An Integrated Data Analysis Suite and Programming ... - TOBIAS-lib

BIBLIOGRAPHY 85
[38] D. D. Licatalosi, A. Mele, J. J. Fak, J. Ule, M. Kayikci, S. W. Chi, T. A. Clark, A. C.
Schweitzer, J. E. Blume, X. Wang, J. C. Darnell, and R. B. Darnell. HITS-CLIP yields
genome-wide insights into brain alternative RNA processing. In: Nature 456.7221 (Nov.
2008), pp. 464469. doi: 10.1038/nature07488. pmid: 18978773.
[39] D. E. Schones, K. Cui, S. Cuddapah, T. Y. Roh, A. Barski, Z. Wang, G. Wei, and K.
Zhao. Dynamic regulation of nucleosome positioning in the human genome. In: Cell
132.5 (Mar. 2008), pp. 887898. doi: 10.1016/j.cell.2008.02.022. pmid: 18329373.
[40] S. J. Cokus, S. Feng, X. Zhang, Z. Chen, B. Merriman, C. D. Haudenschild, S. Pradhan,
S. F. Nelson, M. Pellegrini, and S. E. Jacobsen. Shotgun bisulphite sequencing of the
Arabidopsis genome reveals DNA methylation patterning. In: Nature 452.7184 (Mar.
2008), pp. 215219. doi: 10.1038/nature06745. pmid: 18278030.
[41] A. Meissner, T. S. Mikkelsen, H. Gu, M. Wernig, J. Hanna, A. Sivachenko, X. Zhang,
B. E. Bernstein, C. Nusbaum, D. B. Jae, A. Gnirke, R. Jaenisch, and E. S. Lander.
Genome-scale DNA methylation maps of pluripotent and dierentiated cells. In: Nature
454.7205 (Aug. 2008), pp. 766770. doi: 10.1038/nature07107. pmid: 18600261.
[42] N. A. Baird, P. D. Etter, T. S. Atwood, M. C. Currey, A. L. Shiver, Z. A. Lewis, E. U.
Selker, W. A. Cresko, and E. A. Johnson. Rapid SNP discovery and genetic mapping using
sequenced RAD markers. In: PLoS ONE 3.10 (2008), e3376. doi: 10.1371/journal.
pone.0003376. pmid: 18852878.
[43] E. M. Willing, M. Homann, J. D. Klein, D. Weigel, and C. Dreyer. Paired-end RADseq
for de novo assembly and marker design without available reference. In: Bioinformatics
27.16 (Aug. 2011), pp. 21872193. doi: 10.1093/bioinformatics/btr346. pmid:
21712251.
[44] C. Zong, S. Lu, A. R. Chapman, and X. S. Xie. Genome-wide detection of singlenucleotide
and copy-number variations of a single human cell. In: Science 338.6114 (Dec.
2012), pp. 16221626. doi: 10.1126/science.1229164. pmid: 23258894.
[45] G. R. Abecasis, D. Altshuler, A. Auton, L. D. Brooks, R. M. Durbin, R. A. Gibbs, M. E.
Hurles, G. A. McVean, D. Altshuler, R. M. Durbin, G. R. Abecasis, D. R. Bentley, A.
Chakravarti, A. G. Clark, F. S. Collins, F. M. De La Vega, P. Donnelly, M. Egholm,
P. Flicek, S. B. Gabriel, R. A. Gibbs, B. M. Knoppers, E. S. Lander, H. Lehrach, E. R.
Mardis, G. A. McVean, D. A. Nickerson, L. Peltonen, A. J. Schafer, S. T. Sherry, et al. A
map of human genome variation from population-scale sequencing. In: Nature 467.7319
(Oct. 2010), pp. 10611073. doi: 10.1038/nature09534. pmid: 20981092.
[46] G. R. Abecasis, A. Auton, L. D. Brooks, M. A. DePristo, R. M. Durbin, R. E. Handsaker,
H. M. Kang, G. T. Marth, G. A. McVean, D. M. Altshuler, R. M. Durbin, G. R. Abecasis,
D. R. Bentley, A. Chakravarti, A. G. Clark, P. Donnelly, E. E. Eichler, P. Flicek, S. B.
Gabriel, R. A. Gibbs, E. D. Green, M. E. Hurles, B. M. Knoppers, J. O. Korbel, E. S.
Lander, C. Lee, H. Lehrach, E. R. Mardis, G. T. Marth, G. A. McVean, et al. An
integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes. In: Nature 491.7422
(Nov. 2012), pp. 5665. doi: 10.1038/nature11632. pmid: 23128226.
[47] D. Haussler, S. J. O'Brien, O. A. Ryder, F. K. Barker, M. Clamp, A. J. Crawford, R.
Hanner, O. Hanotte, W. E. Johnson, J. A. McGuire, W. Miller, R. W. Murphy, W. J.
Murphy, F. H. Sheldon, B. Sinervo, B. Venkatesh, E. O. Wiley, F. W. Allendorf, G. Amato,
C. S. Baker, A. Bauer, A. Beja-Pereira, E. Bermingham, G. Bernardi, C. R. Bonvicino, S.
Brenner, T. Burke, J. Cracraft, M. Diekhans, S. Edwards, et al. Genome 10K: a proposal
to obtain whole-genome sequence for 10,000 vertebrate species. In: J. Hered. 100.6 (2009),
pp. 659674. doi: 10.1093/jhered/esp086. pmid: 19892720.