âIch (s)kenne Dichâ - carus AG
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SYSTEMS<br />
Schnell, schneller, am schnellsten<br />
NEUER IBM-SUPERCOMPUTER AM IPK GATERSLEBEN BESCHLEUNIGT DIE ANALYSE PFLANZLICHEN ERBGUTS<br />
Seit Juli 2004 ist einer der leistungsfähigsten Rechner<br />
auf dem Gebiet der Bioinformatik am IPK Gatersleben<br />
– dem Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung<br />
– in Betrieb. Die Rechenleistung<br />
des IBM-Parallelcomputers mit 150 AMD<br />
OpteronTM Prozessoren, der als Betriebssystem den<br />
SUSE LINUX Enterprise Server nutzt, macht Forschungsprojekte<br />
möglich, von denen die Pflanzenforscher<br />
bisher nur träumen konnten. Installiert<br />
wurde er von c.a.r.u.s. in Zusammenarbeit mit den<br />
IPK-Arbeitsgruppen „Bioinformatik“ und „Plant<br />
Data Warehouse“.<br />
INTELLIGENT „ZUGECLUSTERT“<br />
Im Gegensatz zu vielen anderen Supercomputern<br />
besteht die Anlage aus einer Vielzahl intelligent vernetzter<br />
Einzelcomputer – einem so genannten Cluster. Dieser<br />
Cluster, bestehend aus 75 vernetzten Computern, erledigt<br />
die Analyse der IPK-Daten in kürzester Zeit. Früher<br />
brauchten die am IPK vorhandenen Rechner für die<br />
Analyse Jahre, heute erledigt dies der neue Supercomputer<br />
in wenigen Wochen. Damit ist er nicht nur einer<br />
der leistungsfähigsten Rechner auf dem Gebiet der Biowissenschaften<br />
in Europa, sondern auch der schnellste<br />
Computer in Sachsen-Anhalt.<br />
GERSTE MIT REIS VERGLEICHEN ...<br />
Zunächst soll der Computer vor allem für die Erbgut-<br />
Analyse (DNA) von Gerste eingesetzt werden. Da die<br />
Sequenzierung der kompletten DNA sehr teuer und zeitaufwendig<br />
ist, haben sich die Gerstenforscher auf die<br />
Analyse von Expressed Sequence Tags (ESTs) konzen-<br />
cKÖPFE<br />
c.a.r.u.s. SYSTEMS c.a.r.u.s. HEALTH<br />
c.a.r.u.s. HEALTH<br />
Seit Juli verstärkt<br />
HARALD LORENZ, 45,<br />
das Team von c.a.r.u.s.<br />
München. Er übernimmt<br />
dort die Leitung des Vertriebes.<br />
Hier ist er verantwortlich<br />
für den Bereich<br />
Systems der Münchener<br />
und wird sich auf die<br />
Region Süddeutschland<br />
(Bayern/Baden-Württemberg) konzentrieren. Zuvor<br />
war er Team Leader Direct Sales bei der COLT Telecom<br />
GmbH, NL München.<br />
triert. Diese kurzen DNA-Stücke stammen<br />
hauptsächlich aus proteinkodierenden<br />
Bereichen des Erbguts. Sie machen<br />
zwar nur etwa ein Prozent des Erbguts<br />
aus, enthalten aber die Mehrzahl der für<br />
die Forschung oder Pflanzenzüchtung<br />
interessanten Teile des Gerstengenoms.<br />
Die Abfolge der DNA-Bausteine allein<br />
sagt allerdings nichts über Lage und<br />
Bedeutung dieser Erbgutstücke aus. Um<br />
diese Informationen möglichst schnell und preiswert zu<br />
erhalten, greifen die IPK-Forscher zum intelligenten<br />
Datenrecycling. Sie vergleichen EST-Sequenzen der<br />
Gerste vor allem mit den Daten von Reis, dessen Erbgut<br />
vollständig sequenziert ist. Da die beiden Getreidearten<br />
miteinander verwandt sind, können die Forscher durch<br />
Gerstenkorn wechsele dich ...<br />
JÖRG REDMANN, 36,<br />
hat seit Juli für c.a.r.u.s.<br />
Health die Betreuung<br />
des südlichen Vertriebsgebietes(Süddeutschland,<br />
Österreich und die<br />
Schweiz) übernommen.<br />
Hilfreich ist dabei seine<br />
Erfahrung beim Aufbau<br />
des Vertriebes Süd für die<br />
uni-X Software <strong>AG</strong> – seiner vorherigen beruflichen<br />
„Station“.<br />
e_mission<br />
einen Sequenzvergleich Rückschlüsse auf Lage und<br />
Funktion der Gersten-ESTs ziehen.<br />
OHNE SUPERCOMPUTER KEINE ANALYSE<br />
Doch diese clevere Bioinformatik-Strategie wäre nichts<br />
ohne den Supercomputer. Dies bekräftigt auch Dr. Ivo<br />
Große, Leiter der Arbeitsgruppe „Plant Data Warehouse“<br />
am IPK Gatersleben: „Schon der einmalige Vergleich<br />
der ca. 400.000 in den Datenbanken gespeicherten<br />
ESTs mit Daten des Reisgenoms würde unseren bisher<br />
schnellsten Computer 200 Tage lang beschäftigen.“ Doch<br />
damit sei es nicht getan: Um die Daten abzusichern,<br />
müssten die Forscher diese Berechnung mit unterschiedlichen<br />
Datensätzen, Programmen und Parametern<br />
wiederholen. „Ein solches Projekt“, so Große, „hätte<br />
Jahre an Rechenzeit verschlungen und wäre praktisch<br />
undurchführbar.“ Der neue IBM-Cluster am IPK macht<br />
jetzt das Unmögliche möglich: Der Computer wird einen<br />
einmaligen Sequenzvergleich in nur 30 Stunden bewältigen<br />
und das zuvor undurchführbare Projekt kann nun in<br />
wenigen Wochen beendet werden.<br />
contact.berlin@<strong>carus</strong>-it.com<br />
Und noch ein Neuzugang<br />
beim Vertrieb von<br />
c.a.r.u.s. Health im Juli:<br />
FELIX BIALLUCH, 32, ist<br />
dort seit kurzem verantwortlich<br />
für die Vertriebsgebiete<br />
Berlin und<br />
die neuen Bundesländer.<br />
Er kommt von der GSD<br />
mbH Berlin, bei der er im<br />
Produktmanagement für das IT-Management im Krankenhaus<br />
tätig war.<br />
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