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Report di validazione del metodo Real Time PCR per il rilevamento ...

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ISTITUTO ZOOPROFILATTICO SPERIMENTALEDELLE REGIONI LAZIO E TOSCANA(D.L.vo 30.06.1993 n. 270)SEDE CENTRALE - Via Appia Nuova, 1411 - 00178 Roma/CapannelleTel. (06) 79099.1 (centralino) - Fax (06) 79340724www.izslt.itBIOTECNOLOGIECentro <strong>di</strong> Referenza Nazionale <strong>per</strong> la Ricerca <strong>di</strong> OGMTel. 06 79099450- 447 Fax. 06 79099450e-ma<strong>il</strong>: crogm@izslt.it<strong>Report</strong> <strong>di</strong> <strong>validazione</strong> <strong>del</strong> <strong>metodo</strong><strong>Real</strong> <strong>Time</strong> <strong>PCR</strong> <strong>per</strong> <strong>il</strong> r<strong>il</strong>evamento e laquantificazione <strong>del</strong> mais MON810(MON-00810-6)Roma, 25/07/2008


Centro <strong>di</strong> Referenza Nazionale <strong>per</strong> la Ricerca <strong>di</strong> OGM<strong>Report</strong> <strong>di</strong> <strong>validazione</strong> mais MON810In<strong>di</strong>ceIntroduzione.......................................................................................................................... 3Elenco dei partecipanti e strumentazione ut<strong>il</strong>izzata....................................................... 4Materiali ................................................................................................................................5Materiali forniti ai laboratori..............................................................................................5Materiali e strumenti forniti dai laboratori partecipanti ..............................................6Disegno s<strong>per</strong>imentale........................................................................................................... 7Risultati ................................................................................................................................. 8Anomalie riportate................................................................................................................8Efficienza e linearità ........................................................................................................... 9Valutazione grafica dei dati dei laboratori ..................................................................... 10Risultati <strong>del</strong>la <strong>validazione</strong>................................................................................................. 13Conclusioni .......................................................................................................................... 13Bibliografia.......................................................................................................................... 14ALLEGATI:ALLEGATO A: "Certificate of analysis ERM®-AD413"ALLEGATO B: "Definition of Minimum Performance Requirements for AnalyticalMethods of GMO Testing European Network of GMO Laboratories (ENGL)"Pagina 2 <strong>di</strong> 14


Centro <strong>di</strong> Referenza Nazionale <strong>per</strong> la Ricerca <strong>di</strong> OGM<strong>Report</strong> <strong>di</strong> <strong>validazione</strong> mais MON810IntroduzioneIl Centro <strong>di</strong> Referenza Nazionale <strong>per</strong> la Ricerca <strong>di</strong> OGM (CROGM), in qualità <strong>di</strong>laboratorio nazionale <strong>di</strong> riferimento secondo <strong>il</strong> Regolamento (CE) 882/2004, haorganizzato uno stu<strong>di</strong>o collaborativo <strong>per</strong> la <strong>validazione</strong> <strong>di</strong> un <strong>metodo</strong> <strong>di</strong>quantificazione <strong>del</strong>l'evento <strong>di</strong> trasformazione mais MON810 rispetto all'ingre<strong>di</strong>entemais.Lo stu<strong>di</strong>o ha coinvolto 19 laboratori nazionali deputati al controllo ufficiale <strong>di</strong> OGMnel settore agro-alimentare ed è stato svolto nel <strong>per</strong>iodo Maggio-Giugno 2008.Ai laboratori è stato fornito un protocollo dettagliato da seguire <strong>per</strong> l'esecuzione <strong>del</strong><strong>metodo</strong>.Il protocollo ut<strong>il</strong>izzato è derivato dall’allegato alla norma ISO 21570:2005,“Foodstuffs - Methods of analysis for the detection of genetically mo<strong>di</strong>fiedorganisms and derived products - Quantitative nucleic acid based methods”[1] e larelativa <strong>validazione</strong> è stata valutata dal Community Reference Laboratory for GMFood and Feed (CRL-GMFF) <strong>il</strong> 10/03/2006 [2].Allo scopo <strong>di</strong> migliorare la praticab<strong>il</strong>ità <strong>del</strong> <strong>metodo</strong>, sono state introdotte piccolemo<strong>di</strong>fiche rispetto al <strong>metodo</strong> pubblicato sul sito web <strong>del</strong> CRL-GMFF:- entrambe le miscele <strong>di</strong> reazione, <strong>per</strong> <strong>il</strong> bersaglio endogeno e <strong>per</strong> quellotransgenico, impiegano una master mix precostituita che consente unamaggiore armonizzazione <strong>del</strong> sistema e una maggiore rapi<strong>di</strong>tà <strong>di</strong> esecuzione<strong>del</strong>la prova;- come calibratore è stato ut<strong>il</strong>izzato <strong>il</strong> plasmide ERM ® -AD413 prodotto ecertificato dall'IRMM e preparato dai partecipanti secondo le in<strong>di</strong>cazionifornite nel certificato allegato al materiale <strong>di</strong> riferimento [Allegato A].L'impiego <strong>di</strong> un calibratore certificato in numero <strong>di</strong> copie ha <strong>il</strong> vantaggio <strong>di</strong>consentire <strong>il</strong> calcolo <strong>del</strong>la <strong>per</strong>centuale <strong>di</strong> MON810 nei campioni incogniti comerapporto <strong>di</strong> numero <strong>di</strong> copie genomiche ottenute <strong>di</strong>rettamente dalla curva <strong>di</strong>calibrazione; viceversa con i calibratori certificati in peso <strong>il</strong> numero <strong>di</strong> copiegenomiche dei calibratori deve essere calcolato <strong>di</strong>videndo la quantità in peso <strong>del</strong>DNA estratto <strong>per</strong> <strong>il</strong> valore 1C me<strong>di</strong>o pubblicato in letteratura <strong>per</strong> <strong>il</strong> genoma <strong>del</strong> mais[3].Il r<strong>il</strong>evamento <strong>di</strong> MON810 avviene attraverso l'amplificazione <strong>di</strong> un frammento <strong>di</strong> 92bp corrispondente alla regione <strong>di</strong> giunzione tra <strong>il</strong> costrutto GM e <strong>il</strong> DNA genomico.L’amplicone comprende una regione <strong>del</strong> promotore 35S derivato dal CaMV e unaporzione <strong>del</strong> genoma <strong>del</strong>la pianta.Per la determinazione <strong>del</strong> contenuto totale <strong>di</strong> DNA <strong>di</strong> mais viene amplificata unasequenza <strong>di</strong> 79 bp, <strong>del</strong> gene <strong>del</strong>la proteina high mob<strong>il</strong>ity group (hmg), caratteristica<strong>di</strong> Zea mays.Il contenuto relativo è ottenuto attraverso <strong>il</strong> rapporto tra <strong>il</strong> numero <strong>di</strong> copie <strong>di</strong>genoma aploide (1C) determinato <strong>per</strong> l’evento MON810 (MON-00810-6) ed <strong>il</strong> numerototale <strong>di</strong> copie genomiche aploi<strong>di</strong> <strong>di</strong> DNA <strong>di</strong> mais.Lo stu<strong>di</strong>o collaborativo e la valutazione dei relativi risultati sono stati effettuatisecondo le seguenti linee guida internazionali:- ISO 5725:1994 [4];- Definition of Minimum Performance Requirements for Analytical Methods ofGMO Testing European Network of GMO Laboratories (ENGL). Version 25-01-2005 [Allegato B].Pagina 3 <strong>di</strong> 14


Centro <strong>di</strong> Referenza Nazionale <strong>per</strong> la Ricerca <strong>di</strong> OGM<strong>Report</strong> <strong>di</strong> <strong>validazione</strong> mais MON810Elenco dei partecipanti e strumentazione ut<strong>il</strong>izzataTabella 1: Partecipanti e strumentazione ut<strong>il</strong>izzataAPPA BolzanoARPA Em<strong>il</strong>ia RomagnaARPA Friuli Venezia GiuliaDipartimento Provinciale <strong>di</strong> PordenoneARPA Friuli Venezia GiuliaDipartimento <strong>di</strong> TriesteARPA PiemonteARPA Valle d'AostaARPA VenetoASL 10 - FirenzeASL <strong>del</strong>la Provincia <strong>di</strong> CremonaICycler iQ (BioRad)iCycler (BioRad)iCycler (BioRad)ICycler (BioRad)(BioRad)ICycler IQ5 (BioRad)ABI Prism 7000 (Applied Biosystems)ICycler (BioRad)Gene Amp 5700 SDS (Applied Biosystems)ENSE ABI SDS 7000IZS Abruzzo e MoliseIZS Lazio e ToscanaABI Prism 7900HT Fast <strong>Real</strong> <strong>Time</strong> <strong>PCR</strong> System(Applied Biosystems)ABI Prism 7900HT (Applied Biosystems)IZS Lombar<strong>di</strong>a e Em<strong>il</strong>ia RomagnaIZS MezzogiornoIZS Piemonte Liguria e Valle d'AostaIZS SardegnaIZS Sic<strong>il</strong>iaIZS Umbria e MarcheIZS VenezieABI Prism 7700 (Applied Biosystems)ABI Prism 7900HT (Applied Biosystems)ABI Prism 7700 (Applied Biosystems)ABI Prism 7700 (Applied Biosystems)ABI Prism 7700 (Applied Biosystems)ABI Prism 7700 (Applied Biosystems)ABI Prism 7700 (Applied Biosystems)*Uno dei laboratori ha ut<strong>il</strong>izzato <strong>il</strong> termoblocco a 384 pozzetti.Pagina 4 <strong>di</strong> 14


Centro <strong>di</strong> Referenza Nazionale <strong>per</strong> la Ricerca <strong>di</strong> OGM<strong>Report</strong> <strong>di</strong> <strong>validazione</strong> mais MON810MaterialiMateriali forniti ai laboratoriStandard: <strong>per</strong> la calibrazione <strong>del</strong>lo strumento sono stati forniti una aliquota <strong>del</strong>volume <strong>di</strong> 180 µl <strong>del</strong> plasmide ERM ® -AD413 e una aliquota <strong>di</strong> 6 ml <strong>del</strong> rispettivoBuffer <strong>di</strong> <strong>di</strong>luizione (TE).Campioni incogniti <strong>di</strong> DNA: 20 campioni incogniti <strong>di</strong> DNA marcati da C1 a C20 allaconcentrazione <strong>di</strong> 20 ng/µl (80 µl).I campioni <strong>di</strong>stribuiti sono stati estratti da:- farine <strong>di</strong> mais certificate <strong>per</strong> <strong>il</strong> contenuto relativo in peso (w/w) <strong>di</strong> maisMON810 (IRMM), <strong>il</strong> livello MON810 10 g/kg (1%) è certificato anche <strong>per</strong> <strong>il</strong>contenuto in un numero <strong>di</strong> copie <strong>di</strong> genoma aploide (g.c./g.c.);- un mangime misto non contenente OGM.Tabella 2: Materiali ut<strong>il</strong>izzati <strong>per</strong> la preparazionedei campioni C1-C20MON810MON810MON810MON810Contenuto e co<strong>di</strong>ce deicampioni1,00 ± 0,26 g/kgERM ® -BF413b5,0 ± 0,4 g/kgERM ® -BF413c10,0 ± 0,5 g/kg0,57 ± 0,17 % g.c./g.c.ERM ® -BF413d50,0 ± 1,1 g/kgERM ® -BF413fEtichetta campioni<strong>di</strong>stribuitiC5, C9, C11, C16C1, C4, C14, C18C2, C8, C13, C19C7, C10, C15, C20non OGM Mangime misto C3, C6, C12, C17Reagenti- 2X TaqMan® <strong>PCR</strong> Universal Master Mix [5 ml]- HMG For (MaiJ-F2) primer (20 pmol/μl) [80 µl]- HMG Rev (mhmg-rev) primer (20 pmol/μl) [80 µl]- HMG (Mhmg) Probe (5 pmol/μl) [200 µl]- MON For (Ma<strong>il</strong>-F1) Primer (20 pmol/μl) [80 µl]- MON Rev (Ma<strong>il</strong>-R1) Primer (20 pmol/μl) [80 µl]- MON (Ma<strong>il</strong>-S2) Probe (5 pmol/μl) [200 µl]- Acqua grado reagente ster<strong>il</strong>e [10 ml]Tabella 3: Sequenza Primer e Probe ut<strong>il</strong>izzatiNome primer Sequenza 5’-3’HMG For TTg gAC TAg AAA TCT CgT gCT gAHMG Rev gCT ACA TAg ggA gCC TTg TCC THMG Probe FAM-CAA TCC ACA CAA ACg CAC gCg TA-TAMRAMON For TCg AAg gAC gAA ggA CTC TAA CgTMON Rev gCC ACC TTC CTT TTC CAC TAT CTTMON Probe FAM-AAC ATC CTT TgC CAT TgC CCA gC-TAMRAPagina 5 <strong>di</strong> 14


Centro <strong>di</strong> Referenza Nazionale <strong>per</strong> la Ricerca <strong>di</strong> OGM<strong>Report</strong> <strong>di</strong> <strong>validazione</strong> mais MON810Materiali e strumenti forniti dai laboratori partecipanti- MicroAmp Optical 96-Well Reaction Plates- Optical caps or Optical adhesion covers- Micropipette- Supporti <strong>per</strong> provette- Provette tipo Eppendorf DNAse free da 1,5 ml- Provette tipo Eppendorf DNAse free da 2 ml- Strumento <strong>per</strong> <strong>Real</strong> <strong>Time</strong> <strong>PCR</strong> e software <strong>di</strong> analisi- Microcentrifuga- VortexerPagina 6 <strong>di</strong> 14


Centro <strong>di</strong> Referenza Nazionale <strong>per</strong> la Ricerca <strong>di</strong> OGM<strong>Report</strong> <strong>di</strong> <strong>validazione</strong> mais MON810Disegno s<strong>per</strong>imentaleCiascun laboratorio ha provveduto alla preparazione <strong>di</strong> due piastre <strong>di</strong> <strong>PCR</strong> (piastra Ae piastra B) in ciascuna <strong>del</strong>le quali sono state allestite due reazioni, una <strong>per</strong> <strong>il</strong>sistema evento specifico MON810 e l'altra <strong>per</strong> <strong>il</strong> sistema endogeno HMG.Ogni partecipante ha provveduto all'allestimento <strong>del</strong>le <strong>di</strong>luizioni <strong>del</strong> plasmide ERM ® -AD413 secondo le in<strong>di</strong>cazioni <strong>del</strong> protocollo <strong>di</strong> <strong>validazione</strong>, derivate dal certificato<strong>di</strong> analisi [Allegato A] e riportate <strong>di</strong> seguito nella tabella 4.Sono stati caricati i livelli <strong>di</strong> concentrazione <strong>del</strong> plasmide come in<strong>di</strong>cato dalcertificato e i campioni da C1 a C10 e da C11 a C20 rispettivamente <strong>per</strong> le piastre Ae B.Tutti i campioni sono stati analizzati in tre repliche <strong>di</strong> <strong>PCR</strong> <strong>per</strong> <strong>il</strong> sistema MON810 eHMG.Il calcolo <strong>del</strong> contenuto relativo è stato eseguito ut<strong>il</strong>izzando un foglio <strong>di</strong> calcoloexcel fornito dal Centro <strong>di</strong> Referenza.Tabella 4: Preparazione dei calibratoriETConc. InizialeCp/µlConc. FinaleCp/µlFattore <strong>di</strong><strong>di</strong>luizioneVol DNAµlVol BufferµlS1 2 x 10 6 5 x 10 5 4 50 150S2 E 5 x 10 5 10 5 5 50 200S3 E 10 5 2 x 10 4 5 50 200S4 T 2 x 10 4 10 4 2 100 100S5 E T 10 4 2000 5 50 200S6 E 2000 1000 2 100 100S7 E T 1000 200 5 50 200S8 T 200 20 10 50 450S9 T 20 5 4 50 150*E= Endogeno HMG; T= Transgenico MON810Pagina 7 <strong>di</strong> 14


Centro <strong>di</strong> Referenza Nazionale <strong>per</strong> la Ricerca <strong>di</strong> OGM<strong>Report</strong> <strong>di</strong> <strong>validazione</strong> mais MON810RisultatiTabella 5: Risultati0,10% 0,50% 1,00% 5,00%mangimeLab. n. C05 C09 C11 C16 C01 C04 C14 C18 C02 C08 C13 C19 C07 C10 C15 C20 C03 C06 C12 C171 0,04 0,04 0,08 0,05 0,24 0,19 0,28 0,26 0,51 0,44 0,61 0,56 2,86 2,80 3,24 2,87 0,00 0,00 0,00 0,002 0,06 0,05 0,10 0,06 0,33 0,33 0,37 0,33 0,59 0,57 0,75 0,61 2,63 2,26 3,42 2,73 0,00 0,00 0,00 0,003 0,16 0,15 0,10 0,13 0,45 0,40 0,40 0,37 0,83 0,77 0,66 0,95 3,20 4,48 4,06 4,37 0,00 0,00 0,00 0,004 0,09 0,06 0,07 0,08 0,39 0,37 0,32 0,32 0,78 0,51 0,66 0,82 3,57 2,45 3,32 3,96 0,00 0,00 0,00 0,005 0,10 0,12 0,10 0,08 0,43 0,41 0,39 0,40 0,87 0,80 0,94 0,77 4,23 4,13 4,09 3,94 0,00 0,00 0,00 0,006 0,10 0,12 0,09 0,10 0,35 0,36 0,36 0,40 0,74 0,66 0,74 0,85 2,64 3,57 3,21 3,76 0,00 0,00 0,00 0,007 0,12 0,12 0,10 0,10 0,33 0,42 0,42 0,41 0,75 0,72 0,70 0,90 3,33 3,72 3,86 3,66 0,00 0,00 0,00 0,008 0,10 0,08 0,09 0,08 0,34 0,35 0,35 0,35 0,66 0,65 0,70 0,67 3,40 3,25 3,20 3,17 0,00 0,00 0,00 0,009 0,05 0,05 0,07 0,05 0,24 0,27 0,34 0,24 0,61 0,50 0,85 0,54 3,62 2,82 3,38 2,98 0,00 0,00 0,00 0,0010 0,05 0,04 0,05 0,04 0,23 0,16 0,22 0,20 0,35 0,36 0,38 0,32 1,45 1,65 1,65 1,57 0,00 0,00 0,00 0,0011 0,06 0,07 0,06 0,06 0,33 0,27 0,24 0,27 0,53 0,54 0,57 0,55 2,45 2,63 2,55 2,75 0,00 0,00 0,00 0,0012 0,06 0,06 0,07 0,06 0,26 0,25 0,23 0,24 0,56 0,48 0,57 0,47 2,72 2,79 2,67 2,70 0,00 0,00 0,00 0,0013 0,05 0,04 0,07 0,07 0,29 0,21 0,30 0,25 0,52 0,44 0,94 0,47 3,19 2,79 4,27 3,66 0,00 0,00 0,00 0,0014 0,06 0,04 0,03 0,03 0,25 0,29 0,19 0,17 0,50 0,45 0,45 0,28 3,44 2,53 2,01 2,15 0,00 0,00 0,00 0,0015 0,07 0,10 0,10 0,07 0,33 0,31 0,29 0,32 0,69 0,62 0,63 0,69 3,32 3,35 3,00 3,27 0,00 0,00 0,00 0,0016 0,07 0,07 0,06 0,07 0,33 0,39 0,37 0,47 0,61 0,92 0,67 1,00 3,97 4,35 4,04 3,62 0,00 0,00 0,00 0,0017 0,07 0,08 0,07 0,04 0,21 0,27 0,20 0,36 0,54 0,57 0,48 0,47 3,76 4,78 2,77 3,71 0,56* 0,00 0,00 0,0018 0,09 0,08 0,06 0,07 0,41 0,38 0,27 0,29 0,80 0,75 0,54 0,59 3,06 3,11 2,74 2,96 0,00 0,00 0,00 0,0019 0,00 0,00 0,07 0,07 0,32 0,31 0,43 0,41 0,64 0,64 0,66 0,63 2,66 2,51 3,89 2,52 0,00 0,00 0,00 0,00* dato non considerato nelle analisi successiveAnomalie riportate- Il laboratorio 1 ha eliminato <strong>il</strong> punto <strong>di</strong> calibrazione S9 <strong>per</strong> <strong>il</strong> sistema <strong>di</strong>quantificazione MON810 <strong>per</strong> la piastra A;- Il laboratorio 7 ha eseguito le prove con un volume <strong>di</strong> reazione pari a 20 µlinvece <strong>di</strong> 25 µl mantenendo le medesime concentrazioni dei reagenti;- Il laboratorio 14 ha eseguito l'export dei dati con una sola cifra decimale;- Il laboratorio 19 ha eliminato un replicato <strong>di</strong> <strong>PCR</strong> <strong>del</strong> punto <strong>di</strong> calibrazione S9<strong>per</strong> <strong>il</strong> sistema <strong>di</strong> quantificazione MON810 in entrambe le piastre (A e B) e haeliminato <strong>il</strong> punto S5 <strong>del</strong>la calibrazione <strong>del</strong> sistema HMG in entrambe lepiastre (A e B).Pagina 8 <strong>di</strong> 14


Centro <strong>di</strong> Referenza Nazionale <strong>per</strong> la Ricerca <strong>di</strong> OGM<strong>Report</strong> <strong>di</strong> <strong>validazione</strong> mais MON810Efficienza e linearitàTabella 6: Valori <strong>di</strong> slope, efficienza e R 2 <strong>per</strong> i sistemi MON810 e HMGMON810Slope Efficienza (%) R 2Lab. n. A B A B A B1 -3,432 -3,709 95,6 86,0 0,996 0,9852 -3,546 -3,592 91,4 89,8 0,996 0,9903 -3,665 -3,562 87,4 90,9 0,993 0,9964 -3,636 -3,586 88,4 90,0 0,977 0,9995 -3,766 -3,596 84,3 89,7 0,999 0,9966 -3,591 -3,618 89,9 89,0 0,983 0,9997 -3,544 -3,633 91,5 88,5 0,997 0,9988 -3,51 -3,418 92,7 96,1 0,999 0,9959 -3,525 -3,667 92,2 87,4 0,997 0,99510 -3,497 -3,527 93,2 92,1 0,990 0,99011 -3,634 -3,57 88,4 90,6 0,988 0,98812 -3,489 -3,526 93,5 92,1 0,997 0,99513 -3,351 -3,391 98,8 97,2 0,993 0,98914 -3,544 -3,248 91,5 103,2 0,998 0,99815 -3,558 -3,593 91,0 89,8 0,998 0,99816 -3,409 -3,403 96,5 96,7 0,993 0,99717 -3,644 -3,52 88,1 92,3 0,983 0,96918 -3,655 -3,385 87,8 97,4 0,990 0,99519 -3,695 -3,851 86,5 81,8 0,995 0,995Me<strong>di</strong>a Me<strong>di</strong>a Me<strong>di</strong>a-3,555 91,3 0,993HMGSlope Efficienza (%) R 2Lab. n. A B A B A B1 -3,375 -3,413 97,8 96,3 0,999 0,9992 -3,494 -3,644 93,3 88,1 0,992 0,9933 -3,408 -3,407 96,5 96,6 0,999 0,9974 -3,314 -3,269 100,3 102,3 0,993 0,9955 -3,77 -3,648 84,2 88,0 0,999 0,9996 -3,314 -3,385 100,3 97,4 0,999 0,9997 -3,485 -3,479 93,6 93,8 0,999 1,0008 -3,444 -3,482 95,1 93,7 0,999 0,9999 -3,43 -3,334 95,7 99,5 0,996 0,99910 -3,444 -3,365 95,1 98,2 0,997 0,99911 -3,464 -3,471 94,4 94,1 0,999 0,99912 -3,421 -3,316 96,0 100,2 0,999 0,99913 -3,373 -3,326 97,9 99,8 1,000 0,99914 -3,465 -3,356 94,4 98,6 0,995 0,99015 -3,427 -3,451 95,8 94,9 0,999 1,00016 -3,389 -3,269 97,3 102,3 0,996 0,99717 -3,604 -3,598 89,4 89,6 0,996 0,99818 -3,394 -3,382 97,1 97,6 0,998 0,99519 -3,429 -3,476 95,7 93,9 0,996 0,996Me<strong>di</strong>a Me<strong>di</strong>a Me<strong>di</strong>a-3,435 95,7 0,997Per tutti i meto<strong>di</strong> è possib<strong>il</strong>e osservare una buona corrispondenza tra <strong>il</strong> mo<strong>del</strong>lo <strong>di</strong>regressione calcolato e la <strong>di</strong>stribuzione dei dati. In particolare <strong>il</strong> valore <strong>di</strong> R 2 èsempre maggiore o uguale al valore limite <strong>di</strong> accettab<strong>il</strong>ità fissato a 0,98 [AllegatoB]. E' quin<strong>di</strong> possib<strong>il</strong>e osservare una buona linearità <strong>di</strong> risposta nell’intervallo <strong>di</strong>numero <strong>di</strong> copie:- HMG: [1000; 5x10 5 ];- MON810: [25; 5x10 4 ];Per quanto riguarda l’efficienza <strong>di</strong> reazione ricor<strong>di</strong>amo che <strong>il</strong> valore <strong>del</strong>coefficiente angolare (slope) <strong>del</strong>la retta <strong>di</strong> calibrazione è <strong>di</strong>rettamente correlatocon l’efficienza in particolare:⎡⎛E (%) = ⎢⎜10⎢⎜⎣⎝1−slope⎞ ⎤⎟ −1⎥× 100⎟⎠ ⎥⎦Il valore <strong>di</strong> slope me<strong>di</strong>o, e quin<strong>di</strong> l'efficienza <strong>di</strong> reazione, è considerato accettab<strong>il</strong>enel caso in cui sia compreso nell'intervallo [-3,1;-3,6] [Allegato B] corrispondente avalori <strong>di</strong> efficienza compresi tra 110% e 87%. I valori <strong>di</strong> slope <strong>per</strong> i sistemi <strong>di</strong>quantificazione <strong>di</strong> MON810 e HMG sono rispettivamente pari a -3,555 (efficienza:91,3%) e -3,435 (efficienza: 95,7%) e sono quin<strong>di</strong> in accordo con i limiti <strong>di</strong>accettab<strong>il</strong>ità.Pagina 9 <strong>di</strong> 14


Centro <strong>di</strong> Referenza Nazionale <strong>per</strong> la Ricerca <strong>di</strong> OGM<strong>Report</strong> <strong>di</strong> <strong>validazione</strong> mais MON810Valutazione grafica dei dati dei laboratoriLe statistiche h e k <strong>di</strong> Man<strong>del</strong>, oltre che valutare la variab<strong>il</strong>ità <strong>del</strong> <strong>metodo</strong> <strong>di</strong>misurazione, sono anche ut<strong>il</strong>i ai fini <strong>del</strong>l'in<strong>di</strong>viduazione <strong>di</strong> eventuali anomalieattribuib<strong>il</strong>i a singoli laboratori [4]. In particolare la statistica h è un test <strong>per</strong> laverifica <strong>del</strong>la coerenza interlaboratorio (between-laboratory consistency teststatistic) mentre k verifica la coerenza dei dati ottenuti dal laboratorio(within-laboratory consistency test statistic) [4 ].h3,0002,0001,000h0,000-1,000-2,000-3,0001 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19LaboratoriFig. 1: Rappresentazione <strong>del</strong>la statistica h. Le linee tratteggiaterappresentano i livelli <strong>di</strong> significatività <strong>del</strong> 1% (19 laboratori: ± 2,37) e <strong>del</strong>5% (19 laboratori: ± 1,88)k3,0002,5002,000k1,5001,0000,5000,0001 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19LaboratoriFig. 2: Rappresentazione <strong>del</strong>la statistica k. Le linee tratteggiate rappresentanoi livelli <strong>di</strong> significatività <strong>del</strong> 1% (19 laboratori e 4 campioni: 1,89) e <strong>del</strong> 5% (19laboratori e 4 campioni: 1,59)Pagina 10 <strong>di</strong> 14


Centro <strong>di</strong> Referenza Nazionale <strong>per</strong> la Ricerca <strong>di</strong> OGM<strong>Report</strong> <strong>di</strong> <strong>validazione</strong> mais MON810Il grafico dei valori <strong>di</strong> h mostra che i laboratori 3 e 10 presentano valoririspettivamente più alti e più bassi rispetto a quelli ottenuti dagli altri laboratori.Detti risultati comunque su<strong>per</strong>ano i valori <strong>di</strong> accettab<strong>il</strong>ità con un livello <strong>di</strong>significatività <strong>del</strong>l'1% solo su uno dei livelli <strong>di</strong> concentrazione, <strong>per</strong>tanto si è ritenuto<strong>di</strong> non escludere nessuno dei laboratori.Nel grafico dei valori k i laboratori 13 e 19 presentano una variab<strong>il</strong>ità ampia tra irisultati <strong>del</strong>le prove replicate, ma solo su un livello <strong>di</strong> concentrazione (<strong>per</strong> <strong>il</strong>laboratorio 13 <strong>il</strong> livello 1%, <strong>per</strong> <strong>il</strong> laboratorio 19 <strong>il</strong> livello 0,1%), <strong>per</strong>tanto non è statoritenuto opportuno escludere i due laboratori complessivamente.Dall'osservazione dei dati grezzi non sono state osservate anomalie particolari <strong>per</strong> <strong>il</strong>laboratorio 13, mentre <strong>per</strong> <strong>il</strong> laboratorio 19 si è osservata la mancata r<strong>il</strong>evazione <strong>di</strong>segnale <strong>di</strong> amplificazione <strong>per</strong> due dei quattro replicati <strong>del</strong> livello 0,1% in una <strong>del</strong>ledue piastre.Dall'analisi dei dati grezzi <strong>del</strong> laboratorio 19 sono stati osservati valori <strong>di</strong> Ct assoluti,<strong>per</strong> tutti i campioni e standard, più alti rispetto a quelli forniti dagli altripartecipanti. Nei grafici <strong>del</strong>le figure 3 e 4 sono riportati i valori <strong>di</strong> Ct me<strong>di</strong> <strong>per</strong> gliestremi <strong>del</strong>le curve <strong>di</strong> calibrazione <strong>per</strong> ciascun laboratorio.Da questi grafici è possib<strong>il</strong>e osservare che <strong>il</strong> laboratorio 19 presenta valori <strong>di</strong> Ctme<strong>di</strong>amente molto più alti.MON810 Ct S4 - S9S4 piastra A S4 piastra B S9 piastra A S9 piastra B45,0040,0035,00Ct30,0025,0020,000 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20LaboratorioFig. 3: Valori <strong>di</strong> Ct <strong>del</strong> sistema MON810 <strong>per</strong> le concentrazioni S4 (5x10 4 copie) eS9 (25 copie) <strong>del</strong>la curva <strong>di</strong> calibrazionePagina 11 <strong>di</strong> 14


Centro <strong>di</strong> Referenza Nazionale <strong>per</strong> la Ricerca <strong>di</strong> OGM<strong>Report</strong> <strong>di</strong> <strong>validazione</strong> mais MON810HMG Ct S2 - S7S2 piastra A S2 piastra B S7 piastra A S7 piastra B40,0035,0030,00Ct25,0020,0015,000 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20LaboratoriFig. 4: Valori <strong>di</strong> Ct <strong>del</strong> sistema HMG <strong>per</strong> le concentrazioni S2 (5x10 5 copie) e S9(10 3 copie) <strong>del</strong>la curva <strong>di</strong> calibrazioneLo "spostamento" <strong>del</strong>la curva <strong>di</strong> calibrazione e dei campioni a Ct più alti potrebbeaver determinato un aumento <strong>del</strong> LOD <strong>per</strong> <strong>il</strong> laboratorio in oggetto e quin<strong>di</strong> unamaggiore variab<strong>il</strong>ità sui bassi livelli <strong>di</strong> concentrazione. In effetti <strong>il</strong> test <strong>di</strong> Cochraneffettuato sul livello 0,1% ha evidenziato i dati forniti dal laboratorio 19 comeoutlier, richiedendone quin<strong>di</strong> l'eliminazione (ve<strong>di</strong> tabella 7).Complessivamente i laboratori hanno fornito dati coerenti sia a livello intra cheinterlaboratorio e <strong>per</strong>tanto nessuno <strong>di</strong> essi è stato escluso dalle analisi successive.Pagina 12 <strong>di</strong> 14


Centro <strong>di</strong> Referenza Nazionale <strong>per</strong> la Ricerca <strong>di</strong> OGM<strong>Report</strong> <strong>di</strong> <strong>validazione</strong> mais MON810Risultati <strong>del</strong>la <strong>validazione</strong>Tabella 7: Risultati <strong>validazione</strong>Farina mistanon GMCampioni5,00% w/w 10,10% w/w 1 0,50% w/w 1 0,57%1,00% w/w 1g.c./g.c. 2Numero laboratori 19 19 19 19 19Numero <strong>di</strong> campioni <strong>per</strong> laboratorio 4 4 4 4 4Numero <strong>di</strong> outliers / 1 / / /Motivo <strong>del</strong>l'esclusione / 1 C 3 / / /Valore me<strong>di</strong>o 0,00 0,08 0,32 0,63 3,17Deviazione standard <strong>di</strong> ripetib<strong>il</strong>ità / 0,01 0,04 0,11 0,43Dev. standard reltiva <strong>di</strong> ripetib<strong>il</strong>ità (RSD r %)Limite accettab<strong>il</strong>ità: 25%/ 19 13 17 14Deviazione standard <strong>di</strong> riproducib<strong>il</strong>ità / 0,03 0,08 0,16 0,72Dev. standard relativa <strong>di</strong> riproducib<strong>il</strong>ità, RSD R %Limite accettab<strong>il</strong>ità: liv.


Centro <strong>di</strong> Referenza Nazionale <strong>per</strong> la Ricerca <strong>di</strong> OGM<strong>Report</strong> <strong>di</strong> <strong>validazione</strong> mais MON810Bibliografia1. ISO 21570:2005, “Foodstuffs - Methods of analysis for the detection ofgenetically mo<strong>di</strong>fied organisms and derived products - Quantitative nucleicacid based methods”2. CRL assessment on the validation of an event specific method for the relativequantitation of maize line MON810 DNA using real-time <strong>PCR</strong> as carried out byFederal Institute for Risk Assessment (BfR); (2006); http://gmo-crl.jrc.it3. Certificate of analysis ERM®-AD413; www.irmm.jrc.be4. Arumuganathan, K., Earle, E.D. (1991). Nuclear content of some importantplant species. Plant Mol Biol <strong>Report</strong>er 9, 208-218.5. UNI ISO 5725 "Accuratezza (esattezza e precisione) dei risultati e dei meto<strong>di</strong><strong>di</strong> misurazione." Norma italiana, Agosto 20046. Definition of Minimum Performance Requirements for Analytical Methods ofGMO Testing European Network of GMO Laboratories (ENGL). Version 25-01-2005; http://gmo-crl.jrc.itRedatto da:Francesco Gatto, Annalisa Paternò, Michela BoncagniVerificato da:Ilaria Maria Ciabatti e Ugo MarchesiApprovato da:Demetrio AmaddeoPagina 14 <strong>di</strong> 14

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