Sinteza lucrării - Lorentz JÄNTSCHI

ID1051/2007 - Sinteza lucrării - perioada 2007-2010
interogarea bazei de date (a tabelei de set cu terminaţia _qsar) produce lista
modelelor QSAR identificate; exemplu: ?set=31aa&property=MP; pentru
fiecare model disponibil în baza de date, se permite
vizualizarea rezultatelor - această operaţie este protejată
cu parolă: ?set=31aa&property=MP&id=1; după
introducerea corespunzătoare a parolei de acces aplicaţia
realizată permite vizualizarea rezultatelor analizei de
model pentru modelul de regresie selectat; pentru setul
(31aa), activitatea (MP) şi modelul (id) selectate mai sus,
se deschide o interfaţă care permite analiza de model pe
componente de interes, aşa cum arată captura de ecran
alăturată.
A2: Construirea modelelor moleculare (chimie cuantică)
R2: S-au construit fişiere job (scripturi) pentru Aplicaţia HyperChem, în care s-au
definit metoda de mecanică moleculară (ex. molecular-mechanics-method amber),
algoritmul de optimizare (ex. optim-algorithm PolakRibiere) criteriul de convergenţă
(ex. optim-convergence 0.01), numărul de iteraţii (ex. optim-max-cycles 1000),
condiţia de stop (start-logging Job.log true && query-value optim-converged &&
stop-logging); S-au construit modelele moleculare pentru mai multe seturi de
molecule (http://l.academicdirect.ro/Chemistry/SARs/MDFV/);
A3: Procesarea informaţiei moleculare (chimie matematică)
R3: O serie de 8 aplicaţii procesează informaţia moleculară şi materializează familia de
descriptori pentru un set de molecule; aplicaţiile realizate sunt descrise în continuare;
• 0_mdfv_set_def.php - iniţializează variabilele de mediu pentru realizarea conexiunii
la baza de date şi iniţializează variabila ce defineşte setul supus investigaţiei;
• 1_mdfv_set_init.php - materializează şablonul (macheta) structurii tabelelor de date
(_data), pentru descriptorii de structură (_mdfv), pentru activităţile experimentale
observate (_prop) şi pentru relaţiile structură-activitate ce urmează a fi obţinute;
alocă spaţiu în baza de date pentru descriptorii de structură ce urmează a fi
calculaţi;
• 2_mdfv_set_calc.php - foloseşte o parte din clasele definite (de la 1 la 5) pentru a
calcula familia de descriptori pentru moleculele setului supus investigaţiei;
stochează rezultatele în baza de date în tabela de set cu terminaţia _mdfv;
• 3_mdfv_prop_def.php - iniţializează variabilele de mediu pentru o activitate supusă
analizei;
• 4_mdfv_prop_upload.php - încarcă în baza de date în tabela cu terminaţia _prop
dintr-un fişier local valorile activităţii pentru moleculele setului investigat;
• 5_mdfv_prop_init.php - creează în baza de date un tabel cu terminaţia numele
proprietăţii folosind drept şablon tabelul de set cu terminaţia _mdfv; încarcă în
tabelul creat din tabelul de set cu terminaţia _mdfv descriptorii care se califică
pentru aceasta folosind o serie de filtre (impuneri);
• 6_mdfv_prop_kusk.php - calculează statistica Jarque-Bera (valoarea Chi Square
pentru boltire şi asimetrie simultane) a activităţii experimentale observate şi a
fiecărui descriptor calificat de impunerile anterioare (5_mdfv_prop_init.php);
calculează coeficientul de determinare dintre activitate şi descriptor; descalifică
(şterge din tabelă) descriptorii care simultan prezintă o depărtare de la normalitate
mai mare decât cea existentă în activitatea experimentală observată şi au o
determinare mai mică decât o valoare de prag (definită în 3_mdfv_prop_def.php);
• 7_mdfv_prop_bias.php - realizează o analiză de regresie în 2 variabile pentru
identificarea şi descalificarea descriptorilor care sunt anti-complementari în
raport cu proprietatea observată (creează nedeterminări în analiza de regresie);
• S-a procesat informaţia moleculară pentru mai multe seturi de molecule, rezultatul