Elucigene - Gen-Probe, Inc.
Elucigene - Gen-Probe, Inc.
Elucigene - Gen-Probe, Inc.
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
<strong>Elucigene</strong> ® CF29 v.2<br />
Brugervejledning<br />
Det forstærkende modstanddygtige mutationssystem (Amplification Refractory Mutation System<br />
(ARMS ® ) beskyttes af det europæiske patent nr. 0332435, USA patent nr. 5595890 og<br />
tilsvarende patenter verden over.<br />
Varemærket ARMS ® tilhører AstraZeneca UK Ltd. og anvendes under licens.<br />
Varemærket <strong>Elucigene</strong> ® tilhører <strong>Gen</strong>-<strong>Probe</strong> Life Sciences Ltd.<br />
Varemærket NuSieve ® tilhører Lonza. Varemærket AmpliTaq Gold ® tilhører Roche Molecular<br />
Systems <strong>Inc</strong>.<br />
<strong>Elucigene</strong> ® sættene er udviklet og fremstillet af <strong>Gen</strong>-<strong>Probe</strong> Life Sciences Ltd inden for<br />
kvalitetssystemer, der anerkendes af ISO9001:2008 et ISO13485:2003<br />
Fremstillet af <strong>Gen</strong>-<strong>Probe</strong> Life Sciences Ltd.<br />
Heron House<br />
Oaks Business Park<br />
Crewe Road<br />
Wythenshawe<br />
Manchester<br />
M23 9HZ<br />
For salgsafdeling, kundeservice og teknisk support:<br />
T: +49 (0) 6122 7076 451<br />
F: +49 (0) 6122 7076 155<br />
E: customerservice@gen-probe.eu<br />
E: technicalsupport@gen-probe.eu<br />
CF030BY005DK<br />
08/2012<br />
Copyright 2012 <strong>Gen</strong>-<strong>Probe</strong> Life Sciences Ltd<br />
Side 1 af 13
ELUCIGENE CF30<br />
Katalog nr. - CF030B1 – 25 tests med AmpliTaq Gold<br />
Anvendelsesområde<br />
Til simultan kvalitativ in vitro-påvisning af menneskelige genmutationer ved cystisk fibrose<br />
transmembrane konduktionsregulatorkanaler (CTFR) Y1092X, 1717-1G>A, G542X, W1282X,<br />
N1303K, ΔF508, 3849+10kbC>T, 394delTT, 621+1G>T, R553X, G551D, R117H, R1162X,<br />
R334W, A455E, 2183AA>G, 3659delC, 1078delT, ΔI507, R347P, S1251N, E60X,<br />
1811+1.6kbG>A, 3272-26A>G, 3120+1G>A, 2789+5G>A, 711+1G>T, G85E, Y122X og W846X<br />
i menneskeligt fuldblodsprøver. Derudover kan testen skelne mellem personer, der er<br />
heterozygotiske og homozygotiske i forhold til mutationen ΔF508.<br />
Procedurens principper<br />
Metoden, der anvendes af ELUCIGENE CF30 sættet, er baseret på teknologien ARMS<br />
(allelspecifik amplifikation), der kan påvise punktmutation eller mindre bortfald i<br />
deoxyribonukleinsyre (DNA) (6) . Princippet med ARMS er, at oligonukleotider med en 3’<br />
fejlparret rest under visse forhold ikke vil fungere som polymerasekædereaktion (PCR) primers.<br />
Valget af egnede oligonukleotider tillader forstærkning og påvisning af specifikke mutant- eller<br />
normale DNA-sekvenser.<br />
Advarsler og sikkerhedsforanstaltninger<br />
1. Kun til professionel in vitro-diagnostik.<br />
2. Den normale DNA-kontrol i dette sæt er testet individuelt og fundet negativ for hepatitis B<br />
virus (HBV), hepatitis C virus (HCV) og human immundefekt virus (HIV) 1 og 2.<br />
3. Vær forsigtig ved håndtering af menneskelige materialer. Alle prøver skal anses som<br />
eventuelt smittefarlige. Ingen testmetoder kan give fuld sikkerhed for, at HBV, HCV, HIV<br />
1 eller andre smittefarlige agenter ikke er til stede.<br />
4. Licenser for in vitro-diagnostikanalyse af genmutationer, der opdages af disse reagenser,<br />
kan kræves og er reagenskøberens ansvar.<br />
5. Håndtering af prøver og testkomponenter, deres anvendelse, opbevaring og<br />
bortskaffelse skal ske i overensstemmelse med nationale bestemmelser og lovgivning<br />
vedr. biologisk risikomateriale.<br />
6. Opbevar alle reagenser ved under –20°C. Bortskaf 3 måneder efter åbning medmindre<br />
der er tale om delalokvotering<br />
Side 2 af 13
Symboler anvendt på etiketter<br />
Symbolerne anvendt på alle etiketter og emballage stemmer overens med den harmoniserede<br />
standard EN980<br />
REF<br />
LOT<br />
X°C<br />
Producent<br />
Antal tests<br />
Se brugsvejledningerne<br />
Opbevar under den angivne temperatur<br />
Anvend før den angivne dato<br />
Katalogkode<br />
Partinummer<br />
Side 3 af 13
Medfølgende materialer<br />
1. 1 hætteglas x 450l hver med CF030TA, CF030TB, CF030TC og CF030TD). –Mængden<br />
af hætteglas er tilstrækkelig til 25 tests, hver af 4 primermix (TA,TB,TC og TD)<br />
indeholdende primers til påvisning af følgende 29 CFTR-mutationer: Y1092X, 1717-<br />
1G>A, G542X, W1282X, N1303K, ΔF508, 3849+10kbC>T, 394delTT, 621+1G>T,<br />
R553X, G551D, R117H, R1162X, R334W, A455E, 2183AA>G, 3659delC, 1078delT,<br />
ΔI507, R347P, S1251N, E60X, 1811+1.6kbG>A, 3272-26A>G, 3120+1G>A,<br />
2789+5G>A, 711+1G>T, G85E, Y122X og W846X. Hvert primermix indeholder også<br />
kontrolprimers og deoxynukleotidtrifosfater i buffer<br />
2. 1 hætteglas x 200µl med CR000TV fortyndingsmiddel (Dilution Buffer (DB))<br />
3. 1 hætteglas x 600µl med CR000TR initialfarve (Loading Dye (LD)) til 25 tests<br />
4. 1 hætteglas x 50µl med CR050TW AmpliTaq Gold ® (AG) tilstrækkelig til 25 tests.<br />
5. 1 x 50µl hætteglas med CF030TX DNA-kontrol (DC), normalt til mutationer, der er påvist<br />
af ELUCIGENE TM CF30<br />
25 farvede PCR-hætteglas (orange, lilla, grøn og blå) kan fås efter forespørgsel.<br />
Påkrævede, men ikke medfølgende materialer<br />
DNA-forberedelse - sterilt afioniseret vand af god kvalitet; natriumklorid (NaCl);<br />
ethylendiamintetraeddikesyre; dinatriumsalt (EDTA); pelleteret natriumhydroxid (NaOH); 2amino-2-(hydroxymetyl)-1,3-propanediol;<br />
krystalliseret (Tris-base); saltsyre 36% sp.gr.1.18<br />
(HCl); ammoniumklorid (NH4Cl).<br />
PCR-amplifikation – Sigma let hvid mineralolie*; sterilt destilleret vand af god kvalitet.<br />
(a) Påkrævet til termiske variatorer uden opvarmede låg og til PCR-amplifikation i 0,5 ml PCR-<br />
hætteglas.<br />
Elektroforese – materialer til geleelektroforese som f.eks. NuSieve 3:1 Agarose (Lonza) og<br />
50 baseparstige (Amersham Pharmacia Biotech).<br />
Påkrævede materialer<br />
<strong>Gen</strong>erelt<br />
Laboratorieartikler – handsker; mikrofugerør med skruelåg; rørholdere; pipettespidser.<br />
Laboratorieudstyr – præcisionspipetter (2 sæt: 1 til før-amplifikation og 1 til efter-amplifikation -<br />
helst positive forskydningspipetter); glasartikler; beskyttelsesbeklædning; hvirvelblander;<br />
mikrofuge; vægt.<br />
DNA-forberedelse - Varmeblok (varmer op til 100°C).<br />
PCR-amplifikation – Termisk variator, som rummer 0,5 ml, eller 0,2 ml hætteglas med en<br />
temperaturnøjagtighed på +/-1,0°C mellem 33°C og 100°C og statisk temperaturensartethed på<br />
+/-1°C. Valgfrie opvarmede låg.<br />
Side 4 af 13
Elektroforese – Horisontal undervands-gelebeholder; strømforsyningsenhed; mikroovn;<br />
vandbad til nedkøling af agarose; UV-kameralysbord; fotografisk system.<br />
Prøveudtagning og opbevaring<br />
Man bør anvende prøver fra fuldblod (EDTA) eller tørrede blodpletter.<br />
Prøveudtagningsudstyr har til tider vist sig at være skadeligt for integriteten af visse analyser og<br />
kan forstyrre visse metodeteknologier (9) . Det anbefales, at hver bruger sikrer, at det valgte<br />
udstyr anvendes i overensstemmelse med producentens anvisninger og at både<br />
prøveudtagningsudstyr og alternative DNA-forberedelsesmetoder er kompatible med denne<br />
test.<br />
Blodprøver skal opbevares ved -20°C før forberedelse af DNA. Undgå gentaget nedfrysning og<br />
optøning.<br />
Blodprøver (EDTA)<br />
Forberedelse af DNA fra fuldblodsprøver (EDTA)<br />
1. Pipetter 80l af hver blodprøve i et mikrofugerør med skruelåg.<br />
2. Pipetter 320l af 170mM (9,09 g/l) NH4Cl opløsning i hvert rør.<br />
3. Bland i 20 minutter ved mild hvirvel og inversion. Undgå kraftig rystelse og skumdannelse.<br />
4. Centrifuger hvert rør i 2 minutter ved 12 000 g, indtil der dannes en pelleteret celle.<br />
5. Fjern og bortskaf overflydende væske vha. pipetten.<br />
6. Pipetter 300l af 10mM (0,58g/l) NaCl/10mM (3,72g/l) EDTA i hvert rør og udeluk cellerne<br />
ved hvirvelblanding.<br />
7. Centrifuger hvert rør i 1 minut ved 12 000 g, indtil der dannes en pelleteret celle.<br />
8. <strong>Gen</strong>tag trin 5 til 7 mindst to gange mere, indtil al synlig rød farve i den overflydende væske<br />
er fjernet.<br />
9. Fjern og bortskaf overflydende væske vha. pipetten.<br />
10. Pipetter 200l af 50mM (2g/l) NaOH EDTA i hvert rør og udeluk cellerne ved hvirvelblanding.<br />
11. Placer i en opvarmet blok ved 100°C i 10 minutter.<br />
12. Pipetter 40l af 1M (121,1g/l) Tris-base/HCl (pH 7.5) i hvert rør og hvirvelbland.<br />
13. Tilføj 1 ml sterilt afioniseret vand i hvert mikrofugerør for at opnå en samlet DNAprøvemængde<br />
på 1,24 ml.<br />
14. Centrifuger hvert rør i 1 minut ved 12 000 g, indtil der dannes pelleteret cellefragment.<br />
DNA’en findes inde i den overflydende væske.<br />
Side 5 af 13
Forberedelse af DNA fra tørrede blodpletter<br />
1. Stans 2 x 3 mm skiver (b) fra prøvekortet i et 1,5 ml rør med skruelåg.<br />
Der skal stanses fra et område af kortet, der er helt mættet med blod. Stans flere<br />
”rene” kortpletter før hver prøve, for at undgå smitte mellem prøverne.<br />
2. Tilføj 1ml af 10mM (0,58g/l) NaCl/10mM (3.72g/l) EDTA og bland i rotationsblanderen i 15 -<br />
20 minutter. Hvis en rotationsblander ikke er tilgængelig, kan det være nødvendigt at<br />
forlænge afvaskningerne med 30 minutter hver.<br />
3. Fjern og bortskaf vaskeopløsningen.<br />
4. <strong>Gen</strong>tag trin 2 og 3 en gang mere.<br />
5. På dette tidspunkt burde det meste af blodpigmentet være udtrukket fra skiven. En svag<br />
rødbrun farve fra blodpletterne er ikke usædvanlig på dette tidspunkt.<br />
6. Mikrofuger kort (3 sek.) for at samle overskydende vaskeopløsning i bunden af røret. Brug<br />
en pipette til at fjerne og bortskaffe så meget vandopløsning som muligt uden at forstyrre<br />
pletterne.<br />
7. Denne korte mikrofugering fjerner typisk ekstra blodpigment fra blodpletterne.<br />
8. Tilføj 150μl af 50mM (2g/l) NaOH i hvert glas. Rul forsigtigt mellem fingrene for at blande.<br />
9. Placer i en opvarmet blok ved 100°C i 10 minutter.<br />
10. Mikrofuger kort for at samle bundfald i bunden af røret.<br />
11. Tilføj 30μ af 1M (121,1g/l) Tris-base/HCl (pH 7,5) i hvert glas for at neutralisere, og bland<br />
forsigtigt.<br />
12. Tilføj 420μl sterilt Sigma-vand i hver DNA-prøve for at opnå en samlet mængde på 600l.<br />
13. Bland prøverne godt og mikrofuger for at samle.<br />
14. Overfør bundfald til et nyetiketteret glas med skruelåg.<br />
Opbevar det ekstraherede DNA ved –20°C.<br />
(b) Det samlede anvendte blodprøveområde skal udgøre mindst 2 x 3 mm cirkulære blodpletter.<br />
F.eks. kan der anvendes 1 x 6 mm kortpletter, hvis det er passende.<br />
IsoCode kortet – DNA-isolationsudstyr til amplifikationssættet (Schleicher and Schuell, <strong>Inc</strong>.) er<br />
blevet anvendt til DNA-forberedelse fra blodpletter og har også vist sig at give fortolkelige<br />
resultater.<br />
Alternative DNA-forberedelsesmetoder<br />
DNA-forberedelsesmetoderne, der er beskrevet ovenfor, er anbefalet af <strong>Gen</strong>-<strong>Probe</strong> og har vist,<br />
at de giver konsistente og pålidelige resultater. DNA, der er forberedt med andre metoder eller<br />
fra andre prøvetyper, er måske ikke optimale til ELUCIGENE CF30 testen, og kan give<br />
Side 6 af 13
esultater, der ligger under det optimale. Nøglekriteriet for alternative DNAforberedelsesmetoder<br />
er DNA-koncentration og fravær af PCR-inhibitorer.<br />
Det anbefales, at alternative metoder og prøvetyper evalueres grundigt med ELUCIGENE<br />
CF30 testen, før resultaterne bruges til diagnostik. Tester af DNA-prøver ved koncentrationer<br />
10. Placer alle hætteglas fast i den termiske variatorblok. Start den 94°C enkelttrinscyklus<br />
efterfulgt af amplifikationscyklusprogrammet.<br />
11. Bortskaf al resterende ubrugt AmpliTaq Gold fortynding.<br />
12. Når amplifikationsprogrammet er fuldført, kan prøverne opbevares ved stuetemperatur<br />
natten over eller ved 2-8°C i op til 7 dage før analysering med geleelektroforese.<br />
(c) Til amplifikation udført i 0,5 ml PCR-hætteglas eller termiske variatorer uden opvarmede låg.<br />
Geleelektroforese<br />
Det anbefales, at hver bruger sikrer, at det valgte udstyr anvendes i overensstemmelse med<br />
producentens anvisninger og er kompatibelt med denne test. I dette tilfælde er<br />
nøgleparametrene dimensionerne på gelematrice og kam (brøndformer). Resultaterne er<br />
opnået vha. følgende elektroforeseforhold:<br />
1. PCR-produktet elektroforesebehandles i en 3 % NuSieve 3:1 agarosegele vha. trisborat med<br />
etidiumbromid (TBE/EtBr) som flydende buffer. TBE/EtBr forberedes som 134mM (16,2g/l)<br />
Trisbase, 74,9mM (4,63g/l) borsyre, 2,55mM (0,95g/l) EDTA opløsning med 0,1g/ml<br />
etidiumbromid.<br />
2. 3g af NuSieve 3:1 blev opløst i 100mL TBE/EtBr og hældt over i en 15 x 12 cm horisontal<br />
gelebakke med 1.5mm x 5mm brøndformere, hængt op 1 mm over basen.<br />
3. 15L af PCR-produktet (med initialfarve tilføjet under PCR opsætningsforløbet) hældes over<br />
på en gele.<br />
4. En 50 baseparstige (Amersham-Pharmacia Biotech) ved 1,5g/15l forberedes i den<br />
medfølgende initialfarve (80l destilleret vand / 10l initialfarve / 10l 50 baseparstige).<br />
Bemærk, at blandingen kan være orange før gelepåfyldning. 15l af denne fortynding hældes<br />
over på geleen og køres ved siden af prøverne som en molekylær vægtmarkør.<br />
5. Der udføres en elektroforese ved 5 til 6 V/cm (d) mellem elektroderne, indtil farvefronten har<br />
flyttet sig 5 cm fra påfyldningsbrøndene hen imod anoden (1,5 til 2 timer).<br />
6. Efter elektroforesen bliver geleerne sat på et UV-kameralysbord ved 260 nm, og derefter<br />
efterset og fotograferet.<br />
(d) Udregnet vha. afstanden i cm mellem elektroderne.<br />
Fortolkning af resultater<br />
PCR-produkterne vil blive observeret som bånd i geleens hætteglasbaner.<br />
1. Det øvre og nedre kontrolbånd skal være tydeligt i alle prøver (se figur 1).<br />
2. Alle baner skal være fri for overdreven udtværing og baggrundsfluorescens.<br />
3. De øverste og nederste kontrolbånds position skal angive den korrekte molekylære<br />
størrelse(se figur 1).<br />
Side 8 af 13
4. Den negative kontrol bør ikke vise nogen bånd inden for det område, der er defineret af de<br />
øvre og nedre kontrolbånd. Et diagnostikbånd bør ikke fortolkes, hvis et tilsvarende bånd<br />
også er set i den negative kontrol for den PCR, der bliver kørt, da dette er tegn på<br />
kontamination med genomisk DNA.<br />
Hvis et af ovennævnte punkter ikke er til stede, bør resultaterne ikke fortolkes, og testen skal<br />
gentages.<br />
5. En person har to kopier af CFTR-genet. Hvis disse kopier har samme sekvens i et vilkårligt<br />
område, beskrives personen som værende homozygotisk for dette område. Hvis disse kopier<br />
har forskellig sekvens i et vilkårligt område, beskrives personen som værende heterozygotisk<br />
i dette område.<br />
6. Tilstedeværelsen af PCR-produktet, der er genereret fra den normale ΔF508 primer i<br />
hætteglas B, angiver, at prøven indeholder den normale sekvens for dette område. Det<br />
normale PCR-produkt kan ses i hætteglas B banen for geleen ved 160 bp og kan identificeres<br />
ved sammenligning af båndpositionen med en tilstødende markørbane.<br />
7. PCR-produkter fra en person, der bærer en af Y1092X, 1717-1G>A, G542X, W1282X,<br />
N1303K, ΔF508 og 3849+10kbC>T mutationerne, vil kunne ses i hætteglas A banen for<br />
geleen og kan identificeres ved sammenligning af båndpositionen med en tilstødende<br />
markørbane. Produktbåndets størrelse i baseparret er vist i figur 1. Kun produktbånd med<br />
den korrekte størrelse bør fortolkes.<br />
8. PCR-produkter fra en person, der bærer en af 394delTT, 621+1G>T, S1251N, G551D,<br />
R117H, R1162X og R334W mutationerne, vil kunne ses i hætteglas B banen for geleen og<br />
kan identificeres ved sammenligning af båndpositionen med en tilstødende markørbane.<br />
Produktbåndets størrelse i baseparret er vist i figur 1. Kun produktbånd med den korrekte<br />
størrelse bør fortolkes.<br />
9. PCR-produkter fra en person, der bærer en af A455E, 2183AA>G, 3659delC, 1078delT,<br />
ΔI507, R347P, R553X og E60X mutationerne, vil kunne ses i hætteglas C banen for geleen<br />
og kan identificeres ved sammenligning af båndpositionen med en tilstødende markørbane.<br />
Produktbåndets størrelse i baseparret er vist i figur 1. Kun produktbånd med den korrekte<br />
størrelse bør fortolkes.<br />
10. PCR-produkter fra en person, der bærer en af 1811+1.6kbG>A, 3272-26G>A,<br />
3120+1G>A, 2789+5G>A, 711+1G>T, G85E, Y122X og W846X mutationerne, vil kunne ses<br />
som bånd og kan identificeres ved sammenligning af båndpositionen med en tilstødende<br />
markørbane. Produktbåndets størrelse i baseparret (bp) er vist i figur 1. Kun produktbånd<br />
med den korrekte størrelse bør fortolkes.<br />
OBS: På grund af primermixets kompleksitet kan der forekomme primerfænomener<br />
svarende til en størrelse på
Figur1<br />
A<br />
Apo B 423bp<br />
D1152H 367bp<br />
1717-1G>A 329bp<br />
G542X 279bp<br />
W1282X 240bp<br />
N1303K 200bp<br />
F508(M) 160bp<br />
3849+10kbC>T 132bp<br />
ODC 97bp<br />
B<br />
Apo B 526bp<br />
621+1G>T 383bp<br />
R553X 328bp<br />
G551D 290bp<br />
R117H 243bp<br />
R1162X 200bp<br />
F508(N) 160bp<br />
R334W 140bp<br />
ODC 97bp<br />
C<br />
Apo B 633bp<br />
A455E 500bp<br />
2183AA>G 425bp<br />
3659delC 344bp<br />
1078delT 272bp<br />
I507 222bp<br />
R347P 184bp<br />
S1251N 150bp<br />
E60X 121bp<br />
ODC 97bp<br />
ODC = nedre kontrol ApoB=Øvre kontrol<br />
Side 10 af 13<br />
D<br />
Apo B 633bp<br />
3120+1G>A 443bp<br />
2789+5G>A 370bp<br />
1898+1G>A 299bp<br />
711+1G>T 261bp<br />
G85E 224bp<br />
2184delA 196bp<br />
I148T 161bp<br />
R560T 143bp<br />
ODC 117bp<br />
Molekylær vægtmarkør<br />
(50 baseparstige)<br />
650<br />
600<br />
550<br />
500<br />
450<br />
400<br />
350<br />
300<br />
250<br />
200<br />
150<br />
100
Testvalidering<br />
30 overensstemmende fuldblodsprøver og tørrede blodpletter, hvis gentype var kendt, blev<br />
testet i en virksomhedsintern undersøgelse. DNA blev forberedt i overensstemmelse med disse<br />
brugsvejledninger. Ud af de 30 testede prøver, var de seks prøver normale for de 30<br />
mutationer, registreret af sættet. Hver af de 24 mutationer udviste mindst én af de mutationer,<br />
der blev registreret af sættet. Sammensatte heterozygoter blev registreret af sættet, og alle<br />
resultaterne var i overensstemmelse med den kendte gentype, der blev påvist med alternative<br />
metoder.<br />
Følgende valideringsprøver blev testet:<br />
Heterozygoter –2 x 3849+10kbC>T/+, 711+1G>T/+, 3272-26A>G/+, S1251N/+, R347P/+,<br />
R117H/+, R553X/+, dF508/+, 1811+1.6kbA>G/+, Y1092X/+, G542X/+, 1717-1G>A/+<br />
Sammensatte heterozygoter - Y122X/dI507, R1162X/dF508, G551D/dF508, 711+1G>T/dF508,<br />
A455E/dF508, 1717-1G>A/dF508, R117H/dF508, W846X/dF508, R117H/dF508<br />
Homozygoter – 6 x +/+, 2 x dF508/dF508,<br />
Krydsreaktivitet<br />
De nødvendige foranstaltninger er blevet truffet for at undgå interferens i testfunktionen ved<br />
tilstedeværelsen af andre rapporterede polymorfier og mutationer i CFTR-genet (8) . ELUCIGENE<br />
CF30 sætter er en udvidelse af ELUCIGENE CF29, og de oplysninger om krydsreaktivitet, der<br />
er angivet for ELUCIGENE CF29 er relevant og også angivet i disse instruktioner.<br />
Følgende sjældne mutationer er blevet evalueret til krydsreaktivitet og blev ikke påvist af<br />
ELUCIGENE CF29 sættet: R1283M, 1717-2A>G, R117C, 621+2T>C, R117L, I506V.<br />
Følgende polymorfier blev heller ikke påvist af testen: 3617G/T, 1655T/G (F508C), 1651A/G.<br />
Evaluering af kendte mutationer og polymorfier i CFTR-genet har fremhævet følgende<br />
påvirkninger på ELUCIGENE CF30 sættets resultater:<br />
1. ΔI507 i kombination med dup1716+51>61 producerer et PCR-produkt på 233 bp i<br />
hætteglasset C i stedet for de forventede 222 bp.<br />
2. Der er observeret lettere krydsreaktivitet i R347P primeren i hætteglas C med den sjældne<br />
mutation R347H mutation, hvilket resulterer i svagt PCR-produkt, som kan ses ved R347P<br />
positionen i hætteglas C.<br />
3. En nyere rapporteret mutation, 2184insG (12) , vil i teorien krydsreagere med 2183AA>G<br />
primeren i hætteglas C. Et 2183AA>G diagnostikbånd kan være tegn på, at 2184insG<br />
mutationen er til stede.<br />
4. En nylig rapporteret mutation F316L (12) vil krydsreagere med 1078delT primeren. Et<br />
diagnosticeringsbånd ved 1078delT positionen i C mixet kan indikere tilstedeværelsen af<br />
F316L mutationen.<br />
Side 11 af 13
5. Følgende mutationer, der ikke er blevet kontrolleret pga. manglende relevante prøver, kan<br />
forstyrre testfunktionen: R117P, 621+2T>G, R553G, R553Q, R347L, I506T, I506S og den<br />
sjældne kombination af ΔI507 med polymorfi 1651A/G.<br />
Procedurens begrænsninger<br />
1. Resultaterne fra denne eller ethvert andet diagnostiksæt bør kun anvendes og fortolkes i<br />
henhold til det samlede kliniske billede. <strong>Gen</strong>-<strong>Probe</strong> er ikke ansvarlig for de kliniske<br />
afgørelser, der bliver truffet.<br />
2. Fravær af mutationerne, der påvises med dette sæt, er ingen garanti for, at andre mutationer<br />
i CFTR-genet ikke er til stede. Mange andre mutationer er mulige og er ikke påvist med dette<br />
sæt.<br />
3. Mutationer varierer i hyppighed mellem forskellige befolkningsgrupper. Data om<br />
befolkningsmutationshyppigheden kan fås hos The Cystic Fibrosis <strong>Gen</strong>etic Analysis<br />
Consortium (8) (konsortium for genetisk analyse af cystisk fibrose).<br />
Brugeren af dette sæt skal lægge vægt på disse punkter, når resultaterne rapporteres til<br />
diagnoseklinikeren/den genetiske rådgiver.<br />
Referencer<br />
1. Welsh MJ et al. In Scriver CR et al (eds), The Metabolic and Molecular Basis of Inherited<br />
Disease. McGraw-Hill, New York: 3799-3876 (1995).<br />
2. Elborn JS et al. Cystic Fibrosis: current survival and population estimates to the year 2000.<br />
Thorax 46: 881-885 (1991).<br />
3. Riordan JR et al. Identification of the Cystic Fibrosis <strong>Gen</strong>e. Cloning and Characterization of<br />
Complementary DNA. Science 245: 1066-1073 (1989).<br />
4. Rommens JM et al. Identification of the Cystic Fibrosis <strong>Gen</strong>e: Chromosome Walking and<br />
Jumping. Science245: 1059-1065 (1989).<br />
5. The Cystic Fibrosis Mutation Database website at: http://www.genet.sickkids.on.ca<br />
6. Newton CRet al. Analysis of any point mutation in DNA. The Amplification Refractory<br />
Mutation System (ARMS). Nucleic Acids Res 17: 2503-2516 (1989).<br />
7. Estivill X et al. Geographic distribution and regional origin of 272 cystic fibrosis mutations in<br />
European populations. Hum Mut 10:135-154 (1997).<br />
8. The Cystic Fibrosis <strong>Gen</strong>etic Analysis Consortium. Hum Mutat 4: 167- 177 (1994).<br />
Information also available from: http://www.genet.sickkids.on.ca<br />
9. Satsangi Jet al. Effect of heparin on polymerase chain reaction. Lancet 343: 1509-1510<br />
(1994).<br />
Side 12 af 13
10. de Vries HG et al. Validation of the determination of ΔF508 mutations of the CF gene in over<br />
11000 mouthwashes. Hum <strong>Gen</strong>et 97: 334-336 (1996).<br />
11. Riley J et al. Rapid determination of DNA concentration in multiple samples. Nucleic Acids<br />
Res17: 8383 (1989).<br />
12. Leoni GB et al. The Cystic Fibrosis Mutation Database website at:<br />
http://www.genet.sickkids.on.ca .<br />
Side 13 af 13