Tentamen med svarsmallar Biokemi KE7001p3, 22:e mars 2005, 09 ...

Rita bindningar och ev. laddningar. Markera N- och C-terminal, phi, psi ochpeptidbindning och visa vilka som kan rotera.Svarsmall:(3 p)Peptidbindning- kan inte roteraN-terminal+H 3NRoterbarabindningarR1R2OααC C N CφHψHφHψφ = Phi-vinkel ψ = Psi-vinkelCOOC-terminalTotalt 3p (1p för rätt formel, 0,5p för laddning, 0.5p för rätt bindningar, 0.5p förroterbara, 0.5p för N- och C-terminal)5. Du har isolerat ett nytt protein som du kallar Q vilket du vill försöka karaktärisera.Bland annat så vill du bestämma molekylvikten hos Q.a) Föreslå en metod att experimentellt bestämma molekylvikten hos protein Q i dessnativa (oförstörda) form. Beskriv kortfattat principen för metoden och hur man kanutföra ett sådant experiment. (3 p)b) En kollega bestämmer aminosyrasekvensen för protein Q och finner att det bestårav 2273 aminosyror. Hon tror sig veta att man från detta teoretiskt även kan beräknaden ungefärliga molekylvikten men är lite osäker på hur man gör och kommer därförupp med flera förslag: 25.000 Dalton, 250.000 Dalton eller 100.000 Dalton.Vilken av molekylvikterna är troligen rätt? (1 p)c) Det visar sig vidare att Q har förmåga att binda till glukos. Hur kan man utnyttjadetta för att rena Q? (1 p)(5 p)Svarsmall:a) Använd gelfiltrering där separation sker efter storlek hos molekylerna.Systemet består av två faser en fast och en mobil. Den fasta fasen består av porösakulor och den mobila är oftast en buffert. Separationen beror av molekylernasförmåga att tränga in kulornas porer. Små molekyler vandrar långsammare än stora.(1.5 p) För att bestämma molekylvikten får proteiner av känd molekylvikt förstpassera genom en kolonn med gel och då deras elueringsvolymer är proportionellamot molekylvikten kan en standardkurva konstrueras från dessa data. Låt därefter Qpassera genom samma kolonn och använd standardkurvan för att beräknamolekylvikten (1.5 p).b) 250.000 Dalton, då varje aminosyra i genomsnitt väger c:a 110 Dalton. (1p)c) Konstruera någon typ av affinitetsgel till vilken glukos irreversibelt binds. Därefterkan man packa en kolonn med denna gel som vidare används för att binda upp Q. (1p)6. Definiera och beskriv kortfattat de tre stegen i molekylärbiologins "centraladogma", flödet av den genetiska informationen.Svarsmall:(3 p)Sidan 2 av 8