índice de contenidos 1 resumen 2 abstract 3 introducción ...

6.1 Objetivos Generales.......................................................................................296.2 Objetivos Específicos.............................................................................…….297 MATERIALES Y MÉTODOS..................................................................................307.1 Construcción del modelo por homología del transportador Sav1866….…....307.2 Diseño y optimización del detergente C 12 E 8 ……………………………………307.3 Parametrización del detergente C 12 E 8 …………………………………………..317.4 Construcción del complejo proteína/micela mediante Packmol………………327.5 Simulación de Mecánica Molecular………………………………………………337.5.1 Minimización y Dinámica molecular del complejo proteína/micelaSav1866/C 12 E 8 en NAMD……………………………...………….………………337.5.2 Dinámica molecular del complejo proteína/micela Sav1866/C 12 E 8 enDesmond…………………………………….………………………….…………..337.5.3 Dinámica molecular del aumento de temperatura del complejoSav1866/C 12 E 8… ……………………………………………………………………347.6 Preparación de la Dinámica Molecular para la fase gaseosa…………………357.7 Dinámica Molecular en fase gaseosa con aumento de temperatura…..…….377.8 Herramientas de Análisis………………………………………………………….388 RESULTADOS…………..........................................................................................398.1 Modelamiento por homología de la proteína Sav1866………………………...398.2 Formación del complejo proteína/micela Sav1866/C 12 E 8 ……………………..398.3 Simulaciones de Dinámica Molecular del complejo proteína/micelaSav1866/C 12 E 8 …………………………………………………………………..…418.3.1 Dinámica molecular en Desmond……………………………………………......418.3.2 Dinámica molecular en NAMD……………………………………………………448.4 Dinámica Molecular con aumento de temperatura en solución………….…...488.5 Preparación del complejo proteína/micela Sav1866/C 12 E 8 para la fasegaseosa……………………………………………………………………………..528.6 Dinámica Molecular del complejo proteína/micela Sav1866/C 12 E 8 en lafase gaseosa…..…….……………………………………………………….........568.7 Estructura secundaria de la proteína Sav1866 en distintos estados………...609 DISCUSIÓN............................................................................................................6110 CONCLUSIÓN......................................................................................................6711 REFERENCIAS………………………………………………………………………....68