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„Ich (s)kenne Dich“ - carus AG

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SYSTEMS<br />

Schnell, schneller, am schnellsten<br />

NEUER IBM-SUPERCOMPUTER AM IPK GATERSLEBEN BESCHLEUNIGT DIE ANALYSE PFLANZLICHEN ERBGUTS<br />

Seit Juli 2004 ist einer der leistungsfähigsten Rechner<br />

auf dem Gebiet der Bioinformatik am IPK Gatersleben<br />

– dem Institut für Pflanzengenetik und Kulturpflanzenforschung<br />

– in Betrieb. Die Rechenleistung<br />

des IBM-Parallelcomputers mit 150 AMD<br />

OpteronTM Prozessoren, der als Betriebssystem den<br />

SUSE LINUX Enterprise Server nutzt, macht Forschungsprojekte<br />

möglich, von denen die Pflanzenforscher<br />

bisher nur träumen konnten. Installiert<br />

wurde er von c.a.r.u.s. in Zusammenarbeit mit den<br />

IPK-Arbeitsgruppen „Bioinformatik“ und „Plant<br />

Data Warehouse“.<br />

INTELLIGENT „ZUGECLUSTERT“<br />

Im Gegensatz zu vielen anderen Supercomputern<br />

besteht die Anlage aus einer Vielzahl intelligent vernetzter<br />

Einzelcomputer – einem so genannten Cluster. Dieser<br />

Cluster, bestehend aus 75 vernetzten Computern, erledigt<br />

die Analyse der IPK-Daten in kürzester Zeit. Früher<br />

brauchten die am IPK vorhandenen Rechner für die<br />

Analyse Jahre, heute erledigt dies der neue Supercomputer<br />

in wenigen Wochen. Damit ist er nicht nur einer<br />

der leistungsfähigsten Rechner auf dem Gebiet der Biowissenschaften<br />

in Europa, sondern auch der schnellste<br />

Computer in Sachsen-Anhalt.<br />

GERSTE MIT REIS VERGLEICHEN ...<br />

Zunächst soll der Computer vor allem für die Erbgut-<br />

Analyse (DNA) von Gerste eingesetzt werden. Da die<br />

Sequenzierung der kompletten DNA sehr teuer und zeitaufwendig<br />

ist, haben sich die Gerstenforscher auf die<br />

Analyse von Expressed Sequence Tags (ESTs) konzen-<br />

cKÖPFE<br />

c.a.r.u.s. SYSTEMS c.a.r.u.s. HEALTH<br />

c.a.r.u.s. HEALTH<br />

Seit Juli verstärkt<br />

HARALD LORENZ, 45,<br />

das Team von c.a.r.u.s.<br />

München. Er übernimmt<br />

dort die Leitung des Vertriebes.<br />

Hier ist er verantwortlich<br />

für den Bereich<br />

Systems der Münchener<br />

und wird sich auf die<br />

Region Süddeutschland<br />

(Bayern/Baden-Württemberg) konzentrieren. Zuvor<br />

war er Team Leader Direct Sales bei der COLT Telecom<br />

GmbH, NL München.<br />

triert. Diese kurzen DNA-Stücke stammen<br />

hauptsächlich aus proteinkodierenden<br />

Bereichen des Erbguts. Sie machen<br />

zwar nur etwa ein Prozent des Erbguts<br />

aus, enthalten aber die Mehrzahl der für<br />

die Forschung oder Pflanzenzüchtung<br />

interessanten Teile des Gerstengenoms.<br />

Die Abfolge der DNA-Bausteine allein<br />

sagt allerdings nichts über Lage und<br />

Bedeutung dieser Erbgutstücke aus. Um<br />

diese Informationen möglichst schnell und preiswert zu<br />

erhalten, greifen die IPK-Forscher zum intelligenten<br />

Datenrecycling. Sie vergleichen EST-Sequenzen der<br />

Gerste vor allem mit den Daten von Reis, dessen Erbgut<br />

vollständig sequenziert ist. Da die beiden Getreidearten<br />

miteinander verwandt sind, können die Forscher durch<br />

Gerstenkorn wechsele dich ...<br />

JÖRG REDMANN, 36,<br />

hat seit Juli für c.a.r.u.s.<br />

Health die Betreuung<br />

des südlichen Vertriebsgebietes(Süddeutschland,<br />

Österreich und die<br />

Schweiz) übernommen.<br />

Hilfreich ist dabei seine<br />

Erfahrung beim Aufbau<br />

des Vertriebes Süd für die<br />

uni-X Software <strong>AG</strong> – seiner vorherigen beruflichen<br />

„Station“.<br />

e_mission<br />

einen Sequenzvergleich Rückschlüsse auf Lage und<br />

Funktion der Gersten-ESTs ziehen.<br />

OHNE SUPERCOMPUTER KEINE ANALYSE<br />

Doch diese clevere Bioinformatik-Strategie wäre nichts<br />

ohne den Supercomputer. Dies bekräftigt auch Dr. Ivo<br />

Große, Leiter der Arbeitsgruppe „Plant Data Warehouse“<br />

am IPK Gatersleben: „Schon der einmalige Vergleich<br />

der ca. 400.000 in den Datenbanken gespeicherten<br />

ESTs mit Daten des Reisgenoms würde unseren bisher<br />

schnellsten Computer 200 Tage lang beschäftigen.“ Doch<br />

damit sei es nicht getan: Um die Daten abzusichern,<br />

müssten die Forscher diese Berechnung mit unterschiedlichen<br />

Datensätzen, Programmen und Parametern<br />

wiederholen. „Ein solches Projekt“, so Große, „hätte<br />

Jahre an Rechenzeit verschlungen und wäre praktisch<br />

undurchführbar.“ Der neue IBM-Cluster am IPK macht<br />

jetzt das Unmögliche möglich: Der Computer wird einen<br />

einmaligen Sequenzvergleich in nur 30 Stunden bewältigen<br />

und das zuvor undurchführbare Projekt kann nun in<br />

wenigen Wochen beendet werden.<br />

contact.berlin@<strong>carus</strong>-it.com<br />

Und noch ein Neuzugang<br />

beim Vertrieb von<br />

c.a.r.u.s. Health im Juli:<br />

FELIX BIALLUCH, 32, ist<br />

dort seit kurzem verantwortlich<br />

für die Vertriebsgebiete<br />

Berlin und<br />

die neuen Bundesländer.<br />

Er kommt von der GSD<br />

mbH Berlin, bei der er im<br />

Produktmanagement für das IT-Management im Krankenhaus<br />

tätig war.<br />

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