Microarray vizsgálatok Affymetrix platformon Póliska Szilárd ...
Microarray vizsgálatok Affymetrix platformon Póliska Szilárd ...
Microarray vizsgálatok Affymetrix platformon Póliska Szilárd ...
Create successful ePaper yourself
Turn your PDF publications into a flip-book with our unique Google optimized e-Paper software.
<strong>Microarray</strong> vizsgálatok <strong>Affymetrix</strong><br />
<strong>platformon</strong><br />
Póliska Szilárd<br />
Biokémiai és Molekuláris Biológiai Intézet<br />
Klinikai Genomikai Központ<br />
2012.04.23.
<strong>Microarray</strong> típusok!<br />
Egyszín! array<br />
Kétszín! array
<strong>Affymetrix</strong> microarray
GeneChip Probe Array !<br />
Hybridized Probe Cell!<br />
* *<br />
*<br />
*<br />
*
Expressziós array típusok, mRNS analízis<br />
3’IVT array<br />
Whole-Transcript Expression<br />
array
Mi a különbség 3’IVT és a WT expressziós array között<br />
!"#$%&'&()"<br />
$*+,+'-*"+,"<br />
*.-&"/&(&"<br />
0123445556.%7-&)'$869+-42'+#:9)*;*&';;*)6.%8"
Génexpressziós microarray kísérlet tervezése<br />
Mintaszám<br />
Sejtvonal: 3 biológia párhuzamos/kondíció<br />
Állatkísérlet: 5 biológia párhuzamos/kondíció<br />
Klinikai tanulmány/humán minták: 10 biológia párhuzamos /<br />
kondíció<br />
RNS min"ség és -mennyiségellen"rzés Agilent BioAnalyzer-rel<br />
és NanoDrop-pal<br />
A kezelés vagy KO/KD hatás ellen"rzése QPCR-ral/Western<br />
blottal.
Adatelemzés I<br />
GeneSpring szoftver: – nyers adatok normalizálása, statisztikai<br />
analízis az eltér" expressziót mutató gének listájának<br />
meghatározása.<br />
Kezelt<br />
kontroll<br />
Kezelt<br />
kontroll
Adatelemzés II<br />
Ingenuity Pathway Analysis: – az adatok interpretálása, biológia<br />
funkció, génhálózatok, betegségspecifikus gének azonosítása
miRNS analízis<br />
! Assay miRNAs in 71 organisms, plus snoRNAs and scaRNAs in Homo sapiens<br />
! Human, mouse, rat, canine, and monkey – all important species for research and pharmaceutical drug<br />
development<br />
! Content is derived from:<br />
! Sanger miRBase miRNA database V11 (http://microrna.sanger.uk)<br />
! Probe sets targeting Homo sapiens snoRNAs and scaRNAs are derived from<br />
! snoRNABase (http://www-snorna.biotoul.fr/coordinates.php)<br />
! Ensembl Archive (http://www.ensembl.org/biomart/martview)<br />
! For full content and organism list, visit our web site<br />
www.affymetrix.com/products_services/arrays/specific/mi_rna.affx<br />
Organism Non-coding RNA Content<br />
Human miRNA 847<br />
Human snoRNA 900<br />
Human scaRNA 22<br />
Mouse miRNA 609<br />
Rat miRNA 351<br />
Canine miRNA 177<br />
Rhesus Monkey miRNA 485<br />
Rice (Asian) miRNA 275
DNS analízis<br />
Citogenetikai array – kópiaszám-változás detektálás 2.6 millió<br />
marker vizsgálatával.<br />
DMET array – Drug Metabolizing Enzymes and transporters:<br />
225 gyógyszer-anyagcserében és -transzportban szerepet<br />
játszó gén vizsgálata 1936 SNP markeren.<br />
Genome Wide Genotyping – SNP6 array 1.8 millió genetikai<br />
marker 900 000 SNP + 946 000 kópiaszám-változást<br />
detektáló próba
Készülékek<br />
Hybridization<br />
Oven<br />
GeneChip Scanner 3000 7G<br />
Fluidic Station 450
Köszönöm<br />
a<br />
figyelmet.