04.09.2013 Views

Elucigene - Gen-Probe, Inc.

Elucigene - Gen-Probe, Inc.

Elucigene - Gen-Probe, Inc.

SHOW MORE
SHOW LESS

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.

<strong>Elucigene</strong> ® CF29 v.2<br />

Brugervejledning<br />

Det forstærkende modstanddygtige mutationssystem (Amplification Refractory Mutation System<br />

(ARMS ® ) beskyttes af det europæiske patent nr. 0332435, USA patent nr. 5595890 og<br />

tilsvarende patenter verden over.<br />

Varemærket ARMS ® tilhører AstraZeneca UK Ltd. og anvendes under licens.<br />

Varemærket <strong>Elucigene</strong> ® tilhører <strong>Gen</strong>-<strong>Probe</strong> Life Sciences Ltd.<br />

Varemærket NuSieve ® tilhører Lonza. Varemærket AmpliTaq Gold ® tilhører Roche Molecular<br />

Systems <strong>Inc</strong>.<br />

<strong>Elucigene</strong> ® sættene er udviklet og fremstillet af <strong>Gen</strong>-<strong>Probe</strong> Life Sciences Ltd inden for<br />

kvalitetssystemer, der anerkendes af ISO9001:2008 et ISO13485:2003<br />

Fremstillet af <strong>Gen</strong>-<strong>Probe</strong> Life Sciences Ltd.<br />

Heron House<br />

Oaks Business Park<br />

Crewe Road<br />

Wythenshawe<br />

Manchester<br />

M23 9HZ<br />

For salgsafdeling, kundeservice og teknisk support:<br />

T: +49 (0) 6122 7076 451<br />

F: +49 (0) 6122 7076 155<br />

E: customerservice@gen-probe.eu<br />

E: technicalsupport@gen-probe.eu<br />

CF030BY005DK<br />

08/2012<br />

Copyright 2012 <strong>Gen</strong>-<strong>Probe</strong> Life Sciences Ltd<br />

Side 1 af 13


ELUCIGENE CF30<br />

Katalog nr. - CF030B1 – 25 tests med AmpliTaq Gold<br />

Anvendelsesområde<br />

Til simultan kvalitativ in vitro-påvisning af menneskelige genmutationer ved cystisk fibrose<br />

transmembrane konduktionsregulatorkanaler (CTFR) Y1092X, 1717-1G>A, G542X, W1282X,<br />

N1303K, ΔF508, 3849+10kbC>T, 394delTT, 621+1G>T, R553X, G551D, R117H, R1162X,<br />

R334W, A455E, 2183AA>G, 3659delC, 1078delT, ΔI507, R347P, S1251N, E60X,<br />

1811+1.6kbG>A, 3272-26A>G, 3120+1G>A, 2789+5G>A, 711+1G>T, G85E, Y122X og W846X<br />

i menneskeligt fuldblodsprøver. Derudover kan testen skelne mellem personer, der er<br />

heterozygotiske og homozygotiske i forhold til mutationen ΔF508.<br />

Procedurens principper<br />

Metoden, der anvendes af ELUCIGENE CF30 sættet, er baseret på teknologien ARMS<br />

(allelspecifik amplifikation), der kan påvise punktmutation eller mindre bortfald i<br />

deoxyribonukleinsyre (DNA) (6) . Princippet med ARMS er, at oligonukleotider med en 3’<br />

fejlparret rest under visse forhold ikke vil fungere som polymerasekædereaktion (PCR) primers.<br />

Valget af egnede oligonukleotider tillader forstærkning og påvisning af specifikke mutant- eller<br />

normale DNA-sekvenser.<br />

Advarsler og sikkerhedsforanstaltninger<br />

1. Kun til professionel in vitro-diagnostik.<br />

2. Den normale DNA-kontrol i dette sæt er testet individuelt og fundet negativ for hepatitis B<br />

virus (HBV), hepatitis C virus (HCV) og human immundefekt virus (HIV) 1 og 2.<br />

3. Vær forsigtig ved håndtering af menneskelige materialer. Alle prøver skal anses som<br />

eventuelt smittefarlige. Ingen testmetoder kan give fuld sikkerhed for, at HBV, HCV, HIV<br />

1 eller andre smittefarlige agenter ikke er til stede.<br />

4. Licenser for in vitro-diagnostikanalyse af genmutationer, der opdages af disse reagenser,<br />

kan kræves og er reagenskøberens ansvar.<br />

5. Håndtering af prøver og testkomponenter, deres anvendelse, opbevaring og<br />

bortskaffelse skal ske i overensstemmelse med nationale bestemmelser og lovgivning<br />

vedr. biologisk risikomateriale.<br />

6. Opbevar alle reagenser ved under –20°C. Bortskaf 3 måneder efter åbning medmindre<br />

der er tale om delalokvotering<br />

Side 2 af 13


Symboler anvendt på etiketter<br />

Symbolerne anvendt på alle etiketter og emballage stemmer overens med den harmoniserede<br />

standard EN980<br />

REF<br />

LOT<br />

X°C<br />

Producent<br />

Antal tests<br />

Se brugsvejledningerne<br />

Opbevar under den angivne temperatur<br />

Anvend før den angivne dato<br />

Katalogkode<br />

Partinummer<br />

Side 3 af 13


Medfølgende materialer<br />

1. 1 hætteglas x 450l hver med CF030TA, CF030TB, CF030TC og CF030TD). –Mængden<br />

af hætteglas er tilstrækkelig til 25 tests, hver af 4 primermix (TA,TB,TC og TD)<br />

indeholdende primers til påvisning af følgende 29 CFTR-mutationer: Y1092X, 1717-<br />

1G>A, G542X, W1282X, N1303K, ΔF508, 3849+10kbC>T, 394delTT, 621+1G>T,<br />

R553X, G551D, R117H, R1162X, R334W, A455E, 2183AA>G, 3659delC, 1078delT,<br />

ΔI507, R347P, S1251N, E60X, 1811+1.6kbG>A, 3272-26A>G, 3120+1G>A,<br />

2789+5G>A, 711+1G>T, G85E, Y122X og W846X. Hvert primermix indeholder også<br />

kontrolprimers og deoxynukleotidtrifosfater i buffer<br />

2. 1 hætteglas x 200µl med CR000TV fortyndingsmiddel (Dilution Buffer (DB))<br />

3. 1 hætteglas x 600µl med CR000TR initialfarve (Loading Dye (LD)) til 25 tests<br />

4. 1 hætteglas x 50µl med CR050TW AmpliTaq Gold ® (AG) tilstrækkelig til 25 tests.<br />

5. 1 x 50µl hætteglas med CF030TX DNA-kontrol (DC), normalt til mutationer, der er påvist<br />

af ELUCIGENE TM CF30<br />

25 farvede PCR-hætteglas (orange, lilla, grøn og blå) kan fås efter forespørgsel.<br />

Påkrævede, men ikke medfølgende materialer<br />

DNA-forberedelse - sterilt afioniseret vand af god kvalitet; natriumklorid (NaCl);<br />

ethylendiamintetraeddikesyre; dinatriumsalt (EDTA); pelleteret natriumhydroxid (NaOH); 2amino-2-(hydroxymetyl)-1,3-propanediol;<br />

krystalliseret (Tris-base); saltsyre 36% sp.gr.1.18<br />

(HCl); ammoniumklorid (NH4Cl).<br />

PCR-amplifikation – Sigma let hvid mineralolie*; sterilt destilleret vand af god kvalitet.<br />

(a) Påkrævet til termiske variatorer uden opvarmede låg og til PCR-amplifikation i 0,5 ml PCR-<br />

hætteglas.<br />

Elektroforese – materialer til geleelektroforese som f.eks. NuSieve 3:1 Agarose (Lonza) og<br />

50 baseparstige (Amersham Pharmacia Biotech).<br />

Påkrævede materialer<br />

<strong>Gen</strong>erelt<br />

Laboratorieartikler – handsker; mikrofugerør med skruelåg; rørholdere; pipettespidser.<br />

Laboratorieudstyr – præcisionspipetter (2 sæt: 1 til før-amplifikation og 1 til efter-amplifikation -<br />

helst positive forskydningspipetter); glasartikler; beskyttelsesbeklædning; hvirvelblander;<br />

mikrofuge; vægt.<br />

DNA-forberedelse - Varmeblok (varmer op til 100°C).<br />

PCR-amplifikation – Termisk variator, som rummer 0,5 ml, eller 0,2 ml hætteglas med en<br />

temperaturnøjagtighed på +/-1,0°C mellem 33°C og 100°C og statisk temperaturensartethed på<br />

+/-1°C. Valgfrie opvarmede låg.<br />

Side 4 af 13


Elektroforese – Horisontal undervands-gelebeholder; strømforsyningsenhed; mikroovn;<br />

vandbad til nedkøling af agarose; UV-kameralysbord; fotografisk system.<br />

Prøveudtagning og opbevaring<br />

Man bør anvende prøver fra fuldblod (EDTA) eller tørrede blodpletter.<br />

Prøveudtagningsudstyr har til tider vist sig at være skadeligt for integriteten af visse analyser og<br />

kan forstyrre visse metodeteknologier (9) . Det anbefales, at hver bruger sikrer, at det valgte<br />

udstyr anvendes i overensstemmelse med producentens anvisninger og at både<br />

prøveudtagningsudstyr og alternative DNA-forberedelsesmetoder er kompatible med denne<br />

test.<br />

Blodprøver skal opbevares ved -20°C før forberedelse af DNA. Undgå gentaget nedfrysning og<br />

optøning.<br />

Blodprøver (EDTA)<br />

Forberedelse af DNA fra fuldblodsprøver (EDTA)<br />

1. Pipetter 80l af hver blodprøve i et mikrofugerør med skruelåg.<br />

2. Pipetter 320l af 170mM (9,09 g/l) NH4Cl opløsning i hvert rør.<br />

3. Bland i 20 minutter ved mild hvirvel og inversion. Undgå kraftig rystelse og skumdannelse.<br />

4. Centrifuger hvert rør i 2 minutter ved 12 000 g, indtil der dannes en pelleteret celle.<br />

5. Fjern og bortskaf overflydende væske vha. pipetten.<br />

6. Pipetter 300l af 10mM (0,58g/l) NaCl/10mM (3,72g/l) EDTA i hvert rør og udeluk cellerne<br />

ved hvirvelblanding.<br />

7. Centrifuger hvert rør i 1 minut ved 12 000 g, indtil der dannes en pelleteret celle.<br />

8. <strong>Gen</strong>tag trin 5 til 7 mindst to gange mere, indtil al synlig rød farve i den overflydende væske<br />

er fjernet.<br />

9. Fjern og bortskaf overflydende væske vha. pipetten.<br />

10. Pipetter 200l af 50mM (2g/l) NaOH EDTA i hvert rør og udeluk cellerne ved hvirvelblanding.<br />

11. Placer i en opvarmet blok ved 100°C i 10 minutter.<br />

12. Pipetter 40l af 1M (121,1g/l) Tris-base/HCl (pH 7.5) i hvert rør og hvirvelbland.<br />

13. Tilføj 1 ml sterilt afioniseret vand i hvert mikrofugerør for at opnå en samlet DNAprøvemængde<br />

på 1,24 ml.<br />

14. Centrifuger hvert rør i 1 minut ved 12 000 g, indtil der dannes pelleteret cellefragment.<br />

DNA’en findes inde i den overflydende væske.<br />

Side 5 af 13


Forberedelse af DNA fra tørrede blodpletter<br />

1. Stans 2 x 3 mm skiver (b) fra prøvekortet i et 1,5 ml rør med skruelåg.<br />

Der skal stanses fra et område af kortet, der er helt mættet med blod. Stans flere<br />

”rene” kortpletter før hver prøve, for at undgå smitte mellem prøverne.<br />

2. Tilføj 1ml af 10mM (0,58g/l) NaCl/10mM (3.72g/l) EDTA og bland i rotationsblanderen i 15 -<br />

20 minutter. Hvis en rotationsblander ikke er tilgængelig, kan det være nødvendigt at<br />

forlænge afvaskningerne med 30 minutter hver.<br />

3. Fjern og bortskaf vaskeopløsningen.<br />

4. <strong>Gen</strong>tag trin 2 og 3 en gang mere.<br />

5. På dette tidspunkt burde det meste af blodpigmentet være udtrukket fra skiven. En svag<br />

rødbrun farve fra blodpletterne er ikke usædvanlig på dette tidspunkt.<br />

6. Mikrofuger kort (3 sek.) for at samle overskydende vaskeopløsning i bunden af røret. Brug<br />

en pipette til at fjerne og bortskaffe så meget vandopløsning som muligt uden at forstyrre<br />

pletterne.<br />

7. Denne korte mikrofugering fjerner typisk ekstra blodpigment fra blodpletterne.<br />

8. Tilføj 150μl af 50mM (2g/l) NaOH i hvert glas. Rul forsigtigt mellem fingrene for at blande.<br />

9. Placer i en opvarmet blok ved 100°C i 10 minutter.<br />

10. Mikrofuger kort for at samle bundfald i bunden af røret.<br />

11. Tilføj 30μ af 1M (121,1g/l) Tris-base/HCl (pH 7,5) i hvert glas for at neutralisere, og bland<br />

forsigtigt.<br />

12. Tilføj 420μl sterilt Sigma-vand i hver DNA-prøve for at opnå en samlet mængde på 600l.<br />

13. Bland prøverne godt og mikrofuger for at samle.<br />

14. Overfør bundfald til et nyetiketteret glas med skruelåg.<br />

Opbevar det ekstraherede DNA ved –20°C.<br />

(b) Det samlede anvendte blodprøveområde skal udgøre mindst 2 x 3 mm cirkulære blodpletter.<br />

F.eks. kan der anvendes 1 x 6 mm kortpletter, hvis det er passende.<br />

IsoCode kortet – DNA-isolationsudstyr til amplifikationssættet (Schleicher and Schuell, <strong>Inc</strong>.) er<br />

blevet anvendt til DNA-forberedelse fra blodpletter og har også vist sig at give fortolkelige<br />

resultater.<br />

Alternative DNA-forberedelsesmetoder<br />

DNA-forberedelsesmetoderne, der er beskrevet ovenfor, er anbefalet af <strong>Gen</strong>-<strong>Probe</strong> og har vist,<br />

at de giver konsistente og pålidelige resultater. DNA, der er forberedt med andre metoder eller<br />

fra andre prøvetyper, er måske ikke optimale til ELUCIGENE CF30 testen, og kan give<br />

Side 6 af 13


esultater, der ligger under det optimale. Nøglekriteriet for alternative DNAforberedelsesmetoder<br />

er DNA-koncentration og fravær af PCR-inhibitorer.<br />

Det anbefales, at alternative metoder og prøvetyper evalueres grundigt med ELUCIGENE<br />

CF30 testen, før resultaterne bruges til diagnostik. Tester af DNA-prøver ved koncentrationer<br />


10. Placer alle hætteglas fast i den termiske variatorblok. Start den 94°C enkelttrinscyklus<br />

efterfulgt af amplifikationscyklusprogrammet.<br />

11. Bortskaf al resterende ubrugt AmpliTaq Gold fortynding.<br />

12. Når amplifikationsprogrammet er fuldført, kan prøverne opbevares ved stuetemperatur<br />

natten over eller ved 2-8°C i op til 7 dage før analysering med geleelektroforese.<br />

(c) Til amplifikation udført i 0,5 ml PCR-hætteglas eller termiske variatorer uden opvarmede låg.<br />

Geleelektroforese<br />

Det anbefales, at hver bruger sikrer, at det valgte udstyr anvendes i overensstemmelse med<br />

producentens anvisninger og er kompatibelt med denne test. I dette tilfælde er<br />

nøgleparametrene dimensionerne på gelematrice og kam (brøndformer). Resultaterne er<br />

opnået vha. følgende elektroforeseforhold:<br />

1. PCR-produktet elektroforesebehandles i en 3 % NuSieve 3:1 agarosegele vha. trisborat med<br />

etidiumbromid (TBE/EtBr) som flydende buffer. TBE/EtBr forberedes som 134mM (16,2g/l)<br />

Trisbase, 74,9mM (4,63g/l) borsyre, 2,55mM (0,95g/l) EDTA opløsning med 0,1g/ml<br />

etidiumbromid.<br />

2. 3g af NuSieve 3:1 blev opløst i 100mL TBE/EtBr og hældt over i en 15 x 12 cm horisontal<br />

gelebakke med 1.5mm x 5mm brøndformere, hængt op 1 mm over basen.<br />

3. 15L af PCR-produktet (med initialfarve tilføjet under PCR opsætningsforløbet) hældes over<br />

på en gele.<br />

4. En 50 baseparstige (Amersham-Pharmacia Biotech) ved 1,5g/15l forberedes i den<br />

medfølgende initialfarve (80l destilleret vand / 10l initialfarve / 10l 50 baseparstige).<br />

Bemærk, at blandingen kan være orange før gelepåfyldning. 15l af denne fortynding hældes<br />

over på geleen og køres ved siden af prøverne som en molekylær vægtmarkør.<br />

5. Der udføres en elektroforese ved 5 til 6 V/cm (d) mellem elektroderne, indtil farvefronten har<br />

flyttet sig 5 cm fra påfyldningsbrøndene hen imod anoden (1,5 til 2 timer).<br />

6. Efter elektroforesen bliver geleerne sat på et UV-kameralysbord ved 260 nm, og derefter<br />

efterset og fotograferet.<br />

(d) Udregnet vha. afstanden i cm mellem elektroderne.<br />

Fortolkning af resultater<br />

PCR-produkterne vil blive observeret som bånd i geleens hætteglasbaner.<br />

1. Det øvre og nedre kontrolbånd skal være tydeligt i alle prøver (se figur 1).<br />

2. Alle baner skal være fri for overdreven udtværing og baggrundsfluorescens.<br />

3. De øverste og nederste kontrolbånds position skal angive den korrekte molekylære<br />

størrelse(se figur 1).<br />

Side 8 af 13


4. Den negative kontrol bør ikke vise nogen bånd inden for det område, der er defineret af de<br />

øvre og nedre kontrolbånd. Et diagnostikbånd bør ikke fortolkes, hvis et tilsvarende bånd<br />

også er set i den negative kontrol for den PCR, der bliver kørt, da dette er tegn på<br />

kontamination med genomisk DNA.<br />

Hvis et af ovennævnte punkter ikke er til stede, bør resultaterne ikke fortolkes, og testen skal<br />

gentages.<br />

5. En person har to kopier af CFTR-genet. Hvis disse kopier har samme sekvens i et vilkårligt<br />

område, beskrives personen som værende homozygotisk for dette område. Hvis disse kopier<br />

har forskellig sekvens i et vilkårligt område, beskrives personen som værende heterozygotisk<br />

i dette område.<br />

6. Tilstedeværelsen af PCR-produktet, der er genereret fra den normale ΔF508 primer i<br />

hætteglas B, angiver, at prøven indeholder den normale sekvens for dette område. Det<br />

normale PCR-produkt kan ses i hætteglas B banen for geleen ved 160 bp og kan identificeres<br />

ved sammenligning af båndpositionen med en tilstødende markørbane.<br />

7. PCR-produkter fra en person, der bærer en af Y1092X, 1717-1G>A, G542X, W1282X,<br />

N1303K, ΔF508 og 3849+10kbC>T mutationerne, vil kunne ses i hætteglas A banen for<br />

geleen og kan identificeres ved sammenligning af båndpositionen med en tilstødende<br />

markørbane. Produktbåndets størrelse i baseparret er vist i figur 1. Kun produktbånd med<br />

den korrekte størrelse bør fortolkes.<br />

8. PCR-produkter fra en person, der bærer en af 394delTT, 621+1G>T, S1251N, G551D,<br />

R117H, R1162X og R334W mutationerne, vil kunne ses i hætteglas B banen for geleen og<br />

kan identificeres ved sammenligning af båndpositionen med en tilstødende markørbane.<br />

Produktbåndets størrelse i baseparret er vist i figur 1. Kun produktbånd med den korrekte<br />

størrelse bør fortolkes.<br />

9. PCR-produkter fra en person, der bærer en af A455E, 2183AA>G, 3659delC, 1078delT,<br />

ΔI507, R347P, R553X og E60X mutationerne, vil kunne ses i hætteglas C banen for geleen<br />

og kan identificeres ved sammenligning af båndpositionen med en tilstødende markørbane.<br />

Produktbåndets størrelse i baseparret er vist i figur 1. Kun produktbånd med den korrekte<br />

størrelse bør fortolkes.<br />

10. PCR-produkter fra en person, der bærer en af 1811+1.6kbG>A, 3272-26G>A,<br />

3120+1G>A, 2789+5G>A, 711+1G>T, G85E, Y122X og W846X mutationerne, vil kunne ses<br />

som bånd og kan identificeres ved sammenligning af båndpositionen med en tilstødende<br />

markørbane. Produktbåndets størrelse i baseparret (bp) er vist i figur 1. Kun produktbånd<br />

med den korrekte størrelse bør fortolkes.<br />

OBS: På grund af primermixets kompleksitet kan der forekomme primerfænomener<br />

svarende til en størrelse på


Figur1<br />

A<br />

Apo B 423bp<br />

D1152H 367bp<br />

1717-1G>A 329bp<br />

G542X 279bp<br />

W1282X 240bp<br />

N1303K 200bp<br />

F508(M) 160bp<br />

3849+10kbC>T 132bp<br />

ODC 97bp<br />

B<br />

Apo B 526bp<br />

621+1G>T 383bp<br />

R553X 328bp<br />

G551D 290bp<br />

R117H 243bp<br />

R1162X 200bp<br />

F508(N) 160bp<br />

R334W 140bp<br />

ODC 97bp<br />

C<br />

Apo B 633bp<br />

A455E 500bp<br />

2183AA>G 425bp<br />

3659delC 344bp<br />

1078delT 272bp<br />

I507 222bp<br />

R347P 184bp<br />

S1251N 150bp<br />

E60X 121bp<br />

ODC 97bp<br />

ODC = nedre kontrol ApoB=Øvre kontrol<br />

Side 10 af 13<br />

D<br />

Apo B 633bp<br />

3120+1G>A 443bp<br />

2789+5G>A 370bp<br />

1898+1G>A 299bp<br />

711+1G>T 261bp<br />

G85E 224bp<br />

2184delA 196bp<br />

I148T 161bp<br />

R560T 143bp<br />

ODC 117bp<br />

Molekylær vægtmarkør<br />

(50 baseparstige)<br />

650<br />

600<br />

550<br />

500<br />

450<br />

400<br />

350<br />

300<br />

250<br />

200<br />

150<br />

100


Testvalidering<br />

30 overensstemmende fuldblodsprøver og tørrede blodpletter, hvis gentype var kendt, blev<br />

testet i en virksomhedsintern undersøgelse. DNA blev forberedt i overensstemmelse med disse<br />

brugsvejledninger. Ud af de 30 testede prøver, var de seks prøver normale for de 30<br />

mutationer, registreret af sættet. Hver af de 24 mutationer udviste mindst én af de mutationer,<br />

der blev registreret af sættet. Sammensatte heterozygoter blev registreret af sættet, og alle<br />

resultaterne var i overensstemmelse med den kendte gentype, der blev påvist med alternative<br />

metoder.<br />

Følgende valideringsprøver blev testet:<br />

Heterozygoter –2 x 3849+10kbC>T/+, 711+1G>T/+, 3272-26A>G/+, S1251N/+, R347P/+,<br />

R117H/+, R553X/+, dF508/+, 1811+1.6kbA>G/+, Y1092X/+, G542X/+, 1717-1G>A/+<br />

Sammensatte heterozygoter - Y122X/dI507, R1162X/dF508, G551D/dF508, 711+1G>T/dF508,<br />

A455E/dF508, 1717-1G>A/dF508, R117H/dF508, W846X/dF508, R117H/dF508<br />

Homozygoter – 6 x +/+, 2 x dF508/dF508,<br />

Krydsreaktivitet<br />

De nødvendige foranstaltninger er blevet truffet for at undgå interferens i testfunktionen ved<br />

tilstedeværelsen af andre rapporterede polymorfier og mutationer i CFTR-genet (8) . ELUCIGENE<br />

CF30 sætter er en udvidelse af ELUCIGENE CF29, og de oplysninger om krydsreaktivitet, der<br />

er angivet for ELUCIGENE CF29 er relevant og også angivet i disse instruktioner.<br />

Følgende sjældne mutationer er blevet evalueret til krydsreaktivitet og blev ikke påvist af<br />

ELUCIGENE CF29 sættet: R1283M, 1717-2A>G, R117C, 621+2T>C, R117L, I506V.<br />

Følgende polymorfier blev heller ikke påvist af testen: 3617G/T, 1655T/G (F508C), 1651A/G.<br />

Evaluering af kendte mutationer og polymorfier i CFTR-genet har fremhævet følgende<br />

påvirkninger på ELUCIGENE CF30 sættets resultater:<br />

1. ΔI507 i kombination med dup1716+51>61 producerer et PCR-produkt på 233 bp i<br />

hætteglasset C i stedet for de forventede 222 bp.<br />

2. Der er observeret lettere krydsreaktivitet i R347P primeren i hætteglas C med den sjældne<br />

mutation R347H mutation, hvilket resulterer i svagt PCR-produkt, som kan ses ved R347P<br />

positionen i hætteglas C.<br />

3. En nyere rapporteret mutation, 2184insG (12) , vil i teorien krydsreagere med 2183AA>G<br />

primeren i hætteglas C. Et 2183AA>G diagnostikbånd kan være tegn på, at 2184insG<br />

mutationen er til stede.<br />

4. En nylig rapporteret mutation F316L (12) vil krydsreagere med 1078delT primeren. Et<br />

diagnosticeringsbånd ved 1078delT positionen i C mixet kan indikere tilstedeværelsen af<br />

F316L mutationen.<br />

Side 11 af 13


5. Følgende mutationer, der ikke er blevet kontrolleret pga. manglende relevante prøver, kan<br />

forstyrre testfunktionen: R117P, 621+2T>G, R553G, R553Q, R347L, I506T, I506S og den<br />

sjældne kombination af ΔI507 med polymorfi 1651A/G.<br />

Procedurens begrænsninger<br />

1. Resultaterne fra denne eller ethvert andet diagnostiksæt bør kun anvendes og fortolkes i<br />

henhold til det samlede kliniske billede. <strong>Gen</strong>-<strong>Probe</strong> er ikke ansvarlig for de kliniske<br />

afgørelser, der bliver truffet.<br />

2. Fravær af mutationerne, der påvises med dette sæt, er ingen garanti for, at andre mutationer<br />

i CFTR-genet ikke er til stede. Mange andre mutationer er mulige og er ikke påvist med dette<br />

sæt.<br />

3. Mutationer varierer i hyppighed mellem forskellige befolkningsgrupper. Data om<br />

befolkningsmutationshyppigheden kan fås hos The Cystic Fibrosis <strong>Gen</strong>etic Analysis<br />

Consortium (8) (konsortium for genetisk analyse af cystisk fibrose).<br />

Brugeren af dette sæt skal lægge vægt på disse punkter, når resultaterne rapporteres til<br />

diagnoseklinikeren/den genetiske rådgiver.<br />

Referencer<br />

1. Welsh MJ et al. In Scriver CR et al (eds), The Metabolic and Molecular Basis of Inherited<br />

Disease. McGraw-Hill, New York: 3799-3876 (1995).<br />

2. Elborn JS et al. Cystic Fibrosis: current survival and population estimates to the year 2000.<br />

Thorax 46: 881-885 (1991).<br />

3. Riordan JR et al. Identification of the Cystic Fibrosis <strong>Gen</strong>e. Cloning and Characterization of<br />

Complementary DNA. Science 245: 1066-1073 (1989).<br />

4. Rommens JM et al. Identification of the Cystic Fibrosis <strong>Gen</strong>e: Chromosome Walking and<br />

Jumping. Science245: 1059-1065 (1989).<br />

5. The Cystic Fibrosis Mutation Database website at: http://www.genet.sickkids.on.ca<br />

6. Newton CRet al. Analysis of any point mutation in DNA. The Amplification Refractory<br />

Mutation System (ARMS). Nucleic Acids Res 17: 2503-2516 (1989).<br />

7. Estivill X et al. Geographic distribution and regional origin of 272 cystic fibrosis mutations in<br />

European populations. Hum Mut 10:135-154 (1997).<br />

8. The Cystic Fibrosis <strong>Gen</strong>etic Analysis Consortium. Hum Mutat 4: 167- 177 (1994).<br />

Information also available from: http://www.genet.sickkids.on.ca<br />

9. Satsangi Jet al. Effect of heparin on polymerase chain reaction. Lancet 343: 1509-1510<br />

(1994).<br />

Side 12 af 13


10. de Vries HG et al. Validation of the determination of ΔF508 mutations of the CF gene in over<br />

11000 mouthwashes. Hum <strong>Gen</strong>et 97: 334-336 (1996).<br />

11. Riley J et al. Rapid determination of DNA concentration in multiple samples. Nucleic Acids<br />

Res17: 8383 (1989).<br />

12. Leoni GB et al. The Cystic Fibrosis Mutation Database website at:<br />

http://www.genet.sickkids.on.ca .<br />

Side 13 af 13

Hooray! Your file is uploaded and ready to be published.

Saved successfully!

Ooh no, something went wrong!