Tüberkülozun Epidemiyolojik AraÅtırmalarında ... - Klimik
Tüberkülozun Epidemiyolojik AraÅtırmalarında ... - Klimik
Tüberkülozun Epidemiyolojik AraÅtırmalarında ... - Klimik
Create successful ePaper yourself
Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.
Rıza Durmaz<br />
Tablo 2. M.tuberculosis’in tiplendirilmesinde kullanılan yöntemlerin karşılaştırılması<br />
IS6110<br />
RFLP’ye<br />
Tekrarla-<br />
Metot<br />
Hedef dizi<br />
kıyasla ayırım<br />
Sınırlamalar<br />
nabilirlik<br />
RFLP (PvuII) IS6110 Düşük kopyalı suşlar 100<br />
RFLP (Alu I) PGRS Benzer Fazla bant oluşumu 100<br />
Amplityping IS6110 Benzer Tekrarlanabilirliği düşük<br />
IS6110-ampliprinting IS6110/MPTR Benzer Küçük PZR ürünleri 39<br />
RAPD analizi 16S-23S spacer Yüksek Tekrarlanabilirliği düşük<br />
RAPD analizi ISs Benzer Tekrarlanabilirliği düşük<br />
Mixed-linker PCR IS6110/linker Yüksek Tekrarlanabilirlik ve 100<br />
Uygulanabilirlik ?<br />
Direct variable repeat IS6110/DR Benzer Kompleks PZR<br />
Double repetitive IS6110/PGRS Benzer Yok 58<br />
element PCR<br />
Spoligotyping DR/spacers Düşük IS6110 kopya sayısı fazla 94<br />
olanlarda ayırım gücü düşük<br />
MIRU-VNTR MIRU Değişken Yok 100<br />
Geniş ulusal ve uluslararası<br />
çalışmalar:<br />
IS6110-RFLP, tüberkülozun uluslar arası<br />
epidemiyolojisinin çalışılması için standart<br />
metot olarak kabul edilmektedir. PGRS<br />
tipleme, IS6110 ile aynı grup içinde<br />
tanımlanan suşlar arasındaki benzerliği<br />
doğrulamak veya düşük kopyalı suşları<br />
tiplendirmek için önerilmektedir. Bu<br />
yöntemle üretilen bantların fazla sayıda<br />
olması agaroz jeldeki görüntünün<br />
yorumlanmasında zorluk oluşturduğundan,<br />
bunun bir primer tipleme tekniği olarak<br />
uygulamalarını sınırlamaktadır. Özel bir<br />
suşun veya organizma grubunun [örneğin<br />
Beijing suşu; 35-43 spoligotype spacers<br />
içeren M. tuberculosis izolatları.<br />
transmisyonu çalışılacağı durumlarda,<br />
izolatlar MIRU-VNTR veya spoligotyping<br />
gibi amplifikasyon bazlı yöntemlerle<br />
taranabilir ve sonra IS6110- RFLP ile<br />
suşların aynı olup olmadıkları doğrulanır.<br />
Lokal salgın araştırılması<br />
Genotipleme, hapishane, okul, huzurevi,<br />
fabrika, bar gibi bir sosyal kuruluşun<br />
içindeki veya hastahanelerdeki salgınla<br />
ilişkili suşların karakterizasyonunda<br />
kullanılmaktadır. Salgını doğrulamada ve<br />
gelişen çoğul direncin (multi-drug<br />
rezistans=MDR) izlenmesinde yararlı<br />
olmaktadır. Bu tip salgınların çoğunda iki<br />
ortak özellik vardır: İlki, izolatlar sıklıkla<br />
kolayca tanımlanabilen bir fenotipik<br />
2
Change language