Bilan-Scientifique UR979 - Inra

Rapport scientifique – Résultats – Diversité D. trifidaAnalyse de la diversité génétique de D. trifidaUne première évaluation de cette diversité a été réalisée avec des marqueurs AFLP pour obtenirune vision globale de la diversité génétique. Les résultats donnent une première idée de l’originedes formes sauvages. Tous les individus sauvages décrits dans le chapitre précédent forment ungrand groupe divisé en trois sous-groupes. D’une manière générale, l’analyse AFLP met enévidence une topologie géographie-ethnie, calquée sur les zones de collectes. Les échantillonsrécoltés sur le littoral et sur les marchés sont comme attendu fortement dispersés, témoignant d’unéchange important de tubercules. La moitié des accessions de Guadeloupe et Martinique formentun groupe distinct, le reste est en mélange avec les accessions du littoral et des marchés.Une deuxième analyse a été réalisée avec des marqueurs microsatellites nucléaires. L'analyse de ladiversité neutre des pools cultivés dans les différentes régions (Guyane, Martinique, Guadeloupe)permettra de déterminer i) si la diversité génétique présente dans ces différentes régions est dumême ordre de grandeur, ii) s'il existe des groupes génétiques originaux cultivés dans l'une oul'autre de ces régions. Nous pourrons également mieux comprendre l'origine de la diversité et lesprincipaux facteurs qui déterminent l'organisation spatiale de la diversité cultivée dans ces régions.On cherchera également à déterminer l'importance de la recombinaison entre formes sauvages etcultivées dans l'apparition de nouvelles variétés.Analyse des caractéristiques virologiques du matériel collectéProphylaxie et sélection sanitaire peuvent contribuer largement au contrôle des maladies à virus del’igname. Cependant, l'amélioration génétique reste la solution la plus facile à mettre en oeuvre.Les phases d'évaluation nécessitent une gamme d'isolats représentative de la variabilité des virus.Cela implique d’identifier les virus présents sur les ignames mais aussi de les caractériser d’unpoint de vue génétique.Deux potyvirus étaient principalement connus pour être responsables des épidémies enGuadeloupe, Martinique et Guyane et avaient permis le développement d’outils de diagnosticmoléculaires adaptés. Nous avons montré l’existence d’un troisième potyvirus sur les troisprincipales espèces cultivées aux Antilles et en Guyane (ACL30).Nous avons mené la première évaluation et application de la taxonomie quantitative à la famille desCaulimoviridae (ACL29). C’est aussi la première étude phylogénétique approfondie qui prend encompte l’origine commune entre les LTR retrotransposons et les caulimovirus. Nos résultatsconfirment la classification actuelle basée principalement sur l’organisation génomique.L’émergence des badnavirus apparaît plutôt liée à notre capacité récente à les mettre en évidence etleur supposée large variabilité à notre incapacité à les classer.Nous avons appliqué les outils taxonomiques décrits précédemment à la connaissance desbadnavirus de l’igname (soumis). L’analyse de la prévalence des badnavirus dans les Caraïbes(Guadeloupe et Martinique), l’Amérique du sud (Guyane) et l’Afrique (Bénin) révèle une très largerépartition de ces virus et une prévalence contrastée sur les différentes espèces d’ignames.L’analyse de la diversité moléculaire des badnavirus permet de les classer en 12 espèces distinctes.La phylogénie présente une importante radiation, telle qu’observée chez le genre Badnavirus. Ellen’autorise une interprétation que chez les espèces appartenant à même RGS (related speciesgroups). Deux RGS regroupent 5 espèces d’origine Africaine reliées à D. rotundata. Les espècesafricaines de badnavirus sont caractérisées par une large gamme d’hôtes incluant les ignamessauvages et cultivées. Deux autres RGS regroupent 5 espèces, ainsi que deux autres espècesdistinctes sont probablement originaires d’Asie-Pacifique. Leur gamme d’hôtes est limitée auxprincipales Dioscorea (D. alata, D. esculenta et D. pentaphylla) communément cultivées dans cesrégions. Les phénomènes de recombinaison dans les conditions naturelles sont rares. L’analyse dessubstitutions nucléotidiques révèle un rôle majeur de la sélection négative dans l’évolution de latranscriptase inverse des badnavirus. Les mécanismes à l’origine de la spéciation des badnavirus del’igname et le scénario le plus probable de leur dispersion à l’échelle continentale sont proposés.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 23 sur 79