Mesures de la biodiversité - UMR EcoFoG

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Mesures de la biodiversité Nb Espèces 0 10 20 30 40 50 Figure 5 : Histogramme des fréquences (diagramme de Preston) des arbres du dispositif de Barro Colorado Island (Hubbell et al., 2005). En abscisse, le nombre d’arbres de chaque espèce (en logarithme), en ordonnée, le nombre d’espèces. 10 0 2 4 6 8 Décomposition lnN s Whittaker (1977) a proposé sans succès une normalisation des échelles d’évaluation de la biodiversité, en introduisant la diversité régionale
des fréquences (diagramme de Preston, Figure 5 2 ) ou bien d’un diagramme rangabondance (RAC : Rank Abundance Curve,) ou diagramme de Whittaker, Figure 6 3 . Le RAC est souvent utilisé pour reconnaître des distributions connues. Izsák et Pavoine (2012) ont étudié les propriétés des RAC pour les principales SAD. Les SAD ne sont pas traitées en détail ici : on se reportera à Magurran (1988), McGill et al. (2007) et Izsák et Pavoine (2012). Les SAD nécessaires à la compréhension de la suite sont : ● La distribution en log-séries de Fisher (1943) ● La distribution log-normale (Preston, 1948), ● le modèle Broken Stick de MacArthur (1957). 2 Le code R nécessaire pour réaliser les figures est: > library(vegan) > data(BCI) > Ns N hist(log(Ns), main = NULL , xlab = expression(ln(N[s])), ylab="Nb Espèces") 3 Code complémentaire pour le diagramme de Whit- taker : > S=length(Ns) > plot(Ns, type = "b", log = "y", main = NULL, xlab = "Rang", ylab = expression(ln(N[s]))) > ranks.lognormal lines(ranks.lognormal, Ns, col="red", lwd=3) Notions de diversité 11
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Le calcul sous R est simple avec un
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non ultramétrique dans le cas part
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BIBLIOGRAPHIE Adelman, M. A. (1969)
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Bibliographie Clench, H. K. (1979).
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Bibliographie Hubbell, S. P. (2001)
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Bibliographie P. (2007). Species ab
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Bibliographie Ricotta, C. (2007). A
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Williams, C. B. (1964). Patterns in
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