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Fakultät für Biowissenschaften, WS 20<strong>09</strong>/10<br />

Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Vorlesungsthemen <strong>Mikrobiologie</strong><br />

1. Einführung in die <strong>Mikrobiologie</strong> B. <strong>Bukau</strong><br />

2. Zellaufbau von Prokaryoten B. <strong>Bukau</strong><br />

3. Bakterielles Wachstum und Differenzierung B. <strong>Bukau</strong><br />

4. Bakterielle Genetik und Evolution V. Sourjik<br />

5. Mikrobielle Vielfalt und Ökologie V. Sourjik<br />

6. Medizinische <strong>Mikrobiologie</strong> V. Sourjik<br />

7. Gentechnik und industrielle <strong>Mikrobiologie</strong> V. Sourjik<br />

B. <strong>Bukau</strong>, Zentrum für Molekulare Biologie Heidelberg,<br />

DKFZ-<strong>ZMBH</strong>-Allianz<br />

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Fakultät für Biowissenschaften, WS 20<strong>09</strong>/10<br />

Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Zellaufbau von Prokaryoten<br />

1. Zellstrukturen von Prokaryoten: Unterschiede zu Eukaryoten<br />

2. Aufbau der Zellhülle von Bakterien und Archaea<br />

- Cytoplasmatische Membran<br />

- Die Zellwand<br />

- Gram-Färbung<br />

- Aussenmembran von Gram-negativen Bakterien<br />

3. Kapseln<br />

4. Pili<br />

5. Flagellen (Geißeln)<br />

- Aufbau<br />

- Geißelbewegung<br />

- Chemotaxis<br />

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Fakultät für Biowissenschaften, WS 20<strong>09</strong>/10<br />

Kennzeichen zellulären Lebens<br />

Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

1. Kompartimentalisierung und Metabolismus<br />

5. Bewegung<br />

6. Evolution<br />

2. Vermehrung (Wachstum)<br />

3. Differenzierung<br />

4. Kommunikation<br />

Achtung: Nur manche Zellen<br />

differenzieren und bewegen sich<br />

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Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Ultrastruktur (EM) von Dünnschnitten der drei Domänen<br />

der Mikroorganismen<br />

Bacteria<br />

Archaea<br />

Bäckerhefe<br />

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Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Repräsentative Zellformen bei Prokaryoten<br />

Thiocapsa roseopersicina<br />

Spirochaeta stenostrepta<br />

Spirochaete<br />

Kokken<br />

Desulfuromonas acetoxidans<br />

Rhodomicrobium annielii<br />

Stäbchen<br />

Rhodospirillum rubrum<br />

Knospende Bakterien<br />

und Bakterien mit Appendices<br />

Chloroflexus aurantiacus<br />

Spirille<br />

Filamentöse Bakterien<br />

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Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Unterschiede zwischen Pro- und Eukaryonten<br />

Prokaryont<br />

Eukaryont<br />

Achtung: unterschiedliche Skalen<br />

Prokaryonten:<br />

keinen Zellkern, Mitochondrien,<br />

Chloroplasten: keine<br />

membranbegrenzten Organellen<br />

keine Endozytose/Pinozytose: nur<br />

einzelne Moleküle werden<br />

aufgenommen<br />

unterschiedliche biochemische<br />

Zusammensetzung, u.a. der Proteine<br />

(z.B. Ribosomen), Lipide<br />

meist zirkuläres Chromosom und<br />

extrachromosomale Elemente<br />

(Plasmide)<br />

meist haploid, asexuelle Vermehrung<br />

meist viel kleiner<br />

unterschiedliche Zellhülle<br />

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Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Die Zellmembran (Cytoplasmamembran): Funktionen<br />

Selektive Permeabilitätsbarriere: Osmotische Barriere<br />

Selektiver Stofftransport<br />

Proteinsekretion<br />

Energiegewinnung/Speicherung: Elektonentransportkette<br />

Verschiedene Enzyme<br />

Signalverarbeitung: Kommunikation mit Umwelt<br />

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Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Die Zellmembran (Cytoplasmamembran): Aufbau<br />

Phospholipiddoppelschicht<br />

Verstärkung durch Hopanoide (z.B.<br />

Diploptän) keine Sterole (Cholesterol)<br />

Integrierte und periphere Membranproteine<br />

Flüssige Mosaikstruktur<br />

Cholesterol<br />

Diploptän<br />

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Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Die Zellmembran der Archaea<br />

keine Hopanoide<br />

Ether- statt Esterbindungen<br />

keine Fettsäuren sondern<br />

Isopren-Bausteine (steifer)<br />

kovalent verknüpfte Lipide<br />

resistenter gegen<br />

Hydrolyse!<br />

Lipiddoppelschicht<br />

(Bacteria)<br />

Lipideinzelschicht<br />

(einige Arachaea)<br />

Bacteria<br />

Archaea<br />

Archaea<br />

Isopren<br />

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Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Die Zellwand von Prokaryoten<br />

Schutzfunktion:<br />

z.B. gegen Detergenzien und amphipathische Substanzen (polar und nicht-polar)<br />

Turgordruck (im Zytosol: 2 Atmosphären): mechanische Festigkeit<br />

Peptidoglycan:<br />

auch Murein genannt<br />

1-25 Schichten in Zellwand von Bacteria (ausser Mycoplasmen)<br />

existiert nicht bei Archaea und Eukaryoten<br />

Basis für Gram-positive und Gram-negative Klassifizierung<br />

Bestandteile:<br />

2 Zuckerderivate (N-Acetylglucosamin; N-Acetylmuraminsäure)<br />

besondere Aminosäuren<br />

bilden zusammen vernetzte Schichten um die Zelle: Peptidoglycan-Sacculus<br />

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Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Die Gramfärbung: Einteilung vieler Bakterien<br />

Methylenblau und Kristallviolett: kationische (+ geladene) Farbstoffe.<br />

Die + geladenen Gruppen reagieren mit der negativ geladenen<br />

Baktienhülle. Chlorid (Cl) ist das Gegenion.<br />

Gram-positive Zelle: der Kristallviolett-Iodid Komplex wird durch die<br />

multiplen Schichten des Peptidoglykans zurückgehalten.<br />

Gram-negative Zelle: Komplex läuft aus, Zellen werden gegengefärbt<br />

gram-positive (purple): Staphylococcus aureus<br />

B. <strong>Bukau</strong>, Zentrum für Molekulare Biologie Heidelberg, gram-negative DKFZ-<strong>ZMBH</strong>-Allianz (pink): Escherichia coli<br />

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Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Die Peptidverknüpfung in Peptidoglykan<br />

G, N-Acetylglucosamin<br />

M, N-Acetylmuraminsäure<br />

E. coli (gram-)<br />

Staphylococcus aureus (gram+)<br />

Unübliche Aminosäuren:<br />

Diaminopimelinsäure<br />

D-Aminosäuren (D-Glutaminsäure; D-Alanin)<br />

Arten, Anzahl und Stärke der Quervernetzung der Aminosäuren unterscheiden sich von<br />

Organismus zu Organismus<br />

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Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Der Peptidoglycan-Sacculus<br />

Isolierter Peptidoglycan-Sacculus von E. coli<br />

Glycanketten (Ringe)<br />

mit Peptiden verbunden (Pfeile)<br />

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Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Angriffspunkt von Lysozym<br />

In tierischen Sekreten (Tränen, Speichel) als Abwehr gegen Bakterien<br />

Lysozym<br />

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Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Angriffspunkt von ß-Lactam-Antibiotika<br />

ß-Lactam-Antibiotika inhibieren die Peptidverknüpfung im Peptidoglycan<br />

binden und hemmen Transpeptidasen (verknüpfen Peptidoglycanketten)<br />

= Penicillin-Bindeproteine (PBPs)<br />

bilden 50% aller Antibiotika:<br />

u.a. Penicilline (gram+), Cephalosporine,<br />

Ampicillin (gram-)<br />

haben ähnliche chemische Grundstruktur<br />

Alexander Fleming, Entdecker des Penicillins (1928).<br />

Nobelpreis 1945<br />

Penicillin<br />

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Fleming's originale Agarplatte mit Penicillium-Pilz,<br />

der das Wachstum von Bakterien hemmt<br />

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Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Die Zellwand der gram-positiven Bakterien<br />

(z.B. Bacillus subtilis)<br />

Teichonsäuren<br />

(Zuckeralkohole mit verknüpften Aminosäuren)<br />

Viele geladene und polare Gruppen: Resistenz gegen hydrophobe Substanzen<br />

Dicke Peptidoglycanschicht: mechanische Stabilität<br />

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Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Zellwand der Archaea<br />

sehr divers<br />

am meisten verbreitet ist die S-Schicht: parakristalline Oberflächenschicht aus<br />

hexagonalen Proteinen oder Glycoproteinen<br />

EM-Aufnahme einer S-Schicht<br />

Peptidoglycan-ähnliche Zellwand: Pseudopeptidglycan (andere Zucker)<br />

dicke Schichten von Polysacchariden, Glycoproteinen oder Proteinen<br />

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Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Die Außenmembran der gram-negativen Bakterien<br />

Zwei Membrane, Peptidogclycan im Periplasma<br />

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Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Die Außenmembran der gram-negativen Bakterien<br />

Asymmetrische Membran: Lipopolysaccharid (LPS) aussen,<br />

Phospholipide innen<br />

Permeabilitätsbarriere<br />

Porine (Porenproteine) für kleine Moleküle (600 Da)<br />

seitlich<br />

Porin von oben<br />

Struktur des LPS<br />

ähnlicher Grundaufbau in gram- Bakterien<br />

hohe Variabilität in O-spezifischen Polysacchariden<br />

wichtiges Antigen<br />

LipidA kann toxisch sein: Endotoxin<br />

z.B. Fieber, Diarrhöe: Lebensmittelvergiftung durch Salmonellen<br />

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Zellhülle: Vergleich gram- und gram+<br />

gram-positiv<br />

gram-negativ<br />

Periplasma<br />

- Peptidoglycan<br />

- Proteine (Transport, Enzyme, Faltung)<br />

- Lipoproteine (Verbindung zu Aussenmembran<br />

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Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Kapseln, Pili und Flagellen: Wie Bakterien auf ihre<br />

Umwelt reagieren können<br />

strukturell ähnliche Proteinfilamente (Piline und Adhesine)<br />

fast alle gram-, nur wenige gram+<br />

Kapseln und Schleimschichten<br />

aus Polysacchariden oder Aminosäuren<br />

Schutz vor Austrocknung, Anheftung (Caries-Plaques), Abwehr (Phagocytose),<br />

Motilität<br />

Pili und Fimbrien)<br />

viele physiologische Funktionen, aber jeweils spezialisiert:<br />

- Anheftung an Wirtszellen und Oberflächen<br />

Salmonella typhimurium<br />

- Transfer von Proteinen und DNA (Pili, Konjugation!) in andere Zellen<br />

- Motilität (durch Anheftung und Retraktion)<br />

Film<br />

V. Sourjik<br />

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Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Fortbewegung durch Pili<br />

„Twitching motility“ = Zuckende Fortbewegung<br />

wie Enterhaken:<br />

- Pili adherieren<br />

- depolymerisieren von inneren Ende<br />

- ziehen die Zelle dadurch zurück<br />

Beispiel: Pseudomonas aeruginosa<br />

Rowland Institute (Harvard)<br />

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Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Flagellen (Geißeln)<br />

sind molekulare Motoren: Motilität<br />

lange, dünne Appendices aus Proteinen<br />

Filamentprotein: Flagellin<br />

helikal aufgebaut (definierte Biegungen-<br />

Wellenlänge)<br />

Peritrich Polar Lophotrich<br />

(Büschel)<br />

Rotationsbewegung durch Basalkörper<br />

Energie durch Protonenbewegung durch Cytoplasmamembran und Basalkörper:<br />

Protonenturbine, durch Mot-Proteine und Protonengradienten angetrieben<br />

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Aufbau und Funktionsweise eines Flagellums<br />

Protonen fliessen durch Mot-Proteine ins Cytosol<br />

Mot-Proteine: Geißelmotor<br />

Dies erzeugt Kraft, die auf C- und MS-Ringe wirken:<br />

Rotationsbewegung (1000 Protonen/Umdrehung)<br />

Fli-Proteine: Motorschalter<br />

Im Filament und Schaft: schmaler Kanal für Flagellin<br />

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Geißelbewegung<br />

Geißelbewegung: ≤ 60 Zelllängen/Sekunde<br />

Gepard: 25 Körperlängen/ Sekunde (110 km/h)<br />

- Uhrzeigersinn (clockwise, CW): Taumeln<br />

- Gegenuhrzeigersinn (counterclockwise, CCW):<br />

Schwimmen<br />

- CCW und CW alternieren in synchroner Weise<br />

Wie kann gerichtete Bewegung entstehen?<br />

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Bakterielle Chemotaxis<br />

Bewegung entlang eines chemischen Konzentrationsgradienten<br />

eintauchen<br />

Kapillarentest<br />

Salzlösung<br />

Farbvideokamera: Bakterien, die sich<br />

auf eine O2-produzierende Alge bewegen<br />

(„Aerotaxis“)<br />

Lockstoff<br />

„attractant“<br />

(z.B. Zucker)<br />

abstoßender Stoff<br />

„repellent“<br />

(z.B. Schwermetalle)<br />

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Grundvorlesung Biologie I: Teil <strong>Mikrobiologie</strong><br />

Gerichtete chemotaktische Bewegung<br />

ohne Lockstoff<br />

mit Lockstoff<br />

zufällige Bewegung<br />

zielgerichtete Bewegung:<br />

längere Geraden („Run“; CCW) in Richtung Ziel<br />

Wie kann die „richtige Richtung“ von der „falschen Richtung“ unterschieden werden?<br />

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Mechanismus der Chemotaxis in E. coli<br />

Bakterien nehmen die Bewegung entlang eines chemischen Gradienten durch ein<br />

molekulares Gedächtnis war: was ist die Konzentration jetzt, und wie war sie eben?<br />

Sensorproteine in der Cytoplasmamembran: Chemorezeptoren binden den Lockstoff<br />

Bindung führt zu chemischen Veränderungen an Proteinen im Cytoplasma:<br />

Phosphorylierung von Che-Proteinen<br />

Phosphorylierungszustand von CheY bestimmt die Rotationsrichtung des Motors<br />

Anpassung (Sensitivität gegenüber Lockstoff) durch Methylierung: Uhr wird zurückgesetzt.<br />

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Bakterielles Wachstum und Differenzierung<br />

1. Die bakterielle Zellteilung<br />

2. Wachstum einer Bakterienpopulation<br />

3. Bildung von Endosporen<br />

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Bakterielle Zellteilung<br />

durch Zweiteilung<br />

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Die Bildung des Septums<br />

Divisom-Struktur am Septum (E. coli)<br />

FtsZ-protein (bakterielles Tubulin):<br />

bildet Ring am Septum<br />

ZipA-Protein verankert FtsZ an Membran<br />

FtsI bewirkt Peptidoglykansynthese<br />

(Penicillin-Bindeprotein)<br />

Teilung und Zellwandsynthese in<br />

Streptokokken<br />

(gram+)<br />

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Wachstum von Bakterienpopulationen<br />

Periode des exponentiellen Wachstums:<br />

N = N o 2 n<br />

N = endgültige Zellzahl<br />

N o = ursprüngliche Zellzahl<br />

n = Zahl von Generationen<br />

Generationszeit g = t/n<br />

t = Dauer des exponentiellen Wachstums<br />

Eine konstante Generationszeit resultiert in logarithmischem Wachstum<br />

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Wachstumskurve einer Bakterienpopulation<br />

Meßmethoden:<br />

optische Dichte (Trübung),<br />

Gesamtzahlbestimmung (mikroskopisch; Zählkammer),<br />

Lebendzahlbestimmung (ausplattieren auf Agarplatte)<br />

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Umweltfaktoren beeinflussen Wachstum: Temperatur<br />

Temperaturspektrum<br />

des Wachstums einer Bakterienart<br />

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Zelldifferenzierung bei Bakterien: Endosporen<br />

In schwierigen Zeiten, bei besonders widrigen Umweltbedingungen:<br />

extreme Temperaturen, Trockenheit, Nährstoffmangel<br />

Einige gram+-Bakterien, u.a.:<br />

Bacillus subtilis (Bodenbakterium)<br />

Clostridium tetani (Tenatus Erreger)<br />

Clostridium botulinum (Botulismus)<br />

Bacillus anthracis (Anthrax = Milzbrand)<br />

Endosporen:<br />

- Differenzierte Zellen, die sehr resistent sind, u.a. gegen<br />

Hitze, Chemikalien, Bestrahlung, Trockenheit<br />

- Können leicht verbreitet werden (Wind, Wasser, Kot...)<br />

- Extrem langlebig (250 Millionen Jahre!!)<br />

- Schwer abzutöten (resistent bis 150°C; Autoklav mit<br />

feuchter Hitze und 121°C tötet die meisten E.)<br />

- Dicke Hüllschicht; protektive Moleküle für DNA und zur<br />

Dehydrierung (Dipicolinsäure, SASPs)<br />

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Die Bildung einer Endospore (B. subtilis)<br />

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Vorlesungsthemen <strong>Mikrobiologie</strong><br />

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