MEDLINE/PubMed nel XXI secolo - Biblioteche oggi

MEDLINE/PubMednel XXI secoloDal database bibliografico all’archivio integratoArgomentiNicola De BellisCarmela PalazziBiblioteca medica centralizzataUniversità degli studi di Modena e Reggio Emiladebellis.nicola@unimore.itpalazzi.carmela@unimore.it1. Premessa e scopo del lavoroTra la seconda metà degli anni Novanta e la fine del 2002la prestigiosa banca dati biomedica MEDLINE, prodottadalla National Library of Medicine (NLM) di Bethesda, divenutapubblica e gratuitamente accessibile sul WorldWide Web nel 1997, 1 ha conosciuto un’evoluzione internache ne ha modificato tanto la struttura quanto le potenzialitàd’impiego nella direzione di una progressiva integrazionetra unità bibliografiche, letteratura full-text accessibileonline e risorse aggiuntive per ricercatori e bibliotecari.Di pari passo con la moltiplicazione di siti e modalità diaccesso a MEDLINE (gratuite o a pagamento), PubMed,l’interfaccia web ufficiale, ha potenziato il numero e laqualità dei propri servizi, consegnando ai medici un validostrumento di supporto alle valutazioni diagnostiche ealle decisioni terapeutiche nel quadro della EvidenceBased Medicine e prospettando alle biblioteche biomedichel’opportunità di non restare utenti passivi di un semplicearchivio di titoli, ma di riformulare le tipologie di accessoalle proprie collezioni digitali e le politiche di documentdelivery grazie ad alcune valide opzioni di personalizzazione.Il presente articolo ripercorre le principali fasi della riorganizzazionedi MEDLINE e delle banche dati del sistemaMEDLARS in ambiente web e illustra le più importanti einnovative funzionalità di PubMed, soffermandosi sui dueaspetti complementari della ricerca bibliografica e del recuperodei documenti. Nella prima parte, dopo una rassegnadelle trasformazioni subite dal sistema MEDLARS,sarà esaminato criticamente il principale strumento di calibrazionedelle ricerche bibliografiche in MEDLINE: ilMedical Subject Headings (paragrafi 2.1, 2.2). Nella secondasi descriverà una delle più interessanti prerogativedi MEDLINE/PubMed nel XXI secolo: la capacità di “accogliere”,organizzare e preservare dati di natura, formatoe provenienza differente in funzione della loro generaleaccessibilità. Da questa caratteristica deriva l’integrazionedei dati bibliografici con gli articoli full-text depositati inPubMed Central (paragrafo 3.1), ma anche la possibilità,per biblioteche e centri di documentazione di tutto ilmondo, di riconfigurare i link ipertestuali dei record bibliografici(LinkOut) in rapporto ai bisogni della propriautenza (paragrafo 3.2).2. Un po’ di storia: MEDLARS, MEDLINE,PubMed, il National Library of MedicineGatewayMEDLINE (Medical Literature, Analysis, and RetrievalSystem Online) è l’archivio bibliografico online di letteraturabiomedica della National Library of Medicine. Derivatodai repertori cartacei Index medicus, Index to dentalliterature e International nursing index, è disponibile gratuitamentesu Internet attraverso il motore di ricercaPubMed del National Center for Biotechnology Information(NCBI) della NLM. 2 MEDLINE, che si avvale di aggiornamentiquotidiani, dal 1966 indicizza articoli pubblicatiin oltre 4.600 periodici biomedici editi negli Stati Unitie in altri 70 paesi. A ogni citazione, oltre alle tradizionaliunità logico-informative (autore, titolo dell’articolo ecc.),sono associati un certo numero di descrittori di soggettodel Medical Subject Headings, il thesaurus ufficiale dellaNational Library of Medicine, e un insieme di campi utiliper una selezione mirata del materiale: la tipologia di pubblicazione(articolo di rivista, rassegna, sperimentazioneclinica, meta-analisi, test randomizzato ecc.); le sostanzechimiche menzionate e la loro azione farmacologica; icheck tags, cioè i dati relativi alla metodologia sperimentale(esperimenti su uomini, animali, in vitro, in gravidanza),al tipo di studio condotto (case-report o studio comparativo),al sesso e all’età dei soggetti studiati, alla natura e provenienzadei finanziamenti.MEDLINE è stata concepita all’interno di MEDLARS (MedicalLiterature Analysis and Retrieval System), un sistema computerizzatod’indicizzazione, archiviazione e ricerca dellaletteratura scientifica che sin dal 1960 ha permesso a unpubblico prevalentemente composto da ricercatori e documentalistidi accedere a un vasto insieme di banche dati diargomento medico e biologico. MEDLARS è anche il terminecon il quale la NLM era solita designare l’insieme dei suoi1 Free web-based access to NLM databases, “NLM Technical Bulletin”, 296 (1997), May-June; URL: .Ultima visita 27/12/2002.2 URL: . Ultima visita 27/12/2002.Biblioteche oggi – aprile 200339

Argomentidatabase bibliografici in linea, quindi, oltre a MEDLINE:AIDSLINE, HISTLINE, HSTAR, BIOETHICSLINE, SPACELINE,SDILINE, TOXLINE, CANCERLINE, POPLINE, OLDMEDLINE.Il sistema MEDLARS è operativo dal 1961. Inizialmente si limitavaa elaborare complesse strategie di ricerca in modalitàbatch, senza interazione diretta con il computer, e solodieci anni dopo, nel 1970-71, grazie a un software avanzatodi retrieval (ELHILL), è divenuto stabilmente raggiungibileonline, con la possibilità di accedere in tempo reale e inmodo interattivo al database bibliografico degli articoli di riviste(MEDLINE) da terminali remoti. Nel marzo 1986, sullascorta del successo dei microcomputer e del pressoché contemporaneoperfezionamento della tecnologia dei cd-rom,la NLM ha distribuito Grateful Med, un software e un’interfacciadi ricerca tagliati su misura per coloro che volevanointerrogare gli archivi MEDLARS dal proprio personal computer.Nei primi anni Novanta, Grateful Med è stato affiancatoda un progetto del NCBI inteso a far convergere inun’unica interfaccia di ricerca un subset di MEDLINE e lebanche dati fattuali di genetica e biologia molecolare, compresala mappa del genoma umano. È nato così il primo nucleodi PubMed, il quale sin dalle origini ha sviluppato emantenuto una vocazione extra bibliografica che ne avrebbecondizionato l’evoluzione successiva, accentuandosi dopola disponibilità gratuita via Internet dei due servizi,PubMed e Internet Grateful Med, nel 1997. Nello specifico,l’aggiunta al database di collegamenti ipertestuali ai siti deglieditori in grado di fornire il testo completo degli articolicitati si è rivelata una mossa strategica, non priva di risvoltieconomici oltre che etico-scientifici:si regala il prodotto che prima si vendeva e lo sidota di una serie di servizi a valore aggiunto, anticipandobisogni dell’utenza e vendendo servizipersonalizzati legati al prodotto gratuito. 3Il resto è storia recente: i database bibliografici di InternetGrateful Med sono stati progressivamente smantellati e irecord ridistribuiti, secondo una precisa strategia editoriale,nei server web della National Library of Medicine. Trail 2000 e il 2002 è giunto a compimento il progetto di convertiree riversare una parte di questi file speciali, segnatamentele citazioni di articoli di periodici di AIDSLINE,HISTLINE, SPACELINE e BIOETHICSLINE, in MEDLINE, dicui sono divenuti semplici sottoclassi (subsets) isolabili infase di ricerca mediante appositi filtri. 4 Con la crescita e ladiffusione su larga scala del web e la conseguente ristrutturazionedella rete informativa della NLM, i dati MEDLARSrimasti fuori da MEDLINE sono confluiti in forme diversenella complessa architettura delle pagine web della NLM edelle altre sezioni del National Institutes of Health. 5 Archivie servizi sono andati incontro a un processo di crescenteintegrazione, rendendo sempre più sfumati i contorni chefino a qualche tempo fa separavano, sia da un punto di vistateorico che tecnico-applicativo, un database bibliograficoda un catalogo di biblioteca o da un servizio organizzatodi accesso ai documenti. La contemporanea crescitadella domanda d’informazione biomedica da parte di unpubblico non specializzato, documentata dalle statistiched’uso di MEDLINE, 6 ha condotto la NLM a potenziare lapropria rete informativa in due direzioni: da un lato, un insiemedi risorse per il paziente e l’utente generico(MEDLINEplus, ClinicalTrials.gov, Tox Town); dall’altro,un’interfaccia semplificata per l’accesso contemporaneo amolteplici sistemi di recupero dell’informazione di tipo bibliografico,catalografico e fattuale: il National Library ofMedicine Gateway. 7 Nato nell’ottobre 2000, Gateway è unmetamotore pensato per l’utentewho comes to the National Library of Medicinenot knowing exactly what is here or how best tosearch for it. 8La sua caratteristica peculiare è quella d’interrogare simultaneamentepiù database, compreso MEDLINE, raggruppandoi risultati per categorie di facile comprensione.La diffusione di Gateway ha contribuito ulteriormente a ridisegnarei lineamenti del sistema informativo della bibliotecastatunitense, compensando la chiusura pressochécontemporanea, nel 2001, di Internet Grateful Med. 9 Gateway,la cui nuova versione è stata resa pubblica nel settembre2002, permette infatti di consultare, da un’unica interfaccia:– MEDLINE per le citazioni di articoli dal 1966 ad oggi;– OLDMEDLINE per le citazioni di articoli comparse sulCumulated index medicus (dal 1960 al 1965) e sul Currentlist of medical literature (dal 1957 al 1959);3 ANTONELLA DE ROBBIO, Medline free su web: i servizi PubMed e Internet Grateful Med della National Library of Medicine, “BollettinoAIB”, 4 (1997), p. 481.4 The reorganization of National Library of Medicine (NLM) bibliographic databases; URL: .5 Sulla storia della NLM vedi: EVE-MARIE LACROIX – ROBERT MAHNERT, The US National Library of Medicine in the 21st century : expandingcollections, nontraditional formats, new audiences, “Health Information and Libraries Journal”, 19 (2002), p. 126-132; NORMAN H.HOROWITZ, The National Library of Medicine, “Neurosurgery”, 51 (2002), p. 1304-1314.6 Results of National Library of Medicine web site user survey; URL: . Ultima visita27/12/2002.7 URL: . Ultima visita 27/12/2002.8 URL: .9 Internet Grateful Med to be retired; reminder of NLM Gateway availability, “NLM Technical Bulletin”, 318 (2001), January-February;URL: . Ultima visita 27/12/2002.40 Biblioteche oggi – aprile 2003

ArgomentiFig. 1– gli abstract di convegni nei settori HIV/AIDS, HealthServices Research e Space Life Science;– HSRProj, il database delle citazioni relative a progetti diricerca in progress nel settore delle tecnologie sanitarie edello sviluppo di linee guida per la pratica clinica;– MEDLINEplus, il portale di informazioni e servizi per ilpaziente, comprensivo di una sezione generale di healthtopics, una sezione sui farmaci e un’enciclopedia medicamultimediale;– ClinicalTrials.gov, il database di sperimentazioni controllate(clinical trials) sponsorizzate principalmente dal NIHad uso del paziente;– DIRLINE, la directory di organizzazioni operanti nel settoredella sanità;– LOCATORplus, il catalogo online di libri, periodici, audiovisivie software della National Library of Medicine.Per OLDMEDLINE, gli abstract di convegni e HSRProj,Gateway è l’unica interfaccia di ricerca disponibile, mentreDIRLINE è interrogabile anche autonomamente, 10 al paridi LOCATORplus. 11 Nel 1999 LOCATORplus ha inglobato itre database catalografici noti in precedenza come CATFILE,CATFILEplus e SERFILE. 12Il vecchio servizio bibliograficoHealthSTAR (inizialmenteHSTAR), imperniato sullericerche nel settore sanitarioe attivo dal 1994 al 2000, èstato smembrato e i suoi materialisono migrati in MED-LINE/PubMed (articoli), LO-CATORPlus (monografie),HSRProj (abstract di convegni).Dal 1994 inoltre è disponibilel’archivio full-text dilinee guida e EvidenceBased Medicine HSTAT(Health Services/TechnologyAssessment Texts), affiancatonel novembre 2002 daHSRR (Health Services andSciences Research Resources),un archivio di dataset,strumenti, software utilizzati nella ricerca sanitaria e nellescienze sociali. 13La letteratura tossicologica, al pari di quella demografica eoncologica, è ora indicizzata in archivi autonomi, dotati diun proprio sito web. Dalla sua creazione nel 1972, il databasebibliografico TOXLINE (TOXicology LiteratureonLINE) si è costantemente evoluto nella struttura e neimetodi di connessione fino alla disponibilità gratuita suInternet Grateful Med (1998) e all’inclusione, assieme allebanche dati fattuali di chimica e tossicologia, nella rete informativaTOXNET, liberamente disponibile sul web dal1999. 14 Il nucleo di TOXLINE è diventato a sua volta unsubset di MEDLINE/PubMed, mentre la NLM ha rafforzatola componente tossicologica di MEDLINE indicizzando 40riviste in precedenza spogliate da TOXLINE.POPLINE, l’archivio di abstract di convegni di argomentodemografico, non è stato convertito nel Gateway. In compenso,una vasta mole di citazioni di letteratura demograficaè stata riversata in MEDLINE/PubMed (articoli di riviste)e in LOCATORplus (monografie), 15 mentre ha visto laluce un Population Information Program (PIP), a cura delJohn Hopkins University Center for Communication10 URL: . Ultima visita 27/12/2002.11 URL: . Ultima visita 27/12/2002.12 Il database CATFILE è la fusione di AVLINE (catalogo di audiovisivi e software biomedici) e CATLINE (catalogo di monografie pubblicatedal XV secolo ad oggi). CATFILEplus cumula i record di CATFILE con quelli di monografie e capitoli di miscellanee in precedenzaindicizzati da HISTLINE, HealthSTAR, SPACELINE, BIOETHICSLINE e POPLINE. Il database SERFILE, catalogo dei periodici dal1665 ad oggi, può considerarsi il successore in formato MARC del vecchio SERLINE.13URL: HSTAT ; HSRR . Ultima visita 02/01/2003.14 URL: . Ultima visita 27/12/2002. I database fattuali accessibili in TOXNET sono HSDB (HazardousSubstances Data Bank), IRIS (Integrated Risk Information System), CCRIS (Chemical Carcinogenesis Research Information System), GE-NE-TOX, TRI (Toxics Chemical Release Inventory), ChemIDplus, HSDB Structures e NCI-3D. Sulle vicende di TOXLINE vedi: Next generationTOXLINE, “NLM Technical Bulletin”, 318 (2001), January-February; URL: . Ultima visita 02/01/2003.15Population-related citations added to MEDLINE/PubMed, “NLM Technical Bulletin”, 328 (2002), September-October; URL:. Ultima visita 02/01/2003.Biblioteche oggi – aprile 200341

ArgomentiPrograms (JHU/CCP), che ha prodotto un omonimo maben più ambizioso POPLINE database. 16Nel novembre 1997 il database di letteratura oncologicaCANCERLIT (in precedenza CANCERLINE) del NationalCancer Institute (NCI), contenente citazioni e abstract didocumenti pubblicati a partire dagli anni Sessanta su oltre4.000 fonti di diversa estrazione (riviste biomediche,proceeding, monografie, rapporti tecnici, tesi di dottorato),è divenuto consultabile gratuitamente sul sito webdel NCI assieme a PDQ (Physician Data Query), un archivio“operativo” composto da varie categorie di materiali.17Sul versante tecnologico i cambiamenti sono stati altrettantoradicali.Il vecchio software di gestione di MEDLARS, ELHILL, hasmesso di funzionare il 30 settembre 1999, 18 sostituito daEntrez, il software che permette la consultazione incrociatadi PubMed e delle basi di dati correlate del NCBI.Entrez, distribuito per la prima volta in versione sperimentalesu cd-rom nel 1991, è al tempo stesso un sistemad’indicizzazione e recupero dell’informazione di tipotestuale, una collezione di dati da fonti eterogenee e unprincipio di organizzazione della letteratura scientifica. Ilsistema si basa su due presupposti: che l’informazionebiomedica può essere organizzata in “nodi”, corrispondentiai diversi database bibliografici (PubMed) e fattuali(database di genetica e biologia molecolare), ciascuno ottimizzatoper la tipologia di dati ospitati, e che per poterconfluire in un “nodo” l’informazione di un certo tipo deveessere “oggettivata” (in una pubblicazione o in un reportunivocamente identificabili) e al tempo stesso strutturalmente“aperta”, predisposta cioè a “legarsi” con informazionidello stesso o di altri nodi. Ad esempio, datoil record di una sequenza proteica, il sistema deve permetteredi risalire, tramite un link ipertestuale, alla sequenzanucleotidica che la codifica; quest’ultima, a suavolta, deve potersi linkare alla citazione dell’articolo chela descrive, dall’abstract della citazione deve essere possibilecontestualizzare i concetti chiave mediante un linkcon i libri online in cui sono discussi, e così via.Alimentando le connessioni tra i record di nodi differenti,Entrez ambisce a diventare un sistema per la scopertadi nuova informazione, un discovery system anziché unsemplice retrieval system:By making links between selected nodes […]Entrez is designed to infer relationships betweendifferent data that may suggest future experimentsor assist interpretation of the available information,although it may come from different sources.19Senza entrare nel merito di questa pretesa, che veicola unpreciso modello di organizzazione e crescita della conoscenzascientifica, 20 la scelta di connettere fonti eterogeneeall’interno di sistemi tecnologicamente e linguisticamenteuniformi è fondamentale per il futuro della comunicazionescientifica:gli scienziati hanno cominciato a prendere in seriaconsiderazione l’eventualità che le tecnologie digitalipossano essere applicate alla realizzazione distrumenti di ricerca con caratteristiche non immaginabiliin quelli tradizionali, con l’obiettivo dicreare una rete di connessioni tra documenti e risorsereferenziali, di integrare le conoscenze e diricostruire, ove necessario almeno in modo virtuale,i nessi fra entità altrimenti separate. 212.1 Oltre MEDLINE: PubMedPubMed non è solo una delle possibili interfacce di MED-LINE, ma un archivio in parte diverso e più ampio oltreche un punto di snodo per risorse e servizi correlati al nucleobibliografico del database. Sotto il profilo dei contenuti,PubMed si contraddistingue per la tipologia delle fontie la rapidità di aggiornamento: comprende infatti, oltreai record targati MEDLINE, tre gruppi di citazioni prived’indicizzazione completa, in particolare prive di parolechiave del Medical Subject Headings, quindi ricercabili soloattraverso i comuni canali di recupero dell’informazione16 URL: . Ultima visita 27/12/2002. Il POPLINE della John Hopkins comprende citazionidi monografie, capitoli di miscellanee, articoli di periodici e quotidiani, letteratura grigia (rapporti tecnici, norme e provvedimenti legislativi,relazioni di convegni, tesi e dissertazioni).17 CANCERLIT e PDQ si raggiungono a partire dall’URL . Ultima visita 27/12/2002. PDQ contiene: schedepeer-reviewed con indicazioni sintetiche in merito a terapie, screening, prevenzione, genetica, supporto al paziente oncologico;un registro di sperimentazioni controllate (circa 1.800 aperte e 1.2000 chiuse) in corso o effettuate in tutto il mondo; una directory dimedici e professionisti che forniscono consulenza genetica e un elenco di organizzazioni operanti nel settore della cura del cancro.18 NLM discontinues direct access to ELHILL and TOXNET command/menu systems on september 30, 1999, “NLM Technical Bulletin”,307 (1999), March-April; URL: . Ultima visita 27/12/2002.19 JIM OSTELL, The Entrez search and retrieval system, in The NCBI handbook, Bethesda, NCBI, National Library of Medicine, 2002, p.14.4; URL: . Ultima visita 27/12/2002.20 Il richiamo alla serendipity per esaltare le possibili implicazioni scientifiche delle connessioni tra i database di Entrez ha un backgroundconsolidato nella storia e sociologia della scienza. Vedi: ROBERT K. MERTON – ELINOR BARBER, Viaggi e avventure della serendipity.Saggio di semantica sociologica e sociologia della scienza, Bologna, Il Mulino, 2002.21 PAUL GABRIELE WESTON, Dal controllo bibliografico alle reti documentarie: il catalogo elettronico nella prospettiva dell’interoperabilitàfra sistemi eterogenei, “Biblioteche oggi”, 20 (2002), 7, p. 44.42 Biblioteche oggi – aprile 2003

Argomenti(autore, titolo, parola libera). Il primo gruppo è dato dallecitazioni di articoli in corso d’indicizzazione, spesso i piùrecenti e up to date (Premedline o In process). Il secondoinsieme è quello delle citazioni trasmesse direttamente daglieditori in formato XML (PubMed - as supplied by publisher):si tratta di una categoria composita di materiali, ingran parte destinati all’indicizzazione completa, che comprendesia le citazioni di articoli di riviste biomediche pubblicatiprima che le riviste stesse entrassero nel circuitoMEDLINE, sia le citazioni di articoli in formato elettronicoahead of print (o epub), cioè nella fase anteriore alla loropubblicazione a stampa, sia infine le citazioni out of scopedi riviste parzialmente indicizzate da MEDLINE (ad esempiole citazioni di articoli di astrofisica o di chimica pubblicatisu periodici d’impostazione multidisciplinare come“Science”, la cui sezione biomedica è normalmente indicizzatada MEDLINE). Fa parte di questo gruppo anche ciòche resta di un esperimento fallito, utile comunque a testimoniarela novità e popolarità delle bibliographic linkingfeatures di PubMed: PubRef, un complesso di circa100.000 citazioni di articoli non biomedici, derivate principalmentedalla Physical reviews series, aggiunte al databasesu pressione della National Academy of Sciences e di alcunieditori nel 1999. 22 Un terzo set di citazioni spurie siriferisce agli articoli di PubMed Central (PMC), costantementearricchito da periodici biomedici (MEDLINE e non-MEDLINE) che sottoscrivono la politica del free access.L’home page di PubMed innesta sul modulo centrale dellaquery box tre serie di àncore a servizi e banche dati dellaNLM: una barra laterale e due orizzontali (fascia nera e fasciagrigia) (vedi figura 2).La fascia nera contiene i link ai database di genetica e biologiamolecolare e a un’interfaccia semplificata per la consultazionedell’archivio full-text di PubMed Central. La fasciagrigia permette di attivare le funzioni avanzate di limitazione,tematica o cronologica, della ricerca (limits), discorrimento degli indici e previsualizzazione dei risultati(preview/index), di recupero e raffinamento progressivodelle ricerche già effettuate (history), di memorizzazionetemporanea dei record selezionati (clipboard), di verificadel modo in cui Entrez ha interpretato la strategia di ricerca(details). La barra laterale contiene, oltre alle àncore disupporto verso tutorial e utilities, una serie di risorse correlate(related resources) esterne al database, e un insiemedi servizi accessori (PubMed services) che servono a potenziarela ricerca in varie direzioni: un database delle rivisteindicizzate in MEDLINE (journals database), il MeSHBrowser, un form per il recupero mirato di citazioni dellequali si possiedono già alcune informazioni (single citationmatcher, batch citation matcher), un sistema preimpostatodi filtri per le ricerche di tipo clinico e il recuperoFig. 2delle rassegne sistematiche (clinical queries) 23 e uno spazioriservato per la memorizzazione permanente delle strategiedi ricerca e la personalizzazione dei link esterni ai recordbibliografici (Cubby, LinkOut).I risultati delle ricerche su PubMed possono essere memorizzatiin un’area provvisoria (clipboard), quindi stampati escaricati in vari formati. Partendo da un record che si reputainteressante è possibile trovarne altri di argomento affinemediante il link related articles, che lavora su set precalcolatidi citazioni “pesate” da un algoritmo. La strategiadi ricerca usata in una data occasione può essere memorizzatain modo permanente come URL nei bookmark delproprio browser, al pari di qualunque altra pagina web,ma la funzione più raffinata in tal senso è quella del cubby(in italiano “nicchia”, “angolo riservato”), che rende possibile,previa registrazione e procedura di login, la memorizzazionepermanente di una strategia di ricerca allo scopodi ripetere la stessa interrogazione periodicamente e recuperare,di volta in volta, i nuovi record inseriti nel database.Questa procedura rimpiazza di fatto SDILINE (SelectiveDissemination of Information onLINE), il vecchioarchivio MEDLARS che raccoglieva, su base mensile, le citazionipiù recenti di MEDLINE, comprese quelle dei fascicolimensili dell’Index medicus in corso di stampa, erende PubMed per certi aspetti simile a un servizio di alertinge SDI. Come vedremo più avanti, una seconda, fondamentalefunzione del Cubby è quella di fungere da area dilavoro per la personalizzazione dei link che rinviano dairecord bibliografici ai fornitori, commerciali e non, di articolifull-text (LinkOut).Perfezionando una tecnica già presente in InternetGrateful Med, PubMed va incontro all’utente inesperto egli offre la possibilità di effettuare una ricerca a testo libero“intelligente”. È sufficiente infatti digitare nella query22 PubRef to be removed from PubMed, “NLM Technical Bulletin”, 318 (2001), January-February; URL: . Ultima visita 02/01/2003.23 Nel 2002 la NLM ha cominciato a indicizzare per MEDLINE il Cochrane database of systematic reviews (a partire dal fascicolo 2 del2000) e ha sviluppato un filtro per la ricerca mirata delle rassegne sistematiche: Cochrane database of systematic reviews included inMedline, “NLM Technical Bulletin”, 324 (2002), January-February; URL: .Ultima visita 02/01/2003.Biblioteche oggi – aprile 200343

Argomentibox uno o più termini che rappresentano l’argomento deidocumenti cercati per ottenere un risultato che, sebbenedifetti in precisione, spesso ha una buona percentuale dirichiamo. Questo accade perché i termini inseriti senzaulteriore specificazione subiscono un processo di “mappatura”automatica (automatic term mapping), vengonocioè confrontati, ed eventualmente associati in fase di recupero,con quattro tabelle di terminologia controllatapredisposte dal sistema, principalmente voci del MedicalSubject Headings e del metathesaurus che lo contiene:l’Unified Medical Language System. Ad esempio, una ricercaper “manic depression AND prozac” viene automaticamentetradotta in: “((bipolar disorder”[MeSH Terms]OR manic depression[Text Word]) AND (“fluoxetine”[MeSH Terms] OR prozac[Text Word])). In realtà, a frontedella polisemia e ambiguità del linguaggio naturale adoperatodai non specialisti per interrogare la banca dati, ilprocesso di “mappatura” non garantisce risultati sempree comunque corretti. Per essere incanalato automaticamenteverso la forma “ammessa”, infatti, un termine ouna combinazione di termini deve comunque rientrarenella gamma di varianti lessicali previste e implementatedal sistema. Ecco allora che, ad esempio, “nose bleed” o“nosebleed” vengono automaticamente (e correttamente)reinterpretati come “epistaxis”, mentre la forma equivalente“bloody nose” non riceve lo stesso trattamento,e un acronimo comunemente associato alla progettazioneassistita dal calcolatore (CAD), il cui impiego in campoodontotecnico ha una solida tradizione, viene addiritturatradotto con “coronary arteriosclerosis”. L’idea diinterrogare MEDLINE/PubMed con la stessa leggerezzacon cui s’interroga un motore di ricerca full-text, scrivendoun termine nella casella di ricerca e cliccando su“go”, ha un certo fascino, ma non tiene conto della complessitàstrutturale del database, e il modo in cui un motoredi ricerca traduce una query dell’utente in linguaggiocontrollatohas a fundamental limitation; namely, that it doesnot dialog with the user to resolve ambiguity or tooffer alternatives. 24L’alternativa nondimeno esiste ed è quella di imparare acolloquiare con la banca dati mediante le regole del linguaggiocontrollato che gli indicizzatori applicano quotidianamentealla designazione del contenuto semantico deidocumenti: il Medical Subject Headings o MeSH.2.2 Medical Subject Headings e Unified Medical LanguageSystemMEDLINE è una banca dati unica nel suo genere perché, sindagli albori, ha consegnato al ricercatore uno strumentofondamentale per interpretarne il funzionamento e orientarsinel labirinto della letteratura biomedica. Il MeSH è un dizionariodi terminologia controllata usato per indicizzare gliarticoli di MEDLINE e gli altri documenti acquisiti dallaNLM, ma che negli ultimi anni ha allargato la propria sferad’applicazione, fungendo da modello per la revisione disoggettari locali e investendo la catalogazione delle risorseInternet all’interno di motori di ricerca specializzati comeHON, OMNI, CliniWeb, l’indice delle patologie delKarolinska Institutet Library. 25 Le voci (headings) del MeSHche identificano i singoli concetti sono presentate sia in ordinealfabetico che in una complessa struttura gerarchica ramificatadal generale al particolare (MeSH tree structures). Insintonia con la tradizione delle rules cutteriane, gli indicizzatoriassegnano a ogni citazione i soggetti (con relativesuddivisioni o subheadings) più specifici adatti a rappresentarneil contenuto semantico. Ciò garantisce un’alta percentualedi precisione delle ricerche, bilanciata tuttavia dallapossibilità, offerta dai software di information retrieval, discegliere se “esplodere” automaticamente la ricerca per unadata voce recuperando tutte le citazioni indicizzate con levoci gerarchicamente inferiori a quella iniziale.Il MeSH aspira a una standardizzazione della terminologiamedica che costituisce, al pari dell’interoperabilità di protocollie sistemi informatici, un presupposto essenzialedello sviluppo di reti informative efficienti. La sua importanzarisalta più chiaramente se si considera che non è undizionario isolato, ma solo una delle fonti terminologichedel Unified Medical Language System (UMLS), un progettopiù ampio presentato comea long term NLM research and development effortdesigned to facilitate the retrieval and integrationof information from multiple machine-readablebiomedical information sources. 26In sostanza, l’UMLS dovrebbe garantire in prospettiva losviluppo di software capaci di effettuare “mappature” otraduzioni sempre più precise del linguaggio naturale inlinguaggio controllato, incrementando la precisione dell’informationretrieval. Il nucleo del progetto è un metathesaurusche raccoglie, raggruppa per concetti e integra24 MARGARET H. COLETTI – HOWARD L. BLEICH, Medical Subject Headings used to search the biomedical literature, “Journal of the AmericanMedical Informatics Association”, 8 (2001), 4, p. 322; vedi anche: LORA B. VAULT, Variations in Medical Subject Headings (MeSH) mapping:from the natural language of patron terms to the controlled vocabulary of mapped lists, “Journal of the Medical LibraryAssociation”, 90 (2002), 2, p. 174-178.25 URL dei siti menzionati sono rispettivamente: , , ,. Ultima visita 27/12/2002. Un’esperienza italiana di rielaborazione del soggettario localealla luce del MeSH è quella della biblioteca dell’Istituto superiore di sanità: MARIA ALESSANDRA FALCONNE – PAOLA FERRARI, Le nuove sceltedi catalogazione semantica della biblioteca dell’Istituto superiore di sanità, “Bollettino AIB”, 42 (2002), 3, p. 333-336.26 NATIONAL LIBRARY OF MEDICINE, UMLS knowledge sources, 13th ed., U.S. Department of Health and Human Services, National Institutesof Health, National Library of Medicine, 2002, p. 10.44 Biblioteche oggi – aprile 2003

Argomentifluida si colloca l’iniziativa del NIH di un archivio “istituzionale”di letteratura periodica integrato con il databasebibliografico PubMed.PubMed Central, 36 nato da un’idea di Harold Varmus e lanciatoufficialmente nel febbraio 2000, è un archivio digitaledi letteratura biomedica sviluppato e mantenuto dalNCBI con il preciso scopo di preservare e rendere gratuitamenteaccessibili, nel più breve lasso di tempo possibiledopo la loro pubblicazione, i risultati della ricerca sperimentale,già filtrati e validati dai comitati di revisione delleriviste di provenienza. Gli articoli di PubMed Central sonotutti rigorosamente linkati ai record di PubMed, ma adifferenza di BioMed Central, le cui riviste sono comunqueraggiungibili a partire da PubMed, PubMed Central non èun editore commerciale, non chiede soldi agli autori e,sebbene inizialmente fosse previsto un canale di archiviazionedei preprint, non pubblica articoli esenti da peerreview. Alla base dell’iniziativa c’è lo stesso criterio ispiratoredi PubMed e di GenBank, cioè la convinzione che unarchivio omogeneo di dati estratti da fonti diverse e riversatiin un contenitore organizzato secondo standard condivisipossa fungere da stimolo per “intentional and serendipitousdiscoveries”. 37 Gli editori che decidono di aderireal progetto, per ora limitato alla letteratura di lingua inglese,devono garantire che le riviste depositate soddisfino alcunirequisiti di “qualità”, quali l’inclusione in uno dei repertoriinternazionali d’indicizzazione (MEDLINE, Biosis,EMBASE, PsycINFO, Agricola, Science Citation Index) o lapresenza nei rispettivi comitati editoriali di almeno trescienziati cooptati in progetti di ricerca finanziati da grosseorganizzazioni americane o estere. I full text vengonotrasmessi a PubMed Central, assieme alle immagini ad altarisoluzione (file TIFF o PostScript), sotto forma di fileSGML o XML e convertiti in uno specifico DTD, basato suipiù recenti standard XML, che definisce in maniera univocai tag per ciascun’unità informativa (autore, ente di appartenenza,testo ecc.). Ciò semplifica ulteriormente sia leoperazioni di ricerca sul testo completo dell’articolo che laconnessione con altri segmenti informativi (record bibliografici,genomi, strutture macromolecolari, libri online).Inizialmente era previsto che i full text, consegnati al NCBIappena pubblicati o dopo un periodo variabile da sei mesia un anno dalla pubblicazione, venissero caricati sul serverdi PubMed Central, il cui staff avrebbe provveduto aformattarli in maniera appropriata e a collegarli con le citazionibibliografiche di PubMed. L’ostilità degli editori, iquali temevano (e temono tuttora) di perdere una quotaconsistente degli introiti legati ai diritti economici sui lavoripubblicati, ha condotto i responsabili del progetto, nelmarzo 2001, a rendere più flessibile la procedura concedendoche la visualizzazione dei full text avvenga sul sitodegli editori stessi, alle condizioni da loro stabilite, eche il copyright rimanga all’editore o all’autore secondoquanto specificato (la gratuità dev’essere comunque garantita,ma il limite di tempo non è rigido). 38 Malgrado lerestrizioni temporali sul free access e sul deposito in PMC,gli editori sono comunque tenuti a trasmettere una copiadei lavori al NCBI, in modo da agevolare quelle proceduredi “normalizzazione” dei formati e “interconnessione”dei dati di diversa natura e provenienza che abbiamo vistocaratterizzare complessivamente il sistema Entrez e che restanoessenziali per garantire tanto la preservazione e l’accessibilitànel tempo delle pubblicazioni (significativa lascelta di SGML e XML), quanto l’esplosione” della loro potenzialitàinformativa derivante dalla contiguità con materialigià presenti nello stesso o in altri archivi NCBI.3.2 Il LinkOut al servizio della biblioteca:la personalizzazione del databaseSebbene iniziative di archiviazione “aperta” delle fonti dellaricerca e della pratica scientifica stiano faticosamente affiorandoanche al di fuori dei tradizionali settori della matematicae della fisica, la maggior parte della letteratura periodicacorrente nel settore biomedico resta saldamentenelle mani degli editori commerciali. Dato un archivio dicitazioni bibliografiche, il LinkOut permette comunque ditracciare la via più breve per recuperare in tempo reale idocumenti cui le citazioni rinviano. In tempo reale significadue cose: recupero immediato per gli articoli fulltextche sono già disponibili online sia gratuitamente, suPubMed Central o direttamente sul sito dell’editore, sia apagamento per le riviste di cui si possiede (a titolo privatoo istituzionale) un contratto di licenza o per le quali siaccettano i costi di un pay-per-view; recupero dilazionatoin poche ore o in alcuni giorni per gli articoli di rivistepossedute da biblioteche con le quali si intende attivare unrapporto di document delivery.Dal punto di vista dell’utente-ricercatore, l’utilità delLinkOut è data dalla possibilità di personalizzare la visualizzazionedei link ai siti di tutti i potenziali fornitori di ar-36 URL: . Ultima visita 27/12/2002. Alla fine di dicembre 2002 sono presenti in PMC 48 rivisteindipendenti (più 7 annunciate come forthcoming) e l’intero subset delle riviste BMC di BioMed Central (57 titoli). Sul dibattito cheha accompagnato l’iniziativa di Varmus vedi: MICHAEL B. EISEN – PATRICK O. BROWS – HAROLD E. VARMUS, Public-access group supportsPubMed Central, “Nature”, 419 (2002), 6903, p. 111; RICHARD J. ROBERTS, PubMed Central: the GenBank of the published literature,“PNAS”, 98 (2001), 2, p. 381-382; TONY DELAMOTHE, PubMed Central: creating an Aladdin’s cave of ideas, “BMJ”, 322 (2001), 6, p. 1-2; DEBORAH GESENSWAY, PubMed Central: government as publisher?, “Annals of internal medicine”, 133 (2000), p. 841-844; ADDEANE S.CAELLEIGH, PubMed Central and the new publishing landscape: shifts and tradeoffs, “Academic Medicine”, 75 (2000), 1, p. 4-10; MICHAELDAY, The scholarly journal in transition and the PubMed Central proposal, “Ariadne”, 21 (1999); URL: .Ultima visita 01/01/2003.37 PubMed Central overview; URL: . Ultima visita 27/12/2002.38 EDWIN SEQUEIRA – JOHANNA MCENTYRE – DAVID LIPMAN, PubMed Central decentralized, “Nature”, 410 (2001), p. 740.Biblioteche oggi – aprile 200347

Argomentiticoli full-text che hanno segnalato il proprio posseduto alNCBI. La modifica si effettua all’interno del Cubby mediantela configurazione delle LinkOut preferences e ha effettosolo e unicamente fintanto che si resta nello spazioriservato. Le possibilità offerte dal sistema sono due: aggiungere(Add Icon) o nascondere (Hide from LinkOut)un’icona che funge da àncora verso il sito di un fornitore.L’opzione Add Icon incide direttamente sulla pagina dell’abstractaumentando il numero delle icone di fornitoridisponibili, ovvero dei canali esterni percorribili per il recuperodei full text. Nell’esempio di figura 4 si è scelto divisualizzare come provider il CISTI (Canada Institute forScientific and Technical Information).Dopo aver salvato le preferenze, lanciando una ricerca nelCubby e visualizzando l’abstract delle citazioni si vedràcomparire, per una parte di esse, l’icona cliccabile delCISTI come potenziale link per la fornitura di full text.Dal punto di vista della biblioteca, la modifica del LinkOutcoinvolge direttamente la politica di gestione degli accessialle collezioni locali di e-journal. Una biblioteca titolare diuna licenza per l’accesso a periodici elettronici indicizzatida MEDLINE può far comparire, nei record bibliografici selezionatidurante una ricerca, un link personalizzato al fulltextdegli articoli contenuti in tali periodici, a patto ovviamenteche gli editori delle riviste linkate siano LinkOutparticipants, abbiano cioè già fornito al NCBI i dati necessari(gli URL) per accedere ai propri e-journal. Il link, sottoforma di un’icona cliccabile, sarà attivo sempre e soltantoper gli utenti che si collegano a PubMed dai pc dell’intranetdella biblioteca (o del sistema bibliotecario) cheeffettua la registrazione e comparirà ogniqualvolta, al terminedi una sessione di ricerca, si visualizzeranno gli abstract.Ovviamente il collegamento mantiene le restrizioniimposte all’accesso dal tipo di contratto stipulato con l’editore,pertanto, se l’accesso a una rivista è mediato dall’indirizzoIP, l’utente potrà leggere la rivista solo da computercon indirizzo di rete compreso nel range di IP dellabiblioteca; se invece si tratta di un accesso mediato dapassword, l’utente abilitato dovrà inserire la password correttaper una data rivista. 39Questa procedura è stata implementata con successo dallaBiblioteca medica centralizzata di Modena nell’estate del2002. La sua diffusione contribuirebbe, a nostro avviso, acreare un importante canale di condivisione e reciprocaFig. 4trasparenza del patrimonio di riviste online delle bibliotecheitaliane, aggiungendo ai repertori tradizionali (ACNP ei molteplici cataloghi di riviste elettroniche allestiti dallesingole biblioteche o dai singoli poli bibliotecari) il pesoscientifico e organizzativo di un database internazionaledella portata di MEDLINE. 40Per gli articoli che non sono disponibili immediatamentein formato elettronico è verosimile che l’utente singolo ola biblioteca si organizzi per richiederne una copia a unfornitore commerciale o a una biblioteca. Loansome Doc,introdotto per la prima volta nel 1991, può essere consideratol’estensione alle biblioteche non statunitensi diDOCLINE, il sistema automatizzato di prestito interbibliotecarioe document delivery della NLM e del NationalNetwork of Libraries of Medicine (NN/LM). AttraversoLoansome Doc e previa registrazione gratuita, un utenteprivato o istituzionale può richiedere direttamente a una opiù biblioteche prescelte (affiliate a DOCLINE) il full textdegli articoli selezionati durante una sessione di PubMed.Il server della NLM preposto allo smistamento delle richiesteè l’attore invisibile dell’intero processo limitandosi apredisporre le infrastrutture necessarie ad avviare e coordinarela comunicazione reciproca tra un utente “remoto”di una banca dati citazionale e una biblioteca altrettanto“remota”. La ricerca bibliografica trova così la sua naturaleconclusione innescando una procedura automatica di localizzazionee recupero dei documenti nella quale vienelasciata piena facoltà all’utente finale di impostare la variabilepiù importante dell’intero percorso: la scelta del fornitore.La Biblioteca medica centralizzata dell’Università di39 L’elenco delle biblioteche che partecipano al LinkOut (per l’Italia finora solo la Biblioteca medica centralizzata dell’Università diModena) si trova all’URL: . Ultima visita 01/01/2003.40 La partecipazione al LinkOut, ovvero la procedura di registrazione del posseduto elettronico di una biblioteca presso il NCBI sisvolge in tre fasi. Il primo passo è quello di contattare via e-mail il NCBI manifestando la volontà della biblioteca di far figurare ilproprio posseduto nel LinkOut. Dopo circa un mese, quest’ultima riceverà in posta elettronica un messaggio con username e passwordnecessari per procedere nella registrazione. Il passo successivo consiste nel preparare due file da inviare al NCBI: il primo èuna scheda della biblioteca (identity file), il secondo è un file che descrive il posseduto (holdings file) e identifica i provider delle rivisteonline cui la biblioteca è in grado di fornire l’accesso. L’ultima operazione da compiere è una modifica dell’indirizzo di connessionealla banca dati. Una volta che i LinkOut files sono stati elaborati e inviati al NCBI, la loro attivazione avviene infatti solo dopoaver cambiato l’URL con il quale la biblioteca si connette a PubMed. Il nuovo URL avrà la seguente struttura:

ArgomentiModena e Reggio Emilia ha verificato l’efficienzae la semplicità di funzionamento delFig. 5Loansome Doc sperimentando come fornitoreDOCLINE la Deutsche Zentral Bibliothek fürMedizin di Colonia, una delle colonne portantidel sistema SUBITO.Tanto PubMed Central che Loansome Doc, inultima analisi, rivelano l’orientamento dellaNLM verso una soluzione “moderata” dei paradossisollevati dalle dinamiche della scholarlycommunication in ambienti tecnologicamenteevoluti, tuttavia le scelte tecniche votate all’interoperabilitàdei sistemi, alla standardizzazionedei formati e dei protocolli si adattano, inprospettiva, anche a soluzioni completamentediverse. Pertanto, se è vero che la linea di confineè demarcata con chiarezza tra l’autoarchiviazionedelle pubblicazioni al di fuori dei tradizionalimeccanismi di peer review e la sedimentazionecontrollata di letteratura “certifica-Fig. 6ta” in un server istituzionale finanziato e “controllato”dalla comunità scientifica ufficiale(PubMed Central), tra lo scambio paritario eautogestito di file in circuiti di peer to peer networkingstile epigoni di Napster (da Gnutella aFastTrack) e un server targato NLM che smistale richieste dell’utente e le indirizza a un providerliberamente selezionato dall’utente stesso(Loansome Doc), è anche vero che fa partedella natura ambigua del “confine” la possibilitàdi contemplare i due scenari collocati sullesponde opposte allo scopo di valutarne attentamente ledifferenze, i limiti, le potenzialità.4. ConclusioniL’accumulo di grandi quantità di dati e risultati di ricerchesperimentali è stata la linea di tendenza predominantenelle scienze biomediche durante l’ultimo decennio.Affinché tali informazioni possano produrre un approfondimentosignificativo delle conoscenze e delle praticheterapeutiche occorre tuttavia disporre di valide retiinformative che ne garantiscano la sintesi e il recuperomirato alla luce di nuove ipotesi scientifiche. La contemporaneaesplosione delle reti telematiche e dei protocollid’integrazione di linguaggi e applicazioni operanti supiattaforme differenti ha reso ancora più impellente ilcompito di organizzare e “legare” informazioni e serviziall’interno di archivi multifunzione, superando ripartizionitradizionali come quella tra banche dati primarie e secondarie,fattuali e bibliografiche o, più in generale, traarchivi bibliografici e cataloghi. PubMed, la versione webufficiale della banca dati MEDLINE, ha intrapreso questocammino a partire dalla seconda metà degli anniNovanta. Il lavoro di controllo terminologico sul linguaggionaturale nell’alveo dell’UMLS (automatic term mapping);la messa a punto e il perfezionamento di uno strumentoessenziale per la formulazione di strategie di ricercaefficaci quale il MeSH Browser; l’adattabilità a esigenzeparticolari di recupero selettivo dell’informazione(Cubby); il link diretto con i full text per gli articoli depositatiin PubMed Central e BioMed Central o gratuitamentedisponibili presso i siti degli editori; la possibilitàdi personalizzare i link con fonti informative e serviziesterni al database, in particolare il link con i fornitori delfull text degli articoli in formato elettronico (LinkOut); lapossibilità di automatizzare il servizio di document deliverye di attivare le richieste di copie dei documenti dall’internodi PubMed verso fornitori commerciali o istituzionaliprescelti dall’utente (Loansome Doc): tutte questeopportunità, che costituiscono il punto di forza dei sistemicommerciali di archiviazione e distribuzione dell’informazionescientifica, 41 integrano in modo decisivo ilsubstrato bibliografico del database e permettono a ricercatorie bibliotecari di tutto il mondo di trasformare unabase dati citazionale in uno strumento potente di organizzazionee recupero dell’informazione medica al serviziodella pratica clinica e della ricerca primaria.41 Vedi l’orientamento di Elsevier verso la crescente integrazione di database bibliografici e fattuali attraverso il portale BioMedNet eEmbase.com; URL: . Ultima visita 01/01/2003.Biblioteche oggi – aprile 200349