Manual rápido de uso de Tools for Population Genetics (TFPGA)

6.- UPGMA
Este análisis calcula las distancias genéticas de igual forma que el apartado 4 (Genetic distance), pero además las
representa mediante un dendograma de distancias mediante el método UPGMA, es decir, que te va a dar un árbol de
distancias entre las poblaciones, subpoblaciones o sub-subpoblaciones.
1.- Pica Analyze 2.- UPGMA 3.- Options
4.- Determina si quieres hacer un árbol de distancia entre las Populations (lo cual sería aburrido en caso de que solo
tuvieras dos poblaciones) on entre Subpopulations.
5.- Determina el tipo de distancia genética que vas a utilizar (te recomiendo Nei, 1972).
6.- Determina si quieres que te calcule el porcentaje de loci que utilizó para determinar cada rama del árbol (un soporte del
100% indica una rama cuya distancia se determinó de manera muy sólida, un soporte del 0% indica una rama en la que no
hay loci que soporten su valor de distancia, por lo que es una rama en la que no podemos confiar).
7.- Determina si quieres hacer una prueba de remuestreo mediante Boostrap, es decir que el programa repita el análisis el
número de veces que le indiques en # of permutations para indicarte el número de veces que salió igual la rama (un valor
de 100 de boostrap quiere decir que del total de repeticiones el 100% de las veces la rama salió en la misma posición y con
la misma distancia, es decir, que es una rama muy sólida; un boostrap de 0 quiere decir que cada vez que repitió el análisis
la rama salió en posiciones distintas y con distancias diferentes, es decir, que es una rama muy poco soportada). Como regla
de dedazo: el número de repeticiones mínimas es de tres veces el número de datos que estás usando. 8.- pica OK
9.- Pica Analyze--> UPGMA --> Start analysis. Si le indicaste al programa que realizara Boostrap, entonces va a tardar
un poco en darte el resultado. El programa va a abrir dos ventanas: una ventana gráfica en la que te va a mostrar el árbol
(puedes guardarlo picando File--> Save tree as Bitmap file para que lo guarde donde le indiques en formato .bmp) y otra
ventana de resultados que te va a dar: una clave numérica de tus poblaciones (Key to subpopulation identifyers), una
tabla con las distancias genéticas de cada nodo (Distance) indicando las poblaciones que incluyen a ese nodo y el porcentaje
de soporte mediante boostrap de cada nodo (estandarizado de 0 a 1, siendo 1=100%).
En algunos casos, cuando el archivo de resultados es muy grande, el programa no puede mostrarlo en pantalla, por lo que te
va a pedir que lo guardes en un archivo, en ese caso, guárdalo como txt (ponle el nombre que quieras con la terminación .txt
- punto txt-) y luego abrelo con el block de notas.