TP n°1 - Chimie - PCSI

ANNEXE 1 : Mode d’emploi du logiciel Nemesis
Pour accéder à toutes les fonctionnalités, choisir le « Niveau Expert » au démarrage du logiciel.
Charger une molécule depuis la bibliothèque
Aller dans le menu Fichier_Ouvrir
Aller dans le répertoire où se trouve la molécule souhaitée et la sélectionner
On trouve ETHANE.DAT et N_BUTANE.DAT dans FRAGMENT.BIB\GORGANIC\HYDROCAR
et CHEX_C.DAT (cyclohexane en conformation chaise) dans FRAGMENT.BIB\C_SAT
Observer une molécule
Dilater la fenêtre « Panneau de contrôle »
Utiliser la partie gauche de cette fenêtre zoomer ou dézoomer
Utiliser la souris pour faire tourner la molécule et l’observer selon la perspective souhaitée
Mesurer des longueurs ou des angles
Entrer dans le menu Utilitaires_Géométrie
Cliquer sur deux atomes pour mesurer leur distance, sur trois atomes pour mesurer un angle
(le 2ème atome sélectionné est le sommet de l’angle), sur quatre atomes pour mesurer un
angle dièdre (les 2ème et 3ème atomes sélectionnés définissent l’axe de rotation)
Cliquer sur « Calculer » dans la petite fenêtre
Modifier une conformation
Entrer dans le menu Utilitaires_Géométrie
Cliquer sur deux atomes pour modifier leur distance, sur trois atomes pour modifier un angle
(le 2ème atome sélectionné est le sommet de l’angle), sur quatre atomes pour modifier un
angle dièdre (les 2ème et 3ème atomes sélectionnés définissent l’axe de rotation)
Cliquer sur « Modifier » dans la petite fenêtre
Choisir la valeur souhaitée
Calculer l’énergie d’une conformation
Choisir le menu Utilitaires_Energie
Cliquer sur « Calculer » en gardant les options proposées par défaut
Penser à dilater la fenêtre message pour afficher tous les résultats
Faire une étude conformationnelle par rotation autour d’une liaison C − C
Choisir le menu Conformations_Liaison de Torsion : une fenêtre « Torsions » apparaît
Sélectionner les quatre atomes définissant l’angle dièdre (les 2ème et 3ème atomes
sélectionnés définissent l’axe de rotation)
Cliquer sur « Ajout Torsions »
Choisir le menu Conformations_Recherche conformationnelle
Cliquer sur « Choix Liaison… » et définir l’angle initial, final et le pas
Cliquer sur « Recherche »
Sélectionner Conformations_Etude conformationnelle
Tracer la courbe d’énergie dans « Graphe d’énergie »
Pour imprimer, taper la touche « Impr écran » du clavier, puis coller dans le logiciel « Paint » et
imprimer à partir de là (veiller à la mise en page, doit tenir sur une seule page)
Dans Conformations_Etude conformationnelle, on peut choisir « Retour à l’affichage 3D » et
s’intéresser aux conformations « Energie minimale » ou « Energie maximale »…
Construire une nouvelle molécule à partir d’une molécule figurant à l’écran
Pour changer un atome en un autre ou en un groupe, sélectionner l’atome à modifier et choisir
« Redéfinir atome » dans le menu Construction
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