Enterisches virenpanel Echtzeit-PCR Kit - Diagenode Diagnostics

Page | 1512.1 Analytische SensitivitätDie analytische Nachweisgrenze unter Berücksichtigung des Reinigungsvorgangs (LOD) wurde fürNorovirus I und II in der Stuhl-Matrix bewertet. Die analytische Nachweisgrenze unter Berücksichtigungdes Reinigungsvorgangs wird unter Verwendung von quantifizierten inaktiven Norovirus I und IIKrankheitserregern bewertet. Zum Zeitpunkt der Durchführung des analytischen Empfindlichkeitstestwaren keine Genomstandards für die Rotaviren verfügbar. Daher wurde der LOD für die Rotaviren mitdirekt in die PCR-Master-Mix-Lösung hinzugefügte Plasmid-DNA durchgeführt. Die Anzahl derKopien/Reaktion wurde dann in theoretische Kopien/ml der Probe umgewandelt bei Annahme einerExtraktionseffizienz von 100%.Um die analytische Sensitivität unter Berücksichtigung des Reinigungsvorgangs des DiagenodeEnterisches Virenpanel Echteit-PCR-Kit für die Erkennung von Norovirus (I/II) in den Stuhlproben zuermitteln, wurden Verdünnungsproben in Pools von negativen Stuhlproben durchgeführt.Um die analytische Sensitivität des Diagenode Enterisches Virenpanel Echtzeit-PCR-Kit für dieErkennung von Rotavirus zu ermitteln, wurden Verdünnungsproben eines bestimmten Plasmid, welcherdie Rotavirus-Zielsequenz beinhaltet, direkt in die PCR-Master-Mix-Lösung vermischt.Proben wurden auf dem BD MAX TM –Instrument in Kombination mit dem Diagenode EnterischesVirenpanel Echtzeit-PCR-Kit analysiert. Für Rotavirus wurde der Extraktionsschritt ausgelassen. DasTesten wurde an verschiedenen Tagen mit 24 Replikaten durchgeführt. Die Ergebnisse wurden durcheine Probit-Analyse bestimmt. Analytische Sensitivität (LOD) definiert als die niedrigste Konzentrationbei der ≥ 95% der Replikate positive getestet werden sind der unteren Tabelle zu entnehmen:LOD 95%Kopien/PCRKopien/mLNorovirus I NA 5 151 (312 to 10 000)*Norovirus II NA 587Rotavirus 30 397* Die Sensitivität von Norovirus I ist stark durch die Stuhlprobe beeinflusst.In der vorliegenden Sensitivitätsstudie variierte die Bestimmungsgrenze(LOD) von 312 bis 10 000 Kopien/mL je welches Pool für den Stuhl verwendetwurde12.2 PräzisionDie Präzisionswerte des Diagenode Enterisches Virenpanel Echtzeit-PCR-Kit wurden mittels des BDMAX TM- Instrument gesammelt und ermöglichen die Bestimmung der Variabilität innerhalb derDurchläufe (Variabilität von mehreren Probenergebnissen der selben Konzentration innerhalb einesExperiments) und der Variabilität zwischen der Durchläufe (Variabilität von mehreren Ergebnissen desdurchgeführten Vorgang mittels vier an verschiedenen Tagen gestarteter Durchläufe) von Norovirus I/IIand Rotavirus. Die gesammelten Daten wurden zur Bestimmung der Standardabweichung und demVariationskoeffizienten für die erkannten Erreger verwendet.Präzisionswerte für Norovirus I und II wurden mit Verwendung der Stuhlmatrix unter Hinzugabe von denentsprechenden inaktiven Krankheitserregern bei hoher und niedriger (nahe den entsprechenden LODs)Konzentration der Krankheitserreger bestimmt. Kein quantifizierter Genomstandard für Rotavirus warzum Zeitpunkt der Durchführung der Präzisionstests verfügbar. Daher wurden Präzisionswerte fürRotavirus mittels direkt in den Master-Mix hinzugefügter Plasmid-DNA bei hoher und niedriger (naheden entsprechenden LODs) Konzentration des Rotavirus gesammelt.Diagenode sa / CHU - Tour GIGA - B34 – 3.Stock // Avenue de l’Hôpital, 1 // 4000 Liège (Sart Tilman) // Belgien // Telefon: (+32) 4 364 20 50// E -Mail: info@diagenodediagnostics.com