Raport final cercetare 2007 - Lorentz JÄNTSCHI

More documents

Recommendations

Info

<strong>Lorentz</strong> <strong>JÄNTSCHI</strong> (principal investigator) & Sorana D. BOLBOACĂ (co-investigator) Problematica cercetării In ultima perioadă de timp, indicii structurali folosiţi pentru modelarea de compuşi biologic activi prin studii integrate structură-activitate (SAR - structure activity relationship) sunt tot mai frecvent calculaţi din parametrii sterici (geometrici) şi/sau electrostatici (sarcini parţiale) [1] în detrimentul parametrilor pur topologici [2]. Sunt preferate calcule semiempirice şi cuantice cu programe ca Hondo95, Gaussian94, Gamess, Icon08, Tx90, Polyrate, Unichem/Dgauss, Allinger`s MM3, Mopac93, Mozyme si HyperChem [3]. Analiza de regresie structură/activitate foloseşte metode clasice ca regresia liniară, liniară multiplă, neliniară, sisteme expert sau reţele neuronale petru baze mari de date [4]. Elaborarea, implementarea şi folosirea modelului molecular pentru obţinerea de noi compuşi biologic activi este referită frecvent în fluxul de informatii. Iată un rezumat al acestor preocupări. Ca metodă preliminară de analiză, unii autori aliniază setul de molecule. Mai mult, metoda CoMFA introduce un algoritm în 6 paşi pentru analiza structură-activitate [5]: 1. construieşte setul şcoală de molecule cu activitate biologică cunoscută şi generează structura 3D a moleculelor (folosind programe ca: Mopac, Sybyl [6-7], HyperChem [8-9], Alchemy2000 [6], MolConn [10]; 2. alege o metodă de suprapunere (care poate fi suprapunerea de fragmente alese din molecule [5], [11,12] sau suprapunerea de grupuri farmacofore [13] şi suprapune virtual coordonatele spaţiale; 3. construieşte un grid care inconjoară moleculele suprapuse la pasul (2) într-o formă standard sau modificată ([14]) şi alege un atom de probă pentru interacţia cu punctele gridului [15,16]; 4. utilizează o metodă empirică (Hint [17]), un model specific (suprapunere farmacoforă [18]), energia potenţială clasică (Lennard-Jones, Coulomb), energia legaturilor de hidrogen [19], câmpul generat de orbitalii moleculari [20,21] sau orice alt model definit de utilizator [15] şi calculează valorile de interacţiune în gridul de la pasul (3) a câmpului de interacţiune ales cu atomul probă de la pasul (3); 5. foloseşte valorile calculate ale interacţiunii de la pasul (4) între punctele gridului şi atomul de probă pentru a face estimarea activităţii cunoscute construind o relaţie structură activitate; 6. foloseşte relaţia structură activitate obţinută la pasul (5) pentru a face predicţia activităţii pentru molecule cu aceeaşi suprapunere cu setul şcoală de la pasul (1). Metoda CoMFA este un bun instrument pentru predicţia unui variat tip de activităţi biologice cum sunt citotoxicitatea [22], inhibiţia [16,21], sau proprietăţile de formare [23,24]. Mai
Investigaţii structurale integrate pe compuşi biologic activi mult, metoda serveşte în modelarea compuşilor cu efecte farmaceutice [13,25] şi inhibitorilor HIV [26]. Revenind asupra investigatiilor structurale pe compuşi biologic activi, o activitate foarte importantă este căutarea substructurilor active biologic din compuşii biologic activi care produc cea mai mare parte a răspunsului biologic măsurat [17]. Una din modalităţile de realizare a căutarii substructurilor active biologic este identificarea invarianţilor moleculari. În acest sens metoda WHIM (Weighted Holistic Invariant Molecular) calculează un set de indicatori statistici derivat din proprietăţile sterice şi electrostatice ale moleculelor [28-30]. O variantă a acestei metode, MS-WHIM (de la Molecular Surface) serveşte în analiza suprafeţei moleculare [31]. MS-WHIM este o colecţie de 36 indicatori statistici derivaţi din proprietăţile sterice şi electrostatice şi este orientată spre parametrizarea suprafeţei moleculare [32]. Relaţiile cantitative structură-activitate QSAR (Q - quantitative) referă în general o activitate biologică măsurabilă iar tehnica de investigare ce foloseşte QSAR este o tehnică modernă folosită astăzi în multe domenii prioritare, incluzând farmaceutica, mediul, biotehnologia şi microbiologia. Literatura de specialitate conţine astăzi un numar mare de relaţii structură-activitate care evaluează impactul produselor chimice asupra mediului [33-37]. Modelul matematic folosit pentru obţinerea relaţiilor structură-activiate este cel mai frecvent bazat pe regresia liniara [38] şi pe reţelele neuronale artificiale [39-41]. 9(115)
Page 1 and 2: Investigaţii structurale integrate
Page 7: Investigaţii structurale integrate
Page 59 and 60:
Investigaţii structurale integrate
Page 61 and 62:
Page 63 and 64:
Page 65 and 66:
Page 67 and 68:
Page 69 and 70:
Page 71 and 72:
Page 73 and 74:
Page 75 and 76:
Page 77 and 78:
Page 79 and 80:
Page 81 and 82:
Page 83 and 84:
Page 85 and 86:
Page 87 and 88:
Page 89 and 90:
Page 91 and 92:
Page 93 and 94:
Page 95 and 96:
Page 97 and 98:
Page 99 and 100:
Page 101 and 102:
Page 103 and 104:
Page 105 and 106:
Page 107 and 108:
Page 109 and 110:
Page 111 and 112:
Page 113 and 114:
Page 115:
show all

Raport final cercetare 2007 - Lorentz JÄNTSCHI

You also want an ePaper? Increase the reach of your titles

Delete template?

Save as template?