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Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Biología <strong>molecular</strong><br />
Alberto Gómez Esteban<br />
2º Medicina<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 1
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Índice de contenidos<br />
Tema 1. Estructura y características del DNA________________________3<br />
Tema 2. Organización del DNA: Genoma y epigenoma_______________18<br />
Tema 3. Replicación____________________________________________24<br />
Tema 4. Transcripción__________________________________________30<br />
Tema 5. Traducción____________________________________________46<br />
Tema 6. Regulación de la expresión génica_________________________57<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 2
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Tema 1. Estructura de los ácidos nucleicos.<br />
Tipos y funciones<br />
Dogma central<br />
El dogma central de la biología <strong>molecular</strong> habla del flujo de información<br />
genética contenida en el DNA, que esta implicado en la autocopia y en la<br />
transcripción en su camino hacia la síntesis de proteínas.<br />
La síntesis de proteínas no está necesariamente asociada a la división celular<br />
ya que pueden requerirse proteínas en fase de quiescencia del ciclo celular,<br />
por ejemplo para renovar proteínas de la célula, o para formar producto de<br />
secreción.<br />
Las proteínas diferencian tipos celulares, cosa que el DNA no puede hacer ya<br />
que es el mismo en todos los tipos celulares, pero la expresión de unas u otras<br />
proteínas determina la morfología y funcionalidad de las células.<br />
Componentes estructurales<br />
Disponemos de dos ácidos nucleicos: DNA y RNA<br />
Los elementos <strong>com</strong>unes a ambos son:<br />
− Pentosa, que será ribosa o desoxirribosa. Los carbonos son<br />
nombrados con numeración N’ (1’, 2’ ,3’ ,4’ ,5’)<br />
− Bases nitrogenadas. Existen dos tipos de ciclos<br />
Purinas. Dos ciclos (N 9’ ). Adenina y Guanina.<br />
Pirimidinas. Un ciclo (N 1’ ). Citosina, Timina y Uracilo.<br />
Si unimos la pentosa a la base mediante un enlace N-Glucosídico<br />
dispondremos de un nucleósido.<br />
El enlace N-Glucosídico se establece entre el C 1 ’ de la pentosa y el N 9 ’<br />
(purinas) o N1’ (pirimidinas).<br />
Nomenclatura del nucleósidos: Adenosina, Citidina, Guanosina, Timidina,<br />
Uridina.<br />
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Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Un nucleótido se forma al establecerse un enlace éster fosfórico el cual se<br />
produce entre un fosfato y el C 5 ’ de la pentosa.<br />
Nomenclatura de nucleótidos: Adenilato (A), Citilidato (C), Guanilidato (G),<br />
Timidilidato (T), Uridilidato (U).<br />
Los nucleótidos también pueden estar en sus formas di y trifosforilados. Estos<br />
nucleótidos fosforilados sirven de vector energético y <strong>com</strong>o monómeros de las<br />
cadenas de DNA y RNA.<br />
Los nucleótidos polimerizan mediante uniones que se conocen <strong>com</strong>o enlaces<br />
fosfodiéster que se lleva a cabo mediante carbonos 3’-5’. El primer nucleótido<br />
deja libre su carbono 5’ y el ultimo su carbono 3’ de forma que afirmamos que<br />
la dirección de síntesis es 5’→3’.<br />
Generalidades del DNA<br />
Función<br />
La función del DNA es la de almacenar la información genética, lo que sirve<br />
para programar en el tiempo y el espacio la biosíntesis de <strong>com</strong>ponentes<br />
celulares, es decir, cuando la célula necesite una proteína, el DNA se<br />
encargara de promover su fabricación. También define la individualidad de<br />
cada organismo.<br />
Composición<br />
− Su azúcar es la desoxirribosa<br />
− Sus bases nitrogenadas son Adenina, Guanina, Citosina y<br />
Timina.<br />
− Tiene gran tamaño (109 Daltons)<br />
− No es una molécula lineal aislada, sino que es bicatenaria en<br />
forma de doble hélice con giro dextrógiro<br />
Claves estructurales<br />
Composición 1-1-1 (1 base – 1 fosfato – 1 azúcar)<br />
Se trata de una molécula anfipática. El grupo fosfato es hidrófilo<br />
mientras que las bases y el azúcar son hidrófobas y se disponen hacia el<br />
interior.<br />
La difracción de rayos X ayudó a establecer el modelo de doble hélice.<br />
Un análisis químico nos aporta que hay el mismo numero de purinas<br />
que de pirimidinas, también nos informa de que el apareamiento es<br />
(A - T / G - C).<br />
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Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Las dos cadenas son antiparalelas (5’ – 3’ se aparea con 3’ – 5’) y se<br />
aparean mediante puentes de hidrogeno entre bases <strong>com</strong>plementarias.<br />
Estructura<br />
− Timina aparea con Adenina mediante 2 puentes de hidrógeno<br />
(A=T)<br />
− Citosina aparea con Guanina mediante 3 puentes de hidrógeno<br />
(C≡G)<br />
Hacia el interior del DNA quedan las partes mas apolares (BN + pentosa)<br />
El diámetro de la doble hélice es de 2 nm en toda su longitud. Entre dos pares<br />
de bases en la escalera hay 0,34 nm y un desfase de 36º.<br />
El desfase de 36º causa que cada vuelta de hélice (360º) contenga 10 pares<br />
de bases, así pues, la distancia entre una vuelta de hélice y la siguiente es de<br />
34 nm.<br />
Hay un surco mayor y un surco menor. Estas zonas son importantes, ya que<br />
en algunas zonas del surco mayor existen interacciones con proteínas, con<br />
función reguladora promotora de genes.<br />
Los surcos surgen ante la siguiente estructura química del DNA:<br />
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Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Aparte de ésta estructura (B-DNA) existen otras estructuras menos <strong>com</strong>unes.<br />
Las diferentes estructuras de organización del DNA son las siguientes:<br />
− A-DNA<br />
− Z-DNA<br />
− B-DNA<br />
Si <strong>com</strong>paramos el B-DNA con el A-DNA, observamos que las bases del B-<br />
DNA son perpendiculares al eje mientras que las del A-DNA están mas<br />
inclinadas.<br />
En un corte transversal encontramos que el B-DNA tiene bases mas<br />
concentradas y el A-DNA es menos denso.<br />
El A-DNA se encuentra <strong>com</strong>o forma deshidratada con altas concentraciones de<br />
sales en el medio.<br />
En cambio si <strong>com</strong>paramos el Z-DNA con el B-DNA encontramos que el B-DNA<br />
es dextrógiro y el Z-DNA es levógiro.<br />
El Z-DNA se encuentra en ocasiones en nuestras células <strong>com</strong>o modo de<br />
regulación, ya que en esta configuración el surco mayor queda inaccesible para<br />
las proteínas reguladoras, inutilizando el gen. Suele darse en regiones de<br />
Guanina y Citosina ante condiciones concretas del medio.<br />
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Propiedades<br />
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
El DNA se trata de un ácido muy cargado negativamente (polianión) debido a<br />
los fosfatos presentes en su estructura. Esta característica hace que pueda<br />
interaccionar con cationes <strong>com</strong>o magnesio (Mg), calcio (Ca) y en condiciones<br />
patológicas por ejemplo puede interaccionar con plomo (Pb).<br />
También puede interaccionar con proteínas básicas <strong>com</strong>o las histonas,<br />
encargadas de estabilizar su plegamiento en el núcleo. Al interaccionar con<br />
cargas positivas que neutralizan sus cargas negativas el DNA se pliega.<br />
Es una molécula muy estable debido a sus numerosos puentes de hidrógeno<br />
establecidos cada par de bases. Los DNA mas estables son los más ricos en<br />
citosina y guanina debido a que entre estas bases se establece triple enlace, a<br />
pesar de ello los DNA de organismos superiores no son especialmente ricos en<br />
C y G por lo que son más inestables.<br />
Es una estructura de tipo cooperativo debido a los mencionados puentes de<br />
hidrógeno, y a las interacciones hidrofóbicas establecidas entre bases<br />
contiguas de una misma hebra.<br />
El DNA tiene una alta viscosidad debido a que se trata de una estructura muy<br />
alargada y de elevado peso <strong>molecular</strong>. El DNA por tanto cuando se pliega<br />
disminuye su viscosidad debido a que se <strong>com</strong>pacta.<br />
Una importante característica es que absorbe luz a 260 nm, debido a sus<br />
bases nitrogenadas. Las bases nitrogenadas libres absorben mas luz que<br />
aquellas que forman parte del DNA debido a que la organización estructural<br />
interfiere en la absorción de luminosidad. Esto ayuda a detectar si el DNA esté<br />
en estructura nativa o desnaturalizado. A la mayor absorción de luz del DNA<br />
desnaturalizado se denomina “efecto hipercrómico”.<br />
Decimos que un DNA esta desnaturalizado cuando ha perdido la estructura<br />
duplohelicoidal nativa. Se produce en los siguientes pasos:<br />
1. DNA duplohelicoidal nativo<br />
2. Se produce una perturbación que provoca una desnaturalización local<br />
3. DNA monocatenario desnaturalizado<br />
Si el DNA es una estructura cooperativa, los primeros pasos para la<br />
desnaturalización local son muy lentos, pero a partir de ahí, una vez producidos<br />
la desnaturalización se da muy rápidamente. Los agentes desnaturalizantes<br />
son los siguientes entre otros:<br />
Calor. El calor aumenta la vibración de las moléculas, y desestabiliza los<br />
puentes de hidrógeno lo que causa la separación de ambas hebras.<br />
pH extremos. Ioniza los grupos funcionales de las bases nitrogenadas<br />
lo que causa la ruptura de los puentes de hidrógeno.<br />
Variación de la fuerza iónica<br />
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Biología <strong>molecular</strong><br />
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Agentes desnaturalizantes. Como detergentes, urea, etc…<br />
La desnaturalización del DNA se realiza mediante la “curva de fusión” que<br />
enuncia que al principio es difícil la desnaturalización, pero una vez se inicia la<br />
desnaturalización esta se realiza de forma prácticamente inmediata. Estas<br />
curvas de fusión se construyen midiendo la absorbancia del DNA con respecto<br />
al tiempo una vez se realiza la perturbación.<br />
Definimos la T m (temperatura de fusión o desnaturalización) <strong>com</strong>o la<br />
temperatura a la que se desnaturaliza la mitad del DNA (50%). Esta<br />
temperatura depende inicialmente del medio, y una vez fijado éste, únicamente<br />
dependerá de la proporción de A/T y C/G presentes en el DNA debido a la<br />
diferencia de estabilidad de los puentes de hidrógeno entre ambos tipos de<br />
bases.<br />
Mientras que las proteínas una vez desnaturalizadas, teóricamente son<br />
renaturalizables pero es muy difícil revertir esta desnaturalización, en cambio el<br />
DNA es posible prácticamente siempre de renaturalizar.<br />
El proceso de renaturalización del DNA <strong>com</strong>ienza de forma lenta pero se lleva<br />
a cabo de forma muy rápida una vez iniciada, y se suele hacer con frío.<br />
Este proceso es muy importante debido a que nos ayuda a conocer la similitud<br />
entre dos DNA de distinto origen, es decir:<br />
a. Tenemos dos hebras de DNA muy diferentes, si las desnaturalizamos<br />
y renaturalizamos dispondremos de las mismas hebras (no se aparean<br />
entre hebras de distinto origen, es decir, no se produce hibridación)<br />
b. Tenemos dos hebras de DNA de procedencias distintas pero muy<br />
similares, si desnaturalizamos y renaturalizamos dispondremos de<br />
hebras hibridadas, o mezcladas.<br />
Esto ayuda a diagnosticar ciertas enfermedades genéticas al <strong>com</strong>parar genes<br />
potencialmente patológicos con los de personas sanas.<br />
Superenrrollamiento del DNA<br />
Con la estructura de doble hélice desplegada, el DNA no cabria en la célula,<br />
por lo que se debe <strong>com</strong>pactar mucho más para caber dentro de las células. La<br />
estructura más <strong>com</strong>ún es lo que se denomina DNA superenrrollado y se da en<br />
organismos procariotas.<br />
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Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
El superenrrollamiento es un cruzamiento superior a la doble hélice. Si<br />
imaginamos un DNA bacteriano circular, al que estiramos y enrollamos, sería el<br />
superenrollamiento del que hablamos:<br />
Superenrrollamiento negativo. En sentido levógiro, en sentido<br />
contrario al DNA y es mucho más estable y permite el desenrrollamiento<br />
rápido del DNA<br />
Superenrrollamiento positivo. En sentido dextrógiro, en el mismo<br />
sentido del DNA, es poco <strong>com</strong>ún ya que queda en forma muy tensa e<br />
inestable.<br />
A esta estructura se la suele conocer <strong>com</strong>o superhélice. Al DNA superestirado<br />
le cuesta mucho avanzar en electroforesis, pero si está superenrrollado será<br />
más <strong>com</strong>pacto que el DNA relajado, lo que sirve para cuantificar la proporción<br />
de DNA superenrrollado en la célula.<br />
Hay enzimas celulares que regulan el enrollamiento, positivo o negativo y el<br />
desenrrollamiento del DNA que denominamos topoisomerasas.<br />
Niveles de organización<br />
En organismos eucarióticos el DNA debe estar aun más <strong>com</strong>pactado ya que<br />
debe caber en el núcleo, y en ocasiones estructurarse en cromosomas.<br />
El material nuclear está formado fundamentalmente por cromatina, la cual a su<br />
vez está formada fundamentalmente por DNA, histonas y el resto de proteínas<br />
que se engloban todas dentro de las siglas PNH (Proteínas No Histonas) que<br />
pueden ser de todo tipo, las hay que estabilizan el DNA, participan en la<br />
transcripción, etc…<br />
Las histonas son las proteínas más importantes que ayudaran a plegarse al<br />
DNA, y pertenecen a 5 clases en prácticamente todo tipo de organismos<br />
H1. Rica en Lys<br />
H2A, H2B. Ricas en Lys<br />
H3. Rica en Arg<br />
H4. Rica en Arg<br />
Son proteínas básicas que ayudan a la organización del DNA en la estructura<br />
nucleosomal, que es una estructura periódica en la que se repite un fragmento<br />
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Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
denominado nucleosoma, que consta de unos 200 pares de bases de DNA y<br />
contiene además:<br />
− 2x (H2A, H2B, H3, H4)<br />
− 1x H1<br />
Se denomina también fibra de 10 nm. Se <strong>com</strong>pone por un “core” o núcleo de<br />
DNA unido a histonas y una fibra de DNA desnudo llamado “linker” o<br />
espaciador.<br />
El core nucleosomal esta formado por un tetrámero de histonas H3 y H4 y dos<br />
dímeros de H2A y H2B estructura <strong>com</strong>pleta que se denomina <strong>com</strong>o octámero<br />
de histonas. El DNA rodea esta estructura por fuera de la misma<br />
interaccionando con las cargas positivas de las histonas, realizando un<br />
arrollamiento levógiro equivalente al superenrrollamiento negativo de las<br />
bacterias.<br />
La histona H1 se coloca interaccionando con el DNA de fuera cerrando esa<br />
estructura para estabilizar de forma definitiva el superenrrollamiento.<br />
Este tipo de estructura en nucleosoma es aun insuficiente para que el DNA<br />
quepa en la célula, por lo que es preciso otro nivel superior de <strong>com</strong>pactación<br />
conocido <strong>com</strong>o solenoide o fibra de 30 nm, lo cual se forma cuando esta<br />
estructura nucleosomal se arrolla en torno a un eje imaginario formando una<br />
estructura helicoidal con unos 6 nucleosomas por vuelta.<br />
Para la estructura de solenoide se precisan PNH.<br />
Los grados de <strong>com</strong>pactación a partir del solenoide no se conocen con detalle.<br />
DNA mitocondrial<br />
La mayor parte del DNA en los organismos eucarióticos se encuentra en el<br />
núcleo, pero una pequeña parte de este DNA se localiza en las mitocondrias.<br />
El DNA mitocondrial es más pequeño con 16.569 pares de bases y es<br />
<strong>com</strong>pletamente diferente del nuclear, ya que es circular y cerrado, muy similar<br />
al bacteriano y con escasas interacciones con proteínas<br />
Suele haber entre 3 y 10 moléculas de DNA por mitocondria, y tiene también<br />
muy pocos genes (sobre 37) que codifican diferentes RNA mitocondriales y<br />
toda una serie de proteínas las cuales en su mayoría pertenecen a la cadena<br />
respiratoria.<br />
Este DNA es muy importante ya que variaciones en algunos genes pueden<br />
producir patologías importantes, en general de tipo neurológico (p.e. Parkinson,<br />
distonía…)<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 10
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Estructura y características de los RNA<br />
Los RNA se sintetizan a partir de una secuencia de DNA y tenemos tres tipos<br />
principales:<br />
− RNA mensajero (mRNA). Tiene función en la síntesis de proteínas.<br />
Representa aproximadamente el 5% del RNA. Es muy inestable<br />
− RNA transferente (tRNA). Tiene función en la síntesis de proteínas.<br />
Representa aproximadamente el 15% del RNA<br />
− RNA ribosómico (rRNA). Tiene función estructural en la formación de<br />
ribosomas. Representa aproximadamente el 80% del RNA<br />
A diferencia del DNA los RNA están localizados en el citoplasma, la parte<br />
mayoritaria en ribosomas, otra parte circulante por el citoplasma, y la mínima<br />
parte en el núcleo.<br />
Los eucariotas, concretamente los animales en la mayor parte de las tienen<br />
mucha mas cantidad de RNA que de DNA (8:2), aunque depende de su<br />
síntesis de proteínas. En aquellas células que sintetizan muchas proteínas esta<br />
diferencia es muy marcada, pero en otras células <strong>com</strong>o las musculares la<br />
proporción es más baja.<br />
El RNA suele ser monocatenario, apareciendo bicatenario solo en algunos<br />
virus.<br />
Las diferencias con el DNA son:<br />
Composición de bases. La mayor parte de los RNA tienen uracilo en<br />
vez de timina.<br />
Pentosa. Ribosa en lugar de desoxirribosa.<br />
Longitud. Las longitudes del RNA son mucho mas variables que el<br />
DNA aunque siempre más pequeñas (65 a miles de nucleótidos)<br />
Estructura. Al ser monocatenarios no necesitan <strong>com</strong>plementariedad de<br />
bases, pero es frecuente que aparezcan estructuras <strong>com</strong>plementarias en<br />
una misma cadena de RNA, lo que causa la existencia de tramos en<br />
horquilla.<br />
En estas estructuras la zona apareada se denomina brazo y la zona<br />
desapareada se llama bucle. Esta estructura se suele presentar en<br />
aproximadamente un 50% de la cadena de RNA.<br />
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Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
La doble hélice que se forma en las horquillas es muy similar a la forma<br />
A-DNA que no existe fisiológicamente en el organismo. La similitud se<br />
debe al apareamiento (A-U), diferente al (A-T).<br />
Este tipo de estructura se pliega para dar lugar en los ribosomas a<br />
estructuras globulares similares a las proteínas<br />
RNA mensajero<br />
El mRNA tiene <strong>com</strong>o función codificar las proteínas, de manera que la parte<br />
más importante de un mensajero es lo que denominamos codón: el triplete que<br />
codifica un aminoácido en la proteína, y es la parte funcional del mRNA.<br />
Los mRNA tienen por lo tanto una longitud muy variable dependiendo de la<br />
proteína que codifiquen, de forma que son muy variables en tamaño, y muy<br />
heterogéneos.<br />
Hay una gran diferencia en bacterias y en eucariotas. En bacterias los mRNA<br />
suelen llevar información para varias proteínas (RNA policistrónico: contiene<br />
varios genes).<br />
El RNA bacteriano suele tener un extremo que no codifica nada, a<br />
continuación un gen, un segmento intergénico que no codifica nada, otro<br />
gen, etc…<br />
Las proteínas codificadas en el RNA policistrónico suelen estar relacionadas<br />
en una misma función.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 12
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
El RNA de eucariotas suele ser monocistrónico, es decir, contiene un solo<br />
gen por fragmento, aunque estos genes están entrecortados por secuencias<br />
inservibles. Los extremos 5’ y 3’ están protegidos en todos los mRNA<br />
eucarióticos.<br />
El extremo 5’ tiene lo que denominamos CAP ó caperuza, que es una<br />
estructura que sirve para proteger el 5’ debido a que no es reconocido por<br />
nucleasas, y tiene una participación directa en la síntesis.<br />
El CAP es un nucleótido raro con ciertas características anormales:<br />
Se trata de un nucleótido unido a otro mediante un enlace 5’-5’, en lugar<br />
de la unión típica 5’-3’<br />
En la unión entre ambos nucleótidos existen tres fosfatos en vez del<br />
uno habitual<br />
La base nitrogenada del último nucleótido (de la unión 5’-5’) es una<br />
guanina modificada (7-metilguanina)<br />
En el fin de la secuencia génica existe una cola de adeninas (secuencia poli-<br />
A) que tiene entre 100-200 adeninas lo que protege el extremo final de las<br />
nucleasas, retrasando su llegada a la parte codificante.<br />
La cola poli-A también estabiliza el mRNA y regula su salida del núcleo.<br />
Respecto a la estructura del mRNA no presenta apenas estructura<br />
doblehelicoidal, debido a que es una molécula que no suele permanecer mucho<br />
tiempo en la célula.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 13
RNA de transferencia<br />
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Sirve para formar el <strong>com</strong>plejo aminoacil-RNA y activar un aminoácido<br />
específico para su incorporación a una proteína.<br />
Tienen una zona <strong>com</strong>plementaria al codón del mensajero que se denomina<br />
anticodón, interacciona con el codón para participar en la síntesis de proteínas.<br />
Si los tRNA son específicos de los aminoácidos deberían existir alrededor de<br />
20 tipos, pero realmente en las células existen unas 60 moléculas distintas de<br />
tRNA debido a que la mayoría de los aminoácidos tienen varios tRNA<br />
específicos (DNA degenerado). Los tRNA que se unen al mismo aminoácido se<br />
denominan isoaceptores y se representan <strong>com</strong>o tRNA aminoácido<br />
El tamaño de los tRNA es de unos 75-80 nucleótidos, muy parecido en todas<br />
las moléculas.<br />
Los tRNA tienen múltiples bases diferentes de las normales, lo que se<br />
denomina “bases raras”. De los 75 nucleótidos que tienen aproximadamente<br />
10 son bases raras. Las más frecuentes son:<br />
Timina/T (ribotimidina). Ya que es exclusiva del DNA.<br />
Dihidrouracilo/DHU (dihidrouridina). Es un uracilo con su doble enlace<br />
saturado.<br />
Hipoxantina/Hx (inosina)<br />
Uracilo/ψ (Pseudouridina). Se une de forma anormal a la ribosa<br />
Bases metiladas<br />
La función de estas bases no se conoce. Sobre todo en el caso de la<br />
hipoxantina que aparece muchos casos en el anticodón. La hipoxantina no<br />
tiene interacción correcta con el codón al carecer de base <strong>com</strong>plementaria.<br />
Esto causa que la unión sea inestable, lo que aumenta la velocidad de la<br />
síntesis proteica al promover la rápida separación del codón-anticodón, y el<br />
reconocimiento de dos bases del codón es suficiente para la síntesis proteica.<br />
Los tRNA suelen tener alta proporción de estructura doblehelicoidal,<br />
teniendo una estructura en forma de hoja de trébol (tres estructuras tipo<br />
horquilla) con aproximadamente un 50% de estructura helicoidal.<br />
Todos los tRNA que se conocen tienen en el extremo 5’ una guanina fosforilada<br />
y en el extremo 3’ desapareado tienen todos la secuencia ACC. Este extremo<br />
3’ es el que interacciona con el aminoácido, por lo que se denomina brazo<br />
aceptor del aminoácido.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 14
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Como hemos mencionado tiene una estructura en triple horquilla:<br />
El bucle más próximo al extremo 5’ se denomina bucle DHU debido a su<br />
gran proporción de dihidrouracilos.<br />
El bucle central se denomina bucle anticodón. Va a estar <strong>com</strong>puesto<br />
de dos pirimidinas, el anticodón, y dos purinas, de manera que la<br />
<strong>com</strong>posición de este núcleo va a tener siempre 7 bases y va a contener<br />
al anticodón.<br />
El anticodón (3’→5’) interacciona con el codón (5’→3’) del mensajero en<br />
el sentido especificado.<br />
El bucle más próximo al extremo 3’ se denomina bucle TψC se<br />
denomina así debido a tener estas bases en su estructura.<br />
La mayoría (75%) de los tRNA presenta un pequeño brazo adicional entre el<br />
núcleo y el anticodón, de función desconocida y desapareado, de unas 7-10<br />
bases de longitud.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 15
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
La estructura terciaria del tRNA tiene forma de L invertida.<br />
En el extremo superior se encuentra el brazo aceptor del aminoácido<br />
En el extremo inferior contiene al núcleo anticodón<br />
El costado superior de la L es el bucle TψC<br />
El costado lateral izquierdo contiene el bucle DHU. A partir de este<br />
bucle interacciona con la enzima necesaria para catalizar la unión<br />
aminoacil-RNA.<br />
RNA ribosómico<br />
Se trata de un rRNA que presenta 3 especies distintas en procariotas y 4<br />
especies distintas en eucariotas.<br />
Los procariotas tienen:<br />
− Subunidad grande del ribosoma (50 S)<br />
rRNA 5S rRNA 23S 36<br />
proteínas<br />
− Subunidad pequeña del ribosoma (30 S)<br />
rRNA 16 S<br />
21 proteínas<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 16
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
En los eucariotas en cambio los ribosomas tienen la siguiente conformación:<br />
− Subunidad grande (60 S)<br />
rRNA 5 S<br />
rRNA 5,8 S<br />
rRNA 28 S<br />
∼ 49 proteínas<br />
− Subunidad pequeña (40 S)<br />
rRNA 18 S<br />
∼ 33 proteínas<br />
Aproximadamente el 50% del rRNA tiene estructura doblehelicoidal de<br />
manera similar al tRNA.<br />
La función es fundamentalmente estructural, en la conformación del ribosoma,<br />
pero también participan directamente en la traducción para la síntesis de<br />
proteínas, fundamentalmente el de la subunidad menor.<br />
Otros RNA<br />
− snRNA (RNA pequeños nucleares). Son una serie de RNA de<br />
pequeño tamaño muy ricos en uracilo (se nombran <strong>com</strong>o U 1 , U 2 …) y<br />
tienen un papel fundamental en las transformaciones que tienen que<br />
sufrir los RNA desde que se forman hasta que son funcionales.<br />
Son más importantes en procariotas que en eucariotas.<br />
− Mitocondriales. La mitocondria tiene RNA diferentes que el resto de la<br />
célula. Los ribosómicos son más similares a los bacterianos que a los<br />
citoplasmáticos<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 17
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Tema 2. Organización y elementos funcionales de<br />
genoma y epigenoma<br />
Introducción<br />
En general al <strong>com</strong>parar el genoma de un eucariota con una bacteria, es notoria la<br />
diferencia de tamaño. El DNA de un organismo procariótico tendrá unos 10 6 pares de<br />
bases mientras que en eucariotas alrededor de 10 9 .<br />
Con respecto al DNA bacteriano prácticamente todo el DNA es codificante, es decir,<br />
esta <strong>com</strong>puesto de forma prácticamente exclusiva de genes y nada más, utilizan todo<br />
el código genético.<br />
Los DNA eucarióticos se considera que tienen alrededor de un 3% del DNA codificante,<br />
mientras que el resto no lo es, y tiene función desconocida. La mayor parte de los<br />
genes que codifican proteínas en eucariotas están además entrecortados, de manera<br />
que tienen regiones que codifican proteínas (exones) intercaladas por secuencias que<br />
no codifican nada (intrones).<br />
Cuando se sintetiza un mRNA a partir de un gen, éste contiene además de las regiones<br />
que codifican proteínas, las regiones no codificantes o intrones y para que este mRNA<br />
sea funcional, debemos modificarlo mediante el splicing, para que quede constituido<br />
únicamente por exones.<br />
En las bacterias casi todos los fragmentos de DNA se presentan <strong>com</strong>o copia única, es<br />
decir, las secuencias aparecen sólo una vez en todo el DNA, sin embargo en el DNA de<br />
organismos eucariotas hay una gran cantidad de secuencias que se repiten mucho en<br />
todo el DNA de forma que en el DNA eucariótico veremos tanto secuencias de copia<br />
única <strong>com</strong>o secuencias repetitivas las cuales se pueden repetir hasta un millón de<br />
veces en toda la cadena de DNA<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 18
Configuración del DNA<br />
DNA de copia única<br />
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
El DNA de copia única puede representar entre el 50-70% (en humanos un 70%) del<br />
total de material genético. El DNA de copia única está <strong>com</strong>puesto en una pequeña<br />
parte (alrededor de un x%) por los genes o secuencias codificantes, y una mayoría de<br />
DNA no codificante.<br />
Los genes no contienen solo una parte estructural codificante para proteínas sino<br />
también contienen una región reguladora.<br />
Los genes están <strong>com</strong>puestos por exones e intrones (zona estructural) y una<br />
región reguladora.<br />
El DNA no codificante incluye los intrones, los cuales son el DNA que entrecorta los<br />
fragmentos codificantes de los genes (se considera que los intrones forman parte del<br />
gen, pero que no codifica proteína).<br />
DNA repetitivo<br />
El DNA repetitivo no es más que secuencias de DNA que se repiten muchas veces a<br />
lo largo del genoma, desde algunos cientos de veces hasta incluso 10 6 veces<br />
representando entre el 20-50% (30% en humanos) del total de material genético.<br />
Podemos separar al DNA repetitivo en DNA codificante y DNA no codificante. El DNA<br />
codificante puede estar agrupado en regiones concretas del DNA o bien disperso.<br />
El DNA repetitivo codificante y agrupado se <strong>com</strong>pone de genes que codifican<br />
proteínas o RNA pero que a diferencia de los anteriores que aparecen en copia única,<br />
éstos aparecen en múltiples copias a lo largo del genoma.<br />
La mayor parte de las proteínas vienen codificadas por un gen de copia única, pero hay<br />
algunas que disponen de muchas copias y las expresan todas, de manera que estos<br />
genes repetitivos aparecen en zonas concretas del DNA y que codifican o bien<br />
proteínas o bien RNA.<br />
Pueden agruparse en múltiples familias:<br />
− Familias génicas clásicas con secuencias repetidas en tándem (p.e. genes<br />
de las histonas). En humanos se considera que existen 40-50 copias pero<br />
pueden llegar a tener unas 100 copias. Todas las copias son prácticamente<br />
idénticas y todas se expresan. También responden a este esquema los genes de<br />
los rRNA más grandes y genes de los tRNA.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 19
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
− Familias multigénicas con genes agrupados (p.e. genes de las globinas o<br />
genes de los antígenos de histo<strong>com</strong>patibilidad). Estas copias no son<br />
exactamente iguales, sino que codifican proteínas ligeramente distintas las<br />
cuales se expresan unas u otras dependiendo de la etapa vital, es decir, estos<br />
genes no se expresan todos a la vez.<br />
Algunos de estas zonas presentan genes, pseudogenes (no se expresan nunca<br />
debido a que han mutado), genes truncados o fragmentos génicos.<br />
− Familias multigénicas con genes dispersos. Presentan múltiples copias por<br />
todo el genoma pero distribuidas en distintas zonas del DNA o incluso distintos<br />
cromosomas.<br />
DNA no codificante<br />
El DNA no codificante también se puede presentar agrupado o disperso.<br />
El DNA repetitivo agrupado es un DNA que aparece desde varios miles de veces en<br />
el DNA a incluso 1,5 millones de veces (DNA altamente repetitivo). También podemos<br />
decir que aparecen en regiones heterocromáticas. Aparece siempre en repeticiones y<br />
generalmente es denominado DNA satélite.<br />
Las secuencias no suelen ser largas (20-30 pares de bases). Es un DNA muy rico en<br />
adenina-timina, y si se lisa y se centrifuga, tiene menor densidad que otras clases de<br />
DNA debido a su menor cantidad de puentes de hidrógeno<br />
Normalmente cuando el DNA se fragmenta, se centrifuga en una disolución cuya<br />
densidad aumenta hacia abajo, y el DNA fragmentado se coloca en la parte superior.<br />
Ese DNA al ser centrifugado va separándose en partes de distinta densidad. Los DNA<br />
ricos en A-T se sitúan más arriba que aquellos en G-C.<br />
En humanos se conocen 6 secuencias satélites con estas características, los cuales se<br />
localizan principalmente en los centrómeros, y su función es desconocida (aunque se<br />
postula su implicación en la división celular). Uno de los seis tipos de satélites se sitúa<br />
también en los telómeros.<br />
El DNA moderadamente repetitivo se trata de DNA no codificante, disperso y se<br />
repite en general menos que el satélite.<br />
Distinguimos desde aquel que aparece disperso por todo el genoma en bloques<br />
repetidos en tándem (DNA minisatélite y microsatélite).<br />
Minisatélites. Repeticiones de cientos a miles de veces. Tienen unos 10-65 pb.<br />
Aparecen localizados fundamentalmente en los telómeros y se encargan de<br />
estabilizar esta zona del DNA.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 20
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Microsatélites. Repeticiones de unas 50 veces. Tienen unos 2-6 pb. Aparecen<br />
distribuidos por todo el genoma y no tienen función conocida.<br />
La longitud muchas veces no es definitiva y a veces el número de copias de estos mini<br />
o microsatélites va a ser igual.<br />
Estas regiones son muy conocidas en humanos y son las secciones del DNA que<br />
varían muchos de unos individuos a otros y tienen función en pruebas diagnósticas.<br />
También existen repeticiones dispersas por todo el DNA, las cuales se conocen<br />
<strong>com</strong>o SIME (Elementos Nucleares Interpuestos Cortos) y LIME (Elementos Nucleares<br />
Interpuestos Largos).<br />
SIME. Tienen de 100-500 pares de bases. Las mas conocidas son las<br />
secuencias Alu las cuales tienen una diana para rotura con endonucleasas de<br />
restricción.<br />
LIME. Tienen varios miles de pb. La más característica es la LINE1 cuya función<br />
es desconocida.<br />
Hoy se supone que estas secuencias se encargan de regular la expresión de muchos<br />
genes.<br />
Secuencias palindrómicas<br />
Las secuencias palindrómicas son abundantes en el DNA eucarióticos. Una secuencia<br />
palindrómica es aquella que se lee igual en todos los sentidos, de forma que este<br />
tipo de secuencias pueden formar estructuras cruciformes.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 21
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Existen proteínas que interaccionan con el DNA reconociendo estas estructuras de<br />
forma que las secuencias palindrómicas tienen su papel en la regulación génica.<br />
También pueden reconocer estas estructuras las endonucleasas de restricción.<br />
Modificaciones del DNA<br />
Todas las células tienen el mismo DNA, sin embargo algunos genes se expresan en<br />
una y otros en otras. Esto depende de la interacción del genoma con proteínas. En<br />
este y otros momentos es fundamental la estructura que presenta el DNA y las<br />
modificaciones que pueden presentar sus bases o las histonas o la propia estructura<br />
del DNA en determinadas regiones para que determinados genes se expresen o no.<br />
Esto se conoce <strong>com</strong>o epigenética y engloba todas las modificaciones que se producen<br />
en la cromatina. Las modificaciones que más contribuyen a la epigenética son<br />
modificaciones en citosinas en el DNA y en las histonas.<br />
Metilación del DNA<br />
Las citosinas en eucariotas se modifican en gran medida, en concreto se metilan. Las<br />
metilaciones ocurren en secuencias C-G que se van repitiendo a lo largo de todo el<br />
genoma (islas CG).<br />
Como norma general un gen metilado se expresa peor que otro gen menos metilado.<br />
Las metilaciones son heredables exactamente igual que el genoma, de forma que<br />
muchas de estas modificaciones se van a heredar.<br />
También se pueden modificar las histonas para regular la expresión del DNA.<br />
La SAM (S-Adenosil-Metionina) es la molécula encargada de donar metilos.<br />
Modificaciones de histonas<br />
Mecanismo de metilación de histonas. Se lleva a cabo en lisina y arginina.<br />
La lisina metilada afecta a la estructura terciaria del DNA aunque no demasiado<br />
debido a que no afecta a las cargas, de forma que algunas proteínas tendrán<br />
diferencias al interaccionar con el DNA.<br />
Mecanismo de acetilación de histonas. Se lleva a cabo también sobre lisinas<br />
y argininas. Se pierde la carga positiva de la histonas y la interacción con el<br />
DNA se inhibe y el DNA queda menos <strong>com</strong>pacto y más accesible a la<br />
trascripción<br />
Un DNA muy <strong>com</strong>pactado queda poco accesible, y la acetilación de histonas<br />
mejora el acceso para la transcripción<br />
Mecanismo de fosforilación de histonas. La fosforilación se da en serinas o<br />
treoninas y aporta una carga negativa adicional a las histonas lo que causa una<br />
mala interacción con el DNA y una des<strong>com</strong>pactación del mismo<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 22
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Todos estos mecanismos muestran que sin alterar directamente las secuencias del<br />
DNA alteran la expresión de un gen, se conocen globalmente <strong>com</strong>o epigenética.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 23
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Tema 3. Replicación del DNA<br />
Características generales<br />
La replicación es la duplicación del DNA, es decir, a partir de una molécula de DNA<br />
parental obtenemos dos moléculas hijas exactamente iguales.<br />
La replicación del DNA debe ser muy precisa y coordinarse con la división celular.<br />
Debe replicar <strong>com</strong>pletamente toda la molécula, y debe ser muy fiable para evitar<br />
alteraciones en las células hijas. A pesar de su fiabilidad, disponemos de mecanismos<br />
de reparación para evitar alteraciones excesivas. Las características de la replicación<br />
serán las siguientes:<br />
− La replicación debe ser <strong>com</strong>pleta.<br />
− La replicación esta ligada al ciclo celular.<br />
− Es semiconservativa, es decir, cada una de las células hijas conserva una<br />
hebra del DNA progenitor.<br />
− Es bidireccional, es decir que cada hebra de DNA se va copiando en los dos<br />
sentidos a la vez (5’→3’ / 3’→5’). Se inicia en un punto del cromosoma (en<br />
bacterias) y termina en el punto opuesto.<br />
− En bacterias existe un único origen de replicación, y en eucariotas hay múltiples<br />
orígenes. Siempre el origen debe ser muy específico.<br />
− Las dos cadenas se sintetizan de forma simultánea.<br />
− Es semidiscontinua, de manera que una cadena se sintetizará de manera<br />
continua y la otra en forma de fragmentos.<br />
DNA polimerasas<br />
DNA polimerasa I<br />
La primera enzima descubierta en procariotas fue la DNA polimerasa I que sintetizaba<br />
DNA (Es capaz de añadir a una cadena de DNA un nucleótido) con una serie de<br />
requisitos:<br />
− Debe tener una cadena preformada (cebador) en el sentido en el que trabaja.<br />
− Necesita los cuatro nucleótidos trifosfato (dATP, dGTP, dTTP y dCTP) para<br />
aportar energía. No se utilizan los dNDP para hacer irreversible la reacción.<br />
− No añade nucleótidos al azar sino que utiliza un molde.<br />
− Necesita magnesio (Mg 2+ )<br />
− Necesita una fuente de energía (ATP)<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 24
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
− Necesita nucleótidos de ribosa trifosfato (ATP, UTP, CTP y GTP)<br />
− Necesita NAD +<br />
También tenía una actividad exonucleasa, hidrolizando nucleótidos de un extremo 3’ ó<br />
5’ (5’ → 3’ / 3’ → 5’)<br />
Su actividad exonucleasa 3’ sirve para que al sintetizar un nucleótido, si es incorrecto,<br />
poder eliminarlo y sustituirlo por el correcto, por lo que se denomina actividad<br />
correctora.<br />
La reacción en concreto que cataliza se da a partir de una cadena molde en el que se<br />
da la unión de un extremo 3’ con otro 5’. Las hebras serán <strong>com</strong>plementarias y<br />
antiparalelas.<br />
Una vez que se pensó que la DNA-polimerasa 1 no podía ser la única replicadora, se<br />
descubrió la DNA-polimerasa 3, con los mismos requisitos, pero con mucha mayor<br />
velocidad que la DNA-polimerasa 1, la cual sintetiza tan lentamente que no es<br />
<strong>com</strong>patible con la fisiología celular. La DNA-polimerasa 3 también tiene actividad<br />
exonucleasa 3’<br />
La estructura de la DNA-polimerasa 3 tiene una estructura mucho más <strong>com</strong>pleja que la<br />
DNA-polimerasa1:<br />
La parte catalítica de la enzima (core) esta formada por la subunidad:<br />
− α. Actividad polimerasa<br />
− ε. Actividad exonucleasa<br />
− θ. Tiene función estructural de unión entre las otras dos<br />
También tiene otras dos subunidades τ unidas cada una a una parte de la molécula y<br />
que sirve para formar el dímero, es decir, sirve de unión entre las dos partes de la<br />
enzima.<br />
Existe un <strong>com</strong>plejo γ-δ (2γ-2δ) unido al <strong>com</strong>plejo core que va a sintetizar la hebra<br />
retrasada y cuya finalidad es hacer más simultánea la replicación de ambas hebras.<br />
Existe también una subunidad β, que es la responsable de la procesividad de la<br />
enzima. La procesividad es la copia sin soltar el molde unos cuantos nucleótidos,<br />
acelerando la copia (1000 nucleótidos/segundo)<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 25
Replicación del DNA<br />
Generalidades<br />
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
El cromosoma de E. Coli es un círculo cerrado, y en cuanto se reconoce el origen de<br />
replicación, se abre la doble hélice para que el DNA se pueda copiar. A la apertura de<br />
la doble hélice se le denomina burbuja de replicación con dos horquillas de<br />
replicación a ambos lados, por donde se inicia la replicación en ambas hebras<br />
La hebra 5’→3’ se sintetiza sin problema, pero la otra hebra no puede sintetizarse en<br />
sentido 3’→5’ de forma que se ha de copiar de la única forma que las enzimas pueden<br />
hacer: 5’→3’. Esto se lleva a cabo sintetizándose de forma discontinua mediante<br />
pequeños fragmentos (fragmentos de Okazaki). Este proceso se denomina<br />
replicación discontinua. La hebra continua va algo más adelantada que la otra hebra<br />
discontinua (retrasada).<br />
Estas enzimas no pueden empezar desde 0, sino que necesitan un fragmento<br />
preformado, que se trata de un pequeño segmento de RNA (primer o cebador)<br />
sintetizado por una RNA polimerasa primasa. En la hebra continua basta un único<br />
cebador, pero la discontinua requiere múltiples cebadores para formarse.<br />
Replicación en procariotas<br />
El primer punto para la replicación es reconocer el origen de replicación, que es<br />
reconocido por una proteína denominada DNA-A. En cuanto la proteína reconoce el<br />
origen se debe abrir la hebra, por ello, el origen suele ser rico en adenina-timina debido<br />
a sus enlaces más débiles. La doble hélice se abre por helicasas (DNA-B y otras<br />
proteínas).<br />
El DNA una vez abierto, tiende a estabilizarse formando los puentes de hidrógeno.<br />
Para que se de la replicación es preciso evitar que se vuelvan a formar, por lo que<br />
existen una serie de proteínas (SSB) que se unen al DNA monocatenario,<br />
estabilizándolo.<br />
Cuando la doble hélice esta abierta y estabilizada, se forma un cebador en el inicio del<br />
5’-3’ (hebra adelantada) y en una zona cercana al inicio de la 3’-5’ (hebra retrasada).<br />
Una vez <strong>com</strong>pleta la DNA polimerasa 3 (holoenzima) <strong>com</strong>ienza a sintetizar la hebra<br />
continua a partir del cebador. En la hebra discontinua la primasa sintetiza múltiples<br />
fragmentos de Okazaki.<br />
Una vez que avanza la síntesis de DNA, la zona siguiente se va abriendo, y la zona ya<br />
formada va constituyendo la doble hélice nueva.<br />
Al formarse la burbuja de replicación se genera una tensión sobre el resto de la hebra,<br />
de manera que son necesarias las topoisomerasas que estabilizan la estructura<br />
cortando en determinadas zonas y realizando una serie de acciones <strong>com</strong>plejas.<br />
La actividad exonucleasa 3’ de la DNA polimerasa 3 elimina un nucleótido incorrecto<br />
y añade el adecuado (actividad revisora o correctora) de forma que la replicación<br />
prácticamente transcurre sin errores.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 26
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Una vez sintetizadas ambas hebras hijas, tendremos una hebra retrasada repleta de<br />
cebadores de RNA en dirección 5’→3’ que se deben eliminar, lo que se hace gracias a<br />
la actividad exonucleasa 5’ de la DNA polimerasa 1, que los elimina. Los huecos<br />
restantes son rellenados mediante la actividad polimerasa de la misma enzima,<br />
utilizando los fragmentos preformados de la hebra hija.<br />
Los trozos sueltos que quedan después de sintetizar estos nuevos fragmentos deben<br />
ser unidos entre sí, lo que se realiza con la enzima DNA ligasa que forma el enlace<br />
fosfodiéster, con energía aportada por NAD + . En eucariotas la aporta el ATP.<br />
El cromosoma bacteriano en aprox. 40 minutos se replica <strong>com</strong>pletamente y cada mitad<br />
(cortada por un eje imaginario) se sintetiza o bien continua o bien discontinua cada<br />
monocadena.<br />
Replicación en eucariotas<br />
Las características generales de la replicación son idénticas. La diferencia se halla en<br />
que en organismos eucariotas la replicación tiene múltiples orígenes de replicación.<br />
Diversas proteínas van a reconocer los orígenes y por un mecanismo similar se van a<br />
formar las burbujas de replicación y una vez formadas la síntesis va a ser idéntica que<br />
en eucariotas, de forma que cada burbuja considerada por separado se replica igual<br />
que el cromosoma bacteriano.<br />
En eucariotas se han caracterizado 5 DNA polimerasas (aunque posiblemente hay<br />
más).<br />
− DNA polimerasa α. Tiene actividad polimerasa y primasa de forma que es<br />
capaz de sintetizar el primer e incluso iniciar la síntesis<br />
− DNA polimerasa δ. Tiene actividad polimerasa 5’-3’ y exonucleasa 3’. Seria<br />
equivalente a la DNA polimerasa 3 holoenzima. Requiere la proteína PCNA para<br />
que esta enzima funcione<br />
− DNA polimerasa ε. Tiene también actividad polimerasa y exonucleasa 3’<br />
participa en la replicación pero su función fundamental es la reparadora.<br />
− DNA polimerasa β. Esta implicada fundamentalmente en mecanismos de<br />
reparación<br />
− DNA polimerasa γ. Se trata de una polimerasa mitocondrial, que replica el DNA<br />
mitocondrial con ayuda de primasas.<br />
En eucariotas el DNA esta mucho más <strong>com</strong>pactado (estructura de nucleosoma) de<br />
forma que se requieren multitud de proteínas que desbaraten gran parte de la<br />
estructura de la cromatina para hacer el DNA accesible. Además, ninguna de las<br />
polimerasa conocidas tiene actividad exonucleasa 5’ de manera que se requieren<br />
exonucleasas adicionales para eliminar los cebadores.<br />
Por último en eucariotas se da un problema (aparte de la <strong>com</strong>pactación de la cromatina<br />
con histonas). En bacterias con una mitad del cromosoma circular se puede terminar de<br />
replicar el DNA, pero en DNA lineales siempre quedará un extremo de 10 nucleótidos<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 27
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
sin rellenar, el cual se debe eliminar, este extremo corresponde a los telómeros. Estos<br />
extremos están formados por DNA repetitivos protectores del cromosoma los cuales<br />
son prescindibles, pero en ocasiones si que se puede llegar a perder información<br />
genética. Esto se ve resuelto por las enzimas telomerasas, que se encargan de<br />
rellenar los huecos, están formadas por RNA <strong>com</strong>plementario a los telómeros y<br />
proteínas con actividad polimerasa.<br />
El DNA esta a<strong>com</strong>plejado con histonas, de forma que cuando se sintetizan hebras hijas<br />
se deben sintetizar nuevas histonas para reorganizarlas. Muchas histonas antiguas se<br />
aprovechan por las hebras hijas.<br />
La replicación en eucariotas es mas lenta que en bacterias pero el hecho de que se<br />
lleve a cabo en múltiples orígenes de replicación lo que a su vez origina fragmentos de<br />
Okazaki mas cortos. El DNA humano se replica por concreto en unas 8 horas.<br />
Reparación del DNA<br />
El DNA en el organismo esta sometido a múltiples cambios en el entorno, tanto de pH<br />
<strong>com</strong>o multitud de sustancias. A pesar de que las polimerasas tienen actividad<br />
correctora, siempre puede haber errores de replicación, bien por la propia DNA<br />
polimerasa que esté defectuosa, o bien porque en el momento de la replicación se<br />
produzca algún cambio que o bien altere la estructura de alguna base, se pierda alguna<br />
base, se copie mal, etc…<br />
Todo tipo de organismos disponen de mecanismos de reparación, ya que si no se<br />
reparan se convierten en alteraciones permanentes o mutaciones.<br />
Los daños mas frecuentes en el DNA son:<br />
Perdida de una base<br />
Base alterada<br />
Apareamiento incorrecto<br />
Formación de dimeros<br />
Rotura de cadenas<br />
Uniones covalentes de las cadenas<br />
Deleción-inserción<br />
Cuando la luz ultravioleta incide sobre bases contiguas se da la formación de un<br />
enlace covalente entre ellas.<br />
Si tenemos una base alterada podemos o bien eliminar esa base para bien<br />
sustituirla, o bien eliminar todo el nucleótido para también sustituirlo más tarde.<br />
Si sobre el dímero vuelve a incidir la luz UV una enzima (la fotoliasa) es capaz de<br />
deshacer el daño.<br />
Personas con esta enzima defectuosa sufren de la patología del Xeroderma<br />
pigmentoso, que se caracteriza por gran sensibilidad de la piel hacia la luz solar,<br />
potencialmente carcinógena.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 28
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Existen enzimas que rastrean continuamente el DNA en busca de daños, por ejemplo<br />
en el caso de un dímero, una endonucleasa consigue detectar el dímero y cortar la<br />
zona dañada (elimina unos 10-12 nucleótidos) con lo cual existe un hueco que se<br />
rellena utilizando el fragmento anterior (5’→3’) <strong>com</strong>o cebador, y utilizando una ligasa<br />
para unir esos nucleótidos.<br />
En eucariotas fundamentalmente la DNA polimerasa δ y ε se encargan de reparar<br />
estos huecos.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 29
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Tema 4. Transcripción del DNA<br />
Introducción<br />
La transcripción es la síntesis de una molécula de RNA con la información contenida en el DNA.<br />
La transcripción tiene unas diferencias fundamentales con la replicación del DNA, aunque<br />
también muchas similitudes:<br />
− Similitudes<br />
Sentido 5’→3’<br />
− Diferencias<br />
Selectividad. Se transcribirán únicamente determinadas secuencias del DNA, frente<br />
a la replicación en la cual se duplicaba toda la molécula.<br />
Unidireccionalidad. Se transcriben secuencias específicas, por lo que se requiere un<br />
origen especifico de transcripción y un final muy delimitado.<br />
Composición. Lógicamente en vez de DNA, la molécula resultante de la copia va a<br />
ser de RNA.<br />
Se requiere un DNA molde al que copiar, al que con nucleótidos trifosfato va a formar una<br />
cadena de RNA, es decir, nucleótidos monofosfato liberándose el pirofosfato para<br />
irreversibilidad la reacción.<br />
También se requiere un catión divalente que será Mg 2+ .<br />
La transcripción tiene un origen determinado que es una región de DNA que se denomina<br />
promotor.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 30
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
El RNA que se forma es monocatenario, por lo que únicamente se copia una de las dos cadenas<br />
de DNA que se denomina hebra molde. La secuencia de RNA tiene la misma secuencia que la<br />
<strong>com</strong>plementaria a la molde, que se denomina hebra codificante que tiene la misma dirección<br />
que el RNA y se denomina también hebra con sentido (+). La hebra molde se denomina por el<br />
mismo motivo hebra antisentido (-).<br />
El primer nucleótido que se copia se denomina +1, y hacia delante, en la zona que ya se<br />
transcribe se va considerando +2, +3, +4 (sentido aguas abajo, downstream), y en<br />
contrasentido -1, -2, -3… (Sentido aguas arriba, upstream).<br />
Transcripción<br />
Procariotas<br />
Los procariotas tienen únicamente un RNA polimerasa para sintetizar todo tipo de RNA. Esta<br />
RNA polimerasa tiene una estructura <strong>com</strong>pleja formada por tres tipos de subunidades que<br />
constituyen el núcleo o core:<br />
Subunidad α 2 . Tiene una función estructural y reguladora de manera que a ella se van a<br />
unir determinadas moléculas encargadas de regular la transcripción<br />
Subunidad β. La subunidad β es la más importante y forma la mayor parte del centro<br />
catalítico, y se encarga de formar el enlace fosfodiester e interaccionar con los<br />
nucleótidos trifosfato.<br />
Subunidad β’. Tiene el resto de la parte catalítica pero su función principal es unirse al<br />
DNA molde.<br />
Tiene en su estructura otra subunidad σ que se encarga de reconocer secuencias específicas<br />
del DNA.<br />
La RNA polimerasa es responsable del desdoblamiento de la doble hélice (no requiere<br />
helicasas) y además inicia la cadena ya que no necesita cebador. Reconoce el final del gen y es<br />
capaz de plegar la doble hélice a medida que la va copiando. Es reiterativa (añade nucleótidos)<br />
y procesiva aunque carece de actividad exonucleasa (normalmente se <strong>com</strong>ete un error por cada<br />
10 4 -10 6 nucleótidos transcritos) aunque esto tampoco tiene mucha importancia debido a que<br />
los genes se replican en múltiples ocasiones.<br />
El primer punto que se debe reconocer es el promotor. Los promotores bacterianos tienen<br />
aprox. unos 40 pares de bases (lo que implica a las dos hebras). La primera base del promotor<br />
(+1) normalmente es una purina, de forma que casi todos los RNA tendrán una purina <strong>com</strong>o<br />
primera base (normalmente A).<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 31
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
En la posición -10 vamos a tener lo que denominamos caja TATA o caja de Pribnow que es una<br />
secuencia generalmente de 6 bases donde es característica la secuencia TATAAT. También<br />
sobre la posición -35 normalmente encontramos una segunda secuencia TTGACA de menor<br />
importancia. Los promotores que tengan estas secuencias en dichas localizaciones son muy<br />
eficaces iniciando la transcripción (promotores fuertes). A estas secuencias se les denomina<br />
secuencias consenso.<br />
La RNA polimerasa recorre el DNA hasta localizar el promotor, y una vez lo localiza, la propia<br />
RNA polimerasa es capaz de abrir la doble hélice para que pueda <strong>com</strong>enzar la copia llegando a<br />
un estado de promotor abierto disponible para copiar.<br />
Una vez se ha sintetizado una pequeña cadena de RNA (10-12 nucleótidos) la subunidad σ se<br />
separa de la enzima ya que no es necesaria y es sustituida por una proteína que se denomina<br />
nusA que a<strong>com</strong>pañara a la proteína a lo largo de toda la síntesis del RNA.<br />
La hebra de RNA a medida que se sintetiza va formando un hibrido con la cadena molde de<br />
DNA. La formación de este hibrido es fundamental de forma que a medida que avanza esta<br />
transcripción (doble hélice tipo A). Precisamente cuando el hibrido se desbarata termina la<br />
transcripción.<br />
La transcripción es bastante más lenta que la replicación, pero esta velocidad esta <strong>com</strong>pensada<br />
porque los genes se transcriben muchas veces y además las secuencias que se transcriben son<br />
mucho menores en tamaño que el genoma total.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 32
TRANSCRIPCIÓN EN BACTERIAS<br />
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
1ª FASE: INICIACIÓN en el promotor (subunidad σ, proteína NusA)<br />
Se inicia en el promotor gracias a la subunidad sigma (σ). Una vez reconocido el promotor la<br />
subunidad σ se desprende y es sustituida por la proteína NusA, que continúa con la RNA<br />
polimerasa durante todo el proceso. Una vez superada la fase de iniciación, la 2ª fase es la<br />
elongación.<br />
2ª FASE: ELONGACIÓN (RNA polimerasa)<br />
Continuación de la síntesis de la cadena. El RNA se va cerrando en un sentido y abriendo en el<br />
sentido contrario y no nos hace falta más que la RNA polimerasa, que permite la apertura del<br />
RNA.<br />
− La 1ª base va a ser siempre una PURINA.<br />
− Se va liberando pero va a haber siempre un tramo de 12-14 nucleótidos que estarán<br />
formando doble hélice con el DNA.<br />
− Velocidad de transcripción/síntesis de RNA = 50 m/s. La transcripción es mucho más<br />
lenta que la replicación, pero <strong>com</strong>o un gen se transcribe multitud de veces no<br />
supondrá ninguna desventaja.<br />
Por otra parte, la RNA polimerasa no tiene actividad exonucleasa 3´ (correctora), por tanto no<br />
se revisarán los errores, por lo que en la transcripción la tasa de error es mucho mayor que en<br />
la replicación (donde sí teníamos esta actividad “correctora”), aunque <strong>com</strong>o acabamos de<br />
decir, esto será soportable debido a la cantidad de veces que hacemos transcripción.<br />
En otras palabras, un mismo fragmento de DNA se va transcribiendo muchas veces a la<br />
vez/simultáneamente (imagen en punta de flecha), así que aunque en 1,2,3… haya errores no<br />
será relevante porque vamos a obtener multitud de copias.<br />
3ª FASE: TERMINACIÓN<br />
La elongación continúa hasta que aparece una señal de terminación tan específica <strong>com</strong>o el<br />
inicio. Una vez que se rompa el híbrido y finalice por tanto la transcripción, la RNA polimerasa<br />
y la proteína nusA se separarán.<br />
Se cree que la proteína nusA (que a<strong>com</strong>paña a la RNA polimerasa en toda la<br />
transcripción) tiene algo que ver también con el reconocimiento de señales, pero no<br />
se conoce bien.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 33
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
TERMINADORES INTRÍNSECOS o independientes de Rho (no requieren a la<br />
proteína rho)<br />
1. Aparición de una zona rica en guaninas y citosinas en la hebra de DNA. La RNA<br />
polimerasa es la única que abre la doble hélice, por lo que se ralentiza su acción al<br />
encontrarse con una doble hélice más estable (con más puentes de hidrógeno entres<br />
sus bases <strong>com</strong>plementarias).<br />
2. Aparición de una secuencia palindrómica en la hebra de DNA, por tanto el RNA recién<br />
sintetizado también la tendrá, por lo que se podrá aparear consigo mismo formando<br />
una horquilla que tiene 2 consecuencias inmediatas:<br />
Explicación:<br />
(1) No aparea con el DNA.<br />
(2) Interfiere en el avance de la RNA polimerasa (la ralentiza aún más).<br />
5´ --- G C A T C G ------- C G A T G C ---- 3´ (Secuencia palindrómica)<br />
3´ --- C G T A G C ------- G C T A C G ---- 5´<br />
Esta es la secuencia palindrómica que se va a copiar en el RNA recién sintetizado.<br />
Va a ser muy rica en guaninas y citosinas, por lo que si hay muchos pb G≡C va a “costar” más<br />
abrir la doble hélice de DNA, ya que estos dan más estabilidad a la cadena (3 puentes de<br />
hidrógeno).<br />
El resultado es que la RNA polimerasa se ralentiza, pero todavía puede seguir copiando RNA.<br />
La señal de terminación definitiva puede ser:<br />
3. Aparición de una fila de timinas (“t runs”) en el DNA que <strong>com</strong>o consecuencia<br />
acarrea una fila de uracilos cuando se copia al RNA que se está transcribiendo. Los<br />
uracilos del RNA recién sintetizado no podrán aparear con la adenina del DNA<br />
(¿¿¿porque son bases anti<strong>com</strong>plementarias???), rompiéndose la doble hélice del<br />
híbrido por inestabilidad y finalizando así la transcripción.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 34
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
PROTEÍNA RHO (ρ) o terminador dependiente de Rho: hexámero con 2<br />
actividades enzimáticas = (1) ATPasa y (2) *HELICASA* (la que realmente<br />
finaliza la transcripción)<br />
1. Actividad ATPasa. Le permite aparearse/interaccionar con la molécula de RNA<br />
que se está sintetizando y avanzar a través de ella, ya que para ello requerirá<br />
hidrolizar ATP.<br />
En otras palabras, la proteína Rho reconoce algo en el RNA (posiblemente a la secuencia<br />
palindrómica) y se aparea/interacciona con él gracias a la actividad ATPasa.<br />
2. Actividad Helicasa. Le permite destruir al híbrido y finalizar por tanto la<br />
transcripción de forma definitiva.<br />
Una vez que la proteína Rho ya se ha pegado al RNA, llega a la zona del híbrido y gracias a su<br />
actividad helicasa destruye a ese híbrido y finaliza la transcripción definitivamente.<br />
En la mayoría de las ocasiones, cuando actúa la proteína Rho <strong>com</strong>o terminador definitivo de la<br />
transcripción, suelen aparecer también los terminadores intrínsecos salvo la fila de timinas,<br />
que no será necesaria gracias a la actividad helicasa determinante que posee la proteína Rho.<br />
Es decir, en la 3ª fase o fase de terminación de la transcripción se darán mayoritariamente 2<br />
situaciones:<br />
1. Acción de los 3 terminadores intrínsecos independientes de Rho incluida la fila de<br />
timinas que será determinante para la finalización de la transcripción.<br />
2. Acción definitiva de la proteína Rho y de los terminadores intrínsecos salvo la fila de<br />
timinas no necesaria gracias a la actividad helicasa de Rho.<br />
¡EXCEPCIÓN! Solo en determinadas ocasiones actuará exclusivamente la proteína<br />
Rho <strong>com</strong>o terminador de la transcripción, sin la ayuda de ningún otro terminador, es<br />
decir, sin necesidad de que la RNA polimerasa sea ralentizada por la zona rica en<br />
guaninas y citosinas y por la secuencia palindrómica.<br />
Dicho esto, podemos concluir que toda finalización de transcripción requiere una<br />
ralentización de la RNA polimerasa (salvo en contadas ocasiones en las que actúa<br />
exclusivamente la proteína Rho) mediante la aparición de una zona rica en guaninas y<br />
citosinas y una secuencia palindrómica en la hebra de DNA. Por último, una vez que ya se ha<br />
ralentizado la RNA polimerasa, necesitaremos indistintamente cualquiera de los 2<br />
terminadores definitivos siguientes:<br />
- Secuencia de timinas<br />
- Proteína Rho (actividad helicasa)<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 35
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
En resumen, existen 4 tipos de terminadores específicos de la transcripción:<br />
− 2 no definitivos, ralentizan a la RNA polimerasa (intrínsecos no<br />
dependientes de ρ):<br />
(1) Secuencia rica en G≡C<br />
(2) Secuencia palindrómica<br />
− 2 definitivos, rompen la doble hélice:<br />
(3) Fila de timinas (intrínseco no dependiente de ρ)<br />
(4) Proteína Rho (actividad helicasa)<br />
RNA TRANSCRITO PRIMARIO BACTERIANO o PRODUCTO PRIMARIO DE<br />
TRANSCRIPCIÓN (NO FUNCIONAL)<br />
El RNA recién sintetizado se denomina TRANSCRITO PRIMARIO o PRODUCTO PRIMARIO DE<br />
TRANSCRIPCIÓN y en general NO ES FUNCIONAL, salvo el mRNA.<br />
¿¿¿El mRNA transcrito primario bacteriano se transcribe en su forma funcional ya que al ser<br />
tan inestable se traduce a la vez que se está transcribiendo, por lo que no es necesario que<br />
sufra modificaciones???<br />
En bacterias, todo el RNA (tRNA y rRNA) transcrito primario excepto el mRNA, sufre<br />
modificaciones tras la transcripción para hacerse FUNCIONAL.<br />
¡EXCEPCIÓN! El mRNA transcrito primario es el único que no sufre modificaciones<br />
tras la transcripción porque al ser tan inestable no da tiempo a que éstas se<br />
produzcan, pues se traduce a proteínas a la vez que se transcribe, es decir, a la vez<br />
que está siendo transcrito ya tiene ahí un ribosoma que está copiando/traduciendo la<br />
proteína correspondiente, ¿¿¿porque si no las nucleasas lo degradarían<br />
inmediatamente???<br />
- tRNA transcrito primario (no funcional) nucleasas o modificaciones de bases<br />
tRNA FUNCIONAL MADURO<br />
Es una estructura con varias moléculas de tRNA (7-8), de manera que necesitamos enzimas<br />
para liberar esos tRNAs y que queden ya <strong>com</strong>o tRNAs funcionales y maduros.<br />
• Nucleasas. “Cortan” la molécula en puntos específicos.<br />
*Hay que recordar que todos los tRNAs tienen en el 5´ una G fosforilada y en el 3´ la secuencia<br />
ACC, que es la que se une en el aá y para todos es la misma.<br />
• Modificación de bases o adición de los nucleótidos que hagan falta.<br />
*Hay que recordar que el tRNA tenía algunas bases modificadas.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 36
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
- rRNA transcrito primario (no funcional) nucleasas rRNA FUNCIONAL<br />
MADURO<br />
Es una estructura que contiene en una misma molécula las 3 especies de rRNA.<br />
• Nucleasas. Determinadas nucleasas van a tener que cortar al transcrito primario para<br />
separar a las 3 especies.<br />
RIBOZIMAS: RNAs con actividad enzimática (por ejemplo, algunas nucleasas)<br />
Algunas de estas nucleasas que modifican la estructura del RNA transcrito primario (de<br />
transferencia o ribosómico) para hacerlo funcional son RNA. En este punto es cuando se<br />
descubrió que no todas las enzimas son proteínas, sino que existen algunas moléculas que sin<br />
serlo tienen actividad enzimática (siendo RNAs).<br />
Se descubrió que en bacterias algunas de estas nucleasas que “cortan” a los RNA transcritos<br />
primarios son moléculas pequeñitas del RNA y en la actualidad se las denomina RIBOZIMAS<br />
para diferenciarlas de las enzimas verdaderamente proteicas.<br />
TRANSCRIPCIÓN EN ORGANISMOS EUCARIÓTICOS<br />
Las generalidades son las mismas que en los organismos procariotas (bacterias).<br />
Similitudes con la transcripción bacteriana:<br />
1. Transcripción selectiva: solo se transcriben segmentos de DNA.<br />
2. Señalización del inicio y del final.<br />
3. DNA molde que se conserve intacto hasta el final.<br />
4. Nucleótidos trifosfato.<br />
5. Mg 2+ <strong>com</strong>o cofactor enzimático.<br />
6. Todas las RNA polimerasas conocidas NO necesitan cebador ni tienen<br />
actividad exonucleasa correctora.<br />
Diferencias con la transcripción bacteriana:<br />
3 RNA polimerasas importantes (las bacterias solo tienen una), todas ellas formadas por varias<br />
subunidades. No se conoce bien la estructura de todas.<br />
− RNA POLIMERASA I. Transcribe genes de tipo I que son los que dan lugar a rRNAs<br />
grandes (los rRNAs pequeños son sintetizados por la RNA polimerasa III).<br />
- Localización: nucléolo.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 37
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
− *RNA POLIMERASA II*. Es la más importante porque transcribe genes de clase II<br />
que son los que dan lugar al mRNA. Además también transcribe la mayor parte de los<br />
RNAs pequeños y RNAs nucleares.<br />
- Localización: nucleoplasma formando parte de la cromatina (proteínas no<br />
histonas).<br />
− RNA POLIMERASA III. Transcribe genes de clase III que son los que van a dar lugar al<br />
tRNA, aunque también a rRNAs pequeños y algunos RNAs nucleares pequeños<br />
(snRNA).<br />
En resumen:<br />
RNA POL I = rRNA RNA POL II = mRNA RNA POL III = tRNA<br />
- RNA POLIMERASA MITOCONDRIAL. También hay una RNA POLIMERASA<br />
MITOCONDRIAL, menos importante, que se encarga de transcribir todos los genes<br />
mitocondriales. Es menos <strong>com</strong>pleja pero similar a la RNA polimerasa bacteriana.<br />
Proceso de transcripción: 3 fases<br />
Fase de iniciación: PROMOTOR.<br />
Las RNA polimerasas necesitan un promotor. El promotor mejor conocido es el de la RNA<br />
polimerasa II.<br />
El promotor de la RNA polimerasa II es de gran longitud; tiene alrededor de 100-200 pb (a<br />
diferencia del promotor bacteriano de pequeña longitud; en torno a los 40 pb).<br />
• Al igual que en las bacterias, en la posición +1 del promotor habrá siempre una<br />
PURINA.<br />
• PROMOTOR BASAL = parte de la caja TATA (-25): parte imprescindible para el<br />
promotor; hace posible la transcripción.<br />
Hacia atrás teníamos la caja TATA/TATA box/caja de Hogness, pero en lugar de estar en la<br />
posición -10 <strong>com</strong>o en las bacterias, en los eucariotas se localiza en la posición -25.<br />
De esta forma (con la purina en posición +1 y con la caja TATA en posición -25) el promotor es<br />
aún poco eficaz, es decir, apenas trascribe, por lo que necesitará de otras secuencias para<br />
incrementar su capacidad de transcripción:<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 38
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
• PROMOTOR PROXIMAL = secuencia K (-75) y secuencias ricas en G y C (-50, -100…):<br />
regiones que mejoran la eficacia del promotor; NO es imprescindible, simplemente<br />
mejora la transcripción.<br />
o SECUENCIA K (posición -75).<br />
o SECUENCIAS RICAS EN GUANINAS y CITOSINAS (se repiten a lo largo del<br />
promotor: posiciones -50, -100… y más hacia atrás).<br />
Los GENES CONSTITUTIVOS o DOMÉSTICOS que se expresan de forma<br />
permanente en todas las células (por ejemplo, los que van a dar lugar a las<br />
proteínas de la glucólisis) van a tener los 2 promotores (el basal que hace<br />
posible la transcripción y el proximal que la mejora).<br />
En la regulación veremos que muchos promotores van a tener ya fuera otras secuencias<br />
denominadas SECUENCIAS DISTALES (porque están muy alejadas de él) que van a modificar<br />
(mejorar/dificultar) la tasa de transcripción de un gen determinado (generalmente activan la<br />
transcripción).<br />
FACTORES DE TRANSCRIPCIÓN o proteínas colaboradoras (con la<br />
RNA polimerasa) y SECUENCIAS DISTALES en todo el proceso de<br />
transcripción eucariótica (debido a la cromatina condensada)<br />
*Diapositiva: TFIIINB, TFIIIC… = factores de transcripción necesarios.<br />
En bacterias, una vez reconocido el promotor la RNA polimerasa bacteriana (con su subunidad<br />
sigma σ) ya no necesitaba nada más.<br />
En organismos eucarióticos <strong>com</strong>o ya sabemos el DNA está formando la estructura de la<br />
cromatina (en forma de nucleosoma) y por tanto está mucho más condensado, por lo que la<br />
RNA polimerasa eucariótica necesita la COLABORACIÓN DE OTRAS<br />
PROTEÍNAS/FACTORES hasta para reconocer al promotor. Es decir, no nos vale solo la RNA<br />
polimerasa, sino que requeriremos la colaboración de muchas proteínas para reconocer el<br />
promotor, abrir el DNA, elongar (2ª fase)…<br />
Además también necesitaremos determinadas SECUENCIAS DISTALES que<br />
mejorarán/dificultarán la transcripción uniéndose o interaccionando a/con los factores de<br />
transcripción.<br />
Secuencias distales. Dentro de ellas hay:<br />
- Activadores/Inhibidores de los factores de transcripción.<br />
- Elementos de respuesta: tipo concreto de secuencias distales (a hormonas, a<br />
AMP C …). Son secuencias situadas a 10000 pb de un gen que pueden influir en<br />
la transcripción porque pueden intervenir en la eficacia o en el mayor/menor<br />
avance.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 39
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
En organismos eucarióticos, al igual que en bacterias, la RNA polimerasa es la<br />
que transcribe el RNA pero necesita la colaboración de todos esos factores de<br />
transcripción y secuencias distales hasta para reconocer al promotor (origen).<br />
Promotor eucariótico: Pu y caja tata (-25); más atrás: secuencias promotores proximales.<br />
Regiones más importantes del promotor: caja tata, región CAAT, regiones ricas en G y C<br />
(mejoraban el promotor basal).<br />
LOCALIZACIÓN DEL PROMOTOR O ZONA DE RECONOCIMIENTO DE LAS RNA<br />
POLIMERASAS:<br />
Para la RNA polimerasa I los promotores son distintos pero similares a los de la RNA<br />
polimerasa II.<br />
Los promotores de la *RNA polimerasa III* son totalmente distintos a los de las RNAs<br />
polimerasas I y II, ya que van a estar dentro del gen (¿¿¿inicia la transcripción en Pu +1 ).<br />
- RNA POLIMERASA I + RNA POLIMERASA II + RNA POLIMERASA BACTERIANA sus<br />
promotores están “UPSTREAM” = hacia la izquierda o corriente arriba.<br />
- *RNA POLIMERASA III* (¿¿¿transcribe el tRNA pero aparecen también determinados<br />
bloques característicos????) sus promotores están “DOWNSTREAM” del gen<br />
transcrito = hacia la derecha o corriente abajo. En este caso el promotor va a estar<br />
dentro del gen, por tanto la RNA polimerasa III lo reconoce y lo transcribe a la vez.<br />
PROCESAMIENTO en eucariotas: (2) elongación y (3) terminación.<br />
Una vez que se inicia la transcripción (tras reconocer al promotor en una 1ª<br />
fase) el proceso es el mismo que en bacterias.<br />
La 2ª fase o elongación se produce a la misma velocidad hasta encontrar una señal de<br />
finalización. En eucariotas la señal de terminación no está nada clara:<br />
En eucariotas NO SE HAN DETECTADO SECUENCIAS PALINDRÓMICAS NI LAS<br />
HORQUILLAS DEL RNA, pero sí regiones en las que la RNA polimerasa va más lenta.<br />
Se cree que la ralentización de la RNA polimerasa eucariótica es debida a la propia estructura<br />
del DNA, que cuando se transcribe dará una secuencia determinada en el RNA.<br />
Sí se ha observado la APARICIÓN DE UNA FILA DE TIMINAS, en especial para casi todas<br />
las RNA POLIMERASA I. El RNA recién transcrito tendrá una fila de uracilos que<br />
apareará peor con el DNA (base anti<strong>com</strong>plementaria).<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 40
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
También se ha descubierto que en el caso de la RNA POLIMERASA II actúan algunas<br />
PROTEÍNAS SIMILARES A LA RHO que provocan el final de la síntesis.<br />
Resumen: terminadores en la transcripción eucariótica<br />
- En casi todos los genes:<br />
Señales inespecíficas que hacen que la RNA polimerasa vaya más lenta.<br />
Fila de timinas que da lugar a una serie de uracilos en el RNA que debilita el<br />
apareamiento (especialmente en la RNA polimerasa I).<br />
- En el caso de la RNA polimerasa II:<br />
Se han descrito proteínas similares a la Rho que actúan también <strong>com</strong>o<br />
helicasas para romper el DNA.<br />
MODIFICACIONES QUE HAN DE SUFRIR *TODOS* LOS<br />
TRANSCRITOS PRIMARIOS DEL RNA EUCARIÓTICO PARA HACERSE<br />
FUNCIONALES O MADUROS<br />
*Diapositiva: ejemplo general de las modificaciones.<br />
En organismos eucarióticos NINGUNO DE LOS RNA RECIÉN SINTETIZADOS O<br />
TRANSCRITOS PRIMARIOS ES FUNCIONAL. Es decir, los transcritos primarios<br />
tanto del mRNA, rRNA y tRNA se van a tener que modificar para convertirse en<br />
los RNAs funcionales o RNAs MADUROS.<br />
*Recordemos que en bacterias los RNA transcritos primarios a excepción del mRNA, tampoco<br />
eran funcionales, por lo que tenían que sufrir una serie de modificaciones y “cortes” por parte<br />
de nucleasas para hacerse funcionales o maduros.<br />
Al contrario que en bacterias, el mRNA transcrito primario se modifica mucho, por<br />
tanto no es tan importante la definición de su terminación. Es decir, en eucariotas el<br />
RNA que más se modifica es el mensajero (en bacterias el mRNA se traducía a la vez<br />
que se sintetizaba/transcribía, no se modifica nada).<br />
La MODIFICACIÓN DE LOS TRANSCRITOS PRIMARIOS NO FUNCIONALES va a ser<br />
imprescindible para:<br />
- TODOS LOS RNA EUCARIOTAS<br />
- Los tRNAs y rRNAs bacterianos<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 41
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
La modificación va a estar relacionada con la estabilidad de la molécula y la<br />
<strong>com</strong>plejidad de su estructura superior.<br />
Las modificaciones implican:<br />
Escisión de fragmentos grandes<br />
Roturas tanto de los extremos <strong>com</strong>o internas<br />
Adición de secuencias características y/o protectoras<br />
Modificación de bases, <strong>com</strong>o metilación.<br />
El mRNA de eucariotas empieza a modificarse en el extremo 5’. Empieza con una<br />
purina y cuando ya ha emergido un fragmento de RNA, ya va a <strong>com</strong>enzar a modificarse.<br />
El primer paso es la formación de la CAP o caperuza, la cual <strong>com</strong>ienza perdiéndose<br />
un fosfato del extremo 5’ por hidrólisis (enzima fosfohidrolasa).<br />
A través de GTP se añade una guanina (con liberación de P Pi ) gracias a la Guanilil<br />
transferasa. Una vez disponemos de la guanina, esta se metila gracias a una molécula<br />
de SAM y a una metiltransferasa. Una vez se han llevado a cabo estos pasos<br />
disponemos ya de un CAP plenamente funcional.<br />
El RNA se sigue sintetizando hasta llegar a una determinada secuencia consenso que<br />
es reconocida por una proteína específica, y cuando se reconoce esta secuencia<br />
consenso, una endonucleasa cortará unos 20 nucleótidos por delante de dicha<br />
secuencia disponiendo ya de un extremo 3’ libre.<br />
Una vez disponemos del RNA, una cantidad indeterminada de ATP se va a hidrolizar<br />
liberando pirofosfato para aportar al extremo 3’ una gran cantidad de adeninas<br />
(extremo poli A). La enzima es la Poli A Polimerasa. La cola poli A estabiliza al<br />
mRNA y lo protege de la acción de nucleasas, y además a la cola poli A se una<br />
proteína que estabiliza aún más este extremo.<br />
A partir de este punto, disponemos de un RNA heterogéneo nuclear. Es un RNA que<br />
depende de la proteína que codifica (es monocistrónico). Su estructura es la<br />
siguiente:<br />
Extremo 5’. Tiene la CAP<br />
Secuencia central. Se trata de una secuencia exón-intrón repetida<br />
Extremo 3’. cola poli A<br />
Para crear un RNA <strong>com</strong>pletamente funcional debemos llevar a cabo un proceso de<br />
"splicing" que elimine las secuencias intrónicas no codificantes. El proceso de<br />
“splicing” implica el corte de intrones y el empalme específico de unión de exones. Una<br />
vez se ha llevado a cabo este proceso, el RNA maduro.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 42
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
El proceso de ““““““““““““““““““““““““““““splicing”””””””””””””””””””””””””””” lo llevan a cabo una<br />
serie de partículas formadas por snRNA (ricos en uracilo) y proteínas, este <strong>com</strong>plejo se<br />
llama snRNP (pequeños y nucleares ribonucleoproteínas, o "snurps"). La parte<br />
catalítica de los snRNP es el RNA de forma que es una ribozima. Los snurps al ser<br />
ricos en uracilo se les denomina por U 1 , U 2 , U 3 …<br />
El corte y empalme se va a producir sucesivamente. Todos los intrones tendrán en el<br />
extremo 5’ una secuencia GU y en el extremo 3’ una secuencia AG. En el centro<br />
tienen también una secuencia específica que es lo que se denomina punto de<br />
ramificación.<br />
Estas secuencias son reconocidas por un determinado snurp 1 que produce un corte<br />
específico que deja un OH libre en el extremo 3’ del exón 1 y la estructura GU-intrón-AG<br />
en el extremo 5’ del exón 2 . Otro snurp 2 eliminará el intrón unido al 5’ exón 2 dejando a<br />
los dos exones libres. Otro snurp 3 actúa <strong>com</strong>o una ligasa uniendo a los dos exones<br />
entre sí.<br />
La demostración de la existencia de intrones se dio al hibridar la hebra molde<br />
de DNA con el mRNA maduro, observando la presencia de múltiples bucles en el<br />
DNA, y aportó el dato de que la cantidad de DNA en intrones es muy superior a la<br />
de los exones.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 43
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
La presencia de intrones se da gracias a que una molécula de RNA heterogéneo<br />
nuclear se pueden dar distintos RNA mensajeros maduros eliminando o no exones.<br />
Siempre se deben mantener el primer y último exón. Esto se denomina<br />
““““““““““““““““““““““““““““splicing”””””””””””””””””””””””””””” diferencial o<br />
alternativo.<br />
Modificación de otros RNA<br />
tRNA transcrito 1 ario<br />
Cada transcrito primario eucariótico no es funcional y consiste en una estructura con<br />
los extremos 5’ y 3’ elongados; estos extremos son cortados por nucleasas<br />
específicas.<br />
Una enzima debe añadir siempre al extremo 5’ una G y al extremo 3’ una secuencia<br />
ACC: los nucleótidos específicos que llevan los tRNA. Esta enzima encargada será una<br />
nucleotidasa.<br />
El tRNA también tiene bases que deben ser modificadas ya que esas bases no se<br />
pueden copiar modificadas del DNA. También hay muchos tRNA que van a llevar un<br />
intrón en la zona más importante: la zona del anticodón. Esto conlleva un proceso de<br />
““““““““““““““““““““““““““““splicing”””””””””””””””””””””””””””” llevado a cabo por nucleasas y<br />
ligasas específicas.<br />
rRNA transcrito 1 ario<br />
El rRNA transcrito primario se transcribe <strong>com</strong>o una única molécula que engloba los tres<br />
RNA. El 5S se sintetiza por la misma enzima que sintetiza los tRNA.<br />
Para convertirse en funcional en primer lugar una serie de nucleasas cortan de forma<br />
específica liberando los tres RNA diferentes además de modificarlos ligeramente, y una<br />
vez liberados estructuran junto a las proteínas las subunidades del ribosoma.<br />
En ocasiones aparecen intrones dentro de la estructura, y para eliminarlos se requieren<br />
pequeños <strong>com</strong>plejos formados por RNA y proteínas (ribozimas) similares a los snurps.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 44
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
En ocasiones el propio RNA ribosómico también participa en el proceso de corte y<br />
empalme en lo que se denomina "autosplicing".<br />
Inhibidores de la transcripción<br />
Hay toda una serie de moléculas, fundamentalmente antibióticos, que inhiben la<br />
transcripción.<br />
La rifamicina es un <strong>com</strong>puesto natural de streptomyces y la rifampicina es un<br />
<strong>com</strong>puesto artificial. Ambos interactúan con la unidad β de la RNA polimerasa<br />
bacteriana y por tanto bloquea la transcripción en bacterias. Es un antibiótico muy útil<br />
para <strong>com</strong>batir infecciones dado que al ser humano no le afecta.<br />
Los intercalantes se intercalan en la doble hélice de DNA e impiden su apertura para<br />
que el gen sea transcrito. A altas concentraciones pueden llegar a inhibir la replicación.<br />
Uno de los más estudiados es la actinomicina D que es un antibiótico que siempre<br />
que aparecen pares seguidos G-C se intercala en ese punto anclándose al DNA.<br />
Algunas toxinas fúngicas <strong>com</strong>o la producida por la Amanita phalloides (α-amanitina)<br />
interacciona con la RNA polimerasa eucariótica (sobre todo la RNA polimerasa II que<br />
sintetiza el mensajero).<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 45
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Tema 5. Síntesis de proteínas<br />
Introducción<br />
La síntesis de proteínas parte de la molécula de RNA mensajero resultante de la<br />
transcripción en lo que se denomina traducción.<br />
La secuencia de proteínas será una copia de las instrucciones que contiene el mRNA,<br />
es decir, el codón del RNA determinará el aminoácido que aparece en la proteína,<br />
actuando <strong>com</strong>o molde en la traducción. Las proteínas se sintetizan en sentido aminocarboxilo.<br />
Estructuralmente los aminoácidos y los codones no tienen nada que ver, por lo que<br />
necesitan un adaptador que va a ser el RNA transferente.<br />
*Recordatorio*<br />
El tRNA tiene una región que reconoce específicamente al codón, que se denomina<br />
anticodón y la molécula de tRNA en su extremo 3’ podía unirse a un aminoácido.<br />
Cada tRNA tiene un anticodón de tres bases (distintas para cada tipo de tRNA) que<br />
interacciona con un aminoácido distinto, y reconoce al codón en sentido antiparalelo<br />
determinando el aminoácido que debe ser incorporado en la proteína.<br />
El tRNA interaccionará con el codón mediante puentes de hidrógeno y con el<br />
aminoácido mediante un enlace covalente.<br />
Globalmente las estructuras que necesitaremos para la síntesis de proteínas son:<br />
− mRNA maduro<br />
− Aminoácidos<br />
− Enzimas<br />
− tRNA maduro<br />
− Ribosomas<br />
− Factores de traducción<br />
− Energía (ATP, GTP)<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 46
Código genético<br />
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
El código genético es quien establece la norma de cómo un determinado codón se<br />
traduce en un determinado aminoácido.<br />
A principios de los años 60 se demostró que la codificación se establecía por tripletes.<br />
Teniendo 20 aminoácidos con 4 bases nitrogenadas posibles necesitamos <strong>com</strong>o<br />
mínimo 20 <strong>com</strong>binaciones de bases posibles. Dándose la codificación por 4 tipos de<br />
bases diferentes tenemos que existen 64 <strong>com</strong>binaciones posibles. De todas ellas, 61<br />
codifican para aminoácidos y 3 de ellos sirven para finalizar la traducción, y son<br />
llamados codones STOP (UAA, UAG, UGA).<br />
Los codones se copian secuencialmente sin <strong>com</strong>as ni solapamiento, es decir que<br />
las bases del primer codón no se aprovechan para el segundo (no hay solapamiento),<br />
pero también es cierto que se aprovechan todas las bases en vez de utilizar algunas<br />
inútiles intercaladas (sin <strong>com</strong>as).<br />
En todos los mRNA el punto de inicio debe estar muy bien delimitado (marco de<br />
lectura) donde se <strong>com</strong>ienza a leer ese mensajero. Sólo debe haber un marco de<br />
lectura abierto. Esto ocurre en procariotas y eucariotas, pero muchos virus tienen todos<br />
los marcos de lectura abiertos, pudiendo mutar con mucha facilidad.<br />
El código genético no es ambiguo, es decir, cada codón codifica siempre para un<br />
aminoácido y muchas veces aminoácidos estructuralmente similares son codificados<br />
también por codones similares entre ellos. Esto proporciona una importante ventaja si<br />
se produce una mutación, también es por ello que las dos primeras bases son las más<br />
importantes, siendo la última es de menor importancia.<br />
El código es casi universal, es decir, es el mismo en todo tipo de organismos a<br />
excepción de las mitocondrias (con algunos codones distintos) y en algunos<br />
organismos inferiores puede existir también alguna variación en codones.<br />
Debe haber un codón inicial (AUG) y finalizar con un codón STOP de los antes<br />
mencionados.<br />
El código genético es degenerado, lo que indica que para cada aminoácido tenemos<br />
varios codones que lo codifican. Sólo hay dos aminoácidos (Trp y Met) que tienen un<br />
solo codón que los codifique.<br />
En el código genético no se necesitan 61 tRNA sino realmente alrededor de 30 ya que<br />
dependiendo de la base que aparezca en la posición 5’ del anticodón (que aparea en la<br />
3’ del codón) hay determinados tRNA que pueden reconocer bases no<br />
<strong>com</strong>plementarias. A este tipo de interacción se le denomina balanceo, y permite que el<br />
apareamiento no sea correcto. Si se produjera una mutación este balanceo minimiza el<br />
efecto perjudicial y además acelera la traducción ya que se debilita la fuerza de la<br />
interacción codón-anticodón.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 47
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Estructura del ribosoma<br />
Vamos a necesitar los ribosomas puesto que van a ser fundamentales para aproximar<br />
los sustratos y formar el enlace peptídico. Van a alinear el mensajero en la posición<br />
correcta, intervendrán en el control de la fidelidad de la traducción así <strong>com</strong>o en la<br />
finalización de la cadena proteica y por tanto de la traducción.<br />
Tienen una subunidad grande y una pequeña:<br />
La subunidad grande tiene actividad enzimática y además liberará la cadena proteica<br />
La subunidad pequeña será fundamental en todo el proceso de traducción, ya que se<br />
ancla al mensajero y es importante en la unión específica del mismo.<br />
En el ribosoma existen asimismo dos localizaciones muy importantes:<br />
Region P (peptidilo). Es una zona concreta en la que están implicadas las dos<br />
subunidades y en ella se va colocando la cadena proteica en formación.<br />
Región A (aminoacilo). Es una zona contigua a la región P y en ella se va<br />
incorporando cada aminoácido que va a formar parte de la cadena proteica,<br />
salvo el primero que se incorpora en P.<br />
Traducción<br />
Globalmente la traducción consta de tres pasos fundamentales:<br />
1. Activación del aminoácido. Es previa a la síntesis y capacita la formación del<br />
enlace peptídico ya que dota de energía al aminoácido.<br />
2. Proceso de traducción en sí mismo<br />
3. Modificaciones estructurales debido a que ninguna proteína recién sintetizada<br />
es funcional<br />
Activación<br />
Se produce de la misma manera en procariotas y en eucariotas. En procariotas tiene<br />
lugar en el citoplasma y consiste en la unión del aminoácido a su tRNA específico.<br />
Necesitamos energía proporcionada por ATP y el aminoácido se une a su tRNA<br />
liberándose AMP y pirofosfato.<br />
La reacción anterior se produce en dos pasos:<br />
1. Aminoácido + ATP. Dará lugar a un aminoácido unido a AMP por un enlace rico<br />
en energía (anhídrido mixto) y la liberación de pirofosfato.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 48
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
2. Aminoácido + tRNA. El enlace que se forma tendrá una energía considerable<br />
(enlace tipo éster) y dará lugar a una estructura conocida <strong>com</strong>o aminoaciltRNA<br />
o tRNA cargado. También se libera el AMP. Se trata de una reacción de<br />
transferencia.<br />
La enzima que cataliza la reacción global es la aminoacil-tRNA sintetasa (específica<br />
de cada aminoácido). Estas enzimas tienen capacidad para reconocer los errores y<br />
sustituir al aminoácido erróneo por el específico de cada enzima por lo que son<br />
responsables de la especificidad. Esta enzima primero se une al aminoácido (son<br />
específicas para cada aminoácido y hay 20 de ellas) y una vez que tiene el aminoácido<br />
correcto reconoce al tRNA mediante las regiones singulares del mismo. Cada<br />
aminoacil-tRNA sintetasa reconoce 1 solo aminoácido y todos los tRNA isoaceptores<br />
del aminoácido (20 tipos de enzima).<br />
Traducción<br />
La traducción requiere un inicio claro y también un final bien delimitado, por lo que<br />
tendremos tres etapas:<br />
Reconocimiento e iniciación<br />
Elongación<br />
Terminación<br />
Todas las proteínas bacterianas deben ser iniciadas por metionina (codón AUG<br />
inicial). En su extremo N T tendrán siempre una metionina pero también puede estar<br />
intercalada en la secuencia, por lo que el codón AUG no debe ser la única señal de<br />
inicio. Deben existir mas señales de inicio <strong>com</strong>o una secuencia rica en purinas (-10)<br />
llamada secuencia de Shine-Dalgarno que además aparea de forma <strong>com</strong>plementaria<br />
con una secuencia rica en pirimidinas presente en el rRNA (subunidad pequeña).<br />
La metionina inicial de las proteínas aparece modificada (formilada) en su N T en forma<br />
de N-formil-metionina, por ello la metionina tiene dos tRNA específicos:<br />
− tRNA Met . Se trata del tRNA que codifica una metionina intercalada en la<br />
secuencia proteica.<br />
− tRNA f Met . Se trata del tRNA que codifica la metionina inicial. La metionina se<br />
formila después de unirse al tRNA f gracias a una molécula de formilTHF.<br />
Para la iniciación necesitamos una serie de proteínas libres que se conocen en general<br />
<strong>com</strong>o factores de iniciación que son extrarribosómicas y son tres:<br />
IF-1 IF-2 IF-3<br />
Dos de estos factores (IF-1 e IF-3) quedan unidos a la subunidad menor y causan que<br />
se abra el ribosoma para <strong>com</strong>enzar la transcripción. En el lugar P del ribosoma se sitúa<br />
el codón AUG. La formil-metionina va unida al IF-2 y a GTP de manera que el tRNA<br />
se incorpora el aminoácido apareando el anticodón con el codón.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 49
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
El paso siguiente es simultáneo y se produce la liberación de los factores IF-3 y IF-1, se<br />
hidroliza el GTP liberándose GDP y se separa también el IF-2. Todo esto promovido<br />
por la hidrólisis del GTP permite que se incorpore la subunidad mayor del ribosoma. En<br />
esta actividad GTPasa participa también el ribosoma. En este paso no se produce<br />
revisión de errores<br />
La elongación <strong>com</strong>o el paso anterior requiere proteínas libres que van a ser los<br />
factores de elongación:<br />
EF-Tu EF-Ts EF-G<br />
La elongación se produce cuando llega el aminoácido codificado por el codón contiguo<br />
al AUG que aparece en la posición A del ribosoma. Este aminoácido va a ir unido al<br />
EF-Tu y a GTP, este GTP se va a hidrolizar para aportar energía y se va a liberar GDP<br />
unido al EF-Tu. La actividad GTPasa es una actividad dependiente de la subunidad<br />
mayor del ribosoma.<br />
*Regeneración del factor de elongación*<br />
El EF-Tu unido a GDP no es funcional de forma que debe ser recuperado unido a<br />
GTP. Esto será llevado a cabo gracias al EF-Ts en una reacción en la que se libera<br />
GDP y el EF-Tu unido al EF-Ts. Gracias a GTP se regenera el <strong>com</strong>plejo GTP-EF Tu y<br />
se libera el EF-Ts.<br />
El paso siguiente es la formación del primer enlace peptídico en un paso <strong>com</strong>plejo en el<br />
que el enlace de la Met f (tipo éster) se rompe y ésta pasa a la posición A quedando el<br />
tRNA f libre en el sitio P y el aa 2 unido a Met f en el sitio A. Esto es catalizado por la<br />
peptidil-transferasa que es capaz de hidrolizar el enlace éster y catalizar el salto de la<br />
Met f y formar el enlace peptídico. Esta actividad enzimática reside en proteínas y RNA<br />
de la subunidad mayor del ribosoma.<br />
Para que continúe elongándose la cadena debe quedar libre el sitio A, por lo que el<br />
ribosoma se desplaza dejando fuera el codón AUG (en posición E de salida) y<br />
quedando el dipéptido en la posición P. Este paso se conoce <strong>com</strong>o translocación y<br />
viene catalizado por el EF-G (translocasa) en una reacción dependiente de GTP en la<br />
que también colabora la subunidad mayor del ribosoma.<br />
Una vez ocurridas las reacciones anteriores estamos en una situación similar a la inicial<br />
en la que entra un aminoácido (aa 3 ) unido a EF-Tu unido a GTP y se repiten los pasos<br />
anteriores.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 50
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
El proceso de elongación va aproximadamente a unos 22 aminoácidos por segundo y<br />
tiene puntos de revisión cuando se incorporan los sucesivos aminoácidos unidos a EF-<br />
Tu.<br />
El proceso de elongación continua hasta que aparece una señal de terminación<br />
(codones STOP) que cuando se incorporan a la posición A <strong>com</strong>o no son reconocidos<br />
por ningún tRNA causan el final de la síntesis de proteínas. Esto <strong>com</strong>o todo, requiere<br />
factores de terminación:<br />
RF-1 RF-2 RF-3<br />
El RF-1 y el RF-2 reconocen el codón de terminación. Deben interaccionar con el RF-3<br />
para que se produzca la terminación y se libere la cadena proteica, lo que requiere<br />
energía, por ello el RF-3 es una GTPasa que está capacitada para terminar la síntesis.<br />
El RF-1 (ó el RF-2) interaccionan reconociendo codón y uniéndose al RF-3 y la peptidil<br />
transferasa ve modificada su actividad de manera que esa enzima rompe el enlace<br />
aminoacil-tRNA rompiendo la cadena.<br />
La síntesis de una proteína consume una enorme cantidad de energía, debido a que<br />
se gastan grandes cantidades de ATP y GTP:<br />
Activación. Es preciso la hidrólisis de un ATP en AMP y P Pi 2 ATP<br />
Iniciación. 1 GTP<br />
Elongación. 2 GTP<br />
Terminación. 1 GTP<br />
Esto se produce por cada aminoácido, y una proteína normal tiene cerca de 200<br />
aminoácidos, por lo que se consumirá una enorme cantidad de energía, por ello es<br />
preciso una regulación de la expresión génica que estudiaremos en unidades<br />
siguientes.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 51
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
En cualquier proceso que gaste mucha energía se asegura la fidelidad del proceso<br />
(que se da al activar el tRNA y cada vez que se incorpora un aminoácido a la proteína)<br />
por ello la síntesis de proteínas es muy precisa.<br />
La síntesis de proteínas en bacterias va acoplada a la transcripción, es decir, a medida<br />
que se sintetiza el mRNA <strong>com</strong>o es muy inestable empieza ya a ser traducido<br />
simultáneamente por múltiples ribosomas a la vez (polisoma), obteniendo múltiples<br />
copias de la misma proteína.<br />
Las proteínas recién sintetizadas en bacterias no son funcionales de manera que<br />
deben modificarse para ser maduras. Las modificaciones en eucariotas son similares<br />
a las de las bacterias pero hay un caso que no ocurre en eucariotas:<br />
− Deformilación. Todas las proteínas deben perder el radical formilo de la primera<br />
metionina gracias a una deformilasa, de forma que las proteínas pasan a tener<br />
una metionina normal en su extremo N T . Este proceso es simultáneo a la<br />
traducción. Esto se lleva a cabo en todas las proteínas bacterianas.<br />
− Pérdida de la metionina. Hay otra opción aparte de la deformilación, que es la<br />
perdida de la metionina. Esto se lleva a cabo gracias a aminopeptidasas. Se<br />
lleva a cabo en muchas proteínas bacterianas.<br />
− Perdida del primer fragmento. Se pierde un fragmento del N T de la cadena<br />
gracias a una peptidasa (peptidasa de señal). Esto se lleva a cabo en la<br />
minoría de proteínas bacterianas y suelen ser proteínas de secreción al medio<br />
extracelular.<br />
Traducción en eucariotas<br />
Se trata de un proceso similar que al procariótico pero hay una serie de diferencias:<br />
1. El mensajero eucariótico se sintetiza en el núcleo, se modifica, sale al citosol y<br />
se traduce, de manera que traducción y transcripción son procesos<br />
independientes.<br />
2. Las proteínas eucarióticas empiezan todas por metionina deformilada salvo<br />
las proteínas sintetizadas en las mitocondrias que sí empiezan por<br />
formilmetionina.<br />
3. La metionina, al igual que las bacterias tiene dos tRNA: tRNA f y tRNA Met . El<br />
tRNA f (ó tRNA i Met ) es específico de metionina en la posición inicial, pero la<br />
metionina no está formilada.<br />
4. En eucariotas no se ha observado ningún tipo de secuencia Shine-Dalgarno,<br />
pero el primer codón AUG que aparezca tras el CAP del mRNA será el<br />
punto de inicio. Si aparece una purina en (-3) y una guanina en (+4) el tRNA se<br />
copia aproximadamente 20 veces más rápido esto se conoce <strong>com</strong>o segmento<br />
Kozak.<br />
5. El mRNA bacteriano carece de estructura, pero el mRNA eucariótico si puede<br />
estar <strong>parcial</strong>mente plegado formando horquillas.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 52
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
6. Para que se inicie la traducción necesitamos muchos factores de iniciación.<br />
En eucariotas se han caracterizado alrededor de 9 factores de iniciación. En<br />
general se denominan factores de iniciación eucariotas (eIF). Entre los más<br />
importantes está el conocido <strong>com</strong>o proteína de unión al CAP.<br />
Para llevar a cabo la traducción necesitamos formar una estructura de mRNA<br />
desplegado. Un eIF separa la subunidad mayor del ribosoma y la traducción<br />
<strong>com</strong>ienza gracias a tRNAf unida a eIF 2 (unido a GTP) después se produce un<br />
despliegue del mRNA y la subunidad menor migra hasta localizar el AUG (con<br />
gasto de ATP) que es situado en la posición P acoplándose la metionina en un<br />
proceso análogo al procariótico. La hidrólisis del GTP provoca el desacople de<br />
todos los factores y la incorporación de la subunidad mayor en una situación<br />
idéntica a la bacteriana.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 53
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Hay una serie de cambios con respecto a los factores de elongación:<br />
EF-Tu eEF-1α<br />
EF-Ts eEF-1βγ<br />
EF-G eEF-2<br />
Con respecto a los factores de terminación, los eucariotas solo requieren un<br />
factor de terminación (eRF) con función GTPasa.<br />
Modificaciones en eucariotas<br />
Las proteínas recién sintetizadas no son funcionales, por lo que sufren una serie de<br />
modificaciones importantes:<br />
− Modificación de los extremos. Eliminación del formilo en proteínas<br />
mitocondriales y pérdida de la metionina en muchas proteínas de todo tipo.<br />
Pérdida del péptido señal. Todas aquellas proteínas insolubles de la<br />
célula se sintetizan en ribosomas del RER, y se sintetizan con un extremo<br />
N T extra que en cuanto emerge del ribosoma, dirige al péptido al retículo.<br />
Este péptido señal se pierde en todas aquellas proteínas asociadas a<br />
membrana.<br />
− Ruptura proteolítica. Se sintetizan <strong>com</strong>o preproteínas con péptidos señal que<br />
deben perder (Pre-péptido). En ocasiones también se sintetizan con un fragmento<br />
extra (Pro-Péptido) o ambos. Por ello deben perder estos péptidos para ser<br />
funcionales.<br />
Este es el caso de hormonas <strong>com</strong>o la insulina (sintetizada en forma de Pre-Pro-<br />
Insulina) o los zimógenos.<br />
− Agregación de grupos funcionales<br />
Hidroxilación. Hay proteínas que tienen determinados residuos<br />
hidroxilados (los requieren para ser funcionales) ocurre en el caso de<br />
numerosos aminoácidos del colágeno<br />
Metilación. Ocurre lo mismo que en la hidroxilación. Este proceso junto con<br />
el anterior sirve para variar las cargas de las proteínas alterando sus<br />
funciones.<br />
Fosforilaciones. Modifica su función y es abundante en enzimas.<br />
Puentes disulfuro. Afecta a dos aspectos: elimina el carácter reductor de<br />
la Cys (SH S-S) y crea un enlace covalente que estabiliza la proteína.<br />
Esto es <strong>com</strong>ún en proteínas de secreción ya que el medio externo es muy<br />
oxidante y con puentes disulfuro se protege la proteína de la oxidación.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 54
− Glicosilación y unión de lípidos<br />
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Glicosilación. La Glicosilación de proteínas es la unión covalente de<br />
hidratos de carbono que sufren muchas (sobre todo de secreción) que<br />
causan que sean reconocidas por receptores. Las proteínas de membrana<br />
glicosiladas suelen actuar <strong>com</strong>o receptores.<br />
Unión de lípidos. La unión covalente de lípidos que puede darse en<br />
muchas proteínas de membrana ya que les permite anclarse con mayor<br />
facilidad. Normalmente se denominan proteolípidos.<br />
− Plegamiento de la proteína. Se lleva a cabo a medida que se va sintetizando o<br />
bien una vez sintetizada.<br />
Inhibidores de la traducción<br />
Hay una serie de sustancias capaces de inhibir la traducción, y sobre todo las<br />
específicas de la traducción bacteriana pueden ser utilizadas <strong>com</strong>o antibióticos:<br />
Tetraciclina. Es un antibiótico muy utilizado que se une específicamente a la<br />
unidad 30 S del ribosoma (específica bacteriana) e inhibe la unión del aminoaciltRNA<br />
Estreptomicina. También se une a la subunidad 30 S alterando su estructura y<br />
produciendo la lectura errónea del mRNA<br />
Eritromicina. Se une a la subunidad 50 S del ribosoma la cual es responsable de<br />
muchas actividades enzimáticas, inhibiendo la actividad translocasa que depende<br />
de EF-G, de proteínas y de rRNA<br />
Estos antibióticos se utilizan ya que no afectan al organismo humano y solo destruyen<br />
bacterias. Otros antibióticos menos específicos son:<br />
Cloranfenicol. Se une a la subunidad 50 S inhibiendo la actividad peptidiltransferasa.<br />
Este antibiótico es poco selectivo y afecta a los ribosomas<br />
mitocondriales eucarióticos, por ello es bastante tóxico.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 55
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Puromicina. Afecta a todo tipo de células. Una parte de su estructura es<br />
análoga a un aminoacil-tRNA de forma que se une al sitio A del ribosoma e<br />
interrumpe la transcripción. Se utiliza <strong>com</strong>o antibiótico en quimioterapia contra el<br />
cáncer y en investigación.<br />
*Clínica*<br />
La toxina diftérica es producida por la bacteria Corynebacterium diphteriae. La<br />
toxina diftérica es una proteína con dos dominios bien diferenciados la cual<br />
interacciona con la membrana de una célula, lo cual produce la rotura proteolítica<br />
de ambos dominios. Uno de ellos abre un canal en la membrana que causa la<br />
entrada de la otra subunidad.<br />
La subunidad entrante es una enzima que cataliza la siguiente reacción:<br />
eEF-2 ADP-Ribosa-eEF 2<br />
Por tanto la toxina de la difteria inactiva la translocasa eEF-2 mediante ADPribosilación.<br />
Hasta que no se descubrió la vacuna la difteria provocaba una gran<br />
cantidad de muertes.<br />
La bacteria se aloja sobre todo en las vías respiratorias superiores (faringe,<br />
laringe) aunque su toxina puede llegar a afectar a todo el organismo.<br />
El ADP-Ribosa es aportado por la coenzima NAD + que pasa a ser nicotinamida.<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 56
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Tema 6. Regulación de la expresión génica<br />
Introducción<br />
Un gen se expresa cuando se transcribe y para la mayor parte de ellos cuando se<br />
traduce. Como en bacterias es muy diferente que en eucariotas, estudiaremos<br />
únicamente ésta última<br />
De la regulación dependen muchos aspectos <strong>com</strong>o la diferenciación celular; todas las<br />
células humanas tienen el mismo material genético, pero disponemos de distintos<br />
tejidos y órganos muy diferentes entre sí, lo que es causado por la regulación de la<br />
expresión génica. El organismo humano funciona debido a que los diferentes tejidos<br />
expresan en su momento distintas proteínas.<br />
La regulación depende de la propia estructura del DNA, transcripción, control<br />
postrasncripcional, control de la traducción y control de modificación proteica.<br />
Control pretranscripcional<br />
Dependiendo de la estructura de la cromatina el DNA se va a expresar con mayor o<br />
menor facilidad. El DNA esta muy <strong>com</strong>pacto en la cromatina y cuanto más condensado<br />
este más difícilmente accesible será. Por ello distinguimos dos tipos de cromatina:<br />
− Eucromatina. Difusa y poco <strong>com</strong>pactada, por ello esta disponible para la<br />
transcripción.<br />
− Heterocromatina. Es cromatina <strong>com</strong>pactada y indispuesta para la transcripción.<br />
Normalmente va a estar formada por DNA repetitivo (centrómeros, telómeros…).<br />
La replicación de esta zona es lenta al haber dificultades para desplegar la<br />
proteína, pero la transcripción es imposible.<br />
Estos estados dependen de las posibles modificaciones de las histonas y del DNA<br />
Modificaciones de las histonas<br />
Van a ser principalmente fosforilación, metilación y acetilación. Recordando los<br />
principales mecanismos (detallados en la unidad 2) son:<br />
La fosforilación afecta a residuos de Ser y Thr modificando la carga positiva de las<br />
histonas que pasan a tener carga negativa. Esto causa imposibilidad de interacción con<br />
el DNA y despliegue de la estructura.<br />
La acetilación ocurre que la histona pierde su carga, dificultando la interacción con el<br />
DNA. Por ello las regiones acetiladas también tienden a estar desplegadas<br />
En aquellas regiones con histonas fosforiladas y acetiladas, la cromatina estará en<br />
estado de eucromatina y la transcripción estará facilitada.<br />
La metilación se produce sobre Lys y Arg pero en este caso se mantiene la carga de<br />
manera que una histona se metila pero la carga se mantiene. La influencia sobre la<br />
transcripción no es evidente. En la mayoría de los genes el efecto es el mismo que en<br />
Alberto Gómez Esteban & Laura del Olmo 57
Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
las anteriores, es decir, facilita la transcripción sin embargo hay casos en que dificulta<br />
la transcripción debido a que en determinados casos el metilo es dificulta la interacción<br />
con los factores de transcripción.<br />
*Investigación*<br />
El DNA <strong>com</strong>pactado es menos sensible a nucleasas que el DNA que forma parte de<br />
la eucromatina, por tanto estas modificaciones se estudian utilizando nucleasas para<br />
estudiar la vulnerabilidad del DNA y por tanto averiguar el grado de <strong>com</strong>pactación del<br />
material genético.<br />
Los genes de la globina se expresan en los eritroblastos de forma que el gen de la<br />
globina está muy modificado en éstas células, mejorando enormemente su expresión<br />
pero en otros tejidos no está modificado y no se expresa.<br />
Modificaciones del DNA<br />
En el DNA fundamentalmente se da metilación en regiones ricas en la secuencia CG<br />
llamados islotes CG. Cuanto más metilado esté el DNA más difícil es la transcripción<br />
del DNA, de forma que la hipometilación facilita la transcripción. Un DNA hipometilado<br />
se expresa mejor debido a que se facilita la interacción con factores de transcripción.<br />
Control transcripcional<br />
El principal punto de regulación de la expresión génica se da en este punto. Para iniciar<br />
la transcripción necesitamos el promotor basal (caja TATA, punto de inicio) el<br />
promotor proximal y elementos distales promotores de la transcripción. Todas las<br />
secuencias del DNA interventoras en la transcripción se denominan elementos cis.<br />
Los elementos distales pueden estar a miles de pares de bases de distancia, pero<br />
gracias a que los factores de transcripción y la RNA-polimerasa los pueden aproximar<br />
mucho al punto de inicio, influyen en la expresión del gen.<br />
Los genes domésticos son los genes que se expresan continuamente y expresan todos<br />
estos elementos.<br />
Para que todos estos elementos funcionen, requieren interacción de una proteína (sea<br />
la RNA-polimerasa o bien algún factor de transcripción) a los elementos que<br />
interaccionan con un elemento cis se denominan elementos trans.<br />
Los elementos distales pueden actuar <strong>com</strong>o respuesta o bien a hormonas o bien a<br />
AMPc y regulan la eficacia de la transcripción, siendo generalmente activadores<br />
“enhancers” aunque en ocasiones la inhiben.<br />
Los elementos de respuesta a hormonas (HRE) se basan en hormonas liposolubles<br />
que atraviesan sin problema las membranas celulares (esteroideas y tiroideas) y tienen<br />
su receptor en el citosol. Cuando la hormona interacciona con el receptor éste actúa<br />
<strong>com</strong>o un factor de transcripción específico. Estos factores son específicos de un tejido,<br />
o del momento.<br />
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Biología <strong>molecular</strong><br />
1 er Parcial<br />
Otros se denominan elementos de respuesta a AMPc (CRE). El AMPc activa a la<br />
proteína quinasa A (PKA) la cual fosforila una proteína que activa al CRE. Estos<br />
intensificadores están en todas las células pero solo se expresan en determinados<br />
momentos<br />
Todos los factores de transcripción que interaccionan con los elementos cis<br />
responderán a unas estructuras muy típicas. Todos los factores de transcripción<br />
interaccionan por una parte con DNA y por otra con proteínas (RNA-polimerasa o bien<br />
otros factores). Las regiones de interacción con DNA tendrán siempre una estructura<br />
específica:<br />
Hélice-giro-hélice (α-hélice - secuencia de unión - α-hélice). Permite la unión al<br />
surco mayor del DNA<br />
Dedos de Zn. La estructura de la proteína rica en His y Cys interaccionan con<br />
Zn creando estructuras digitales. Los dedos se suelen presentar en número par<br />
e interaccionan perfectamente con la doble hélice.<br />
Cremalleras de leucina. Las cremalleras de leucina son proteínas que<br />
presentan un tramo de hélice-α donde abundan las leucinas y otro tramo de<br />
estructura en otro tipo donde suelen abundar aminoácidos con carga positiva. Se<br />
asocian dos moléculas debido a interacciones hidrofóbicas y el DNA interacciona<br />
con las cargas positivas.<br />
Control postrasncripcional<br />
Una vez sintetizado el mRNA podemos regular la maduración del mensajero lo que<br />
implica la eliminación de intrones y la adición de la cola poli A.<br />
En el caso de la eliminación de intrones hablamos del splicing alternativo, que se<br />
lleva a cabo eliminando exones siempre que se conserve el primero, el último, y el<br />
orden.<br />
En el caso de la cola poli A ésta se puede añadir en diversos puntos del mensajero. El<br />
mRNA se puede cortar en un punto u otro dependiendo de donde se añada esta cola.<br />
Hay algunos mensajeros que no salen del núcleo, con lo que si no son transportados al<br />
citoplasma no se traducen. Esto puede depender de la longitud de la cola poli A.<br />
Una vez tenemos el RNA en el citoplasma, depende de la estabilidad del mensajero. El<br />
mRNA es muy inestable la traducción debe ser muy rápida. Se ha visto que las<br />
hormonas esteroideas aparte de promover la expresión génica también aumenta la<br />
estabilidad del mRNA.<br />
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1 er Parcial<br />
Control traduccional<br />
La traducción se regula en una gran cantidad de proteínas, que en humanos<br />
conocemos fundamentalmente dos:<br />
− Síntesis de ferritina<br />
− Síntesis de hemoglobina<br />
Control de la síntesis de ferritina<br />
El mensajero de la ferritina tiene en su extremo 5’ una zona muy plegada que no<br />
permite el inicio de la traducción. Esta zona esta muy estabilizada por una proteína y no<br />
permite que se inicie la transcripción. En caso de que aumente el nivel de hierro en la<br />
célula, éste interacciona con la proteína inhibidora lo que causa el despliegue del<br />
mRNA que codifica para ferritina y por tanto se da el <strong>com</strong>ienzo de la traducción. A la<br />
proteína inhibidora de la traducción de la ferritina se la conoce <strong>com</strong>o IRP.<br />
Control de la síntesis de hemoglobina<br />
Las globinas de la hemoglobina solo son necesarias para la síntesis de esta proteína<br />
de forma que la síntesis de globinas debe ser controlado fundamentalmente por el nivel<br />
del grupo hemo.<br />
El factor de iniciación 2 (eIF-2) unido a tRNA Met y a GTP. Cuando incorpora la<br />
metionina el eIF-2 se libera unido a GDP en una forma no funcional debido a que<br />
requiere estar unido a GTP lo que viene catalizado por la proteína GEF (Factor de<br />
intercambio de nucleótidos de guanina). Si el eIF-2 se fosforila gracias a ATP no es<br />
funcional y además no puede intercambiar GTP. La quinasa que se encarga de<br />
catalizar la fosforilación del eIF-2 es inhibida por el grupo hemo, de forma que la<br />
quinasa se denomina inhibidor controlado por el hemo (HCI).<br />
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1 er Parcial<br />
Si la concentración de hemo es alta nos interesa formar globinas, de forma que se<br />
inactiva la HCI y el eIF-2 estará defosforilado y capacitado para intercambiar GTP<br />
(forma funcional) lo que produce la síntesis de globinas. Lo mismo ocurre al contrario.<br />
También las globinas ejercen un control similar en la síntesis del grupo hemo, aunque<br />
éste no sea una proteína.<br />
*Controles postraducción*<br />
Es mucho menos importante que las vistas anteriormente<br />
La modificación proteica es un modo de control postraducción ya que si una<br />
proteína no se modifica adecuadamente <strong>com</strong>o ya vimos en la unidad anterior, no es<br />
funcional.<br />
También es posible controlar la degradación de una proteína envejecida o<br />
defectuosa mediante su ubiquitinización y su digestión en un proteasoma.<br />
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