Bilan-Scientifique UR979 - Inra

Centre Antilles-GuyaneUnité de recherche en productions végétalesEvaluation collective / Bilan 2002-2008Parcelle de démonstration : hybrides d’ignames résistantes à l’anthracnose.INRA UR 979 Productions Végétales, Domaine Duclos, 97170 Petit-Bourg (Guadeloupe)

SOMMAIREA- Rapport scientifique.................................................................................................................... 5Contexte et missions de l’unité.................................................................................................... 5Stratégie scientifique et partenariale............................................................................................ 9Présentation et analyse des résultats.......................................................................................... 13Projet stratégique de l’unité............................................................................................................... 13Diversité et adaptation des maïs tropicaux........................................................................................ 15Interactions Bemisia-bégomovirus-plantes maraîchères ................................................................... 17Collecte et analyse de la diversité de l’igname D. trifida et des virus associés................................. 21Connaissance et gestion des populations de nématodes entomopathogènes ..................................... 25Projet intégré Ignames....................................................................................................................... 29Innovation-transfert........................................................................................................................... 47Expertise phytosanitaire .................................................................................................................... 49Organisation et fonctionnement de l’unité................................................................................... 50Auto-évaluation ........................................................................................................................... 57B- Production.................................................................................................................................. 59Production de connaissances génériques et insertion scientifique............................................. 59Construction de partenariats socio-économiques et de coopérations institutionnelles.............. 65Production de connaissances opérationnelles et de méthodes pour l'action .............................. 66Expertise collective.................................................................................................................... 67C- Enseignement et formation par la recherche.......................................................................... 68Responsabilités dans des écoles doctorales ............................................................................... 68Formation par la recherche ........................................................................................................ 68Thèses et stages encadrés dans l'unité ....................................................................................... 69D- Diffusion de l’information et de la culture scientifique et technique ................................... 71E- Formation permanente des personnels de l’unité .................................................................. 72Annexes ........................................................................................................................................... 73

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A- Rapport scientifiqueContexte et missions de l’unitéL’Unité de recherche en productions végétales (URPV) est une unité pluridisciplinaire de l’INRAAntilles-Guyane, et regroupe des équipes de deux départements de recherche :Génétique & Amélioration des Plantes, Santé des Plantes & Environnement.Les objectifs partagés sont de maîtriser la dynamique des interactions génotypes-bioagresseursdans les systèmes de culture de diversification* en zone tropicale humide, et de gérer les ressourcesbiologiques pour adapter les plantes cultivées aux contraintes du milieu. Nos missions sont à la foisde produire des connaissances dans le cadre d’une agriculture à moindres intrants, etd’accompagner le développement et le transfert de procédés au bénéfice des partenaires del’agriculture.* systèmes de diversification : autres que les grandes cultures (canne, banane), non intensifsHistoriqueL’URPV est issue de la fusion en 1993 de 4 unités de recherche :Zoologie, Pathologie végétale, Amélioration des plantes, Physiologie végétaleCette fusion administrative a été conduite de façon simultanée avec un regroupement physique ausein d’un nouveau bâtiment. Les sept années qui ont suivi ont permis, grâce à une directionnovatrice 1 , la transition d’une juxtaposition de nombreux programmes sans cohésion véritable, versun projet d’unité permettant de mieux valoriser les ressources humaines en présence.La dernière évaluation de l’unité remonte à fin 2001, et a abouti au montage d’un projetscientifique relativement ambitieux, validé par la hiérarchie. Les thèmes alors retenus étaient lessuivants :i) Ressources phytogénétiques (connaissance, préservation, valorisation)ii) Adaptation au milieu abiotique (fonctionnement de la plante et tolérance aux stress)iii) Résistance aux bioagresseurs (facteurs génétiques, mécanismes et durabilité)iv) Epidémiologie et protection intégrée Innovations variétales et pratiques culturalesL’année 2002 a constitué une époque charnière, du fait du changement de la direction, du départ deplusieurs chercheurs, et de l’échec de recrutement de deux chargés de recherche. De ce fait, ladirection scientifique a souhaité que nous prenions le statut d’unité en évolution, et que nous nousrecadrions sur des objectifs en meilleure adéquation avec nos moyens humains. A partir de 2003,l’unité s’est donc engagée dans une animation de fond, visant d’une part à définir les questions etobjets de recherche fédérateurs, et d’autre part à construire les partenariats qui pouvaient nouspermettre de conforter durablement notre position. Par le biais de différents séminaires interorganismes,animations scientifiques avec les départements de tutelle et avec l’UnitéAgropédoclimatique (URAPC, une autre unité du Centre), nous avons bâti notre projet avec lastratégie suivante :Entrer dans une dynamique de centre de ressources biologiques (CRB) ‘Plantes tropicaleset pathogènes associés’, avec des équipes du CIRAD.Construire un projet scientifique sur l’élaboration de systèmes de culture innovants à based’ignames, avec l’URAPC.Parallèlement à ces deux projets fédérateurs qui ont effectivement commencé en 2006, nous avonsclos ou poursuivi les travaux sur :1 Alain Kermarrec, qui a rejoint trop tôt l’autre côté du cheminINRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 5 sur 79

Les interactions plantes/bioagresseurs/facteurs abiotiques dans les pathosystèmeBemisia 2 /bégomovirus/plantes maraîchères, et Anthracnose/Igname D. alata.La diversité de deux espèces cultivées (maïs tropicaux et igname D. trifida) et leuradaptation aux facteurs biotiques et abiotiquesL’écologie des nématodes entomopatghogènes.L’innovation variétale et la lutte biologique.Nous avons choisi de présenter notre bilan sur l’ensemble de la période 2002-2008, en développantà la fois les résultats de recherche, et ceux liés à la construction scientifique en partenariat.Enjeux sociétauxNotre unité fait partie du Centre INRA Antilles-Guyane, elle est située en Guadeloupe. Cetteposition tropicale insulaire nous offre un champ expérimental étendu, malgré la petite taille duterritoire concerné. La diversité des paysages et des écosystèmes est telle que cette île constitue unmicrocosme du monde tropical humide. Des écosystèmes naturels de grande valeur patrimoniale,labellisés, jouxtent des systèmes cultivés, également diversifiés. On observe un continuum desituations à différents niveaux :i) celui des types de productions, qui vont des grandes cultures destinées à l’export, auxcultures maraîchères et vivrières dédiées au marché local,ii) celui des types d’agriculteurs, allant des plus spécialisés, avec un fort niveau detechnicité et d’organisation, à ceux qui diversifient leurs productions et sont peuorganisés,iii) celui des niveaux d’intensification, importants en culture bananière et maraîchère, pluslimités en culture de canne à sucre et vivrière.L’intensification de certaines productions est relativement récente, ce qui a généré des problèmesphytosanitaires et agronomiques, face auxquels les agriculteurs sont désarmés. L’emploi desproduits phytosanitaires n’a résolu que très partiellement les problèmes, et a parfois généré degraves pollutions. On se trouve donc dans la même situation qu’en Europe ‘continentale’, avec lanécessité politique et environnementale de limiter fortement le recours aux pesticides de synthèse.Les enjeux socio-économiques sont donc à la fois d’arriver à augmenter les niveaux de productionde certaines espèces cultivées, de diversifier les productions pour tendre vers plus d’autosuffisancealimentaire, et de développer des systèmes de culture économes en intrants. Nos recherches nes’adressent pas qu’aux producteurs des Antilles françaises, elles doivent être suffisammentgénériques pour intéresser le monde des tropiques humides.Enjeux et positionnement scientifiquesLes Antilles françaises sont reconnues pour héberger une importante biodiversité, notamment dansles groupements végétaux peu modifiés par les hommes, qui jouxtent les systèmes cultivés. A cettediversité naturelle est associée une diversité d’espèces introduites et/ou cultivées. L’ensemble deces écosystèmes naturels et cultivés héberge nombre d’invertébrés et de micro-organismes quiinteragissent entre eux et avec les espèces végétales. Le climat chaud et humide permet des cyclesde culture tout au long de l’année, et favorise le développement rapide des maladies et ravageurs.Par ailleurs, la situation d’archipel favorise les introductions accidentelles des bioagresseurs, au grédes échanges commerciaux et touristiques.Il est donc important d’acquérir des connaissances sur la diversité, à différents niveaux :i) diversité des plantes cultivées et des espèces sauvages apparentées, ii) diversité desbioagresseurs, iii) diversité et écologie de la faune auxiliaire associée aux bioagresseurs.2 Insecte vecteur de virusINRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 6 sur 79

Rapport scientifique - Contexte, missions, stratégieCes connaissances sont nécessaires si on souhaite développer des méthodes de lutte basées sur larésistance variétale ou l’utilisation d’organismes bénéfiques.Parallèlement, les interactions entre plantes cultivées, bioagresseurs et facteurs du milieu (climat,pratiques culturales…) doivent être étudiées pour connaître les facteurs génétiques de résistancedes plantes aux bioagresseurs, et pour déterminer les facteurs-clés du développement desépidémies. L’intégration de ces connaissances doit permettre d’alimenter la réflexion sur la mise enplace de nouveaux systèmes de cultures à moindres intrants.Le positionnement de notre unité en zone tropicale fait que nos objets d’étude sont dans certainscas peu connus ou étudiés par d’autres équipes dans le monde, ce qui souligne l’importanced’acquérir des connaissances de base sur la diversité, l’écologie ou la génétique des espècesconcernées.Ces enjeux scientifiques se traduisent par un positionnement à différents niveaux dans les schémasstratégiques de nos départements (tableau ci-dessous).DépartementSPE 3Champ thématique Objectif ou sous-champ Déclinaison unitéConnaissance desbioagresseurs etmécanismes des épidémies(CT3)Stratégies et méthodes degestion des contraintesbiotiques dans lesécosystèmes (CT4)GAP 4 Connaissance, gestion etexploitation de la diversitédes espèces cultivées et deleurs apparentées (CT1)Connaissance des génomesvégétaux : structure etfonctionnement (CT2)Innovations variétales :construction, impacts etmodalités de gestion (CT3)Etiologie, diagnostic etsystématique des agentspathogènes et des ravageursEpidémiologie et dynamiquedes populationsContribuer à l’élaboration desméthodes alternatives àl’utilisation actuelle despesticidesRenouveler les stratégies degestion et de valorisation de ladiversité génétiqueDéterminants génétiques,physiologiques et moléculairesde caractères cibles chez quelquesespèces agronomiquesChez les bioagresseurs etauxiliaires : Identification (veillephytosanitaire), mise au point deméthodes de diagnostic, étude dela diversité génétiqueRecherche des facteurs-clés dudéveloppement des épidémies etdes populations de ravageursConception et évaluation enpartenariat de méthodes deprotection intégréeEvaluation de la diversitéphénotypique et génotypiqued’espèces végétales, dans le cadred’un CRB Plantes tropicalesEtude des résistances d’espècescultivées aux bioagresseurs, et deleur adaptation aux contraintes dumilieu physiqueConstruction et évaluation enpartenariat de variétés diversifiéeset résistantes aux maladiesRecommandations suite à la précédente évaluationLa commission d’évaluation soulignait différents points de vigilance :Production scientifique hétérogène selon les équipes, et globalement insuffisante.Cloisonnement disciplinaire et organisationnel trop important.Fragilité de l’unité suite à des départs annoncés.Deux lettres de mission ont été adressées à la direction (voir en annexe), intégrant les conclusionsde l’évaluation collective. En voici un résumé :3 Santé des Plantes & Environnement4 Génétique & Amélioration des PlantesINRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 7 sur 79

2002… fédérer les forces de recherche existantes (à l’INRA et hors INRA, notamment auCIRAD) et répondre à l’attente des acteurs locaux.… pendant cette période de réflexion stratégique [2003-2005], … l’Unité mène à bien lesprojets dans lesquels elle est engagée et pour lesquels elle dispose encore de suffisammentde forces… en stimulant au maximum les synergies avec le CIRAD.Programmes ‘Diversité génétique & innovation variétale’ (GAP)Programmes Maïs en forte régression avec le départ de C. Welcker transférer le programme ‘sols acides’ à l’unité APC. valoriser le programme résistance aux noctuelles (publication, transfert du matérielbiologique).Programmes Igname restent une priorité analyse diversité D. trifida à mener à son terme. programme D. alata en panne, faute de moteur interne, à développer avec leCIRAD.Les programmes d’innovation variétale doivent être formalisés. L’échéancier et lesmoyens à mobiliser doivent être identifiés, pour évaluer leur intérêt et leur faisabilité.Programme ‘Interactions Bemisia/bégomovirus/plantes maraîchères’ (SPE-GAP)Reste une priorité et doit être mené à son terme dans les deux ans, sur les aspects : effets des facteurs biotiques et abiotiques sur les populations de Bemisia. épidémiologie du couple vecteur/virus sur la tomate. génétique de la résistance de la tomate aux bégomovirus.Programme ‘Biologie des populations et épidémiologie’ (SPE) poursuivre le programme ‘Ecologie des populations de nématodesentomopathogènes’, sans négliger les opportunités de valorisation en luttebiologique. poursuivre le programme ‘Epidémiologie de l’anthracnose’ (incluant l’étude de ladiversité génétique de l’agent pathogène), et travailler avec l’URAPC surl’interface épidémiologie-écophysiologie dans un objectif de compréhension de lanuisibilité. être attentifs aux démarches d’agronomie systémique qui se développent àl’URAPC et proposer une contribution à un projet partagé.… décloisonner les thématiques et modèles biologiques, en développant projets intégratifs eten mettant en place une animation scientifique élargie au CIRAD.2007Projet intégré Ignames en lien avec l’URAPC, poursuivre la construction d’un projet de recherche intégrésur la thématique ‘Systèmes de culture igname’. veiller au sein de l’unité au rapprochement des équipes GAP et SPE travaillant surla résistance de l’igname à l’anthracnose et sur l’épidémiologie de cette maladie. poursuivre le dialogue avec les chercheurs travaillant sur l’igname au CIRAD,notamment sur la durabilité des résistances.Centre de Ressources Biologiques poursuivre les efforts en terme d’AQR dans le projet de ‘CRB Igname’ dans lecadre plus large d’un CRB Plantes tropicales. veiller au respect des mesures de suivi du transfert de matériel végétal, pour évitertoute diffusion non intentionnelle de matériel de mauvaise qualité sanitaire.Valorisation du matériel végétal appuyer les efforts de valorisation du matériel obtenu ou en cours d’obtention.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 8 sur 79

Rapport scientifique - Contexte, missions, stratégieStratégie scientifique et partenariale de l’unitéPour atteindre les objectifs finalisés que sont la diversification des gammes variétales et la mise aupoint de méthodes de protection intégrée contre les bioagresseurs des cultures, nous avons axé nosobjectifs scientifiques sur deux thèmes : la diversité des ressources biologiques, et les interactionsplantes-bioagresseurs-facteurs du milieu.Le premier thème vise à la fois de conserver un patrimoine acquis depuis des dizaines d’années, etde mieux le caractériser à des fins de valorisation directe (variétés, agents de lutte biologique), oud’amélioration génétique pour des caractères d’adaptation à des milieux, dans le contexte dessystèmes de culture. Cet objectif s’appuie en partie sur une démarche de Centre de RessourcesBiologiques, qui vise à conserver, caractériser et diffuser les ressources. Nous avons limité lesobjets d’étude au Maïs (peu cultivé aux Antilles françaises, sauf dans les jardins vivriers, maisprésentant des ressources biologiques caraïbes originales), aux Ignames (expertise sur ce genre,ressources diversifiées, questions scientifiques originales) et aux nématodes entomopathogènes(questions scientifiques originales sur leur écologie, fort potentiel de valorisation).Le second thème vise à mieux comprendre le fonctionnement des pathosystèmes. Nous avonschoisi de nous intéresser à la fois aux facteurs de résistance aux bioagresseurs, ou d’adaptation auxcontraintes abiotiques, et aux déterminants du développement des épidémies dans les systèmes deculture. Les deux approches nous paraissent nécessaires pour envisager à terme des méthodes deprotection ou production intégrées.Différentes étapes sont à franchir dans notre contexte :Sur le thème des ressources biologiquesInventorier, définir une stratégie de collecte des ressources et documenter les collectionsComprendre l’organisation de la diversité et la dynamique de son évolutionOptimiser les méthodes de gestion et d’utilisation des ressources génétiquesL’inventaire des ressources phytogénétiques tropicales mises en collection aux Antilles, ainsi quedes variétés traditionnelles et des savoirs liés, s’inscrit dans une démarche de préservation de ladiversité indigène ou introduite. Des bases de données doivent être élaborées, à la fois sur desobjectifs de gestion des collections, et d’intégration des ressources locales aux dispositifsnationaux.Les modèles biologiques privilégiés sont les populations traditionnelles de maïs des Caraïbes et lesignames indigènes d’Amazonie, qui sont complémentaires par leur biologie, leur mode dedissémination et leur biotope.Chez les populations traditionnelles de maïs des Caraïbes, les déterminants de la structure de ladiversité en milieu insulaire et les conditions du maintien des adaptations locales ne sont pasconnus. Leur étude permettra de définir des méthodes d’échantillonnage pour le maintien de ladiversité caribéenne et, plus généralement, pour la collecte des populations insulaires. Ces travauxdevraient conduire à la constitution de pools de populations ouvrant ainsi des possibilités degestion dynamique de la diversité. Ils fourniront des bases de raisonnement pour l’élargissement dela base génétique en sélection du maïs.La collecte dans la zone de diversification et la caractérisation de la diversité des ignamesaméricaines (clones domestiqués et formes sauvages) doivent permettre d’appréhenderl’organisation de la diversité et sa dynamique induite par les échanges entre les compartimentssauvages et cultivés. La diversité du cortège de pathogènes associés à ces ignames doit être étudiéeafin de comprendre la cause de l’érosion de la diversité observée aux Antilles. L’ensemble desrésultats permettra de définir des voies d’amélioration de l’espèce.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 9 sur 79

Pour progresser sur la connaissance des ressources biologiques, il faut évaluer le potentiel denos collections de plantes cultivées et d’auxiliaires naturels. Notamment, il faut préciserl’importance et l’intérêt de la diversité, ainsi que sa structuration. Pour cela, il est nécessaire dedévelopper des outils moléculaires de marquage des accessions ou isolats, en partenariat avec deséquipes de l’Hexagone (UMR DAP pour le développement de marqueurs microsatellites surIgname, UMR Interactions biotiques et Santé Végétale pour les sondes d’ADN satellite et les ITSet CBGP pour les ITS et microsatellites de nématodes entomopathogènes).Pour faire connaître nos ressources, rassembler des informations sur les ressources d’autresinstituts, et dans certains cas les héberger, nous jouons un rôle moteur dans le réseau Caraïbe desressources génétiques (CAPGERNET). Nous participons aux animations du Global Crop DiversityTrust (bailleur de fonds) et avons établi des liens avec le Central Tuber Crops Research Institute enInde et avec l’Institut Agronomique Néo-Calédonien.Pour nous mettre en capacité de diffuser du matériel végétal, ce qui passe principalement par lamaîtrise ou la mise au point des méthodologies d’assainissement, nous développons le partenariatavec le CIRAD de Montpellier sur les méthodes de diagnostic viral et de thermothérapie. Noustravaillons aussi avec l’IRD de Montpellier sur le développement de la cryothérapie.Sur le thème des interactions plantes-bioagresseurs-facteurs du milieuNous nous sommes penchés principalement sur deux pathosystèmes. Le premier correspond à unproblème émergent en zone tropicale (Bemisia tabaci et les virus transmis sur culturesmaraîchères), et le second, à une maladie de l’igname Dioscorea alata (l’anthracnsoe), considéréeau niveau mondial comme un des principaux facteurs limitant la production.Etapes pour l’étude de la résistance aux bioagresseursComprendre l’organisation sur le génome des facteurs de résistanceComprendre le mode d’action de ces résistances, repérer les modes spécifiques etaspécifiquesProposer des constructions génétiques des résistances, raisonnées pour une meilleuredurabilitéPour les deux pathosystèmes, la stratégie consiste à construire des populations en ségrégation pourla résistance aux pathogènes considérés, afin de réaliser une analyse génétique. Les questions derecherche portent sur les types de résistances observées (quantitative vs mono ou oligogéniques), etsur les composantes de ces résistances, en lien avec les différentes étapes des processusépidémiques. Pour ces analyses, il est nécessaire de développer des outils de phénotypage(méthodologie pour quantifier les résistances) adaptés à la diversité de l’agent pathogène, ainsi quedes marqueurs moléculaires de résistance. Nous avons mis en place un partenariat avec l’INRAd’Avignon (GAFL) et d’Angers (UMR GenHort), qui ont des compétences fortes sur la thématiquede durabilité des résistances et sur la génétique des espèces polyploïdes.Pour l’agent pathogène de l’anthracnose, il était nécessaire de progresser sur la connaissance de sadiversité génotypique et phénotypique. D’où les questionnements suivants : la diversité despopulations de l’agent pathogène est-elle importante ? Est-elle structurée par le génotype de laplante-hôte ? Quels sont la virulence et le pouvoir pathogène des différents isolats sur la collectionde référence d’ignames ? Ceci permettra de constituer une gamme d’hôtes différentielle pour lesétudes de génétique de la résistance. Ces études de diversité ont été menées en partenariat avecl’INA-PG.Dans l’optique de déployer des variétés à résistance durable, il faut évaluer quelle est la réponsede la population du pathogène au déploiement d’une variété résistante. Les QTL mis en évidencepar des tests en conditions contrôlées sont-ils valides au champ, et la résistance est-elle stable dansle temps ?INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 10 sur 79

Rapport scientifique - Contexte, missions, stratégieEtapes pour les études épidémiologiquesRechercher les facteurs-clés du développement des épidémies ou des populations debioagresseursConstruire des modèles de développement des épidémies et pullulations selon lesparamètres écologiques du milieu et les conditions agroenvironnementales à la parcelle,afin de prévoir les situations à risque.Construire et évaluer des méthodes de protection intégrée.Selon les modèles étudiés, le niveau d'approche et la stratégie diffèrent.Systèmes maraîchers / Bemisia / bégomovirus. La stratégie est de travailler i) à l'échelle dupathosystème Bemisia/bégomovirus/tomate, et ii) à l'échelle du système maraîcher cucurbitacéessolanées.Pour le vecteur Bemisia tabaci, il est nécessaire de modéliser la dynamique depopulations en fonction des paramètres biotiques et abiotiques. Pour les bégomovirus, les partiesmodélisation et construction de méthodes de lutte intégrée ont été réalisées dans le cadre d'un projeteuropéen (INCO, partenariat NRI). L'approche de protection intégrée en systèmes maraîcherscucurbitacées-solanées a été conduite en partenariat avec l’URAPC et l’Unité expérimentale. Aprèsla phase de modélisation, des systèmes doivent être évalués expérimentalement. Les retombéesseront des recommandations pour encourager les sites favorables aux auxiliaires, limiter lestransferts d’insectes et/ou de virus entre parcelles, et créer au niveau de la parcelle des conditionslimitant le développement et l’impact de la maladie.Igname / Anthracnose. Chez ce pathosystème, les connaissances de base manquent sur les phasesdu cycle épidémique et sur les déterminants de l’incidence et la nuisibilité des maladies.Après avoir identifié les sources d’inoculum et les facteurs de développement de la maladie, lesmodes de colonisation de la plante et de la parcelle par l’agent pathogène devront être décrits.L’impact sur le rendement et la qualité des tubercules-semences doit être évalué. Les retombéespourront être la définition d’un seuil de nuisibilité, et d'itinéraires techniques (critères de choix dela variété, de la date de plantation...). Un partenariat a été mené avec l’URAPC surl’écophysiologie et la modélisation, et avec l’UMR BiO-3P de Rennes pour l’épidémiologieReprésentation des différents types de partenariatLa figure page suivante donne une représentation schématique de notre partenariat, décliné selondifférents pôles. Il en ressort des partenariats scientifiques nationaux relativement nombreux, quiconfortent nos approches. Certains partenariats plus stratégiques sont encore à développer,notamment avec l’Université Antilles-Guyane, pour nous permettre une réelle insertion dansl’enseignement supérieur, et au niveau international, surtout dans le domaine de la gestion desressources biologiques.Les partenariats avec les usagers ont été développés pour répondre à l’attente des acteurs locaux,notamment en matière de lutte biologique et de création variétale. En Guadeloupe, Martinique etGuyane, nous sommes maintenant bien reconnus par les Chambres d’Agriculture, pour notreimplication dans les projets de transfert et/ou de recherche appliquée. Nos liens avec le groupementdes producteurs d’igname de Guadeloupe sont forts et historiques, l’unité ayant été à l’origine de sacréation. Ceci nous permet d’avoir une vision souvent actualisée de la demande, et de pouvoir lareformuler et éventuellement la traduire en opérations de recherche. Ces types de partenariats avecles autres socioprofessionnels est peu développé, du fait du manque de structuration des filièreshorticoles dans les départements français d’Amérique.Pour ce qui est de notre partenariat avec les Politiques/bailleurs, nous avons pu bénéficier de fondsstructurels européens réservés aux régions en retard de développement. Cette situation ne perdurerapas au-delà de 2013, et nous devons d’ores et déjà nous préparer à répondre davantage aux appels àprojets du PCRD et de l’ANR.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 11 sur 79

Pôle SciencePôle TechnologieUniversité Antilles-GuyaneGuadeloupePôle 3PNRILa Réunion CIRADRoyaume-UniUMR UMIIMontpellier INRAPôle RechercheAgronomiqueMartinique CIRADEntreprise LaTeigne DoréeMétropoleUMR Bio3PRennes INRAUMR DAPMontpellier CIRADUMR Génétique& HorticultureAngers INRAUR GénétiqueFruits & LégumesAvignon INRAUMR Diversité & GénomePlantes CultivéesMontpellier INRAIITANigeriaLabo RizConservatoireMontpellier CIRADBotaniqueGuadeloupeUMR Biologie & GestionPop InvertébrésMontpellier CIRADUR Agropédo-UPR Amélio Plantesclimatiquemultiplication végétativeGuadeloupe INRAGuadeloupe CIRADGlobal CropDiversity TrustUnitéDG UEMESRMOMRégionGuadeloupeANRSPVODEADistributeur phytoGroupementDOMAgro-AntillesProducteursGuadeloupeIgnamesGuadeloupeChambresGroupementAgricultureNématodesArboriculteursentomopathogènesGuadeloupePôle ExcellenceRural MartiniqueGroupement FleursGuadeloupeSystèmes IgnamesPôle Politiques & RéglementationRessourcesbiologiquesPôle UsagersReprésentation schématique des principaux partenariats.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 12 sur 79

Rapport scientifiquePrésentation et analyse des résultatsProjet stratégique de l’unitéEntre 2004 et 2006, nous avons conduit une phase d’animation avec les scientifiques de l’unité etde l’unité APC d’une part, et avec ceux du CIRAD d’autre part, sur les deux thématiques que noussouhaitions développer :L’approche systémique en protection intégrée des culturesCette animation a permis une appropriation progressive des concepts par les acteurs, et unedéfinition plus précise des objectifs et objets d’études à partager. A l’issue de cette phase deconstruction, un projet a été élaboré et certaines actions sont mises en œuvre depuis 2006. Il estintitulé ‘Production intégrée d’ignames - Vers l’élaboration de systèmes de culture innovants’. Ceprojet pluridisciplinaire mobilise environ les deux tiers des forces scientifiques et techniques desdeux unités, ainsi que de l’unité expérimentale associée.L’objet de recherche central est le pathosystème Igname (Dioscorea alata) / Anthracnose(Colletotrichum gloeosporioides), et ses principaux objectifs sont i) d’établir un diagnosticagronomique sur les facteurs limitant la production chez l’espèce D. alata, ii) de modéliser lefonctionnement de la plante saine et malade, iii) de modéliser le développement des épidémies enfonction des paramètres climatiques, de la résistance et de l’architecture de la plante, et despratiques culturales. L’ensemble de ces questionnements doit alimenter le cœur du projet, à savoirla conception de systèmes innovants appropriables.Sur la base de ce projet, des renforcements en compétences scientifiques se sont concrétisés en2006 (recrutement d’un épidémiologiste à l’URPV) et en 2007 (recrutement d’un agronomesystème à l’URAPC).Pour la présentation des résultats de l’unité, nous rapporterons l’ensemble des travaux conduits surl’igname D. alata à ce projet fédérateur, bien qu’il ne soit que partiellement mis en place.Les ressources phytogénétiques tropicalesUne réflexion a été conduite entre 6 équipes du CIRAD de Guadeloupe, Martinique et notre équipeINRA de Guadeloupe, pour jeter les bases d’un projet de Centre de Ressources Biologiques dePlantes tropicales.Un projet a été élaboré, et accepté pour financement fin 2004, dont les objectifs principaux étaienti) la mise en place d’un système d’information ouvert et partagé sur les ressources phytogénétiquesdisponibles, et ii) le développement d’une démarche qualité permettant à terme une accréditationdu dispositif. Ce projet a été piloté jusqu’en 2007 par notre unité.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 13 sur 79

INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 14 sur 79Ecotypes de maïs de la Guadeloupe.

Rapport scientifique – RésultatsDiversité et adaptation des maïs tropicaux2002-2004, C. Welcker (IR), J. Félicité (AI), J.-P. Cinna (AI UE)R. Bonhomme (DR), J. Sierra (DR), H. Ozier-Lafontaine (CR) (URAPC)Financé par PR1, PR2Contexte et objectifsEn zone tropicale, la production de maïs est encore majoritairement réalisée dans des systèmestraditionnels à faibles niveaux d’intrants. Plus du tiers des récoltes est anéanti par des insectes, Parailleurs, du fait d’une demande croissante et d’une production intensive pratiquée par les paysleader de cette zone (Brésil), une part grandissante de la production doit s’établir sur des solsacides. L’INRA, en partenariat avec le CIRAD, avait mis en place ce programme de recherchevisant à i) comprendre l’organisation de la diversité génétique des maïs de la Caraïbe (travaux enpartenariat avec les équipes DGAP du Moulon et de Montpellier), ii) déterminer les basesgénétiques de la résistance aux noctuelles défoliatrices (Spodoptera frugiperda) et s’attaquant auxépis (Helicoverpa zea), et iii) identifier les facteurs génétiques, morphologiques et nutritionnelsd’adaptation du maïs aux contraintes des sols acides tropicaux (toxicité aluminique).RéalisationsUn audit du programme a été réalisé en 2002. Il a permis de faire le point sur les trois projets encours, en vue de préciser ce qui pouvait être rapidement valorisé sous forme de publications et deproposer un recentrage réaliste du programme, compte tenu de la reconfiguration de l’équipe Maïs(départ annoncé du chercheur).Suite à l’audit, les travaux sur l’effet de l’hétérosis sur l’adaptation locale des populations ont étépoursuivis dans le cadre d’un projet BRG, et ont été publiés (ACT13, ACL6). Par ailleurs, les travauxissus de la collaboration avec les équipes de métropole sur la génétique de la sensibilité à laphotopériode ont été menés à leur terme et publiés (ACL2). En parallèle, l’analyse moléculaired’accessions de la collection, dans le cadre plus large d’une analyse de populations européennes etaméricaines, a permis de confirmer l’importance des ressources biologiques de la Caraïbe, et demieux comprendre l’histoire de l’introduction et de la dissémination du maïs en Europe (ACL3).Les travaux sur l’adaptation aux sols acides ont donné lieu à une publication (ACL1). Puis, ils ontété transférés à l’URAPC, en mettant l’accent sur la nutrition minérale. Ils ont permis de montrerque, bien que la tolérance des racines à la toxicité aluminique soit nécessaire à de bonnesperformances de la culture en sols acides, le transfert des assimilats et des nutriments dans lesparties supérieures de la plante joue un rôle majeur dans l’adaptation, et peut compenser en partieune faible tolérance racinaire (ACL4). Par ailleurs, les mécanismes expliquant les baisses derendement dans les oxysols de Guadeloupe ont été élucidés : la biomasse racinaire est réduite, ainsique les indices foliaires et l’interception de la lumière. L’assimilation de l’azote est égalementréduite mais elle peut être améliorée par la gestion du rapport ammonium/nitrates dans le sol.L’assimilation du phosphore, et la compétition entre tige et racine pour le phosphore absorbé chezles plantes jeunes contrôlent le développement foliaire (ACL5).Le thème de la résistance aux insectes n’a pas été poursuivi, faute d’avoir pu trouver un montagepour impliquer une équipe d’entomologie, sur un programme de recherche de QTL de résistance.L’ensemble des ressources biologiques disponibles a été inventorié, et une base de donnéesconstituée, incluant les informations agro-morphologiques sur les accessions. Le matériel le plusoriginal, inscrit dans la Collection Nationale a été envoyé au CRB Maïs à Montpellier. Jusqu’en2007, nous avons assumé la mission de réjuvénation des accessions tropicales pour le CRB, puiscette mission a été transférée à l’unité expérimentale au départ en retraite de l’AI de l’équipe. Ceprogramme Maïs est maintenant achevé.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 15 sur 79

1 2 3 4Etude du pathosystème Bemisia tabaci – bégomovirus – plantes maraîchères.1 : B. tabaci (adultes et jeunes), vecteurs de bégomovirus.2 : symptômes de PYMV sur tomate.3 : symptômes de TYLCV sur tomate.4 : dispsositif d’inoculation contrôlée par vecteur.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 16 sur 79

Rapport scientifique – RésultatsInteractions Bemisia - bégomovirus - plantes maraîchères2002-2005 C. Pavis (CR), N. Sauvion (IR), D. Lafortune (IE), C. Urbino (CIRAD)Financé par PR3, PR5, PR6Contexte et objectifsL’apparition dans les années 1990 d’un nouveau biotype de l’aleurode Bemisia tabaci a changé ladonne phytosanitaire sur cultures maraîchères dans de nombreuses zones tropicales et subtropicales.Des dégâts directs sont causés aux Cucurbitacées, et de graves maladies virales sonttransmises à la tomate. Le choix des modèles d’étude s’est porté sur le melon, pour la recherche derésistance à l’insecte, et sur la tomate, pour l’étude de l’épidémiologie de la maladie, la recherchede résistances et d’autres méthodes de protection intégrée. Pendant la période précédente, l’équipea i) caractérisé les aleurodes présents en Guadeloupe, ainsi que le bégomovirus de la tomate, ii)identifié des sources et mécanismes de résistance chez le melon et la tomate et iii) défini desfacteurs biotiques ou abiotiques ayant une influence sur la dynamique des populations du vecteur.Les objectifs de cette deuxième phase du projet étaient les suivants :Conduire l’analyse génétique des résistances au vecteur chez le melon, et aux bégomoviruschez la tomate.Modéliser la dynamique des populations du vecteur en fonction des facteurs biotiques etabiotiques.Modéliser le développement épidémique à la parcelle, en relation avec différentes pratiquesculturales.RéalisationsGénétique des résistancesDes sources de résistance du melon à B. tabaci ont été identifiées au champ (ACL7). Des testsbiologiques en conditions semi contrôlées ont permis de mettre au point une méthode dephénotypage de résistances quantitatives, et de choisir un géniteur pour la cartographie desrésistances (ACL12). Dans une optique de combiner des résistances à une gamme de bioagresseurs,nous avons également analysé la résistance des descendants au puceron Aphis gossypii. Unepopulation en ségrégation a été construite et phénotypée, et nous avons utilisé une carte génétiquedéveloppée par l’INRA d’Avignon. Trois QTL à effets faibles (6 à 13% de la variation) ont étédétectés pour la résistance à B. tabaci, sans co-localisation avec d’autres gènes majeurs derésistance. Pour la résistance à A. gossypii, 4 QTL expliquant de 4 à 16% de la variation ont étédétectés, en lien avec une réduction de la ponte (AFF1).Chez la tomate, des sources de résistance au PYMV et au TYLCV ont été identifiées chez desespèces sauvages (AFF2). Les plus forts niveaux de résistance aux deux virus ont été trouvés chezLA1969 (Solanum chilense), que l’on procède par inoculation par vecteur ou par greffage. ChezLA2187-5 (S. pimpinellifolium), la résistance au TYLCV est partielle, mais elle est très forte contrele PYMV. Une analyse des générations F1 et F2 chez cette accession indique l’existence d’unerésistance récessive. Chez LA 1478 (S. pimpinellifolium), on obtient davantage de plants infectéspar greffage, par rapport à une inoculation par vecteur. Nous posons l’hypothèse d’une résistanceau vecteur, qui pourrait être également efficace contre d’autres bégomovirus (ACL8).INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 17 sur 79

Modèle de dynamique des populations de B. tabaci, basé sur les facteurs climatiques et les populations de parasitoïdes (98 données). Valeurs mesurées : carrés, valeurssimulées : trait.d BEM/dt = 13,78*TNS + 4,193*ES – 0,251*PS – 7,63*PARA – 0,379*BEM, avec r² = 0,532.BEM : nombre de B. tabaci PARA : nombre de parasitoïdes.TNS : température minimale seuillée à 23°C, ES : déficit de saturation, PS : cumul pluviométrique plafonné à 37 mm.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 18 sur 79

Rapport scientifique – Résultats – BemisiaEpidémiologie et dynamique des populationsCette partie a été réalisée dans le cadre d’un projet Européen INCO, avec des partenaires de laCaraïbe, et d’une AIP Protection Intégrée des Cultures menée avec l’URAPC et le NRI.Transmission des virusAprès le PYMV (ACL16), nous avons identifié et caractérisé un virus sur la tomate introduit audébut des années 2000 aux Antilles françaises : le TYLCV (ACL13, ACL14, ACL17). Les paramètresde la transmission des deux bégomovirus ont été établis et comparés avec ceux d’autres virus de latomate, en soulignant les implications en terme d’épidémiologie et de sélection (ACL8). Il apparaîtque le TYLCV a des potentialités épidémiologiques plus fortes que le PYMV, et que lesparamètres de transmission sont tels que la lutte chimique contre le vecteur ne peut permettre uncontrôle satisfaisant de la maladie. Contrairement à ce qu’indique la littérature, ces bégomovirusn’ont pas été retrouvés chez d’autres espèces adventices ou cultivées, le seul réservoir de virus estdonc la tomate.Recherche des facteurs-clés du développement des populations de B. tabaciLa diversité des auxiliaires naturels (Hyménoptères parasitoïdes) contrôlant les populations de B.tabaci a été analysée (ACL11). Un travail sur les modèles dynamiques a été mené, basé sur deshypothèses de fonctionnement entre 2 ensembles constitués par ‘l’unité expérimentale’ et‘l’extérieur’. Cette approche a permis d’identifier les paramètres climatiques clés, qui sont latempérature minimale, le déficit de saturation (effets positifs) et le cumul pluviométrique (effetdépressif). L’incrémentation du modèle avec les données de populations de parasitoïdes a permisune amélioration notable. L’analyse des données issues du parcellaire qui renseignent sur lespratiques culturales (traitements phytosanitaires, présence de barrières naturelles au vent desparcelles, surfaces exploitées en maraîchage) n’ont pas permis de montrer d’effet significatif surles quantités d’aleurodes présents au niveau des parcelles maraîchères. Ces résultats ne sont pasencore publiés.Recherche des facteurs-clés du développement des épidémiesDes enquêtes réalisées dans toutes les zones de production de tomate en Guadeloupe ont permisd’identifier les facteurs déterminants pour expliquer l’incidence de la maladie dans les parcelles, enutilisant des modèles généraux linéaires. La présence de parcelles de tomate infectées à proximitéest liée à des incidences fortes. La présence de barrières physiques, ou de plantes non-hôtes deBemisia à proximité des parcelles est liée à des incidences faibles.Un dispositif expérimental a permis de construire un modèle de développement épidémique, etd’évaluer l’effet d’une barrière physique autour d’une parcelle. Parallèlement, un dispositif de suivides inoculum primaires, avec détection spécifique des deux virus, a permis de collecter des donnéesde référence. La progression de la maladie est ajustée par un modèle logistique, dont les paramètresvarient avec la pression d’inoculum primaire initiale, et avec le type de protection de la parcelle(ACL9).Ces résultats ont été transférés aux professionnels, en soulignant l’importance des pratiquesculturales pour limiter l’incidence de la maladie (ACT10, ACT14).INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 19 sur 79

Zone de culture sur abattis en Guyane, où formes sauvages et cultivées de D. trifida peuvent cohabiter.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 20 sur 79

Rapport scientifique – RésultatsCollecte et analyse de la diversité de l’igname D. trifida et des virus associés2002-2004, 2007-2008 M. Bousalem (Post-doctorant), R. Arnolin (IE)Financé par PR7Contexte et enjeuxDepuis les années 1960-1970, la culture de l'igname indienne, Dioscorea trifida, est en forterégression aux Antilles et en Guyane. Les pertes de rendements occasionnés par les potyvirus fontque cette espèce, pourtant considérée de grande qualité, est délaissée au profit des espècesd’ignames d’origine Africaine et Asiatique. Les travaux de sélection réalisés par l’INRA Antilles-Guyane n’ont pas permis d’obtenir des niveaux de résistance suffisants aux virus. Cependant, lapremière collection de D. trifida de l’INRA souffre de l'absence de matériel sauvage. Lavalorisation des ressources génétiques de D. trifida, de même que la rationalisation de leurconservation, se heurtent aussi à un manque de connaissances sur la génétique de l’espèce, sur lesrelations génétiques entre formes sauvages et cultivées et sur l’importance de la diversité intra- etinter variétale. Aujourd’hui, les signes d'une érosion génétique pour D. trifida dans son centred’origine sont déjà observables. Face à ces enjeux, il a paru important de démarrer un programmede collecte et d’analyse de la diversité de Dioscorea trifida et de son cortège de virus, enassociation avec l’UMR DGPC 5 de Montpellier, en collaboration avec l’IRD et le CIRAD.Le problème de D. trifida n’est pas limité à la question d’érosion de la diversité génétique souspression virale ; au-delà des impératifs économiques du moment, cette diversité doit être préservéeà long terme, et sa dimension culturelle maintenue en tant qu’élément constitutif du patrimoinecollectif. Le problème relève aussi de la nécessité d’une diversification des cultures, essentielle à lapromotion d’une agriculture durable en zone tropicale.ObjectifsRéalisationsCompléter la collection de D. trifida par des prospections et l’établissement d’unecollection vivante représentative de la diversité génétique de D. trifida en GuyaneDévelopper des outils moléculaires pour analyser la diversité génétiqueAcquérir des connaissances en cytogénétique, en vue d’interpréter les patrons de diversitémoléculaire et de l’amélioration génétiqueAnalyser la diversité génétique de D. trifida et des virus associésProspection, collecte, établissement d’une core collection vivante et conservation in vitroDes collectes ont été réalisées en Guyane en collaboration avec la Chambre d’Agriculture deGuyane (ACL27). La stratégie d’échantillonnage a été basée sur l’environnement éco-géographique,les groupes ethniques, le type d’agriculture et le flux des échanges. Les récoltes d’échantillonsd’organes secs (graines, feuilles séchées) ont permis d’avoir accès à un échantillonnage importantpour des études ciblées (diversité intra-variétale, diversité dans les villages, comparaisons entreethnies, flux de gènes…) tandis que les tubercules en nombre limité (229 accessions collectées) ontservi à établir une collection vivante. Les Dioscorea sauvages ont aussi été collectées afin d’étudierles proximités génétiques avec la forme cultivée de D. trifida. Cent dix accessions de D. trifida ontété introduites in vitro et maintenues dans la collection INRA, qui couvre l’environnement humainet éco-géographique de la Guyane, considéré comme représentatif de l’origine Amazonienne de D.trifida.5 Diversité et Génome des Plantes CultivéesINRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 21 sur 79

Développement des marqueurs microsatellites nucléairesNous avons développé les outils moléculaires nécessaires à la suite du programme (ACL32). Nousavons isolé et caractérisé huit loci microsatellites chez D. trifida. Ces loci se sont avérés êtrepolymorphes chez les accessions cultivées. Ces marqueurs sont transférables à d’autres Dioscorea.Connaissance de la cytogénétique de D. trifidaCette étape est nécessaire à l’interprétation des patrons de diversité moléculaire et de l’améliorationgénétique. L’analyse de la ségrégation de marqueurs microsatellites et l’utilisation de la méthodebayésienne ont permis de démontrer l’autotétraploïdie de D. trifida, jusque-là supposéeoctopolyploïde (ACL26). C’est la première étude mettant en évidence ce type de ploïdie chez legenre Dioscorea. Nous avons mis en évidence un seul niveau de ploïdie de 4X et le comptagechromosomique révèle 80 chromosomes. Les analyses de ségrégation et de cytogénétiqueconcordent et mettent en évidence un nouveau nombre de base de chromosomes X= 20. D. trifida aété considérée comme octopolyploïde sur la base d’un nombre de base de chromosomes de 10.Chez les ignames, les nombres chromosomiques de base de 9 et 10 sont très largement acceptés etservent de référence à la détermination du niveau de ploïdie. Nos résultats remettent en cause cettehypothèse.Découverte de la forme sauvages apparentées de D. trifidaL’identification et la caractérisation des formes sauvages d’une espèce permettent de connaître lesfacteurs évolutifs qui sont à l’origine de la diversité observée. Ces connaissances sont nécessaires àla compréhension de l’histoire évolutive d’un complexe sauvage-cultivé, du processus dedomestication, éléments nécessaires à l’exploitation des ressources génétiques. On ignore tout de ladomestication de D. trifida et aucune forme sauvage n’a été reportée jusqu’à présent. Il n’y a parailleurs, aucune donnée significative permettant d’établir avec précision le centre d’origine et dediversification de cette espèce.Nous avons découvert la forme sauvage de D. trifida et caractérisé les premiers éléments de sagénétique (soumis). La diploïdie de ces accessions a été démontrée par comparaison avec lesautotétraploïdes cultivées. En situation de sympatrie, nous avons pu mettre en évidence une zone decontact et d’hybridation entre forme sauvage et cultivée. Cette configuration originale permetd’envisager des études de flux de gènes entre les différents cytotypes de D. trifida et offre une rareopportunité de tester des hypothèses fondamentales concernant la formation des polyploïdes. Cetteétude offre aussi de nouvelles perspectives de recherches dans le domaine des processus dedomestication et d’évolution des espèces à propagation clonale.Des analyses AFLP préliminaires ont permis de donner une première idée globale dupositionnement des formes sauvages par rapport aux formes cultivées.Chez la forme cultivée de D. trifida, nous avons mis en évidence un seul niveau de ploïdiecorrespondant au niveau tétraploïde. Cela suggère que la domestication n’a ciblé que les formes 4x.Ceci n’est pas surprenant, les formes polyploïdes ayants des avantages génétiques et adaptatifssupérieurs aux diploïdes.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 22 sur 79

Rapport scientifique – Résultats – Diversité D. trifidaAnalyse de la diversité génétique de D. trifidaUne première évaluation de cette diversité a été réalisée avec des marqueurs AFLP pour obtenirune vision globale de la diversité génétique. Les résultats donnent une première idée de l’originedes formes sauvages. Tous les individus sauvages décrits dans le chapitre précédent forment ungrand groupe divisé en trois sous-groupes. D’une manière générale, l’analyse AFLP met enévidence une topologie géographie-ethnie, calquée sur les zones de collectes. Les échantillonsrécoltés sur le littoral et sur les marchés sont comme attendu fortement dispersés, témoignant d’unéchange important de tubercules. La moitié des accessions de Guadeloupe et Martinique formentun groupe distinct, le reste est en mélange avec les accessions du littoral et des marchés.Une deuxième analyse a été réalisée avec des marqueurs microsatellites nucléaires. L'analyse de ladiversité neutre des pools cultivés dans les différentes régions (Guyane, Martinique, Guadeloupe)permettra de déterminer i) si la diversité génétique présente dans ces différentes régions est dumême ordre de grandeur, ii) s'il existe des groupes génétiques originaux cultivés dans l'une oul'autre de ces régions. Nous pourrons également mieux comprendre l'origine de la diversité et lesprincipaux facteurs qui déterminent l'organisation spatiale de la diversité cultivée dans ces régions.On cherchera également à déterminer l'importance de la recombinaison entre formes sauvages etcultivées dans l'apparition de nouvelles variétés.Analyse des caractéristiques virologiques du matériel collectéProphylaxie et sélection sanitaire peuvent contribuer largement au contrôle des maladies à virus del’igname. Cependant, l'amélioration génétique reste la solution la plus facile à mettre en oeuvre.Les phases d'évaluation nécessitent une gamme d'isolats représentative de la variabilité des virus.Cela implique d’identifier les virus présents sur les ignames mais aussi de les caractériser d’unpoint de vue génétique.Deux potyvirus étaient principalement connus pour être responsables des épidémies enGuadeloupe, Martinique et Guyane et avaient permis le développement d’outils de diagnosticmoléculaires adaptés. Nous avons montré l’existence d’un troisième potyvirus sur les troisprincipales espèces cultivées aux Antilles et en Guyane (ACL30).Nous avons mené la première évaluation et application de la taxonomie quantitative à la famille desCaulimoviridae (ACL29). C’est aussi la première étude phylogénétique approfondie qui prend encompte l’origine commune entre les LTR retrotransposons et les caulimovirus. Nos résultatsconfirment la classification actuelle basée principalement sur l’organisation génomique.L’émergence des badnavirus apparaît plutôt liée à notre capacité récente à les mettre en évidence etleur supposée large variabilité à notre incapacité à les classer.Nous avons appliqué les outils taxonomiques décrits précédemment à la connaissance desbadnavirus de l’igname (soumis). L’analyse de la prévalence des badnavirus dans les Caraïbes(Guadeloupe et Martinique), l’Amérique du sud (Guyane) et l’Afrique (Bénin) révèle une très largerépartition de ces virus et une prévalence contrastée sur les différentes espèces d’ignames.L’analyse de la diversité moléculaire des badnavirus permet de les classer en 12 espèces distinctes.La phylogénie présente une importante radiation, telle qu’observée chez le genre Badnavirus. Ellen’autorise une interprétation que chez les espèces appartenant à même RGS (related speciesgroups). Deux RGS regroupent 5 espèces d’origine Africaine reliées à D. rotundata. Les espècesafricaines de badnavirus sont caractérisées par une large gamme d’hôtes incluant les ignamessauvages et cultivées. Deux autres RGS regroupent 5 espèces, ainsi que deux autres espècesdistinctes sont probablement originaires d’Asie-Pacifique. Leur gamme d’hôtes est limitée auxprincipales Dioscorea (D. alata, D. esculenta et D. pentaphylla) communément cultivées dans cesrégions. Les phénomènes de recombinaison dans les conditions naturelles sont rares. L’analyse dessubstitutions nucléotidiques révèle un rôle majeur de la sélection négative dans l’évolution de latranscriptase inverse des badnavirus. Les mécanismes à l’origine de la spéciation des badnavirus del’igname et le scénario le plus probable de leur dispersion à l’échelle continentale sont proposés.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 23 sur 79

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Rapport scientifique – RésultatsConnaissance et gestion des populations de nématodes entomopathogènesH. Mauléon (IR)Financé par PR9, PR15Contexte et enjeuxLes nématodes entomopathogènes et leurs bactéries associées offrent des potentialités detraitements phytosanitaires, soit en utilisant les capacités des nématodes eux-mêmes à limiter lespopulations des bioagresseurs présents dans le sol, soit en exploitant les propriétés bioinsecticidesdes complexes bactério-helminthiques. Plusieurs firmes commercialisent déjà des préparationsbiologiques à base de nématodes entomopathogènes. Leur utilisation, par lâchers innondatifs, estréservée aux cultures à forte valeur ajoutée (cultures florales, cultures sous serres, golf), comptetenu du coût élevé de leur fabrication.L’acquisition de connaissances relatives à leur adaptation au milieu (écologie, dynamique despopulations), et aux facteurs et/ou mécanismes qui permettent leur survie dans les sols est unpréalable à l’optimisation de leur utilisation.Les enjeux de ce programme sont de mieux connaître l’écologie des espèces indigènes et leurbiodiversité dans la zone caraïbe, en vue de dégager des espèces d’intérêt agronomique. Ils sontégalement de définir les conditions d’une implantation durable d’espèces exotiques ou del’expression des potentialités des espèces indigènes.La position géographique de l’INRA de Guadeloupe (au centre de l’arc antillais) et la mosaïque desclimats et des sols de Guadeloupe, en font un lieu privilégié pour l’étude de la biodiversité desnématodes entomopathogènes et de leur efficacité en zone tropicale. L’équipe travaille encollaboration avec l’UMR Écologie microbienne des insectes et interactions hôte-pathogène deMontpellier pour la partie bactériologie, et avec le CIRAD Guadeloupe et Martinique pour la partielutte biologique.ObjectifsRéalisationsDévelopper des outils de caractérisation moléculaire, dans l’optique d’étudier les fluxgéniquesCaractériser les symbioses nématodes-bactériesDéterminer les facteurs-clés de la répartition spatiale et temporelle des populations denématodes dans les solsConcevoir, évaluer et transférer des méthodes de lutte biologiqueConnaissance des populations de nématodesLes travaux de caractérisation conjointe des bactéries symbiotiques (ARN 16S) et sur lesnématodes (ADN satellites, ITS) ont fait avancer les connaissances en systématique et sur laspécificité des symbioses (ACT12).Nous avons développé des marqueurs micro-satellites pour l'étude démographique et génétique despopulations de H. indica en Guadeloupe. En tout, 305 clones ont été séquencés, 18 amorcessélectionnées, 4 seulement révèlent du polymorphisme. Ce travail est à poursuivre pour disposerd’un minimum de 8 marqueurs.Nous avons étudié la répartition spatiale et temporelle des populations d’Heterorhabditis indicadans leurs milieux naturels. Ceci nous a permis de caractériser les différents biotopes et deINRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 25 sur 79

Larve infestante de nématode entomopathogène, et bactérie symbiotique associée.Chenilles de Galerria melonella, utilsées comme hôtes de subsitution pour l’élevage de nématodes.Charançon du bananier, et dispositif de lutte biologique par piégeage (phéromones et nématodes).INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 26 sur 79

Rapport scientifique – Résultats - Nématodes entomopathogènescomprendre les relations des nématodes avec leur milieu. Les milieux de bord de mer, excepté lesmangroves et falaises volcaniques, hébergent préférentiellement cette espèce (sols sableux et biendrainés), et ils sont le plus souvent associés à la présence de crustacés, indiquant probablement uneorigine marine (ACL24). L’étude de dynamique de population de deux espèces de nématodes(Heterorhabditis et Steinernema) a montré que les deux espèces cohabitent, avec des effectifs deSteinernema diaprepesi toujours plus importants que ceux d’Heterorhabditis, sauf lors d’unévénement exceptionnel de montée des eaux marines, ce qui tend à corroborer l’hypothèse del’origine marine d’Heterorhabditis. Nous avons en parallèle appuyé une équipe canadienne sur desinventaires de nématodes entomopathogènes (ACL25).L’ensemble des informations disponibles (données passeport, caractérisation moléculaire avecRAPD, ITS, ADN satellite, résistance à la chaleur et aux UV, pouvoir pathogène sur certainsbioagresseurs) sur les souches de nématodes a permis d’incrémenter la base de données associée ausouchier, qui a compté jusqu’à 330 accessionsConception, évaluation et transfert de méthodes de lutte biologiqueContrôle du charançon du bananier, Cosmopolites sordidusLes enjeux socio-économiques sont très importants, la lutte chimique contre ce ravageur, le plusdommageable en culture bananière, ayant été à l’origine d’une pollution durable des sols auxAntilles françaises et en Afrique. Une souche de nématode a été sélectionnée pour son efficacité surles larves de ce charançon. Un piège a été conçu, combinant le nématode à une phéromoneattractive. Des essais pluriannuels en parcelles expérimentales ont démontré l’efficacité du système(ACL18, ACL19, soumis). Un projet de transfert est en cours de montage, impliquant un groupementde producteurs et des industriels. Un contrat de licence sur savoir-faire qui arrive à échéance a étésigné avec un industriel pour la production de nématodes (INRA, 2004).Contrôle des charançons des agrumes, Diaprepes spp.Des tests de pathogénie au champ ont permis de sélectionner une souche efficace contre ceravageur du système racinaire (soumis), dans le cadre d’un contrat de recherche avec le CIRAD. Dessessions techniques annuelles ont été organisées pour sensibiliser les producteurs aux enjeux de laprotection intégrée, et les amener à utiliser notre procédé innovant. Enfin, nous avons transféré à laFédération Régionale de Défense contre les Organismes Nuisibles le savoir-faire, pour la prise encharge de la production de nématodes, et leur fourniture aux agrumiculteurs. Des fiches techniquesont été diffusées aux producteurs (ASSOFWI et al., 2006).Contrôle du charançon de la patate douce, Cylas formicariusNous avons signalé l’introduction de ce ravageur en Guadeloupe (ACL20). En relation avec laChambre d’Agriculture, une enquête a permis de préciser l’aire de répartition et les plantesréservoirs (soumis). Des stations d’avertissement agricole ont été mises en place chez lesproducteurs, afin de suivre la progression des populations du charançon. Des tests de pathogénieont été conduits au laboratoire, et ont permis de sélectionner une souche prometteuse. Des essais delutte combinant nématodes et piège attractif à phéromones sont en cours.PerspectivesL’arrêt de ce programme est prévu pour 2010, du fait du départ en retraite de son responsable. Lesactivités d’entomo-nématologie du département SPE seront concentrées à Montpellier. Au niveaudes projets de lutte biologique, l’équipe doit terminer l’évaluation de la méthode sur le charançonde la patate douce avant d’envisager un transfert de technologie. Un accompagnement devra êtrefait auprès du porteur de projet (groupement de producteurs) de lutte biologique contre lecharançon du bananier, notamment pour la mise en place du pilote de production des nématodes.La collection de nématodes et la base de données associée sera transférée à Montpellier, quiprendra en charge la caractérisation morphologique et moléculaire des nématodes et de leurssymbiotes, et définira leur spectre d’hôtes sur des ravageurs locaux.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 27 sur 79

Culture d’igname D. alata tuteurée, sur billon.Tubercules de D. alata (création INRA).INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 28 sur 79

Rapport scientifique – RésultatsProjet intégré IgnamesFinancé par PR14, PR15, PR16, PR17, PR19, PR20Contexte et enjeuxA l’échelle de la planète, les ignames (Dioscorea spp.) sont des plantes vivrières consommées par300 millions de personnes, avec une production estimée à 51 millions de tonnes annuelles sur 4millions d’hectares, ce qui en fait la deuxième plante à racine et tubercule après le manioc. Il y a euune augmentation de 70 % de la production globale d’igname au cours de la dernière décade (FAO,2008). Cette liane tubérifère, dont la partie souterraine est consommée, joue un rôle alimentaire etsocial majeur chez de nombreuses populations tropicales, avec des consommations annuellessouvent comprises entre 20 et 40 kg/personne. Encore largement traditionnels en Afrique del’Ouest, plus intensifs en Amérique tropicale et en Nouvelle-Calédonie, les systèmes de cultured’ignames sont extrêmement diversifiés. D. alata est l’espèce la plus répandue, D. cayenensis laplus cultivée en Afrique. D. trifida est la plus appréciée aux Antilles-Guyane, mais elle n’estcultivée que de façon anecdotique du faite de maladies virales. Dans les régions de cultureintensifiée, des problèmes phytosanitaires sont apparus et ne sont pour le moment pas résolus,l’anthracnose étant la contrainte majeure sur D. alata. Cette contrainte conduit dans de nombreuxcas à l’abandon de variétés appréciées et à la déprise. En Afrique, l’intensification s’est produiteplus récemment, à travers le défrichement de jachères de longue durée (savanes arborées). Elles’est accompagnée d’une pression accrue des adventices ce qui se traduit depuis une dizained’années par un épuisement des sols et l’abandon de variétés par les paysans. En Guadeloupe, laculture d’ignames est pratiquée par le quart des exploitants agricoles sur environ 1000 ha, etreprésente la troisième surface agricole après la canne à sucre et la banane. L’intensification y adémarré à la fin des années 1960, et les pratiques agro-techniques sont diversifiées.Malgré leur importance au niveau de la zone intertropicale, les ignames sont des espècesorphelines, des pans entiers de leur biologie et de leurs relations avec le milieu physique et biotiqueétant méconnus.Quelles orientations scientifiques pour un projet fédérateur ?La tendance générale en terme de réglementation (interdiction progressive de nombreuxpesticides), les pollutions chroniques ou aiguës liées à l’utilisation des produits phytosanitaires, etenfin l’incapacité des équipes de recherche à résoudre durablement des problèmes agronomiquespar de simples approches disciplinaires, sont autant de raisons qui orientent le projet vers uneapproche système, privilégiant un usage limité des intrants.Le modèle ignames a été retenu a priori, car il permet de se caler sur des critères d’originalitéscientifique, et de lisibilité régionale (au sens politique). De nombreux travaux de sélection clonaleet de pathologie ont été menés par l’INRA, mais à une période où les traitements phytosanitairesétaient encore admis et d’une relative efficacité.L’approche système préconise de disposer d’un diagnostic agronomique, axé sur une ou quelquesquestions centrales. Ce diagnostic doit aider à faire émerger des questions de recherche, etalimenter le schéma d’élaboration du rendement. Une fois les hypothèses posées, et en fonctiond’un cahier des charges adressé aux chercheurs, une approche de prototypage et/ou de modélisationdoit permettre d’élaborer de nouveaux systèmes, ou d’améliorer des systèmes existants, puis de lesévaluer.Avant d’arriver à cette phase de conception de systèmes, un ensemble de questions scientifiquesdoit être traité, reposant sur les compétences disciplinaires en place (écophysiologie,bioclimatologie, science du sol, pathologie végétale, génétique, économie & sociologie rurale).INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 29 sur 79

Etat des lieux et pistes de rechercheLes situations de production d’igname sont extrêmement contrastées dans les mondes tropicaux, enfonction des espèces cultivées, et des contextes pédoclimatiques et socio-économiques. Au seind’une entité géographiquement aussi réduite que la Guadeloupe, on observe déjà une très grandediversité des systèmes de production dans lesquels les ignames sont présentes. D’où la difficulté deproposer des questions de recherche visant à résoudre des problèmes à l’échelle locale, tout engardant un caractère générique.Cette diversité des situations complexifie aussi l’analyse des problèmes liés à la culture designames, ainsi que la hiérarchisation des questions de recherche s’y rapportant. Un travaild’enquête mené par l’INRA en Guadeloupe en 2004 a permis de proposer une typologie desproducteurs d’ignames et des contraintes identifiées dans les différents systèmes. Cette typologie acontribué à la définition des cibles à privilégier dans le cadre d’un projet de recherche visant àaméliorer les systèmes de culture à base d’ignames à moindres intrants.De ce qui précède, on aboutit au constat que :• Le diagnostic agronomique est encore à faire (seule une enquête basée sur les diresd’agriculteurs a été réalisée). Cette démarche de diagnostic est nécessaire pour hiérarchiser lescontraintes pesant sur la production des ignames, et identifier des questions plus ciblées àl’adresse des spécialistes de recherche disciplinaire. En fonction des questions à traiter, lediagnostic agronomique devra s’appuyer sur un schéma d’élaboration du rendement etémergera à partir d’enquêtes, d’observations en milieu réel et éventuellementd’expérimentations. Les analyses bibliographiques et les discussions préalables montrent qu’ilest possible de proposer un schéma théorique d’élaboration du rendement, prenant en compteles contraintes biotiques et abiotiques. Ce schéma constituera un outil indispensable à la foispour orienter le diagnostic agronomique et pour mesurer les effets des systèmes de culture surles paramètres retenus.• L’approfondissement des connaissances sur le fonctionnement écophysiologique de l’ignameest un pré requis indispensable à une meilleure maîtrise des réactions de la plante aux stressbiotiques et abiotiques. Du point de vue de la modélisation du fonctionnement de l’igname, lesparamètres classiques utilisés pour simuler le fonctionnement d’une culture (mise en place dusystème foliaire, efficience d’utilisation du rayonnement, partition de la biomasse, nutritionminérale) sont quasiment inconnus sur les ignames. Des avancées sur l’écophysiologie del’igname saine pourront permettre à terme de comprendre ce qui se passe sous contrainte.• Le problème de l’anthracnose sur D. alata est partagé dans l’ensemble des zones de productionà l’échelle mondiale. Face aux limites des approches disciplinaires, l’intérêt est d’axer lesrecherches sur la protection intégrée. Pour ce faire, des connaissances sont à acquérir, sur lefonctionnement du pathosystème, aux niveaux génétique et épidémiologique.Pour autant, les autres contraintes phytosanitaires sont loin d’être négligeables chez D. cayenensiset D. trifida. Nous proposons de les aborder davantage dans un cadre technique et partenarial,plutôt que scientifique (assainissement de génotypes, définition de cahiers des charges pour laproduction de semences à partir de plants assainis, fourniture de plants assainis à des pépiniéristes).Au sein de l’unité, nous avons participé à la définition des objectifs et méthodes du diagnosticagronomique, sans participer aux enquêtes et expérimentations. Nous ne développerons ici que lapartie spécifique que nous avons réalisée, sur l’étiologie des pourritures des tubercules, enproduction et en conservation.Sur la partie concernant le fonctionnement de la plante, nous présenterons seulement l’analyse desadaptations de l’igname aux facteurs abiotiques.Enfin, nous présenterons de façon intégrée aux deux unités les travaux traitant des interactionsplante-pathogène-environnement.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 30 sur 79

Rapport scientifique – Résultats – Projet IgnamesEtiologie et contrôle des pourritures de tubercules chez l’IgnameA. Toribio (CR)Contexte et objectifLes parties souterraines des ignames sont soumises à l’influence d’une grande diversitéd’organismes telluriques, ayant un impact parfois important sur les rendements. Les rendementsdes cultures commerciales sont faibles (autour de 10 tonnes.ha -1 ), par rapport aux potentialités (40-100 tonnes.ha -1 ). Malgré certains changements opérés dans les itinéraires techniques traditionnels,la situation ne s’est pas améliorée depuis plus d’une décennie, en Guadeloupe et ailleurs.La littérature sur l’impact de la contrainte parasitaire d’origine tellurique sur l’étiologie despourritures de semenceaux ou de tubercules en développement dans le sol est rare. Les travauxpubliés indiquent l’importance des champignons et des nématodes qui agissent seuls ou ensynergie, directement ou à la faveur de blessures diverses. La plupart de ces travaux sont focaliséssur le contrôle des pourritures post-récolte des tubercules et sur la protection des semenceaux avantplantation. Nos objectifs sont de :RéalisationsMieux connaître les champignons colonisant les tubercules d’igname pendant leurdéveloppement dans le sol et leur stockage.Déterminer l’impact de cette colonisation sur les pourritures.Mettre au point des méthodes de contrôle des pourritures n’utilisant pas des pesticides. Mycoflore des racines de D. alata et détérioration microbienne des semenceaux dans le solLes plants d’igname comprennent deux types de racines : les racines d’ancrage et adventives quiapparaissent à la germination des semenceaux, et les racines tuberculaires qui se forment sur lestubercules en développement et sur les bulbilles (tubercules aériens) au contact du sol. Chez D.alata, nous avons observé que la flore fongique des racines tuberculaires à la récolte différait selonla taille des tubercules. Ainsi, chez les petits tubercules, les champignons rencontrés appartiennentprincipalement aux genres ou espèces Pythium, Rhizoctonia solani et Rhizopus stolonifer qui, sedéveloppent généralement dans des tissus végétaux jeunes ou immatures. Chez les gros tubercules,les Fusarium prédominent, particulièrement F. solani. Ce champignon, qui persiste sur lestubercules pendant la conservation, mais sans réels dégâts, est responsable de la pourriture dessemenceaux dans le sol. Etiologie des pourritures des tubercules de D. rotundataLa demande régionale pour cette espèce désaisonnable est très forte. Mais, aux Antilles comme enAfrique, les tubercules produits sont particulièrement sensibles aux pourritures, qui limitent ladisponibilité en semences de qualité.Symptômes et champignons associés aux pourrituresA partir d’enquêtes sur le terrain et d’analyses effectuées sur des échantillons d’ignames issuesdirectement de parcelles de cultures commerciales et de hangars de conservation, différents typesde pourritures de tubercules ont été décrits. Les champignons qui y sont associés ont également étéidentifiés et les tests de pouvoir pathogène ont montré une réelle pathogénie. Les pourritures sedéveloppent rapidement en conservation et, en moins de deux mois, la détérioration des tuberculespeut être totale, avec une présence forte de F. solani, de Penicillium et du nématode Pratylenchuscoffeae. Cette rapidité suggère l’initiation de l’infection dans le sol.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 31 sur 79

Dynamique de la colonisation des tubercules dans le sol et incidence sur le développementdes pourritures durant la conservationLe métabolisme des tubercules dans le sol et après la récolte peut être perturbé par l’activité de lamycoflore pathogène. L’analyse des tubercules de D. rotundata récoltés à différents dates aprèsplantation révèle qu’ils sont colonisés tout au long de leur développement par une mycoflore d’unevingtaine de genres ou espèces. Pour les espèces les plus fréquentes dans les pourritures, lacolonisation par F. solani est faible sur les tubercules jeunes et augmente significativement par lasuite. Les Penicillium apparaissent plus tard dans le cycle de production.En conservation en salle climatisée, les tubercules récoltés 4 mois après plantation, malgré deuxébourgeonnages, ne présentent aucune pourriture plus de 10 mois après leur récolte et germent à100 %. Dans les mêmes conditions de conservation, les tubercules récoltés 7 mois après plantationprésentent des pourritures sèches dues au complexe F. solani - Penicillium et ont très peu desurface corticale saine.Conclusions - PerspectivesLa mycoflore hébergée par les racines de D. alata n’exerce pas une influence particulière dans ladégradation des tubercules pendant leur stockage. Cependant, le champignon F. solani occasionnela pourriture des semenceaux dans le sol, ce qui constitue un handicap pour la germination du plantet l’établissement de la culture.Chez D. rotundata, les pourritures de tubercules surviennent à la fois en plein champ, notammentdans les parcelles mal drainées, et surtout pendant leur conservation. Nos résultats suggèrent lapossibilité d’une production de tubercules semences différenciée, par rapport à celle de tuberculesde conservation. La récolte de tubercules semences interviendrait après 4 à 5 mois de culture,tandis que celle des ignames de consommation pourrait être plus tardive.Du fait que la colonisation des racines ou des tubercules s’opère dans le sol, la lutte contre lamycoflore pathogène concernée doit être dirigée en grande partie dans l’environnement tellurique.En l’absence de pesticides autorisés en culture d’igname, les méthodes de contrôle deschampignons néfastes doivent privilégier l’instauration dans le sol d’un environnement biologiquesuppressif. Cela pourrait être accompli :- Par l’amendement du sol avec des composts suppressifs, du fait de leur richesse en microorganismesantagonistes. Dans cette optique, l’évaluation du potentiel infectieux naturel decomposts dirigés obtenus à partir de mélanges particuliers (légumineuse : Stizolobiumdeeringianum) et graminée : Pennisetum purpureum) est entreprise.- Par un apport de micro-organismes bénéfiques colonisant le système racinaire, le rendantainsi moins facilement affecté par les agents pathogènes. Dans cette optique, la prospectionde champignons mycorhiziens a commencé en milieu cultivé, chez l’igname, et en milieunon anthropisé, chez des espèces végétales particulièrement adaptées à des situations destress hydrique ou salin (ACL59, ACL60, ACL61), en amorçant une collaboration avecl’Université Antilles-Guyane.- Par la culture de plantes de service (en association ou rotation vis-à-vis de l’Igname),ayant, par exemple, des propriétés anti F. solani et/ou anti Penicillium.En ce qui concerne la protection spécifique des tubercules pendant le stockage, l’étude del’antagonisme de Trichurus spiralis (qui, par ailleurs, protège les semenceaux de l’invasion de F.solani) est en cours (prospection de souches, pathogènes cibles, survie dans différents substrats,conditions d’application…).INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 32 sur 79

Rapport scientifique – Résultats – Projet IgnamesComprendre les mécanismes de la tubérisationAdaptation des ignames au milieu abiotiqueV. Vaillant (IE)L’objectif est d’aborder les mécanismes de régulation de l’accumulation des glucides dans lesorganes de réserve (tubercules aériens et/ou souterrains) et rechercher les facteurs limitants aveccomme but la maîtrise de la production des tubercules semences ou de consommation.L’effet de la photopériode sur le développement de D. alata cv Belep a été étudié, en suivantl’induction de tubercules aériens et souterrains en milieu contrôlé. Des phénomènes de compétitionentre puits en relation avec le stade végétatif des plants ont été mis en évidence (ACL38).Le développement de plantes issues de culture in vitro ou de bulbilles (D. alata) ont été comparés.L’induction de la tubérisation est similaire quelle que soit la nature du tubercule mère.L’effet de phytohormones (ANA et BA) sur la production in vitro de bulbilles chez D. alata et D.trifida a été étudié, ainsi que celui de la concentration en sucres et en azote du milieu de culture.La formation de bulbilles chez D. alata (phénomène terminal du cycle), n’est pas en compétitionavec la production des tubercules. Dans nos conditions, nous avons obtenu entre 20 et 30 bulbillesutilisables comme semences, par plante. Au champ, nous avons comparé les rendements après uncycle de production à partir de bulbilles, de tubercules entiers et de vitroplantsComprendre les mécanismes de toxicité et de tolérance à l’aluminiumLa toxicité aluminique est un facteur limitant pour la production agricole. Dans les sols tropicaux,généralement acides, la forme soluble de l’aluminium retarde le développement des racines.L’objectif des travaux était dans une première approche, d’évaluer différents clones d’igname pourleur tolérance à l’aluminium. Les effets toxiques sur la croissance (inhibition des cellulesd’élongation et de division des racines) ont été attribués à la perturbation de plusieurs voiesphysiologiques et biochimiques.L’effet de l’aluminium sur la croissance de plantules in vitro a été étudié en testant différentsparamètres. Nous avons mis en évidence un effet du pH sur D. cayenensis et un effet del’aluminium sur D. alata cv Oriental. Par ailleurs, nous avons montré un comportement différentielà la présence d’aluminium dans le milieu de diverses variétés de D. alata. En absence d’aluminiumet à pH acide, plusieurs acides organiques sont détectés dans le milieu pour les variétés Grandesavane et Belep. Le principal est l’acide oxalique. Les autres acides détectés sont en quantitéenviron dix fois moindre. En présence d’aluminium, la quantité d’acide oxalique présent dans lemilieu est multipliée par 15 (variétés Grande savane et Belep). Pour les variétés Tahiti et Pyramide,les quantités sont équivalentes à celle détectées en absence d’aluminium.Un mécanisme de tolérance, jamais décrit sur igname, a été mis en évidence. L'existence de degrévariable de tolérance entre différentes variétés d'une même espèce peut faciliter l'étude des basesgénétiques et moléculaires de la tolérance.Comprendre le rôle de la fertilisation azotée sur les teneurs en ammonium, nitrate et surl’activité de la Nitrate Réductase de feuilles d’ignameLes ignames utilisent préférentiellement la forme nitrique. En effet, nous avons montré que l’azotetotal absorbé par les plants, est 3 à 15 fois plus important en présence de NO 3 par rapport au NH 4 .De plus, les quantités des différentes formes d’azote retrouvées dans la plante sont corrélées à leurconcentration dans le milieu de culture.Nos résultats montrent que l’Activité Nitrate Réductase (NR) est essentiellement localisée dans lesfeuilles. De plus, l’activité NR ainsi que la teneur foliaire en NO 3 - sont corrélées à la concentrationde l’ion dans le milieu. Selon l’espèce d’igname, la capacité à réduire et à assimiler les ions NO 3-diffère. Pour une concentration externe identique en nitrate, D. alata a une activité NR moinsélevée que celle de D. cayenensis. Ces activités vont augmenter avec les teneurs externes ennitrates. Cela est également le cas des teneurs foliaires en nitrate. Pour les deux espèces les teneursfoliaires en ammonium, NH4 + restent faibles ; elles sont donc utilisées très rapidement dans lemétabolisme de l’igname.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 33 sur 79

Maîtrise de la reproduction sexuée chez D. alata. Fleurs mâles et femelles (en haut), fruits (en bas).INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 34 sur 79

Rapport scientifique – Résultats – Projet IgnamesInteractions D. alata / anthracnoseContexte et enjeuxParmi les ignames, Dioscorea alata est l’espèce la plus largement cultivée au niveau mondial. Ellea un très bon potentiel de production dans des sols peu fertiles et un fort pouvoir de multiplicationgrâce à la production de bulbilles. Sa vigueur végétative permet un bon contrôle des mauvaisesherbes et enfin, ses tubercules ont une meilleure capacité à se conserver après la récolte que lesautres espèces.Dans toutes les zones de production, le développement de cette espèce est ralenti par l'anthracnose,maladie causée par le champignon Colletotrichum gloeosporioides (PENZ.) Penz. & Sacc.L’anthracnose affecte l’ensemble de l’appareil aérien et se manifeste par des nécroses qui réduisentsignificativement le potentiel de photosynthèse de la plante. On rapporte fréquemment des pertesde rendement supérieures à 80% en cas d’infections précoces. L’anthracnose est particulièrementnuisible lorsque D. alata est cultivé en culture pure ce qui est le cas de la Caraïbe. Dans cetterégion, la maladie est responsable de la disparition de beaucoup de variétés traditionnelles.Une forte variabilité morphologique, pathologique et moléculaire a été mise en évidence parmi lessouches de C. gloeosporioides dans des études menées au Nigeria et en Guadeloupe. Ces résultatssont liés au fait que la forme sexuée du pathogène y est largement répandue. La grande facultéd’adaptation de ce bioagresseur lui a permis de développer des formes de résistance aux fongicideset de contourner des résistances variétales déployées au champ. Ceci a contribué à privilégier lacollecte, l’introduction et la création de variétés génétiquement résistantes à l'anthracnose.Analyse génétique des résistances de l’igname, D. alata à l’anthracnose2004-2008 D. Pétro (IE), T. J. Onyeka (Post-Doc), A. Kouassi (Post-Doc)L’amélioration variétale de D. alata, une espèce hétérozygote, polyploïde et dioïque avec un longcycle de croissance et une floraison erratique, est un processus long et difficile. Par ailleurs,l’évaluation des variétés au champ pour la résistance à l’anthracnose nécessite des procéduresexpérimentales lourdes et n’est pas totalement efficiente puisque les populations de C.gloeosporioides sont dynamiques. Pour prendre en compte la variation parmi les isolats dupathogène, il est important de soumettre le matériel à une large gamme d’isolats pour le screeningde la résistance. Ce screening dans un environnement qui favorise à la fois le développement de lamaladie et la croissance de la plante parait nécessaire pour évaluer effectivement les réactions dedifférentes variétés face à l’anthracnose.Les cas de contournement de résistance observés, liés à la large diversité du pathogène, nousmènent à aborder la construction de résistances durables à partir de plusieurs gènes de résistance.La vitesse et la précision de la création variétale peuvent être améliorées par le développement decartes génétiques qui peuvent faciliter l’analyse de marqueurs en lien avec des caractèrespolygéniques comme la résistance à l’anthracnose. L’accès à ces cartes peut fournir les bases pourlocaliser et désormais manipuler des caractères quantitatifs dans des programmes d’amélioration.Si l’objectif à moyen terme est bien de construire une résistance durable à l’anthracnose, le présentprogramme en représente la phase préliminaire indispensable. Il s’agit de :- Mettre au point un test d’évaluation rapide et quantitatif de la résistance à l’anthracnose.- Classer les clones de l’igname D. alata de la collection, en fonction de leur comportement faceaux souches représentatives de la diversité de C. gloeosporioides et ainsi répertorier lesdifférents types de résistances.- Etudier le déterminisme génétique des résistances à l’anthracnose identifiées dans la collection.- Réaliser la cartographie génétique de D. alata et localiser les facteurs génétiques (QTL) liés àla résistance à l’anthracnose.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 35 sur 79

1231 : test quantitatif de résistance à l’anthracnose, sur jeunes vitroplants d’ignames.2 : distribution de la population F1 pour sa réponse à 2 isolats. HR : hautement résistant, R : résistant, MR &MS : modérément résistant & sensible, S : sensible, HS : hautement sensible.3 : Quatre groupes de liaison sur 20 de la carte de D. alata.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 36 sur 79

RésultatsRapport scientifique – Résultats – Projet Ignames Standardisation d’une méthode d’évaluation et de notation de l’anthracnose basée surl’utilisation de vitroplants.La mise en place d’une méthode d’évaluation des niveaux de résistance à l’anthracnose de l’ignameen utilisant des bio-essais sur vitroplants a constitué une étape importante à franchir. Différentesméthodes d’inoculation artificielle, de notations des symptômes ont été testées. Différentsparamètres de sévérité de la maladie ont été pris en compte. L’inoculation par pulvérisation etl’évaluation des symptômes sur plantes entières et à différents stades de la maladie ont été retenues.Ce test constitue une alternative à l’évaluation au champ. Nous disposons actuellement d’un testrapide, robuste et fiable permettant d’évaluer un grand nombre d’individus telle une collection declones ou une population d’hybrides (ACL35). Variation de la virulence et la résistance dans le pathosystème igname/anthracnose etidentification d’une gamme différentielle potentielle.Nous disposons d’une collection in vitro de clones D. alata, géniteurs potentiels de résistance. Nostravaux menés, à l’aide du test quantitatif de la résistance, sur l’interaction hôte-pathogène nous ontpermis d’identifier le large spectre de réactions de 60 clones de cette collection face à la variabilitéde l’agent pathogène de l’anthracnose (ACL34). Les génotypes ont été séparés en 4 groupes deréponse à l’anthracnose (résistant, modérément résistant, modérément sensible et sensible). Bienque des résistances totales aient pu être détectées, la résistance de l’igname à l’anthracnose estessentiellement de nature quantitative. Les résultats obtenus dans cette étude indiquent qu’autantdes réactions spécifiques à certains isolats que des réactions non spécifiques peuvent êtreimpliquées dans la résistance à l’anthracnose. Douze clones avec une résistance non spécifique ontété identifiés. Tous les clones avec des réactions spécifiques étaient modérément résistants oumodérément sensibles. Cartographie des facteurs génétiques liés à la résistance à l’anthracnoseD. alata est allogame et hautement hétérozygote. C’est une espèce dioïque, il est donc impossibled’obtenir des lignées homozygotes et des populations F2. Les populations à cartographier sont desF1 issues de croisement entre parents hétérozygotes non fixés. Une population F1 a été créée àpartir de parents diploïdes (2n=2x=40) avec des réactions contrastées face à 2 isolats de C.gloeosporioides modérément et hautement agressifs. La descendance a été évaluée en conditionscontrôlées. Une distribution continue et normale de la résistance a été obtenue ce qui confirmel’hérédité polygénique de la résistance. Les valeurs de résistance de certains descendants tombenten dehors des valeurs parentales, indiquant la présence de ségrégation transgressive dans lapopulation.L’ADN génomique des parents et des hybrides a été extrait. A l’aide de marqueurs AFLP (26combinaisons d’amorces) et microsatellites (7), la population hybride a été génotypée. Un total de523 marqueurs polymorphes a été obtenu. Les marqueurs AFLP suivent un modèle de ségrégationdisomique comme on pouvait s’y attendre dans le cas d’une population issue de diploïdes intercroisés.A partir de ces 523 loci, une carte de liaison génétique a été construite avec Joinmap avecun LOD élevé (7.0) réduisant ainsi les fausses liaisons. La carte résultante a une longueur totale de1627 cM couvrant 82 % du génome et comprend 20 groupes de liaison avec au moins 5 marqueurs.La première carte génétique de l’igname D. alata établie par une équipe de l’IITA au Nigeriacouvrait 60 % de la longueur estimée du génome.Comme indiqué précédemment, la résistance analysée a une hérédité quantitative avec unehéritabilité élevée (91 %). Nous avons donc mené une étude pour établir le nombre et lalocalisation des QTL ayant un effet sur la résistance à l’anthracnose. Au total, 10 QTL liés à larésistance à l’anthracnose ont été identifiés avec un LOD supérieur à 2.5. Parmi ces QTL, 8 ont uneffet spécifique pour l’un ou l’autre isolat testé et 2 sont communs aux deux isolats. Ces QTLexpriment de 7.5 à 40.5 % de la variation phénotypique mesurée. A ce jour, c’est la carte de liaisongénétique la plus saturée chez l’igname, toutes espèces confondues. Cette étude est aussi l’analysedes facteurs de résistance à l’anthracnose la plus complète chez D. alata (soumis).INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 37 sur 79

MMMEmpreintes génétiques de souches de C. gloeosporioides obtenues par la technique RAMS (exemple avecune amorce, M = marqueur de taille).Arbre de classification hiérarchique pour 20 souches de C. gloeosporioides obtenu par analyse RAMS(profils de 5 amorces). Les valeurs statistiques de support sont indiquées au niveau de chaque branche, après10 000 rééchantillonnages (multiscale bootstrap resampling).INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 38 sur 79

Rapport scientifique – Résultats – Projet IgnamesInteractions génétiques igname D. alata / anthracnose2006-2008 D. Pétro (IE), S. Guyader (CR)L’analyse génétique de la résistance est faite en phénotypant différentes accessions de D. alata àl’aide de plusieurs souches de l’agent causal de la maladie, en collection dans la mycothèque. Maisla majorité des souches de cette mycothèque ne sont pas encore caractérisées au niveaumoléculaire, et ne le sont que partiellement au niveau phénotypique. Le phénotypage des seulessouches utilisées pour l’analyse de la résistance a été entamé par l’équipe de génétique. Il nous estdonc apparu crucial d’approfondir et d’élargir phénotypage et génotypage à l’ensemble des souchesde la collection. Phénotypage des souchesEn nous basant sur une première caractérisation du pouvoir pathogène de quelques soucheseffectué sur une soixantaine de cultivars d’igname, une gamme différentielle d’hôtes a étéconstituée, composée de 6 cultivars qui nous serviront pour procéder au phénotypage complet de lamycothèque. Cette partie du programme vient de démarrer. Une fois ce phénotypage effectué, unegamme différentielle de souches pourra être constituée pour, en retour, permettre de phénotyper denouvelles accessions d’igname utilisées dans l’analyse génétique de la résistance. Génotypage des souchesNous avons choisi la technique RAMS (Random Amplified MicroSatellite) qui présente l’avantagede pouvoir résoudre les marqueurs (essentiellement neutres et dispersés sur le génome) sur simplegel d’agarose, et donc d’être facilement réalisable en routine. Un premier test de cette technique sur20 souches a permis de sélectionner 5 amorces révélant une centaine de marqueurs polymorphes.L’analyse a révélé un profil unique (haplotype) pour chaque souche, en accord avec les résultatsd’un premier travail de caractérisation génétique (THE1) utilisant la technique d’AFLP. Notre étudea par ailleurs montré que les haplotypes se scindent en deux groupes distincts même si i) ladiversité intra-groupe reste importante et ii) aucun regroupement ne se fait sur la base de l’originegéographique, de la plante source, ni de la date de collecte. Les souches qui avaient été utiliséeslors de la cartographie des résistances sont réparties entre les deux groupes, ce qui valide le choixinitial. Au niveau de la génétique des populations, le déséquilibre de liaison est apparu trèssignificatif, contrairement aux résultats précédents (THE1) suggérant une multiplication clonaleimportante chez les populations de C. gloeosporioides analysées. Enfin, trois souches divergentnettement des autres et ne sont pas amplifiées par PCR avec des amorces spécifiques de C.gloeosporioides. Durabilité des résistancesLa durabilité des résistances est un aspect essentiel pour le projet intégré ignames. Il nous a sembléintéressant d’avoir une approche synthétique du problème, en nous inspirant des travaux réaliséssur le pathosystème Leptosphaeria maculans / Colza (équipe durabilité des résistance, UMRBiO3P Rennes). L’objectif est de placer plusieurs accessions résistantes en monoculture plusieursannées de suite sous forte pression d’infection, et de caractériser les isolats issus de chaque cyclecultural (isolement et culture monospore, puis pathotypage et génotypage) afin d’étudier l’impactde différents gènes ou QTL de résistance sur les populations du bioagresseur. Cette méthodepourrait permettre de prédire les contournements possibles de résistance en culture et d’expliciterl’évolution des souches. L’essai a été mis en place en 2008 avec une première annéed’homogénéisation (inoculation d’une variété sensible par un mélange de souches locales, puisrestitution des résidus infectés au sol). Les cycles culturaux de test de durabilité proprement dits sedérouleront à partir de 2009, pendant au moins 3 ans.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 39 sur 79

Début d’épidémie d’anthracnose dans une parcelle d’ignames.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 40 sur 79

EpidémiologieRapport scientifique – Résultats – Projet Ignames2005-2008 S. Guyader (CR), G. Jacqua (IE) (URPV)R. Bonhomme (DR), F. Bussière (CR), J. Sierra (DR) (URAPC)Les connaissances sur le développement épidémiologique de l’anthracnose de l’igname sont peuabondantes, fragmentées et parfois contradictoires. Ainsi, les sources d’inoculum primaire et leurimportance sont mal appréhendées, l’échelle de dispersion de l’inoculum secondaire par le ventn’est pas quantifiée, et les effets des facteurs climatiques et microclimatiques sur le développementdu bioagresseur sont mal connus. Formes de reproduction et sources d’inoculum primaireL’agent causal de l’anthracnose de l’igname peut exister sous une forme sexuée ou asexuée.Connaître la fréquence des deux formes renseigne sur les possibilités d’occurrence de lareproduction sexuée, qui est un facteur important de génération de diversité chez le champignon.La fréquence des deux formes a été évaluée sur cultures d’ignames sensibles à l’anthracnose, dansdes milieux contrastés de Guadeloupe. La forme asexuée a toujours été observée de façonmajoritaire, surtout sur les organes foliaires actifs. La forme sexuée est moins fréquente, présentede façon irrégulière, plus marquée sur les débris de végétation au niveau du sol où elle pourraitconstituer une forme de conservation du champignon. Toutefois, même sur des résidus infectés endécomposition au niveau du sol, on rencontre plus fréquemment les conidies de la forme asexuée.Le suivi de la survie de l’inoculum dans le sol permet d’évaluer le potentiel du sol et des résidus deculture comme source d’inoculum primaire de la maladie. Un tel suivi a été réalisé sur une parcelled’igname infectée artificiellement. Par l’utilisation de feuilles et tiges « pièges » plantés dans deséchantillons de sol, nous avons montré que l’inoculum pathogène peut persister dans le solplusieurs mois après la fin de la culture. Cet essai, mené sur près de 3 ans à Duclos, est répété àGodet afin d’étudier l’influence possible des conditions pédo-climatiques.En complément à cette étude, un travail plus précis a été entrepris dans le but d’étudier la survie del’ inoculum au niveau des débris de culture en cours de décomposition au champ (ACL36). Au coursdu temps, nous avons observé une décroissance de la quantité d’inoculum, qui suit la cinétique dedécomposition de la portion labile de la matière organique. Cette décroissance correspond donc à laperte de substrat accessible pour le champignon, qui entre ensuite en compétition avec lamicroflore du sol mieux adaptée à ces conditions environnementales. En effet, l’inoculum disparaîtplus rapidement sur les résidus enfouis, là où la compétition avec la microflore tellurique est plusforte. Ainsi, les résidus en surface peuvent encore être source de spores après 4 mois, et ces sporessont encore pathogènes pour l’igname.Le sol portant des résidus d’ignames infectés peut donc être une importante source d’inoculumprimaire.Une étude sur la contamination par les tubercules a aussi été menée. Les tubercules sains plongésdans une suspension de spores de C. gloeosporioides, ou des tubercules issus d’une culture infestéepuis placés en conditions contrôlées, ont germé beaucoup plus difficilement que des tuberculessains. Sur ces tubercules infectés, des nécroses à partir desquelles on isole le champignonapparaissent fréquemment sur les jeunes pousses. Les tubercules infectés au cours d’une saisonpeuvent donc également être source de maladie pour la saison suivante s’ils sont utilisés commesemenceaux.Enfin, des prospections ont été réalisées, hors saison de culture, dans des bassins de productiond’ignames, pour tenter de détecter la présence de C. gloeosporioides sur des hôtes alternatifs. Dessouches du champignon ont été mises en évidence sur 11 espèces, appartenant à 4 familles, et ontpu causer des symptômes typiques de l’anthracnose après inoculation sur D. alata. Ceci suggèreque des hôtes alternatifs peuvent être source d’inoculum primaire du bioagresseur. Notons toutefoisqu’il s’agit de la première fois que ces hôtes alternatifs sont mis évidence.Nous avons donc identifié trois sources possibles de contamination des nouvelles cultures : lestubercules infectés utilisés comme semenceaux, les résidus de culture, et probablement dans unemoindre mesure les hôtes alternatifs hébergeant le C. gloeosporioides aux abords des cultures.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 41 sur 79

10075RésidusSpores% de la valeur initiale502500 30 60 90 120 150 180temps (jours après l'enfouissement)Cinétique de survie des spores et de dégradation des résidus en fonction du temps. Les barres verticalescorrespondent à des tests de pathogénicité positifs sur les spores isolées à partir des résidus.0.6ratio (spores observées / total spores)0.50.40.30.20.100 20 40 60 80 100nombre de gouttes incidentesCinétique de dispersion des spores (rapport spores observées après x gouttes / nombre total de sporesobservées) en fonction du nombre de gouttes incidentes frappant la lésion. La courbe bleue correspond àl’ajustement d’un modèle Brain-Coussens.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 42 sur 79

Rapport scientifique – Résultats – Projet Ignames Germination des spores et mode pénétrationLa germination des spores, avec la formation d’appressoria (structure de pénétration) correspond àla première phase de l’infection des feuilles d’igname. Pour le bon déroulement de cette phase, lesspores doivent être soumises à des conditions climatiques que nous devons déterminer. A cette fin,une chambre climatique a été conçue. Nous avons pulvérisé des suspensions de spores sur feuillesdétachées, pour suivre le processus d’infection jusqu’à l’apparition des premiers symptômes, enmesurant le pourcentage de spores germées et le pourcentage de spores à appressorium en fonctiondu temps, à différentes températures. Les courbes obtenues ont été ajustées avec un modèle deWeibull. A l’aide de deux paramètres, nous pouvons extraire un indice basé sur la vitesse et le tauxmaximal de germination et de formation des appressoria qui nous donne une mesure de l’adaptationde la souche à la température. Nous avons montré que pour la souche étudiée, l’optimum se situe à24°C, mais que ce sont davantage les températures élevés (supérieures à 30°C) que lestempératures basses qui pénalisent l’initiation de l’infection.Le mode de pénétration du champignon au niveau des feuilles a été comparé chez deux variétés(sensible ou résistante) et sur les deux faces de la feuille. La germination se fait par pénétrationdirecte de la cuticule foliaire. Aucune différence n’apparaît entre les deux variétés ou les deux facesde la feuille, en ce qui concerne le taux et la vitesse de germination des spores ou la pénétration.Les seules différences sont un retard dans l’apparition et l’extension des symptômes, et unemoindre sporulation chez le cultivar résistant. Dispersion des spores de C. gloeosporioidesUne fois l’anthracnose initiée sur des plants, la maladie se propage aux plantes voisines sous l’effetde la pluie : les gouttes d’éclaboussures transportent de proche en proche les spores qu’ellesdétachent des nécroses sporulantes. Une meilleure compréhension des épidémies d’anthracnosenécessite de caractériser ce phénomène de dispersion des spores.Nous avons déterminé la cinétique de libération des spores à partir d’une lésion ponctuelle, enfonction du nombre de gouttes incidentes. La première goutte heurtant une lésion n’a jamais étésuffisante pour la mobilisation des spores, celle-ci devient systématique à partir de la troisièmegoutte. Généralement, 20 gouttes suffisent pour libérer près de 60% des spores, mais des sporessont toujours mobilisées et dispersées après 100 gouttes incidentes.La dissémination aérienne du champignon a également été observée en plaçant des plantes saines àplus ou moins grande distance d’une parcelle naturellement infectée, puis en les plaçant à l’abripour incubation. Alors que 100% des plantes placées à proximité de la parcelle infectée ont étéatteintes par la maladie, seule une des 10 plantes placées à distance a été infectée.Nuisibilité de l’anthracnose2002-2004 G. Jacqua (URPV), R. Bonhomme (URAPC)Deux essais sur la nuisibilité de l’anthracnose ont été réalisés pour observer l’effet de la précocitéde la maladie sur le rendement. Il en ressort que plus les attaques sont précoces, plus la maladieatteint un niveau élevé en fin de culture. Cela se traduit par une diminution très significative durendement par rapport au témoin sain, majoritairement due à une réduction du poids des tubercules.Cette réduction au niveau souterrain est corrélée à une réduction importante du poids et de lasurface des organes aériens qui assurent le remplissage des tubercules. Quand l’attaque est tardive,la maladie n’a pas d’impact en terme d’incidence. Ainsi, plus l’attaque d’anthracnose est précoce,plus la maladie se développe (AUDPC élevée), et plus elle affecte le rendement.Le modèle de culture d’igname développé en URAPC devrait permettre une approche analytiquede la nuisibilité. La première étape consistera à utiliser le modèle tel quel (simulant lefonctionnement d’un couvert sain) pour simuler l’impact de la réduction, par les nécroses, desurface foliaire sur le rendement de la culture. Si ce mécanisme ne suffit pas à expliquer les impactsobservés, d’autres processus comme l’apparition de toxicités affectant le fonctionnement de laplante au delà de la réduction de surface foliaire comme ceux mis en évidence pour le pois devrontêtre évalués puis incorporés dans le modèle.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 43 sur 79

Cartographie des processusProcessus de directionManager la qualité(URPV)Processus de réalisationExigencesCLIENTR1 Recevoir desaccessionsR3 Produire del’information basiqueR2 Conserver desaccessionsR4 Diffuser desinformationsR6 Participer à la recherchedéveloppement (RBI + INRA)R5 Fournir desvitro-plantssains•Satisfaction•CLIENTProcessus supportFaire respecter laréglementation(RBI + INRA)Maintenir lesinstallations(chambres / champs /informatique)(INRA)Gérer lesressourceshumaines /formation(URPV +INRA)Choisir lesinfrastructures etles fournisseurs(INRA)Cartographie des processus d’acquisition, conservation et diffusion d’accessions d’ignames.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 44 sur 79

Rapport scientifique – RésultatsCentre de ressources biologiques Ignames2005-2008 F. Gamiette (IE)Financé par PR10, PR12, PR13, PR18Contexte et objectifsOn compte 600 espèces d’ignames, dont 300 sont américaines. Les espèces alimentaires les pluscultivées sont originaires d’Afrique de l’ouest (D. cayenensis-rotundata) et d’Asie (D. alata).L’espèce alimentaire américaine D. trifida est sous-utilisée du fait de sa sensibilité aux maladiesvirales. De nombreuses autres espèces alimentaires du genre sont sous-utilisées. L’igname faitpartie des plantes reconnues par la FAO comme devant contribuer à la sécurité alimentairemondiale et être intégrées dans un système multilatéral d’échanges.L’INRA a constitué depuis une quarantaine d’années une collection d’ignames qui comprend à cejour 15 espèces, et 500 accessions dont 200 de l’espèce D. trifida. Dans le cadre du CRB ‘Plantestropicales INRA-CIRAD aux Antilles françaises’, nous avons comme objectif la certification de laqualité des services rendus par le CRB Ignames, la sécurisation des ressources phytogénétiquesconservées, la traçabilité des échanges, la mise en place d’ un système d’information ouvert etpartagé. L’objectif à terme est de devenir un centre de référence pour la diffusion d’ignames,auprès de partenaires scientifiques ou professionnels dans les DOM et à l’international. L’IITA enAfrique de l’Ouest gère une collection de 3000 accessions, principalement de l’espèce D.cayenensis-rotundata avec un objectif similaire de diffusion.Réalisations Diffusion de matérielLa diffusion de matériel est pour l’instant limitée aux instituts français de recherche (IRD, CIRAD,INRA, Université Antilles-Guyane), dans le cadre de projets de recherche (cryoconservation,séquençage potexvirus….). La diffusion en dehors du territoire national ne pourra commencer quelorsque nous pourrons garantir l’état sanitaire du matériel. Système d’informationUne base de données a été élaborée sur l’ensemble des accessions, intégrant des informations surleur origine, leur statut juridique, sur leurs caractères agromorphologiques en lien avec le site deculture et sur leurs caractères génotypiques lorsqu’ils étaient connus. Des extractions de donnéessont possibles, en vue de conduire des analyses de diversité génétique. Cette fonctionnalité en faitun outil au service de la politique d’acquisition de nouvelles accessions.Pour disposer d’un système ouvert et partagé avec les gestionnaires des collections du CIRAD(bananiers, canne à sucre, ananas, fruitiers, plantes ornementales), nous avons développé uneinterface web et un système d’information trilingue est désormais en lignehttp://collections.antilles.inra.fr/. Il est beaucoup plus riche que celui de l’IITA, qui ne fournit quele nom de l’accession et son origine. Certification de la qualité des services rendusLa cartographie des processus a été réalisée (voir figure ci-contre), ainsi que la documentationqualité liée. Nous visons une certification pour 2010.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 45 sur 79

Sécurisation de la conservation et des échangesNous évoluons vers un double moyen de conservation pour toutes les accessions (in vitro et invivo). En relation avec l’IRD, nous explorons les possibilités de cryoconservation des ignames(ACL31). Nous sommes partenaires dans un projet soumis à l’ANR, porté par l’IRD, visant àdévelopper la cryoconservation sur différentes espèces végétales.En terme d’infrastructures, nous avons monté un dossier de financement pour augmenter notrecapacité de conservation in vitro, améliorer les performances techniques de notre infrastructure etcontrôler l’accès aux zones de conservation.En vue de réceptionner du matériel végétal conformément à la réglementation phytosanitaire envigueur, nous avons prévu de disposer d’une serre de confinement de niveau 2.Un système de gestion par codes-barres a été mis en place pour améliorer la traçabilité desopérations effectuées sur les ressources phytogénétiques. Caractérisation morpho agronomiqueNotre objectif est de disposer d’un descripteur morpho-agronomique associé à la forme conservéeau champ. A ce jour, nous avons pu réaliser ce travail sur 200 accessions. Nous avons obtenu unfinancement du GCDT 6 pour la régénération de la collection de D. trifida et sa description. Indexage, assainissementNous avons indexé la collection pour la présence des cinq virus de l’igname suivant la liste de laFAO. Sur 200 accessions indexées, la totalité présente au moins un des virus. Une centained’accessions a subi un cycle d’assainissement (thermothérapie de vitroplants suivie d’une culturede méristèmes. Certaines accessions sont au stade de confirmation de l’assainissement sur plante invivo. Participation à des actions de recherche-développementNous avons conduit avec un écologiste de l’Universté Antilles-Guyane une action de rechercheintitulée ‘Collecte, caractérisation, valorisation des espèces d’ignames sauvages indigènes desforêts des Antilles Françaises’ (ACT5, AFF6).En réponse à une demande de la profession agricole, nous avons caractérisé la diversité génétiquedes variétés de D. rotundata cultivées en Guadeloupe. Coopération et partenariatLa FAO fédère la conservation des ressources phytogénétiques, au travers d’incitations financièresauprès de réseaux constitués. La Guadeloupe fait partie du réseau CAPGERNET, dédié à laCaraïbe. Ce réseau nous a confié l’organisation de la conservation et des échanges des ignamespour la région. Pour ce faire, nous avons participé à des meetings sur les réseaux de ressourcesgénétiques (AFF7, AFF8, AFF9) et obtenu un financement du GCDT pour les 3 années à venir.Nous avons eu, lors de leurs séjours en Guadeloupe, des échanges avec les responsables du CentralTuber Crops Research Institute de l’Inde. Ce centre dispose de ressources génétiques notamment deD. alata et atteste de l’existence en Inde d’autres espèces d’igname comestibles sous-utilisées maisconsommées par des populations autochtones. Nous avons posé le principe d’un partenariat sur lesystème d’information. L’Inde souhaite une mise à disposition de notre structure de base dedonnées, et nous pourrions ainsi utiliser leur base renseignée, pour déterminer quelles accessionsseraient susceptibles d’être incluses dans le CRB.6 Global Crop Diversity TrustINRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 46 sur 79

Rapport scientifique – RésultatsInnovation-transfertC. Pavis (CR), M. Chave (IE URAPC), D. Lafortune (IE) & G. Ano (CR)Financé par PR21Jusque dans les années 2000, l’unité avait une identité assez marquée dans le domaine de lacréation variétale d’espèces horticoles au sens large. De nombreux programmes de sélection étaientconduits, et avaient abouti à la création de matériel adapté au contexte pédoclimatique etpathologique des tropiques humides. Puis, l’INRA a recadré ses objectifs de création variétale surun nombre restreint d’espèces et sur des équipes solidement constituées. Nous avons donc dû revoirnos objectifs sur des cibles mieux identifiées, et en tenant compte des départs successifs dessélectionneurs de l’unité.Les principaux travaux ont été les suivants :Sur la tomate, des lignées associant les résistances au flétrissement bactérien et aux géminivirusont été sélectionnées (ART1, ART2, ART3). Nous avons construit une dizaine d’hybrides, qui ont enpartie été évalués de façon multi-locale en Guadeloupe et Martinique, en partenariat avec lesChambres d’Agriculture. Certains hybrides offrent un compromis intéressant, mais aucun neprésente de résistance totale aux deux maladies. Au terme des évaluations (fin 2010), le matérielsera proposé à Agri-Obtentions, puis le programme clos.Sur le poivron, nous avons poursuivi les travaux dans le cadre du réseau LIRA, visant à lasélection de poivrons multirésistants et adaptés aux conditions de culture en zone intertropicale. Leréseau comprend l’INRA (Unités GAFL-Avignon et URPV-Guadeloupe) et des partenairesinstitutionnels à Cuba, au Soudan, au Cameroun ou privé (Sénégal). Le programme de sélection estbasé sur une population de plantes hétérozygotes commune à l’ensemble des partenaires. Cettepopulation est sélectionnée pour les résistances et pour leurs performances agronomiques dansl’ensemble des pays du réseau. A partir de cette population commune, chaque partenaire, tout enpoursuivant le processus de sélection récurrente (cycle 12), sélectionne des lignées homozygotesadaptées à ses propres conditions de culture et de marché. Ces lignées peuvent ensuite êtreproposées pour une commercialisation, soit utilisées comme parents d’hybrides. Nous disposons àl’heure actuelle de plusieurs lignées de poivrons, qui sont adaptées à la culture de plein champ enGuadeloupe du fait de leurs caractéristiques agronomiques, et d’un certain niveau de résistance auxprincipales maladies de différentes zones de culture (virus CMV et potyvirus, flétrissementbactérien) (ACL 10, ART8). Il nous reste à confirmer que le matériel est effectivement bien fixé avantd’envisager son transfert. Nous proposons d’expérimenter la sélection en Martinique et en Guyaneou des contacts de partenariat ont été pris, notamment dans le cadre du plan Ecophyto-DOM.Sur les plantes ornementales, l’activité scientifique ne s’est pas poursuivie, mais une démarche devalorisation des résultats a été engagée en partenariat avec les professionnels tant en Guadeloupequ’en Martinique, avec l’appui de l’ingénieur transfert recruté en Martinique par l’INRA. Nousavions sur la période précédente créé un portefeuille d’une trentaine d’hybrides d’Alpiniapurpurata, à coloris légèrement diversifiés, avec des feuillages panachés et des types florauxdifférents des 3 variétés cultivées aux Antilles. Cette collection a été conservée au champ, et desvisites organisées pour les groupements de producteurs. Elargir la gamme variétale est l’enjeumajeur auquel doivent faire face les professionnels de la filière Fleurs pour rester compétitifs sur lemarché international. Par ailleurs, le développement de cette filière, soutenu par le Conseil Généralde la Martinique, est une des alternatives qui pourrait contribuer à la reconversion des sols les pluspollués par la chlordécone. En Martinique, un projet de transfert a été co-construit avec lesdifférentes parties prenantes (INRA (URPV et UMR QUALITROP), professionnels, ConseilINRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 47 sur 79

Rapport scientifique – Résultats - InnovationGénéral (station expérimentale et représentants administratifs), CIRAD) et va être soumis auxinstances politiques afin de formaliser et de faire financer les actionsSur Anthurium andreanum, l’unité avait identifié une variété résistante à la bactérie Xanthomonasaxonopodis pv. dieffenbachiae, qui limite fortement la production de cette espèce. Une populationhybride avait été construite, la descendance a montré des niveaux de résistance similaires au parent.Nous n’avions pas réussi à multiplier ce matériel in vitro, et n’avions donc pas mené à termel’analyse des résistances. En 2003, nous avons envoyé les parents et certains hybrides à Agri-Obtentions, qui a confié à son laboratoire UP-vitro de Dijon le soin de mettre au point la culture invitro. Ce qui fut fait en 2005. Les hybrides ont fleuri, et nous les avons présentés aux producteurs.Ceux-ci sont intéressés par deux d’entre aux, à coloris pâles, qui présentent de très bons débouchéscommerciaux. Il nous faut maintenant monter un projet de transfert, qui nécessitera de rapatrier lematériel en Guadeloupe et en Martinique, car la structure chargée de sa conservation (associationémanant de la Chambre d’Agriculture) a perdu les hybrides. Là encore, l’appui de l’ingénieurtransfert nous permettra de monter et suivre le projet de façon à optimiser l’adoption del’innovation par les utilisateurs.Enfin, nous avons poursuivi des travaux de sélection classique sur les ignames Dioscorea alata,pour apporter des réponses à court terme face au problème majeur qu’est l’anthracnose. Ceci estcomplémentaire aux approches de cartographie génétique des résistances que nous avons menées,mais qui ne pourront déboucher qu’à moyen terme sur des applications. Un programmeexploratoire de sélection variétale a permis de créer des hybrides, à la fois sur l’espèce D. alata etsur l’espèce D. cayenensis (ART4, ART7). Nous avons donc mené plusieurs campagnes d’évaluationde ces obtentions variétales dans différents terroirs de Guadeloupe et Martinique, en partenariatavec le groupement de producteurs et les Chambres d’Agriculture. Boutou, un des hybrides,hautement résistant à l’anthracnose et très productif, a été adopté dans les deux régions, malgré unequalité jugée moyenne par les consommateurs. En plus de la réaction face à l’anthracnose, lavigueur, la précocité, le rendement, la forme et le nombre des tubercules, nous prenons désormaisen compte les critères de couleur, de texture et de goût. A ce stade, nous prévoyons un déploiementprogressif des hybrides, en fonction de leur adaptation aux différents terroirs.Sur la démarche du transfert des résultats de la recherche auprès des utilisateurs, nous noussommes investis au niveau du Centre, en participant au comité d’orientation de la valorisationéconomique. Nous animons un groupe de travail axé sur l’offre et la demande de transfert. Plusspécifiquement, nous travaillons à la mise en place d’un outil informatique générique, visant àcapitaliser les informations sur notre offre de produits potentiellement ‘livrables’, et à les porter àconnaissance des partenaires de Guadeloupe, Martinique et Guyane. Cet outil a vocation à êtremutualisé avec le CIRAD.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 48 sur 79

Rapport scientifique – RésultatsExpertise phytosanitaireJ. Etienne (IE), C. Urbino (CIRAD), A. Toribio (CR), G. Jacqua (IE)Au plan localJusqu’en 2004, nous avons assuré ces missions de diagnostic et veille phytosanitaire (entomologie,pathologie végétale), dans le cadre du Laboratoire d’intérêt scientifique et phytosanitaire du SPV,installé dans nos locaux. Bien que les ingénieurs et techniciens INRA aient pris à l’époque encharge la plus grande partie de cette activité, nous disposions malgré tout d’un appui du SPV(matériel, personnel technique, fonctionnement). Depuis 2004, ce laboratoire a fermé, le SPVn’assurant plus que ses missions régaliennes, principalement l’indexation des vitroplants debananiers à l’importation. Nous continuons dans la mesure de nos disponibilités à répondre auxdemandes des agriculteurs, pour l’identification de maladies et ravageurs et le conseil. Cetteactivité d’expertise nous a dans certains cas conduits à une production scientifique importante,notamment dans le domaine de l’entomologie (ACL38 à ACL58). A moyen terme, nous n’assumeronsplus cette mission, du fait du départ en retraite des personnes compétentes. Malgré notreparticipation aux animations avec le SPV pour tenter de monter un nouveau laboratoire, l’Etat s’estclairement désengagé de cette mission d’appui au développement et ne soutiendra pas cetteinitiative.Par ailleurs, nous avons contribué à la formation des professionnels aux maladies, via des fichestechniques (INRA/URPV et al., 2005a à h), un manuel du planteur d’ignames et des rencontrespériodiques d’enseignement sur le terrain ou en salle. Nous avons également joué un rôled’information des politiques et du public, lors de visites sur le terrain et de la tenue de stands dansdifférentes manifestations agricoles. Notre expertise a été requise lors de visites de pépinières dansle cadre de schémas de productions de plants sains.Enfin, nous avons participé une l’expertise collective sur l’agriculture biologique tropicale (EXP1 àEXP5).Région CaraïbeLa recherche d’une meilleure couverture alimentaire dans les pays de l’OECS (Organization ofEast Caribbean States) est l’un des domaines prioritaires où l’ambassade de France porte ses effortsde coopération agricole avec ces pays. Ainsi, l’INRA a été sollicité pour l’identification descontraintes techniques à la production de plantes à tubercules. L’unité a ainsi contribué à ce travailet a proposé des solutions aux difficultés logistiques auxquelles les phytopathologistes sontconfrontés. Des possibilités de coopération ont été mises en évidence, notamment dans le domainedes échanges de matériel végétal, ou celui de la formation de techniciens.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 49 sur 79

Rapport scientifique - RésultatsOrganisation et fonctionnement de l’unitéL’unité compte 44 agents permanents (moyenne sur la période 2002-2008). Elle est organisée enéquipes disciplinaires (physiologie, génétique-épidémiologie, pathologie végétale, nématologie,ressources biologiques), en ateliers transversaux (serres, chambres climatiques, biologiemoléculaire) et en équipes d’appui à la recherche (direction, secrétariat, documentation). Le détailde ces équipes est présenté sur l’organigramme ci-contre.Animations scientifiques et organisationnellesElles sont traitées à différents niveaux :Le conseil scientifique de l’unité, qui n’est pas formalisé. Il fonctionne selon les besoins, au grédes missions des chefs de départements, de leurs adjoints, d’experts INRA ou extérieurs. Il a unrôle d’orientation scientifique, en conformité avec les schémas stratégiques de département et avecle schéma de centre. Ces moments d’échange sont le plus souvent très fructueux. Ils nous ontpermis de structurer nos projets fédérateurs, et d’apporter un appui pour la programmation et lesuivi de certaines actions pluridisciplinaires.Le collège des directeurs d’unité du centre qui se réunit une à deux fois par mois sous l’égide de laprésidence de centre. Il permet de définir et organiser certaines activités transversales oupartenariales. Il permet également de débattre sur l’utilisation d’outils et moyens communs, ou demettre en place des organisations collectives.Le collège des chercheurs, une instance de réflexion collective de l’unité. Il se réunit environ tousles deux mois. Il traite les dossiers en cours. Il débat des évolutions d’activités et des orientationsscientifiques nouvelles, et des questions d’organisation et de gestions des moyens. Il est un lieud’échange d’information sur la vie du centre, et sur les problèmes rencontrés dans les équipes.L’animation scientifique de fond n’est pas circonscrite au collège de chercheurs ; selon les besoinset les opportunités (accueils d’étudiants, de postdoctorants ou de missionnaires, démarrage denouvelles actions de recherche…), des exposés sont organisés soit en interne à l’unité, soit dans lecadre d’une animation commune URAPC-URPV. Le rythme de ces exposés est assez soutenu (enmoyenne 2 exposés mensuels), avec pour le moment une plus forte proportion d’exposés del’URAPC.Les responsables de programmes qui sont chargés de la programmation scientifique et de lagestion des moyens humains et financiers affectés. A ce titre, ils organisent le travail et relayent lesinformations. Ils sont également responsables de la conduite des entretiens d’évaluation des agentsde leur équipe. A ce titre, ils doivent évaluer les besoins de formation, et étudier leur faisabilité enconcertation avec la direction et le service formation. On constate une hétérogénéité dans lespratiques des responsables de programmes, qui n’attachent pas tous la même importance à lagestion des ressources humaines.Différents ateliers communs, à la disposition des équipes : installations expérimentales (serres etchambres climatiques), biologie moléculaire, culture in vitro, collections. Leurs responsables sontchargés de définir les besoins d’équipement et les modes de fonctionnement avec les utilisateurs, etdoivent veiller à une bonne maintenance des infrastructures. Ils gèrent les moyens financiersalloués. Ces ateliers sont sous la responsabilité de la directrice, qui peut arbitrer en cas dedésaccords entre les différents acteurs.Par ailleurs, l’unité est utilisatrice de l’unité expérimentale végétale de Duclos-Godet. Le niveaude partenariat avec cette unité est variable selon les activités : il va de la simple prestation deservice (mise à disposition de parcelles expérimentales) à une collaboration sur certaines missions(notamment conservation et caractérisation au champ des ressources biologiques).INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 50 sur 79

Unité de Recherche en Productions VégétalesOrganigramme mai 2008Centre Antilles GuyaneDirection : C. Pavis (CR) Secrétariat : M. Cyrille (TR), M. Girard (TR)UR 979 GAP SPEDoc-com : R. Accipé (TR), N. Edinval (AT), Rousseau M. (TR) AQR & métrologie : 0.1 P. Bade (TR) & 0.1 D. Denon (TR)Programmes de rechercheInteractions ignames /bioagresseurs / milieuEpidémiologie S. Guyader (CR), G. Jacqua (IE),M. Salles (AT), M. Pallud (AT), F. Poliphème (AT)Génétique D. Pétro (IE), Kouassi A. (Postdoc),S. Etienne (TR), P. Renac (AT), J. Gélabale (AT)Pathologie A. Toribio (CR), F. Papier (AT), 0.5 J. Pauvert (CDI)Physiologie V. Vaillant (IE), 0.8 P. Bade (TR)Ecologie desnématodesentomopathogènesNématologieH. Mauléon (IR)S. Briand (TR)0.9 D. Denon (TRProgrammes d’innovationDes variétés et despratiquesC. Pavis (CR)D. Lafortune (IE)P. Marival (TR)H. Poitout (TR)Conservation, caractérisation, valorisation des ressourcesHerbierCollections entomologiquesCRB ignames0.1 E . Francius (AT)Ressources biologiques0.2 G. Chovet (CM*), D. Marival (TR)F. Gamiette (IE)0.2 A. Huc (CM*),D. Lange (AT), R.-M. Gomez (AT), 0.7 S. Rubens (TR), 0.9 E. Francius (AT)* CM : chargé de missionAteliers communsInstallations expérimentalesA. Venthou (IE), N. Robin (AT)Biologie moléculaireE. Bandou (TR)Culture in vitro0.1 P. Bade (TR), 0.3 S. Rubens (TR)INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 51 sur 79

Le conseil de service permet de prendre des avis auprès de l’ensemble du personnel sur toutequestion d’organisation, de gestion des ressources humaines, et d’informer sur la vie de l’unité etdu centre de recherche, et sur les relations avec les départements de recherche et les partenaires. Leconseil a été redynamisé, avec des fréquences d’environ 3 à 4 réunions annuelles. Il asignificativement contribué à la cohésion de l’unité.Le service d’appui à la recherche (direction, secrétariat et documentation) est sous laresponsabilité de la directrice. Les secteurs de gestion budgétaire et du personnel ont beaucoupévolué depuis quelques années, suite au développement d’outils nationaux. Malgré uninvestissement en temps important et éprouvant pour les gestionnaires, le bilan est largementpositif. La mise en place de ces outils a été l’occasion d’un partage d’expériences entre lesgestionnaires du centre. Le résultat en est la mise en commun de pratiques, et au final uneamélioration de l’efficacité, bien qu’on soit passé de 4 gestionnaires à 2 dans l’unité.La direction apporte un appui aux responsables d’équipes pour la réponse aux appels à projets,notamment en coordonnant la rédaction des projets pluridisciplinaires, voire pluri-unités. Elleassure l’interface avec les services administratifs centraux pour les montages financiers, leconventionnement et les justifications. La gestionnaire est également un acteur important sur lesuivi de contrats, mais la lourdeur des procédures fait qu’elle ne peut pas s’y conformer de façonautonome.Sur le plan de l’information scientifique et technique, nous avons adhéré au principe d’unfonctionnement en réseau sur le centre (ERIST), et avons ainsi participé à des actions collectivestelles que le catalogage, la réalisation de dossiers thématiques, la mise en place de bases de donnéesdocumentaires. Force est de constater qu’après 4 ans de fonctionnement, le bilan n’est passatisfaisant. En attendant que les missions et activités de la responsable ERIST soient plusclairement définies au niveau centre, nous avons recentré nos activités documentaires presqueuniquement sur nos besoins propres.Gestion des compétences50403020TotalChercheurs1002002 2003 2004 2005 2006 2007 2008Evolution du nombre d’agents permanents dans l’unité.Le niveau privilégié pour évaluer les besoins en compétences est l’équipe ou programme derecherche. Chaque responsable est tenu d’avoir un dialogue formel (entretiens d’évaluation) etinformel avec les agents de son équipe, pour être en mesure de faire un bilan de l’adéquation desobjectifs de l’équipe, et de ses compétences. L’ensemble de ces informations remonterégulièrement au niveau de la direction, qui établit et met à jour un tableau de gestionprévisionnelle des emplois et compétences, en fonction des différentes composantes du projetd’unité. Pour chaque besoin ou problème identifié, plusieurs leviers sont possibles : formation,recrutement de CDD sur contrat, concours interne, partenariat, mobilité thématique, transmissionde compétences, mutualisation, voire même recrutement INRA.Cette démarche permet de traiter globalement les ressources humaines, en tenant compte desbesoins, mais aussi des problèmes relationnels et des pertes de compétences attendues. Elleprésente l’avantage d’élargir la vision des ressources humaines à l’ensemble du centre, dans le casde besoins communs à plusieurs unités. A titre d’exemple, le tableau 2007 est présenté en annexe.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 52 sur 79

Rapport scientifique – OrganisationGestion des ressources financièresNos ressources proviennent à parts sensiblement égales de la subvention d’état de l’INRA et deressources contractuelles (figure ci-dessous).300 000Somme de Montant200 000Année20072006100 0000Dotation debaseFSEDotationspécifiqueMinistère Autre CollectivitéSourceSomme de Montant300 000200 000Année20072006100 0000CommunIgnamesCRBInnovationNématologieConservation collectionsEquipement lourdEquipe/thèmeMontants annuels (en €) alloués pour la période, selon l’origine des financements et répartition par équipes.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 53 sur 79

Notre mode de gestion est relativement souple selon la situation budgétaire. En général, lasubvention d’état permet de couvrir les frais fixes de l’unité, les dépenses du collectif et certainesdépenses des équipes ne bénéficiant pas de contrat certaines années. Dans ce cas, la quasi-totalitédes contrats est ventilée chez l’équipe bénéficiaire. Une réserve est conservée en cas d’imprévu,puis répartie en fin d’année si elle n’a pas été utilisée.Nos contrats sont établis principalement avec l’Europe (fonds structurels et PCRD), les Ministères(Outre-Mer, Recherche), la Région Guadeloupe. D’autres bailleurs sont plus occasionnels(ODEADOM, Chambre d’Agriculture, groupements de producteurs). Ces fonds nous ont permis definancer différents types d’opérations (projets de recherche, actions de recherche-développement etde transfert, constructions, aménagements, rénovations des infrastructures (n’apparaît pas dans lebilan financier car géré par l’unité des services d’appui à la recherche), équipements scientifiques,mise en place du système d’information et de la démarche qualité des CRB.Qualité, sécurité, environnementBilan des accidents et incidents, mesures prisesEntre 2002 et 2008, 11 accidents de travail sont survenus dans l’unité, et ont concerné 6 agents. Ils’agissait de petits traumatismes et de douleurs consécutives ou non au travail. Sans gravité, cesincidents ont entraîné 3 arrêts de travail, d’un total de 23 jours. Les seules mesures prises ont été derappeler aux agents de ne pas soulever de charges seuls, et de prendre des précautions élémentaireslorsqu’ils utilisent des instruments, ou lorsqu’ils manipulent des liquides chauds.En 2005, deux départs de feu ont eu lieu. L’un s’est déclaré au niveau d’un onduleur suite à uncourt-circuit. L’incident s’est passé pendant le week-end, et le matériel s’est consumé sansflammes. L’onduleur se trouvait dans une salle d’archives non climatisée, et le feu aurait pu sepropager dans les cartons. Suite à cela, nous avons installé le nouvel onduleur dans un local dédié àce seul matériel, et climatisé. Le second départ de feu a concerné un climatiseur, toujours à caused’un court-circuit. L’incident s’est produit pendant la journée, dans un laboratoire, et le personnel abien réagi en utilisant de façon appropriée l’extincteur, et en appelant immédiatement les servicestechniques pour qu’ils démontent l’appareil.Sur la question de la prévention des risques incendie, il subsiste un problème d’organisation sur lecentre, les comptes-rendus de contrôle des extincteurs ne nous étant pas toujours transmis. Un pland’évacuation a été établi, et un premier exercice d’évacuation a été réalisé en présence du déléguéprévention centre. Il nous a permis de pointer un certain nombre de problèmes, qui sont en cours derésolution.Risques spécifiquesProduits chimiquesNous utilisons couramment le bromure d’ethidium en biologie moléculaire. Des modes opératoireset procédures strictes encadrent l’utilisation de ce produit dangereux. Des solvants sont utilsés pourl’extraction d’ADN, notamment du mercaptoéthanol, un mélange chloroforme/alcool isoamylique,du dichlorométhane, et plus rarement du phénol. Actuellement, des procédures sont suivies pourmanipuler ces solvants sous une sorbonne, le manipulateur étant équipé d’un masque à cartouchefiltrante. Nous étudions la possibilité d’acquérir une hotte chimique.D’une manière générale, le problème de l’élimination des déchets chimiques est complexe, car iln’existe pas de filière simple en Guadeloupe. De ce fait, les produits ont tendance à s’accumuleravant que des prestataires ne les prennent en charge. Un gros travail de tri en vue d’élimination aété fait, et le retard est en train d’être comblé. Certains produits (acide picrique par exemple) nesont pris en charge par aucun prestataire local. Il est nécessaire que nous investissions dans un localnormalisé dédié au stockage des produits chimiques.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 54 sur 79

Rapport scientifique – OrganisationClimatDans les champs, les agents sont soumis à des conditions de travail éprouvantes, les températuresétant souvent très élevées. Il n’y a pas réellement de mesures à apporter, si ce n’est de conseiller leport de vêtements et l’hydratation régulière. Sous les serres, les agents sont soumis à destempératures allant jusqu’à 40°C. Les équipes organisent leur temps de travail en fonction de cettecontrainte.PathologiesLeptospirose : du fait de la présence de rats, les agents travaillant dans les champs ou en serre sontsusceptibles de contracter cette maladie. Certaines formes peuvent être mortelles, un chercheur del’unité est décédé de la leptospirose en 1995, sans qu’il ait pu être établi s’il avait été infecté sur leslieux de son travail ou chez lui. Un vaccin est disponible et proposé aux agents, mais il n’immuniseque contre certaines souches. Les agents sont sensibilisés à ce risque, et évitent dans la mesure dupossible le contact de la peau avec la terre. Des campagnes de dératisations ont lieu deux fois paran sur l’ensemble du centre.Déjections de chauve-souris : des colonies de ces animaux sont installées sous le toit et dans le fauxplafond. Cela entraîne des nuisances du fait des odeurs, et pour certaines personnes allergiques desproblèmes pulmonaires. Un traitement répulsif est envisagé, suivi d’un rebouchage immédiat destrous d’accès.Risques naturelsLe risque cyclonique est fort dans notre région, une procédure d’alerte est en place au niveau ducentre et des unités. Du fait de la culture du cyclone aux Antilles, le personnel est sensibilisé etrespecte bien les consignes de sécurité.Le risque sismique est plus délicat à gérer, car il n’y a pas de prémisses ni d’alertes. Les agents sontrégulièrement sensibilisés à la conduite à tenir en cas de secousse, mais l’expérience montre qu’ilest très difficile de s’y conformer. Pour limiter au maximum le risque, tous les meubles de typeétagères sont fixés, et les objets lourds ne sont pas entreposés en hauteur.AutoclavesLes utilisateurs sont nombreux et l’utilisation fréquente. Seuls les agents ayant été formés ethabilités sont en droit d’utiliser les autoclaves. Une procédure a été portée à la connaissance dechacun et la liste des agents autorisés est affichée.Produits phytosanitairesNous les utilisons fréquemment au champ ou sous les serres, et les manipulateurs dédaignaientsouvent les protections, à cause de la chaleur. Différentes sessions de formation ont eu lieu, poursensibiliser les agents. Nous avons en perspective proche la construction d’un local adapté austockage et à la manipulation des produits phytosanitaires.Issues de secoursElles font défaut dans certaines zones, notamment dans les chambres de culture, et les agents setrouvent parfois isolés dans les salles de culture sans regard sur l’extérieur. Dans le cadre d’unprojet de réaménagement des locaux en 2010, nous prévoyons de prendre en compte cet aspect.Formation des personnelsLes agents sont sensibilisés aux risques de différentes manières : formations spécifiques (utilisationde produits phytosanitaires, habilitation autoclaves…), compagnonnage par les responsablesd’équipes, rappels formels lors des assemblées générales et conseils de service, affichagesystématique des consignes, modes opératoires ou procédures. Tout nouvel arrivant (stagiaire,nouvelle recrue, partenaire accueilli) fait la visite de l’unité, et les principaux risques lui sontexposés. Un livret d’accueil pointant les risques lui est remis, qu’il doit lire et signer avant deprendre ses fonctions.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 55 sur 79

Fonctionnement des structures QSEUn groupe Qualité unité est mis en place, dont la mission est le suivi du plan d’action qualité, et lasensibilisation des agents. Plus récemment, un groupe similaire axé sur la Prévention a étéconstitué, également pour assurer la définition et le suivi d’un plan d’action, Du fait de l’intricationdes approches qualité et prévention, ces deux groupes ont maintenant fusionné en un groupe QSE,animé par la directrice. Le dynamisme des techniciennes du groupe a permis des avancées notables.On note toutefois un manque récurrent d’intérêt des scientifiques pour ces approches.Différents secteurs de l’unité sont en démarche qualité (recherche, gestion budgétaire, atelierstechniques). La démarche est basée à la fois sur le référentiel qualité de l’INRA, ainsi que sur unréférentiel international (ISO 9001) pour les processus de conservation et diffusion de ressourcesbiologiques. Le choix de ce référentiel a été motivé par des exigences de partenaires extérieurs(OCDE). L’audit d’accréditation est prévu en 2010.Un audit qualité a été organisé en 2007 sur 3 points : i) Management de la qualité et engagement dela direction, ii) Management des ressources humaines et des équipements (balances), iii) Gestiondocumentaire. Les conclusions de l’audit nous ont aidé à recentrer nos actions.Concernant la prévention, nous sommes tenus de constituer un document unique deprogrammation. Nous avons utilisé l’OPPI 7 , mis en place par l’INRA. Nous avons listé lesdifférents processus réalisés dans les équipes, et effectué le repérage des dangers des activités quinous paraissaient les plus risquées a priori. Des actions correctives ont pu être mises en place suiteà ce repérage. Actuellement, seulement 20% des activités sont décrites.La méthode INRA nous paraissant trop peu opérationnelle, nous avons réalisé des visites deslocaux, avec pour objectif un repérage des dangers en concertation avec les opérateurs. Ceci nous apermis de mettre en place une base de données des risques pièce par pièce, qui permet le suivi desactions correctives.Enfin, nous avons démarré des actions visant à économiser nos ressources, et à respecterl’environnement. Ainsi, une procédure de gestion des déchets banals a été élaborée et estappliquée. Ceci nous permet de limiter significativement la consommation de papier. Pour lesdéchets présentant des risques biologiques ou chimiques, nous avons mis en place les procéduresd’élimination, conformément à la réglementation. Enfin, pour le montage des dossiers definancement, nous prenons un soin particulier à respecter les critères d’éco-conditionnalité.7 Outil de Pilotage de la PréventionINRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 56 sur 79

Rapport scientifiqueAuto-évaluationL’unité a souffert et souffre encore d’un déficit d’encadrement, le nombre de scientifiques ayantchuté de 60% depuis la dernière évaluation. Nous sommes passés de 2 DR, 5 CR, 3 IR à seulement3 CR et un IR à ce jour. Les causes de cette érosion scientifique ont été exposées dans l’historiquede l’unité et s’expliquent par un arrêt des recrutements de jeunes chercheurs, décidé par lahiérarchie. Les arguments mis en avant étaient notre manque de compétitivité, et le risque pour cesjeunes chercheurs de se trouver dans des conditions défavorables à leur carrière scientifique.Dans ce contexte, et bien que nous ayons tenté de pallier notre relative faiblesse scientifique pardes partenariats et l’accueil de post-doctorants, notre production scientifique primaire a été assezfaible sur la période. Cette production est hétérogène selon les thématiques, mais a été en moyennede 1.2 publications par chercheur et par an (elle tombe à 0.7 si on fait abstraction des publicationsen entomologie, très nombreuses et reposant uniquement sur un ingénieur). En corollaire, nousn’avons pas eu la capacité d’accueillir de doctorants, à une exception près. Cette situation nous aégalement conduit à répondre peu souvent à des appels à projets d’envergure, tels que le PCRD oul’ANR. Enfin, notre participation à l’enseignement supérieur a été limitée, toujours pour ces mêmesraisons. Le diagnostic pourrait être affiné selon les équipes, certaines ayant davantage que d’autrespu impulser une dynamique scientifique porteuse. Mais nous préférons en rester à une analysecollective.En revanche, nous avons pu nous appuyer sur les spécificités du contexte des DOM, notammentpour développer le partenariat avec les acteurs du développement agricole (groupements deproducteurs, Chambres d’Agriculture). De cette manière, nous avons pu co-construire des projetsde recherche ou recherche-développement en Guadeloupe, Martinique et Guyane. Cettereconnaissance par les acteurs nous a facilité l’accès aux crédits du fonds structurel européen, dédiéaux régions en retard de développement, et donne une bonne image de l’INRA Antilles-Guyane.Nous avons ainsi pu financer assez facilement la modernisation de nos infrastructures et lefonctionnement de nos projets. Par ce dialogue, nous avons pu faire reconnaître à la RégionGuadeloupe l’importance des enjeux liés aux CRB, ce qui se traduit aussi par l’allocation deressources financières que nous n’aurions pas trouvées ailleurs. Notre mission de formation par larecherche a été en partie assumée, avec un taux d’accueil de stagiaires d’environ 7 par an (2 par anpour le niveau Master ou Ingénieur).L’animation scientifique avec l’unité Agropédoclimatique a été intense et fructueuse. Entre 2003 et2004, nous avons organisé des échanges destinés à améliorer la connaissance mutuelle des deuxunités, et à sensibiliser l’ensemble des chercheurs aux concepts de l’agronomie systémique. Cepréalable nous a permis par la suite d’élaborer un projet fédérateur fin 2005, qui, s’il n’est pastotalement mis en place aujourd’hui, s’est traduit par le recrutement d’un chargé de recherches etpar le rapprochement effectif de 3 chercheurs des deux unités, sur un des thèmes du projet. Cette‘nouvelle équipe’ a ainsi déposé deux demandes de financement couronnées de succès (RégionGuadeloupe, ANR). Cependant, nous n’avons pas pour le moment trouvé la bonne formule pourl’animation transversale du projet fédérateur.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 57 sur 79

Rapport scientifique – AutoévaluationPar ailleurs, en terme d’animation interne à l’unité, on observe encore parfois une frilosité decertains à partager leurs résultats, voire à participer au collectif. Les causes sont probablement àrechercher dans certaines incompatibilités d’humeur, qui auraient plutôt tendance à s’atténuer avecle temps.Le bilan est largement positif sur la structuration du partenariat avec le CIRAD, tant sur le planlocal qu’avec Montpellier. La démarche de mise en place d’un CRB Plantes tropicales aux Antillesfrançaises a permis de fédérer 6 gestionnaires de collections en Guadeloupe et Martinique sur desactions mutualisées, grâce à notre action en tant qu’animateur de ce projet INRA-CIRAD. Nousavons également travaillé ensemble pour développer des marqueurs moléculaires (UMR DAP etUPR 75 Montpellier), et des méthodes de diagnostic viral et d’assainissement (UMR BGPIMontpellier). Sur le thème de la lutte biologique à l’aide de nématodes entomopathogènes, nousavons travaillé en interaction forte avec le CIRAD en Martinique (sur les bananiers) et enGuadeloupe (sur les agrumes) ; il en est ressorti des productions communes : un contrat derecherche, une licence de savoir-faire et des publications. Le développement de ce partenariat a étérendu possible non pas par la convention-cadre que nous avons eu beaucoup de mal à finaliser etqui n’a eu aucune retombée concrète, mais grâce à un dialogue régulier et en confiance avec lesresponsables de l’UPR la plus concernée. Il faut toutefois noter que la démarche CRB s’essouffle,le CIRAD n’ayant pas mis suffisamment de moyens humains pour l’animation du projet.Enfin, nous dressons un bilan plutôt positif sur les aspects organisationnels de l’unité. Le conseil deservice a été relancé, et joue désormais effectivement un rôle de conseil, et plus simplement dechambre d’enregistrement. Les représentants du personnel jouent leur rôle, et alertentrégulièrement la direction sur des points sensibles. Les entretiens d’évaluation constituent un outilprécieux pour l’organisation, car ils permettent de faire évoluer les missions des agentsconformément aux besoins de l’unité, et aux compétences et aspirations des uns et des autres. Uneffort devrait être fait sur la conduite des entretiens par certains responsables, afin qu’ilscontribuent davantage à l’amélioration de l’organisation.En conclusion, le contexte et l’état d’esprit des chercheurs et des autres catégories de personnel anettement évolué entre 2002 et 2008. Partis d’une situation où nous étions tous relativementdémoralisés par le manque de confiance de notre hiérarchie, nous avons progressivement mis enplace des projets et des modes d’organisation structurants. Le rapprochement avec l’unité APC,mais également l’appui et l’écoute de nos départements, nous ont mis en situation d’envisagerl’avenir plus sereinement.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 58 sur 79

ProductionB- ProductionProduction de connaissances génériques et insertion scientifiqueArticles à comité de lectureDiversité et adaptation MaïsACL1 Eticha, D., The, C., Welcker, C., Narro, L., Stass, A. & Horst, W. J. (2005) Aluminium-inducedcallose formation in root apices: inheritance and selection trait for adaptation of tropical maize to acidsoils. Field Crops Research, 93, 252-263.ACL2 Gouesnard, B., Rebourg, C., Welcker, C. & Charcosset, A. (2002) Analysis of photoperiod sensitivitywithin a collection of tropical maize populations. Genetic Resources and Crop Evolution, 49, 471-481.ACL3 Rebourg, C., Chastanet, M., Gouesnard, B., Welcker, C., Dubreuil, P. & Charcosset, A. (2003) Maizeintroduction into Europe: the history reviewed in the light of molecular data. Theoretical and AppliedGenetics, 106, 895-903.ACL4 Sierra, J., Noël, C., Dufour, L., Ozier-Lafontaine, H., Welcker, C. & Desfontaines, L. (2003) Mineralnutrition and growth of tropical maize as affected by soil acidity. Plant and Soil, 252, 215-226.ACL5 Sierra, J., Ozier-Lafontaine, H., Dufour, L., Meunier, A., Bonhomme, R. & Welcker, C. (2006)Nutrient and assimilate partitioning in two tropical maize cultivars in relation to their tolerance to soilacidity. Field Crops Research, 95, 234-249.ACL6 Welcker, C., The, C., Andréau, B., De Leon, C., Parentoni, S. N., Bernal, J., Félicité, J., Zonkeng, C.,Salazar, F., Narro, L., Charcosset, A. & Horst, W. J. (2005) Heterosis and combining ability for maizeadaptation to tropical acid soils: Implications for future breeding strategies. Crop Science Society ofAmerica, 45, 2405-2413.Interactions Bioagresseurs-Plantes maraîchèresACL7 Boissot, N., Lafortune, D., Pavis, C. & Sauvion, N. (2003) Field resistance to Bemisia tabaci inCucumis melo. HortScience, 38, 77-80.ACL8 Boissot, N., Urbino, C., Dintinger, J. & Pavis, C. (2008) Vector and graft inoculations of Potatoyellow mosaic virus reveal recessive resistance in Solanum pimpinellifolium. Annals of AppliedBiology, 152, 263-269.ACL9 Holt, J., Pavis, C., Marquier, M., Chancellor, T. C. B., Urbino, C. & Boissot, N. (2008) Insectscreenedcultivation to reduce the invasion of tomato crops by Bemisia tabaci: modelling the impacton virus disease and vector. Agricultural and Forest Entomology, 10, 61-67.ACL10 Lafortune, D., Béramis, M., Daubèze, A. M., Boissot, N. & Palloix, A. (2005) Partial resistance ofpepper to bacterial wilt is oligogenetic and stable under tropical conditions. Plant disease, 89, 502-506.ACL11 Pavis, C., Huc, A., Delvare, G. & Boissot, N. (2003) Diversity of the parasitoids of Bemisia tabaciB-biotype (Hemiptera : Aleyrodidae) in Guadeloupe island (West Indies). Environmental Entomology,32, 608-613.ACL12 Sauvion, N., Mauriello, V., Renard, B. & Boissot, N. (2005) Impact of melon accessions resistant toaphids on the demographic potential of silverleaf whitefly. Journal of Economic Entomology, 98, 557-567.ACL13 Urbino, C. & Dalmon, A. (2007) Occurrence of tomato yellow leaf curl virus in tomato inMartinique, lesser antilles. Plant Disease, 91, 1058-1058.ACL14 Urbino, C., Gérion, A. L., Poliakoff, F., Coranson, R., Dalmon, A., Tiego, G. & Babo, E. (2003) Lesmaladies à bégomovirus chez la tomate dans les départements français d'Outre-Mer : 1. Lesdépartements français d'Amérique (Begomovirus diseases on tomatoes in french atlantic overseasdepartments). Phytoma : la Défense des Végétaux, 556, 52-55.ACL15 Urbino, C., Le Bellec, F., Fournier, P., Bruyere, S., Ramassamy, S., Chidiac, A., Deroche, J. &Monerville, G. (2004) La maladie de la Tristeza des agrumes est en Guadeloupe : la production deplants de qualité s'impose (Citrus tristeza disease in Guadeloupe: the production of quality plants isnow a major issue). Phytoma : la Défense des Végétaux, 573, 26-27.ACL16 Urbino, C., Polston, J. E., Patte, C. P. & Caruana, M.-L. (2004) Characterization and geneticdiversity of Potato yellow mosaic virus from the Caribbean. Archives of Virology, 149, 417-424.ACL17 Urbino, C. & Tassius, K. (2003) First report of Tomato yellow leaf curl virus in tomato inGuadeloupe. Plant Disease, 87, 1397-1397.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 59 sur 79

NématologieACL18 Chabrier, C., Mauléon, H. & Quénéhervé, P. (2002) Combination of Steinernema carpocapsae(Weiser) and pheromone lure : a prominsing strategy for biological of the banana black weevilCosmopolites sordidus (Germar) on banana in Martinique. Nematology, 4, 190-191.ACL19 Chabrier, C., Mauléon, H., Bertrand, P., Lassoudière, A. & Quénéhervé, P. (2005) En Martinique,méthodes alternatives pour réduire l’utilisation des nématicides et insecticides en bananeraies (Bananacrops in the French West Indies: nematicides, insecticides and alternative methods used in bananaplantations). Phytoma : la Défense des Végétaux, 584, 12-16.ACL20 Denon, D. & Mauléon, H. (2004) The sweet potato weevil on Guadeloupe: Cylas formicariusthreatens crop survival. Phytoma : la Défense des Végétaux, 14-15.ACL22 Kermarrec, A., Panoma, S., Quénéhervé, P., Mauléon, H. & Castagnone-Sereno, P. (2002) Geneticvariability of Meloidogyne mayaguensis isolates from the Caribbean. Nematology, 4, 171.ACL23 Le Saux, R. & Queneherve, P. (2002) Differential chemotactic responses of two plant-parasiticnematodes, Meloidogyne incognita and Rotylenchulus reniformis, to some inorganic ions. Nematology,4, 99-105.ACL24 Mauléon, H., Denon, D. & Briand, S. (2006) Spatial and temporal distribution of Heterorhabditisindica in their natural habitats of Guadeloupe. Nematology, 8, 603-617.ACL25 Simard, L., Belair, G., Stock, S. P., Mauléon, H. & Dionne, J. (2007) Natural occurrence ofentomopathogenic nematodes (Rhabditida: Steinernematidae) on golf courses in eastern Canada.Nematology, 9, 325-332.IgnamesACL26 Bousalem, M., Arnau, G., Hochu, I., Arnolin, R., Viader, V., Santoni, S. & David, J. (2006)Microsatellite segregation analysis and cytogenetic evidence for tetrasomic inheritance in theAmerican yam Dioscorea trifida and a new basic chromosome number in the Dioscoreae. Theoreticaland Applied Genetics, 113, 439-451.ACL27 Bousalem, M., Boulardin, G., Viadier, V., Basso, T., Béreau, D., De Granville, J.-J., Caristan, P.,Pham, J.-L. & Arnolin, R. (in press) The american yam, Dioscorea trifida, and its wild relatives inFrench Guyana : human and ecogeographic environment, collecting and in vitro conservation. ActaAmazonica.ACL28 Bousalem, M., Dallot, S., Fuji, S. & Natsuaki, K. T. (2003) Origin, world-wide dispersion, biogeographicaldiversification, radiation and recombination: an evolutionary history of Yam mild mosaicvirus (YMMV). Infection, Genetics and Evolution, 3, 189-206.ACL29 Bousalem, M., Douzery, E. J. P. & Seal, S. E. (2008) Taxonomy, molecular phylogeny and evolutionof plant reverse transcribing viruses. Archives of Virology, 153, 1085-1102.ACL30 Bousalem, M. & Loubet, S. (2008) Molecular evidence for a new potyvirus species in yam(Dioscorea spp.) on the island of Guadeloupe. Plant Pathology, 57, 389.ACL31 Gallet, S., Gamiette, F., Filloux, D. & Engelmann, F. (2007) Cryopreservation of yam germplasm inGuadeloupe (FWI). Advances in Horticultural Science, 21, 244-246.ACL32 Hochu, I., Santoni, S. & Bousalem, M. (2006) Isolation, characterization and cross-speciesamplification of microsatellite DNA loci in the tropical American yam Dioscorea trifida. MolecularEcology, 6, 137-140.ACL33 Jacqua, G., Salles, M., Poliphème, F. & Pallud, M. (2008) Anthracnose de l'igname trois données surson épidémiologie aux Antilles - Comment le champignon responsable pénètre dans les plantes,comment il se disperse, et sur quelles plantes hôte on peut le trouver. Phytoma : la Défense desVégétaux, 617, 26-28.ACL34 Onyeka, T. J., Pétro, D., Ano, G., Etienne, S. & Rubens, S. (2006) Resistance in water yam(Dioscorea alata) cultivars in the French West Indies to anthracnose disease based on tissue culturederivedwhole-plant assay. Plant Pathology, 55, 671-678.ACL35 Onyeka, T. J., Pétro, D., Etienne, S., Jacqua, G. & Ano, G. (2006) Optimizing controlledenvironnement assessment of levels of resistance to yam Anthracnose disease using tissue culturederivedwhole plants. Journal Phytopathology, 154, 286-292.ACL36 Ripoche, A., Jacqua, G., Bussière, F., Guyader, S. & Sierra, G. (2008) Survival of Colletotrichumgloeosporioides (causal agent of yam anthracnose) on yam residues decomposing in soil. Applied Soilecology, 38, 270-278.ACL37 Vaillant, V., Bade, P. & Constant, C. (2005) Photoperiod affects the growth and development of yamplantlets obtained by in vitro propagation. Biologia Plantarium, 49, 355-359.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 60 sur 79

ProductionEntomologie & botaniqueACL38 Etienne, J. (2005) The aphids from Guadeloupe, the Greater and Lesser Antilles (Hemiptera,Aphididae). Bulletin de la Société Entomologique de France, 110, 455-462.ACL39 Etienne, J. & Flechtmann, C. H. W. (2006) First record of Raoiella indica (Hirst, 1924) (Acari:Tenuipalpidae) in Guadeloupe and Saint Martin, West Indies. International Journal of Acarology, 32,331-332.ACL40 Etienne, J. & Martinez, M. (2002) Agromyzidae from Guadeloupe: new species and additional note(Diptera). Nouvelle Revue d'Entomologie, 19, 249-272.ACL41 Etienne, J. & Martinez, M. (2003) The Agromyzidae of the Island of Saint-Christopher (Saint-Kitts)in the Antilles (Diptera). Bulletin de la Société Entomologique de France, 108, 89-95.ACL42 Etienne, J., Martinez, M. & Boecasse, G. (2004) First known record of the pest Melanagromyzaobtusa (Malloch) in the Neotropical Region (Dipt., Agromyzidae). Bulletin de la SocieteEntomologique de France, 109, 105-106.ACL43 Etienne, J. & Streito, J.-C. (2008) Premier signalement en Guadeloupe et en Martinique dePseudacysta perseae (Heidemann, 1908), un ravageur de l'avocatier (Hemiptera, Tingidae). Bulletinde la société entomologique de France, 113, 121-122.ACL44 Flechtmann, C. H. W. & Etienne, J. (2002) New records of plant mites (Acari, Acaridae,Tetranichidae) from Guadeloupe and Marie Galante with descriptions of five new eriophyid species.Zootaxa, 47, 1-16.ACL45 Flechtmann, C. H. W. & Etienne, J. (2003) Two new species of eriophyid mites (Acari: Eriophyidae)from Guadeloupe and Marie Galante, with records on other plant mites. Zootaxa, 271, 1-7.ACL46 Flechtmann, C. H. W. & Etienne, J. (2004) The red palm mite, Raoiella indica Hirst, a threat topalms in the Americas (Acari: Prostigmata: Tenuipalpidae). Systematic and Applied Acarology, 9,109-110.ACL47 Flechtmann, C. H. W. & Etienne, J. (2005a) On plant mites from Guadeloupe, with descriptions offour new species of Eriophyidae. Zootaxa, 1046, 55-68.ACL48 Flechtmann, C. H. W. & Etienne, J. (2005b) Un nouvel acarien ravageur des palmiers - EnMartinique, premier signalement de Raoiella indica dans les Caraïbes (Raoiella indica, new pest ofpalms in the Carribean). Phytoma : la Défense des Végétaux, 584, 10-11.ACL49 Flechtmann, H. W. & Etienne, J. (2006) Further notes on plant associated mites (acari) fromGuadeloupe and Les Saintes, lesser Antilles International Journal of Acarology, 32, 377-382.ACL50 Fournet, J. & Sastre, C. (2002) Recent advances in the knowledge of the flora of Guadeloupe andMartinique (Progrès récents dans la connaissance de la flore de Guadeloupe et de Martinique. ActaBotanica Gallica, 149, 481-500.ACL51 Gagne, R. J. & Etienne, J. (2006) Gephyraulus mangiferae (Felt), N. Comb. (Diptera:Cecidomyiidae): a mango pest from India newly recorded from the western hemisphere.Proceedings of the Entomological Society of Washington, 108, 930-937.ACL52 Kreiter, S., Tixier, M. S. & Etienne, J. (2006) New records of Phytoseiid mites (Acari :Mesostigmata) from the french Antilles, with description of Neoseiulus cecileae sp.nov. Zootaxa,1294, 1-27.ACL53 Matile-Ferrero, D. & Etienne, J. (2006a) Cochenilles des Antilles Françaises et de quelques autresîles des Caraïbes. Revue Française d'Entomologie, 28, 161-190.ACL54 Matile-Ferrero, D. & Etienne, J. (2006b) Scale insects from the French Antilles and some otherCaribbean islands [Hemiptera, Coccoidea]. Revue Francaise d'Entomologie, 28, 161-190.ACL55 Matile-Ferrero, D., Williams, D. J. & Etienne, J. (2006) The identity of two scale insects describedby Alfred Giard in 1897 from Guadeloupe on the roots of coffee [Hemiptera: Coccoidea]. RevueFrancaise d'Entomologie, 28, 69-70.ACL56 Martinez, M. & Etienne, J. (2002a) Deux remarquable espèces nouvelles d'agromyzidae des Antillesfrancaises [Diptera] Revue Francaise d'Entomologie, 24, 143-150.ACL57 Martinez, M. & Etienne, J. (2002b) Systematic and biogeographic list of Agromyzidae (Diptera) ofthe neotropical region. Bollettino di Zoologia Agraria e di Bachicoltura, 34, 25-52.ACL58 Streito, J.-C., Etienne, J. & Balmès, V. (2007) Aleyrodidae des Antilles et de la Guyane Française[Hemiptera, Sternorrhyncha]. Revue Française d'Entomologie, 29, 57-72.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 61 sur 79

En partenariatACL59 Bâ, A. M., Samba, R., Sylla, S. N., Le Roux, C., Neyra, M., Rousteau, A., Imbert, D. & Toribio, A.(2004) Characterization of the diversity of symbiotic microorganisms in Pterocarpus officinalis inswamp forests of Guadeloupe and Martinique. Revue d'Ecologie-La Terre et la Vie, 59, 163-170.ACL60 Bandou, E., Lebailly, F., Muller, F., Dulormne, M., Toribio, A., Chabrol, J., Courtecuisse, R.,Plenchette, C., Prin, Y., Duponnois, R., Thiao, M., Sylla, S., Dreyfus, B. & Ba, A. M. (2006) Theectomycorrhizal fungus Scleroderma bermudense alleviates salt stress in seagrape (Coccoloba uviferaL.) seedlings. Mycorrhiza, 16, 559-565.ACL61 Saint-Etienne, L., Paul, S., Imbert, D., Dulormne, M., Muller, F., Toribio, A., Plenchette, C. & Bâ,A. M. (2006) Arbuscular mycorrhizal soil infectivity in a stand of the wetland tree Pterocarpusofficinalis along a salinity gradient. Forest Ecology and Management, 232, 86-89.ACL62 Lorvelec, O., Levesque, A., Barré, N., Feldmann, P., Leblond, G., Jaffard, M. E., Pascal, M. & Pavis,C. (2004) Evolution of the population density of the Lesser Antillean Iguana (Iguana delicatissima) inthe Petite Terre Islands Natural Reserve (Guadeloupe, French West Indies) between 1995 and 2002.Revue d' Ecologie-la Terre et la Vie, 59, 331-344.ACL63 Lorvelec, O. L., Pascal, M., Pavis, C. & Feldmann, P. (2007) Amphibians and reptiles of the frenchWest Indies : Inventory, threats and conservation. Applied Herpetology, 4, 131-161.Participation aux congrèsCommunications avec actes dans des congrèsACT1 Ano, G., Anaïs, G. & Marival, P. (2002a) Création de variétés d'Igname D. Alata résistantes àl'anthracnose. Proc. of the 38 th Annual meeting of the Caribbean Food Crops Society, Trois-Ilets(Martinique), 38 : 239-244.ACT2 Ano, G., Anaïs, G. & Marival, P. (2002b) Création de variétés de tomates résistantes au PYMV et àRalstonia solanacearum, adaptées aux régions tropicales. Proc. of the 38 th Annual meeting of theCaribbean Food Crops Society, Trois-Ilets (Martinique), 38 (1) : 235-238.ACT3 Arnolin, R., Osseux, J. & Kerbellec, F. (2005) La filière vitroplants d'igname. Proc. of the 41 st Annualmeeting of the Caribbean Food Crops Society, Le Gosier (Guadeloupe), 41 (2) : 462-472.ACT4 Coranson-Beaudu, R., Wicker, E., William, A., Anaïs, G., Amar, C. & Blu, F. (2005) Résistancevariétale contre le dépérissement bactérien de l'anthurium dû à Ralstonia Solanacearum enMartinique : developpement d'un test de criblage pour la distinction de nouveaux hybrides. Proc. ofthe 41 st Annual meeting of the Caribbean Food Crops Society, Le Gosier (Guadeloupe), 41: 574-575.ACT5 Gamiette, F., Rousteau, A., Fournet, J., Morin, J. & Gomez, R.-M. (2005) Potentialites of valorisationas food crop of the wild yam Dioscorea cordata, native from west indies islands. Proc. of the 41 stAnnual meeting of the Caribbean Food Crops Society, Le Gosier (Guadeloupe), 41: 421-423.ACT6 Jacqua, G., Bonhomme, R. & Anaïs, G. (2003) Evaluation en plein champ de la nuisibilité del'Anthracnose de l'igname D. alata selon la période de développement de la maladie. Proc. of the39 th Annual meeting of the Caribbean Food Crops Society, Grand Anse (Grenada), 39 : 164-171.ACT7 Jacqua, G., Farant, M. & Vaillant, V. (2001) Etudes d'isolats de Colletotrichum gloesporioidesrencontrés sur l'igname D. alata L., dans différentes zones de culture de la Guadeloupe. Proc. of the37 st Annual meeting of the Caribbean Food Crops Society, Port of Spain (Trinidad & Tobago), 37:347.ACT8 Le Bellec, F., Herzog, D., Fournier, P., Mauléon, H., Renard-Le Bellec, V. & Ramassamy, M. (2005)La production fruitière intégrée en Guadeloupe. Proc. of the 41 st Annual meeting of the CaribbeanFood Crops Society, Le Gosier (Guadeloupe), 41: 257-264.ACT9 Onyeka, T. J., Pétro, D., Jacqua, G., Etienne, S., Rubens, S., Renac, P. & Gélabale, J. (2005)Assessement of partial resistance to anthracnose in water yam (D. alata) using tissue culturegenerated whole plants. IOBC WPRS/SROP Conference - Breeeding for Plant Resistance to Pestsand Diseases, Mites and Pathogens, pp. 51-57. Bialowieza (Poland).ACT10 Pavis, C., Urbino, C., Rousseau, M.-L., Lange, D., Robin, M.-N., Huc, A., Gotin, R. & Boissot, N.(2005) En quoi l'étude de l'épidémiologie des maladies à bégomovirus de la tomate peut-elle aider àla conception de systèmes de culture innovants ? Proc. of the 41 st Annual meeting of the CaribbeanFood Crops Society, Le Gosier (Guadeloupe), 41: 294-305.ACT11 Sicard, M., Pagès, S., Mauléon, H., Moulia, C. & Boëmare, N. (2003) Analyse des ressourcesgénétiques des symbioses bactério-helminthiques Xenorhabdus/Steinernema et Photorhabdus/Heterorhabditis. Les Actes du Bureau des Ressources Génétiques, pp. 491-503.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 62 sur 79

ProductionACT12 Sicard, M., Pagès, S., Mauléon, H., Moulia, H. & Boëmare, N. (2002) Maintien spatio-temporel etspécificité des symbioses bactério-helminthiques Xenorrhabdus/Steinernema etPhotorhabdus/Heterorhabditis. 4. colloque National : Le patrimoine génétique - La diversité et laressource, pp. 491-503. Les actes du BRG 4ACT13 Siol, M., Welcker, C., Cinna, J.-P., Félicité, J., Boyat, A. & Gouesnard, B. (2005) Hétérosis,dépression de consanguinité et diversité génétique des maïs de l'archipel guadeloupéen. Colloque duBRG, pp. 85-97.ACT14 Urbino, C., Pavis, C. & Boissot, N. (2002) BETOCARIB : Un projet pour identifier des stratégies delutte contre les maladies à bégomovirus dans la Caraïbe. Proc. of the 38 th Annual meeting of theCaribbean Food Crops Society, Trois-Ilets (Martinique), 38 : 222-225. Trois-Ilets Martinique,Guadeloupe.ACT15 Vuillaume, C., Teycheney, P. Y., Dollet, M., Daugrois, H., Pavis, C., Palloix, A., Urbino, C.,Lavigne, C., Goguey, T., Martinez, D., Lafrançois, T. & Molia, S. (2005) Update on frenchcaribbean safeguarding invasive species CIRAD-INRA initiatives. Proc. of the 41 st Annual meetingof the Caribbean Food Crops Society, Le Gosier (Guadeloupe), 41 : 81-86.ACT16 Welcker, C., Bernard, B., Cinna, J.-P., Félicité, J., Rebourg, C., Gouesnard, B. & Charcosset, A.(2002) Originalité des populations traditionnelles de maïs de Guadeloupe et structuration de ladiversité en milieu insulaire. 4. Colloque national : Le Patrimoine génétique, La diversité et laressource. Bureau des Ressources Génétiques (BR ), La Châtre.ACT17 Kermarrec, A., Panoma, S., Quénéhervé, P., Mauléon, H., Castagnone, P. 2002. Genetic variability ofMeloidogyne mayaguensis isolates from the Caribbean. Proceeding of the Fourth InternationalCongress of Nematology (8-13 June 2002, Arona, Tenerife, Canary Island).Communications sans actes dans des congrèsCOM1 Boëmare, N. & Mauléon, H. (2004) Implementation of the entomopathogénic bacterium helminthiccomplexes (Xenorhabdus/Steinernema and Photorhabdus) for biological control of agricultural pest.Oral présentation. Forum on Biocontrol and Environnement-Safety (FBES), China.COM2 Chabrier, C. & Mauléon, H. (2003) Uso de nematoides entomopatogenicos no contrôle do molequeda bananeira. XXIV. Oral presentation Congresso Brasileiro de Nematologia. Petrolina, Brasil.Communications par affiches dans des congrès (AFF)AFF1 Boissot, N., Marchal, C., Sauvion, N., Lafortune, D., Chareyron, V., Etresse, E., Marival, D. & Pavis,C. (2005) Identification of QTL involved in resistance to Hemiptera in Cucumis melo. Posterpresented at the Biennal Plant Resistance to Insects Workshop, pp. Baton Rouge (USA).AFF2 Delatte, H., Urbino, C., Grondin, M., Huc, A., Gamiette, F., Boissot, N., Reynaud, B. & Dintinger, J.(2004) Identification of resistance to Potato yellow mosaic virus (Guadeloupe) and Tomato yellowleaf curl virus (Réunion) among some Lycopersicon species. Poster presented at the1st InternationalSymposium on Tomato Diseases. Orlando, Florida, USA.AFF3 Fougnies L., Renciot S., Muller F., Dulorme M., Prin Y., Le Roux C., Bouvet S.M., Béna G., DreyfusB., Toribio A., Plenchette C., Bâ A.M. 2004. Nodulation and growth of mycorrhizal Pterocarpusofficinalis (Jacq.) seedlings in response to flooding. 11 th Congress of African Association forBiological Nitrogen Fixation. IRD/UCAD/ISRA/CIRAD, Dakar Senegal, November 22-27, 2004.AFF4 Frézal, L., Jacqua, G. & Neema, C. (2004) Diversité génétique de Colletotrichum gloeosporioides,agent causal de l’anthracnose de l'igname blanche (D. alata) en Guadeloupe. Poster présenté à laConférence AFPP 2004.AFF5 Frézal, L., Jacqua, G. & Neema, C. (2005) Genetic diversity of Colletotrichum gloeosporioidescausing anthracnose disease on Yam (D. alata) in Guadeloupe and Martinique. Poster présenté au9ème Atelier international d'épidémiologie végétale 11 - 15 avril 2005, Landernau (France).AFF3 Gamiette, F., Rousteau, A., Fournet, J. & Morin, J. (2005) Prospect to an agricultural valorisation ofthe wild yam D.cordata native from the West Indian islands. Poster presented at the 41 st Annualmeeting of the Caribbean Food Crops Society, Le Gosier (Guadeloupe).AFF4 Gamiette, F., Pavis, C., Gomez, R.-M., Lange, D., Rubens, S., Lator, J. & Irep, J.-L. (2005)Conservation of yam (Dioscorea spp.) genetic resources in Guadeloupe (French west indies). Posterpresented et the Symposium Recursos Généticos para América Latina y el Caribe (SIRGEALC).Montevideo (Uruguay).AFF5 Gamiette, F., Gallet, S., Gomez, R.-M., Lange, D., Rubens, S., Lator, J., Irep, J.-L. & Bandou, E.(2007) Conservation of yam (Dioscorea spp.) genetic resources in Guadeloupe. Poster presented atthe Meeting CAPGERNET Development of a regional strategy fir the conservation of plant geneticresources. (Trinidad & Tobago).AFF6 Gamiette,F., Boisseau, M.,Jenny, C., Horry J.-P., Roques D., Le Bellec F., Amar & Pavis C. (2007)Implementación de centros de recursos fitogenéticos tropicales en las Antillas Francesas. Posterpresented at the Meeting Recursos genéticos para America Latina y el Caribe (SIRGEALC) México.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 63 sur 79

Projets retenusN° - Année Objet Bailleur k€unitéPR1 2002 Maize for sustainable cropping systems on tropical acid soils - from UE INCO 235molecular biology to field cultivationPR2 2002 Incidence sur l'hétérosis et l'adaptation locale d'une gestion en BRG 96populations isolées chez une espèce allogamePR3 2002 Protection intégrée contre Bemisia tabaci et les bégomovirus en INRA AIP Protection 23systèmes maraîchers tropicauxintégréePR4 2002 Mise en œuvre d’un atelier de caractérisation des ressources CPER 8 182biologiques et d’une halle technologiquePR5 2002 Begomovirus diseases management for sustainable production of UE INCO 83tomato in the caribbeanPR6 2003 Evaluation des résistances du melon aux aleurodes Bemisia tabaci Ministère Outre-Mer 30PR7 2003 Diversité et origine des ignames cultivées BRG 11PR8 2003 Relance de la production d’igname indien à partir de vitroplants ODEADOM 12PR9 2003 Systématique des nématodes entomoparasites INRA AIP 6PR10 2004 Collecte, caractérisation et conservation de la biodiversité des Ministère de l'Outre- 30ignames non cultivéesMerPR11 2005 Aménagement d'une halle technologique et restructuration du CPER 357bâtiment recherchePR12 2005 Mise en place d’un CRB plantes tropicales et pathogènes associés Ministère de la 150dans les Antilles françaisesRecherchePR13 2006 CRB en Guadeloupe (volet Agronomie et volet Santé humaine) - Ministère de la 160Assurance qualité, bases de donnéesRecherchePR14 2006 Production intégrée en culture d’ignames. Vers des systèmes de CPER 231culture innovantsPR15 2006 Protection intégrée en culture vivrière CPER 72PR16 2008 Cartographie de la résistance à l’anthracnose chez l’igname INRA séquençage 4PR17 2008 Développement de marqueurs microsatellites pour le génotypage des INRA-CIRAD AIP 20collections d’ignames et la cartographie des descendances pour larésistance à l’anthracnosePR18 2008 CRB Plantes Tropicales : assurance qualité et assainissement Région Guadeloupe 42d’accessions d’ignames américainesPR19 2008 Modélisation du rôle des facteurs de l’environnement surRégion Guadeloupe 60l’élaboration du rendement, et sur l’expression d’une maladielimitant fortement la productionPR20 2008 Modéliser les interactions entre développement de la plante,architecture du couvert et épidémies de maladies fongiques aériennesANR 81Développement d'instruments mis à la disposition de communautés scientifiquesCentres de ressources biologiquesINRA-CIRAD (2005) Centre de ressources biologiques Plantes tropicales des Antilles françaises. Site webhttp://collections.antilles.inra.fr/Bases de donnéesGamiette (2005) Système d’informations sur les ressources biologiques Ignames.http://collections.antilles.inra.fr/initBRCCard.do?idBrc=1Fournet, J. & Pavis, C. (2005) Herbier de Guadeloupe.http://collections.antilles.inra.fr/initBRCCard.do?idBrc=8Fournet, J. & Pavis, C. (2005) Système d’informations sur la flore des Antilles françaises.http://collections.antilles.inra.fr/initBRCCard.do?idBrc=7Pavis, C., Marival, D. & Chovet, G. Collections entomologiques des Antilles françaises.8 Contrat de Plan Etat-RégionINRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 64 sur 79

ProductionConstruction de partenariats socio-économiques et de coopérations institutionnellesDéfinition de nouveaux projets (de recherche-développement, de transfert...)Année Porteur Objet Partenaires2005 INRAURPV &URAPC,CIRADProduction intégrée en culture d’ignames - Versl’élaboration de systèmes de culture innovants.Projet de recherche-développement2005 INRAURPVAppui aux filières de diversification - Protectionintégrée en cultures vivrières - Projet de recherchedéveloppement2007 INRA Programme sectoriel DiversificationURPV &URAPC20082008 INRAAntilles-GuyaneMaîtriser l’enherbement - Réaliser un diagnosticagronomique régional - Définir les ITK post culturein vitro - Elargir la gamme variétale –Développement de la filière de plants issus devitroculture. Cultures florales : transférer denouvelles variétés d’Alpinia (coloris diversifiés) etd’Anthurium (résistantes aux maladies)Programme sectoriel Ecophyto-DOM GuadeloupeMise en place d'un schéma de production de plantssains, basé sur la culture in vitro - Lutte biologiquecontre les charançons des cultures - Evaluationglobale des méthodes à moindres intrantsFavoriser le transfert et la recherche-développementen agriculture en Guyane. Projet de mise en placed’un dispositif d’appuiGroupement de producteursd’Ignames (UPROFIG),Chambre d’Agriculture dela GuadeloupeChambre d’Agriculture,Service de la Protection desVégétaux, groupement deproducteurs d’IgnamesChambre d’Agriculture,Service de la Protection desVégétaux, institutstechniques (canne, banane)& groupements deproducteursChambre d’Agriculture deGuyane, groupements deproducteurs, services del’Etat et de la Région, LycéeagricoleObtention de contrats de recherche financés par des partenaires socio-économiquesPR21 (2006) Recherche-développement dans les domaines de la tomate et l'igname. 23 000 €. Chambred’Agriculture de la Martinique.Cours et colloques pour les professionnels(2005, 2006, 2007) Production Fruitière Intégrée en vergers d'agrumes, organisée par WI Phytoservice.Utilisation de nématodes entomopathogènes pour le contrôle des ravageurs.Contrats-cadres avec des partenaires institutionnelsINRA-CIRAD (2004) Contrat-cadre de recherche sur l'igname de toutes espèces: -la résistance de l'ignameD. alata à l'anthracnose -le marquage précoce du sexe -l'analyse des bases génétiques de l'améliorationdes ignames -la mise au points de systèmes de culture innovants. -l'écophysiologie.Participation à des instancesPavis, C. (2002-2005) Membre du Conseil scientifique régional du patrimoine naturel de la Guadeloupe.Pavis, C. (2002-2006) Membre du Conseil scientifique du Parc National de la Guadeloupe.Pavis, C. (2006-2008) Vice-présidente du Conseil scientifique du Parc National de la Guadeloupe.Pavis, C. & A. Toribio (2002-2008). Membres de la commission de spécialistes sections CNU 66, 67, 68,Université Antilles-Guyane.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 65 sur 79

Production de connaissances opérationnelles et de méthodes pour l'actionPublications dans des revues techniques ou professionnellesART1 Ano, G., Anaïs, G. & Chidiac, A. (2002) Création de variétés résistantes aux maladies en Guadeloupe: Eléments indispensables de diversification agricole (Creation and use of disease-resistant varieties inGuadeloupe : essential elements for agricultural diversification). Phytoma : la Défense des Végétaux,551, 36-37.ART2 Ano, G., Anaïs, G., Marival, P. & Chidiac, A. (2004) L'amélioration de la tomate pour les régionstropicales de plaine : travaux en Guadeloupe. Phytoma : la Défense des Végétaux, 573, 23-25.ART3 Ano, G. & Blancard, D. (2004) Les cultures maraîchères en Guadeloupe et leurs problèmesphytosanitaires (The market garden crops in Guadeloupe and their phytosanitary problems). PHMRevue Horticole, 39-44.ART4 Ano, G., Gélabale, J. & Marival, P. (2005) L’igname D. alata, la génétique et l’anthracnose enGuadeloupe, contribution de l’INRA : passage de la collecte-introduction à la création de variétésrésistantes (Genetic against anthracnose of yam breeding program in Guadeloupe). Phytoma : laDéfense des Végétaux, 584, 36-39.ART5 Arnolin, R. & Lombion, K. (2005) L'Igname cousse-cousse Dioscorea trifida et les virus. Phytoma :la Défense des Végétaux, 584, 33-35.ART6 Mathurin, P., Jaubertie, J. P. & Lemoine, M.-C. (2006) Recherche de clones de patate douce adaptésaux conditions de l'Allier. PHM Revue Horticole, 482, 33-37.ART7 Jacqua, G., Frézal, L. & Neema, C. (2005) Evaluation de la sensibilité de génotypes d'ignames àl'anthracnose (Colletotrichum gloesporidae) : test in vitro sur feuilles isolées. Le Cahier desTechniques de l'INRA, N° spécial 2005, 139-142.ART8 Lafortune, D. (2005) Evaluation de résistances partielles du poivron à Ralstonia solanacearum. LeCahier des Techniques de l'INRA, N° spécial 2005, 193-196.Contrats de licenceINRA-CIRAD (2004) Contrat de licence de savoir-faire avec la société NOVAGRICA pour la production denématodes entomopathogènes. N° 04055 SF.INRA (2004) Règlement de copropriété de la souche de nématode SK27 (Steinerma carpocapsae)sélectionnée par l'INRA et les résultats des essais en champ menés par le CIRAD en Martiniquependant 3 ans avec cette souche dans la lutte biologique contre le charançon du bananier.Nouvelles variétésPatate douce (Ipomoea batatas). Un hybride a faible teneur en sucres solubles (Pomme patate) diffusé.Anthuriums (Anthurium andreanum) - Hybrides résistants à Xanthomonas campestris. 3 hybrides adaptés auxgoûts des producteurs, projet de transfert en cours de montage.Alpinias (Alpinia purpurata) - Hybrides à coloris diversifiés. Portefeuille d’une trentaine d’hybrides, projetde transfert en cours de montage.Ignames (Dioscorea alata) - Hybrides résistants à l’anthracnose et adaptés aux terroirs. Un hybride transféréen Guadeloupe et Martinique (Boutou), 5 hybrides en cours de démonstration.Ignames (D. cayenensis) - Hybrides diversifiés en cours de démonstration.Guides et manuels opératoiresChambres d’Agriculture Guadeloupe & Martinique, INRA (2003) L'igname - Manuel du planteur, 106 pp.INRA/URPV, SPV & UPROFIG (2005) Ravageurs et maladies de l'igname en Guadeloupe – Jeu de 10fiches techniques.ASSOFWI, INRA & CIRAD (2006) Manuel technique - Cultures fruitières en Guadeloupe : lutte biologiquecontre les charançons des agrumes pp. 47-49.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 66 sur 79

ProductionExpertise collectiveEXP1 Blanchard, E., Toribio, A. & Mbolodi-Baron, H. (2005) Faisabilité économique de la canne à sucrebiologique. In Agriculture biologique en Martinique pp. 408-413. Editions IRD, Paris.EXP2 Toribio, A. (2005a) Les cultures vivrières biologiques. In Agriculture biologique en Martinique pp.197-207. Editions IRD, Paris.EXP3 Toribio, A. (2005b) Santé des plantes en agriculture biologique. In Agriculture biologique enMartinique pp. 97-105. Editions IRD, Paris.EXP4 Toribio, A. & Fournet, J. (2005) Gestion des adventices. In Agriculture biologique en Martinique pp.120-132. Editions IRD, Paris.EXP5 Toribio, A. & Mbolodi-Baron, H. (2005) La canne à sucre biologique. In Agriculture biologique enMartinique pp. 166-181. Editions IRD, Paris.EXP6 Toribio, A. (2005) Scientific and technical assistance to OECS member states – Technical mission onroot crops in dominica and Saint Lucia, Nov. 6-8 and 9-11 2005. In : ECS Sub-Regional Dialogueon Agriculture and Rural Development I. Ray Gardens Inn – Rodney Bay, Gros Islet, Saint Lucia,November 07-08 2006. CARDI, CIRAD, République Française, IICA, FAO UNDP.Fonctionnement et vie de l'unitéSéminaires internesINRA URPV & URAPC (2003) Sensibilisation à la thématique ‘Systèmes de culture’.INRA URPV & URAPC (2004) Réflexion sur des projets fédérateurs INRA-CIRAD.INRA URPV & URAPC, CIRAD (2004) Séminaire rapprochement INRA-CIRAD ‘Ressources biologiques’et ‘Systèmes de culture’.INRA URPV & URAPC (2006) Séminaire annuel du projet intégré Ignames.INRA URPV & URAPC (2007) Séminaire annuel du projet intégré Ignames.Accueil et échanges de personnel2002-2005 Accueil C. Urbino, chercheur virologue du CIRAD (Guadeloupe), pour la participation auprogramme sur les interactions plantes-insectes-virus.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 67 sur 79

C- Enseignement et formation par la rechercheResponsabilités dans des écoles doctoralesDu fait du faible nombre de chargés et directeurs de recherche dans l’unité, notre participation àl’enseignement supérieur a été limitée à quelques heures d’enseignement par an. Nous sommesintervenus dans un DEA axé à la fois sur les écosystèmes naturels et cultivés.DEA ‘Environnement et valorisation de la biodiversité tropicale’ Université Antiles-Guyane2002 Responsabilité du module ‘Gestion durable des écosystèmes cultivés tropicaux’Conservation et gestion de la biodiversité végétale. C. Welcker (2 h)Caractérisation et utilisation de la biodiversité pour la création variétale. N. Boissot (2 h)Association d’espèces et de variétés cultivées pour une meilleure maîtrise des pressions parasitaires et desatteintes à l’environnement (4h). A. Kermarrec (2 h) et C. Pavis (2 h).2003 Modèles et dynamique des populations. N. Sauvion (2 h)2005 Modélisation. Applications à la dynamique des populations et l’épidémiologie. C. Pavis (2 h)Formation par la rechercheDu fait de la capacité d’encadrement scientifique limitée dans l’unité, nous ne sommes pas enmesure d’accueillir de doctorants (un seul accueilli sur la période). Dans certains cas, nous coencadrons,ou participons à des comités de pilotage. Cette situation en train d’évoluer, du fait denotre rapprochement avec l’unité APC. Un doctorant co-encadré par deux chercheurs des deuxunités est en cours de recrutement.Nos départements nous ont par contre appuyés, en nous permettant de recruter des post-doctorants,en pathologie et génétique végétales (6 années de post-doctorants sur la période).Nous avons pu mettre à profit notre expertise en phytotechnie à travers de l’encadrementd’étudiants de Lycées Agricoles (un tiers des accueils).Nous encadrons régulièrement des étudiants de l’Université Antilles-Guyane (LMD), mais aussid’universités de métropole et du Canada. Nous bénéficions des volontaires à l’aide technique(VAT), qui ont le plus souvent le niveau ingénieur.Doc (1)Postdoc (3)DEUG (5)BTS-BEP (24)Secondaire (6)VAT (8)M1 (10)L (20)M2 (10)Nombre de stagiaires de différentes origines encadrés entre 2002 et 2007.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 68 sur 79

Enseignement & formationThèses et stages encadrés dans l'unitéThèseTHE1 Frézal, L. (2005) Etude de la diversité génétique de Colletotrichum gloeosporioides, responsable del'anthracnose de l'igname Dioscorea alata en Guadeloupe. Thèse de doctorat en sciences, Universitéde Paris-Sud, 113 pp.StagesAgrapart, J. (2004) Etude du développement épidémique des maladies à bégomovirus PYMV et TYLCV surtomate en Guadeloupe ; Effet de la pression d'inoculum primaire, des populations de vecteurs et deprotection physique. DESS Gestion des Systèmes Agro-Sylvo-Pastoraux en Zones Tropicales,Université Paris XII Val de Marne, 60 pp.Anaïs, C. (2002) Obtention de variétés de poivron résistantes aux virus et bactéries. Expérimentation en zoneintertropicale - Réseau LIRA. Mémoire BTSA Amélioration des Plantes et Technologies desSemences, Centre de Promotion Rurale Lempdes, 40 pp.Arite-Zelise, M. (2003) Amélioration variétale de la tomate vis à vis de R. Solanacearum et GeminivirusBTS TV option Amélioration des Plantes et Technologies des semences, 44 pp.Arthein, M. (2006) Influence de la fertilisation azotée sur les teneurs en ammonium, nitrate et sur l’activitéNitrate Réductase de feuilles d’igname (Dioscorea spp.) Master Bio ressources des RégionsTropicale et Méditerranéennes, Université Paris XII Val de Marne /Créteil, 20 pp.Beuzelin, J. (2002) Etude de la variabilité phénotypique de souches guadeloupéennes du puceron Aphisgossypii Glover. Licence de Biologie Cellulaire et Physiologie Licence de Biologie Cellulaire etPhysiologie, Université de Rennes, 32 pp.Cafe, D., Nicodi, M., Carduner, S., Chatony, M. & Jacoby-Koaly, K. (2002) Impacts, Pertinence et Limitesde la Lutte Biologique : Applications Entomologiques de la Lutte Biologique. Maîtrise en Scienceset Techniques Agronomiques et Développement Rural, Université Antilles-Guyane, 42 pp.Cathorc, E. (2008) Etude de la composition en glucides des tubercules de D. cayenensis cv Grande savane àdifférents stades de leur croissance en relation avec la photopériode. BTS Biochimie Martinique.Césaire, L. (2007) Comportement variétal de Disocorea alata face à l'anthracnose. BTSA Rechnologiesvégétales, amélioration des plantes et technologies des semences et plants, LEGTA Guadeloupe, 64pp.Charles, M. (2005) Domestication d'une igname sauvage, Dioscorea cordata. Licence Mémoire de stage deLicence Professionnelle en Agroenvironnement, 30 pp.D'Amours Loowther, S. J. (2003) Etude de la diversité génétique de Dioscorea trifida. DEUG Baccalauréaten Biologie, Université de Sherbrooke (Canada), 5 pp.Dartron, C. (2007) Accumulation d’amidon chez D. alata cv Belep. Licence Biologie, Université des Antilleset de la Guyane, 15 pp.De la Chevrotière, C. (2004) Caractérisation des bégomovirus présents en Guadeloupe dans les plantesadventices. DEUG Baccalauréat en Biologie, Université de Sherbrooke (Canada), 32 pp.Delcourt, S. (2008) Cartographie des facteurs génétiques de la résistance à l’anthracnose chez l’ignameDioscorea alata. Master 2 spécialité technologies du végétal et productions spécialisées, Universitéd’Angers, 29 pp.Durand, O. (2004) Incidence et prevalence des Badnavirus et des potyvirus chez les ignames (Dioscorea sp.)sauvages et cultivées - Analyse comparative de la diversité de l'hôte et des badnavirus associés.Ecole d'Ingénieur HES, Lulliers/Changins, Suisse, 48 pp.Edon, K. (2004) Maladies des feuilles jaunes de la canne à sucre : analyse de la dissémination du virus etcaractérisation de cultivars résistants au vecteur. DEA Environnement Tropical et Valorisation dela Biodiversité, Université Antilles-Guyane 32 pp.Faucheux, P. (2008) Igname et anthracnose, éléments d'épidémiologie : modélisation tridimensionnelle desfeuilles et dispersion des spores par la pluie. Diplôme d'Agronomie Générale (stage d'annéeinterstitielle), Ecole Nationale Supérieure d'Agronomie de Rennes, 35 pp.Frénet, C. (2008) Contribution à la caractérisation des Curvularia sur l’Igname en Guadeloupe . BTSTechnologies Végétales, LEGTA de l’Oise, 26 pp.Gérard, N. (2002) Rôle des facteurs climatiques sur la dynamique des populations de Bemisia tabaciGennadius : mise au point d'une enceinte climatique régulée, et effets de la photopériode et del'humidité relative sur le taux d'accroissement des populations. DAA Protection des Plantes etEnvironnement, Ecole Nationale Supérieure Agronomie de Montpellier, 29 pp.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 69 sur 79

Germain, M.-A. (2007) Génotypage à l’aide de marqueurs AFLP d’une population F1 pour la cartographiede la résistance à l’anthracnose chez Dioscorea alata. Licence Biotechnologie Biologie, Universitéde Sherbrooke (Canada), 27 pp.Goudou, L. (2002) Contribution à la mise au point d'une méthode d'estimation conjointe de la colonisationfusarienne et mycorhiziennes des racines chez l'igname. Maîtrise de biologie populations et desécosystèmes, Université Antilles-Guyane, 20 pp.Guilmette, M. (2002) Recherche de résistance au flétrissement bactérien causé par Ralstonia solanacearumet au PYMV chez différents génotypesnde Lycopersicon esculentum et pimpinellifolium. Maîtrise deBiologie, option Microbiologie, Université de Sherbrooke (Canada), 19 pp.Jutras, M.-E. (2002) Influence de l'humidité relative sur le cycle biologique de l'aleurode Bemisia tabacibiotype B sur melon. Maîtrise de Biologie, option Ecologie, Université de Sherbrooke (Canada), 29pp.Kuhnemuth, S. (2008) Genetic and phenotypic characterisation of Colletotrichum gloeosporioides strainsisolated from Yam (Dioscorea alata) Assistant Technicien en Biologie, Lise Meitner Schule (Berlin,Allemagne), en cours.Laborie, E. (2003) Identification des plantes adventices hôtes du TYLCV et du PYMV en Guadeloupe.ENSAT.Lebrun-Julien, F. (2003) Influence de la photopériode et de l’humidité relative sur le cycle biologique del’aleurode Bemisia tabaci biotype B sur melon, Maîtrise de Biologie, option Ecologie, Université deSherbrooke (Canada), 19 pp.Loiselle, M.-C. (2005) Extraction d’ADN d’une population F1 pour la cartographie de la résistance àl’anthracnose chez Dioscorea alata. Licence Biotechnologie Biologie, Université de Sherbrooke(Canada=, 20 pp.Luce, N. (2006) Incidence de facteurs externes sur le développement de plantules d’igname (Dioscorea sp.)issues de culture in vitro. L’activité Nitrate Réductase de feuilles d’igname (Dioscorea spp.) MasterSciences de la Vie, de la Terre, de l'Univers et de l'Environnement, Université de Nantes, 16 pp.Mahloul, M. (2003) Analyse du comportement d'alimentation des Hémiptères : méthodes factorielles,classification, analyse temporelle descriptive et probabiliste. DEA de Biomathématiques, UniversitéPierre et Marie Curie Paris;, 12 ppMalcousu, M.-A. (2003) Algorithme de Kohonen : Application à l'analyse de données issues d'études ducomportement d'insectes. Maîtrise Mathématique Appliquée aux Sciences Sociales, UniversitéAntilles-Guyane, 16 pp.Marc, B. (2002) Sélection de variétés de tomates résistantes au flétrissement bactérien causé par Ralstoniasolanacearum. BTSA Option Productions Horticultures, 38p.Marquier, M. (2003) Développement épidémique des maladies à bégomovirus PYMV et TYLCV sur tomateen Guadeloupe : effet de la pression d'inoculum primaire et de barrières physiques. Diplôme desTechniques Agricoles Approfondies Santé du Végétal Agronomie Economie et Environnement,nstitut National d'Horticulture Angers, 47 pp.Poulin-Laprade, D. (2007) Phénotypage d’une population F1 pour la cartographie de la résistance àl’anthracnose chez Dioscorea alata Licence Biotechnologie Microbiologie, Université deSherbrooke, Canada, 25 pp.Ramade, F. (2005) Etude de la diversité génétique et des caractéristiques de la niche écologique d'uneespèce d'igname sauvage Dioscorea polygonoïdes des forêts de Guadeloupe. Maîtrise de Biologiedes Populations et des Ecosystèmes. Université Antilles-Gyane, 30 pp.Romain, L. (2007) Influence du photopériodisme sur la tubérisation d’igname issue de vitroplants. BTSATechnologie Végétale - Martinique, 35 pp.Royer, L. (2007) Analyse de l'influence de la toxicité aluminique sur deux espèces d'igname (Dioscoreacayenensis-rotundata et Dioscorea alata). Master de Chimie option Substances Naturelles etMédicaments,Université de Reims, 25 pp.Saint-Etienne, L. (2004) Contribution à l’étude du potentiel mycorhizogène de sols cultivés (Igname) et desols non anthropisés (forêt marécageuse à Pterocarpus officinalis) de Guadeloupe. DEAEnvironnement Tropical et Valorisation de la Biodiversité, Université Antilles-Gyane, 39 pp.Saint-Hilaire, M. (2002) Etude de la propagation du PYMV dans des variétés de tomate sensibles etrésistantes. Maîtrise de Biologie, option Ecologie, Université de Sherbrooke (Canada) 16 pp.Sauboua, P. (2007) Identification des souches de R.solanacearum présents en Guadeloupe et évaluationd'hybrides INRA de tomates pour leur résistance aux maladies à bégémovirus PYMV et TYLCV, etau flétrissement bactérien. ENITA de Bordeaux, 115 pp.Schnell, C. (2008) Présentation des résultats du stage qualité au CRBI de l'INRA Guadeloupe. Rapport destage en entreprise de fin de deuxième année : Diplôme d'Ingénieur de l'Ecole Nationale Supérieured'ingénieurs / filière Maîtrise des Risques Industriels, 22 pp.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 70 sur 79

Enseignement & formationSimard, G. (2003) Etude de la diversité génétique de Dioscorea trifida et de son cortège de virus. DEUGBaccalauréat en Biologie, Université de Sherbrooke (Canada), 8 p.Taillon, R. (2006) Sélection des couples d’amorces d’AFLP pour la cartographie de la résistance àl’anthracnose chez Dioscorea alata. Licence Génie Biotechnologique, Université de Sherbrooke(anada), 17 pp.Tégar, Z. (2005) Etudes préliminaire sur le charançon, Diaprepes famelicus, ravageur des tuberculesd'ignames, Dioscorea sp, aux Antilles Françaises. BTS Anabiotech, Rodez, 22 ppThaben, N. (2007) Genetic characterisation of Colletotrichum gloeosporioides isolated from Yam (Dioscoreaalata). Assistant Technicien en Biologie, Lise Meitner Schule (Berlin, Allemagne), 12 pp.Thésauros, G. (2004) Evaluation du comportement de l’igname (Dioscorea sp.) vis-à-vis de l’aluminium.Maîtrise de Chimie, Université Antilles Guyane Pointe-à-Pitre, 24 pp.Villeneuve, M. A. (2004) Diversité des igames sauvages de Guadeloupe évaluée à partir de catactérisquesmorphologiques et cytologiques. Université de Sherbrooke, Canada.Villeneuve, M. A. (2005) Etude des caractéristiques de la résistance de Vyta (variété de tomate sélectionnéeà Cuba pour sa résistance au TYLCV) au PYMV et au TYLCV de Guadeloupe. Licence GénieBiotechnologique, Université de Sherbrooke (Canada), 25 pp.Yuikety, K. (2003) Evaluation de la résistance variétale aux bégomovirus sur la tomate. Licence GénieBiotechnologique, Université de Sherbrooke (Canada), 11 pp.D- Diffusion de l’information et de la culture scientifique et techniqueElle est réalisée principalement par le biais de la Fête de la Science, à laquelle nous participonschaque année. Nous privilégions les supports des collections entomologiques et de l’herbier pourdiffuser des informations et des messages relatifs à la biodiversité, la protection intégrée descultures, et la gestion des ressources biologiques. Lors de ces manifestations, nous utilisons dessupports ou moyens tels que boîtes de collection thématiques, exposés, dispositifs pédagogiques.Le public visé est le grand public.Nous organisons également une à deux fois par an des accueils de scolaires (primaire etsecondaire), toujours sur les mêmes thèmes et avec les mêmes supports, mais en adaptant lediscours au niveau des élèves.Certains évènements (soixantenaire du Centre notamment) ont été l’occasion de présenter desstands plus structurés, avec des sessions grand public et des session pour les scolaires. Dans cecadre, nous avons pu présenter des animations sur le CRB, et sur les techniques utilisées dansl’unité (culture in vitro, biochimie).Enfin, nous sommes associés à un projet du Conseil Général de la Guadeloupe, qui vise àréhabiliter son jardin botanique, et à mettre en place une exposition permanente sur les insectes etplantes de la Guadeloupe. Les thèmes abordés sont la préservation de la biodiversité et des milieuxnaturels de la Guadeloupe et la valorisation économique des ressources végétales. Nous apportonsnotre expertise pour la conception des supports et du contenu des animations.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 71 sur 79

E- Formation permanente des personnels de l’unitéLes besoins en formation des personnels de l’unité sont évalués plus ou moins formellement, àdifférentes occasions : lors des entretiens d’évaluation des ingénieurs, techniciens et administratifs,lors d’entretiens individuels demandés par les agents, ou lors d’offres de formation lancée par laFormation permanente du Centre. Une analyse des besoins est réalisée, et se traduit par un pland’action annuel, remis à jour en continu.Les formations dédiées aux chercheurs s’organisent de façon plus opportuniste en fonction desoffres nationales, où en concertation directe avec des laboratoires d’accueil.L’analyse des formations suivies a été conduite en réalisant une typologie selon le public(techniciens, administratives, chercheurs), et le contenu de la formation.160Somme de Nb de jours1208040AgentTechniciensChercheursAdministratives0LanguesTechniqueInformatiqueQSERédaction &communicationManagementDocumentationEcolechercheurStatistiqueScientifiqueAdministratifPersonnelleType de formationNombre de jours de formation sur la période 2002-2007.L’effort a été conséquent, avec en moyenne 3 jours de formation par agent et par an.Classiquement, les formations dans les domaines des langues, des techniques et de l’informatiquesont les plus importantes en quantité.Les formations en rédaction et communication ont consisté principalement à l’accompagnementpour la préparation des campagnes d’avancement, qui se sont soldées par un taux de succèsrelativement élevé ces dernières années.Au niveau administratif, les outils de gestion nationaux ont été en constante évolution. Ceci anécessité des formations fréquentes, aussi bien en gestion budgétaire qu’en gestion des ressourceshumaines.Les formations en assurance qualité se sont déroulées sous forme d’atelier et ont permis une bonnesensibilisation générale. Des renforcements sont en cours, avec des formations au référentiel ISO9001. D’une façon générale, la démarche n’est pas assimilée à tous les niveaux, et on perçoit unbesoin de renforcement par une personne ayant vraiment un cursus de qualiticien, et y consacrantsuffisamment de temps.L’évolution de nos programmes ces dernières années s’est accompagnée par des formations assezfréquentes en biologie moléculaire, qui permettent maintenant aux agents d’utiliser des outils dediagnostic, des marqueurs moléculaires, des logiciels de cartographie génétique.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 72 sur 79

AnnexesAnnexesLettres de mission à la directrice d’unitéINRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 73 sur 79

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AnnexesINRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 75 sur 79

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AnnexesINRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 77 sur 79

Tableau de gestion prévisionnelle des emplois et compétencesRéflexion GPEC par projets pour instruction budgétaire 2008-2010Projet Type Compétences clés Problème ou besoin Leviers possibles Demande Département(s)CRBAnimation du projet et Besoin de reconnaissance Avancement au choixProfil IE Animateur CRBIgnamesde l’équipede l’animatrice au niveau IE CIPP 2008GAPProjetfédérateurde l’unité,Maintenance siteinternet & bases dedonnées webManagement de laqualitéDétection/assainissement maladies viralesDéveloppement departenariatinternationalCaractérisations agromorphologiquesAssuré par CDD, départmars 2007Assuré par CDD, départjuin 2007Assuré par VCAT, départnovembre 2007, techniquespas encore au point enroutinePas de personne ressourcesur le centreManque de brasCIR 2009Recrutement VCAT EIC 9 2008Recrutement VCAT et CDD sur projetCPER 2008-2009Recrutement IE partagéCDD qualiticien sur projet CPER 2008Formation AJT équipe,suivi par animatrice qualitéRecrutement ingénieur QSE 12 CentreCDD 5 mois sur projet RégionFormation interne par VCAT, mais à terme,charge de travail trop lourdeRedéploiement interne ?Partenariat CIRAD ?Mutualisation UE (mais même problème)Recrutement AJTProfil IE Ingénieur bases dedonnées web GAP SPE GAEA (partagé URZ 10 ,URAPC 11 )Profil IE QSEMICSDARProfil AJT expérimentationchamp GAP9 Equipe Informatique de Centre10 Unité de Recherche en Zootechnie11 Unité de Recherche en Agropédoclimatique12 Qualité, Sécurité, EnvironnementINRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 78 sur 79

AnnexesProjet Type Compétences clés Problème ou besoin Leviers DemandeDépartement(s)SystèmesIgnamesProjet fédérateurde l’unitéGénétiqueActions analyse génétiqueavec postdoc pas terminéeNouveau post-doc OKProfil CR génétique GAP(à définir en 2009)Difficulté pour prendre encharge l’ensemble desactivités (analysegénétique, mélangesvariétaux, composantes dela résistance)Accueil d’un scientifique sur 7 ème PCRD(REGPOT, avec Cirad) 2009VCAT Pétro/Guyader 2009Recrutement d’un CRProjetd’unitéAnimation intra et interthèmesParfois insuffisante,pérennité inter-thèmes ?Avec UE Expérimentations Pas de cadre pour prise ensystèmes Ignames charge projetProjetsAnimation scientifique, Programmes confiés enscientifiques leadershipgrande partie à des IE, IR etAIAteliers communs Culture in vitro Charge de travail trop fortepour la technicienneProjetsExpertise phytosanitaire Agents tous proches de lad’expertise,retraited’appui audéveloppementConservation etvalorisation descollections mortesBases de données webCommunicationévénementielle (vitrine del’INRA), gestion dupatrimoine, mise à jourdes bases de donnéesAssuré par CDD, départmars 2007Entomologistes bientôt à laretraite, reste l’agent chargéde l’herbierDirection unité DU actuelle jusqu’à fin2009Remise à niveau conduite de projetPrévoir relais direction des 2 unitésRecrutementPartenariat URAPC et CIRAD,recrutement en génétiqueMobilité depuis URAPC, avecformation (mi-temps AJT) ?Partenariat SPV ou CIRAD (rien en vue)Transmission de compétences +modalités pédagogiquesRecrutement IE partagéOrienter la mission herbier vers insectesPrévoir relais direction des 2 unitésProfil IE EAProfil CR génétique GAP(à définir en 2009)Profil IE Ingénieur basesde données web GAPSPE GA EA (partagéURZ, URAPC)INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 79 sur 79