Mesures de la biodiversité - UMR EcoFoG

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Mesures de la biodiversité estimateR() est basé sur les abondances des espèces et retourne un estimateur de la richesse spécifique par site et non global comme specpool. Exemple : On utilise les données de Barro Colorado Island (BCI). La parcelle a été divisée en carrés de 1ha. Le tableau d’entrée est un dataframe contenant, pour chaque espèce d’arbres (DBH ≥ 10 cm), ses effectifs par carré. On charge le tableau de données : > library(vegan) > data(BCI) On utilise la fonction estimateR pour calculer la richesse des 2 premiers carrés : > estimateR(BCI[1:2,]) 1 2 S.obs 93.000000 84.000000 S.chao1 117.473684 117.214286 se.chao1 12.578970 17.841763 S.ACE 122.848959 117.317307 se.ACE 5.736054 5.571998 Le package SPECIES (Wang, 2011) permet de calculer les estimateurs jackknife d’ordre supérieur à 2 et surtout choisit l’ordre qui fournit le meilleur compromis entre biais et variance. Comparaison des fonctions sur l’ensemble ≥1 1 du dispositif BCI (
Il reste à évaluer les différentes valeurs de
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Bibliographie Ricotta, C. (2007). A
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Williams, C. B. (1964). Patterns in
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