Présentation du projet - Les Mahots des Mascareignes - Université ...
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BACOMAR – Présentation <strong>du</strong> <strong>projet</strong>Base de connaissances sur les <strong>Mahots</strong> de La Réunion1. PRÉSENTATION DU PROJETCe <strong>projet</strong> fait l’objet d’un dossier détaillé de présentation dans l’Annexe : « Contenu scientifique détaillé <strong>du</strong><strong>projet</strong> BACOMAR ». L’Annexe comprend deux chapitres : I. BACOMAR : Pourquoi la plateforme IKBS ?Ce fascicule présente la plateforme IKBS et précise en quoi elle est adaptée pour la création d’un outild’identification assisté par ordinateur (IAO) dans le domaine de la Biologie Végétale. Un plan dedéveloppement et d’adaptation est proposé devant permettre à IKBS de répondre à ces nouvellesproblématiques II. BACOMAR : Pourquoi les <strong>Mahots</strong> ?.À partir <strong>du</strong> constat de la richesse et de l’importance écologique <strong>des</strong> Dombeyoideae, de la complexité de lasous-famille <strong>des</strong> Dombeyoideae, il est expliqué en quoi les <strong>Mahots</strong> constituent un support et un modèleexemplaires pour valider l’outil d’IAO à développer.Il est proposé ci-<strong>des</strong>sous de résumer succinctement ce dossier.1.1. Objectifs1.1.1. Construire une plateforme d’identificationCe <strong>projet</strong> se situe dans une démarche globale pour développer l’accès aux données sur la biodiversité.L’informatisation <strong>des</strong> <strong>des</strong>criptions <strong>des</strong> organismes vivants initiée dans les années 80, a été relancée demanière importante par l’émergence de grands programmes internationaux d’accès aux données sur labiodiversité (GBIF, Systematic Agenda 2000, etc.). Ces différents <strong>projet</strong>s ont pour objectifs ambitieux deconstituer un inventaire global de la flore et de la faune mondiale. Le principe retenu consiste à stockerl’ensemble <strong>des</strong> connaissances sur les organismes au sein de bases de données, d’assurer le suivi de cesbases, de mettre en place <strong>des</strong> moteurs de recherche et enfin d’offrir ces services en ligne. Ainsi, localementle Conservatoire Botanique National de Mascarin développe depuis 2002 un système d’information de laflore et <strong>des</strong> habitats de La Réunion, baptisé Mascarine 1 .L’objectif final <strong>du</strong> <strong>projet</strong> BACOMAR est différent et complémentaire, il s’agit de construire une plateformeinformatique d’identification. Très concrètement une personne (chercheur, agent dans un organisme deconservation, botaniste, écolier, …) a cueilli, photographié ou observé dans un herbier ce que nousappellerons un spécimen végétal et souhaite l’identifier. S’il ne dispose pas d’un expert sous la main, il peututiliser en local ou en ligne, un outil d’identification. Muni <strong>du</strong> nom botanique ou vernaculaire il peut ensuiteobtenir <strong>des</strong> informations complémentaires en consultant une base de données en ligne.1.1.2. Adopter une approche novatrice avec la plateforme IKBSL’originalité de la démarche proposée repose sur la spécificité de la plateforme d’appui IKBS. Contrairementaux outils de type système expert basés sur une démarche dé<strong>du</strong>ctive, IKBS offre <strong>des</strong> outils de modélisationpour représenter différentes entités comme les taxons (famille, genre, espèce par exemple), les caractères<strong>des</strong>criptifs et diagnostics ou encore les symptômes caractéristiques de maladies. Ces éléments sont mis enrelation au sein de modèles <strong>des</strong>criptifs qui permettent de décrirent avec précision <strong>des</strong> cas réels : spécimensrécoltés sur le terrain ou issus de collections, échantillons atypiques ou encore <strong>des</strong>criptions de patients.L’exploitation <strong>des</strong> bases par le système offre in fine une aide à la décision : identification et classification enbiologie et aide au diagnostique en médecine.Cette <strong>du</strong>alité (modélisation abstraite / cas réels), permet de générer <strong>des</strong> systèmes d’identification efficaces,utiles pour les spécialistes <strong>du</strong> domaine comme pour les non-spécialistes et de reconstruire <strong>des</strong>classifications <strong>du</strong> vivant afin d’aider le systématicien. En effet, le système peut raisonner sur <strong>des</strong>connaissances objectives car issues d’observation d’entités réelles. Pour exemple, une application majeureen cours depuis 2004, intitulée «Bases de Connaissances sur les Coraux <strong>des</strong> <strong>Mascareignes</strong> - Phase III»s’est achevé en septembre 2008. Ce <strong>projet</strong> a pour objectif de répertorier l’ensemble <strong>des</strong> espècescoralliennes présentes dans les <strong>Mascareignes</strong>, afin de créer un système d’identification en ligne qui soitutilisable à terme pour une grande majorité <strong>des</strong> espèces présentes sur la planète.1 http://flore.cbnm.org/index.php?pgc/20/03/09 IREMIA - Université de La réunion Page 3/9
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