SeqScape Software Version 2.1 User Guide - InfoNet

Appendix C Translation Tables
IUPAC/IUB Codes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C-2
IUPAC Diagrams . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C-3
Complements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C-3
Universal Genetic Code . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C-4
Amino Acid Abbreviations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C-5
Appendix D User Privileges
Tables of User Privileges . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . D-1
Appendix E Aligned Variant and FASTA File Format
Tab-Delimited Files . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . E-2
Creating a Variant Text File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . E-2
FASTA File Format . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . E-3
FASTA Format Description . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . E-3
FASTA Format Example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . E-3
IUB/IUPAC Codes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . E-4
Supported Nucleic Acid Codes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . E-4
Supported Amino Acid Codes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . E-5
Appendix F Creating a Multi-Aligned FASTA File
Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . F-1
Method 1: Create a Multi-Aligned FASTA File Using SeqScape Software . .
F-2
1. Create a Multi-Aligned FASTA File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . F-2
2. Create Your Library in SeqScape Software . . . . . . . . . . . . . . . . F-3
Method 2: Create a Multi-Aligned FASTA File Using ClustalX Software F-4
1. Obtain ClustalX Software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . F-4
2. Create a Multi-Aligned FASTA File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . F-4
3. Edit Characters in the .gde File . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . F-6
4. Create Your Library in SeqScape Software . . . . . . . . . . . . . . . . F-7
xii
ABI PRISM SeqScape Software v2.1 User Guide
DRAFT
August 28, 2003 3:10 pm, SeqScapeUGTOC.fm