Microarray vizsgálatok Affymetrix platformon Póliska Szilárd ...
Microarray vizsgálatok Affymetrix platformon Póliska Szilárd ...
Microarray vizsgálatok Affymetrix platformon Póliska Szilárd ...
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
<strong>Microarray</strong> vizsgálatok <strong>Affymetrix</strong><br />
<strong>platformon</strong><br />
Póliska Szilárd<br />
Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet<br />
Klinikai Genomikai Központ<br />
2012.04.23.
<strong>Microarray</strong> típusok!<br />
Egyszín! array<br />
Kétszín! array
<strong>Affymetrix</strong> microarray
GeneChip Probe Array !<br />
Hybridized Probe Cell!<br />
* *<br />
*<br />
*<br />
*
Expressziós array típusok, mRNS analízis<br />
3’IVT array<br />
Whole-Transcript Expression<br />
array
Mi a különbség 3’IVT és a WT expressziós array között<br />
!"#$%&'&()"<br />
$*+,+'-*"+,"<br />
*.-&"/&(&"<br />
0123445556.%7-&)'$869+-42'+#:9)*;*&';;*)6.%8"
Génexpressziós microarray kísérlet tervezése<br />
Mintaszám<br />
Sejtvonal: 3 biológia párhuzamos/kondíció<br />
Állatkísérlet: 5 biológia párhuzamos/kondíció<br />
Klinikai tanulmány/humán minták: 10 biológia párhuzamos /<br />
kondíció<br />
RNS min"ség és -mennyiségellen"rzés Agilent BioAnalyzer-rel<br />
és NanoDrop-pal<br />
A kezelés vagy KO/KD hatás ellen"rzése QPCR-ral/Western<br />
blottal.
Adatelemzés I<br />
GeneSpring szoftver: – nyers adatok normalizálása, statisztikai<br />
analízis az eltér" expressziót mutató gének listájának<br />
meghatározása.<br />
Kezelt<br />
kontroll<br />
Kezelt<br />
kontroll
Adatelemzés II<br />
Ingenuity Pathway Analysis: – az adatok interpretálása, biológia<br />
funkció, génhálózatok, betegségspecifikus gének azonosítása
miRNS analízis<br />
! Assay miRNAs in 71 organisms, plus snoRNAs and scaRNAs in Homo sapiens<br />
! Human, mouse, rat, canine, and monkey – all important species for research and pharmaceutical drug<br />
development<br />
! Content is derived from:<br />
! Sanger miRBase miRNA database V11 (http://microrna.sanger.uk)<br />
! Probe sets targeting Homo sapiens snoRNAs and scaRNAs are derived from<br />
! snoRNABase (http://www-snorna.biotoul.fr/coordinates.php)<br />
! Ensembl Archive (http://www.ensembl.org/biomart/martview)<br />
! For full content and organism list, visit our web site<br />
www.affymetrix.com/products_services/arrays/specific/mi_rna.affx<br />
Organism Non-coding RNA Content<br />
Human miRNA 847<br />
Human snoRNA 900<br />
Human scaRNA 22<br />
Mouse miRNA 609<br />
Rat miRNA 351<br />
Canine miRNA 177<br />
Rhesus Monkey miRNA 485<br />
Rice (Asian) miRNA 275
DNS analízis<br />
Citogenetikai array – kópiaszám-változás detektálás 2.6 millió<br />
marker vizsgálatával.<br />
DMET array – Drug Metabolizing Enzymes and transporters:<br />
225 gyógyszer-anyagcserében és -transzportban szerepet<br />
játszó gén vizsgálata 1936 SNP markeren.<br />
Genome Wide Genotyping – SNP6 array 1.8 millió genetikai<br />
marker 900 000 SNP + 946 000 kópiaszám-változást<br />
detektáló próba
Készülékek<br />
Hybridization<br />
Oven<br />
GeneChip Scanner 3000 7G<br />
Fluidic Station 450
Köszönöm<br />
a<br />
figyelmet.
Change language