Bilan-Scientifique UR979 - Inra

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MMMEmpreintes génétiques de souches de C. gloeosporioides obtenues par la technique RAMS (exemple avecune amorce, M = marqueur de taille).Arbre de classification hiérarchique pour 20 souches de C. gloeosporioides obtenu par analyse RAMS(profils de 5 amorces). Les valeurs statistiques de support sont indiquées au niveau de chaque branche, après10 000 rééchantillonnages (multiscale bootstrap resampling).INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 38 sur 79
Rapport scientifique – Résultats – Projet IgnamesInteractions génétiques igname D. alata / anthracnose2006-2008 D. Pétro (IE), S. Guyader (CR)L’analyse génétique de la résistance est faite en phénotypant différentes accessions de D. alata àl’aide de plusieurs souches de l’agent causal de la maladie, en collection dans la mycothèque. Maisla majorité des souches de cette mycothèque ne sont pas encore caractérisées au niveaumoléculaire, et ne le sont que partiellement au niveau phénotypique. Le phénotypage des seulessouches utilisées pour l’analyse de la résistance a été entamé par l’équipe de génétique. Il nous estdonc apparu crucial d’approfondir et d’élargir phénotypage et génotypage à l’ensemble des souchesde la collection. Phénotypage des souchesEn nous basant sur une première caractérisation du pouvoir pathogène de quelques soucheseffectué sur une soixantaine de cultivars d’igname, une gamme différentielle d’hôtes a étéconstituée, composée de 6 cultivars qui nous serviront pour procéder au phénotypage complet de lamycothèque. Cette partie du programme vient de démarrer. Une fois ce phénotypage effectué, unegamme différentielle de souches pourra être constituée pour, en retour, permettre de phénotyper denouvelles accessions d’igname utilisées dans l’analyse génétique de la résistance. Génotypage des souchesNous avons choisi la technique RAMS (Random Amplified MicroSatellite) qui présente l’avantagede pouvoir résoudre les marqueurs (essentiellement neutres et dispersés sur le génome) sur simplegel d’agarose, et donc d’être facilement réalisable en routine. Un premier test de cette technique sur20 souches a permis de sélectionner 5 amorces révélant une centaine de marqueurs polymorphes.L’analyse a révélé un profil unique (haplotype) pour chaque souche, en accord avec les résultatsd’un premier travail de caractérisation génétique (THE1) utilisant la technique d’AFLP. Notre étudea par ailleurs montré que les haplotypes se scindent en deux groupes distincts même si i) ladiversité intra-groupe reste importante et ii) aucun regroupement ne se fait sur la base de l’originegéographique, de la plante source, ni de la date de collecte. Les souches qui avaient été utiliséeslors de la cartographie des résistances sont réparties entre les deux groupes, ce qui valide le choixinitial. Au niveau de la génétique des populations, le déséquilibre de liaison est apparu trèssignificatif, contrairement aux résultats précédents (THE1) suggérant une multiplication clonaleimportante chez les populations de C. gloeosporioides analysées. Enfin, trois souches divergentnettement des autres et ne sont pas amplifiées par PCR avec des amorces spécifiques de C.gloeosporioides. Durabilité des résistancesLa durabilité des résistances est un aspect essentiel pour le projet intégré ignames. Il nous a sembléintéressant d’avoir une approche synthétique du problème, en nous inspirant des travaux réaliséssur le pathosystème Leptosphaeria maculans / Colza (équipe durabilité des résistance, UMRBiO3P Rennes). L’objectif est de placer plusieurs accessions résistantes en monoculture plusieursannées de suite sous forte pression d’infection, et de caractériser les isolats issus de chaque cyclecultural (isolement et culture monospore, puis pathotypage et génotypage) afin d’étudier l’impactde différents gènes ou QTL de résistance sur les populations du bioagresseur. Cette méthodepourrait permettre de prédire les contournements possibles de résistance en culture et d’expliciterl’évolution des souches. L’essai a été mis en place en 2008 avec une première annéed’homogénéisation (inoculation d’une variété sensible par un mélange de souches locales, puisrestitution des résidus infectés au sol). Les cycles culturaux de test de durabilité proprement dits sedérouleront à partir de 2009, pendant au moins 3 ans.INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 39 sur 79
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