Les Eucaryotes unicellulaires
Les Eucaryotes unicellulaires
Les Eucaryotes unicellulaires
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Aix-Marseille University<br />
Mediterranean Institute of Oceanography (MIO)<br />
Licence SME - UE 12 Microbiologie<br />
<strong>Les</strong> <strong>Eucaryotes</strong><br />
<strong>unicellulaires</strong><br />
1<br />
Charles F.<br />
Boudouresque<br />
1
Charles F. Boudouresque<br />
www.com.univ-mrs.fr/~boudouresque<br />
Email : charles.boudouresque@univ-amu.fr<br />
Citation :<br />
Boudouresque C.F., 2012. <strong>Les</strong> <strong>Eucaryotes</strong> <strong>unicellulaires</strong>.<br />
Première partie. www.com.univ-mrs.fr/~boudouresque<br />
Diapositives 1-81.<br />
2
Pour ceux qui<br />
veulent en<br />
savoir plus,<br />
notez bien !<br />
3
Chapitre 5. Pages 119-157 Chapitre 7. Pages 203-260<br />
4
1. Introduction<br />
5
La notion de microbe<br />
Le terme de microbe<br />
est créé par Charles-<br />
Emmanuel Sédillot, un<br />
chirurgien ami de<br />
Pasteur, au 19 ème siècle<br />
Son sens a souvent<br />
changé depuis<br />
Aujourd’hui : microbe = Procaryotes<br />
(Archées, Bactéries) + virus + <strong>Eucaryotes</strong><br />
<strong>unicellulaires</strong><br />
Microbiologie<br />
LOUIS PASTEUR<br />
6
<strong>Les</strong> 4/5 de la<br />
matière de<br />
l’univers<br />
= matiè-<br />
re obs-<br />
cure<br />
La<br />
matière<br />
‘visible’ =<br />
5% de l’Univers<br />
1998 : 3/4<br />
de l’Univers<br />
= énergie<br />
obscure<br />
7
‘L’important, c’est ce qui ne se voit pas’<br />
Le Petit Prince (Antoine de Saint-Exupery)<br />
<strong>Les</strong> <strong>Eucaryotes</strong> : 5% seulement de la<br />
diversité phylétique (taxons d’ordre supérieur)<br />
(comme pour la matière visible dans l’Univers !)<br />
Sur Terre : 10 20 individus<br />
d’<strong>Eucaryotes</strong> contre 4-6 10 30<br />
d’individus de Procaryotes (6<br />
milliards de fois moins)<br />
Sur Terre : <strong>Eucaryotes</strong> = 1/3<br />
seulement de la biomasse (2/3<br />
pour les Procaryotes)<br />
D’après :<br />
- Whitman et al., 1998. Proc.<br />
Natl. Acad. Sci. USA, 95 :<br />
6578-6583.<br />
- Mering et al., 2007. Science,<br />
315 : 1126-1130.<br />
<strong>Les</strong> organismes pluricellulaires : < 1% de la diversité<br />
phylétique<br />
8
Chez un Homme, 90 % des cellules sont<br />
des Bactéries et des Archées, appartenant<br />
à ~1 000 espèces :<br />
Tube digestif, peau, bouche, vagin, etc.<br />
D’après :<br />
- Qin et al., 2010.<br />
- Salthun-Lassale, 2010<br />
Chez un individu, environ 1 500 000 gènes de Procaryotes, soit 50-65<br />
fois notre génome. Au total, 98.0 à 98.5 % des gènes que nous<br />
transportons sont directement bactériens et archéens<br />
(Il s’y ajoute les gènes<br />
humains d’origine<br />
bactérienne et archéenne)<br />
Rôle des Procaryotes du tube digestif :<br />
digestion, protection contre des espèces<br />
pathogènes et fourniture de vitamines<br />
Chez moi aussi ?<br />
9
<strong>Les</strong> Bactéries et<br />
Archées symbiotiques<br />
(généralement<br />
mutualistes et<br />
spécifiques) d’un<br />
Homme en bonne<br />
santé<br />
Peau<br />
(48)<br />
Bouche<br />
(56)<br />
Colon<br />
(195)<br />
D’après Dethlefsen et al., 2007. Nature, 449 : 811-818<br />
Bacteroidetes<br />
Actinobacteria<br />
Vagin (5)<br />
Proteobacteria<br />
Autres phylums<br />
Firmicutes<br />
Œsophage<br />
(43)<br />
Estomac<br />
(25)<br />
10
La longueur de la branche a été<br />
raccourcie, pour des raisons<br />
graphiques<br />
Arbre<br />
du<br />
vivant<br />
D'après 31 gènes universels<br />
chez les organismes<br />
dont le génome est<br />
complètement séquencé<br />
<strong>Les</strong> <strong>Eucaryotes</strong><br />
pluricellulaires<br />
Diversité<br />
phylétique :<br />
l’écrasante<br />
domination des<br />
Procaryotes et<br />
des <strong>unicellulaires</strong><br />
D'après Ciccarelli<br />
et al. (2006)<br />
11
La diversité génétique des <strong>Eucaryotes</strong> est dérisoire<br />
par rapport à celle des Procaryotes<br />
Exemple, au<br />
sein du genre<br />
Pseudomonas<br />
(une centaine<br />
d’espèces)<br />
(gammaprotéo-<br />
bactéries)<br />
Au sein de<br />
l’espèce<br />
Pseudomonas<br />
stutzeri<br />
Lalucat et al., 2006.<br />
Microbiol. Mol. Biol.<br />
Rev., 70 (2) : 510-547<br />
P. fluorescens P. aeruginosa<br />
P. stutzeri<br />
P. stutzeri<br />
P. putida<br />
Autant de différences qu’au sein<br />
des Vertébrés (Métazoaires)<br />
Autant de différences qu’au sein des oiseaux<br />
12
Unichontes<br />
Viridiplantae<br />
Streptobiontes<br />
Chlorobiontes<br />
CRYPTO-<br />
BIONTES<br />
Unicellulaires<br />
Pluricellulaires<br />
Partiellement <strong>unicellulaires</strong><br />
EmbryophytesCharophycéesZygnématophycées<br />
Trentepoliophycées<br />
Ulvophycées<br />
Chlorophycées<br />
Prasinophycées<br />
Picobiliphytes ?<br />
Katablépharides<br />
AMOEBO- Mycétobiontes<br />
BIONTES (= Archamaeba<br />
AMOEBOZOA) Lobosa<br />
Fungi<br />
Métazoaires<br />
(= animaux)<br />
Cryptophytes<br />
Mésomycétozoaires<br />
Chytridiomycètes<br />
Microsporidies<br />
Basidiomycètes<br />
Ascomycètes<br />
Choanoflagellés<br />
Spongiaires<br />
Placozoaires<br />
Eumétazoaires<br />
ARCHAEPLASTIDA<br />
(= PLANTAE)<br />
Rhodobiontes<br />
Glaucocystobiontes<br />
OPISTHO-<br />
CHONTES<br />
Euglyphides<br />
Chlorarachniobiontes<br />
Phytomyxea<br />
RHIZARIA<br />
<strong>Les</strong> <strong>Eucaryotes</strong> ? Un monde<br />
d’<strong>unicellulaires</strong><br />
Dinobiontes<br />
CentroHaplosporidiesheliForamida<br />
? nifèresActinoRadiolairesphryda<br />
ParabasaliaR<br />
Diplomonadines<br />
Retaria<br />
LECA<br />
Oxymonadines<br />
Cercobiontes<br />
Retortamonadines<br />
Ellobiopsidés<br />
Apicomplexes<br />
Ciliés<br />
D’après King (2004), modifié<br />
ALVÉOLÉS (=<br />
ALVEOLATA)<br />
STRAMÉNOPILES<br />
(= HÉTÉROCHONTES)<br />
Labyrinthulobiontes<br />
Bicosoécidés<br />
Euglénoïdes<br />
Kinétoplastides<br />
Acrasiobiontes<br />
(= Heterolobosa)<br />
Percolobiontes<br />
Oobiontes<br />
Chromobiontes<br />
HAPTOBIONTES<br />
Euglénobiontes<br />
EXCAVATES DISCICRISTATES<br />
Chromalvéolés
Si vous vous intéressez aux<br />
seuls dauphins, baleines,<br />
tortues<br />
Vous vous intéressez à la couleur,<br />
au cuir des sièges, au look<br />
Ce qui compte, c’est la mécanique,<br />
l’électronique embarquée, etc.<br />
Dans un écosystème, la mécanique, l’électronique<br />
embarquée, ce sont les Procaryotes et les<br />
<strong>Eucaryotes</strong> <strong>unicellulaires</strong>. Or, c’est là que se<br />
situent les principaux déficits de connaissance<br />
14
La La planète planète Terre Terre Terre est est un un monde monde de de<br />
de<br />
microbes microbes (d’<strong>unicellulaires</strong>)<br />
(d’<strong>unicellulaires</strong>)<br />
Même Même Même les les <strong>Eucaryotes</strong> <strong>Eucaryotes</strong> sont<br />
sont<br />
dominés dominés par par les les <strong>unicellulaires</strong><br />
<strong>unicellulaires</strong><br />
<strong>unicellulaires</strong><br />
<strong>Les</strong> <strong>Les</strong> microbes microbes peuvent peuvent peuvent se se passer passer de<br />
de<br />
nous<br />
nous<br />
Nous Nous ne ne pouvons pouvons pas pas nous nous passer<br />
passer<br />
des des microbes<br />
microbes<br />
15
1. Introduction<br />
2. Unicellulaire vs pluricellulaire<br />
16
Que signifie ‘pluricellulaire’ ?<br />
(1) <strong>Les</strong> cellules sont physiquement connectées (par<br />
exemple : pores)<br />
Exemples :<br />
Cyanobactéries<br />
(2) Il y a des échanges de matière et d'information<br />
entre cellules<br />
Tous les intermédiaires : organismes coloniaux,<br />
organismes <strong>unicellulaires</strong> échangeant matière et<br />
information (bactéries, diatomées, etc.)<br />
17
La diatomée (straménopiles)<br />
Chaetoceros atlanticus : coloniale<br />
La chlorophycée (chlorobiontes)<br />
Pediastrum boryanum : coloniale<br />
18
Choanoflagellé<br />
unicellulaire<br />
Portion d'un Porifera (métazoaires) :<br />
pluricellulaire<br />
Où commence la<br />
pluri-cellularité ?<br />
Choanoflagellé<br />
(opisthochontes)<br />
colonial<br />
19
<strong>Les</strong> Chlorarachniobiontes<br />
(Rhizaria)<br />
Des amibes à pseudopodes<br />
(filopodes) réunies par leurs<br />
pseudopodes : coloniales ?<br />
Pluricellulaires ?<br />
Chlorarachnion reptans<br />
20
Tissus<br />
de<br />
l'hôte<br />
Labyrinthe<br />
du<br />
labyrinthulobionte<br />
Cellule du<br />
labyrinthulobionte<br />
Labyrinthulobiontes (straménopiles)<br />
: coloniaux ou<br />
pluricellulaires ?<br />
21
D’après Ball, 2007.<br />
Nature, 449 : 388<br />
Fausses<br />
couleurs<br />
La gammaprotéobactérie<br />
des sols Shewanella<br />
oneidensis : des nanofils<br />
(100 nm de diamètre)<br />
entre cellules <br />
transport des électrons<br />
vers la surface<br />
22
Biocycle de Dictyostelium discoideum (Amoebobiontes)<br />
12. Carpoconidie<br />
(n)<br />
11. Fixation et formation<br />
du ‘Fruting body’ du<br />
carpoconidiogène (n)<br />
10. ‘Slug’. Déplacement<br />
du carpoconidiogène (n)<br />
13. Germination de<br />
la carpoconidie (n)<br />
8. Agrégation<br />
(10 000 à 2 000 000<br />
cellules) (n)<br />
7. Méiose<br />
spores (n)<br />
9. ‘Mound’ : début du<br />
carpoconidiogène (n)<br />
6. Amibes<br />
uninucléées (2n)<br />
(sporogène)<br />
1. Amibes uninucléées<br />
(n) (gamétogène)<br />
2. Reproduction asexuée par<br />
fission binaire (n) (gamétogène)<br />
5. Germination<br />
du cyste (2n)<br />
3. Plasmogamie<br />
cellule géante.<br />
Phagocytose de<br />
cellules du<br />
gamétogène<br />
4. Caryogamie.<br />
Zygote <br />
cyste (2n)
Biocycle de Dictyostelium discoideum<br />
(Amoebobiontes)<br />
Dictyostelium<br />
discoideum. D’après<br />
Pennisi, 2009. Science,<br />
325 : 1196-1199.<br />
Unicellulaire ou pluricellulaire ?<br />
Unicellulaire et pluricellulaire !<br />
24
Dans le cas des dasycladophycées (Archaeplastida), cas limite :<br />
Quelques genres à cellule géante (jusqu'à 10 cm), uninucléée :<br />
Acetabularia, Polyphysa, etc.<br />
Acetabularia mediterranea Acetabularia crenulata<br />
25
Evolution<br />
Unicellulaire pluricellulaire<br />
L’ancêtre commun des eucaryotes (LECA) était unicellulaire<br />
La pluri-cellularité est une homoplasie par<br />
convergence<br />
Elle a émergé à plusieurs reprises, indépendamment,<br />
chesz les procaryotes et les eucaryotes<br />
L'uni-cellularité peut être un caractère secondaire<br />
( perte de la pluri-cellularité)<br />
Exemples : chez les Fungi (opisthochontes) :<br />
Saccharomyces, Candida<br />
26
La La pluricellularité pluricellularité est est une<br />
une<br />
homoplasie homoplasie par<br />
par<br />
convergence<br />
convergence<br />
Entre Entre unicellularité unicellularité et<br />
et<br />
pluricellularité pluricellularité pluricellularité : : tous tous les<br />
les<br />
intermédiaires<br />
intermédiaires<br />
27
1. Introduction<br />
2. Unicellulaire vs pluricellulaire<br />
3. L’arbre des <strong>Eucaryotes</strong><br />
28
<strong>Les</strong> trois<br />
domaines<br />
(= empires)<br />
classiques<br />
LUCA<br />
D'après<br />
Wolfe-<br />
Simon et<br />
al. (2005)<br />
29
<strong>Les</strong> mimivirus : un<br />
4°domaine (=<br />
empire) du vivant<br />
Un énorme génome :<br />
1.2 Mbp<br />
De nombreux gènes<br />
jamais rencontrés chez<br />
des virus : amino-acyl<br />
tranfert RNA<br />
synthétases, peptide<br />
release factor 1,<br />
translation initiation<br />
factor 1, etc.<br />
Arbre phylogénétique construit à<br />
partir des séquences de 7<br />
protéines universellement<br />
conservées dans les organismes<br />
cellulaires, et toutes présentes<br />
chez Mimivirus<br />
Aeropyrum<br />
pernix<br />
Pyrococcus<br />
abyssi<br />
Archaeoglobus<br />
fulgidus<br />
MIMIVIRUS<br />
ARCHÉES EUCARYOTES<br />
LUCA<br />
98<br />
100<br />
Escherichia<br />
coli<br />
100<br />
100<br />
100<br />
Mycobacterium<br />
tuberculosis<br />
91<br />
100<br />
Homme<br />
Bacilus<br />
subtilis<br />
Fungi<br />
Arabidopsis<br />
thaliana<br />
(Viridiplantae)<br />
0,2 substitutions/site<br />
D’après Raoult et al., 2004.<br />
Science, 306 : 1344-1350<br />
BACTÉRIES
Unichontes<br />
<strong>Les</strong> 10 règnes d’<strong>Eucaryotes</strong><br />
Viridiplantae<br />
Streptobiontes<br />
Chlorobiontes<br />
CRYPTO-<br />
BIONTES<br />
EmbryophytesCharophycéesZygnématophycées<br />
Trentepoliophycées<br />
Ulvophycées<br />
Chlorophycées<br />
Prasinophycées<br />
Picobiliphytes ?<br />
Katablépharides<br />
AMOEBO- Mycétobiontes<br />
BIONTES (= Archamaeba<br />
AMOEBOZOA) Lobosa<br />
Fungi<br />
Métazoaires<br />
(= animaux)<br />
Cryptophytes<br />
Mésomycétozoaires<br />
Chytridiomycètes<br />
Microsporidies<br />
Basidiomycètes<br />
Ascomycètes<br />
Choanoflagellés<br />
Spongiaires<br />
Placozoaires<br />
Eumétazoaires<br />
ARCHAEPLASTIDA<br />
(= PLANTAE)<br />
Rhodobiontes<br />
Glaucocystobiontes<br />
OPISTHO-<br />
CHONTES<br />
Euglyphides<br />
Chlorarachniobiontes<br />
Phytomyxea<br />
RHIZARIA<br />
Dinobiontes<br />
CentroHaplosporidiesheliForamida<br />
? nifèresActinoRadiolairesphryda<br />
ParabasaliaR<br />
Diplomonadines<br />
Retaria<br />
LECA<br />
Oxymonadines<br />
Cercobiontes<br />
Retortamonadines<br />
D’après Baldauf (2003, 2008), Adl et al.<br />
(2005), Boudouresque (2011), Burki et al.<br />
(2012), très simplifié<br />
(Boudouresque, original)<br />
Ellobiopsidés<br />
Apicomplexes<br />
Ciliés<br />
HAPTOBIONTES<br />
ALVÉOLÉS (=<br />
ALVEOLATA)<br />
STRAMÉNOPILES<br />
(= HÉTÉROCHONTES)<br />
Labyrinthulobiontes<br />
Bicosoécidés<br />
Euglénoïdes<br />
Kinétoplastides<br />
Acrasiobiontes<br />
(= Heterolobosa)<br />
Percolobiontes<br />
Oobiontes<br />
Chromobiontes<br />
Euglénobiontes<br />
EXCAVATES DISCICRISTATES<br />
Chromalvéolés
Règne Règne animal animal et et règne<br />
règne<br />
végétal végétal ? ? ? Termes<br />
Termes<br />
coutumiers<br />
coutumiers<br />
Révolution Révolution Révolution Révolution Révolution Révolution Révolution !<br />
!<br />
10 10 10 règnes règnes d’<strong>Eucaryotes</strong> d’<strong>Eucaryotes</strong> (en (en<br />
(en<br />
plus plus des des règnes règnes de<br />
de<br />
Bactéries Bactéries et et d’Archées)<br />
d’Archées)<br />
32
1. Introduction<br />
2. Unicellulaire vs pluricellulaire<br />
3. L’arbre des <strong>Eucaryotes</strong><br />
4. <strong>Eucaryotes</strong> photosynthétiques vs non<br />
photosynthétiques<br />
33
La photosynthèse est dispersée dans<br />
l’arbre des <strong>Eucaryotes</strong><br />
Unichontes<br />
Viridiplantae<br />
Streptobiontes<br />
Chlorobiontes<br />
CRYPTO-<br />
BIONTES<br />
EmbryophytesCharophycéesZygnématophycées<br />
Trentepoliophycées<br />
Ulvophycées<br />
Chlorophycées<br />
Prasinophycées<br />
Picobiliphytes ?<br />
Katablépharides<br />
AMOEBO- Mycétobiontes<br />
BIONTES (= Archamaeba<br />
AMOEBOZOA) Lobosa<br />
Fungi<br />
Métazoaires<br />
(= animaux)<br />
Cryptophytes<br />
Mésomycétozoaires<br />
Chytridiomycètes<br />
Microsporidies<br />
Basidiomycètes<br />
Ascomycètes<br />
Choanoflagellés<br />
Spongiaires<br />
Placozoaires<br />
Eumétazoaires<br />
ARCHAEPLASTIDA<br />
(= PLANTAE)<br />
Rhodobiontes<br />
Glaucocystobiontes<br />
OPISTHO-<br />
CHONTES<br />
Euglyphides<br />
-Paulinella<br />
Chlorarachniobiontes<br />
Phytomyxea<br />
RHIZARIA<br />
Dinobiontes<br />
CentroHaplosporidiesheliForamida<br />
? nifèresActinoRadiolairesphryda<br />
ParabasaliaR<br />
Diplomonadines<br />
Oxymonadines<br />
Retaria<br />
Cercobiontes<br />
Retortamonadines<br />
Tous (±) photosynthétiques<br />
En partie photosynthétiques<br />
Ellobiopsidés<br />
Apicomplexes<br />
Ciliés<br />
ALVÉOLÉS (=<br />
ALVEOLATA)<br />
STRAMÉNOPILES<br />
(= HÉTÉROCHONTES)<br />
Labyrinthulobiontes<br />
Bicosoécidés<br />
Euglénoïdes<br />
Kinétoplastides<br />
Acrasiobiontes<br />
(= Heterolobosa)<br />
Percolobiontes<br />
Oobiontes<br />
Chromobiontes<br />
HAPTOBIONTES<br />
Euglénobiontes<br />
EXCAVATES DISCICRISTATES<br />
Chromalvéolés
a<br />
Appareil cinétique<br />
ADN procaryotique<br />
Bactérie à undulipodium<br />
?<br />
b<br />
Mitochondrie<br />
Alphaprotéobactérie<br />
c<br />
Noyau<br />
ADN eucaryotique<br />
Endosymbioses<br />
primaires<br />
Chloroplaste<br />
Cyanobactérie<br />
35
Unichontes<br />
L’arrivée de la photosynthèse (endosymbiose<br />
primaire) chez les <strong>Eucaryotes</strong><br />
Viridiplantae<br />
Streptobiontes<br />
Chlorobiontes<br />
CRYPTO-<br />
BIONTES<br />
EmbryophytesCharophycéesZygnématophycées<br />
Trentepoliophycées<br />
Ulvophycées<br />
Chlorophycées<br />
Prasinophycées<br />
Picobiliphytes ?<br />
Katablépharides<br />
AMOEBO- Mycétobiontes<br />
BIONTES (= Archamaeba<br />
AMOEBOZOA) Lobosa<br />
Fungi<br />
Métazoaires<br />
(= animaux)<br />
Cryptophytes<br />
Mésomycétozoaires<br />
Chytridiomycètes<br />
Microsporidies<br />
Basidiomycètes<br />
Ascomycètes<br />
Choanoflagellés<br />
Spongiaires<br />
Placozoaires<br />
Eumétazoaires<br />
ARCHAEPLASTIDA<br />
(= PLANTAE)<br />
Rhodobiontes<br />
Glaucocystobiontes<br />
OPISTHO-<br />
CHONTES<br />
Euglyphides<br />
Chlorarachniobiontes<br />
Phytomyxea<br />
RHIZARIA<br />
Dinobiontes<br />
CentroHaplosporidiesheliForamida<br />
? nifèresActinoRadiolairesphryda<br />
ParabasaliaR<br />
Diplomonadines<br />
Oxymonadines<br />
Retaria<br />
Cercobiontes<br />
Retortamonadines<br />
D'après Baldauf (2003, 2008),<br />
Boudouresque et al. (2006) et<br />
Boudouresque (2011)<br />
Ellobiopsidés<br />
Apicomplexes<br />
Ciliés<br />
HAPTOBIONTES<br />
ALVÉOLÉS (=<br />
ALVEOLATA)<br />
STRAMÉNOPILES<br />
(= HÉTÉROCHONTES)<br />
Labyrinthulobiontes<br />
Bicosoécidés<br />
Euglénoïdes<br />
Kinétoplastides<br />
Acrasiobiontes<br />
(= Heterolobosa)<br />
Percolobiontes<br />
Oobiontes<br />
Chromobiontes<br />
Euglénobiontes<br />
EXCAVATES DISCICRISTATES<br />
Chromalvéolés
Le mécanisme des endosymbioses secondaires<br />
a Eucaryote non photosynthétique<br />
b Eucaryote non photosynthétique<br />
Phagotrophie Digestion<br />
En vert : gènes de la photosynthèse,<br />
partagés entre le chloroplaste et le noyau<br />
Phagotrophie Kleptoplastie<br />
37
La kleptoplastie<br />
Brouteur de MPOs : ne digère pas les chloroplastes. <strong>Les</strong> envoie<br />
dans ses cellules<br />
Exemple actuel : le mollusque nudibranche<br />
Elysia, qui broute des Codium<br />
(Viridiplantae, Archaeplastida)<br />
Codium fragile<br />
Elysia viridis<br />
<strong>Les</strong> chloroplastes ne s'y reproduisent<br />
pas, mais peuvent<br />
survivre. Ils fournissent<br />
les polysaccharides<br />
photosynthétisés à Elysia<br />
38
Le mécanisme des endosymbioses secondaires<br />
c Eucaryote non photosynthétique<br />
d Eucaryote non photosynthétique<br />
On a gagné ! On est<br />
photosynthétiques !<br />
Phagotrophie<br />
Kleptoplastie + karyokleptie<br />
Phagotrophie<br />
39<br />
Endosymbiose<br />
secondaire ou tertiaire
Endosymbiosis in progress<br />
Vaucheria<br />
litorea<br />
(Chromobiontes,Straménopiles)<br />
- Chloroplastes : obligatoires pour<br />
Elysia chlorotica<br />
Elysia chlorotica<br />
(Mollusques, Métazoaires)<br />
- Au moins 2 gènes nucléaires de Vaucheria (impliqués dans la<br />
photosynthèse) sont présents dans le génome de Elysia (HGT)<br />
- Mais il manque encore à Elysia<br />
de très nombreux gènes Jared Worful in Pennisi (2006)<br />
40
Elysia<br />
chlorotica<br />
Photo Mary Rumpho<br />
41
La double membrane du<br />
chloroplaste : un reste de<br />
l’endosymbiose primaire<br />
Thylakoïde<br />
Plasmalemme de la<br />
cyanobactérie<br />
Membrane vacuolaire<br />
de l’eucaryote<br />
La quadruple membrane du<br />
chloroplaste : un reste de<br />
l’endosymbiose secondaire<br />
Plasmalemme de<br />
l’eucaryote<br />
Membrane vacuolaire de<br />
l’eucaryote prédateur<br />
42
Tous ces cas, tous les intermédiaires,<br />
se rencontrent dans la nature actuelle<br />
Le chloroplaste a ainsi été exporté,<br />
comme un kit, avec ses gènes<br />
(gigantesque HGT – Horizontal Gene<br />
Transfer)<br />
- Depuis les rhodobiontes (‘voie rouge’)<br />
ou les chlorobiontes (‘voie verte’)<br />
- Vers la plupart des autres règnes<br />
Le processus serait récent (~250-300 Ma)<br />
43
Unichontes<br />
Etoile rouge : endosymbiose primaire<br />
à l’origine du chloroplaste chez les<br />
eucaryotes<br />
Viridiplantae<br />
Streptobiontes<br />
Chlorobiontes<br />
CRYPTO-<br />
BIONTES<br />
EmbryophytesCharophycéesZygnématophycées<br />
Trentepoliophycées<br />
Ulvophycées<br />
Chlorophycées<br />
Prasinophycées<br />
Picobiliphytes ?<br />
Katablépharides<br />
AMOEBO- Mycétobiontes<br />
BIONTES (= Archamaeba<br />
AMOEBOZOA) Lobosa<br />
Fungi<br />
Métazoaires<br />
(= animaux)<br />
Cryptophytes<br />
Mésomycétozoaires<br />
Chytridiomycètes<br />
Microsporidies<br />
Basidiomycètes<br />
Ascomycètes<br />
Choanoflagellés<br />
Spongiaires<br />
Placozoaires<br />
Eumétazoaires<br />
ARCHAEPLASTIDA<br />
(= PLANTAE)<br />
Rhodobiontes<br />
Endosymbioses secondaires. En vert vert, la ‘voie verte’, en rose la<br />
‘voie rouge’. En bleu : acquisition par les deux voies<br />
Glaucocystobiontes<br />
OPISTHO-<br />
CHONTES<br />
Euglyphides<br />
Chlorarachniobiontes<br />
Phytomyxea<br />
RHIZARIA<br />
Dinobiontes<br />
CentroHaplosporidiesheliForamida<br />
? nifèresActinoRadiolairesphryda<br />
ParabasaliaR<br />
Diplomonadines<br />
Oxymonadines<br />
Retaria<br />
Cercobiontes<br />
Retortamonadines<br />
Ellobiopsidés<br />
Apicomplexes<br />
Ciliés<br />
ALVÉOLÉS (=<br />
ALVEOLATA)<br />
STRAMÉNOPILES<br />
(= HÉTÉROCHONTES)<br />
Labyrinthulobiontes<br />
Bicosoécidés<br />
Euglénoïdes<br />
Kinétoplastides<br />
Acrasiobiontes<br />
(= Heterolobosa)<br />
Percolobiontes<br />
Oobiontes<br />
Chromobiontes<br />
HAPTOBIONTES<br />
Euglénobiontes<br />
EXCAVATES DISCICRISTATES<br />
Chromalvéolés
Unichontes<br />
Etoile rouge : endosymbiose primaire<br />
à l’origine du chloroplaste chez les<br />
eucaryotes<br />
Viridiplantae<br />
Streptobiontes<br />
Chlorobiontes<br />
CRYPTO-<br />
BIONTES<br />
EmbryophytesCharophycéesZygnématophycées<br />
Trentepoliophycées<br />
Ulvophycées<br />
Chlorophycées<br />
Prasinophycées<br />
Picobiliphytes ?<br />
Katablépharides<br />
AMOEBO- Mycétobiontes<br />
BIONTES (= Archamaeba<br />
AMOEBOZOA) Lobosa<br />
Fungi<br />
Métazoaires<br />
(= animaux)<br />
Cryptophytes<br />
Mésomycétozoaires<br />
Chytridiomycètes<br />
Microsporidies<br />
Basidiomycètes<br />
Ascomycètes<br />
Choanoflagellés<br />
Spongiaires<br />
Placozoaires<br />
Eumétazoaires<br />
ARCHAEPLASTIDA<br />
(= PLANTAE)<br />
Rhodobiontes<br />
Endosymbioses secondaires. En vert vert, la ‘voie verte’, en rose la<br />
‘voie rouge’. En bleu : acquisition par les deux voies<br />
Glaucocystobiontes<br />
OPISTHO-<br />
CHONTES<br />
Euglyphides<br />
Chlorarachniobiontes<br />
Phytomyxea<br />
RHIZARIA<br />
Dinobiontes<br />
CentroHaplosporidiesheliForamida<br />
? nifèresActinoRadiolairesphryda<br />
ParabasaliaR<br />
Diplomonadines<br />
Oxymonadines<br />
Retaria<br />
Cercobiontes<br />
Retortamonadines<br />
Ellobiopsidés<br />
Apicomplexes<br />
Ciliés<br />
ALVÉOLÉS (=<br />
ALVEOLATA)<br />
STRAMÉNOPILES<br />
(= HÉTÉROCHONTES)<br />
Labyrinthulobiontes<br />
Bicosoécidés<br />
Euglénoïdes<br />
Kinétoplastides<br />
Acrasiobiontes<br />
(= Heterolobosa)<br />
Percolobiontes<br />
Oobiontes<br />
Chromobiontes<br />
HAPTOBIONTES<br />
Euglénobiontes<br />
EXCAVATES DISCICRISTATES<br />
Chromalvéolés
Unichontes<br />
Etoile rouge : endosymbiose primaire<br />
à l’origine du chloroplaste chez les<br />
eucaryotes<br />
Viridiplantae<br />
Streptobiontes<br />
Chlorobiontes<br />
CRYPTO-<br />
BIONTES<br />
EmbryophytesCharophycéesZygnématophycées<br />
Trentepoliophycées<br />
Ulvophycées<br />
Chlorophycées<br />
Prasinophycées<br />
Picobiliphytes ?<br />
Katablépharides<br />
AMOEBO- Mycétobiontes<br />
BIONTES (= Archamaeba<br />
AMOEBOZOA) Lobosa<br />
Fungi<br />
Métazoaires<br />
(= animaux)<br />
Cryptophytes<br />
Mésomycétozoaires<br />
Chytridiomycètes<br />
Microsporidies<br />
Basidiomycètes<br />
Ascomycètes<br />
Choanoflagellés<br />
Spongiaires<br />
Placozoaires<br />
Eumétazoaires<br />
ARCHAEPLASTIDA<br />
(= PLANTAE)<br />
Rhodobiontes<br />
Endosymbioses secondaires. En vert vert, la ‘voie verte’, en rose la<br />
‘voie rouge’. En bleu : acquisition par les deux voies<br />
Glaucocystobiontes<br />
OPISTHO-<br />
CHONTES<br />
Euglyphides<br />
Chlorarachniobiontes<br />
Phytomyxea<br />
RHIZARIA<br />
Dinobiontes<br />
CentroHaplosporidiesheliForamida<br />
? nifèresActinoRadiolairesphryda<br />
ParabasaliaR<br />
Diplomonadines<br />
Oxymonadines<br />
Retaria<br />
Cercobiontes<br />
Retortamonadines<br />
Ellobiopsidés<br />
Apicomplexes<br />
Ciliés<br />
ALVÉOLÉS (=<br />
ALVEOLATA)<br />
STRAMÉNOPILES<br />
(= HÉTÉROCHONTES)<br />
Labyrinthulobiontes<br />
Bicosoécidés<br />
Euglénoïdes<br />
Kinétoplastides<br />
Acrasiobiontes<br />
(= Heterolobosa)<br />
Percolobiontes<br />
Oobiontes<br />
Chromobiontes<br />
HAPTOBIONTES<br />
Euglénobiontes<br />
EXCAVATES DISCICRISTATES<br />
Chromalvéolés
Unichontes<br />
Etoile rouge : endosymbiose primaire<br />
à l’origine du chloroplaste chez les<br />
<strong>Eucaryotes</strong><br />
Viridiplantae<br />
Streptobiontes<br />
Chlorobiontes<br />
CRYPTO-<br />
BIONTES<br />
EmbryophytesCharophycéesZygnématophycées<br />
Trentepoliophycées<br />
Ulvophycées<br />
Chlorophycées<br />
Prasinophycées<br />
Picobiliphytes ?<br />
Katablépharides<br />
AMOEBO- Mycétobiontes<br />
BIONTES (= Archamaeba<br />
AMOEBOZOA) Lobosa<br />
Fungi<br />
Métazoaires<br />
(= animaux)<br />
Cryptophytes<br />
Mésomycétozoaires<br />
Chytridiomycètes<br />
Microsporidies<br />
Basidiomycètes<br />
Ascomycètes<br />
Choanoflagellés<br />
Spongiaires<br />
Placozoaires<br />
Eumétazoaires<br />
ARCHAEPLASTIDA<br />
(= PLANTAE)<br />
Rhodobiontes<br />
Endosymbioses secondaires. En vert vert, la ‘voie verte’, en rose la<br />
‘voie rouge’. En bleu : acquisition par les deux voies<br />
Glaucocystobiontes<br />
OPISTHO-<br />
CHONTES<br />
Euglyphides<br />
Chlorarachniobiontes<br />
Phytomyxea<br />
RHIZARIA<br />
Dinobiontes<br />
CentroHaplosporidiesheliForamida<br />
? nifèresActinoRadiolairesphryda<br />
ParabasaliaR<br />
Diplomonadines<br />
Oxymonadines<br />
Retaria<br />
Cercobiontes<br />
Retortamonadines<br />
Ellobiopsidés<br />
Apicomplexes<br />
Ciliés<br />
ALVÉOLÉS (=<br />
ALVEOLATA)<br />
STRAMÉNOPILES<br />
(= HÉTÉROCHONTES)<br />
Labyrinthulobiontes<br />
Bicosoécidés<br />
Euglénoïdes<br />
Kinétoplastides<br />
Acrasiobiontes<br />
(= Heterolobosa)<br />
Percolobiontes<br />
Oobiontes<br />
Chromobiontes<br />
HAPTOBIONTES<br />
Euglénobiontes<br />
EXCAVATES DISCICRISTATES<br />
Chromalvéolés
Unichontes<br />
Etoile rouge : endosymbiose primaire<br />
à l’origine du chloroplaste chez les<br />
<strong>Eucaryotes</strong><br />
Viridiplantae<br />
Streptobiontes<br />
Chlorobiontes<br />
CRYPTO-<br />
BIONTES<br />
EmbryophytesCharophycéesZygnématophycées<br />
Trentepoliophycées<br />
Ulvophycées<br />
Chlorophycées<br />
Prasinophycées<br />
Picobiliphytes ?<br />
Katablépharides<br />
AMOEBO- Mycétobiontes<br />
BIONTES (= Archamaeba<br />
AMOEBOZOA) Lobosa<br />
Fungi<br />
Métazoaires<br />
(= animaux)<br />
Cryptophytes<br />
Mésomycétozoaires<br />
Chytridiomycètes<br />
Microsporidies<br />
Basidiomycètes<br />
Ascomycètes<br />
Choanoflagellés<br />
Spongiaires<br />
Placozoaires<br />
Eumétazoaires<br />
ARCHAEPLASTIDA<br />
(= PLANTAE)<br />
Rhodobiontes<br />
Endosymbioses secondaires. En vert vert, la ‘voie verte’, en rose la<br />
‘voie rouge’. En bleu : acquisition par les deux voies<br />
Glaucocystobiontes<br />
OPISTHO-<br />
CHONTES<br />
Euglyphides<br />
Chlorarachniobiontes<br />
Phytomyxea<br />
RHIZARIA<br />
Dinobiontes<br />
CentroHaplosporidiesheliForamida<br />
? nifèresActinoRadiolairesphryda<br />
ParabasaliaR<br />
Diplomonadines<br />
Oxymonadines<br />
Retaria<br />
Cercobiontes<br />
Retortamonadines<br />
Ellobiopsidés<br />
Apicomplexes<br />
Ciliés<br />
ALVÉOLÉS (=<br />
ALVEOLATA)<br />
STRAMÉNOPILES<br />
(= HÉTÉROCHONTES)<br />
Labyrinthulobiontes<br />
Bicosoécidés<br />
Euglénoïdes<br />
Kinétoplastides<br />
Acrasiobiontes<br />
(= Heterolobosa)<br />
Percolobiontes<br />
Oobiontes<br />
Chromobiontes<br />
HAPTOBIONTES<br />
Euglénobiontes<br />
EXCAVATES DISCICRISTATES<br />
Chromalvéolés
Unichontes<br />
Etoile rouge : endosymbiose primaire<br />
à l’origine du chloroplaste chez les<br />
<strong>Eucaryotes</strong><br />
Viridiplantae<br />
Streptobiontes<br />
Chlorobiontes<br />
CRYPTO-<br />
BIONTES<br />
EmbryophytesCharophycéesZygnématophycées<br />
Trentepoliophycées<br />
Ulvophycées<br />
Chlorophycées<br />
Prasinophycées<br />
Picobiliphytes ?<br />
Katablépharides<br />
AMOEBO- Mycétobiontes<br />
BIONTES (= Archamaeba<br />
AMOEBOZOA) Lobosa<br />
Fungi<br />
Métazoaires<br />
(= animaux)<br />
Cryptophytes<br />
Mésomycétozoaires<br />
Chytridiomycètes<br />
Microsporidies<br />
Basidiomycètes<br />
Ascomycètes<br />
Choanoflagellés<br />
Spongiaires<br />
Placozoaires<br />
Eumétazoaires<br />
ARCHAEPLASTIDA<br />
(= PLANTAE)<br />
Rhodobiontes<br />
Endosymbioses secondaires. En vert vert, la ‘voie verte’, en rose la<br />
‘voie rouge’. En bleu : acquisition par les deux voies<br />
Glaucocystobiontes<br />
OPISTHO-<br />
CHONTES<br />
Euglyphides<br />
Chlorarachniobiontes<br />
Phytomyxea<br />
RHIZARIA<br />
Dinobiontes<br />
CentroHaplosporidiesheliForamida<br />
? nifèresActinoRadiolairesphryda<br />
ParabasaliaR<br />
Diplomonadines<br />
Oxymonadines<br />
Retaria<br />
Cercobiontes<br />
Retortamonadines<br />
Ellobiopsidés<br />
Apicomplexes<br />
Ciliés<br />
ALVÉOLÉS (=<br />
ALVEOLATA)<br />
STRAMÉNOPILES<br />
(= HÉTÉROCHONTES)<br />
Labyrinthulobiontes<br />
Bicosoécidés<br />
Euglénoïdes<br />
Kinétoplastides<br />
Acrasiobiontes<br />
(= Heterolobosa)<br />
Percolobiontes<br />
Oobiontes<br />
Chromobiontes<br />
HAPTOBIONTES<br />
Euglénobiontes<br />
EXCAVATES DISCICRISTATES<br />
Chromalvéolés
Unichontes<br />
Etoile rouge : endosymbiose primaire<br />
à l’origine du chloroplaste chez les<br />
eucaryotes<br />
Viridiplantae<br />
Streptobiontes<br />
Chlorobiontes<br />
CRYPTO-<br />
BIONTES<br />
EmbryophytesCharophycéesZygnématophycées<br />
Trentepoliophycées<br />
Ulvophycées<br />
Chlorophycées<br />
Prasinophycées<br />
Picobiliphytes ?<br />
Katablépharides<br />
AMOEBO- Mycétobiontes<br />
BIONTES (= Archamaeba<br />
AMOEBOZOA) Lobosa<br />
Fungi<br />
Métazoaires<br />
(= animaux)<br />
Cryptophytes<br />
Mésomycétozoaires<br />
Chytridiomycètes<br />
Microsporidies<br />
Basidiomycètes<br />
Ascomycètes<br />
Choanoflagellés<br />
Spongiaires<br />
Placozoaires<br />
Eumétazoaires<br />
ARCHAEPLASTIDA<br />
(= PLANTAE)<br />
Rhodobiontes<br />
Endosymbioses secondaires. En vert vert, la ‘voie verte’, en rose la<br />
‘voie rouge’. En bleu : acquisition par les deux voies<br />
Glaucocystobiontes<br />
OPISTHO-<br />
CHONTES<br />
Euglyphides<br />
Chlorarachniobiontes<br />
Phytomyxea<br />
RHIZARIA<br />
Dinobiontes<br />
CentroHaplosporidiesheliForamida<br />
? nifèresActinoRadiolairesphryda<br />
ParabasaliaR<br />
Diplomonadines<br />
Oxymonadines<br />
Retaria<br />
Cercobiontes<br />
Retortamonadines<br />
Ellobiopsidés<br />
Apicomplexes<br />
Ciliés<br />
ALVÉOLÉS (=<br />
ALVEOLATA)<br />
STRAMÉNOPILES<br />
(= HÉTÉROCHONTES)<br />
Labyrinthulobiontes<br />
Bicosoécidés<br />
Euglénoïdes<br />
Kinétoplastides<br />
Acrasiobiontes<br />
(= Heterolobosa)<br />
Percolobiontes<br />
Oobiontes<br />
Chromobiontes<br />
HAPTOBIONTES<br />
Euglénobiontes<br />
EXCAVATES DISCICRISTATES<br />
Chromalvéolés
Unichontes<br />
Etoile rouge : endosymbiose primaire<br />
à l’origine du chloroplaste chez les<br />
eucaryotes<br />
Viridiplantae<br />
Streptobiontes<br />
Chlorobiontes<br />
CRYPTO-<br />
BIONTES<br />
EmbryophytesCharophycéesZygnématophycées<br />
Trentepoliophycées<br />
Ulvophycées<br />
Chlorophycées<br />
Prasinophycées<br />
Picobiliphytes ?<br />
Katablépharides<br />
AMOEBO- Mycétobiontes<br />
BIONTES (= Archamaeba<br />
AMOEBOZOA) Lobosa<br />
Fungi<br />
Métazoaires<br />
(= animaux)<br />
Cryptophytes<br />
Mésomycétozoaires<br />
Chytridiomycètes<br />
Microsporidies<br />
Basidiomycètes<br />
Ascomycètes<br />
Choanoflagellés<br />
Spongiaires<br />
Placozoaires<br />
Eumétazoaires<br />
ARCHAEPLASTIDA<br />
(= PLANTAE)<br />
Rhodobiontes<br />
Endosymbioses secondaires. En vert vert, la ‘voie verte’, en rose la<br />
‘voie rouge’. En bleu : acquisition par les deux voies<br />
Glaucocystobiontes<br />
OPISTHO-<br />
CHONTES<br />
Euglyphides<br />
Chlorarachniobiontes<br />
Phytomyxea<br />
RHIZARIA<br />
Dinobiontes<br />
CentroHaplosporidiesheliForamida<br />
? nifèresActinoRadiolairesphryda<br />
ParabasaliaR<br />
Diplomonadines<br />
Oxymonadines<br />
Retaria<br />
Cercobiontes<br />
Retortamonadines<br />
Ellobiopsidés<br />
Apicomplexes<br />
Ciliés<br />
ALVÉOLÉS (=<br />
ALVEOLATA)<br />
STRAMÉNOPILES<br />
(= HÉTÉROCHONTES)<br />
Labyrinthulobiontes<br />
Bicosoécidés<br />
Euglénoïdes<br />
Kinétoplastides<br />
Acrasiobiontes<br />
(= Heterolobosa)<br />
Percolobiontes<br />
Oobiontes<br />
Chromobiontes<br />
HAPTOBIONTES<br />
Euglénobiontes<br />
EXCAVATES DISCICRISTATES<br />
Chromalvéolés
Unichontes<br />
Etoile rouge : endosymbiose primaire<br />
à l’origine du chloroplaste chez les<br />
eucaryotes<br />
Viridiplantae<br />
Streptobiontes<br />
Chlorobiontes<br />
CRYPTO-<br />
BIONTES<br />
EmbryophytesCharophycéesZygnématophycées<br />
Trentepoliophycées<br />
Ulvophycées<br />
Chlorophycées<br />
Prasinophycées<br />
Picobiliphytes ?<br />
Katablépharides<br />
AMOEBO- Mycétobiontes<br />
BIONTES (= Archamaeba<br />
AMOEBOZOA) Lobosa<br />
Fungi<br />
Métazoaires<br />
(= animaux)<br />
Cryptophytes<br />
Mésomycétozoaires<br />
Chytridiomycètes<br />
Microsporidies<br />
Basidiomycètes<br />
Ascomycètes<br />
Choanoflagellés<br />
Spongiaires<br />
Placozoaires<br />
Eumétazoaires<br />
ARCHAEPLASTIDA<br />
(= PLANTAE)<br />
Rhodobiontes<br />
Endosymbioses secondaires. En vert vert, la ‘voie verte’, en rose la<br />
‘voie rouge’. En bleu : acquisition par les deux voies<br />
Glaucocystobiontes<br />
OPISTHO-<br />
CHONTES<br />
Euglyphides<br />
Chlorarachniobiontes<br />
Phytomyxea<br />
RHIZARIA<br />
Dinobiontes<br />
CentroHaplosporidiesheliForamida<br />
? nifèresActinoRadiolairesphryda<br />
ParabasaliaR<br />
Diplomonadines<br />
Oxymonadines<br />
Retaria<br />
Cercobiontes<br />
Retortamonadines<br />
Ellobiopsidés<br />
Apicomplexes<br />
Ciliés<br />
ALVÉOLÉS (=<br />
ALVEOLATA)<br />
STRAMÉNOPILES<br />
(= HÉTÉROCHONTES)<br />
Labyrinthulobiontes<br />
Bicosoécidés<br />
Euglénoïdes<br />
Kinétoplastides<br />
Acrasiobiontes<br />
(= Heterolobosa)<br />
Percolobiontes<br />
Oobiontes<br />
Chromobiontes<br />
HAPTOBIONTES<br />
Euglénobiontes<br />
EXCAVATES DISCICRISTATES<br />
Chromalvéolés
Unichontes<br />
Etoile rouge : endosymbiose primaire<br />
à l’origine du chloroplaste chez les<br />
eucaryotes<br />
Viridiplantae<br />
Streptobiontes<br />
Chlorobiontes<br />
CRYPTO-<br />
BIONTES<br />
EmbryophytesCharophycéesZygnématophycées<br />
Trentepoliophycées<br />
Ulvophycées<br />
Chlorophycées<br />
Prasinophycées<br />
Picobiliphytes ?<br />
Katablépharides<br />
AMOEBO- Mycétobiontes<br />
BIONTES (= Archamaeba<br />
AMOEBOZOA) Lobosa<br />
Fungi<br />
Métazoaires<br />
(= animaux)<br />
Cryptophytes<br />
Mésomycétozoaires<br />
Chytridiomycètes<br />
Microsporidies<br />
Basidiomycètes<br />
Ascomycètes<br />
Choanoflagellés<br />
Spongiaires<br />
Placozoaires<br />
Eumétazoaires<br />
ARCHAEPLASTIDA<br />
(= PLANTAE)<br />
Rhodobiontes<br />
Endosymbioses tertiaires. En vert vert, la ‘voie verte’, en rose la ‘voie<br />
rouge’. En bleu : acquisition par les deux voies<br />
Glaucocystobiontes<br />
OPISTHO-<br />
CHONTES<br />
Euglyphides<br />
Chlorarachniobiontes<br />
Phytomyxea<br />
RHIZARIA<br />
Dinobiontes<br />
CentroHaplosporidiesheliForamida<br />
? nifèresActinoRadiolairesphryda<br />
ParabasaliaR<br />
Diplomonadines<br />
Oxymonadines<br />
Retaria<br />
Cercobiontes<br />
Retortamonadines<br />
Ellobiopsidés<br />
Apicomplexes<br />
Ciliés<br />
ALVÉOLÉS (=<br />
ALVEOLATA)<br />
STRAMÉNOPILES<br />
(= HÉTÉROCHONTES)<br />
Labyrinthulobiontes<br />
Bicosoécidés<br />
Euglénoïdes<br />
Kinétoplastides<br />
Acrasiobiontes<br />
(= Heterolobosa)<br />
Percolobiontes<br />
Oobiontes<br />
Chromobiontes<br />
HAPTOBIONTES<br />
Euglénobiontes<br />
EXCAVATES DISCICRISTATES<br />
Chromalvéolés
Unichontes<br />
Etoile rouge : endosymbiose primaire<br />
à l’origine du chloroplaste chez les<br />
<strong>Eucaryotes</strong><br />
Viridiplantae<br />
Streptobiontes<br />
Chlorobiontes<br />
CRYPTO-<br />
BIONTES<br />
EmbryophytesCharophycéesZygnématophycées<br />
Trentepoliophycées<br />
Ulvophycées<br />
Chlorophycées<br />
Prasinophycées<br />
Picobiliphytes ?<br />
Katablépharides<br />
AMOEBO- Mycétobiontes<br />
BIONTES (= Archamaeba<br />
AMOEBOZOA) Lobosa<br />
Fungi<br />
Métazoaires<br />
(= animaux)<br />
Cryptophytes<br />
Mésomycétozoaires<br />
Chytridiomycètes<br />
Microsporidies<br />
Basidiomycètes<br />
Ascomycètes<br />
Choanoflagellés<br />
Spongiaires<br />
Placozoaires<br />
Eumétazoaires<br />
ARCHAEPLASTIDA<br />
(= PLANTAE)<br />
Rhodobiontes<br />
Glaucocystobiontes<br />
OPISTHO-<br />
CHONTES<br />
Quelques endosymbioses secondaires et<br />
tertiaires en cours<br />
Euglyphides<br />
Chlorarachniobiontes<br />
Phytomyxea<br />
RHIZARIA<br />
Dinobiontes<br />
CentroHaplosporidiesheliForamida<br />
? nifèresActinoRadiolairesphryda<br />
ParabasaliaR<br />
Diplomonadines<br />
Oxymonadines<br />
Retaria<br />
Cercobiontes<br />
Retortamonadines<br />
Ellobiopsidés<br />
Apicomplexes<br />
Ciliés<br />
ALVÉOLÉS (=<br />
ALVEOLATA)<br />
STRAMÉNOPILES<br />
(= HÉTÉROCHONTES)<br />
Labyrinthulobiontes<br />
Bicosoécidés<br />
Euglénoïdes<br />
Kinétoplastides<br />
Acrasiobiontes<br />
(= Heterolobosa)<br />
Percolobiontes<br />
Oobiontes<br />
Chromobiontes<br />
HAPTOBIONTES<br />
Euglénobiontes<br />
EXCAVATES DISCICRISTATES<br />
Chromalvéolés
Le chloroplaste : un kit<br />
que l’on a volé, jeté,<br />
dont on a changé.<br />
Comme un iphone<br />
Avec ou sans iphone,<br />
un dinosaure reste un<br />
dinosaure, un Fucus<br />
reste un Fucus, un<br />
Homo sapiens reste un<br />
H. sapiens<br />
55
Endosymbioses Endosymbioses primaires primaires :<br />
:<br />
la la photosyntèse photosyntèse (+<br />
(+<br />
mitochondrie mitochondrie et et appareil appareil<br />
appareil<br />
cinétique) cinétique) cinétique) arrive arrive arrive chez chez les les<br />
les<br />
<strong>Eucaryotes</strong><br />
<strong>Eucaryotes</strong><br />
<strong>Eucaryotes</strong><br />
Endosymbioses<br />
Endosymbioses<br />
Endosymbioses<br />
secondaires secondaires (et (et tertiaires) tertiaires) : :<br />
:<br />
la la photosynthèse photosynthèse se se répand<br />
répand<br />
chez chez les les <strong>Eucaryotes</strong><br />
<strong>Eucaryotes</strong><br />
56
1. Introduction<br />
2. Unicellulaire vs pluricellulaire<br />
3. L’arbre des <strong>Eucaryotes</strong><br />
4. <strong>Eucaryotes</strong> photosynthétiques vs non<br />
photosynthétiques<br />
5. Quelques remarque nomenclaturales<br />
57
Unichontes<br />
Viridiplantae<br />
Ce que la coutume a nommé ‘végétaux’ photosynthétiques et nonphotosynthétiques<br />
(il manque les procaryotes cyanobactéries, planctomycètes et actinobactéries)<br />
Streptobiontes<br />
Chlorobiontes<br />
CRYPTO-<br />
BIONTES<br />
EmbryophytesCharophycéesZygnématophycées<br />
Trentepoliophycées<br />
Ulvophycées<br />
Chlorophycées<br />
Prasinophycées<br />
Picobiliphytes ?<br />
Katablépharides<br />
AMOEBO- Mycétobiontes<br />
BIONTES (= Archamaeba<br />
AMOEBOZOA) Lobosa<br />
Fungi<br />
Métazoaires<br />
(= animaux)<br />
Cryptophytes<br />
Mésomycétozoaires<br />
Chytridiomycètes<br />
Microsporidies<br />
Basidiomycètes<br />
Ascomycètes<br />
Choanoflagellés<br />
Spongiaires<br />
Placozoaires<br />
Eumétazoaires<br />
ARCHAEPLASTIDA<br />
(= PLANTAE)<br />
Rhodobiontes<br />
Glaucocystobiontes<br />
OPISTHO-<br />
CHONTES<br />
Euglyphides<br />
Chlorarachniobiontes<br />
Phytomyxea<br />
RHIZARIA<br />
Dinobiontes<br />
CentroHaplosporidiesheliForamida<br />
? nifèresActinoRadiolairesphryda<br />
ParabasaliaR<br />
Diplomonadines<br />
Oxymonadines<br />
Retaria<br />
Cercobiontes<br />
Retortamonadines<br />
Ellobiopsidés<br />
Apicomplexes<br />
Ciliés<br />
D’après Boudouresque<br />
(2011), mis à jour<br />
ALVÉOLÉS (=<br />
ALVEOLATA)<br />
STRAMÉNOPILES<br />
(= HÉTÉROCHONTES)<br />
Labyrinthulobiontes<br />
Bicosoécidés<br />
Euglénoïdes<br />
Kinétoplastides<br />
Acrasiobiontes<br />
(= Heterolobosa)<br />
Percolobiontes<br />
Oobiontes<br />
Chromobiontes<br />
HAPTOBIONTES<br />
Euglénobiontes<br />
EXCAVATES DISCICRISTATES<br />
Chromalvéolés
‘Végétaux’<br />
photosynthé-<br />
tiques et non<br />
photosynthé-<br />
tiques<br />
D'après<br />
Wolfe-Simon<br />
et al. (2005)<br />
59
Unichontes<br />
Le terme coutumier ‘champignons’’ :<br />
un ensemble polyphylétique<br />
Viridiplantae<br />
Streptobiontes<br />
Chlorobiontes<br />
CRYPTO-<br />
BIONTES<br />
EmbryophytesCharophycéesZygnématophycées<br />
Trentepoliophycées<br />
Ulvophycées<br />
Chlorophycées<br />
Prasinophycées<br />
Picobiliphytes ?<br />
Katablépharides<br />
AMOEBO- Mycétobiontes<br />
BIONTES (= Archamaeba<br />
AMOEBOZOA) Lobosa<br />
Fungi<br />
Métazoaires<br />
(= animaux)<br />
Cryptophytes<br />
Mésomycétozoaires<br />
Chytridiomycètes<br />
Microsporidies<br />
Basidiomycètes<br />
Ascomycètes<br />
Choanoflagellés<br />
Spongiaires<br />
Placozoaires<br />
Eumétazoaires<br />
ARCHAEPLASTIDA<br />
(= PLANTAE)<br />
Rhodobiontes<br />
Glaucocystobiontes<br />
OPISTHO-<br />
CHONTES<br />
Euglyphides<br />
Chlorarachniobiontes<br />
Phytomyxea<br />
RHIZARIA<br />
Dinobiontes<br />
CentroHaplosporidiesheliForamida<br />
? nifèresActinoRadiolairesphryda<br />
ParabasaliaR<br />
Diplomonadines<br />
Oxymonadines<br />
Retaria<br />
Cercobiontes<br />
Retortamonadines<br />
Il manque ici les procaryotes :<br />
planctomycètes et actinobactéries<br />
Ellobiopsidés<br />
Apicomplexes<br />
Ciliés<br />
HAPTOBIONTES<br />
D’après Boudouresque<br />
(2011), mis à jour<br />
ALVÉOLÉS (=<br />
ALVEOLATA)<br />
STRAMÉNOPILES<br />
(= HÉTÉROCHONTES)<br />
Labyrinthulobiontes<br />
Bicosoécidés<br />
Euglénoïdes<br />
Kinétoplastides<br />
Acrasiobiontes<br />
(= Heterolobosa)<br />
Percolobiontes<br />
Oobiontes<br />
Chromobiontes<br />
Euglénobiontes<br />
EXCAVATES DISCICRISTATES<br />
Chromalvéolés
Unichontes<br />
Le terme coutumier ‘protozoaires’ :<br />
un ensemble polyphylétique<br />
Viridiplantae<br />
Streptobiontes<br />
Chlorobiontes<br />
CRYPTO-<br />
BIONTES<br />
EmbryophytesCharophycéesZygnématophycées<br />
Trentepoliophycées<br />
Ulvophycées<br />
Chlorophycées<br />
Prasinophycées<br />
Picobiliphytes ?<br />
Katablépharides<br />
AMOEBO- Mycétobiontes<br />
BIONTES (= Archamaeba<br />
AMOEBOZOA) Lobosa<br />
Fungi<br />
Métazoaires<br />
(= animaux)<br />
Cryptophytes<br />
Mésomycétozoaires<br />
Chytridiomycètes<br />
Microsporidies<br />
Basidiomycètes<br />
Ascomycètes<br />
Choanoflagellés<br />
Spongiaires<br />
Placozoaires<br />
Eumétazoaires<br />
ARCHAEPLASTIDA<br />
(= PLANTAE)<br />
Rhodobiontes<br />
Glaucocystobiontes<br />
OPISTHO-<br />
CHONTES<br />
En bleu : taxons revendiqués par les<br />
‘botanistes’ et les ‘zoologistes’<br />
Euglyphides<br />
Chlorarachniobiontes<br />
Phytomyxea<br />
RHIZARIA<br />
Dinobiontes<br />
CentroHaplosporidiesheliForamida<br />
? nifèresActinoRadiolairesphryda<br />
ParabasaliaR<br />
Diplomonadines<br />
Oxymonadines<br />
Retaria<br />
Cercobiontes<br />
Retortamonadines<br />
Ellobiopsidés<br />
Apicomplexes<br />
Ciliés<br />
HAPTOBIONTES<br />
D’après Boudouresque<br />
(2011), mis à jour<br />
ALVÉOLÉS (=<br />
ALVEOLATA)<br />
STRAMÉNOPILES<br />
(= HÉTÉROCHONTES)<br />
Labyrinthulobiontes<br />
Bicosoécidés<br />
Euglénoïdes<br />
Kinétoplastides<br />
Acrasiobiontes<br />
(= Heterolobosa)<br />
Percolobiontes<br />
Oobiontes<br />
Chromobiontes<br />
Euglénobiontes<br />
EXCAVATES DISCICRISTATES<br />
Chromalvéolés
Si l'on vous dit "les algues n'existent pas d'un point de vue scientifique", ne<br />
demandez pas : "mais alors, comment faut-il les nommer ?"<br />
Malgré des<br />
Il n'est pas nécessaire de<br />
ressem-<br />
nommer cet ensemble<br />
blances !<br />
hétéroclite (comme les algues)<br />
62
Un ensemblehétéroclite<br />
: les<br />
champignons<br />
63
Un ensemble<br />
hétéroclite : les<br />
‘protozoaires’<br />
64
Le classification<br />
actuelle ?<br />
- <strong>Les</strong> agrafeuses vont avec les agrafeuses<br />
- <strong>Les</strong> drapeaux avec les drapeaux<br />
- <strong>Les</strong> stylos avec les stylos<br />
- <strong>Les</strong> monuments avec les monuments !<br />
Elle est logique, naturelle !<br />
65
Que cherche-t-on ?<br />
A utiliser un terme qui donne une information<br />
Un taxon information phylogénétique + caractères partagés<br />
Plancton information écologique<br />
Organismes photosynthétiques information fonctionnelle<br />
Organismes photosynthétiques multicellulaires (MPOs) <br />
information morphologique + fonctionnelle<br />
<strong>Eucaryotes</strong> <strong>unicellulaires</strong> information taxonomique + morphologique<br />
Algues, champignons, protozoaires, végétaux, phytoplancton,<br />
etc. aucune information<br />
Autant dire "truc", "machin" et "chose"<br />
66
Protistes ?<br />
1. Little et Jones (Dictionary of Botany) :<br />
Un ensemble hétérogène d’organismes <strong>Eucaryotes</strong> <strong>unicellulaires</strong>,<br />
coloniaux ou multicellulaires<br />
67
Protistes ?<br />
Mobile<br />
Nonmobile<br />
Bactéries<br />
et Archées<br />
E u c a r y o t e s<br />
Unicellulaire Pluricellulaire<br />
1. Little et Jones<br />
68
Protistes ?<br />
1. Little et Jones (Dictionary of Botany) :<br />
Un ensemble hétérogène d’organismes <strong>Eucaryotes</strong> <strong>unicellulaires</strong>,<br />
coloniaux ou multicellulaires<br />
2. Dalage et Métaillé (Dictionnaire de biogéographie végétale) :<br />
Micro-organisme constitué par une seule cellule : protophyte,<br />
protozoaire, bactérie, etc.<br />
69
Protistes ?<br />
Mobile<br />
Nonmobile<br />
Bactéries<br />
et Archées<br />
E u c a r y o t e s<br />
Unicellulaire Pluricellulaire<br />
1. Little et Jones<br />
2. Dalage et Métaillé<br />
70
Protistes ?<br />
1. Little et Jones (Dictionary of Botany) :<br />
Un ensemble hétérogène d’organismes <strong>Eucaryotes</strong> <strong>unicellulaires</strong>,<br />
coloniaux ou multicellulaires<br />
2. Dalage et Métaillé (Dictionnaire de biogéographie végétale) :<br />
Micro-organisme constitué par une seule cellule : protophyte,<br />
protozoaire, bactérie, etc.<br />
3. Wikipédia (classification classique) :<br />
Règne du vivant regroupant les êtres vivants mobiles et <strong>unicellulaires</strong> :<br />
protozoaires (animaux) et protophytes (végétaux) [4. Mais le tableau joint<br />
inclut les Rhodobiontes, non mobiles, généralement pluricellulaires]<br />
71
Protistes ?<br />
Mobile<br />
Nonmobile<br />
Bactéries<br />
et Archées<br />
E u c a r y o t e s<br />
Unicellulaire Pluricellulaire<br />
1. Little et Jones<br />
2. Dalage et Métaillé<br />
3. Wikipédia<br />
classique texte<br />
72
Protistes ?<br />
Mobile<br />
Nonmobile<br />
Bactéries<br />
et Archées<br />
E u c a r y o t e s<br />
Unicellulaire Pluricellulaire<br />
1. Little et Jones<br />
2. Dalage et Métaillé<br />
3. Wikipédia<br />
classique texte<br />
4. Wikipédia<br />
classique tableau<br />
73
Protistes ?<br />
1. Little et Jones (Dictionary of Botany) :<br />
Un ensemble hétérogène d’organismes <strong>Eucaryotes</strong> <strong>unicellulaires</strong>,<br />
coloniaux ou multicellulaires<br />
2. Dalage et Métaillé (Dictionnaire de biogéographie végétale) :<br />
Micro-organisme constitué par une seule cellule : protophyte,<br />
protozoaire, bactérie, etc.<br />
3. Wikipédia (classification classique) :<br />
Règne du vivant regroupant les êtres vivants mobiles et <strong>unicellulaires</strong> :<br />
protozoaires (animaux) et protophytes (végétaux) [4. Mais le tableau joint<br />
inclut les Rhodobiontes, non mobiles, généralement pluricellulaires]<br />
5. Wikipédia (classification phylogénétique) :<br />
Le règne des protistes n’est plus pertinent<br />
74
Protistes ?<br />
1. Little et Jones (Dictionary of Botany) :<br />
Un ensemble hétérogène d’organismes <strong>Eucaryotes</strong> <strong>unicellulaires</strong>,<br />
coloniaux ou multicellulaires<br />
2. Dalage et Métaillé (Dictionnaire de biogéographie végétale) :<br />
Micro-organisme constitué par une seule cellule : protophyte,<br />
protozoaire, bactérie, etc.<br />
3. Wikipédia (classification classique) :<br />
Règne du vivant regroupant les êtres vivants mobiles et <strong>unicellulaires</strong> :<br />
protozoaires (animaux) et protophytes (végétaux) [4. Mais le tableau joint<br />
inclut les Rhodobiontes, non mobiles, généralement pluricellulaires]<br />
5. Wikipédia (classification phylogénétique) :<br />
Le règne des protistes n’est plus pertinent<br />
6. Parent (Dictionnaire des sciences de l’environnement) :<br />
Organisme unicellulaire Eucaryote<br />
75
Protistes ?<br />
Mobile<br />
Nonmobile<br />
Bactéries<br />
et Archées<br />
E u c a r y o t e s<br />
Unicellulaire Pluricellulaire<br />
1. Little et Jones<br />
2. Dalage et Métaillé<br />
3. Wikipédia<br />
classique texte<br />
4. Wikipédia<br />
classique tableau<br />
6. Parent<br />
Sans définition,<br />
autant dire<br />
‘machin’ !<br />
76
Sans définition, autant dire ‘machin’ !<br />
La définition que je recommande :<br />
Protiste = eucaryote unicellulaire<br />
(photosynthétique ou non, mobile<br />
ou non)<br />
Mais indiquer obligatoirement cette définition<br />
quand le terme est utilisé<br />
77
En conclusion : Si vous ne maîtrisez pas la<br />
classification actuelle, c'est la classification<br />
actuelle qui vous submergera<br />
Car cela ira<br />
très vite<br />
78
Pour que la science avance :<br />
- Donner un nom correct à chaque chose<br />
- Changer de nom quand la science a changé<br />
Appeler un chat un chat<br />
Llamar al pan pan<br />
y al vino vino<br />
To call a spade,<br />
a spade<br />
79
Llamar Llamar al<br />
al<br />
pan pan pan pan pan pan pan y y al<br />
al<br />
vino vino vino<br />
vino<br />
80
Viridiplantae<br />
Chara<br />
Tetraselmis<br />
Streptobiontes<br />
Chlorobiontes<br />
CRYPTO-<br />
BIONTES<br />
Crocus<br />
Fougère<br />
EmbryophytesCharophycéesZygnématophycées<br />
Trentepoliophycées<br />
Ulvophycées<br />
Chlorophycées<br />
Prasinophycées<br />
Picobiliphytes ?<br />
Katablépharides<br />
Chytridiomycètes<br />
Amanite (ex- Microsporidies<br />
champignons,<br />
Basidiomycètes<br />
pro parte)<br />
Ascomycètes<br />
Fungi<br />
Métazoaires<br />
(= animaux)<br />
Choanoflagellés<br />
ARCHAEPLASTIDA<br />
(= PLANTAE)<br />
Ulva<br />
AMOEBO- Mycétobiontes<br />
Entamoeba BIONTES hysto- (= Archamaeba<br />
litica (dysenterie) AMOEBOZOA) Lobosa<br />
Unichontes<br />
Axinella<br />
Cryptophytes<br />
Mésomycétozoaires<br />
Spongiaires<br />
Placozoaires<br />
Eumétazoaires<br />
Rhodobiontes<br />
<strong>Les</strong> <strong>Eucaryotes</strong><br />
Glaucocystobiontes<br />
Nosema (cause<br />
mortalité des abeilles)<br />
Euglyphides<br />
Chlorarachniobiontes<br />
Phytomyxea<br />
Haplo-<br />
Apicomplexes<br />
Centrosporidies<br />
Foraminifères<br />
Ciliés<br />
Paramécie<br />
heliForami-<br />
Delesseria da ? nifèresActino-<br />
STRAMÉNOPILES<br />
Radiophryda<br />
(= HÉTÉROCHONTES)<br />
laires<br />
Labyrinthulobiontes Cafeteria<br />
RHIZARIA<br />
Bicosoécidés<br />
Trichomonas vaginalis<br />
(maladie sexuellement<br />
transmissible)<br />
Parabasalia<br />
Retaria<br />
Radiolaires<br />
Cercobiontes<br />
Euglena<br />
Retortamonadines<br />
Gymnodinium Alexandrium Plasmodium<br />
(paludisme)<br />
Dinobiontes<br />
ALVÉOLÉS (=<br />
Ellobiopsidés<br />
ALVEOLATA)<br />
Oobionte (ex-champignons,<br />
pro parte)<br />
Emiliania (à l’origine<br />
de la craie)<br />
HAPTOBIONTES<br />
Euglénoïdes<br />
Kinétoplastides<br />
Oobiontes<br />
Chromobiontes<br />
Acrasiobiontes<br />
(= Heterolobosa)<br />
Euglénobiontes<br />
OPISTHO-<br />
CHONTES<br />
DiplomonadinesOxymonadines<br />
EXCAVATES<br />
Percolobiontes<br />
DISCICRISTATES<br />
Trypanosoma<br />
Homo sapiens Elysia Naegleria (amibe des piscines) (maladie du sommeil) Undaria<br />
Chromalvéolés<br />
Diatomée<br />
Cystoseira
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