Mesures de la biodiversité - UMR EcoFoG

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Les notations peuvent différer de celles de la littérature citée pour l’homogénéité de ce document. Souvent, la littérature écologique n’est pas très rigoureuse sur la distinction de ce qui est un paramètre, une variable aléatoire ou son estimation. Par exemple, le nombre d’individus échantillonnés (choisi) devrait être noté
Le terme biodiversité concerne le plus souvent la diversité en termes d’espèces d’un écosystème. On peut bien évidemment s’intéresser à d’autres niveaux et d’autres objets, par exemple la diversité génétique (en termes d’allèles différents pour certains gènes ou marqueurs) à l’intérieur d’une population ou à l’opposé la diversité des écosystèmes. On gardera toujours à l’esprit que la prise en compte de la diversité spécifique n’est pas la seule approche, même si le texte se s’y réfère le plus souvent. L’objectif de ce document est de traiter la mesure de la biodiversité, pas son importance en tant que telle. On se référera par exemple à Chapin et al. (2000) pour une revue sur cette question. Les calculs nécessaires sont réalisés dans R (R Development Core Team, 2013), essentiellement avec le package entropart (Marcon et Hérault, submitted-a). L’ensemble du code est disponible sur le site web 1 où se trouvent les mises à jour de ce document. Composantes Une communauté comprenant beaucoup d’espèces mais avec une espèce dominante n’est pas perçue intuitivement comme plus diverse qu’une communauté avec moins d’espèces, mais dont les effectifs sont proche (Figure 1, colonne de gauche). La prise en compte de deux composantes de la diversité, appelées richesse et équitabilité, est nécessaire (Whittaker, 1965). 1 http://www.ecofog.gf/spip.php?article427 NOTIONS DE DIVERSITÉ Richesse La richesse est le nombre (ou une fonction croissante du nombre) de classes différentes présentes dans le système étudié, par exemple le nombre d’espèces d’arbres dans une forêt. Un certain nombre d’hypothèses sont assumées plus ou moins explicitement : ● Les classes sont bien connues : compter le nombre d’espèces a peu de sens si la taxonomie n’est pas bien établie. C’est parfois une difficulté majeure quand on travaille sur les microorganismes. ● Les classes sont équidistantes : la richesse augmente d’une unité quand on rajoute une espèce, que cette espèce soit proche des précédentes ou extrêmement originale. Figure 1 : Importances de la richesse (en haut) et de l’équitabilité (en bas) pour la définition de la diversité L’indice de richesse le plus simple et le plus utilisé est tout simplement le nombre d’espèces
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BIBLIOGRAPHIE Adelman, M. A. (1969)
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Bibliographie Clench, H. K. (1979).
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Bibliographie Hubbell, S. P. (2001)
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Bibliographie P. (2007). Species ab
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Bibliographie Ricotta, C. (2007). A
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Williams, C. B. (1964). Patterns in
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