 1 – Julius
Biostatistics,
─ (grafische) rekenmachine.
49

Periode 3, cursussen niveau 2
Periode 3, niveau 2 cursussen
DIDACTIEK
Didactics
Coördinator
Docent:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
mw.dr. M.C.P.J. Knippels (Marie-Christine)
Didactiek van de Biologie
Freudenthal Institute for Science and Mathematics Education
(FIsme)
Buysballot Laboratorium, Princetonplein 5, Kamer 362
tel. 030 – 253 2213 (secr. 253 1179)
e-mail: m.c.p.j.knippels@uu.nl,
website FIsme: http://www.fisme.uu.nl
mw.dr. M.C.P.J. Knippels (Marie-Christine)
B-B2DIDA09
7½
A+D
Studiepad
De cursus Didactiek valt binnen het studiepad Educatie, communicatie en
management. De cursus is daarnaast voor een ieder aan te raden die kritisch wil
leren kijken naar en nadenken over het (eigen) leerproces en biologieonderwijs.
De cursus is in het bachelorprogramma voorbereidend voor Oriëntatie op de
Communicatieve en Educatieve Praktijk (OCEP) alsook op de Educatieve minor
(smalle tweedegraad bevoegdheid). Daarnaast is het een goede voorbereiding op
de master Science Education and Communication.
Leerdoelen
De overkoepelende doelen van de cursus zijn:
─ het verwerven van een vakdidactisch begrippenapparaat voor het beschrijven,
ontwikkelen, analyseren en beoordelen van biologieonderwijs,
─ bevorderen van een actieve studiehouding waarin kritische reflectie en
verantwoordelijkheid voor het eigen leerproces centraal staan.
Hiertoe moet je onder meer:
─ je bewust zijn van eigen opvattingen over leren en onderwijzen, deze kunnen
relateren aan pedagogische en leertheoretische principes uit de literatuur,
─ het model van didactische analyse kunnen beschrijven en toepassen in het
beoordelen van biologieonderwijs,
─ inzicht hebben in de maatschappelijke krachten die de inhoud en vorm van
het biologieonderwijs mede bepalen.
Inhoud
Deze cursus is een inleiding in de didactiek, waarin leren en onderwijzen van de
biologie centraal staat. Je maakt kennis met leertheorieën, verkent verschillende
leerstijlen en denkt na over de aard van je vak. Wat houdt het ‘vak biologie’
precies in, wat onderscheidt biologie van de andere natuurwetenschappen,wat
zijn moeilijke thema’s in de biologie en hoe kun je het onderwijsleerproces het
beste vormgeven? Kortom, de relaties tussen het vak, de lerende en
50

Periode 3, cursussen niveau 2
maatschappij worden verkend en consequenties voor de inrichting van
(biologie)onderwijs besproken.
Deze cursus richt zich niet primair op het zelf leren lesgeven. Daarvoor zijn de
meer op vaardigheden en onderwijspraktijk gerichte cursussen OCEP en de
Educatieve minor (niveau 3). De cursus Didactiek heeft meer het karakter van
een theoretische inleiding en praktijkoriëntatie. Wel ontwerp je in een
groepsopdracht zelf een les of educatieve bijeenkomst.
Waar wetenschapscommunicatie zich richt op informeel leren in buitenschoolse
contexten, richt didactiek zich vooral op formeel leren in schoolse contexten.
De hoofdthema’s die in de cursus aan bod komen zijn:
─ Kennismaking en oriëntatie Hoe, wat, waarom?
─ Wat is leren?
Leren en leertheorieën
─ Wat is het vak?
Aard en ontwikkeling van het (school)vak
biologie
─ Waarom is dit vak belangrijk? Onderwijsvisies
─ Hoe ontwikkel je vakonderwijs? Modellen–(leer)doelen–werkvormen – toetsing
─ Vakdidactisch onderzoek
Methoden en praktijkvoorbeelden
Onderwijsvormen
Per week zijn er twee dagdelen aan contacttijd, de overige tijd (1½ dag) is voor
zelfstudie waaronder het werken aan opdrachten en het bestuderen van
literatuur. De tijdsinvestering voor deze cursus is 20 uur per week
De contacttijd wordt vormgegeven als interactieve colleges. Daarmee wordt
bedoeld dat plenaire, individuele en groepsactiviteiten elkaar afwisselen.
Beoordeling
In week 10 vindt een schriftelijke toets (tentamen) over de gehele stof plaats.
Daarnaast wordt in een groepsopdracht een les ontworpen voor een specifieke
doelgroep. Het ontwerp zelf (educatief materiaal) en de verantwoording van het
ontwerp worden in een verslag aangeleverd en het ontwerp wordt voor de
medestudenten gepresenteerd.
Gedurende de contacturen wordt een actieve houding van de student verwacht.
Zo worden (groeps)opdrachten uitgevoerd, presentaties verzorgd en peerfeedback
gegeven. Actieve deelname is voorwaarde om toegelaten te kunnen
worden tot het tentamen.
Beoordeeld worden dus:
─ Schriftelijke toets (individueel)
─ Ontwerpopdracht (groep): verslag en presentatie
Benodigdheden
─ Syllabus waarin een algemene inleiding, rooster, toetsing, literatuur en
opdrachten.
─ WebCT.
─ Tijdens de cursus worden aanvullende opdrachten en achtergrondmateriaal
uitgedeeld of via WebCT beschikbaar gesteld.
─ Je moet kunnen beschikken over een editie van Campbell ‘Biology’.
51

Periode 3, cursussen niveau 2
EVOLUTIE EN ECOLOGIE (AW)
(Bron van deze cursusbeschrijving: Aardwetenschappen)
Dit is een profileringscursus voor studenten vanaf cohort 2010-‘11
Coördinator:
Docenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
dr. W. Wessels
Aardwetenschappengebouw
kamer W.314, tel.: 030-253 5176
e-mail : w.wessels@geo.uu.nl
dr. W. Wessels, w.wessels@geo.uu.nl
prof.dr. J.W.F. Reumer, j.w.f.reumer@geo.uu.nl
GEO2-1215
7½
A
Ingangseisen
Het behalen van de tussentoets van de cursus is verplicht als je de niveau-3
cursus Veldwerk 2-Pyreneeën (periode 4) wilt volgen. Zie daar voor meer
informatie.
Cursusaanmelding bij Aardwetenschappen via OSIRIS-student.
Studiepad
De cursus is onderdeel van het thematische studiepad Aarde, Klimaat en Leven
van de bacheloropleiding Aardwetenschappen, Faculteit Geowetenschappen.
Leerdoelen
Inzicht te verkrijgen in het gebruik van invertebraten en vertebraten voor de
reconstructie van de geologische tijd en de ontwikkelingsgeschiedenis van het
leven.
Inhoud
De cursus bestaat uit twee gerelateerde delen en is gericht op het reconstrueren
van fossiele milieus, zowel marien als continentaal, door de geologische tijd.
Enerzijds maak je daarbij gebruik van fossielen van belangrijke groepen mariene
invertebraten, anderzijds van de functionele morfologie van gebitten van
(land)zoogdieren. Daarbij maak je gebruik van disciplines als paleoecologie,
paleozoölogie en statistiek. Je verwerft hiermee basiskennis over de relatie
tussen (paleo)ecologie en evolutie op grote ruimtelijke- en tijdschalen.
Aan de hand van de ontwikkeling van mariene invertebraten gaan we in op de
globale toename van diversiteit gedurende het Phanerozoïcum. Je krijgt inzicht in
factoren die daarbij een rol spelen, zoals extincties en radiaties, alsmede klimaat
en paleogeografie. Met Miocene zoogdierassociaties bestudeer je clado- en
anagenese en migraties in relatie tot veranderingen in lokale communiteiten op
langere tijdschalen.
Werkvormen
Hoorcollege en practicum
52

Periode 3, cursussen niveau 2
Toetsing
De beoordeling van de cursus is een tentamen dat voor 100% het eindcijfer
pepaalt.
Studiemateriaal
─ Bron voor zelfstudie: Benton & Harper (2009) Introduction to paleobiology
and the fossil record. Wiley-Blackwell 592 pp.
Loupe 10X
53

Periode 3, cursussen niveau 2
EVOLUTIE
Evolution
Coördinator:
Docenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
dr. Roy Erkens
Onderzoeksgroep Ecologie en Biodiversiteit
H.R. Kruytgebouw
kamer N305, tel.: 030-253 6845
e-mail: r.h.j.erkens@uu.nl
dr. R.H.J, Erkens, r.h.j.erkens@uu.nl
Gastsprekers (n.n.b.)
B-B2EVO09
7½
B+C
Ingangseisen
De niveau 1 cursussen Biodiversiteit en Evolutiebiologie
Studiepad
De cursus Evolutiebiologie maakt deel uit van de studiepaden Gedragsbiologie,
Moleculaire levenswetenschappen en Organismen, ecosystemen en biodiversiteit.
De cursus bereidt voor op alle biologische masterprogramma’s.
Leerdoelen
Tijdens de cursus verwerf je op een verdiepend niveau inzicht in de belangrijkste
algemene patronen en processen van evolutie. Ook verdiep je je kennis over
biodiversiteit op fylum niveau door voor 15 fyla materiaal te verzamelen en hun
kenmerken te bestuderen. Verder leer je evolutionaire kennis concreet toe te
passen door het schrijven van een voorstel tot bescherming van een soort. Tot
slot kun je het synthetische karakter van de evolutiebiologie (d.w.z. het
aandragen van een 'unifying' concept voor de hele biologie en het absorberen
van kennis uit alle richtingen van de biologie) uitleggen en illustreren met
voorbeelden.
Vaardigheden
Je oefent met het zelfstandig verwerken van een grote hoeveelheid studiestof. In
het kader van de opdrachten oefen je met het vertalen van wetenschappelijke
kennis naar een toegepaste setting. Je oefent ook je presentatietechniek en door
middel van peer-asessment een oordeel te vellen over het werk van
cursusgenoten. Als laatste train je vaardigheden die je nodig hebt voor het
verzamelen, herkennen en benoemen van een deel van de fyla van het leven.
Inhoud
Evolutie is het meest belangrijke principe binnen de biologie. Het is de enige
biologisch-wetenschappelijke theorie die alle fenomenen van het leven verenigt,
van het niveau (macro)molecuul tot ecosysteem. Sinds de moderne synthese
(het combineren van Darwin’s inzichten met de moderne genetica) begin vorige
eeuw heeft evolutionair onderzoek een grote vlucht genomen. De daarop
volgende ontwikkelingen - ontstaan van de moleculaire biologie, het toenemen
van computerrekenkracht en het ontwikkelen van fylogenetische reconstructie
54

Periode 3, cursussen niveau 2
methoden - hebben gezorgd voor een enorme toename in ons begrip van de
processen en patronen van evolutie. Vandaag de dag focust evolutionair
onderzoek niet alleen op typisch evolutiebiologische vragen, zoals de regulatie
van genetische diversiteit, het ontstaan van complexe systemen als cellen en
hersenen, en het ontstaan van biodiversiteit. Ook onderzoekers op het gebied
van de moleculaire, genomische, cellulaire en ontwikkelingsbiologie
onderschrijven dat het raamwerk, de principes en de analysemethoden van de
evolutionaire biologie van belang zijn voor hun werkgebieden. Deze cursus legt
de nadruk op de algemene principes van evolutie, de hypothesen over de
oorzaken van evolutionaire veranderingen (die relevant zijn voor de meeste
organismen) en de grote patronen die zichtbaar zijn in de geschiedenis van de
aarde. De cursus is uitstekend geschikt voor het opdoen van evolutionaire basis
kennis, ongeacht het werkveld waar de bioloog in terecht komt (binnen de
biologie of daarbuiten).
Deze cursus gaat verder waar de cursus Evolutiebiologie en Biodiversiteit op
niveau 1 stopt. Het eerste deel van de cursus behandelt macro-evolutionaire
onderwerpen. Eerst wordt ingegaan op de Tree of Life en de methoden die ten
grondslag liggen aan de reconstructie hiervan. Vervolgens wordt gekeken naar
het ontstaan van biodiversiteit en de patronen die in deze diversiteit zichtbaar
zijn. Een fundamentele eenheid binnen de biologie is de soort en daarom wordt
ook aandacht besteed aan theorieën omtrent soorten en soortvorming. Als
afsluiting van het thema macro-evolutie wordt o.a. gekeken naar de geschiedenis
van de aarde, trends in het fossiele archief en snelheden van evolutie.
Het tweede deel van de cursus focust op het thema micro-evolutie. Allereerst
wordt gekeken naar de thema’s variatie en random veranderingen in populaties
(genetic drift). Daarna wordt het onderwerp natuurlijke selectie bestudeerd. De
evolutie van genen, genomen en ontwikkelingsprocessen komt hierbij ook aan
bod. Tot slot worden de onderwerpen co-evolutie, de evolutie van fenotypes en
de evolutie van life-histories besproken.
De kern van de evolutionaire biologie is het beschrijven en analyseren van de
geschiedenis van evolutie, en de analyse van de daaraan ten grondslag liggende
oorzaken en mechanismen. De reikwijdte van de evolutionaire biologie is veel
groter dan ieder ander biologisch veld, omdat alle organismen en hun kenmerken
het product zijn van een evolutionaire geschiedenis van verandering. Het is
daarom onmogelijk om in een algemene cursus evolutiebiologie als deze de
evolutionaire geschiedenis van afzonderlijke groepen te behandelen. Om toch
een indruk te krijgen van de diversiteit van het leven wordt aan een grote
opdracht gewerkt, de Fyla Expositie, waarin studenten zelf een aantal door hun
gekozen groepen gaan verzamelen en bestuderen.
Omdat evolutionaire kennis ook steeds meer doordringt in het dagelijkse leven -
van de geneeskunde (bv. ontstaan van antibiotica resistentie, begrijpen van
verouderingsprocessen) tot klimaatverandering (bv. wat is de impact van
verandering in vergelijking met het verleden) - is het ook belangrijk om
evolutionaire kennis concreet te kunnen toepassen. Aan de hand van een aantal
opdrachten – over bedreigde soorten – zal worden geoefend met het toepassen
van evolutionaire kennis in een concrete casus. Wat zijn argumenten om een
bepaalde soort te beschermen en wat is er op tegen. Hierbij moeten studenten
uiteindelijk zelf beslissen welke 10 van de 30 voorgedragen soorten in
aanmerking komen voor bescherming.
55

Periode 3, cursussen niveau 2
Werkvormen
De studiestof wordt behandeld aan de hand van het boek “Evolution” (Futuyma)
en je zult een aanzienlijk deel van deze stof zelfstandig verwerken. Om je te
helpen met het verwerken van de leerstof zijn een aantal (responsie)colleges
ingebouwd, waarin je met je medestudenten en de docent systematisch de stof
behandelt. Daarnaast wordt in groepen van twee gewerkt aan drie kleine en een
grote (afsluitende) opdracht. Tot slot wordt één van de kleine opdrachten
individueel gepresenteerd.
Toetsing
Er zullen 5 onderdelen worden beoordeeld met een cijfer:
─ individueel tentamen (50% van het eindcijfer). Voor dit tentamen moet hoger
dan een 5,5 worden gehaald,
─ groepsbeoordeling van de opdracht Fyla Expositie (20% van het eindcijfer,
─ groepsbeoordeling van de opdracht Galerij van bedreigde Biodiversiteit 1
(10% van het eindcijfer),
─ groepsbeoordeling van de opdracht Galerij van bedreigde Biodiversiteit 2
(10% van het eindcijfer),
─ individuele presentatie van opdracht Galerij van bedreigde Biodiversiteit 1 of 2
(10% van het eindcijfer).
Studiemateriaal
─ Handleiding blok Evolutiebiologie 2010,
─ boek Evolution (2 e editie, Sinauer) van Futuyma,
─ tijdens de cursus op te zoeken literatuur.
56

Periode 3, cursussen niveau 2
PALEOECOLOGIE
Palaeo-ecology
Coördinator:
mw.dr. F. Wagner,
Onderzoeksgroep Paleoecologie,
Gebouw Aardwetenschappen,
kamer W324 tel.: 030- 253 2636
Docenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
B-B2PALE09
7½
A+D
Plaats in het curriculum
De cursus bouwt voort op de cursussen plantenbiologie, biodiversiteit,
evolutiebiologie, systeem aarde en vegetatiegeografie.
Studiepad
Deze cursus is van belang voor studenten die het adviespad Organismen,
ecosystemen en biodiversiteit volgen.
Inhoud
Deze cursus behandelt de ecologie en evolutie van het leven vanuit een
palaeobiologisch perspectief. Waar hebben die grote organismen groepen hun
oorsprong? Centraal staat de evolutionaire geschiedenis en palaeo-ecologie van
de primaire producenten, landplanten zoals deze over de afgelopen 500 miljoen
jaar in het geologisch archief gedocumenteerd is. Welke adaptieve stappen
moeten planten en dieren maken om het land te kunnen veroveren en welke
strategieën ontwikkelen ze om de hedendaagse soortenrijkdom te behalen? Met
voorbelden van de meest belangrijke planten families uit verschillende
geologische tijdsperken word vervolgens de intrede van zaad- en
bloemenplanten behandeld. Tevens word inzicht gegeven in factoren die daarbij
een rol spelen, zoals extincties en radiaties, evenals klimaat veranderingen,
palaeogeografie en co-evolutie met dieren. De toepasbaarheid van ‘Ancient DNA’
studies wordt behandeld.
Tijdens practica in de botanische tuinen worden de morfologie en ecologie van
nog levende verwante planten soorten en uitzonderlijke voorbeelden van
zogenoemde “levende fossielen” ter discussie gesteld.
Daarnaast is er specifieke aandacht voor het reconstrueren van milieu en
klimaatsveranderingen met behulp van pollen en sporen.
Tevens zijn er 2 dagexcursies naar (1) stortplaats van een koolmijn in Limburg
(Carboon plantenfossielen) en (2) veenafzettingen (Mariapeel) geplant.
Leerdoelen
In deze cursus bestudeer je het fossielen archief om inzicht in de evolutionair
geschiedenis van organismen, met accent op het plantenrijk, te krijgen. Het doel
is om basiskennis te verwerven over de morfologische diversiteit en
soortenrijkdom in het geologisch verleden.
Na afloop kan je / heb je:
57

Periode 3, cursussen niveau 2
─ de morfologische kenmerken van macros- en microscopische planten fossielen
determineren, in de taxonomische hoofdgroepen indelen en waar mogelijk
aan moderne plantenfamilies relateren,
─ inzicht over de fysiologische aanpassingen die planten in de loop van evolutie
ontwikkelen om het land succesvol te veroveren,
─ vegetatie reconstructie met behulp van pollen analyse uitvoeren,
─ aan de hand van een vegetatiereconstructie het palaeomilieu / - klimaat
herleiden,
─ de fysische en chemische processen rangschikken welke de vorming van
fossiel planten assemblages beïnvloeden en de consequenties voor het
reconstrueren van de vegetatie en klimaat,
─ inzicht over de invloed van vegetatie op de mondiale koolstof kringloop
gedurende de opkomst van landplanten en het ontstaan van de eerste
bossen,
─ uitleggen onder welke milieu en geologische factoren de productie en
accumulatie van organisch materiaal tot vorming van olie- en gasreservoirs /
bronnen leidt,
─ basisbegrippen van relevante aspecten uit de sedimentologie, stratigrafie en
algemene geologie hanteren.
Vaardigheden
Je oefent in de cursus de volgende vaardigheden:
─ observeren, tekenen en beschrijven van plantenfossielen,
relevante informatie verzamelen via internet, boeken en tijdschriften, selecteren
en verwerken van literatuur,
─ uitvoeren van de onderzoekscyclus,
─ mondeling en schriftelijke rapporteren in het Nederlands, een presentatie
maken, deze geven en die van medestudenten beoordelen
─ microscoperen,
Onderwijsvormen
Dit zijn (hoor)colleges, werkcolleges, practica, excursies, COO, en zelfstudie.
Tijdens de practica en werkcolleges werk je met 3-5 medestudenten (afhankelijk
van de totaal hoeveelheid deelnemers) samen aan opdrachten, die je schriftelijk
uitwerkt. De werkcollegeopdrachten lever je in.
WebCT-Vista
Tijdens de cursus krijg je ondersteuning via WebCT-Vista. Hier vind je collegehandouts,
werkcollege- en practica opdrachten, roosters, interessante links.
Toetsing
Het cijfer van het blok wordt bepaald door het verslag (20%), de presentatie
(20%) en het afsluitend tentamen (60%). De practica worden niet beoordeeld
middels een cijfer maar het inleveren van en samenvatting, actieve deelname en
aan alle practicumonderdelen is verplicht.
Studiemateriaal
─ ‘The evolution of plants’ van Willis & McElwain; Oxford University press, 2002,
ISBN 0198500653,
─ wit tekenpapier, een potlood, een gum en een puntenslijper.
58

H
Periode 3, cursussen niveau 2
TOXICOLOGIE
Toxicology
Coördinator:
Docenten (IRAS):
Gastdocenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
dr. Joop Hermens
Onderzoeksgroep Biologische Toxicologie, IRAS
Nieuw Gildestein, Yalelaan 2, kamer 0.29
tel.: 030-253 5337 / 030-253 9494
e-mail: j.hermens@uu.nl
dr. Bas Blaauboer
dr. Joop Hermens
prof.dr. Martin van den Berg
mw.dr. Majorie van Duursen
dr. Raymond Pieters
prof.dr. Willem Seinen
dr. Remco Westering
dr.ir. Chiel Jonker
dr. Jan Meulenbelt, UMCU
mw.dr. ir. Josje Arts, TNO Voeding
mw.dr. Petra Peeters, UMCU
B-B2TOX05
7½
B+C of in A+D
Cursus wordt waarschijnlijk een niveau 3 cursus.
Ingangseisen
Biologische kennis van dierkunde en moleculaire (cel)biologie op niveau 1 en
basiskennis van de organische chemie.
Studiepad
Deze cursus is een keuzecursus van het studiepad Moleculaire
levenswetenschappen en Organismen, ecosystemen en Biodiversiteit en
daarnaast als basiscursus een belangrijk onderdeel van de voorbereiding op het
masterprogramma Toxicology and environmental health.
Leerdoelen
Na afloop van deze cursus kan en/of beheers je:
─ de basisprincipes van de toxicologie en de mechanismen van werking van de
belangrijkste groepen toxische stoffen,
─ modelmatig denken over kinetiek en dynamiek van toxische stoffen en ken je
de mogelijkheden van de voor dit doel specifiek beschikbare software,
─ gezondheidsrisico’s en de factoren die een rol spelen bij gezondheidsrisico’s
evalueren,
─ de begrippen gevaar (hazard), blootstelling (exposure) en risico (risk) die de
basis vormen van het ‘risk assessment paradigma’, in toxicologische
vraagstukken toepassen,
─ het belang inzien van de toxicologie als vakgebied in een maatschappelijke
context van risicoschattingen voor mens en milieu.
59

Periode 3, cursussen niveau 2
Tevens krijg je inzicht in de aspecten van de (gezondheids)risicoanalyse.
Vaardigheden
─ chemisch en fysisch rekenen,
─ systematische benadering van problemen,
─ kritisch denken,
─ ethisch bewustzijn
Inhoud
De cursus Toxicologie laat je kennismaken met de fundamentele basisaspecten
van de toxicologie en enkele basisprincipes van de milieuepidemiologie. Het
programma is opgebouwd van molecuul naar cel, orgaan, organisme tot het
niveau van populatie en ecosysteem. Vanwege het brede, multidisciplinaire
karakter van de cursus krijg je de inhoud aangeboden door een groot aantal
docenten.
Je maakt kennis met:
─ basisbegrippen zoals blootstelling, dosis, blootstellingeffect en dosiseffect
relaties, biotransformatie, kinetiek,
─ eigenschappen en problemen van enige specifieke groepen van toxische
stoffen (bijvoorbeeld bestrijdingsmiddelen, natuurlijke toxinen, PCB’s en
dioxines),
─ toxicologische en milieuepidemiologische problemen/ probleemstellingen
(bijvoorbeeld chronische toxiciteit, extrapolatie van proefdier naar mens),
mogelijke effecten van (mengsels van) stoffen in het milieu en de relatie
tussen milieu en gezondheid,
─ methoden van toxicologisch en milieuepidemiologisch onderzoek,
─ maatschappelijke en ethische aspecten (proefdiergebruik, experimentele
expositie studies bij mensen, risicoschatting, beleid),
─ specifieke thema’s (bijvoorbeeld allergie, ‘endocrine disruptors’ en humane
reproductie en risico op kanker), aangedragen en geïllustreerd vanuit de
verschillende disciplines.
Onderwijsvormen
Je krijgt colleges, werkcolleges en COO (week 1 t/m 6). In de weken 7-10 werk
je in groepjes van 2 aan door docenten begeleide opdrachten (casestudy). Voor
deze opdracht verzamel je literatuur, waarover je een verslag schrijft. Je rond de
casestudy af met het geven van een presentatie.
WebCT-Vista
Afhankelijk van mogelijkheden en toegankelijkheid krijg je studiemateriaal
aangeboden via de IRAS website of via WebCT-Vista.
Toetsing
De toetsing bestaat uit een schriftelijke toets en de beoordeling van de
casestudy. De cijfers die je voor deze onderdelen haalt, moeten voldoende zijn.
Het eindcijfer is het gemiddelde van het cijfer voor de toets (70%) en het verslag
met de presentatie over casestudy (30%).
Studiemateriaal
Boek: Casarett and Doull’s Essentials of Toxicology, C.D. Klaassen, J.B. Watkins
III, McGraw-Hill, New York, (Paperback, 512pp, ISBN 0071389148, richtprijs €
60.00).
60

Periode 3, cursussen niveau 2
SEDIMENTAIRE SYSTEMEN (AW)
Dit is een profileringscursus voor studenten vanaf cohort 2010-‘11
(Bron van deze cursusbeschrijving: Aardwetenschappen)
Coördinator:
Docenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
dr. F.J. Hilgen
Aardwetenschappengebouw
kamer N.314, tel.: 030- 253 5173
e-mail : fhilgen@geo.uu.nl
dr. F.J. Hilgen,
dr. J.T. Eggenhuisen
K.M. Cohen
GEO2-1208
7½
C
Ingangseisen
Cursusaanmelding bij Aardwetenschappen via OSIRIS-student.
Studiepad
De cursus is onderdeel van het thematische studiepad Aarde, Klimaat en Leven
van de bacheloropleiding Aardwetenschappen, Faculteit Geowetenschappen. Het
behalen van de tussentoets van de cursus is verplicht als je de cursus Veldwerk
2-Pyreneeën (periode 4) wilt volgen. Dit is een aanbevolen cursus voor de niveau
3 cursussen Paleoklimatologie en Paleoecologie en Sedimentatie, fauna en
klimaat.
Leerdoelen
Kennis van de opbouw van sedimentaire bekkens (klastika en carbonaten) en de
eerste orde controle van plaattektoniek en klimaat op sedimentatie. Aankweken
van prominent theoretisch besef van de waarde van (bio) stratigrafie en
geologische tijdschalen om gesteenten te ordenen en te kunnen correleren en
dateren. De cursus levert vooral theoretische basiskennis voor veldwerk inclusief
voorbeelden van sedimentaire sequenties en facies.
Inhoud
Tijdens de cursus krijg je colleges en practica over de volgende onderwerpen:
- plaattektonische en klimatologische setting van sedimentaire bekkens,
- daterings en correlatie methoden in sedimentaire gesteentes,
- geïntegreerde tijdschalen en astro-chronologie,
- cycli (bekkenbodem),
- sedimentaire en biologische kenmerken van continentale, kust, shelf en
diepzee afzettingsmilieus toegespitst op de Veldwerk 2 cursus,
- grootschalige invullingpatronen en effect van tektoniek,
- sequentie stratigrafie (bekkenrand); Het effect van zeespiegel veranderingen
op de stapeling en preservatie van sedimentaire afzettingen (siliciclastica en
carbonaten).
61

Periode 3, cursussen niveau 2
Werkvormen
De cursus is opgebouwd rond 2 x 2 hoorcolleges en een practicum middag per
week voor de volle duur van de cursus. Tijdens de practica breng je de theorie
die tijdens de hoorcolleges aan de orde is gekomen in de praktijk door middel
van oefeningen in de computer- en practicumzaal.
De cursus heeft 6 verplichte practicamiddagen en een verplichte excursiedag. De
precieze data hoor je aan het begin van de cursus.
Toetsing
Het eindcijfer is samengesteld uit:
─ tentamen (60%) (2 delen),
─ practica (2 onderdelen) (40%).
Postma deel 2/3 en Hilgen deel 1/3. Dit geldt voor tentamen als voor
(comp).practicum.
Studiemateriaal
“Sedimentology and stratigraphy”, Gary Nichols (1999). Blackwell science ISBN:
0-632-03578-1
Nota Bene
Meer gedetailleerde informatie betreffende werkvorm, toets en literatuur is te
vinden in de studiewijzer (vanaf twee weken voor aanvang bij het facultair
verkooppunt).
Let op
Deze cursus is verplicht als je de cursus Veldwerk 2-Pyreneën in periode 4 wilt
volgen!! Zie daar voor meer informatie.
62

Periode 4, cursussen niveau 2
Periode 4, niveau 2 cursussen
MOLECULAIRE GENETICA
Molecular genetics
Coördinator:
Docenten:
dr. Renze Heidstra
Onderzoeksgroep Moleculaire Genetica
H.R. Kruytgebouw,
kamer N404, tel.: 030-2533436
e-mail: r.heidstra@uu.nl
dr. Viola Willemsen, v.a.willemsen@uu.nll
dr. Renze Heidstra, r.heidstra@uu.nl
Cursuscode: B-B2MOLG05
Studiepunten: 7½
Timeslot: B+C
Capaciteit: max. 60
Niet zeker (juni 2012) of deze cursus in 2012-’13 nog wordt gegeven.
Ingangseisen
Basiskennis Moleculaire biologie uit of vergelijkbaar met jaar 1 van de opleiding
Biologie.
Studiepad
Moleculaire genetica is een kerncursus in het studiepad Moleculaire
levenswetenschappen.
Leerdoelen
Aan het einde van de cursus kun je:
– moleculair genetische kennis toepassen,
– moderne moleculair genetische vaardigheden en technieken toepassen,
moleculair biologische problemen oplossen,
– de systematische benadering van problemen en vraagstellingen begrijpen en
toepassen,
– complexe biologische systemen onderkennen en hanteren,
– moleculair genetische data integreren met het doel om in begrijpelijke taal
over een bepaald onderwerp een verslag te schrijven,
– met bovenstaande kennis primaire artikelen lezen.
Vaardigheden
– een onderzoekscyclus zelfstandig opzetten en uitvoeren,
– kritisch denken en standpunten beargumenteren in een wetenschappelijke
discussie over een vraagstelling, de aanpak en de daaruit voortvloeiende
resultaten,
– browsers en databases gebruiken met betrekking tot het vinden van gegevens
over literatuur, genen en genomen.
63

Periode 4, cursussen niveau 2
Inhoud
De cursus bestaat uit een theoretisch en een praktisch gedeelte. In het
theoretisch deel gaan we vanuit het basisniveau van het eerste jaar verder in op
de opbouw en regulatie van het genoom, recombinant DNA technieken,
genetische analyse, DNA sequentieanalyse, etc. Daarnaast komen onderwerpen
uit de actualiteit aan de orde. Een deel van de cursustijd besteed je aan
praktisch onderzoek in de vorm van experimenten die worden uitgevoerd in
groepjes van twee studenten.
Iedere week volg je op maandag een college dat de basis vormt voor de verdere
week. Op de andere dagen werk je aan opdrachten. De docenten zijn dan
beschikbaar voor overleg en vragen. Op een aantal vrijdagen werk je aan
computeropdrachten die gericht zijn om te leren werken met DNA informatie.
De eerste weken van de cursus hebben als thema: DNA als basis van de
moleculaire biologie. Om een goede basis te leggen beginnen we met het
onder de knie krijgen van een aantal begrippen en basistechnieken uit de
moleculaire biologie. We behandelen DNA opbouw en replicatie, bespreken de
recombinant DNA technologieën zoals DNA/RNA isolatie, digestie,
gelelektroforese, PCR, kloneren, transformeren, etc. Deze basis komt goed van
pas verder in de cursus.
Het tweede deel van de cursus is de moleculaire genetica voor gevorderden,
en is gericht op het verhogen van het niveau van begrip van de moleculaire
genetica. Het leren van de experimentele aanpak en de technieken die worden
gebruikt om processen in levende cellen op moleculair genetisch niveau te
bestuderen. We behandelen transpositie, DNA insertie en overdracht, DNA
mutatie en herstel, recombinatie en mapping, DNA sequencing, genomics en
bioinformatica, en tot slot complexe genetica effecten op overerving van
eigenschappen.
In dit blok werk je gedurende 5 weken aan experimenten om met geavanceerde
moleculaire technieken onderzoeksvragen te kunnen beantwoorden. Zo gaan we
mutageniseren, mutaties opsporen en de verantwoordelijke genen identificeren,
kloneren en sequencen. De behandelde theorie komt terug in de practica.
Werkvormen
Hoorcollege, (computer)opdrachten, practicum, zelfstudie, verslag schrijven,
presentatie.
Veel van de benodigde informatie tijdens de cursus krijg je via WebCT-Vista.
Toetsing
Actieve deelname aan de collegeserie is aanbevolen, deelname aan het
practicum is verplicht. Het eindcijfer is het gemiddelde van
– een schriftelijk tentamen, 60% en
– de practicumbeoordeling, 40% (labjournaal en verslag).
Voor beide onderdelen moet je een voldoende halen.
Studiemateriaal
Boek (aanbevolen, niet verplicht): Principles of Genetics (5th edition),
International student version, van Snustad and Simmons. ISBN: 978-0-470-
39842-5.
64

Periode 4, cursussen niveau 2
NATUURBEHOUD, DUURZAAMHEID EN
PLANTENDIVERSITEIT
Nature conservation, sustainability and plant diversity
Coördinator
drs. Vijko Lukkien
Onderwijsinstituut Biologie
Kamer Z403 KRUYT gebouw
Tel 030 2537436
e-mail : v.p.a.lukkien@uu.nl
Docenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
dr. Niels Anten, prof. dr. René Boot, dr. Roy Erkens,
drs. Eric Gouda, dr. Monique Grooten, drs. Vijko Lukkien,
drs. Hans Persoon, dr. Hans ter Steege en dr. Pita Verweij
B-B2NADU11
7½
B+C
Studiepad : Organismen, Ecosystemen en Biodiversiteit
Leerdoelen
─ Kennis over en inzicht in plantendiversiteit,
─ leren van en vertrouwd raken met technieken (determinaties en genetische
analyses) om soorten op een juiste naam te brengen.
─ kennis over de verschillende wetenschappelijke benaderingswijzen en
modellen van natuurbehoud om het verlies van soorten en natuurlijke
systemen te kwantificeren en maatregelen te formuleren om dit tegen te
gaan,
─ inzicht in de aard en de gevolgen van processen als habitatverlies,
overexploitatie, fragmentatie, klimaatverandering, beïnvloeding van
zoetwatersystemen en introductie van exotische soorten in gebieden waar
deze niet van nature thuishoren,
─ deze begrippen in verband brengen met toegepaste
natuurbeschermingsmaatregelen op lokaal, nationaal en internationaal
niveau,
─ inzicht in de relaties die bestaan tussen het behoud van soorten en het
behoud van ecosystemen en op welke wijze deze bijdragen aan een
duurzaam gebruik van natuurlijke hulpbronnen en een min of meer stabiel
klimaat.
Vaardigheden
─ Beschrijven, onderbrengen in rekenmodellen en in kaart brengen van
plantendiversiteit, bijvoorbeeld met behulp van remote sensing technieken,
─ kenmerkpatronen van plantensoorten beschrijven, interpreteren en in
verband brengen met taxonomische (families en genera) en functionele (coevolutionaire)
relaties, ecologische aanpassingen (in hoofdonderdeel 1),
─ herbariumgebruik.
65

Periode 4, cursussen niveau 2
Inhoud
Tijdens deze cursus zal aan de hand van vooral voorbeelden uit het plantenrijk
het begrip biodiversiteit en de achteruitgang van soorten in relatie tot menselijke
activiteiten nader worden toegelicht en vervolgens in verband worden gebracht
met kennisterreinen die over natuurbehoud en duurzaamheid gaan.
De cursus is samengesteld uit 4 hoofdonderdelen:
1. Je maakt kennis met (co-)evolutionaire relaties binnen het plantenrijk, de
variatie binnen en tussen belangrijke plantenfamilies, hun verspreiding op
aarde, ecologische/ economische betekenis en bedreigingen.
2. Samen met verschillende docenten werk je de relatie uit tussen biodiversiteit
met a) onderwerpen als het in kaart brengen (kwantitatief en kwalitatief) van
plantendiversiteit en de genetische onderbouwing daarvan een belangrijke rol
spelen en met b) de grote maatschappelijke thema’s zoals natuurbehoud en
duurzaamheid (inclusief de relatie met klimaat)
3. De “Grote Opdrachten” waaraan tijdens de gehele cursus door groepjes
studenten (onder leiding van een “e-mail coach”) wordt gewerkt. Deze
opdrachten hebben vooral als doel je aan de hand van een concrete (liefst
actuele) vraagstelling de onderwerpen natuurbehoud, duurzaamheid en
plantendiversiteit op een geïntegreerde wijze te leren benaderen en uit te
werken in een presentatie.
De opstellers (docenten) presenteren de opdrachten al op de eerste dag van
de cursus waarna de gevormde groepjes solliciteren naar een opdracht door
het schrijven van een motivatiestuk. Op grond hiervan krijgt een groepje de
gewenste opdracht al of niet toebedeeld.
Aan het einde van de cursus presenteren de groepjes hun opdracht tijdens
een minisymposium. Daarbij zijn dan ook alle docenten van de cursus en
vertegenwoordigers van verschillende onderzoeks- en werkterreinen binnen
en buiten de universiteit aanwezig.
4. De “Werkgeversdag”.Op deze dag geven vertegenwoordigers van
onderzoeksgroepen van de universiteit en van organisaties buiten de
universiteit (ngo’s) je een overzicht van hun wetenschappelijke en
maatschappelijke werkterreinen binnen de thema’s natuurbehoud,
duurzaamheid en plantendiversiteit
Onderwijsvormen
Deze cursus wordt gegeven in de vorm van colleges, practica en workshops.
Daarnaast worden opdrachten in de Botanische Tuinen en in het veld uitgevoerd.
Tijdens de gehele cursus wordt in de zelfstudietijd in kleinere groepen gewerkt
aan de eindopdracht.
Beoordeling
─ In de laatste week van de cursus vindt een schriftelijke toets over de gehele
stof plaats. Deze toets draagt voor 50 % bij aan de eindbeoordeling.
─ Het schriftelijke verslag van de “Grote Opdracht” telt voor 20 % mee.
─ De mondelinge presentatie van de “Grote Opdracht”, in de vorm van een
powerpoint presentatie tijdens het minisymposium, inclusief de bijdrage in de
discussies, telt eveneens voor 20 % mee.
─ De actieve aanwezigheid tijdens de cursus en het voldoende maken van
deelopdrachten tijdens de practica en workshops draagt nog eens voor 10 %
bij aan het eindcijfer voor de cursus.
66

Periode 4, cursussen niveau 2
Benodigdheden
─ Campbell Biology (Pearson, editie 9), hoofdstuk 56, Conservation Biology and
Global Change is inleiding op de cursus (zelf vooraf bestuderen).
─ De Heukels’ Flora van Nederland, 23ste druk, door R. van der Meijden,
Wolters Noordhoff,
─ Geadviseerd het boek: Plants, Diversity and Evolution van Martin J. Ingrouille
and Bill Eddie (ISBN-13 978-0-521-79433-6, Cambridge University Press).
─ Loep en prepareerset,
─
─
De syllabus van de cursus,
Tijdens de cursus krijg je aanvullende opdrachten en achtergrondmateriaal
uitgedeeld of via Blackboard.
67

Periode 4, cursussen niveau 2
NEUROBIOLOGIE
Neuroscience
Coördinator:
Docenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
prof.dr. C.C. Hoogenraad
Afdeling Celbiologie
H.R. Kruytgebouw, kamer N501
tel. 2534585
e-mail: c.hoogenraad@uu.nl
prof.dr. Casper Hoogenraad, c.hoogenraad@uu.nl
dr. Corette J. Wierenga, c.wierenga@uu.nl
dr. Lukas Kapitein, l.kapitein@uu.nl
dr. Esther De Graaff, e.degraaf@uu.nl
dr. Maartje Veeneman, m.m.j.veeneman-rijkens@umcutrecht.nl
B-B2NEUR10
7½
A+D
Ingangseisen
Basiskennis Neurobiologie uit of vergelijkbaar met jaar 1 van de
bacheloropleiding Biologie.
Studiepad
Deze cursus vormt een onderdeel van de studiepaden Moleculaire
Levenswetenschappen en van Gedragsbiologie. De cursus vormt een goede
voorbereiding op de niveau 3 cursus ‘Moleculaire en cellulaire biologie’ en
‘Cognitie en gedrag’. Alleen of samen met de vervolgcursus is de cursus een
goede basis voor de masterprogramma’s ‘Molecular and Cellular Life Sciences’ en
‘Environmental Biology’, de track Behavioural ecology en van het
masterprogramma en van ‘Neuroscience and Cognition’. Vanwege grote overlap
met de BMW-cursus Neurowetenschappen is het niet toegestaan om beide
cursussen te volgen.
Leerdoelen
De cursus geeft je:
─ een overzicht van wat neurobiologie inhoudt,
─ een idee van de functionele structuur van het dierlijke en menselijke brein,
─ inzicht in de manier waarop informatie in het menselijke en dierlijke brein
opgeslagen en verwerkt wordt,
─ een idee van wat er fout gaat in bepaalde hersenziektes,
─ een glimp van de actuele stand van zaken en ontwikkelingen in het huidige
neurobiologische onderzoek.
Vaardigheden
─ selecteren en verwerken van literatuur,
─ essay schrijven,
─ doorgronden van complexe systemen,
─ systematische benadering problemen.
68

Periode 4, cursussen niveau 2
Inhoud
De hersenen van hogere vertebraten zijn de meest complexe systemen die we
kennen, en de pogingen om die te begrijpen worden wel gezien als de grootste
uitdaging van de moderne wetenschap. Deze cursus heeft als doel je een
basiskennis bij te brengen van de moderne neurowetenschappen in al zijn
facetten. Deze basiskennis is onontbeerlijk voor fundamenteel onderzoek aan het
brein, het bestuderen van gedrag van mensen en dieren en voor onderzoek naar
ziektes van het zenuwstelsel.
Tijdens de cursus gaan we in op de functionele en neuro-anatomische aspecten
van de hersenen en de neurofysiologische basis van perceptie, cognitie en
motorische sturing. We besteden aandacht aan algemene neurobiologische
principes die zowel bij de mens als bij (andere) dieren terug zijn te vinden, maar
gaan ook in op specifieke eigenschappen (en soms ziektes) van het menselijk
brein. Veel van de structuren en processen zoals ionkanalen, actiepotentialen,
neurotransmitters, synapsen, etc., komen in het gehele dierenrijk voor. Ze
vormen de bouwstenen voor de veel complexere processen zoals cognitie en
bewustzijn in hogere vertebraten.
Aan de hand van het boek 'Neuroscience' van Purves (5de editie) bestuderen we
de volgende hoofdthema's:
─ basale fysiologie van elektrische signalen in neuronen,
─ communicatie tussen neuronen,
─ leren en geheugen,
─ ontwikkeling van het zenuwstelsel,
─ perceptuele systemen: zien, horen, ruiken,
─ motorsystemen: motor cortex, basale ganglia, cerebellum,
─ hogere cognitieve functies: taal, slaap, emoties, sexuele verschillen.
Werkvormen
Een groot deel van de stof van de cursus zal worden gepresenteerd in de vorm
van hoorcolleges en zelfstudieopdrachten. Daarnaast is er een
computerpracticum over elektrische signalen in zenuwcellen.
De studenten schrijven in groepjes van 5 (met begeleider) een essay (~3
pagina’s) over een zelf te kiezen neurobiologisch onderwerp. Dit essay wordt
eerst beoordeeld door medestudenten van andere groepen (peer review) en
daarna door de begeleider van elk groepje.
week 4/5: inventariseren van het onderwerp,
week 7/8: essay schrijven,
week 9: peer review,
week 10: verbeteren van het essay en eindbeoordeling begeleider.
Toetsing
Het eindcijfer van de cursus wordt berekend uit de deelcijfers die je krijgt voor:
─ deeltentamen 1: 50%,
─ deeltentamen 2: 40%,
─ essay: 10%,
Voor elk van de deeltentamens moet mininaal een 5,0 worden gehaald.
Studiemateriaal
Purves D., et al.: Neuroscience, 5th edition, Sinnauer Associates Inc, 2011
69

Periode 4, cursussen niveau 2
WETENSCHAPSCOMMUNICATIE
Science Communication
Coördinator/docent:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
prof.dr. A.J. Waarlo (Arend Jan)
Freudenthal Instituut voor Didactiek van Wiskunde en
Natuurwetenschappen (FIsme), Buys Ballot Laboratorium,
Princetonplein 5, kamer 379, tel. 030 – 2535445
e-mail a.j.waarlo@uu.nl
website: www.fisme.uu.nl
B-B2WECO09
7½
B+C
Ingangseis
Specifieke voorkennis is niet vereist.
Studiepad
Iedere bioloog communiceert in en over zijn werk. Deze cursus past daarom in
alle studiepaden, maar maakt specifiek onderdeel uit van het studieadviespad
Educatie, Communicatie en Management. De cursus bereidt voor op de
masteropleiding Science Education and Communication.
Leerdoelen
─ Overeenkomsten en verschillen tussen alledaagse en professionele
communicatie kunnen noemen,
─ De rol van wetenschapscommunicatie in de kennis- en risicosamenleving
kunnen duiden,
─ Verschillende vormen van interne en externe wetenschapscommunicatie
kunnen onderscheiden,
─ Aan de hand van ontwerp-, leer-, gedrags- en communicatiemodellen
communicatieve activiteiten en producten kunnen beschrijven, analyseren,
beoordelen en ontwerpen,
─ Een recensie van een populair-wetenschappelijk boek op het terrein van life
sciences kritisch kunnen beoordelen,
─ Een gemotiveerde keuze kunnen maken voor de inrichting van de verdere
(studie)loopbaan.
Vaardigheden
─ Kritisch kunnen reflecteren op de interactie tussen wetenschap en
maatschappij,
─ Jezelf als aspirant-bioloog kunnen positioneren in een normatief krachtenveld,
─ Kunnen luisteren en vragen kunnen stellen,
─ Kunnen samenwerken in groepjes aan een ontwerpopdracht ,
─ Feedback kunnen geven en ontvangen,
─ Een recensie kunnen schrijven van een populair-wetenschappelijk boek op het
terrein van life sciences,
70

Periode 4, cursussen niveau 2
Inhoud
In deze cursus gaat het om het Waarom?, Wat? en Hoe? van
wetenschapscommunicatie. We leven in een wetenschappelijk-technologische
samenleving. De samenleving verwetenschappelijkt en nieuwe technologie biedt
niet alleen voordelen, maar kan ook risico’s met zich meebrengen. Er wordt dan
ook wel gesproken over de kennis- en risicoamenleving. Omgekeerd heeft de
samenleving ook invloed op de ontwikkeling van wetenschap en technologie. Niet
alles wat kan, wordt door iedereen wenselijk gevonden. Er vinden voortdurend
maatschappelijke debatten of dialogen plaats over nieuwe ontwikkelingen,
waarin de levenswetenschappen een prominente plaats innemen en waarbij de
(nieuwe / sociale) media een belangrijke rol spelen. Wetenschapscommunicatie
is dus niet alleen een interne zaak, dus beperkt tot wetenschappelijk publiceren
en congresseren. In toenemende mate wordt van wetenschappers verwacht dat
ze kunnen participeren in het maatschappelijk debat, op een aansprekende wijze
kunnen uitleggen waar ze mee bezig zijn en kunnen luisteren naar en ingaan op
vragen en zorgen vanuit de samenleving. Voorbeelden van debatthema’s zijn de
maakbare mens, het klimaat, duurzame ontwikkeling, genetisch testen, de
Mexicaanse griep, wildbeheer in de Oostvaardersplassen en de verdieping van de
Westerschelde. In de debatten gaat het niet alleen om complexe en (on)zekere
biologische kennis, maar ook om waarden en normen die in het geding zijn en
om publieke beelden van wetenschap en wetenschappers. Om recht te doen aan
de dialoog dient bovendien de burger zich gehoord en gezien te weten. Met
andere woorden, effectief communiceren is geen sinecure.
Er zijn meer motieven voor externe wetenschapscommunicatie. Veel mensen zijn
gefascineerd door nieuwe ontwikkelingen in wetenschap en technologie en stillen
hun kennishonger door het lezen van populair-wetenschappelijke tijdschriften en
boeken, het kijken naar tv-documentaires of het bezoeken van
wetenschapsmusea of science centres. Daarnaast schrijven biologen
adviesrapporten en beleidsnota’s voor specifieke doelgroepen en met specifieke
functies. In de cursus maak je kennis met de vele verschijningsvormen van
wetenschapscommunicatie en ontwikkel je via het aanreiken van theoretische
kaders gaandeweg een taal om communicatieproducten en –activiteiten te
beschrijven, analyseren en beoordelen. Al doende leer je wat er komt kijken voor
het planmatig ontwerpen van communicatieprocessen voor verschillende
doelgroepen en met verschillende doelstellingen. In het algemeen richt
communicatie zich op individuele en collectieve leer- en veranderingsprocessen.
Er wordt in de cursus geput uit verschillende disciplines, zoals science &
technology studies, leerpsychologie, sociale psychologie,
communicatiewetenschappen en vakdidactiek, en last but not least uit
voorbeelden van ‘good practices’. De cursus is inleidend en oriënterend en richt
zich niet primair op training van communicatievaardigheden; daarvoor bieden
andere cursussen uit het ECM-studiepad meer gelegenheid. Twee belangrijke
opdrachten in de cursus zijn het schrijven van een recensie van een populairwetenschappelijk
boek (individueel) en het ontwerpen van een
communicatieproduct of –activiteit rond synthetische biologie (in een groepje).
Kortom, de cursus Wetenschapscommunicatie verbreedt je kijk op de biologie en
haar rol in de samenleving (‘maatschappijleer van de biologie’). Daardoor, en
doordat je telkens uitgedaagd wordt bergumenteerd positie te kiezen in
waardegeladen contexten, draagt ze bij aan je academische vorming. Daarnaast
is de cursus bedoeld als beroepsoriëntatie, waarbij nader ingegaan wordt op
gezondheidsvoorlichting en natuur- en milieu-educatie. Waar didactiek zich richt
71

Periode 4, cursussen niveau 2
op formeel leren in schoolse contexten, richt wetenschapscommunicatie zich
vooral op informeel leren in buitenschoolse contexten.
Onderwijsvormen
De contacttijd (dinsdag- en donderdagochtenden) wordt vormgegeven als
interactieve colleges. Daarmee wordt bedoeld dat plenaire, individuele en
groepsactiviteiten elkaar afwisselen. Er wordt een actieve houding van de
student verwacht, omdat we met en van elkaar leren. De activiteiten zijn erop
gericht om relevante voorkennis te activeren en de te bestuderen theorie
toegankelijk te maken en toe te passen. De overige tijd (1½ dag) is voor
zelfstudie, d.w.z. het bestuderen van de literatuur en het uitvoeren van
opdrachten, waaronder het (her)schrijven van een recensie over een populairwetenschappelijk
waarbij je elkaar feedback geeft. Daarnaast werk je in een
groepje aan een ontwerpopdracht rond synthetische biologie. Als voorbereiding
op het tentamen is er een responsiecollege, waarin van tevoren per mail
ingediende vragen over de bestudeerde theorie zullen worden behandeld.
Toetsing
In week 10 is er een schriftelijk tentamen over de gehele stof. Daarnaast worden
de ingeleverde boekrecensie (individueel) en de ontwerpopdracht (groepje)
beoordeeld.
Studiemateriaal
Frank Miedema (2010) Wetenschap 3.0. Van academisch naar postacademisch
onderzoek. Amsterdam University Press. isbn 978 90 8964 230 1
De verplichte literatuur omvat daarnaast een reader met artikelen en
opdrachten. De reader is op de eerste cursusdag beschikbaar (prijs wordt nader
vastgesteld).
72

Periode 1, cursussen niveau 3
Alle perioden, cursussen niveau 3
AFSTUDEEROPDRACHT (Scriptiecursus)
Bachelor thesis
Coördinator:
Docenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
dr. A.J.M. Peeters
Onderzoeksgroep Ecofysiologie van Planten
H.R. Kruytgebouw
kamer Z309
e-mail: Ha.j.m.peeters@uu.nl
mw.drs. A.I. Draghici, Ho.draghici@library.uu.nl
mw. H.A. de Graaf, Hh.a.degraaf@uu.nl
B-B3AFST05
7½
Let op: De scriptiecursus wordt gegeven in alle 4 perioden,
naar keuze van de student in timeslot A+D of B+C. Deze
keuze maak je bekend op het tweedekeuzeformulier. Je hebt
dan de mogelijkheid om in het andere timeslot nog een cursus
te volgen.
Ingangseisen
Derdejaars cursus. Als ingangseis geldt dat je tenminste 120 studiepunten van
de major van de opleiding Biologie hebt behaald en waarvan het verplichte deel
(alle cursussen van jaar 1 en de cursus Toegepaste biostatistiek) geheel met
voldoendes moet zijn afgerond.
Cursussen die je hebt gehaald in de profileringsruimte (dit kan ook een minor
zijn) tellen hierbij niet mee!!
Studiepad
Deze cursus (of het onderzoeksproject) is verplicht bij elk studiepad. Zij vormt
het sluitstuk van je bacheloropleiding.
Leerdoelen
In deze cursus laat je zien dat je het volgende kan:
─ effectief en efficiënt de juiste literatuur opsporen en de juiste literatuur
selecteren,
─ goed structureren van je literatuuronderzoek (wat wil ik weten, waarom wil ik
dat weten, hoe kom ik dat te weten?),
─ een goede probleemstelling formuleren (verankerd, relevant, precies,
functioneel en consistent),
─ een wetenschappelijk artikel juist beoordelen (kritisch lezen),
─ een overzichtelijk schrijfplan opstellen,
─ een kritische beschouwing op de wetenschappelijk literatuur geven,
─ nieuwe kennis en concepten synthetiseren uit de bestaande kennis,
─ een goede mondelinge samenvatting van het literatuuronderzoek geven.
73

Periode 1, cursussen niveau 3
Vaardigheden
De afstudeeropdracht is een ‘proeve van bekwaamheid’ om je bachelordiploma te
mogen ontvangen.
In de cursus komen de volgende vaardigheden expliciet aan de orde:
─ digitaal opsporen en archiveren van literatuur,
─ selecteren en verwerken van literatuur (waaronder op een juiste manier
literatuurverwijzingen weergeven)
─ uitvoeren van een (literatuur)onderzoekscyclus,
─ zelfstandig, gedisciplineerd en planmatig werken
─ wetenschappelijk schrijven (efficiënt en effectief een wetenschappelijke tekst
schrijven).
Inhoud
Tijdens de scriptiecursus diep je een specifiek onderwerp uit de biologie uit.
Hiervoor zoek je uit alle beschikbare literatuur relevante informatie die je op de
juiste manier verwerkt tot een scriptie. Het eindresultaat hiervan, de scriptie, is
niet alleen een beschrijvende samenvatting van de beschikbare feiten en ideeën,
maar bevat ook een eigen kritische beschouwing van de literatuur. Het verder
ontwikkelen van je academische vaardigheden zoals literatuuronderzoek,
wetenschappelijk schrijven en presenteren, staat hierbij centraal. Het
eindproduct van de cursus bestaat uit een leesbare scriptie van ongeveer 20 – 25
pagina’s.
Werkvormen
Werkcollege(s) (gegeven door de docenten) waarin je uitleg krijgt over en je
oefent in de verschillende (academische) vaardigheden van het
wetenschappelijke schrijven. Dit doe je groepsgewijs. Daarnaast krijg je een
persoonlijk inhoudelijke begeleider (een docent van een onderzoeksgroep binnen
het departement Biologie).
Toetsing
Het eindcijfer voor de scriptiecursus is gebaseerd op vier deelcijfers, te weten:
a) de structuur/vorm van de scriptie,
b) de inhoud van de scriptie,
c) het proces/de werkhouding.
Het berekening van het eindcijfer voor de cursus is:
(a+b)/2 : c = 8 : 2
Voor alle onderdelen moet een je een voldoende (5,5) halen om de cursus met
een voldoende te kunnen afsluiten.
Studiemateriaal
Boekje geschreven door Warna Oosterbaan “Een leesbare scriptie”, uitgegeven
door Prometheus /NRC Handelsblad, 6 e herziene druk, 2007
74

Periode 1, cursussen niveau 3
ONDERZOEKSPROJECT (scriptiecursus gecombineerd met
onderzoek)
Research project
Coördinator:
Docenten:
dr. A.J.M. Peeters
Onderzoeksgroep Ecofysiologie van Planten
H.R. Kruytgebouw
kamer Z309
e-mail: Ha.j.m.peeters@uu.nl
mw. drs. A.I. Draghici, Ho.draghici@library.uu.nl
mw. H.A. de Graaf MSc, Hh.a.degraaf@uu.nl
Cursuscode: B-B3ONPR09
Studiepunten: 15 ECTS (scriptiedeel 7½ + onderzoeksdeel 7½)
Timeslot: A+B+C+D
Ingangseisen
Als ingangseis geldt dat tenminste 120 studiepunten van de major biologie zijn
gehaald en waarvan het verplichte deel (alle cursussen van jaar 1 en de cursus
Toegepaste biostatistiek) geheel en met voldoendes moet zijn afgerond.
Studiepunten die je in de profileringsruimte hebt gehaald, tellen niet mee.
Na aanmelding en plaatsing voor het Onderzoeksproject krijg je verdere
instructie over het het maken van afspraken hierover bij de onderzoeksgroep
waar je je project gaat doen.
Studiepad
Dit onderzoeksproject wordt gedaan in combinatie met de afstudeerscriptie
(Scriptiecursus) en past in elk studiepad. Het vormt net als de afstudeerscriptie
het sluitstuk van je bacheloropleiding.
Leerdoelen
Scriptiedeel:
Dit gedeelte van de cursus is de scriptiecursus zoals je kunt lezen bij
Afstudeeropdracht (scriptiecursus).
Onderzoeksdeel:
Je krijgt inzicht hoe wetenschappelijk onderzoek verloopt en hoe een
onderzoeksgroep functioneert door deel te nemen aan onder andere de
werkbesprekingen van de groep. Je presenteert je onderzoek binnen de
onderzoeksgroep.
Vaardigheden
In de cursus komen de volgende vaardigheden expliciet aan de orde:
─ (digitaal) opsporen en archiveren van literatuur; selecteren en verwerken van
literatuur, waaronder op een juiste manier literatuurverwijzingen weergeven,
─ wetenschappelijk schrijven: efficiënt en effectief een wetenschappelijke tekst
schrijven in het Nederlands óf in het Engels,
─ uitvoeren van een onderzoekscyclus,
75

Periode 1, cursussen niveau 3
─ aangezien je zelf op zoek moet gaan naar een onderzoeksproject leer je
zelfstandig en actief plannen, handelen en contacten onderhouden.
─ zelfstandig, gedisciplineerd en planmatig werken met verslaglegging in een
labjournaal,
─ en goede mondelinge samenvatting van het onderzoek geven (eventueel in
het Engels)
Inhoud
In het scriptiedeel van het onderzoeksproject diep je een specifiek onderwerp uit
de biologie uit. Hiervoor zoek je uit alle beschikbare literatuur relevante
informatie, die je op de juiste manier verwerkt tot een scriptie en die ook
bijdraagt aan het opstellen van een onderzoeksplan. Het eindresultaat van de
scriptie is niet alleen een beschrijvende samenvatting van de beschikbare feiten
en ideeën, maar bevat ook een eigen kritische beschouwing van de literatuur.
Het eindproduct bestaat uit een scriptie van ongeveer 20 – 25 pagina’s in het
Nederlands.
In overleg met je begeleider kunnen je eigen onderzoeksresultaten ook
opgenomen worden in je scriptie.
Naast de literatuurstudie participeer je, onder begeleiding van een onderzoeker,
in lopend onderzoek. Je verzamelt zelf data of verwerkt al aanwezige data aan de
hand van een vraagstelling.
In het onderzoeksdeel van de cursus voer je bij een onderzoeksgroep een
onderzoekcyclus uit aan de hand van je in de scriptie uitgewerkte vraagstelling
en opgestelde hypothese.
Werkvormen
Werkcollege(s) (gegeven door de docenten) waarin je uitleg krijgt over en je
oefent in de verschillende (academische) vaardigheden van het
wetenschappelijke schrijven. Dit doe je groepsgewijs en samen met de studenten
die alleen de scriptiecursus volgen. Daarnaast heb je voor je onderzoek een
persoonlijk inhoudelijke begeleider (een onderzoeker, promovendus of post-doc
van een onderzoeksgroep binnen een instelling).
Toetsing
Het scriptiedeel van de cursus wordt beoordeeld zoals is aangegeven bij de
Scriptiecursus en bestaat uit:
a) de structuur/vorm van de scriptie,
b) de inhoud van de scriptie,
c) het proces/de werkhouding.
Het berekening van het eindcijfer voor de cursus is: (a+b)/2 : c = 8 : 2
Voor al deze onderdelen moet je een voldoende halen om het scriptiedeel
van decursus met een voldoende te kunnen afsluiten.
Het onderzoeksdeel van de cursus sluit je af met een presentatie over je
onderzoek voor de onderzoeksgroep. Je krjgt hiervoor naast je (actieve)
werkhoudig en zelfstandigheid bij het uitvoeren van je onderzoek een
beoordeling.
Beide deelcijfers moeten voldoende zijn en worden volgens de verhouding 1:1
gemiddeld tot het eindcijfer voor de cursus.
Studiemateriaal
Boekje geschreven door Warna Oosterbaan “Een leesbare scriptie” (Prometheus/
NRC Handelsblad), 7e herziene druk, 2008 (ISBN-13: 9789044610475)
76

Periode 1, cursussen niveau 3
Periode 1, niveau 3 cursussen
BIODIVERSITEIT EN LANDSCHAP
Biodiversity and the landscape
Coördinator:
Docenten:
dr. H. ter Steege
NCB-Naturalis
e-mail: h.tersteege@uu.nl/hans.tersteege@ncbnaturalis.nl
drs. J.G.M. Persoon, j.g.m.persoon@uu.nl
dr. M.B. Soons, m.b.soons@uu.nlH
dr. H. ter Steege, h.tersteege@uu.nl
Cursuscode: B-B3BILA10
Studiepunten: 15
Timeslot: A+B+C+D
Ingangseisen
De cursus bouwt voort op de cursussen Biodiversiteit, Plantenecologie en
Evolutiebiologie van jaar 1 en de cursus Natuurbehoud, Duurzaamheid en
Plantendiversiteit van jaar 2.
Studiepad
Deze cursus is van belang voor studenten in het studiepad ‘Organismen,
ecosystemen en biodiversiteit’ en ‘Educatie, communicatie en management’.
Leerdoelen
De cursus is erop gericht om de plantendiversiteit in het landschap te verklaren
en patronen daarin te herkennen. Na de cursus kan je:
─ de belangrijkste processen die biodiversiteit genereren en in stand houden
beschrijven,
─ de standplaats van plantensoorten in het landschap verklaren (of nader
onderzoeken) aan de hand van deze processen,
─ bodemvorming, geologie en geologische ondergrond van de Wadden) in grote
lijnen beschrijven,
─ Nederlandse planten determineren,
─ 15 belangrijke Nederlandse plantenfamilies als familie herkennen,
─ de belangrijkste soorten uit de hoofdecosystemen van Terschelling
herkennen,
─ veldwaarnemingen omzetten in een onderzoeksvraag en werkbare
hypotheses,
─ in groepsvorm een onderzoeksplan (inclusief veldwerk)maken en uitvoeren,
─ een onderzoekvoorstel presenteren en verdedigen,
─ data verwerken en analyseren met R,
─ een wetenschappelijk verslag schrijven,
─ een wetenschappelijke presentatie maken en presenteren,
─ relevante gegevens verzamelen via internet en bibliotheek.
Vaardigheden
Bibliotheekgebruik, selecteren en verwerken literatuur; uitvoeren
onderzoekscyclus inclusief schriftelijke en mondelinge rapportage; systematische
77

Periode 1, cursussen niveau 3
benadering problemen; kritisch waarnemen & denken, creativiteit en
probleemoplossend vermogen, hanteren biologische variabiliteit, planten
determineren, met grote datasets werken, werken met R, samenwerken,
overleg, omgaan met kritiek/feedback; basiskennis Nederlandse Flora.
Inhoud
Het hoofdthema in deze multidisciplinaire cursus is het leren zien van
verbanden tussen vegetatie, diversiteit, ondergrond, geomorfologie en
geologische processen, en het herkennen van patronen die zijn ontstaan als
gevolg van de wisselwerking van biotische en abiotische processen.
In de eerste week worden inleidende colleges gegeven over biodiversiteit in
temporele en spatiële zin, de ecologie van duinen en kwelders, bodemkunde en
het ontstaan van de waddeneilanden. Daarna volgen ca. twee weken intensief
veldwerk op Terschelling. Tijdens drie inleidende excursies komt de
wisselwerking tussen flora, bodem, (micro)klimaat en geologische processen aan
bod die uiteindelijk de vegetatie en het landschap bepalen. De nadruk ligt daarbij
op het herkennen van processen, patronen en verbanden. Na de excursie vindt
op het eiland een plantentoets plaats, waarin planten en families moeten worden
herkend en planten gedetermineerd. Men doet vervolgens in groepen ecologisch
veldonderzoek naar de relatie tussen plantengroei en abiotiek (4 dagen).
In de vierde week kijken we wat de exacte mechanismen zijn die diversiteit
genereren en reguleren. We hebben het dan over evolutionaire processen,
ijstijden, refugia, gradienten in diversiteit en hun oorzaken, neutrale modellen,
frequentie-afhankelijke mortaliteit, dynamische evenwichten, dispersie, game
theorie en vele andere zaken. We verwachten dat je door middel van deze week
een degelijke kijk krijgt op het begrip Biodiversiteit en welke factoren en
processen belangrijk zijn. De eerste vijf weken worden afgesloten met een
tentamen.
In de tweede vijf weken van de cursus besteden we twee weken aan het leren
werken met R, een programmeer taal waarmee steeds meer door onderzoekers
wordt gewerkt om data te verwerken en analyseren. Week 6 wordt besteed aan
een algemene inleiding in R. Week 7 gaat dieper in op multivariate analyse van
vegetatie data.Week 8 wordt gebruikt om met je nieuwe vaardigheden, je eigen
data en die van groepen uit voorgaande jaren een goede analyse te maken van
je veldonderzoek, en daar een 'wetenschappelijke publicatie' over te schrijven. In
week 9 schrijf je dit verslag, levert het in en bereidt een wetenschappelijke
presentatie voor. Deze wordt in de laatste week op een eindsymposium
gepresenteerd. Hierna zijn er een paar dagen om je 'publicatie' te verbeteren
n.a.v. alle feedback.
Inhoud en bijbehorende werkvormen
Week 1: Ontstaan en sedimentologie van het Waddengebied, bodem, vegetatie
en ecologie van duinen en kwelders, plantenfamilies (hoorcolleges,
determineerparctica, zelfstudie)
Week 2: Diversiteit en landschap Terschelling, onderzoeksplan opstellen,
determineren planten (groepsexcursies, groepsopdracht, determineer toets)
Week 3: Veldwerk duinen en kwelder (veldwerk in groepen van5 personen,
groepsverslag maken)
Week 4: Colleges biodiversiteit, werken aan groepsverslag, presentatie
Week 5: Zelfstudie, tentamen
Week 6: Introductie in R
Week 7: Vegetatie analyses in R
78

Periode 1, cursussen niveau 3
Week 8: Data analyses
Week 9: Publicatie schrijven/presentatie voorbereiden
Week 10: Eindsymposium onderzoekTerschelling, verslag verbeteren.
Toetsing
De cursus is voldoende afgerond indien een voldoende is behaald voor de
plantendetermineeratietoets op Terschelling, de publicatie, de presentatie, en het
tentamen, en indien aan alle practicumverplichtingen is voldaan.
Het cijfer van het blok wordt bepaald door de plantendetermineertoets (15%),
publicatie (25%), presentatie (20%) en het tentamen (40%). De practica
worden niet beoordeeld middels een cijfer maar actieve deelname aan alle
practicumonderdelen is verplicht.
Studiemateriaal
─ R. v.d. Meijden (2005). Heukels' Flora van Nederland, 23ste druk. (c. €45 via
UBV)
─ K.J. Gaston & J.I. Spicer (2005). Biodiversity: An introduction. (c. €33 via
UBV)
─ Loupe, prepareernaalden, tekenpapier, aantekenboek(je) en evt. een schep of
troffel.
─ Regenkleding, stevig schoeisel en kampeeruitrusting.
─ Je moet zelf in de kosten van levensonderhoud voorzien.
─ De kosten van de reis naar Harlingen en terug zijn voor eigen rekening.
─ De kosten voor deelname aan de cursus bedragen €25. Dit is een bijdrage
aan de boottocht en de camping op Terschelling en dient op de eerste
cursusdag te worden voldaan.
Op Terschelling heb je nodig:
─ notitieboekje en zacht potlood
─ loep, Flora, de cursushandleiding
─ OV-jaarkaart
─ laarzen of ander waterdicht schoeisel, paraplu en regenkleding
─ Gidsje “Mondeling en schriftelijk rapporteren tijdens de studie Biologie”
─ Kampeerspullen (hierover kunnen onderling afspraken gemaakt worden)
Logistieke zaken Terschelling
De studenten kamperen op Camping Terpstra, Oosterburen 81, 8891 GB
Midsland, tel. 0562-449091. Hier kan gedurende de tweede week s’avonds vanaf
19.30 uur gebruik gemaakt worden van de kantine, waar genoeg ruimte is om te
zitten en te werken. Op de camping zijn geen wasmachines, wel is er een
stomerij in Midsland tel. 0562-448093.
Fietsen worden gehuurd bij aankomst op het eiland bij de Fa. Tijs Knop,
Torenstraat 10-12, West-Terschelling.
De staf verblijft in Goede Haven, Heereweg 13, Midsland Noord.
Winkels zijn open van 08.00 uur tot 18.00 uur.
79

Periode 1, cursussen niveau 3
BIO-ETHIEK
Bio-ethics
Coördinator:
Docenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
dr. F. Stafleu
Ethiek Instituut,
W.C. van Unnikgebouw, Heidelberglaan 8
kamer 239, tel.: 030-253 9416
E-mail: Hf.r.stafleu@uu.nl
dr. F. Stafleu
B-B3BETH05
7½
B+C
Ingangseis
Je hebt tenminste twee cursussen op niveau 2 afgerond van de major Biologie.
Specifieke voorkennis van de ethiek is niet vereist.
Studiepad
Deze cursus past binnen alle studiepaden van Biologie.
Leerdoelen
─ Je kunt aan de biologie gerelateerde ethische vraagstukken, dilemma’s en
argumenten herkennen, benoemen en analyseren,
─ de belangrijkste ethische benaderingen (de consequentialistische,
deontologische, deugdethische en zorgethische theorieën) benoemen en
hanteren,
─ biologische en ethische concepten verbinden met actuele debatten en deze
integreren in een weloverwogen beargumenteerd standpunt.
Ten aanzien van maatschappelijke context kun je:
─ ethische discussies in maatschappelijk en wetenschappelijk perspectief
plaatsen en het belang ervan onderkennen voor je toekomstig werkveld,
─ kritisch reflecteren over je rol als professional en je professionele
verantwoordelijkheid in een maatschappelijke context
Vaardigheden
─ Kritisch reflecteren: argumentatiestructuren maken en herkennen in teksten
en betogen, alsmede drogredenen herkennen en benoemen, je eigen rol als
bioloog evalueren en kritisch beschouwen,
─ deel kunnen nemen aan ethische beraadslaging en debat,
─ zelfstandig, in groepen, een project uitvoeren, verwerken tot een product
(artikel, boekje, audiovisueel product) en dit mondeling presenteren aan je
medestudenten.
Inhoud
Ethiek kun je omschrijven als morele besliskunde; in de ethiek wordt vaak een
afweging gemaakt tussen verschillende handelingsmogelijkheden op basis van
morele argumenten. Ethische reflectie is vooral gericht op het gestructureerd
nadenken over de beslissingen die we nemen, en de handelingen die daaruit
voortvloeien. Om het simpel te zeggen: ethische reflectie vraagt ons om uit te
80

Periode 1, cursussen niveau 3
leggen waarom we dingen doen zoals we ze doen, en ons te verantwoorden
tegenover elkaar. Dit is niet een simpelweg uitleg geven van de redenen die
mensen hebben om iets te vinden (‘dat vind ik nu eenmaal zo’), maar daagt ons uit
om de achterliggende waarden (waarom vind je dat belangrijk) te benoemen en
met elkaar tot een idee van wat goed is om te doen te komen. In de praktijk zijn
mensen het er niet altijd over eens wat goed is om te doen: dit meningsverschil is
soms te verklaren doordat mensen andere waarden belangrijk vinden, soms ook
kan door discussie en reflectie meer begrip voor elkaars standpunt worden
gevonden, soms ook wordt duidelijk dat er wel degelijk gemeenschappelijke
standpunten in te nemen zijn. Het gestructureerd nadenken over problemen van
ethische aard helpt ons om meer helderheid te krijgen over de aard van onze
meningsverschillen, zodat we deze soms kunnen aanpassen, aanscherpen of beter
kunnen formuleren.
In deze cursus bieden we je niet alleen een breed palet aan thema’s die in de
biologische praktijk actueel zijn, maar bieden we je ook verschillende invalshoeken
en instrumenten om op gestructureerde wijze te leren reflecteren.
De cursus heet “bio-ethiek voor Biologen”, omdat de thema’s die besproken
worden, gekozen zijn met het oog op de biologische beroepsuitoefening. De
toegepaste ethiek maakt echter gebruik van theoretische concepten die vooral in
de fundamentele ethiek worden doordacht. Daar komen dan ook de instrumenten
vandaan die je helpen om gestructureerd na te denken over de actuele thema’s in
de biologie.
Opbouw van de cursus
De cursus duurt 10 weken en is onderverdeeld in twee blokken. In het eerste
blok (week 1-5) gaan we in op relevante ethische theorieën en concepten en hun
toepassing. In week 6 volgt dan een toets. Het tweede blok (7-9) spits zich
verder toe op praktische onderwerpen en vaardigheden en wordt in week 10
afgesloten met een toets. Een belangrijk onderdeel van de cursus is het maken
van een paper. In week 6 zal er uitgebreid aandacht worden besteed aan dit
onderwerp.
Werkvormen
De cursus bestaat uit hoorcolleges en werkcolleges. In de werkcolleges werk je
opdrachten uit. Dit gebeurt via verschillende werkvormen zoals het voorbereiden
en geven van presentaties, discussies, het geven van een les etc.
Een belangrijk onderdeel van de cursus is het maken van een paper.
Toetsing
─ Schriftelijke toets over eerste blok in week 6 en laatste blok in week 10,
─ presentaties en geven les in werkgroep verband (week 2, 3, 9),
─ paper ter afsluiting van de cursus.
De verschillende cijfers worden gewogen in een verhouding van
gemiddelde toetsen : presentaties : paper = 2 : 1 : 2.
Studiemateriaal:
– L.L.Bolt, M.F. Verwey en J.J.M. van Delden, ‘Ethiek in Praktijk’. Koninklijke
van Gorcum, 5e druk 2005 (verplicht!)
– reader
81

Hr.w.schulz@uu.nl
Periode 1, cursussen niveau 3
ENDOCRINOLOGIE
Endocrinology
Coördinator:
Docenten:
Gastdocenten:
dr. Rüdiger W. Schulz
Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie/Voortplantingsbiologie
H.R. Kruytgebouw, kamer W606
tel.: 030-253 3064
e-mail: H
dr. Jan Bogerd, Hj.bogerd@uu.nlH
dr. Rüdiger W. Schulz, Hr.w.schulz@uu.nl
prof. Melly Oitzl, m.oitzl@chem.leidenuniv.nl
prof. Ton Groothuis, t.groothuis@biol.rug.nl
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
B-B3ENDO10
7½
B+C
Ingangseisen
De cursus sluit aan op onderdelen uit de eerstejaarscursussen Moleculaire
Biologie en Biologie van dieren (onderdeel orgaansystemen). Verder is
voorkennis van belang op het gebied van de moleculaire biologie (transcriptie,
translatie, structuur en functie van DNA, RNA, eiwitten) en de celbiologie (cel-cel
interaktie, celcyclus, signaaltransductie, receptortypen). Het wordt daarom
aanbevolen de niveau 2 cursussen Ontwikkelingsbiologie en De Cel te volgen.
Bovendien wordt de niveau 2 cursus Metabolisme aanbevolen. De daarin
behandelde biochemie van de stofwisseling sluit aan op de in de cursus
Endocrinologie cursus behandelde de endocriene regulatie van de stofwisseling.
Studiepad
De cursus is onderdeel van de studiepaden moleculaire levenswetenschappen en
(ondersteunend) gedragsbiologie. De cursus is een goede voorbereiding op de
Masters Molecular and Cellular Life Sciences en Cancer Genomics and
Developmental Biology.
Leerdoelen
In deze cursus leer je de principes kennen van de integratieve regulatie van
levensprocessen door hormonen bij mens/gewervelde dieren. Aan het einde van
de cursus ben je in staat om:
─ De belangrijkste, endocriene systemen in vertebraten te benoemen en de
hoofdfuncties van de betrokken hormonen te beschrijven
─ het concept van hormonale regulatie van levensprocessen op het niveau van
het organisme uit te leggen
─ het ontstaan van een aantal endocriene organen (b.v. voorplantingsorganen,
hypofyse, pancreas,) tijdens de embryonale fase uit te leggen en de daarbij
werkende moleculaire mechanismen te begrijpen
─ de organen betrokken bij hormoonproductie anatomisch en histologisch te
herkennen en te beschrijven
─ verbanden te leggen tussen de microscopische structuur en fysiologische
functie van endocriene organen/cellen, en uit de analyse van experimentele
82

Periode 1, cursussen niveau 3
monsters af te leiden hoe feedback systemen werken
─ de endocriene regulatie van fysiologische processen van het organisme te
beschrijven en op conceptueel niveau de werkingsmechanismen van
hormonen op cellulair en moleculair niveau uit te leggen
─ de wijze waarop energie homeostase, bijnierfunctie, groei, voortplanting,
stress en gedrag integratief gereguleerd worden conceptueel te begrijpen en
te beschrijven,
─ af te leiden hoe geselecteerde ziektebeelden en/of “loss-of-function” mutaties
samenhangen met stoornissen in de ontwikkeling en endocriene regulatie van
levensprocessen.
Vaardigheden
Lezen en kritisch verwerken van wetenschappelijke literatuur door een
samenhangend concept van het onderwerp te ontwikkelen en mondeling te
presenteren en schriftelijk samen te vatten; omgaan met complexe
regelsystemen, wetenschappelijke discussie (incl. het formuleren van vragen),
gebruik lichtmicroscoop
Inhoud
In deze cursus staat de integratieve regulatie van levensprocessen door
hormonen centraal. Aandacht wordt besteed aan de regulatie van de
voortplanting, bijnier, energie homeostase en spijsvertering, schildklier en groei;
ook het aspect van hormonen en gedrag komt aan bod (gastdocent). Inleidend
worden de voor de endocrinologie belangrijkste concepten behandeld (zoals
homeostase, hormoonassen, feedback mechanismen, relatie tussen de
biochemische opbouw van hormonen en structuur en functie van hun
receptoren). Tevens leren we kennen de functionele anatomie en de histologie
van de endocriene organen (3 microscoop practica). In detail wordt ingegaan op
de ontogenetische ontwikkeling en het functioneren van het
voortplantingssysteem, via literatuur onderwerpen ook op de ontwikkeling van
hypofyse en alvleesklier. Vervolgens wordt aandacht geschonken aan de
hormonen die een rol spelen bij de stressreactie en in het metabolisme, groei, en
differentiatie (b.v. insuline, groei- en schildklierhormonen). Tijdens de cursus
wordt ook aandacht besteed aan academische vaardigheden (zie boven). Ter
ondersteuning van de zelfstudie dient het boek “Human Physiology” (5 e druk)
van Silverthorn (Pearson International Edition). Voor de onderwerpen van de
gastsprekers (prof. Melly Oitzl “Stress, emotion and cognition” en prof. Ton
Groothuis “Social regulation of testosteron production”) dienen ter
voorbereidende zelfstudie voorafgaand aan hun colleges enkele artikelen gelezen
te worden. Ter afsluiting van de cursus stelt de werkgroep Voortplantingsbiologie
binnen de leerstoel Ontwikkelingsbiologie haar onderzoeksprogramma voor.
Werkvormen
Collegecyclus, microscoop practica, literatuuropdracht (verdieping van
geselecteerde aspecten van de collegestof door schriftelijke samenvatting,
mondelinge presentatie, bedenken van goed/fout vragen; de opdracht voer je uit
in groepjes van 4-5 studenten).
83

Periode 1, cursussen niveau 3
Toetsing
Je neemt aan alle onderdelen van de cursus deel. Voor alle practica en de twee
gastcolleges geldt aanwezigheidsplicht die gecontroleerd wordt. Tijdens de
cursus worden twee deeltentamens ingeroosterd (telkens 2 uren met meestal
gesloten vragen;
─ PC toets m.b.v. TestVision software; gezamelijke weegfactor 85%).
─ De mondelinge en schriftelijke presentatie van de literatuur opdracht wordt
op twee manieren beoordeeld:
a) de docent geeft een cijfer voor de presentatie (weegfactor 7,5%);
b) de groepsleden verdelen onderling 40 (bij een groep van 4 studenten) of
50 (bij een groep van 5 studenten) punten (peer-review, weegfactor 7,5%).
De deeltoetsen en de literatuuropdracht moeten beide voldoende zijn (minimaal
5,5) voor de berekening van het eindcijfer.
Studiemateriaal
─ Syllabus (koop je aan het begin van de cursus)
─ AANBEVOLEN MAAR NIET VERPLICHT OM AAN TE SCHAFFEN: Human
Physiology - An integrated approach van D.U. Silverthorn (Pearson 5th
International edition, 2010).
Voor de literatuuropdrachten krijg je de literatuur elektronisch of op schrift
uitgereikt.
84

Periode 1, cursussen niveau 3
GEDRAGSECOLOGIE
Behavioural ecology
Coördinator:
Docenten:
mw.dr. M.J.H.M. Duchateau (Marie José)
Onderzoeksgroep Gedragsbiologie
Kruytgebouw, kamer O 210
tel.: 030-2535435
e-mail: Hm.j.h.m.duchateau@uu.nlH
mw.dr. M.J.H.M. Duchateau
dr. G.Driessen (Gerard),e-mail: Hgerard.driessen@ecology.falw.vu.nl H
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
B-B3GECO09
7½
A+D
Ingangseisen
De cursussen Biologie van dieren en Evolutiebiologie van jaar 1.
De cursus is een verdere functionele en evolutionaire verdieping van het
onderdeel Gedragsbiologie/Gedragsecologie in de 1e jaars cursussen Biologie van
dieren en Evolutiebiologie. De cursus kan gezien worden als complementair aan
de meer causale benadering van gedrag van de niveau 2 cursus Gedragsbiologie
en de 3e jaars niveau 3 cursus Cognitie en gedrag.
Studiepad
De cursus maakt deel uit van de studiepad Gedragsbiologie. De cursus dient als
voorbereiding op het specialisatieprogramma Behavioural Ecology binnen het
masterprogramma Environmental Biology
Leerdoelen
Na afloop van deze cursus kan de student verklaren waarom bepaalde individuele
gedragingen geëvolueerd zijn, hoe de keuzes die individuen maken
samenhangen met de diverse kenmerken van het milieu waarin zij zich bevinden
en wat deze keuzes betekenen voor hun fitness. In het bijzonder kan de student:
─ de samenhang tussen genen en gedrag aangeven en de relatie ervan met
natuurlijke selectie,
─ beschrijven hoe hypothesen in de gedragsecologie getest kunnen worden,
─ aangeven hoe kosten en baten van met name fourageergedrag via
optimaliteitsmodellen van invloed zijn op het uiteindelijke gedrag van dieren,
─ de evolutionaire wapenwedloop predator-prooi aan de hand van verschillende
voorbeelden kunnen uitleggen,
─ de verschillende vormen van concurrentie benoemen en uitleggen,
─
(speltheoretische) modellen voor competitie uitleggen in relatie tot ESS en de
factoren die van invloed zijn op competitie aangeven,
─ uitleggen waardoor er een seksueel conflict is, wat seksuele selectie is en wat
sex ratio inhoudt en aangeven welke factoren van invloed zijn op de sex ratio,
─ aangeven welke paringsystemen er zijn, welke ecologische factoren en
beperkingen daarbij betrokken zijn en ook aangeven welke alternatieve
strategieën er zijn en waarom,
─ de 4 hypothesen voor samenwerking beschrijven, en aangeven welke factoren
85

Periode 1, cursussen niveau 3
een rol spelen bij samenwerking en helpen,
─ de evolutie van sociale insecten uitleggen en aangeven waarom steriele
werksters bestaan,
─ de empirische cyclus uitvoeren aan de hand van gedragsecologische
vraagstellingen met als proefdieren Drosophila of Nasonia,
─ wetenschappelijk verslag schrijven, poster maken en presenteren.
Vaardigheden
Bibliotheekgebruik, selecteren en verwerken van primaire literatuur, toepassen
kennis, uitvoeren empirische cyclus, kennis en toepassen van excel, toepassen
statistiek, hanteren biologische variabiliteit, schriftelijke rapportage Nederlands,
poster maken en presenteren, samenwerken, feedback verwerken.
Inhoud
Het thema van de cursus is de samenhang tussen diergedrag, ecologie en
evolutie en betreft de functionele en evolutionaire benadering van gedrag.
Het theoretische deel van de cursus zal in hoor- en werkcolleges behandeld
worden aan de hand van het boek An Introduction to Behavioural Ecology, 3e
editie, J.R. Krebs & N.B. Davies en verdiepende primaire literatuur. De cursus
start met de relatie genen en gedrag, natuurlijke selectie en hoe hypotheses in
de gedragsecologie getoetst kunnen worden. De cursus gaat verder met de
onderwerpen economische analyse van kosten en baten van gedrag en
optimalisatie, concurrentie tussen soorten en binnen de soort, predator-prooi
interacties, paringssystemen en seksuele selectie, samenwerking, zelfzuchtigheid
en altruïsme.
Het praktische deel van de cursus omvat een volledige onderzoekscyclus met
experimenten rond thema’s van gedragsecologie, waarbij de fruitvlieg Drosophila
en de sluipwesp Nasonia gebruikt worden. De cyclus omvat het bedenken van
een hypothese, het opzetten en uitvoeren van experiment met zelf verzamelde
proefdieren, het verzamelen van gegevens, uitwerken van de data met behulp
van spreadsheats, schrijven van verslag waarbij gebruik wordt gemaakt van
wetenschappelijke literatuur en het maken en presenteren van een poster.
Toetsing
De onderwerpen van de hoor- en werkcolleges worden in twee schriftelijke,
theoretische deeltentamens getoetst. Het gemiddelde van de twee
deeltentamens vormen het cijfer van de theoretische toets. Om te middelen
moet elk deeltentamencijfer minstens 5.0 zijn. Actieve deelname aan practica en
posterpresentaties is verplicht. Het practicum wordt beoordeeld aan de hand van
het verslag en werkhouding. Het eindcijfer van de cursus wordt pas vastgesteld
nadat zowel de theoretische toets (2/3) als ook practicum (1/3), voldoende zijn.
Studiemateriaal
An Introduction to Behavioural Ecology, 3editie, J.R. Krebs and N.B. Davies;
ISBN 0-632-03546
86

Periode 1, cursussen niveau 3
GENOOMBIOLOGIE
Genome biology
Coördinator:
Docenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
dr. Guido van den Ackerveken
Onderzoeksgroep Plant-Microbe Interacties
H.R. Kruytgebouw, kamer W304, tel. 030-2533013
e-mail: Hg.vandenackerveken@uu.nl
dr. Berend Snel, b.snel@uu.nl
dr. Guido van den Ackerveken, Hg.vandenackerveken@uu.nl
B-B3GENB09
7½
A+D
Ingangseis
Basiskennis Moleculaire Biologie (jaar 1 van de opleiding Biologie of
vergelijkbaar) aangevuld met kennis van hoofdstukken 4 t/m 7 van Molecular
Biology of the Cell (Alberts et al., 5 th edition) zoals die in de cursus “De Cel”
worden behandeld.
Studiepad
De cursus wordt aanbevolen in het studiepad Moleculaire levenswetenschappen.
Leerdoelen
─ het zelfstandig interpreteren van primaire literatuur en het verder verzamelen
van aanvullende gegevens uit ander informatiebronnen,
─ het kunnen samenvatten en beschrijven van complexe beschrijvingen van
genetische systemen en hun werking en regulatie,
─ het belang van genoomprojecten te verwoorden, en de benaderingen en
werkwijzen om genomen in kaart te brengen te beschrijven,
─ de organisatie van genomen van hogere eukaryoten samen te vatten
─ het gebruik van comparative genomics en samenhangende evolutionaire
werkingsmechanismen samen te vatten,
─ het doel van functional genomics en de werkwijze om functies in kaart te
brengen samen te vatten,
─ de mechanismen die het genoom veranderen te verwoorden,
─ de modificaties in chromatine te begrijpen en toe te passen om hun invloed
op de expressie van genen te beredeneren,
─ browsers en databases te gebruiken met betrekking tot het vinden van
gegevens over genen en genomen,
─ het integreren van genomics en genetische data met het doel om in
begrijpelijke taal over een bepaald onderwerp een essay te schrijven en te
verdedigen.
─ Het voorbereiden van een pleidooi en het verdedigen van standpunten in een
debat.
87

Periode 1, cursussen niveau 3
Inhoud en werkvormen
In deze theoretische cursus gaan we dieper in op de structuur en opbouw van
eukaryote genomen en de mechanismen die de organisatie, regulatie en evolutie
van het genoom beïnvloeden. Tijdens de cursus behandelen we ook actuele
onderwerpen als kloneren, RNA interferentie, epigenetica, personal genome en
houden we twee debatten.
Iedere week volg je op maandag een college dat de basis vormt voor de
verdere week. Op de andere dagen werk je aan opdrachten. De docenten zijn
dan beschikbaar voor overleg en vragen. Op een aantal vrijdagen werk je aan
computeropdrachten die gericht zijn om te leren werken met DNA informatie.
De eerste 4 weken van de cursus hebben als thema Genoomopbouw en –
regulatie. In dit eerste blok zullen ook twee debatten (in de vorm van een
rechtszaak) georganiseerd worden over onderwerpen gerelateerd aan dit thema.
Het eerste blok zal worden afgesloten met een tentamen.
Het tweede blok van 6 weken staat in het teken van analyse, evolutie en
functie van genomen. Hier worden de methoden van genoom-sequencing
besproken en is er veel aandacht voor comparative genomics en genoomevolutie.
De beschikbaarheid van genoom-sequenties maakt het mogelijk om alle genen in
organismen te bestuderen. We behandelen expressie van het genoom,
interactienetwerken en functional genomics, wat erop gericht is om de
biologische functie van genen in het genoom te bepalen. In een gastcollege zal
het Personal genome of $1000 genome worden besproken en is er een
discussie over dit onderwerp.
Een belangrijke onderdeel van dit blok is het schrijven van een werkstuk
over nieuwe inzichten in genoomevolutie die zijn verkregen door het beschikbaar
komen van nieuwe genoomsequenties. Hierbij komen alle tot dusverre
behandelde aspecten van de cursus terug. Naast het schrijven van het werkstuk
beoordeel je samen met je groep (van 4 studenten) het werkstuk van een
andere groep en stel je kritische vragen tijdens de verdediging van het werkstuk.
In de laatste week van de cursus is er tijd voor zelfstudie en is er een afsluitend
tentamen.
Blackboard
Blackboard is een belangrijk hulpmiddel tijdens de cursus. Hierop staat alle voor
de cursus nodige informatie.
Toetsing
Actieve deelname aan de computeropdrachten is verplicht. De maandagcolleges
zijn hiervoor onontbeerlijk. De beoordeling vindt plaats door twee schriftelijke
toetsen (60%, het gemiddelde moet voldoende zijn om de cursus te halen en
boven de 4 om de cursus te mogen herkansen), het voeren van het debat
(10%), en het werkstuk met de bijbehorende peer-review en verdediging (30%).
Studiemateriaal
─ Een reader met primaire literatuur in de vorm van artikelen en review
verhalen
─ Toegang tot het internet
88

Periode 1, cursussen niveau 3
LANDSCHAPSECOLOGIE EN NATUURBEHEER
Dit is een profileringscursus voor studenten vanaf cohort 2010-‘11
Coördinator:
dr. A. Barendregt
tel: 030-253 1887
e-mail: Ha.barendregt@geo.uu.nl H
Docenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
Capaciteit:
dr. A. Barendregt, Ha.barendregt@geo.uu.nl
en anderen
GEO3-2140
7½
D (A+D)
max. 20 biologiestudenten
Ingangseisen
Elementaire kennis van systeemecologie en ecologische theorieën, bijv. uit
cursus Introductie Ecologie of Inleiding Milieuwetenschappen (GEO1-2101);
neem bij twijfel contact op met de docent.
Studiepad
De studiepaden Environmental Biology (Ecologie en Biogeologie).
Inhoud
Landschap Ecologie is een relatief jonge wetenschap die de geografie en de
biologie verbindt en die de relaties onderzoekt in patron en process op een
landschapschaal, en hun gevolgen voor ecosystemen. Ruimtelijke variatie in
landschappen op verschillende schaalniveaus wordt beïnvloed door natuurlijke
processen en menselijke verstoring. Hierdoor behandelt het onderzoek in de
landschappen de aspecten van abiotiek, biotiek en cultuur. Transport via het
water, lucht and vaste stof naast verspreiding van dieren en planten het
landschap en hoe de mens in deze processen ingrijpt, zijn alle onderwerp van
studie in de landschapsecologie. Ecohydrologie is een landschapecologische
specialisatie die zich richt op de invloed van hydrologische processen op
ecosystemen. Natuurbescherming heeft zich geleidelijk de laatste decennia
ontwikkeld van een beschermingsuitgangspunt naar een aanpak waarin
restauratie en ontwikkeling van nieuwe natuurgebieden een belangrijke rol
spelen. In deze benadering is het belangrijk te analyseren wat de essentiële
landschapsecologische sturende krachten zijn.
In deze cursus zal geleerd worden hoe het landschap bestudeerd moet worden,
hoe functionele processen in het landschap en in ecosystemen verbonden zijn en
beschermd kunnen worden en hoe verstoorde systemen hersteld kunnen worden.
Voorbeelden uit Nederland en uit het buitenland worden gebruikt om de theorie
en de praktijk in landschapsecologie en hydro-ecologie verder te illustreren.
In de eerste helft van de cursus zullen we de vroegere en huidige ontwikkelingen
in landschapsecologie onderzoeken. Vervolgens wordt er verder ingegaan op de
89

Periode 1, cursussen niveau 3
ruimtelijke ecohydrologische relaties in het landschap en tevens hoe processen
op landschapschaal het functioneren van ecosystemen beïnvloeden (water en
nutriënten kringloop, bodem chemie die de beschikbaarheid van nutriënten
beïnvloedt, competitie en successie in ecosystemen, biodiversiteit van
ecosystemen). Het derde deel van de cursus zal zich concentreren op de
natuurbescherming. De effectiviteit van intern en extern beheer voor
bescherming en restauratie zal betoond worden gedurende veldbezoeken.
Tenslotte zullen de problemen en mogelijkheden in (internationale)
natuurbescherming gegeven worden in de context van duurzame ontwikkeling.
Verschillende gastsprekers zullen een gastcollege verzorgen.
Leerdoelen
─ Verdere ontwikkeling van en toepassing van de kennis over de relatie tussen
biologie, (eco)hydrologie en bodem wetenschappen binnen
landschapsecologie.
─ Het begrijpen van de ruimtelijke verbindingen en functies in het landschap van
de stroming van water en de verspreiding.
─ Inzicht verkrijgen in de implementatie van kennis in bescherming en
restauratie projecten en beleid voor landgebruik planning; en het leren de
effectiviteit van restauratiemaatregelen in te schatten.
─ Ingevoerd worden in het internationale debat over natuurbescherming in
relatie tot toekomstige ontwikkelingen en duurzame ontwikkeling.
Onderwijsvormen
De cursus wordt vanaf September 2008 in het Nederlands gegeven en bestaat uit
colleges, computerpractica, excursies, verslag schrijven, mondelinge presentaties
en zelfstudie
Toetsing
Twee examens (55%), individueel geschreven paper (30%), mondelinge
presentatie en medewerking verlenen aan de werkgroepen en excursies (15%).
Studiemateriaal
Reader, wetenschappelijke artikelen, handouts
90

Periode 1, cursussen niveau 3
PALEOKLIMATOLOGIE-PALEOECOLOGIE (AW)
Dit is een profileringscursus voor studenten vanaf cohort 2010-‘11
Coördinator:
Docenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
dr. L.J. Lourens
Gebouw Aardwetenschappen,
Budapestlaan 4
kamer N.314, tel.: 030-253 5173
e-mail: Hllourens@geo.uu.nl H
dr. L.J. Lourens
dr. W.M. Kürschner, Hw.m.kuerschner@uu.nl H
GEO3-1329
7½
A
Ingangseisen
Geen
Aanmelding
bij Aardwetenschappen via OSIRIS-student.
Studiepad
De cursus is onderdeel van het thematische studiepad Aarde, Klimaat en Leven
van de Bacheloropleiding Aardwetenschappen, Faculteit Geowetenschappen. De
opgedane kennis van de niveau-2 cursussen Sedimentaire Systemen (GEO2-
1208, periode 3) wordt als bekend verondersteld. De cursus wordt aanbevolen
voor de niveau-3 cursus Paleoceanografie (GEO3-1318), het programma Earth,
Life and Climate van de Masteropleiding Earth Sciences en de Masteropleiding
Environmental Biology.
Leerdoelen
Kennis en inzicht verschaffen van de principes welke van belang zijn voor het
beschrijven en reconstrueren van klimaat- en milieuveranderingen in het
verleden.
Inhoud
In de cursus wordt ingegaan op trends, cyclische en abrupte veranderingen in
het klimaat van de afgelopen 65 miljoen jaar en hun oorzaken. De volgende
onderwerpen komen aan de orde: klimaatarchieven, data, modellen, geologische
tijd, astronomische cycli (ijstijden en de moesson), relatie tussen
(plaat)tektoniek en klimaatveranderingen, invloed van klimaatveranderingen op
het functioneren van ecosystemen. Er zal in het bijzonder worden ingegaan op
de vraag hoe we met behulp van micro- en macrofossielen uit zowel mariene als
terrestrische milieus klimaatsveranderingen kunnen reconstrueren.
Werkvormen
Colleges, computerpractica, presentaties en samenvatting. Tijdens de computer
practica zullen de studenten in kleine groepjes van 2 a 3 personen met een
aantal statistische programma’s gaan werken, die veelvuldig worden toegepast
binnen disciplines zoals de paleoecologie, (paleo)zoologie, (paleo)botanie,
91

Periode 1, cursussen niveau 3
palynologie, (micro)paleontologie, biogeochemie (inclusief stabiele isotopen),
stratigrafie, astronomie, en meteorologie. Met behulp van multivariate
statistische methodes leren studenten kwantitatieve fauna en flora datasets te
interpreteren. Daarnaast wordt er ruime aandacht besteed aan spectraalanalyse
methodes om cyclische veranderingen in het klimaat te kunnen ontdekken.
Speciale aandacht gaat uit naar de ontwikkeling van ijstijden over de laatste 3
miljoen jaar en de vorming van sapropelen in de Middellandse Zee. Tevens zal er
tijdens een aantal computer practica gebruik gemaakt worden van bladrand
gegevens om temperatuurveranderingen over miljoenen jaren in het verleden te
kunnen reconstrueren. Tot slot zal er ook met een eenvoudig energie balans
model worden gewerkt. Aan het einde van de cursus zullen de studenten in
kleine groepjes een powerpoint presentatie van ongeveer 10-20 minuten geven,
die door de zijn/haar medestudenten zal worden beoordeeld. De keuze van het
onderwerp is vrij, maar moet gerelateerd zijn aan de inhoud van de cursus en
gebaseerd zijn op 2 tot 5 wetenschappelijke artikelen. Daarnaast maakt iedere
student ook een samenvatting van de practica en twee wetenschappelijke
artikelen.
Toetsing
Het eindresultaat is gebaseerd op het gemiddelde van de tussentoets (30%),
eindtoets (40%), samenvatting (10%) en presentatie (20%). Geslaagd indien
resultaat >5.5. Bij een 4 of 5 volgt een reparatieopdracht. Indien voldoende
wordt de cursus alsnog met een 6 afgesloten.
Studiemateriaal
Het Engelstalige tekstboek: "Earth’s climate: Past and Future" van W.F.Ruddiman
(ISBN 0716737418).
92

Periode 3, cursussen niveau 3
Periode 2, niveau 3 cursussen
COMPUTATIONELE BIOLOGIE
Computational biology
Coördinator/docent:
mw.prof.dr. P. Hogeweg
Onderzoeksgroep Theoretische Biologie
H.R.Kruytgebouw, Padualaan 8
kamer Z503, tel.: 030-253 3692
e-mail: Hp.hogeweg@uu.nlH
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
B-B3COMB10
7½
B+C
Deze cursus wordt gegeven in het Engels.
Ingangseisen
Verplichte voorkennis is de eerstejaars cursus Systeembiologie. Sterk
aanbevolen wordt om voorafgaande de cursus de niveau 2 cursus theoretische
ecologie te volgen.
Studiepad
De cursus Computationele biologie bied je een sterke theoretische ondersteuning
in de studiepaden Moleculaire levenswetenschappen en Organismen,
ecosystemen en biodiversiteit.
Leerdoelen
Computational Biology uses computer modeling to investigate biological
problems. The course teaches a variety of modeling techniques and techniques to
analyse the model behaviour. Moreover biological theory obtained by
computational modeling is examined.
Inhoud
During the course, the emphasis will be on composing exact models, based on
specific hypotheses. The models are analyzed, the results yielding insights in the
original biological system. The models that are studied address fundamental
questions from a variety of biological fields, among which:
– Evolutionary dynamics
─ eco-evolutionary dynamics and spatial pattern formation,
─ host-pathogen co-evolution,
─ genome evolution, e.g. interaction between gene regulation and evolution,
─ evolution of complexity, robustness and evolvability.
– Developmental dynamics (from genes to organisms) (plant and animal models
will be used)
93

Periode 3, cursussen niveau 3
─ pattern formation,
─ cell differentiation,
─ morphogenesis and mechanical interactions between cells,
─ EVO-DEVO (evolution of development).
– Network dynamics)
─ gene regulation and metabolic networks,
─ RNA interference.
– Behaviour
─ behavioral self-structuring through local interactions,
─ interface between learning and evolution.
(Spatial) pattern formation and emergent properties are common themes
emphasised in all these areas and the related general theory is introduced as a
separate module.
A number of different model formalisms are used, namely:
– non-linear differential/difference equations (ODE and MAPs),
– reaction Diffusion Systems (PDE),
– Cellular automata machines,
– event based models,
– individually oriented models,
– evolutionary computation,
– hybrid models using several combinatiions of the above formalisms.
Analysis tools include bifurcation analysis, sensitivity analysis, and various
pattern analysis techniques.
Werkvormen
A typical day starts with lectures, followed by computational modeling excercises.
Literature will be handed out related to the computer excercises , and at the end
of the course, literature seminars are given by the students.
Toetsing
The student's final mark is based on the exam and the litterature seminar.
Studiemateriaal
─ Practicum handleidingen, sheets en literatuur,
─ Op de computers maak je gebruik van LINUX.
94

Periode 3, cursussen niveau 3
MARIENE WETENSCHAPPEN 2: ‘Oceans of the Future’
Marine sciences 2: ‘Oceans of the Future’
Coördinator:
Docenten:
dr. Francesca Sangiorgi
Mariene Palynologie
LPP; Gebouw ‘Aardwetenschappen’
Budapestlaan 4, 3584 CD Utrecht
Kamer Z310, tel.: 030-253 2419
e-mail: f.sangiorgi@uu.nl
secretariaat: m.mullen@uu.nl; tel. 030-253 2629
H
dr. Corina Brussaard (corina.brussaard@nioz.nl)
dr. Katja Philippart (katja.philippart@nioz.nl)
dr. Lennard de Nooijer (nooijer@geo.uu.nl)
dr. Gert-Jan Reichart (reichart@geo.uu.nl)
dr. Appy Sluijs (a.sluijs@uu.nl)
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
B-B3MSCI05
7½
B+C
Ingangseis
Het volledig gevolgd hebben van de cursus Mariene wetenschappen 1 is als
ingangseis verplicht.
Studiepad
Deze cursus is van belang voor studenten die het studiepad Organismen,
ecosystemen en biodiversiteit volgen en vooral hierin de track Environmental
Biology - Biomarine Sciences. Ook voor studenten die het studiepad Educatie,
communicatie en beleid volgen, kan dit een waardevolle cursus zijn.
Leerdoelen
Toenemende CO 2 concentraties en klimaatverandering resulteren in oceanen in
verzuring, opwarming en zuurstofgebrek. In deze niveau 300 cursus vergaart de
student inzicht in de processen die deze veranderingen teweeg brengen. Verder
maakt de student kennis met belangrijke groepen mariene organismen en de
manier waarop hun voorkomen en hun fysiologie verandert als gevolg van de
fysisch-chemische veranderingen; in het heden en verleden via de studie van de
“fossil record”. Hierbij vergaar je:
─ een inzicht in de fysische en chemische processen die op dit moment aan
verandering onderhevig zijn in de oceanen en die opwarming,
oceaanverzuring en anoxia (zuurstofloosheid) tot gevolg hebben,
─ inzicht in de fysiologie van organismen in zeewater,
─ fysiologische kennis van de belangrijkste groepen virussen, macrobenthos,
koralen, pro- en eukaryotisch fyto- en zooplankton, en hun rol in mariene
ecosystemen,
─ inzicht in de manier waarop veranderende fysisch-chemische omstandigheden
in de oceaan de fysiologie van de belangrijkste groepen/soorten beïnvloedt,
─ overzicht van de complexiteit in de respons van ecosystemen op verzuring,
opwarming en anoxia,
95

Periode 3, cursussen niveau 3
─ kennis en actuele vragen rond soort- en ecosysteemrespons tijdens perioden
van oceaanverzuring en anoxia in het geologisch verleden.
Vaardigheden
─ selecteren, analyseren en verwerken van complexe literatuur,
─ uitvoeren korte onderzoekscyclus in groepsvorm, inclusief literatuur en
presentatie,
─ systematische benadering problemen; kritisch denken,
─ mondelinge & schriftelijke rapportage (Engels),
─ wetenschappelijke discussie in groepsniveau en op een minicongres,
─ omgaan met complexe mariene ecosystemen,
─ denken op biologische en geologische tijdschalen.
Inhoud
Voortbouwend op de introductie cursus Marine Sciences (I) zijn de hoofdthema’s
in deze cursus Future Oceans: 1. Verzuring, anoxia (zuurstofloosheid) en
opwarming van de oceanen en randzeeën, 2. de belangrijkste groepen
organismen in de oceaan, 3. De fysiologische en ecologische respons van deze
groepen op de veranderingen in de oceaan, 4. Biotische respons ten tijde van
analoge veranderingen in het geologisch verleden
Na een beknopte inleiding, volgen de modules (van één of meerdere weken):
(1) veld werk/excursie,
(2) niet-calcificerende organismen
2.1 dinoflagellaten en diatomeeën
2.2 bacteriën
2.3 virussen
2.4 archaea
(3) calcificerende organismen
3.1 coccolithoforen
3.2 foraminiferen
3.3 koralen
3.4 macrobenthos
(4) paleo-oceaanverzuring en -anoxia
(5) studenten doen in groepjes literatuuronderzoek naar van tevoren
gedefinieerde onderwerpen, onder begeleiding van een docent. Tijdens een
congres worden de resultaten gepresenteerd.
Werkvormen
(Werk)colleges, practica, discussie, presentaties, essays (Engels)
Toetsing
De cursus is voldoende afgerond indien een voldoende is behaald voor
(1) ‘presentatie’ tijdens het congres en
(2) het tentamen over de gehele stof.
Het eindcijfer wordt bepaald in de verhouding 1:3, met maximaal één maal een
5.
Actieve deelname aan alle hoorcolleges en werkgroepen is verplicht, en
opdrachten/uitkomsten worden gecontroleerd.
Studiemateriaal:
Literatuur wordt tijdens de cursus aangeboden, o.a. via webCT.
96

Periode 3, cursussen niveau 3
MILIEUVERANDERING DOOR DE TIJD
Environmental Change: past, present and future
Coördinator:
Docenten:
mw.dr. F. Wagner,
Onderzoeksgroep Paleoecologie,
Gebouw Aardwetenschappen,
kamer W324 tel.: 030- 253 2636
H
dr. O. Heiri, Ho.heiri@uu.nl
prof. dr. A.F. Lotter, Ha.f.lotter@uu.nlH
mw.dr. F. Wagner, Hf.wagner@uu.nl
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
B-B3ENVCH
7½
B+C
Deze cursus wordt in het Engels gegeven.
Ingangseisen
De cursus Inleiding in de paleoecologie of Paleobiologie van planten wordt sterk
aanbevolen. Deze cursus kun je NIET volgen als je de cursus Continentale en
atmosferische systemen (COATSYS) hebt gevolgd.
Studiepad
Deze cursus is onderdeel van het studiepad Organismen, ecosystemen en
biodiversiteit en voor studenten met belangstelling voor biogeologie een
kerncursus.
Leerdoelen
Aan het einde van de cursus kun je:
milieuomstandigheden (klimaat, CO2, nutrienten, menselijke invloed) in het
heden begrijpen en in het verleden reconstrueren
morfologische kenmerken van palaeoecologisch belangrijke fossielgroepen
(pollen, sporen, macroscopische plantenfossielen, diatomeeën, chironomiden,
coleoptera) herkennen,
met palaeoecologische methodieken kenmerken van sedimentaire archieven
bepalen en interpreteren,
kwantitatieve palaeoecologische analyses (als pollen influx, stomata dichtheid
analyses, ordinatie) en milieureconstructies uitvoeren
Vaardigheden
─ Data genereren en verwerken, gegevens op grafische wijze presenteren,
─ mondelinge en schriftelijk presenteren/rapporteren (in het Engels),
─ statistische bewerkingen van gegevens uitvoeren (ordinatie, classificatie,
regressie),
─ beeldanalyse
97

Periode 3, cursussen niveau 3
Inhoud
In deze cursus leer je hoe continentale (aquatische en terrestrische)
ecosystemen functioneren en hoe en waarom ze in het verleden verandert zijn.
In deze cursus bestudeer je onderwerpen op het gebied van de palaeoecologie
(palynologie, paleobotanie en paleolimnologie). Centraal staat de wisselwerking
tussen de biosfeer – geosfeer/hydrosfeer – atmosfeer in samenhang met milieuen
klimaatsveranderingen in het verleden, heden en de toekomst. Je leert op
verschillende tijdelijke en ruimtelijke schalen te werken. Uitgaande van moderne
processen gaan we verder in de tijd terug om de relatie tussen milieu en
ecosystemen te bestuderen.
De cursus bestaat uit 3 onderdelen, elk met een ander aspecten van het
palaeoecologisch onderzoek:
Deel 1: Zoetwater, klimaat en mens (limnologie, paleo-limnologie)
De studie van de ontwikkeling van aquatische ecosystemen op schaalverdelingen
van jaren tot millennia leren ons de basis vast te stellen die nodig
zijn om de definitieve condities van waterkwaliteit en natuurbehoud te definiëren.
De cursus zal zich concentreren op de studie van dans-muggen (chironomiden)
en kiezelwieren (diatomeeën) als uitstekende indicatoren van milieuveranderingen
in aquatische ecosystemen.
Practicum: Kwalitatieve en kwantitatieve reconstructie van
milieuomstandigheden (klimaat, nutriënten) d.m.v. analyses van
meerafzettingen.
Deel 2: Planten, CO2 en klimaat (fysiologie, paleofysiologie)
De functionele anatomie van vegetatieve organen stelt ons in staat om de
verleden atmosferische milieucondities te onderzoeken. Fossiele bladeren worden
gebruikt als bio-indicatoren om CO2 concentratie en neerslag patronen in het
verleden te onderzoeken. Stabiele isotopenanalyse (C) wordt besproken als een
additionele informatiebron voor de historische groeicondities.
Practicum: reconstructie van het atmosferisch CO2 gehalte in het verleden
d.m.v. stomata en epidermale cellenanalyse aan (sub)fossiele bladeren.
Deel 3: Vegetatie, klimaat en mens (paleoecologie)
In dit gedeelte worden de principes van pollenanalyse (palynologie)
geïntroduceerd met als basis morfologie en productie- en
verspreidingsmechanismen van pollen en sporen. De nadruk ligt op de
kwantitatieve pollenanalyse als een instrument voor de reconstructie van de
locale en regionale vegetatiegeschiedenis en als basis voor de interpretatie van
milieuveranderingen in het verleden.
Practicum: Reconstructie van vegetatieontwikkeling en milieuveranderingen sinds
het einde van de laatste ijstijd met gebruik van sedimenten.
Werkvormen
Naast meer individueel onderwijs in de vorm van colleges, werkcolleges,
microscopische practica, computerpractica, werk je in groepen van 2-15
studenten aan opdrachten. De opdrachten resulteren in mondelinge presentaties
en schriftelijke verslagen (in het Engels).
98

Periode 3, cursussen niveau 3
Toetsing
Het eindcijfer wordt samengesteld uit de onderdelen:
─ twee schriftelijk verslagen (ieder 1/10) over de practicaprojecten,
─ een posterpresentatie en abstract (1/10),
─ een mondelinge presentatie over een Global Change onderwerp (15-20
minuten) (1/10),
─ een mondelinge presentatie (5-10 minuten) over een opdracht (voorwaarde
voor de toelating tot het eindtentamen),
Voor alle onderdelen is meer dan een 4 nodig om te worden toegelaten tot het
eindtentamen,
het eindtentamen (6/10).
Studiemateriaal
─ WebCT waarop de PowerPoint presentaties van de colleges,
literatuur,opdrachten, rooster, computerpractica etc. als pdf’s verkrijgbaar
zijn.
99

Periode 3, cursussen niveau 3
ORIËNTATIE OP DE COMMUNICATIEVE EN EDUCATIEVE
PRAKTIJK (OCEP)
Orientation on Communication and Education
Coördinator:
Docenten:
drs. A.H. Mooldijk
Buys Ballotlaboratorium,
Princetonplein 5,
Kamer 052A, tel.: 030-253 1181/1179
e-mail: Ha.h.mooldijk@uu.nl H
mw.drs. E.P.H.M. de Bakker, dr.ir. A. Alblas,
drs. J.J.S. Broertjes
contactpersoon:
voor periode 2: drs. A.H. Mooldijk;
voor periode 3: mw.drs. E.P.H.M. de
Bakker He.p.h.m.deBakker@uu.nlH
Cursuscode:
Studiepunten:
B-B3OCEP05
7½
Timeslot: B+C (in periode 2 en in periode 3)
Capaciteit:
max. 20 studenten per cursus
Ingangseis
Je hebt de eerste- en tweedejaars cursussen van de major Biologie afgerond.
Deze cursus is niet toegankelijk voor studenten van andere opleidingen. (Voor de
overige bètaopleidingen wordt een identieke cursus aangeboden met cursuscode
NS-390BP)
Aanmelden
De cursus wordt tweemaal gegeven: eenmaal in periode 2 en eenmaal in periode
3.
LET op:
Bij de aanmelding voor deze cursus moet je aangeven welke stage je wilt volgen:
C-stage (communicatie) of E-stage (educatie, op school).
Dit kun je NIET doen via OSIRIS-student (is technisch niet mogelijk). Geef je
voorkeur aan op het tweedekeuze formulier dat je kunt krijgen bij de
studentenbalie of halen van de
website Hhttp://www.uu.nl/opleiding/studerenopleiding/ H.
Studiepad
De cursus past binnen alle studiepaden van Biologie, is voorbereidend op het
masterprogramma SEC, is verplicht voor de lerarenopleiding (Science Teacher
Education binnen het masterprogramma SEC) en is onderdeel van de educatieve
minor. Meer info op: Hhttp://www.cdbeta.uu.nl/studeren/bachelorH.
100

Periode 3, cursussen niveau 3
Leerdoelen
Na afloop van deze cursus heb je:
kennis gemaakt met elementaire aspecten van communiceren,
─ geleerd hoe je planmatig een les of communicatieactiviteiten kunt
voorbereiden, uitvoeren en evalueren,
─ kennis verworven over het omgaan met specifieke doelgroepen, het inspelen
op voorkennis en motivatie van deze doelgroepen en het toepassen van
geschikte werkvormen,
─ je georiënteerd op je eigen en andermans opvattingen over leren en
onderwijzen,
Met deze kennis en vaardigheden heb je:
─ een ruimer overzicht verkregen van de diverse CE-werkvelden (Educatie, E:
leraar, Communicatie, C: museummedewerker, medewerker
veldstudiecentrum, medewerker wetenschapscommunicatie),
─ inzicht verkregen in je eigen functioneren in een CE-werkveld: 'Kan en wil ik
dat? Hoe is het om voor de klas te staan of in een communicatief beroep
werkzaam te zijn?'
Vaardigheden
Je hebt in de cursus geleerd
─ hoe je je kunt voorbereiden op een stage in zo’n werkveld,
─ hoe je elkaar feedback kunt geven op de uitgevoerde werkzaamheden, en
─ hoe je samen met andere studenten kunt reflecteren op je stage-ervaringen.
Inhoud
In deze cursus maak je een perspectiefwisseling mee: van deelnemer aan naar
ontwerper van onderwijs en communicatieve activiteiten. In deze cursus kom je
als student dus in een andere rol: degene die in samenwerking met anderen
communicatie en/of onderwijs inhoud en vorm geeft. In deze cursus evalueer je
of het beroep van leraar, medewerker communicatie, voorlichter,
wetenschapsjournalist, etc. een gewenste keuze is. De cursus gaat in op vragen:
'Hoe voelt het om voor de klas te staan, hoe is het om bij een science museum
te werken, producten voor Natuur- en Milieu educatie te maken, of
Gezondheidsvoorlichting te geven? Kan ik dat? Wil ik dat? Wat kan ik al, en wat
moet ik nog leren?'
In deze cursus worden instituutsbijeenkomsten afgewisseld met stageactiviteiten
in een CE-werkveld (Educatie, E: school, of Communicatie, C: science
museum, NME centra, etc). Je bent tijdens de cursus slechts op één stageadres
werkzaam, maar door de uitgebreide aandacht voor elkaar tijdens de
voorbereiding en de reflectie op stage-ervaringen wordt je perspectief op het CEwerkveld
verbreed.
Tijdens de instituutsbijeenkomsten plan je je stagewerkzaamheden zodat je
planmatig een les of een andere communicatieactiviteit kunt voorbereiden,
uitvoeren en evalueren. Daarbij leer je elkaar feedback te geven, zodat je elkaar
kunt ondersteunen bij het functioneren op de stageplek. Tijdens de werkcolleges
is er ruim de mogelijkheid om te oefenen met behulp van simulaties. Het is
belangrijk daarbij rekening te houden met de doelgroep: voor wie is het
onderwijs, wie zijn de bezoekers van het science museum, of voor wie wordt het
NME-lespakket gemaakt? Het onderwijs, de communicatie moet aansluiten bij
wat de doelgroep al weet of herkent, en wat de doelgroep aanspreekt. Op deze
manier komen vakdidactische theorieën over leer- en communicatieprocessen,
leerlingen/lekendenkbeelden en activerende werkvormen aan de orde.
101

Periode 3, cursussen niveau 3
Aan het eind van de cursus vindt een uitgebreide uitwisseling van stageervaringen
plaats door over je werk te presenteren, elkaar vragen te stellen en
lkaar feedback te geven.
Werkvormen
Werkcolleges, stage en stageopdracht
Toetsing
Aanwezigheid en groepsinzet zijn voorwaardelijk voor toetsing; De stageopdracht
(per groep) moet voldoende zijn afgerond.
De beoordeling vindt plaats op grond van een schriftelijk persoonlijk leerverslag
en de beoordeling van de begeleiders van de stage-instelling. Deze beoordeling
wordt in een eindgesprek besproken.
Studiemateriaal:
Reader: deze wordt aan het begin van de cursus tegen kostprijs verstrekt.
102

Periode 3, cursussen niveau 3
TROPISCHE ECOSYSTEMEN EN KLIMAAT
Tropical ecosystems and climate
Coördinator:
Docenten:
dr. Marijke van Kuijk
Onderzoeksgroep Ecologie en Biodiversiteit
H.R. Kruytgebouw, kamer N304, tel.: 030–253 6846
e-mail: m.vankuijk@uu.nl
dr. Marijke van Kuijk (Prins Bernhard Leerstoel, Ecologie en
Biodiversiteit)
dr. Björn Robroek (Ecologie en Biodiversiteit)
dr. Mariet Hefting (Ecologie en Biodiversiteit)
prof. dr. William F. Laurance (Prins Bernhard Leerstoel)
Gastdocenten
Ingangseisen
De cursus bouwt voort op de kennis van de niveau 1 cursussen Plantenbiologie
en Ecologie en (vanaf studiejaar 2012-’13) de nieuwe niveau 2 cursus
Natuurbeheer, Duurzaamheid en Plantendiversiteit.
Uitsluiting
Vanwege overlap hebben studenten die de cursus Planten en
Klimaatsveranderingen hebben gevolgd, GEEN toegang tot deze cursus.
Studiepad
De cursus is onderdeel van het studiepad Organismen, Ecosystemen en
Biodiversiteit. De cursus sluit aan bij de niveau 3 cursus Biodiversiteit en
Landschap.
Doel
Het doel van de cursus is je te laten zien dat een goede ecologische kennis en
onderzoeksvaardigheid bijdraagt aan het analyseren en oplossen van belangrijke
wereldproblemen, met als voorbeeld klimaatverandering.
Inhoud
Een van de grote problemen waar de mensheid voor staat is klimaatverandering
(het oplopen van de temperatuur en de verandering van regenvalpatronen).
Vooral door het verbranden van fossiele brandstoffen, het omhakken en
verbranden van tropische bossen, en het verstoren van wetlands, komt er steeds
meer CO2 in de atmosfeer wat leidt tot opwarming. Het is onze overtuiging dat
goed onderlegde ecologen een belangrijke bijdrage kunnen en zullen gaan
leveren aan het in kaart brengen van dit probleem en het oplossen ervan. We
richten ons in deze cursus vooral op tropische bossen omdat deze het meest
divers zijn maar ook het meest bedreigd worden, o.a. door grootschalige
landgebruikverandering, en omdat tropisch bos een grote rol speelt in mitigatie
van de effecten van klimaatverandering. Wij behandelen in deze context drie
onderwerpen.
103

Periode 3, cursussen niveau 3
1. De reactie van planten op klimaatverandering
Voor planten zijn daarbij vooral van belang de toename van de CO2
concentratie, de stijging van de temperatuur en verschuivingen in de
neerslag. We laten zien hoe een goede ecofysiologische kennis je in staat stelt
dit thema te onderzoeken.
2. De rol van vegetatie in de regulatie van het klimaat
Door CO2 opname kunnen planten de opwarming van het klimaat afremmen.
Maar hoe veel CO2 nemen verschillende vegetatie types op en hoe zal dit in
de toekomst veranderen? We laten jullie zien hoe je hier schattingen van kunt
maken. We zullen ook ingaan op andere CO2 gerelateerde aspecten zoals
biofuels en REDD+. Tevens komen hier zgn tipping points aan bod; veel
ecosystemen hebben nu een belangrijke klimaatregulerende functie maar
klimaatverandering kan dit plotseling om laten slaan.
3. De invloed van klimaatveranderingen op soorten diversiteit en
functioneren van het ecosysteem
Klimaatveranderingen zullen grote gevolgen hebben voor de verspreiding van
soorten. Sommige studies voorspellen dat klimaatverandering zal leiden tot
het uitsterven van 30-40% op aarde. Hoe komt men aan een dergelijke
voorspelling en wat is de wetenschap erachter?
We zullen stapsgewijs door vragen 1 – 3 heen gaan, waarbij ook een stuk
klimatologie aan bod komt. Tevens zal de bekende Amerikaanse ecoloog William
Laurance een uiteenzetting geven van de problematiek, opgehangen aan
tropische bossen. In de eerste zes weken zal het grootste deel van de theorie
worden behandeld; dit wordt afgesloten met een deeltentamen. Tijdens de
cursus zul je zelf een computermodel gaan maken dat de koolstofdynamiek van
een opgroeiend tropisch regenwoud kan berekenen. Eerst bouw je het model op
van bladfotosynthese, via de groei en respiratie van de bomen tot aan de
opbouw en afbraak van organische stof in de bodem, om zo tot de koolstofbalans
van het hele bos te komen. Vervolgens ga je zelf met het model een eigen thema
dieper onderzoeken. Denk hierbij aan onderwerpen als de invloed van houtkap,
periodieke landbouw, biofuels of de soortensamenstelling van het bos op de
koolstofbalans. Hier schrijf je een essay over. De cursus bevat ook een aantal
colleges van gastdocenten over verschillende relevante onderwerpen uit de
praktijk. Aan het einde van de cursus volgt een onderdeel waarin (gedeeltes van)
de stof van de gastcolleges uitgebreider wordt behandeld.
Werkvormen
De theorie wordt behandeld in de vorm van hoorcolleges, werkcolleges en
computerpractica en behelst vooral de eerste 6 weken van de cursus. Dit wordt
afgerond met een theorietoets. In volgende 2 weken van de cursus maak je
onder begeleiding een computermodel; je voert simulaties uit aan de hand van
zelf te kiezen scenario en schrijf je daarover een essay. Je schrijft ook een zgn.
‘counterexpertise’ op basis van het model van een ander; in het echt gebeurt dit
bij het adviseren van overheidsinstanties ook. Het laatste deel van de cursus
bestaat uit een serie gastcolleges waarvan we bepaalde onderwerpen
uitgebreider zullen behandelen. Op welke manier we dat gaan doen wordt tijdens
de cursus bekend gemaakt.
104

Periode 3, cursussen niveau 3
Toetsing
De toetsing vindt plaats op basis van het tentamen (2/3 theorietoets en essay)
en de uitwerking van de gastcolleges (1/3). Alle onderdelen, inclusief je inzet bij
werkcollege en modelwerk, moeten echter wel voldoende zijn.
Studiemateriaal
- Reader voor de bestudering van de theorie met o.a. hoofdstukken uit Plant
Physiological Ecology van Lambers et al. (1998) en Plant Ecology van Schulze
et al (2006) en een aantal primaire artikelen.
105

Periode 3, cursussen niveau 3
WETENSCHAPPER IN BELEID
Scientist in policy
Coördinator:
Docenten:
dr. J.N.M. Dekker (Jos)
sectie Natuurwetenschap en Samenleving (NW&S)
Wiskundegebouw,
kamer 308, tel.: 030-253 9153
e-mail: j.dekker1@uu.nl j
dr. J.N.M. Dekker
mw.dr. P.A. (Pita) Verweij (NW&S), p.a.verweij@uu.nl
Cursuscode: B-B3WBEL09
Studiepunten: 7½
Timeslot: A+D
Ingangseisen
Voor de cursus gelden geen specifieke ingangseisen. Je zult veel baat hebben
van cursussen in de studiepaden ‘Organismen, ecosystemen en biodiversiteit’ en
‘Educatie, communicatie en management’.
Studiepad
„Wetenschapper in Beleid‟ is onderdeel van het studiepad ‘Educatie,
communicatie en management’ (ECM). De cursus kan ook van belang zijn voor
studenten met interesse in het adviespad ‘Organismen, ecosystemen en
biodiversiteit’ omdat de cursus een goede voorbereiding is op het
masterprogramma Environmental Biology, specialisatie Ecology and Natural
Resource Management.
Leerdoelen
In de cursus staat de rol van wetenschapper in beleid centraal. Het gaat daarbij
niet alleen om inzicht in de mogelijke rollen van wetenschappers, maar ook om
de context van het beleid zelf. In deze cursus is dat beleid het (inter)nationale
natuurbeleid.
Je bepaalt en verheldert daarbij je eigen positie in het spanningsveld tussen
wetenschap en beleid. De vaardigheden die je hierbij ontwikkelt, liggen vooral op
het terrein van kennismanagement, methodologie, communicatie (schriftelijk en
mondeling), metacognitieve vaardigheden (zoals zelfreflectie en kritiek) en
management.
Dit betekent dat je aan het eind van de cursus:
─ inzicht hebt in verschillende posities en rollen die wetenschappers kunnen
spelen in het beleid en de kansen, risico’s en verantwoordelijkheden daarvan,
─ kunt uitleggen wat de hoofdpunten zijn van het natuurbeleid in Nederland, in
de EU en mondiaal,
─ enkele methoden kunt beschrijven en illustreren om natuurbeheer in te
passen in een beleidsmatige context,
een project kunt uitvoeren (managen, presenteren en toelichten) over een
voor biologen relevant beleidsprobleem dat voldoet aan gestelde criteria.
Vaardigheden
In de cursus komen de volgende kernvaardigheden aan bod:
106

Periode 3, cursussen niveau 3
─ kennismanagement: gebruik van primaire en secundaire literatuur in een
project,
─ enkele sociaal wetenschappelijke onderzoeksmethoden,
─ het DPSIR model,
─ de beleidscyclus en managementfuncties,
─ relevantie van indicatoren voor beleidsontwikkeling en –evaluatie,
─ projectevaluatie.
Inhoud
In de cursus Wetenschapper in Beleid worden de relaties tussen natuur,
natuuronderzoek, natuurbeheer, beleid en maatschappelijke context behandeld.
De maatschappelijke context is niet alleen een omgeving voor onderzoek,
beheer, beleid e.d., hij geeft ook vorm aan natuur, door gebruik en andere
impacts, hij beïnvloedt wat we natuur noemen en hoe we deze waarderen, welke
prioriteiten we stellen in onderzoek en beleid, welke strategieën van
natuurbeheer we kiezen e.d. In het geheel van het beheer van natuurlijke
hulpbronnen kan de wetenschapper mede een beslissende rol spelen.
Aan de orde komen de natuur in Nederland, Europa en mondiaal, natuurvisies,
natuurbeleid in Nederland, EU en mondiaal, principes van natural resource
management, maatschappelijke waardering van ecologische functies, mogelijke
posities en rollen van wetenschappers in beleid (pure wetenschapper, adviseur,
advocaat, makelaar van opties), de verantwoordelijkheden van de
wetenschapper in beleid, en methodologische aspecten van management en
beleid.
Daarnaast krijgen academische vaardigheden en academische vorming aandacht.
Werkvormen
In de cursus krijg je te maken met een gevarieerd aanbod van werkvormen:
─ een serie colleges en werkcolleges,
─ in enkele werkcolleges zullen gemotiveerde studenten een belangrijke rol
spelen,
─
─
─
zelfstudie,
trainingen in vaardigheden: projectmanagement leidend tot een projectplan,
schriftelijke rapportage leidend tot een schrijfplan en een projectverslag
(rapport/artikel),
een project in een groep over een zelfgekozen probleem binnen de thematiek
en randvoorwaarden van de cursus (ca 30 dagdelen).
Toetsing
De serie colleges, werkcolleges en zelfstudie sluit je af met een schriftelijke
toets. Het project wordt beoordeeld op het projectplan, het rapport en de
presentatie.
Deze vier toetsonderdelen bepalen als volgt het eindcijfer:
─ toets: 40%,
─ project: 60% (waarvan het projectplan 20%, het projectverslag 60% en de
presentatie 20%).
Een cijfer lager dan 4 voor de toets of het project kan niet worden
gecompenseerd met andere deelcijfers.
Studiemateriaal
Cursusmap en WebCT met hand-outs van colleges en teksten/artikelen voor
zelfstudie.
107

Periode 3, cursussen niveau 3
Periode 3, niveau 3 cursussen
EUKARYOTE MICROBIOLOGIE
Eukaryotic microbiology
Coördinator:
dr. L.G. Lugones
Leerstoelgroep Microbiologie
H.R. Kruytgebouw
Kamer W402, tel.: 030-2533016
e-mail: L.G.Lugones@uu.nl
Docenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
dr. L.G. Lugones (L.G.Lugones@uu.nl)
prof.dr. H.A.B. Wösten (H.A.B.Wosten@uu.nl)
B-B3EUKA09
7½
A+D
Ingangseisen/uitsluitingen
Je kunt vanwege overlap deze cursus niet volgen als je de cursus Moleculaire
microbiologie 1 (niveau 2) of 2 hebt gevolgd.
Studiepad
De cursus is onderdeel van de studiepaden Moleculaire levenswetenschappen en
Organismen, ecosystemen en biodiversiteit. De cursus is een voorbereiding op de
masterprogramma’s Biomolecular sciences, Environmental biology en Infection
and immunity.
Leerdoelen
In deze cursus wordt het belang van eukaryote micro-organismen in de natuur
en voor de mens behandeld. Centraal staan de moleculaire mechanismen die
deze micro-organismen gebruiken om te functioneren. Daarnaast ontwikkel je
vaardigheden met betrekking tot het uitvoeren van biologisch onderzoek en het
presenteren van resultaten van je zelf of van anderen.
Aan het einde van de cursus kun je:
─ de rol van eukaryote micro-organismen in de natuur, wetenschap en industrie
aangeven en uitleggen hoe wetenschappelijk onderzoek bijdraagt tot het
begrip en uitbouwen van deze rol,
─ de moleculaire en cellulaire opbouw en mechanismen van eukaryote microorganismen
met elkaar vergelijken,
─ moleculaire technieken die gebruikt worden in het onderzoek naar microorganismen
op schrift en in de praktijk toepassen,
─ primaire literatuur over eukaryote micro-organismen analyseren en
presenteren,
─ een onderzoekscyclus verrichten,
─ je eigen onderzoek of dat van anderen mondeling presenteren en schriftelijk
samenvatten
108

Periode 3, cursussen niveau 3
Vaardigheden
─ Chemisch rekenen,
─ uitvoeren onderzoekscylus,
─ mondelinge rapportage in het Nederlands,
─ het presenteren van eigen onderzoeksresultaten aan de hand van een poster,
─ lezen wetenschappelijk artikel, verwerken literatuur.
Inhoud
Eukaryote micro-organismen zijn enorm divers. Zij behoren tot verschillende
rijken binnen het domein van de eukaryoten en zijn talrijk qua aantal soorten en
individuen. Eukaryote micro-organismen vervullen een dominante rol in de
natuur. Zo zijn zij primaire producenten, opruimers van organisch en
anorganisch materiaal, symbionten of ziekteverwekkers. Daarnaast bieden
eukaryote micro-organismen of hun componenten ons ongekende mogelijkheden
tot het gebruik in industriële processen, in de geneeskunde en bij het verbeteren
van het milieu. Kortom, bewust of onbewust voeren we dagelijks strijd met deze
micro-organismen of maken juist van hen gebruik.
Middels fundamenteel onderzoek zijn talrijke moleculaire mechanismen
opgehelderd die verklaren hoe een eukaryote micro-organisme functioneert. Het
is gebleken dat veel van deze mechanismen ook voorkomen in complexere
systemen zoals planten, dieren en de mens, waardoor eukaryote microorganismen
belangrijke modelsystemen zijn geworden voor onderzoek naar het
functioneren van de levende cel.
De cursus begint met een introductie van de eukaryote microorganismen aan de
hand van de “tree of life”. Het belang van deze organismen in de natuur en de
mens wordt behandeld. Moleculaire mechanismen die ten grondslag liggen aan
het functioneren van eukaryote micro-organismen zullen worden behandeld aan
de hand van een aantal modelorganismen die behoren tot verschillende rijken.
Hoe moleculair onderzoek wordt verricht aan eukaryote micro-organismen zal
worden uitgelegd aan de hand van methoden die worden toegepast in het
schimmelonderzoek.
Werkvormen
Hoor en werkcolleges, COO, zelfstudie, literatuuropdracht, ministage, prakticum,
posterpresentatie
Toetsing
De cursus is voldoende afgerond als een voldoende is behaald voor zowel het
tentamen, het practicum en de literatuuropdracht.
Het eindcijfer wordt bepaald door het tentamen (70%) en de beoordeling van het
practicum/ministage (30%).
Bij het tentamen kan een bonus van een half punt worden verdiend door de COO
voldoende te maken. De student krijgt een extra opdracht indien de
literatuuropdracht niet voldoende is bevonden.
Studiemateriaal
─ Het collegedictaat Eukaryote Microbiologie,
─ een labjas en een labjournaal
109

Periode 3, cursussen niveau 3
MOLECULAIRE EN CELLULAIRE BIOLOGIE
Molecular cellbiology
Coördinator/:
Docenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
Capaciteit:
dr. A.F.M. Cremers
Onderzoeksgroep Moleculaire Celbiologie
H.R. Kruytgebouw
kamer N503, tel.: 030-253 3002
e-mail: a.f.m.cremers@uu.nl
dr. P. van Bergen en Henegouwen, bergenp@uu.nl
dr. A.F.M.Cremers, a.f.m.cremers@uu.nl
dr. J.A. Post, j.a.post@uu.nl
dr. R.C.Roovers, r.c.roovers@uu.nl
B-B3MCB05
7½
A+D
max. 40 studenten
Ingangseisen
De cursus Moleculaire biologie (niveau 1) of een daarmee vergelijkbare cursus en
de cursus Signaaltransductie of Celbiologie (niveau 2). Vanwege het
experimentele karakter kun je de cursus Moleculaire celbiologie alleen volgen in
het derde jaar van je opleiding.
Studiepad
Moleculaire celbiologie wordt sterk aanbevolen voor het studiepad Moleculaire
levenswetenschappen en is essentieel voor studenten die de master Molecular
and Cellular Life Sciences (MCLS) willen volgen.
Leerdoelen
De doelstelling van deze cursus is het leren van onderzoek doen in de
Moleculaire Celbiologie. In deze cursus zullen de onderzoeksthema's cellulair
transport, celcyclus en aging aan de orde komen. Verschillende aspecten die met
dit onderzoek te maken hebben, passeren hierbij de revue.
Op het einde van de cursus ben je in staat om zelfstandig een moleculair
celbiologisch onderzoek te starten.
In het bijzonder kun je dan:
─ een onderzoeksproject opstellen en uitvoeren,
─ zelfstandig een protocol opstellen voor een experiment,
─ gegevens uit een experiment analyseren,
─ een recent artikel analyseren en presenteren aan medestudenten,
─ een onderzoeksproject opstellen en uitvoeren,
─ de resultaten van het onderzoeksproject beschrijven in een wetenschappelijk
artikel,
─ de resultaten van het onderzoeksproject presenteren.
110

Periode 3, cursussen niveau 3
Vaardigheden
─ Zelfstandig bestuderen van hoofdstukken uit het boek “The Cell” van Alberts,
─ analyseren primaire literatuur,
─ uitvoeren onderzoekscyclus,
─ planning,
─ kritisch denken, samenwerken en overleg,
─ schriftelijk rapportage van onderzoeksproject in de vorm van een
wetenschappelijk artikel.
Inhoud
In de eerste weken analyseer je in groepjes van 4 studenten een recent primair
artikel waarover je een presentatie houdt. Verder stel je een protocol op over
een fictief experiment. Dat bespreek je met de cursuscoördinator.
Daarna stel je een schriftelijk onderzoeksproject op, dat je na goedkeuring door
je begeleider uitvoert.
Je verwerkt de resultaten van je onderzoeksproject in een zelf geschreven
wetenschappelijk artikel en je geeft een presentatie over je eigen onderzoek.
Werkvormen
(Werk)college: op het college bediscussieer je met de docent en je
medestudenten vragen over bestudeerde hoofdstukken uit “The Cell”.
In groepjes van elk 4 studenten werk je aan een onderzoeksproject.
Toetsing
Bij de beoordeling van de cursus worden aan de hand van criteria en aantal
aspecten integraal meegewogen. Deze zijn:
─ meedoen aan de discussie bij de colleges,
─ literatuur opdracht,
─ presentatie literatuur opdracht,
─ maken protocol,
─ opstellen van het onderzoeksplan,
─ uitvoeren van het onderzoeksplan,
─ uitwerken van de onderzoeksresultaten,
─ verslaggeving in de vorm van artikel,
─ presentatie onderzoeksproject.
De cursus wordt niet afgesloten met een tentamen.
Studiemateriaal
Het boek “The Cell” van Alberts
Laboratoriumjas
111

Periode 3, cursussen niveau 3
ONTWIKKELINGSBIOLOGIE EN GENETICA
Developmental Biology and Genetics
Coördinator:
Docenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
mw.dr. Inge The, s.i.the@uu.nl
H.R. Kruytgebouw
prof.dr. Sander van den Heuvel, s.vandenheuvel@uu.nl
mw.dr. Inge The, s.i.the@uu.nl
e.a.
B-B3OBG05
7½
B+C
Ingangseisen
Ingangseis is de cursus Moleculaire Biologie van jaar 1 of een daarmee
vergelijkbare cursus(sen).
De cursus is geschikt voor degene die niveau 2 cursussen Ontwikkelingsbiologie
en genetica 1 en Moleculaire genetica gevolgd hebben.
Studiepad
Deze cursus is een kerncursus van het studiepad Ontwikkelingsbiologie en
genetica en past goed binnen de studiepaden Biomoleculaire wetenschappen,
Dierwetenschappen en Plantenbiologie
Leerdoelen
Tijdens het volgen van de cursus krijg je:
─ weet van de levenscyclus en de specifieke onderzoeksvoordelen van
modelorganismen voor de ontwikkelingsgenetica,
─ begrip van de principes voor de regulatie van celdeling en differentiatie tijdens
de ontwikkeling en kun je dit begrip toepassen bij de beoordeling van nieuwe
gegevens.
Je leert:
─ genen opsporen en analyseren die betrokken zijn bij ontwikkelingsprocessen,
─ bio-informatische databases op het internet gebruiken,
─ een biologisch probleem analyseren op verschillende organisatieniveaus
(moleculair, cellulair en organismaal),
─ complexe wetenschappelijke vraagstellingen formuleren en deze vertalen naar
experimenten,
─ primaire literatuur verwerken in het vakgebied van de ontwikkelingsbiologie.
Vaardigheden
─ Genetische, moleculair biologische en microscopische technieken,
─ uitvoeren van de onderzoekscyclus,
─ analyse van complexe systemen,
─ mondelinge en schriftelijke rapportage in het Engels, het gebruik van
databestanden, samenwerking en feedback geven/verwerken.
Inhoud
De rol van stamcellen in celdeling en celdifferentiatie is een zeer in de
112

Periode 3, cursussen niveau 3
belangstelling staande fundamentele vraagstelling, zowel in de
ontwikkelingsbiologie als in de geneeskunde. In deze cursus diep je met
moleculair-genetisch onderzoek de onderlinge relaties tussen deze processen uit.
Je gebruikt daarvoor modelorganismen. Bij uitstek lenen zich hiervoor de
rondworm C(aenorhabditis) elegans, de fruitvlieg Drosophila melanogaster en de
plant Arabidopsis thaliana.
Werkvormen
Hoorcolleges ter ondersteuning van zelfstudie. De zelfstudie bestaat uit het
bestuderen van primaire literatuur, individueel en per groep.
Practica illustreren hoe ontwikkelingsbiologisch onderzoek in zijn werk gaat.
Met web-interface sessies oefen je omgaan met biologische databases. Je geeft
presentaties ter oefening, verwerking en beoordeling van de geleerde stof.
Toetsing
De beoordeling van de cursus bestaat uit drie delen die samen het eindcijfer
bepalen:
─ het theoretische deel, twee tentamens in de vorm van een ‘open-boek
tentamen’. Hierbij staan vragen over een recent artikel centraal,
─ het verplichte praktische deel, afgesloten met een mini-verslag,
─ de literatuurstudie met presentaties.
Studiemateriaal
De volgende twee boeken zijn allebei nodig:
─ “Mechanisms in plant development”, Ottoline Leyser and Stephen Day;
Blackwell Publishing, ISBN 0-86542-742-9
─ “Principles of Development”, L. Wolpert, Oxford University Press, ISBN 0-19-
87921-3
113

Periode 3, cursussen niveau 3
PLANTEN, ADAPTATIE EN AFWEER
Plants, adaptation and defense
Coördinatoren:
dr. R. Pierik (Ronald)
Onderzoeksgroep Ecofysiologie van Planten
H.R. Kruytgebouw,
kamer Z305, tel.: 030-253 6838
e-mail: r.pierik@uu.nl
prof.dr.ir. C.M.J. Pieterse (Corné)
Onderzoeksgroep Plant microbe Interactions
H.R. Kruytgebouw
kamer W306, tel.: 030-253 6887
e-mail: c.m.j.pieterse@uu.nl
Docenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
dr. R. Pierik, r.pierik@uu.nl
dr. P.A.H.M. Bakker, p.a.h.m.bakker@uu.nl
prof.dr.ir. C.M.J. Pieterse, c.m.j.pieterse@uu.nl
B-B3PLAA05
7½
B+C
Ingangseisen
De cursus kun je in het tweede en derde studiejaar. Zij sluit goed aan op de
niveau 2 cursussen Plant-microbe interacties en Planten en
klimaatveranderingen.
Studiepad
Deze cursus is een kerncursus van het studiepad Environmental Biology en geeft
een goede voorbereiding voor het masterprogramma Environmental Biology, met
als mogelijke specialisatie Plant Biology.
Leerdoelen
Doel van deze cursus is te begrijpen hoe planten functioneren in, en zich
aanpassen aan, de voortdurend veranderende en vaak levensbedreigende
omgeving. In de cursus leer je op verschillende integratieniveaus de relatie
tussen signaalmoleculen, genen, en adaptieve/defensieve reacties van planten te
beredeneren en te verklaren.
Tijdens de cursus bereid je je theoretisch en praktisch voor op het opzetten en
uitvoeren van wetenschappelijk onderzoek in de Plantenbiologie. Daarbij
doorloop je een volledige experimentele cyclus.
Na afloop van de cursus kun je:
─ de karakteristieken beschrijven van verschillende vormen van abiotische
stress,
─ de belangrijkste mechanismen beschrijven van aanpassing aan abiotische
stress,
─ de karakteristieken beschrijven van verschillende vormen van biotische
stress,
─ de belangrijkste mechanismen beschrijven van afweer tegen biotische stress,
─ verklaren hoe mechanismen van adaptatie en afweer zich gedurende de
114

Periode 3, cursussen niveau 3
evolutie hebben ontwikkeld,
─ verklaren hoe externe stress-stimuli op cellulair niveau worden omgezet in
specifieke mechanismen van adaptatie of afweer,
─ de belangrijkste functies beschrijven van plantenhormonen in stress
signaaltransductie,
─ wetenschappelijke experimenten bedenken, plannen, en uitvoeren,
Vaardigheden
─ Het analyseren van wetenschappelijke publicaties,
─ aan de hand van wetenschappelijke literatuur een complex biologisch
probleem systematisch analyseren,
─ plannen en timemanagement,
─ het uitvoeren van de onderzoekscyclus,
─ resultaten interpreteren en kritisch bediscussiëren,
─ het formuleren van een onderzoeksvraag,
─ het mondeling en schriftelijk rapporteren van resultaten.
Inhoud
Planten staan onder voortdurende bedreiging van veel abiotische en biotische
stressfactoren als droogte, overstroming, beschaduwing door buurplanten,
pathogenen, herbivore insecten etc. Om te overleven hebben planten gedurende
de evolutie zeer effectieve mechanismen voor adaptatie en afweer ontwikkeld.
In de cursus stellen en behandelen we hierover de volgende vragen:
Abiotische stress
─ Hoe passen planten zich aan aan overstroming?
─ Hoe reageren planten op beschaduwing door buurplanten?
─ Hoe communiceren planten met elkaar?
Biotische stress
─ Waarom zijn sommige micro-organismen schadelijke ziekteverwekkers en zijn
andere voordelig voor een plant?
─ Hoe verdedigen planten zich tegen ziekteverwekkers?
─ Wat heeft de immuunresponse van planten gemeen met dat van mens en
dier?
Tijdens de cursus staat de individuele plant centraal, maar worden processen die
betrokken zijn bij afweer en adaptatie geanalyseerd tot op het cellulaire en
moleculaire niveau. We gaan in gaan op de volgende vragen:
─ Hoe herkent een plant een bepaalde vorm van stress en hoe wordt deze
herkenning op cellulair niveau vertaald in de juiste adaptieve of defensieve
respons?
─ Wat is de rol van plantenhormonen in deze processen?
─ De cursus bestrijkt een multidisciplinair vakgebied, waarbinnen je ecologie,
plantenfysiologie, fytopathologie, microbiologie, (bio)chemie en moleculaire
genetica geïntegreerd bestudeerd. De samenhang tussen de verschillende
integratieniveaus (molecuul, gen, cel, plant) in relatie tot het functioneren in,
en aanpassen aan, de voortdurend veranderende en vaak levensbedreigende
omgeving van planten is een belangrijk aspect van de cursus.
Werkvormen
Je krijgt hoorcolleges, werkcolleges, practica (eerste helft van de cursus) en een
eigen onderzoeksproject (tweede helft van de cursus). Je werkt tijdens de
practica en het onderzoeksproject in groepen van twee. De resultaten van de
115

Periode 3, cursussen niveau 3
practica en die van het eigen onderzoeksproject (minisymposium) presenteer je
aan je collega-studenten.
Toetsing
Actieve deelname aan practica en presentatieopdrachten is verplicht. Het
eindcijfer bestaat uit een gewogen gemiddelde van tussentoets, eind-tentamen,
practica en eigen onderzoek en wordt als volgt berekend:
Tentamen (25%), Tussentoets (25%), practica (20%) en eigen onderzoek
(30%).
Voor elk van de onderdelen moet je minimaal een 5,5 halen.
Studiemateriaal
─ Labjas
─ Practicumhandleiding
─ labjournaal
116

Periode 3, cursussen niveau 3
WETENSCHAPPER IN ADVIES
The scientist as advisor
Coördinator:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
dr. Victor Winter
Wentgebouw, kamer W140C, tel. 030 253 6985
email: v.j.winter@uu.nl
B-B3WEAD09
7½
A+D
Ingangseisen
De cursus staat behalve voor studenten biologie ook open voor studenten van de
andere bèta-bacheloropleidingen.
Studiepad
Wetenschapper in advies is een cursus die het Kennispunt Bètawetenschappen
verzorgt op verzoek van het departement Biologie. De cursus sluit vooral aan bij
het studiepad Communicatie, management en beleid.
Leerdoelen
─ Verwerven van inzicht in de interactie tussen wetenschap en samenleving,
zoals die plaats vindt naar aanleiding van vragen van externe opdrachtgevers,
─ verwerven van inzicht in theorieën en vaardigheden/technieken die belangrijk
zijn bij het doen van onderzoek voor opdrachtgevers (maatschappelijke
organisaties in het bijzonder),
─ ervaring opdoen met het uitvoeren van onderzoek voor opdrachtgevers
(maatschappelijke organisaties in het bijzonder) en met bijbehorende
kennisoverdracht,
─ ervaring opdoen met projectmatig werken in een interdisciplinair
onderzoeksteam,
─ kennis opdoen binnen het eigen vakgebied.
Inhoud
Onze (kennis)maatschappij heeft op allerlei terreinen steeds meer behoefte aan
mensen die een goed wetenschappelijk onderbouwd advies kunnen geven. In de
cursus ´De onderzoeker als adviseur´ maak je kennis met deze adviespraktijk.
Je leert hoe de vraag van een opdrachtgever wordt vertaald naar onderzoek en
hoe dat onderzoek uitmondt in een wetenschappelijk onderbouwd advies.
De vragen die externe organisaties en bedrijven aan wetenschappers voorleggen
zijn vaak breed. Ze beslaan doorgaans meer dan één discipline of specialisme,
waardoor een interdisciplinaire en projectmatige aanpak noodzakelijk is. Een
dergelijke aanpak kenmerkt deze cursus.
In deze cursus werk je in een zoveel mogelijk interdisciplinair team – idealiter
met studenten van andere bètabacheloropleidingen (hoewel dit niet altijd lukt)–
aan een onderzoeksvraag. Het gaat dus om een actuele en reële opdracht. Het
resultaat is een adviesrapport.
Je analyseert samen met andere studenten het probleem of de vraag die de
opdrachtgever heeft voorgelegd en vertaalt het naar een probleemstelling. Je
117

Periode 3, cursussen niveau 3
ontwikkelt samen met je groepsgenoten een projectplan en kiest
onderzoeksmethoden. Na het onderzoek (vaak literatuuronderzoek in combinatie
met interviews van betrokkenen) presenteer je het eindresultaat aan de
opdrachtgever. Het gaat om een integraal adviesrapport met aanbevelingen.
De cursus is gericht op leren door ervaren. Naast het groepswerk zijn er
(werk)colleges, gericht op het ontwikkelen van vaardigheden die je nodig hebt
voor het doen van adviesgericht onderzoek. Tijdens het groepswerk word je
begeleid door een projectbegeleider. Je onderhoudt contact met je opdrachtgever
en consulteert inhoudelijke experts binnen en/of buiten de universiteit.
Opbouw
De cursus wordt gekenmerkt door een diversiteit aan werkvormen waarbij
theorie en praktijk zoveel mogelijk worden afgewisseld. Er zijn hoorcolleges,
maar ook werkcolleges in de vorm van trainingen, waarbij middels opdrachten,
discussies en debatten de theorie in praktijk wordt gebracht. We leggen daarbij
zoveel mogelijk de relatie met de projectopdracht waaraan tijdens de cursus
gewerkt wordt. Andersom wordt bij het uitwerken van de projectopdracht niet
alleen praktisch gewerkt, maar ook teruggekeken naar de theorie. Er is tevens
een debatmiddag gepland waarin onder andere de onafhankelijkheid van
wetenschappers onderwerp van discussie is.
Tijdens de cursus komen de volgende thema´s en vaardigheden aan de orde
(afhankelijk van de projectopdracht):
─ opdrachtonderzoek en kennissamenleving,
─ wetenschappelijke advisering in een maatschappelijke context,
─ projectmatig werken in teams (interdisciplinair denken en samenwerken,
indelen in fasen, taakverdeling, plannen, management),
─ probleemanalyse: vertalen van het maatschappelijk probleem naar
wetenschappelijke probleemstellingen,
─ onderzoekscyclus,
─ projectplan maken, onderzoeksmethodologie, bronnenonderzoek (omgaan
met verschillende bronnen, literatuurbeoordeling),
─ communicatieve vaardigheden (vergaderen, onderhandelen, argumenteren,
interviewen, enquêteren),
─ wetenschappelijke resultaten vertalen naar maatschappelijke context,
─ rapporteren, doelgroepsgericht schrijven, presenteren (zowel mondeling als
schriftelijk).
Beoordeling
Naast een groepscijfer (75%) krijg je een cijfer voor een persoonlijke
eindopdracht (25%).
Benodigdheden
Onder voorbehoud het boek ‘Competent adviseren’ door Roel Grit en Marco Gerritsma,
Uitgever: Noordhoff, ISBN 13: 9789001380045, verkrijgbaar bij Selexyz ~20 euro.
Reader wordt uitgedeeld op de eerste dag van de cursus.
Meer informatie
Neem contact op met de cursuscoordinator, meer informatie over het Kennispunt
Bètawetenschappen op: www.science.uu.nl/kennispunt
118

Periode 3, cursussen niveau 3
PALEO-OCEANOGRAFIE (AW)
Dit is een profileringscursus voor studenten vanaf cohort 2010-‘11
(Bron van deze cursusbeschrijving: Aardwetenschappen)
Coördinator:
Docenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
dr. G.J. Reichart
Aardwetenschappengebouw
kamer W.216, tel.: 2535041
e-mail: reichart@geo.uu.nl
prof.dr. G.J. de Lange, gdelange@geo.uu.nl
dr. G.J. Reichart, reichart@geo.uu.nl
GEO3-1318
7½
A
Ingangseisen
De plaatsing wordt gedaan door Aardwetenschappen, niet door Biologie.
Studiepad
De cursus is onderdeel van het thematische studiepad Aarde, Klimaat en Leven
van de bacheloropleiding Aardwetenschappen, faculteit Geowetenschappen.
Aanbevolen zijn de niveau-2 cursussen Sedimentaire systemen (GEO2-1208,
periode 3) en Mariene wetenschappen 1 (B-B2MSCI07, periode 1) en de niveau-3
cursussen Paleoklimatologie en Paleoecologie (GEO3-1329) en Mariene
wetenschappen 2 (B-B3MSCI05).
Leerdoelen
Het doel van de cursus is om inzichten te verschaffen in grootschalige circulatie
en chemie van de oceaan en van de verspreiding en diagenese van
geochemische tracers. Deze inzichten zijn nodig om de klimatologische
informatie die opgeslagen is in mariene sedimenten te kunnen lezen en te
interpreteren.
Inhoud
Tijdens hoorcolleges komen de volgende onderwerpen aan de orde: oceaan
circulatie, upwelling, verspreiding van geochemische tracers, diagenese en
toepasbaarheid van tracers in het paleoceanografisch onderzoek (18 uur). In de
laatste 6 uur gaan we in op het verband tussen koolstof cyclus, oceaan circulatie,
en het klimaat over de laatste 70 miljoen jaar. Tijdens de practica werk je een 5-
tal probleemstellingen uit:
─ het verband tussen pCO 2 , oceaan temperatuur, en diepte van de CCD tijdens
het Krijt,
─ reconstructie van de meridionale temperatuur gradiënt tijdens het Eoceen: de
paradox van de warme polen en koele tropen,
─ effecten van sill-geometrie op residence time, zoutgehalte, en 18O van
Middellandse Zee tijdens het laat Mioceen en het globale klimaat,
─ reconstructie van de glaciale thermohaline circulatie op basis van 18 O
metingen aan biogeen carbonaat in Florida Straat,
─ periodieke zuurstofloosheid in de diepe Middellandse Zee: ventilatie, productie
of toch methaan?
119

Periode 3, cursussen niveau 3
Werkvormen
(Werk)college en (computer)practicum
Toetsing
Eindresultaat:
─ alle wc-opgaven moeten afgetekend zijn.
─ 1 tussentoets die telt voor 20%.
─ de per computerpracticum uitgewerkte opdracht wordt beoordeeld; totaal 5
beoordelingen vormt 30%,
─ eindtoets: alle behandelde stof in practicum, wc en hc en ook de stof
aangeboden via WebCT en readers. Het tentamen telt voor 50%.
Elk der onderdelen > 5.
Het toetsresultaat van practica blijft max. 6 mnd geldig.
Studiemateriaal
─ "Earth's climate" van W.F.Ruddiman (ISBN 0716737418), 75 euro
─ practicumoefeningenboek, opdrachtenbundel
─ reader (2 stuks)
─ rekenmachine
Nota Bene
Meer gedetailleerde informatie betreffende werkvorm, toets en literatuur is te
vinden in de studiewijzer (vanaf twee weken voor aanvang bij het facultair
verkooppunt).
Voor actuele roosters zie website studiepunt.
http://www.geo.uu.nl/~onderw/roosters2008/geo3-1318 (is nog rooster van
vorig jaar)
120

Periode 3, cursussen niveau 3
SEDIMENTATIE, FAUNA EN KLIMAAT (AW)
Dit is een profileringscursus voor studenten vanaf cohort 2010-‘11
(Bron van deze cursusbeschrijving: Aardwetenschappen)
Coördinator/docent:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
prof.dr. P.L. de Boer
Aardwetenschappengebouw
kamer N.304, tel.nr. 2535190
e-mail : pdeboer@geo.uu.nl
GEO3-1319
7½
C
Aanmelding en plaatsing
Via OSIRIS-student: op 29 oktober’09 nog niet bekend, waarschijnlijk vanaf 2
november ‘09
De plaatsing wordt gedaan door Aardwetenschappen, niet door Biologie.
Studiepad
De cursus is onderdeel van het thematische studiepad Aarde, Klimaat en Leven
van de bacheloropleiding Aardwetenschappen, faculteit Geowetenschappen.
Aanbevolen is de niveau-2 cursus Sedimentaire Systemen (GEO2-1208, periode
3) waarvan de opgedane kennis als bekent wordt verondersteld.
Inhoud
De cursus behandelt de genese van sediment en de wijze waarop op geologische
tijdschalen sedimentaire bekkens worden gevuld. Hierbij krijgt de architectuur
van de sedimentaire facies binnen dergelijke bekkens aandacht. Het scala van
factoren dat hierbij een rol speelt wordt behandeld. Dat betreft onder meer
biologische controle bij de productie van sediment zoals carbonaat, en ook de rol
van biologische en andere factoren bij het genereren van sediment tijdens
verwering. Transport en depositie van sediment komen aan de orde in de context
van de opvulling van (ook door tektoniek veranderende) sedimentaire bekkens.
Hierbij besteden we aandacht aan de rol van biota bij de depositie en stabilisatie
van sediment, omgekeerd aan de rol die sedimentatie speelt bij het beïnvloeden
van (mariene) ecosystemen en biodiversiteit. De externe factoren tektoniek,
zeespiegel en klimaat komen prominent aan de orde.
Korte inhoud:
─ sedimentproductie door verwering en biologische activiteit,
─ transport en opslag van sediment en de 3 D faciesverdeling in sedimentaire
bekkens in de context van tektoniek, zeespiegel, klimaat en autocyclische
factoren,
─ de impact van klastische sedimentatie op mariene ecosystemen,
─ Mariene sedimentatie onder verschillende klimaatcondities: impact van runoff
en oceanografie,
─ reconstructie van de sedimentaire geschiedenis van het Noordzeebekken
(practicum).
Werkvormen
Hoorcollege, werkcollege en en practicum
121

Periode 3, cursussen niveau 3
Toetsing
Tentamen (50%), essay (25%), practicum (25%).
Studiemateriaal
─ reader met case studies en opgaven,
─ by G. Nichols; Sedimentology and Stratigraphy, 2nd edition, 2009 (Wiley-
Blackwell; ISBN 978-1-4051-3592-4)
Nota Bene
Meer gedetailleerde informatie betreffende werkvorm, toets en literatuur is te
vinden in de studiewijzer (vanaf twee weken voor aanvang bij het facultair
verkooppunt).
122

niveau 3 cursussen, periode 4
Periode 4, niveau 3 cursussen
AQUATISCHE ECOLOGIE
Aquatic Ecology
Coördinator:
Docenten:
Cursuscode:
prof.dr. E. van Donk (Ellen)
Palaeoecology (UU)/Landschapsecologie (UU)/Netherlands Institute
of Ecology (NIOO-KNAW)
Droevendaalsesteeg 10
6708 PB Wageningen
e-mail: e.vandonk@nioo.knaw.nl
dr. E. Bakker (Liesbeth)
dr. B. Ibelings (Bas)
dr. W.M. Mooij (Wolf)
dr. B.A. Nolet (Bart)
Prof.dr. A. Lotter (Andy)
dr. M. Dorenbosch (Martijn)
B-B3AQEC05
Studiepunten: 7½
Timeslot: B+C
Capaciteit: max. 14
Let op: De cursus wordt gegeven op Nederlands instituut voor Ecologie (NIOO-
KNAW) te Wageningen.
Ingangseisen
Alleen toegankelijk voor Biologiestudenten aan het eind van studiejaar 3.
Studiepad
De cursus is voor studenten met een experimenteel wetenschappelijke interesse
en past binnen de studiepaden Dierwetenschappen, Plantenbiologie en
Biogeologie.
Leerdoelen
─ Kennis, inzicht, het kunnen opzetten en uitvoeren van een aquatisch
ecologisch onderzoek.
Vaardigheden
─ Je oefent in het opzetten, uitvoeren en afronden van een ecologisch
onderzoek in al zijn facetten.
─ mondelinge presentaties (vóór en na het onderzoek), schrijven van een
verslag in artikelvorm,
─ statistische verwerking van de onderzoeksresultaten.
Inhoud
In deze cursus krijg je een kijkje in de keuken van (aquatisch) onderzoek en de
mogelijkheid om zelf een onderzoek in de vorm van een ministage op te zetten.
123

niveau 3 cursussen, periode 4
Voorts krijg je tijdens de cursus een introductie in de aquatisch-ecologische
onderzoeken zoals deze op het Centrum voor Limnologie van het Nederlands
Instituut voor Ecologie (NIOO-KNAW) en op de Afdeling Palaeoecology (UU)
worden uitgevoerd.
Tijdens de cursus geven de onderzoekers van het Centrum regelmatig
presentaties over hun eigen onderzoek.
Je eigen onderzoek zal je (in groepjes van 2) veelal deels in het veld en deels in
het laboratorium uitvoeren.
Gedurende de eerste week van de cursus maak je kennis met het Centrum en de
verschillende methoden en technieken die je bij het onderzoek ter beschikking
staan. Dan kies je ook je onderzoeksopdracht.
De tweede week gebruik je voor het schrijven van het onderzoeksplan en de
presentatie en discussie hiervan. Daarna werk je aan je onderzoek en de
verslaglegging. De afronding van je onderzoek vindt plaats in de laatste week
van de cursus.
Werkvormen
Hoorcolleges, werkcolleges, zelfstudie, presentaties, onderzoeksproject.
Toetsing
Het eindcijfer bestaat uit: introductie en eindpresentatie (30%), wijze van
uitvoering van en mate van inbreng in onderzoek (30%), eindverslag (40%).
Voor elk van de onderdelen moet je minimaal een 5,5 halen.
Studiemateriaal
Geen studiemateriaal vooraf aan te schaffen
124

niveau 3 cursussen, periode 4
COGNITIE EN GEDRAG
Cognition and behaviour
Coördinator:
Docenten:
mw.dr. M.J.H.M. Duchateau (Marie José)
Onderzoeksgroep Gedragsbiologie
Kruytgebouw, kamer O 210
tel.: 030-253 5435
e-mail: m.j.h.m.duchateau@uu.nl
prof.dr. J.J. Bolhuis, j.j.bolhuis@uu.nl
mw.dr. M.J.H.M. Duchateau
dr. S.M. Reader, s.m.reader@uu.nl
mw.dr. E.H.M.Sterck, e.h.m.sterck@uu.nl
dr. J. de Vries, j.devries@uu.nl
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
B-B3CEG05
7½
A+D
Ingangseisen
Inleiding in de Gedragsbiologie, cursus Toegepaste biostatistiek (1) of cursus van
gelijkwaardig niveau.
Studiepad
De cursus is een kerncursus in het studiepad Gedragsbiologie, die aansluit bij de
track Behavioural Neuroscience in de master Neuroscience & Cognition en bij het
specialisatieprogramma in de master Environmental Biologie. Deze cursus is
verplicht voor studenten die het specialisatieprogramma Behavioural Ecology in
de master Environmental Biology willen gaan volgen.
Leerdoelen
Na afloop van deze cursus kun je:
─ de evolutie van socialiteit beschrijven en beredeneren,
─ de verschillende sociale strategieën beschrijven en de evolutionaire theorieën
ervan verklaren,
─ de sociale mechanismen uitleggen,
─ de verschillende cognitieve capaciteiten van organismen uitleggen en ook de
relatie leggen met het sociaal functioneren van organismen,
─ de evolutie van de hersenen en 'mind' uitleggen,
─ het verschil uitleggen tussen causale en functionele benadering, en tussen
adaptieve specialisatie (modulariteit) en 'general process view'.
Vaardigheden
─ Analyseren van primaire literatuur,
─ bedenken/synthese van wetenschappelijke methode voor een experiment op
basis van literatuur,
─ empirische cyclus uitvoeren vanaf verzamelen van observationele data tot
statistische toetsing,
─ schriftelijke rapportage (Nederlands en Engels): wetenschappelijk verslag,
essay (in het Engels) met behulp van wetenschappelijk literatuur,
125

niveau 3 cursussen, periode 4
─ inhoudelijke discussie voeren,
─ ethisch bewustzijn.
Inhoud
De cursus is een verdere verdieping van het gedeelte gedragsbiologie in de
niveau 1 cursus Biologie van dieren en van niveau 2 cursus Gedragsbiologie.
Het hoofdthema van de cursus is cognitieve mechanismen van sociaal gedrag.
Organismen kunnen leven in eenvoudige, anonieme groepen tot complexe
geïndividualiseerde gemeenschappen, met daaraan gerelateerd verschillende
sociale strategieën. Het functioneren binnen sociale groepen vereist bepaalde
cognitieve vaardigheden zoals eenvoudige herkenning tot 'theory of mind'. De
verschillende cognitieve mechanismen die gerelateerd zijn aan groepsleven
worden in de cursus behandeld.
Als hoofdthema van het theoretische deel van de cursus komen de sociale
cognitieve vaardigheden aan bod. Geheugenfuncties en hun neurale
mechanismen zullen aan de hand van taal en vogelzang behandeld worden.
Verder wordt ook sociaal leren (imitatie, emulatie; innovatie; culturele
transmissie) behandeld. Er zal ingegaan worden op de verschillende sociale
strategieën en de evolutionaire theorieën erover (game theoretische modellen,
marketmodellen, optimalisatiemodellen; image scoring). Aanbod zullen komen de
sociale mechanismen zoals zelforganisatie, en conflict en conflicthantering
(dominantie; verzoening) en worden persoonlijkheden behandeld. Vervolgens zal
cognitieve ethologie (intentie, deceptie, theory of mind, episodisch geheugen)
behandeld worden en de evolutie van de 'mind', communicatie en taal.
Het theoretische deel eindigt met een discussie naar aanleiding van een populair
wetenschappelijk boek over cognitie bij dieren. De theorie wordt vervolgens
getoetst middels een schriftelijk tentamen.
Tijdens het praktische deel van de cursus doe je observationeel onderzoek aan
Java-apen waarvan de observaties plaats vinden bij BPRC te Rijswijk (reiskosten
zijn voor eigen rekening). Je doorloopt de onderzoekscyclus met vraagstelling,
verzameling van observationele data en statistische toetsing, schriftelijke
verslaglegging en presentatie.
Verder zul je tijdens het praktische deel aan de hand een onderwerp met behulp
van literatuur en eigen creatief denken een methode bedenken om een
cognitieve capaciteit van een diersoort te onderzoeken. Hierover wordt een essay
geschreven en een presentatie gegeven. Door de presentaties van je
medestudenten maak je kennis met de verschillende onderzoeksmethoden voor
het aantonen van cognitieve vaardigheden bij dieren.
Werkvormen
Colleges, werkcolleges en practica, verslag en essay.
Toetsing
Actieve deelname aan practica en presentatieopdrachten is verplicht,
─ Het verslag van het practicum, de essay en de presentaties worden
afzonderlijk beoordeeld,
─ De onderwerpen van de colleges en werkcolleges worden in een theoretische
schriftelijke eindtoets getoetst.
126

niveau 3 cursussen, periode 4
Het eindcijfer van de cursus is het gemiddelde van de theoretische toets (50%),
het practicum (20%), het essay (20%) en de presentaties (10%).
Je krijgt alleen een eindcijfer als alle deelcijfers voldoende zijn.
Studiemateriaal
─ De reader Cognitie en Gedrag die je aan het begin van de cursus kunt kopen.
─ Primaire literatuur
Een populair-wetenschappelijke boek over hoe dieren denken (titel van boek
momenteel nog onbekend)
127

niveau 3 cursussen, periode 4
GESCHIEDENIS EN WIJSBEGEERTE VAN DE BIOLOGIE
History and philosophy of biology
Coördinator:
Docenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
prof.dr. L.T.G. Theunissen
Instituut voor Geschiedenis en Grondslagen der
Natuurwetenschappen
Wiskundegebouw, Budapestlaan 4
Kamer 316, tel.: 030-253 7218
e-mail: l.t.g.theunissen@phys.uu.nl
drs. L.C. Palm, l.c.palm@uu.nl
prof.dr. L.T.G. (Bert) Theunissen, l.t.g.theunissen@phys.uu.nl
B-B3GESB05
7½
A+D
Ingangseisen
De leerstof, behandeld in de eerstejaarscursus ‘Evolutietheorie’ en haar
historische en wetenschapsfilosofische achtergronden wordt bekend
verondersteld. De cursus is alleen toegankelijk voor studenten in het derde
studiejaar.
Studiepad
Deze cursus is van belang voor biologiestudenten met historische en wijsgerige
belangstelling en voor alle studenten die overwegen een master te doen in
History and Philosophy of Science, Historical and Comparative Studies of the
Sciences and Humanties en Science Education and Communication, De cursus
maakt onderdeel uit van de minor Geschiedenis en Filosofie van de
Natuurwetenschappen.
Leerdoelen
In deze cursus leer je een kritisch beeld te vormen van de geschiedenis van de
biologie en deze in een wetenschapsfilosofisch perspectief te plaatsen. Daarnaast
ontwikkel je vaardigheden in het uitvoeren van praktisch onderzoek en
literatuurstudie en het presenteren van de resultaten in de vorm van een
wetenschappelijk verslag.
Aan het einde van de cursus kun je:
─ de belangrijkste historische ontwikkelingen in de negentiende en twintigste
eeuw beschrijven die hebben geleid tot de moderne biologie,
─ enkele wetenschapsfilosofische achtergronden van biologische theorieën
beschrijven en analyseren.
Vaardigheden
─ Lezen en begrijpen wetenschapshistorische teksten en
wetenschapsfilosofische teksten,
─ systematische benadering van problemen,
─ kritisch denken, wetenschappelijke discussie, reflexie,
─ mondelinge rapportage.
Inhoud
De cursus begint met de historische colleges. Deze vormen een zelfstandig
128

niveau 3 cursussen, periode 4
onderdeel en leveren tegelijkertijd het basismateriaal voor het filosofische deel.
We behandelen de periode ca. 1800 - ca 2000 en concentreren ons op de
ontwikkeling van de biologie tot een aparte natuurwetenschappelijke discipline.
Centraal in dit proces staat de wisselwerking van twee onderzoekprogramma’s,
respectievelijk gekenmerkt door een beschrijvende en een experimentele
(causaal-analytische) aanpak.
Onderwerpen die aan de orde komen zijn onder andere:
─ de rol van Kants Kritik der Urteilskraft bij het ontstaan van de
teleomechanische onderzoeksrichting,
─ Cuvier en de formulering van het morfologische programma,
─ Darwins evolutietheorie als een eerste poging om de functionele en de
morfologische invalshoek te verenigen,
─ de tegenstelling tussen ‘experimentalists’ en ‘naturalists’ rond 1900,
─ de opkomst van de synthetische evolutietheorie en het aandeel daarin van de
verschillende biologische disciplines, en
─ de theoretische en methodologische grondslagen van de moleculaire biologie.
Het wijsgerige deel van de cursus begint met een korte inleiding in de algemene
wetenschapsfilosofie, toegelicht aan de hand van voorbeelden uit de geschiedenis
van de biologie. Centraal staat de vraag naar de legitimiteit van de status die
natuurwetenschap in onze maatschappij heeft: is het terecht dat we zoveel
waarde hechten aan wat 'de wetenschap' beweert? Waarom wel/niet?
Daarna gaan we in op de vraag naar het eigen karakter van de biologie. De
manieren van theorievorming en de verklaringsprincipes in de biologie verschillen
op het eerste gezicht nogal van die in de natuur- en scheikunde. Is dit een
zwakte en zou biologie er naar moeten streven een ‘echte harde wetenschap’ te
worden? Of heeft het te maken met het eigen karakter van het onderwerp van
studie? Bijvoorbeeld met het specifieke karakter van het evolutieproces? Of met
de complexiteit en organisatiegraad van het leven?
Zowel in de historische als in de wijsgerige colleges confronteren we je met
verschillende visies op diverse onderwerpen. Hiermee verwerf je inzicht in en
oordeelsvermogen over de werkwijze van de wetenschapshistoricus en –filosoof..
Werkvormen
Hoor- en werkcolleges
Toetsing
Tentamen historisch deel, 50%, tentamen wijsgerig deel, 50%
Studiemateriaal
─ B. Theunissen/R.P.W. Visser, De wetten van het leven. Historische
grondslagen van de biologie 1750-1950,
─ reader Filosofie van de biologie,
─ Ed Koster (red.) Wat is wetenschap? Een filosofische inleiding voor
levenswetenschappers en medici.
129

niveau 3 cursussen, periode 4
IMMUNOBIOLOGIE
Immunobiology
Coördinator:
Docenten:
Cursuscode:
Studiepunten:
Timeslot:
mw.dr. Can Kesmir,
Onderzoeksgroep Theoretische Biologie en Bioinformatica
Kruytgebouw, kamer Z527,
tel: 253 4212, Email: c.kesmir@uu.nl
prof. Ronald Bontrop (Biomedical Primate Research Center, Rijswijk
en Theoretische Biologie UU), bontrop@bprc.nl
prof. Hans de Haard (arGEN-X BV & Molecular Cell Biology UU),
hdehaard@argen-x.com
prof. R.J. de Boer (Theoretische Biologie en Bioinformatica UU),
r.j.deboer@uu.nl
B-B3IMMB09
7½
A+D
Ingangseisen
Basiskennis Moleculaire biologie (jaar 1 van de bacheloropleiding Biologie of
vergelijkbaar) aangevuld met één van de niveau 2 cursussen
Ontwikkelingsbiologie of Moleculaire genetica (of een vergelijkbare cursus).
Studiepad
De cursus past uitstekend in de studiepaden Moleculaire levenswetenschappen
en Organismen, ecosystemen en biodiversiteit.
Leerdoelen
De cursus heeft twee hoofddoelen:
─ inzicht te verschaffen in de functie van het immuunsysteem,
─ kennismaken met het gebruik van wiskundige modellen en bioinformatica in
immunologisch onderzoek.
Daarnaast:
─ het verkrijgen van kennis en inzicht in het immuunsystem van verschillende
dieren,
Vaardigheden
─ het zelfstandig interpreteren van primaire literatuur en het verder verzamelen
van gerelateerde informatie uit ander informatiebronnen,
─ het kunnen samenvatten en presenteren van complexe beschrijvingen van
immune systemen en hun werking en regulatie,
─ het gebruik van basis bioinformatica en wiskundige modellen,
─ databases te gebruiken met betrekking tot het vinden van gegevens over
genen en genomen voor immunologisch onderzoek.
Inhoud
Het immuunsysteem omvat aangeboren en verworven defensiemechanismen
tegen (pathogene) micro-organismen.
Het eerste deel van de cursus brengt je begrip van het immuunsystem op een
130

niveau 3 cursussen, periode 4
basisniveau. In de vorm van hoorcolleges krijg je stapsgewijs inzicht in de
opbouw en de wijze van functioneren van het menselijk afweersysteem.
Het immunesysteem kenmerkt zich door zijn grote diversiteit. Dit aspect vormt
het centrale thema in de cursus. De immunologische processen en
mechanismen die leiden tot een adequate afweer tegen bacterien en virussen
krijgen de meeste aandacht. Je leert bijvoorbeeld de structuur van antistoffen
kennen en de basis van antistof-variabiliteit, effector-functies van antistoffen,
functies van lymfocyten, antigeen-presenterende cellen en de functie van
eiwitten van het major histocompatibiliteits complex, en immunologische
tolerantie.
Tijdens cursus is er ook een practicum. Uit faag display bibliotheken van
antistoffragmenten worden doorgaans verschillende collecties fragmenten
geselecteerd tegen verschillende target antigenen. In het practicum zullen de
antistof genen worden bekeken die na een enkele selectieronde op een antigeen
verkregen worden. Je kijkt daarbij naar de diversiteit en het gebruik van
verschillende kiemlijnsegmenten.
Gedurende de cursus leer je hoe je wiskundige modellen en bioinformatica kunt
gebruiken in immunologisch onderzoek. Je leert wiskundige modellen begrijpen
en analyseren en je leert om met basis bioinformaticamethoden te voorspelen
welke stukken van een virus of bacterie het meest immunogeen zijn.
Werkvormen
Hoor- en werkcollege (pen en paper of computer), practicum.
WebCT-Vista is een belangrijk hulpmiddel tijdens de cursus. Hierop staat alle
voor de cursus nodige informatie, en de opdrachten.
Toetsing
Actieve deelname aan de computeropdrachten is verplicht. De hoorcolleges zijn
hiervoor onontbeerlijk.
De beoordeling vindt plaats door een schriftelijke toets (60%), en twee
schriftelijke rapporten over practicum en werkcolleges (40%).
Studiemateriaal
─ Boek: The immune system, by Peter Parham, third edition, 2009, Garland
Science, (het boek is verplicht bij de cursus),
─ Dictaat voor het theoretische deel,
─ Artikelen van primaire literatuur (te downloaden van cursus webpagina:
theory.bio.uu.nl/immbio).
131

niveau 3 cursussen, periode 4
VELDWERK 2 - PYRENEEËN (AW)
Dit is een profileringscursus voor studenten vanaf cohort 2010-‘11
(Bron van deze cursusbeschrijving: Aardwetenschappen 2008-09)
Coördinator/docent:
dr. G.J. Reichart
Aardwetenschappengebouw
kamer W.216, tel. 253 5041
e-mail : reichart@geo.uu.nl
Cursuscode:
GEO3-1213 en GEO3-1216
Studiepunten: 7,5 of 15 (naar keuze)
Timeslot: geen, heel periode 4
Cursus GEO3-1213 is het veldwerk voor de richting Biogeologie, omvang is 7,5
ects. Daarnaast is er nog een mogelijkheid om het veldwerk uit te breiden met
een project omvang 7,5 stp (ects). De code voor dat project is GEO3-1216. In
totaal ontstaat er op die wijze een veldwerk + plus project, samen 15 stp.
Ingangseisen
- Behalen van de tussentoetsen van de niveau-2 cursussen Evolutie en Ecologie
(GEO2-1215) én Sedimentaire Systemen (GEO2-1208),
- tenminste 75 majorgebonden studiepunten hebben behaald, waaronder
Toegepaste Biostatistiek 1 (opleiding Biologie) hebben behaald.
Aanmelding
Bij Aardwetenschappen via OSIRIS-student.
Studiepad
De cursus is onderdeel van het thematische studiepad Aarde, Klimaat en Leven
van de Bacheloropleiding Aardwetenschappen, Faculteit Geowetenschappen.
Leerdoelen en vaardigheden
Het "hands-on" aanleren van inzicht in een grootschalige orogeen systeem en het
daarmee samenhangende voorlandbekken, en van de wijze waarop zo'n inzicht
met doelgerichte observaties wordt onderbouwd.
Het gericht bijbrengen van vaardigheden in zelfstandige aardwetenschappelijke
data acquisitie, met in deze veldcursus nadruk op het verzamelen van adequate
gegevens, het uitwerken van die gegevens, en het rapporteren hierover.
Inhoud
Het aanleren van inzicht in een grootschalige orogeen systeem en het daarmee
samenhangende foreland bekken, en de wijze waarop inzicht in een dergelijk
systeem met doelgerichte observaties wordt onderbouwd. Daarnaast inzicht in
de biogeologische aspecten van een dergelijk groot sedimentair systeem,
inclusief de relatie tussen de ondergrond en moderne landschappen en biota. Het
gericht bijbrengen van vaardigheden in zelfstandige aardwetenschappelijke data
acquisitie, het uitwerken van die gegevens, en het rapporteren hierover.
Voorbereiding veldwerk (1 week): In een blokcursus van een week komen een
aantal aspecten aan de orde van belang voor het algemeen begrip van de
132

niveau 3 cursussen, periode 4
geologie van de Pyreneeën zowel als voor het succesvol verrichten van
verschillende veldoefeningen. Het blok begint met een inleidend college over de
structuur van de Pyreneeën, gevolgd een aantal praktische oefeningen in
sedimentaire faciesanalyse.
Veldwerk (3 weken): Een 2-tal maximaal begeleide veldoefeningen van ieder een
week zijn gericht op het aanleren van faciesanalyse, paleoecologie en
interpretatie van fossiele gemeenschappen, in samenhang met een driedimensioneel
inzicht in bekkenopvullingen. Iedere oefening wordt afgesloten met
een rapportage, die in het veld wordt nagekeken, beoordeeld en met feedback
wordt teruggegeven. Het veldproject wordt besloten met een semionafhankelijke
karteeroefening van 1 week waarin zoveel mogelijk van al het
aangeleerde zelfstandig moet worden toegepast. Hierover moet later uitgebreid
worden gerapporteerd. Verslag over dit veldwerk dient ingeleverd te zijn voor 1
september van het betrokken jaar.
Werkvormen
Voorbereiding veldwerk, veldwerk, rapportage veldwerk.
Toetsing
Schriftelijke rapportage, in het veld geschiedt toetsing door middel van een
productrapportage over elk van de vier veldoefeningen die in het veld wordt
nagekeken, besproken en beoordeeld. Het gemiddelde van de vier beoordelingen
leidt tot een veldcijfer. Het eindcijfer voor het veldwerk wordt bepaald aan de
hand van dit gemiddelde veldcijfer en het cijfer voor het thuis vervaardigde
veldverslag, waarbij het veldcijfer voor 75% en het verslag voor 25% aan het
eindcijfer bijdraagt.
Studiemateriaal
Dictaat: Veldgids voor Pyreneeën veldwerk. Deelnemers krijgen tijdig uitvoerige
informatie over noodzakelijke dan wel nuttige velduitrusting.
Nota Bene
Meer gedetailleerde informatie betreffende werkvorm, toets en literatuur is te
vinden in de studiewijzer (vanaf twee weken voor aanvang bij het facultair
verkooppunt).
133