Tartalom - Biomérnöki Tanszék - Debreceni Egyetem

A tantárgy neve: BioinformatikaÓraszám: 1+2+0Kredit: 1+2+0Számonkérés: kollokvium (írásbeli)Tantárgyfelelős: Dr. Sipiczki MátyásA tantárgy tematikája:Tudományos információ gyűjtése adatbázisokból (Pubmed, Agricola, Scirus, stb.). Genetikai információ, nukleotidésaminosav-szekvenciák keresése adatbázisokban (szöveg- és szekvencia-alapú keresés) és letöltése. Szekvenciaadatbázisokés kezelésük. Páronkénti szekvenciaillesztés globális és lokális módszerei (pl. Needleman-Wunschalgoritmus, Smith-Waterman algoritmus. FASTA, BLAST, stb.). Többszörös szekvenciaillesztések (pl.CLUSTAL). Szekvencia-hasonlóság keresése adatbázisokban (pl. FASTA, BLAST). Gének identifikálásanukleotid-szekvenciákban. Génszerkezet elemzése (intronok, exonok, konzervált domének, stb. kimutatása).Filogenetikai elemzések, példák törzsfaszerkesztő algoritmusokra (pl. UPMGA, maximum parsimony, stb.)Javasolt szakirodalom:1) Lesk, A.M.: Introduction to bioinformatics. Oxford University Press, Oxford, 20022) Barnes, M.R., Gray, I.C.: Bioinformatics for geneticists. John Wiley and Sons Ltd. Chichester, 200319