因 为 这 些 三 维 结 构 能 为 科 学 家 提 供 靶 点 分 子 与 其 他 生 物 分 子 或 人 工 合 成 组 分 相互 作 用 机 制 的 直 观 认 识 , 帮 助 科 学 家 改 进 选 择 性 、 特 异 性 , 尽 可 能 最 合 理 地 开 发药 物 。感 染 疾 病 结 构 基 因 组 学 中 心 由 美 国 国 家 过 敏 及 感 染 疾 病 研 究 所 资 助 。研 究 团 队 由 5 人 组 成 , 他 们 是 Scott Peterson 博 士 ,Keehwan Kwon 博 士 , LekaPapazisi 博 士 ,Jason Stam 和 Sarah Grimshaw。2. 感 染 疾 病 基 因 组 测 序 中 心 简 介J. Craig Venter 研 究 所 感 染 疾 病 基 因 组 测 序 中 心 由 美 国 国 家 过 敏 及 感 染 疾病 研 究 所 发 起 主 办 , 中 心 成 立 的 主 要 宗 旨 是 对 那 些 可 作 为 生 物 恐 怖 活 动 武 器 使 用的 , 或 者 能 够 引 发 新 兴 或 重 发 疾 病 的 病 原 微 生 物 和 无 脊 椎 动 物 的 基 因 组 测 序 和 基因 型 分 型 实 现 科 学 共 享 。该 基 因 测 序 中 心 (GSC) 的 前 身 是 J. Craig Venter 研 究 所 的 微 生 物 测 序 中心 ,2003 年 与 美 国 国 家 过 敏 及 感 染 疾 病 研 究 所 签 订 新 合 同 成 立 后 改 名 为 基 因 测序 中 心 。J. Craig Venter 研 究 所 基 因 测 序 中 心 (GSC) 的 目 标 是 提 供 感 染 疾 病 研 究的 社 会 共 享 , 为 包 括 病 毒 、 细 菌 、 原 生 动 物 以 及 无 脊 椎 动 物 携 带 者 在 内 的 病 原 微生 物 提 供 快 速 、 高 效 、 高 质 量 的 测 序 服 务 。 此 外 , 中 心 扩 大 了 原 有 的 研 究 计 划 。为 了 研 究 宿 主 反 应 中 的 微 生 物 变 异 , 开 启 了 微 生 物 基 因 型 及 其 人 类 宿 主 基 因 型 的研 究 。 为 了 运 用 测 序 和 基 因 分 型 资 料 发 展 新 的 诊 断 方 法 、 新 的 疫 苗 和 新 的 药 物 ,中 心 还 向 社 会 提 供 病 原 生 物 学 的 各 种 专 门 技 术 。 另 外 两 个 这 样 的 测 序 中 心 分 别 是分 布 于 马 里 兰 大 学 医 学 院 的 Broad 研 究 所 和 基 因 组 科 学 研 究 所 。 根 据 数 据 和 试剂 共 享 和 发 布 指 导 方 针 ( 原 则 ), 测 序 和 基 因 分 型 项 目 所 产 生 的 数 据 资 料 将 发 布给 科 学 团 体 。三 个 测 序 中 心 管 理 的 测 序 和 基 因 分 型 项 目 , 由 提 供 项 目 书 ( 白 皮 书 ) 建 议 的科 学 团 体 成 员 、 测 序 中 心 、 或 科 学 团 体 成 员 和 测 序 中 心 二 者 选 择 。 使 用 产 生 的 测序 数 据 或 受 到 JCVI 测 序 中 心 支 持 的 所 有 发 表 物 都 应 该 注 明 以 下 感 谢 ( 致 谢 以 下赞 助 者 ):这 个 研 究 项 目 全 部 或 部 分 受 到 美 国 健 康 和 人 类 服 务 部 国 家 健 康 研 究 院 国 家过 敏 及 感 染 疾 病 研 究 所 的 联 邦 资 助 , 合 同 号 N01-AI30071 and / orHHSN272200900007C。3. 微 生 物 病 理 学 研 究 简 介DNA 测 序 技 术 的 进 步 不 断 加 速 了 序 列 数 据 库 资 源 的 扩 大 发 展 , 改 变 了 感 染 疾病 领 域 , 促 进 了 新 的 药 物 和 诊 断 手 段 的 发 展 。 微 生 物 病 理 学 研 究 团 队 运 用 大 规 模测 序 和 微 列 技 术 研 究 微 生 物 和 宿 主 之 间 致 病 及 互 惠 共 生 的 相 互 关 系 。 为 了 这 个 目的 , 微 生 物 病 理 学 研 究 团 队 已 经 完 成 了 很 多 真 菌 、 原 生 动 物 和 细 菌 的 基 因 组 测 序 。最 近 , 微 生 物 病 理 学 研 究 团 队 开 始 了 一 项 国 家 过 敏 和 感 染 疾 病 研 究 所(NIAID,NIH) 资 助 的 研 究 项 目 —— 提 供 烟 曲 霉 Aspergillus fumigatus 的 共 享基 因 组 资 源 。 这 个 项 目 的 目 的 是 解 释 导 致 烟 曲 霉 广 泛 药 物 抗 性 的 基 因 组 变 化 , 为人 口 研 究 和 大 规 模 调 查 建 立 一 套 稳 定 的 的 标 记 。 另 一 个 真 核 生 物 计 划 是 运 用 元 转录 组 测 序 方 法 研 究 台 湾 白 蚁 Coptotermes formosanus 及 其 共 生 原 生 动 物 的 消 化组 学 。 最 新 的 细 菌 研 究 项 目 是 大 肠 杆 菌 多 倍 体 菌 株 的 测 序 , 病 原 体Burkholderias 的 测 序 和 转 录 组 学 分 型 , 真 菌 基 因 组 编 码 的 、 抗 菌 、 抗 真 菌 及 免11
疫 活 性 的 群 体 效 应 抑 制 子 的 鉴 定 。微 生 物 病 理 学 研 究 共 有 四 个 科 学 研 究 项 目 :1) 丝 状 真 菌 细 菌 群 体 效 应 化 合 物 : 自 主 研 究 项 目 , 所 内 资 助2) 侵 袭 性 曲 霉 病 的 宿 主 病 原 体 相 互 作 用 : 自 主 研 究 项 目 , 所 内 资 助3) 土 壤 真 菌 R. solani AG-3 的 全 基 因 组 测 序 : 美 国 农 业 部 资 助4) 土 壤 真 菌 Rhizoctonia solani 的 两 个 homokaryotic 品 系 的 全 基 因 组 测序 : 美 国 国 防 部 资 助4. 病 原 体 功 能 基 因 组 学 资 源 中 心 简 介美 国 国 家 过 敏 和 感 染 疾 病 研 究 所 与 J. Craig Venter 研 究 所 签 订 了 一 项 5年 合 同 , 旨 在 建 立 一 个 病 原 体 功 能 基 因 组 资 源 中 心 (Pathogen FunctionalGenomics Resource Center (PFGRC))。 该 中 心 是 一 个 集 中 的 设 施 平 台 , 能 够 为研 究 团 体 实 施 人 类 病 原 体 和 无 脊 椎 动 物 感 染 疾 病 携 带 者 功 能 基 因 组 学 的 研 究 提供 必 须 的 资 源 。 病 原 体 功 能 基 因 组 资 源 中 心 (PFGRC) 提 供 给 科 学 家 基 因 组 学 资源 和 微 排 列 、 蛋 白 质 表 达 克 隆 、 基 因 分 型 的 相 关 试 剂 , 以 及 生 物 信 息 学 服 务 。 病原 体 功 能 基 因 组 资 源 中 心 为 科 学 家 提 供 最 新 的 功 能 基 因 组 学 技 术 和 新 兴 的 基 因组 学 技 术 培 训 。病 原 体 功 能 基 因 组 学 资 源 中 心 由 美 国 国 家 过 敏 和 感 染 疾 病 研 究 所 资 助 。5. 病 毒 基 因 组 学 研 究 (VIAL GENOMICS) 简 介人 类 种 群 动 态 的 变 化 以 及 工 业 技 术 的 变 化 使 人 们 能 够 接 触 到 那 些 人 类 不 能对 其 产 生 有 效 免 疫 反 应 的 动 物 和 病 毒 种 群 。 所 以 , 对 于 世 界 上 病 毒 多 样 性 的 认 识 ,以 及 对 于 人 体 病 毒 生 态 学 的 认 识 变 得 越 来 越 重 要 。J. Craig Venter 研 究 所 病 毒基 因 组 学 研 究 团 队 的 研 究 重 点 是 收 集 那 些 能 够 在 世 界 上 形 成 新 兴 疾 病 威 胁 的RNA 病 毒 和 DNA 病 毒 的 资 料 并 发 展 分 析 它 们 的 技 术 方 法 。病 毒 基 因 组 学 研 究 项 目 :1、 腺 病 毒 —— 腺 病 毒 基 因 组 计 划2、 冠 状 病 毒 —— 冠 状 病 毒 基 因 组 计 划3、 流 感 病 毒 —— 流 感 病 毒 基 因 组 计 划4、 轮 状 病 毒 —— 轮 状 病 毒 基 因 组 计 划以 上 研 究 项 目 全 部 或 部 分 由 美 国 国 家 健 康 研 究 院 国 家 过 敏 和 感 染 疾 病 研 究所 资 助 。三 、 感 染 免 疫 疾 病 研 究 团 队 的 人 员 组 成J.Craig 研 究 所 感 染 免 疫 疾 病 研 究 团 队 一 共 由 17 人 组 成 ,2 名 教 授 ,2 名 副教 授 ,4 名 助 理 教 授 ,5 名 职 员 科 学 家 ,4 名 附 属 科 学 家 , 详 见 表 二 。表 1 感 染 疾 病 研 究 团 队 的 人 员 组 成姓 名职 位William C. 教 授Nierman博 士Suman Das助 理 教 授博 士Vivien Dugan 助 理 教 授12