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Table des Matières ___________________________________________________________________________ 2.2. Caractérisation des souche sélectionnées après interruption du gène codant le snoRNA H/ACA snR81 ....................................................................................... 263 B. Analyse du phénotype de croissance des souches mutées........................................... 265 C. Analyse globale de l’effet de l’absence des résidus Ψ dans le snRNA U2 sur l’épissage des ARN pré-messagers de S. cerevisiae par l’approche puces à ADN ......................... 266 1. Analyse de l’épissage des ARN-prémessagers par Splicing Array........................ 266 2. Analyse et interprétation des données.................................................................... 272 PARTIE 5 Caractérisation des homologues de l’enzyme Pus7p de levure chez les archaea thermophiles 1. Le domaine Archaea........................................................................................................... 278 2. Contexte des études réalisées sur les enzymes Pus7p d’archaea ....................................... 280 3. Démarche et Résultats........................................................................................................ 280 ___________________________________________________________________________ Publication n°4…………………………………………………………..…………………281 Deficiency of the tRNATyr:Ψ35-synthase aPus7 in Archaea of the Sulfolobales order is rescued by the H/ACA sRNA-guided machinery Sébastien Muller 1 , Alan Urban 1 , Arnaud Hecker 2 , Fabrice Leclerc 1 , Christiane Branlant *,1 and Yuri Motorin 1 Soumis à Nucleic Acid Research ___________________________________________________________________________ PARTIE 6 Etude structurale de l’ARN:Ψ-synthase aPus7 de P. abyssi et S. solfataricus 1. Bilan des connaissances structurales sur les ARN:Ψ-synthases TruD/Pus7p ................... 328 2. Résultats ............................................................................................................................. 329 ___________________________________________________________________________ Publication n°5………………………………………………………….…………….……331 Expression, purification, crystallization and preliminary diffraction studies of the Pyroccocus abyssi tRNA:pseudouridine synthase aPus7 Alan Urban 1 , Sebastien Muller 1 , Jean-Michel Saliou 2 , Sarah Sanglier 2 , Yuri Motorin 1 , Christiane Branlant 1 and Christophe Charron 1* Préparé pour soumission à Acta Crystallographica Section D XIII
Table des Matières ___________________________________________________________________________ 3. Résultats complémentaires................................................................................................. 347 3.1. Production, purification et cristallisation de la protéine Pab aPus7 sélénométhionylée .......................................................................................................................................... 347 3.1. Production, purification et cristallisation de la protéine Sso aPus7 .......................... 348 Perspectives 1. Recherche de nouvelles ARN:Ψ-synthases........................................................................ 351 2. Etude de la spécificité d’action des ARN:Ψ-synthases...................................................... 357 3. Poursuite des études structurales sur les ARN:Ψ-synthases Pus7p de S. cerevisiae et d’archaea ................................................................................................................................ 359 Références Bibliographiques…………………….........………………………..361 XIV
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Objectifs _________________________
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Matériel & Méthodes
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Matériel & Méthodes ARNt permetta
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- Amplification d’ADN par la mét
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Matériel & Méthodes sont sélecti
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L’amplification est réalisée da
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1.3.1. Culture en batch Matériel &
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Matériel & Méthodes Rq : Une solu
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Publication n°1
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130 C C C C C 1
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Matériel & Méthodes 3. Lavage de
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5.2.2. Recherche des conditions de
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B. Méthodes Matériel & Méthodes
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Matériel & Méthodes 4. Hybridatio
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Matériel & Méthodes l’excitatio
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Matériel & Méthodes 5.3. Analyse
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Caractérisation des activités ARN
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Caractérisation des activités ARN
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Publication n°2
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Behm-Ansmant et al. Decatur and Fou
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A. tRNAAsp CMCT _ + + + + + lime 20
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solved, is the site(s) of action of
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position 35 in the yeastpre-tRNA Ty
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Résultats & Discussion - Partie 2
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Publication n°3
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ABSTRACT The Pus7p RNA:pseudouridin
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estricted to U13 conversion in tRNA
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importance in different types of RN
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mutation we expected to detect a de
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strict conservation U-2 and A+1 in
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(PSORT I and II, SubLoc, ESLPred an
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only difference is the substitution
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level of modification by a factor o
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to their RNA 2D structure. Surprisi
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expressed in S. cerevisiae. its est
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Indeed, expression of GFP-Pus7p fus
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denaturing gel were performed as pr
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REFERENCES Ansmant I, Massenet S, G
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FIGURE LEGENDS Figure 1 Panel A: Se
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nucleotide, N=unknown modified urid
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A. B. 216 Position -4 -3 -2 -1 Ψ +
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A. B. 218 3'OH A C C G 5'PG C C G C
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5'P U2:1-85 U2:1-85 ∆I 7 Ap 35 6
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tRNA Asp (GUC) pre-tRNA Tyr (GΨA)
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Etude des requis en séquence et st
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Importance fonctionnelle des domain
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Etude du rôle fonctionnel possible
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Etude du rôle fonctionnel possible
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Deficiency of the tRNA Tyr :Ψ35-sy
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INTRODUCTION In all domains of life
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The number of rRNA:Ψ−synthases i
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oligonucleotides used for the PCR a
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the RNAs were extracted and digeste
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However, the Ape7 motif might guide
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the conserved basic residue (N. mar
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enzyme in both the Sso and Pab tRNA
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no Ψ formation was detected after
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Interestingly, the WT Sso aPus7 sho
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Modification by archaeal aPus7 pref
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activation due to the higher flexib
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original target to complement the d
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REFERENCES 1. McCloskey, J.A., Grah
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40. Constantinesco, F., Motorin, Y.
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and test of its activity at positio
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Sso aPus7). Modified RNAs were anal
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A B 300 200 100 K-turn A U G G C -
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A B Figure 3 F F F F F F F F F F F
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A B + Pab aPus7 + Sso aPus7 + Pab a
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A B P. abyssi tRNA Tyr aATP P. abys
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A 5' Sso1 A C A U A G U U C U A C A
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Etudes structurales de l’ARN:Ψ-s
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Publication n°5
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ABSTRACT Pyroccocus abyssi Pus7 is
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esponsible for Ψ13 modification on
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prior to crystallization trials. Th
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2.5. Data collection and analysis L
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REFERENCES Behm-Ansmant, I., Urban,
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FIGURE LEGENDS Figure 1 Polyacrylam
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346 Figure 2 A. B. 50 µM 50 µM
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Perspectives Si l’on dresse un bi
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Perspectives L’identification de
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2. Etude de la spécificité d’ac
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Perspectives 3. Poursuite des étud
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