BIOINFORMATIQUE STRUCTURALE MAI 2006 L'objet du TP est de ...

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PARTIE D : Recherche de similarité par BLAST : Reprendre la protéine dont le numéro d’accès est P21889 ("Primary accession number") dans la banque UNIPROT. Allez sur la page d’entrée du pôle de bioinformatique lyonnais : http://pbil.univ-lyon1.fr/ ou alors Blastp au NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ Dans Similarity search, Cliquer sur Blast-protein. Copier et coller la séquence correspondant à P21889 dans la fenêtre de Blast et lancer la recherche sur la base UNIPROT-SWISSPROT Les résultats apparaissent classés par E croissants. • Donnez la signification du paramètre E-value • Pour quelle valeur de E trouve-t-on la première séquence qui n’est plus une AspRS ? o Quel est le pourcentage d’identité pour la HSP ? • Citez 2 aminoacyl-ARNt synthétases similaires aux AspRS. • Montrez sur un schéma de la séquence les zones de similarités entre ces 3 aminoacyl- ARNt synthétases Multi-alignement (ClustalW) Sur la page contenant la liste des résultats, inscrire 0.0 dans la case with threshold lesser or equal, cliquer SELECT puis désélectionner toutes les séquences manuellement. Ne sélectionner (en cochant) que les séquences d’AspRS suivantes : • 3 bactéries E. coli, T. thermophilus et M. leprae (suffixe ECO, THETH, MYCLE), • 3 archaebactéries A. fulgidus, P. kodakaraensis et A. pernix (ARCFU, PYRKO, AERPE) • 3 eucaryotes C. elegans, levure (cytosolique) et humain (CAEEL, YEAST, HUMAN). Cliquer sur EXTRACT puis sur ALIGN. Page suivante, cliquer sur SUBMIT. En examinant globalement les longueurs de séquences, • en quoi les 3 séquences d’eucaryotes se distinguent-ils des autres groupes ? • Les bactéries possèdent une particularité, laquelle? La localiser en utilisant les 3 motifs propres aux aminoacyl-ARNt synthétases de la classe 2 comme repères. Un alignement partiel de 59 AspRSs. Récupérer l’alignement de 59 AspRSs sur la page des documents de cours (http://wwwbio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~cava/bioinfo/tps/asprs_pir-59.pir) et sauvez le sur bureau de votre PC. Comme son nom l’indique, c’est un fichier au format PIR. A l’aide du logiciel BioEdit (ou PFAAT) disponible sur votre PC, visualisez cet alignement (menu File, open) • Les conclusions globales tirées de l’alignement des 9 séquences sont-elles confirmées ? • Trouvez les acides aminés strictement conservés dans toutes les séquences. • Donnez leur position dans la séquence de l’aspartyl-ARNt synthétase d’E. coli (séquence notée esche coli).
CONSERVED DOMAINS : Accéder à la page de Blast au NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/) Utiliser Protein-Protein Blast pour la protéine dont le numéro d’accès est P21889 ("Primary accession number") dans la banque. Entrez la séquence de la protéine dans la fenêtre correspondante, et en vérifiant que l’option do CD-Search est activée, cliquez sur BLAST • Donnez le nom et les principales caractéristiques des domaines conservés trouvés dans cette protéine. PARTIE E : RELATIONS SEQUENCE-STRUCTURE-FONCTION 1) Effectuez une recherche dans SCOP (http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/) par mot clé pour trouver l'aspartyl-ARNt synthétase d’E. coli (attention aux symboles utilisés) • Pourquoi obtient-on 2 réponses pour cette protéine précise? Examiner les 2 réponses. • Dans quels types de repliements (fold), superfamilles et familles se classent le domaine catalytique et le domaine amino-terminal? • Indiquer ces 2 domaines ainsi que les 3 motifs sur un schéma de la séquence. • Le site catalytique des aminoacyl-ARNt synthétases est-il trouvé dans d’autres protéines ? si oui lesquelles ? pouvez donner un peu plus de précision sur la similarité de structure trouvée ? 2) Par un moyen de votre choix, en utilisant SCOP ou ENTREZ, récupérer et sauvez sur votre bureau les fichiers de coordonnées suivants : • le complexe AspRS -ARNt de E. coli (2 fichiers, avec et sans aspartyl-adenylate) • le complexe AspRS-ARNt-ATP de levure • le complexe AspRS – ARNt de T. Thermophilus • l’AspRS de P. kodakaraensis. Décrivez les informations présentes dans ces structures (protéines et ligands présents) 3) Examinez la structure du complexe AspRS-ARNt Asp de levure avec SPDBV. (color by chain, show Calpha only). • Quel est l'état oligomérique de la protéine (structure quaternaire)? • Affichez le monomère A avec son ARNt (color by secondary structure, supprimer les chaînes latérales). • Identifiez l'extrémité N-terminale (Glu 68). • A votre avis, pourquoi les 67 premiers acides aminés ne sont pas présents dans le fichier PDB ? Cette protéine comporte 3 domaines: le domaine N-terminal, le domaine catalytique et un domaine charnière qui les joint. • Avec quels domaines l'anticodon et le bras accepteur de l'ARNt entrent-ils en contact? 4) Affichez les 3 motifs propres aux aminoacyl-ARNt de la classe 2 (motif 1 : résidus 240- 273, motif 2 : résidus 311-342 et motif 3 : résidus 518-535, numérotation levure). Quel type de structure forment-ils? (Affichage en Calpha) Affichez l'ATP présent dans le site catalytique et se centrer dessus. • Quels types d'interactions ATP-protéines sont visibles? • Quelle est l’extrémité de l’ARNt qui entre dans le site catalytique ?
Page 1 and 2: BIOINFORMATIQUE STRUCTURALE MAI 200
Page 3: PARTIE B : Utilisation d’"ENTREZ"

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