Bilan-Scientifique UR979 - Inra

Pour progresser sur la connaissance des ressources biologiques, il faut évaluer le potentiel denos collections de plantes cultivées et d’auxiliaires naturels. Notamment, il faut préciserl’importance et l’intérêt de la diversité, ainsi que sa structuration. Pour cela, il est nécessaire dedévelopper des outils moléculaires de marquage des accessions ou isolats, en partenariat avec deséquipes de l’Hexagone (UMR DAP pour le développement de marqueurs microsatellites surIgname, UMR Interactions biotiques et Santé Végétale pour les sondes d’ADN satellite et les ITSet CBGP pour les ITS et microsatellites de nématodes entomopathogènes).Pour faire connaître nos ressources, rassembler des informations sur les ressources d’autresinstituts, et dans certains cas les héberger, nous jouons un rôle moteur dans le réseau Caraïbe desressources génétiques (CAPGERNET). Nous participons aux animations du Global Crop DiversityTrust (bailleur de fonds) et avons établi des liens avec le Central Tuber Crops Research Institute enInde et avec l’Institut Agronomique Néo-Calédonien.Pour nous mettre en capacité de diffuser du matériel végétal, ce qui passe principalement par lamaîtrise ou la mise au point des méthodologies d’assainissement, nous développons le partenariatavec le CIRAD de Montpellier sur les méthodes de diagnostic viral et de thermothérapie. Noustravaillons aussi avec l’IRD de Montpellier sur le développement de la cryothérapie.Sur le thème des interactions plantes-bioagresseurs-facteurs du milieuNous nous sommes penchés principalement sur deux pathosystèmes. Le premier correspond à unproblème émergent en zone tropicale (Bemisia tabaci et les virus transmis sur culturesmaraîchères), et le second, à une maladie de l’igname Dioscorea alata (l’anthracnsoe), considéréeau niveau mondial comme un des principaux facteurs limitant la production.Etapes pour l’étude de la résistance aux bioagresseursComprendre l’organisation sur le génome des facteurs de résistanceComprendre le mode d’action de ces résistances, repérer les modes spécifiques etaspécifiquesProposer des constructions génétiques des résistances, raisonnées pour une meilleuredurabilitéPour les deux pathosystèmes, la stratégie consiste à construire des populations en ségrégation pourla résistance aux pathogènes considérés, afin de réaliser une analyse génétique. Les questions derecherche portent sur les types de résistances observées (quantitative vs mono ou oligogéniques), etsur les composantes de ces résistances, en lien avec les différentes étapes des processusépidémiques. Pour ces analyses, il est nécessaire de développer des outils de phénotypage(méthodologie pour quantifier les résistances) adaptés à la diversité de l’agent pathogène, ainsi quedes marqueurs moléculaires de résistance. Nous avons mis en place un partenariat avec l’INRAd’Avignon (GAFL) et d’Angers (UMR GenHort), qui ont des compétences fortes sur la thématiquede durabilité des résistances et sur la génétique des espèces polyploïdes.Pour l’agent pathogène de l’anthracnose, il était nécessaire de progresser sur la connaissance de sadiversité génotypique et phénotypique. D’où les questionnements suivants : la diversité despopulations de l’agent pathogène est-elle importante ? Est-elle structurée par le génotype de laplante-hôte ? Quels sont la virulence et le pouvoir pathogène des différents isolats sur la collectionde référence d’ignames ? Ceci permettra de constituer une gamme d’hôtes différentielle pour lesétudes de génétique de la résistance. Ces études de diversité ont été menées en partenariat avecl’INA-PG.Dans l’optique de déployer des variétés à résistance durable, il faut évaluer quelle est la réponsede la population du pathogène au déploiement d’une variété résistante. Les QTL mis en évidencepar des tests en conditions contrôlées sont-ils valides au champ, et la résistance est-elle stable dansle temps ?INRA URPV, évaluation 2008 (bilan), Page 10 sur 79