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Nancy-Université '\ . Université Henri Poincaré FACULTE DES SCIENCES & TECHNIQUES U.F.R. Sciences et Techniques Biologiques Ecole Doctorale Biologie, Santé, Environnement Thèse présentée pour l’obtention du titre de Docteur de l’Université Henri Poincaré, Nancy-I en Biologie Moléculaire par Alan URBAN Caractérisation biochimique, structurale et fonctionnelle des ARN:pseudouridine synthases Pus7 de la levure Saccharomyces cerevisiae et d’archaea thermophiles Soutenance publique le 15 Septembre 2008 Membres du Jury : Rapporteurs : Mme B. GOLINELLI-PIMPANEAU Chargé de Recherche CNRS, Gif-sur-Yvette Mme C. FLORENTZ Examinateur : Professeur, Université Louis Pasteur, Strasbourg M. M. HELM Docteur, Université Heidelberg, Heidelberg Directeurs de thèse : Mme C. BRANLANT Directeur de Recherche CNRS, Nancy M. I. MOTORINE Professeur, Université Henri Poincaré, Nancy _______________________________________________________________________________ Laboratoire de Maturation des ARN et Enzymologie Moléculaire, UMR 7567 CNRS-UHP Faculté des Sciences & Techniques – 54506 Vandoeuvre-lès-Nancy
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Rôles des résidus Ψ ____________
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Structure 3D des ARN:Ψ-synthases _
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1. Bioinformatique A. Matériel inf
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Matériel & Méthodes Les milieux q
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Matériel & Méthodes 1.3. Clonage
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Matériel & Méthodes sont réalis
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Matériel & Méthodes Me Me Me Me M
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Matériel & Méthodes 6. Les boîte
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Matériel & Méthodes 2.3.2.2. Elon
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Matériel & Méthodes +0,5 µl du d
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Matériel & Méthodes (CCM ou TLC)
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Matériel & Méthodes protéine. Av
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Matériel & Méthodes Incubation1 h
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Matériel & Méthodes _____________
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ELSEVIER © m | 1 1 © Available on
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l 1 3 2 2 2 1 9 9 9 m 2 8 8 8 | 3 m
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1 a m 8 8 8 133
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C b 137
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1.3.2. Culture en fermenteur Matér
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Matériel & Méthodes Biosciences).
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Matériel & Méthodes ensuite dirig
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Matériel & Méthodes 4. Transcript
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Matériel & Méthodes spectrophotom
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Matériel & Méthodes Les cibles ma
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Matériel & Méthodes Ajouter 600
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Matériel & Méthodes SSC 0,1X à t
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5.2.2. Le calcul des ratios d’exp
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Résultats & Discussion
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Caractérisation des activités ARN
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Résultats & Discussion - Partie 1
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The Saccharomyces cerevisiae U2 snR
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Behm-Ansmant et al. FIGURE 2. Disru
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Behm-Ansmant et al. A. tRNAAsp S. c
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Behm-Ansmant et al. of strain BY474
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Behm-Ansmant et al. H., Bachellerie
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Etude des requis en séquence et st
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Version #33, 08/09/2008 Prepared fo
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INTRODUCTION RNA:pseudouridine(Ψ)-
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ARNt Tyr (GΨA), 35 in U2 snRNA and
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RESULTS Test for the importance of
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U to Ψ conversion found in the thr
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postulated that a C11U mutation in
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We already showed above, that point
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mature tRNA Tyr (GΨA). The other r
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DISCUSSION Here we made a deep char
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their position in the L-shaped tRNA
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disruption of the D stem-loop struc
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MATERIALS AND METHODS Strains and p
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pmol of non-radiolabeled RNA transc
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Jiang HQ, Motorin Y, Jin YX, Grosje
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Figure 2 : Effects of point mutatio
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Figure 5 : Comparison of the Pus7p
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A. 3'OH 5'PA C U G C G G C U +2 +1
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A. Cytoplasmic Mitochondrial B. C.
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A. B. C. Precursor tRNA Tyr Mature
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221 3’-CCA Ψ13 A14 5’ U11 S. c
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Importance fonctionnelle des domain
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Etude du rôle fonctionnel possible
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Caractérisation des homologues de
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Publication n°4
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ABSTRACT Up to now, Ψ formation in
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tRNA Tyr (GUA) is considered as an
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(43), one can reasonably ask the qu
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tRNA Tyr (GUA) variants were produc
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Sto1), Sulfolobus acidocaldarius (s
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data were in agreement with the exp
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solfataricus, and a tRNA Tyr (GUA):
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educed the level of Ψ formation fr
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substitutions in motif II or by com
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DISCUSSION In this work, we describ
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these observations suggest lower se
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esidue U33 (14). This structural st
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C/D box sRNAs can also guide 2’-O
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20. Gregson, J.M., Crain, P.F., Edm
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FIGURE LEGENDS Figure 1: Putative H
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Panel B: 3D structure modelization
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316 autoradiograms correspond to fo
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318 A B S. solfataricus pre-tRNA Ty
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320 + Sso Extract + Pab Extract 4Gp
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322 A P. abyssi tRNA Tyr 20-30% 5'
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324 A B Y formation (mol/mol) Y for
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Version #2, 13/08/2008 Prepared for
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1. Introduction Pseudouridine (5-β
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2. Methods and results 2.1. Overexp
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2.3. Crystallisation Screening for
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ACKNOWLEDGEMENTS We thank F. Matsun
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TABLES Table 1 Statistics of X-ray
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kDa 97.0 66.0 45.0 30.0 20.1 14.4 F
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Etudes structurales de l’ARN:Ψ-s
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Perspectives
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Perspectives synthases en utilisant
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Perspectives d’expérience, que l
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Perspectives résidus modifiés ser
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Perspectives l’ARNt Asp (GUC) de
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Références bibliographiques _____
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Résumé Titre : Caractérisation b
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