Manual rápido de uso de Tools for Population Genetics (TFPGA)

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11.- Indica el número de loci que estamos analizando (en nuestro caso uno) 12.- Indica el número máximo de alelos que puede haber por locus (en nuestro caso tenemos un solo locus y este tiene 5 alelos) 13.- Indica el número de poblaciones estudiadas (en nuestro caso dos) 14.- Indica el número máximo de subpoblaciones que hay en las poblaciones (en nuestro caso cualquiera de las dos poblaciones tienen un máximo de tres 15.- Indica si el organismo es diploide o haploide 16.- Indica si el marcador es dominante o codominante (los ISSR son dominantes, los microsatélites son codominantes). 17.- pica OK. Nota: si te sale una ventanita como esta: Quiere decir que la descripción que acabas de hacer no coincide con la base de datos que abriste. Revisa de nuevo tus datos y vuelve a describirlos. Ahora ya están cargados tus datos. Inicia tu análisis!!!!
2.- Descriptive Statistics Este análisis estima las frecuencias alélicas, frecuencias genotípicas, heterocigosis y el polimorfismo de tus datos. 1.- Pica Analyze 2.- pica Descriptive Statistics 3.- Pica Options para indicar cómo calcular la heterocigosis y el polimorfismo. 4.- Indica a qué niveles quieres el análisis Entire data set Populations y Subpopulations si quieres que te indique el nivel de diversidad (Heterocigosis y polimorfismo) para cada uno de estos niveles. Entire data set te da la H y P para todos los datos sin considerar estrucrura. Populations te va a dar la H y P para cada población y Subpopulations te va a dar la H y P para cada subpoblación. 5.- Indica las opaciones que desees: Calculate Allele and Heterozygote Frequencies para que te muestre las frecuencias alélicas y genotípicas. Calculate Per Locus Heterozygosities para que te indique las heterocigosis por cada locus (además de las indicadas en el punto 4). Calculate Average Heterozygosities over Loci para que te indique la Heterocigosis promedio . Calculate Percent Polymorphic Loci para que te indique el polimorfismo. 6.- Pica OK 7.- Para iniciar el análisis pica Analyze --> Descriptive Statistics --> Start analysis. La pantalla va a mostrar los resultados (Nota: no le hagas caso a -unbiased- ni a -direct count-). En algunos casos, cuando el archivo de resultados es muy grande, el programa no puede mostrarlo en pantalla, por lo que te va a pedir que lo guardes en un archivo, en ese caso, guárdalo como txt (ponle el nombre que quieras con la terminación .txt - punto txt-) y luego abrelo con el block de notas. 8.- Interpreta los datos de diversidad genética.
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