DNA Extraction & Inhibition Control Real-Time PCR - Diagenode ...
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Ref.: DIA-EIC/<strong>DNA</strong>-050.Vs1 Note.Vs1 (10.2007)<br />
<strong>DNA</strong> <strong>Extraction</strong><br />
&<br />
<strong>Inhibition</strong> <strong>Control</strong><br />
<strong>Real</strong>-<strong>Time</strong> <strong>PCR</strong><br />
Manuel d’utilisation
Informations générales ------------------------------------------------------------------------------------- 1<br />
Informations sur le pathogène ---------------------------------------------------------------------------- 1<br />
Description du produit -------------------------------------------------------------------------------------- 1<br />
Composants--------------------------------------------------------------------------------------------------- 1<br />
Conservation ------------------------------------------------------------------------------------------------- 2<br />
Avertissements et précautions ----------------------------------------------------------------------------- 2<br />
Matériel non fourni ----------------------------------------------------------------------------------------- 3<br />
Collection de l’échantillon, stockage et transport ------------------------------------------------------ 3<br />
I. Sample Collection ---------------------------------------------------------------------------------------------3<br />
II. Stockage de l’échantillon ------------------------------------------------------------------------------------3<br />
III. Transport de l’échantillon -------------------------------------------------------------------------------3<br />
Protocole ------------------------------------------------------------------------------------------------------ 4<br />
I. Contrôle ADN d’<strong>Extraction</strong> & d’<strong>Inhibition</strong> -------------------------------------------------------------4<br />
II. <strong>Extraction</strong>/Isolation d’ADN de l’échantillon ------------------------------------------------------------5<br />
III. Configuration des réactions <strong>PCR</strong> (ABI 7000, ICycler Biorad) -----------------------------------7<br />
IV. Configuration de l’instrumentation <strong>PCR</strong> temps réel-----------------------------------------------7<br />
‣ Système <strong>PCR</strong> Temps Réel ABI 7000 ------------------------------------------------------------------------------- 7<br />
‣ Biorad ICycler --------------------------------------------------------------------------------------------------------- 8<br />
IV. Interprétation des résultats ------------------------------------------------------------------------------9<br />
Performance du contrôle interne ------------------------------------------------------------------------- 9<br />
V. Résolution des problèmes---------------------------------------------------------------------------- 10<br />
VI. Spécifications--------------------------------------------------------------------------------------- 10<br />
I. Sensibilité ----------------------------------------------------------------------------------------------------- 10<br />
II. Specificité ----------------------------------------------------------------------------------------------------- 10<br />
III. Evaluation du diagnostic ------------------------------------------------------------------------------- 11<br />
Limites-------------------------------------------------------------------------------------------------------- 11<br />
Contrôle qualité --------------------------------------------------------------------------------------------- 11<br />
Note pour l’acheteur --------------------------------------------------------------------------------------- 12
DIA-EIC/<strong>DNA</strong>-050<br />
Informations générales<br />
Le Contrôle ADN d’<strong>Extraction</strong> & d’<strong>Inhibition</strong> <strong>PCR</strong> Temps Réel de <strong>Diagenode</strong> est une<br />
technique de diagnostic in vitro utilisée par les laboratoires cliniques et les scientifiques de<br />
laboratoire qualifiés.<br />
Le Contrôle ADN d’<strong>Extraction</strong> & d’<strong>Inhibition</strong> <strong>PCR</strong> Temps Réel de <strong>Diagenode</strong> a été validé<br />
sur les systèmes <strong>PCR</strong> temps réel ABI 7000 et Biorad Icycler.<br />
Le kit est compatible aves la plupart des systèmes <strong>PCR</strong> temps réel (demander pour plus<br />
d’informations).<br />
Informations sur le pathogène<br />
Le Contrôle ADN d’<strong>Extraction</strong> & d’<strong>Inhibition</strong> est un virus à ADN ne présentant aucune similarité<br />
de séquence avec le génome humain, les virus et autres pathogènes affectant l’humain.<br />
Le contrôle ADN d’extraction & d’inhibition est un virus complet, gardant son<br />
pouvoir infectieux. Ce virus est repertorié dans la classe Ea1* établie par l’EFP<br />
(European Federation of Biotechnologies). Ce virus n’a pas reporté comme<br />
dangereux pour l’humain mais doit être manipulé sous une hotte stérile.<br />
*(Plus de détails à la fin du manuel)<br />
Description du produit<br />
Ce produit consiste en un contrôle ADN d’<strong>Extraction</strong> et d’<strong>Inhibition</strong> pour <strong>PCR</strong> temps réel.<br />
Ce contrôle ADN d’<strong>Extraction</strong> et d’<strong>Inhibition</strong> a été principalement validé avec des échantillons<br />
respiratoires, de sang total et d’urine.<br />
Différents fluorochromes sont disponibles pour ce contrôle:<br />
• Yellow dye (émission 548 nm), Ref.: DIA-EIC/<strong>DNA</strong>(YD)-050<br />
• Orange Dye (émission 575 nm), Ref.: DIA-EIC/<strong>DNA</strong>(DR)-050<br />
• Cy5 Dye (émission 662 nm), Ref.: DIA-EIC/<strong>DNA</strong>(Cy5)-050<br />
Composants<br />
‣ DIA-EIC/<strong>DNA</strong>(YD)-050<br />
Tube vert: Amorces et sonde (yellow dye).<br />
Tube jaune: Virus à ADN.<br />
‣ DIA-EIC/<strong>DNA</strong>(DR)-050<br />
Tube bleu ciel: Amorces et sonde (orange dye).<br />
Tube jaune: Virus à ADN.<br />
‣ DIA-EIC/<strong>DNA</strong>(Cy5)-050<br />
Tube vert: Amorces et sonde (Cy5 dye).<br />
Tube jaune: Virus à ADN.<br />
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DIA-EIC/<strong>DNA</strong>-050<br />
Les sondes, amorces et virus à ADN contenus dans ce kit sont en quantité suffisantes<br />
pour 50 tests (50 µl).<br />
Conservation<br />
Le tube amorces et sonde doit être stockées à -20° C, le tube virus ADN à -70° C. La date<br />
d’expiration du kit, mentionné sur l‘étiquette, doit être contrôlé. La répétition des cycles<br />
congélation-décongélation doit être évitée, faire des aliquots si nécessaire. Il est également<br />
recommander d’utiliser ce kit dans la glace.<br />
Avertissements et précautions<br />
<strong>Extraction</strong>/<strong>PCR</strong>:<br />
• Les kits <strong>PCR</strong> temps réel de <strong>Diagenode</strong> doivent être utilisés par des scientifiques ou<br />
techniciens de laboratoire possédant une forte connaissance en biologie moléculaire et<br />
plus particulièrement de la plateforme <strong>PCR</strong> temps réel.<br />
• Pour obtenir des résultats optimaux, <strong>Diagenode</strong> suggère plusieurs méthodes d’extraction<br />
pour éviter au maximum la présence d’inhibiteurs de <strong>PCR</strong>.<br />
• Un contrôle d’extraction ou d’inhibition doit être utilisé pour chaque réaction <strong>PCR</strong>.<br />
Attention:<br />
<strong>Diagenode</strong> commercialise un contrôle qualitatif ADN d’extraction et/ou d’inhibition. Il est<br />
donné la possibilité, avec l’appréciation des scientifiques/techniciens de laboratoire, de<br />
changer la procédure d’extraction selon les résultats obtenus pour ce contrôle<br />
d’extraction et/ou d’inhibition afin de retrouver un résultat approprié.<br />
• Le contrôle d’extraction viral doit être manipulé sous une hotte stérile.<br />
Contamination:<br />
• Le dépôt d’acide nucléique, l’isolation et l’amplification en temps réel doivent être<br />
exécutés dans des locaux séparés<br />
• Garder les tubes fermés s’ils ne sont pas en cours d’utilisation.<br />
• Le laboratoire <strong>PCR</strong> (Hotte, plateforme d’extraction AND/ARN, blouse…) doit être nettoyé<br />
avec les produits appropriés.<br />
• Les kits contaminés doivent être jetés dans une poubelle spécifique pour produits<br />
biologiques.<br />
• Ce kit ne doit pas être utilise par un scientifique/technicien de laboratoire malade<br />
présentant les mêmes symptômes que provoque le paramètre recherché.<br />
• Les contrôles positifs et négatifs doivent être réalisés à chaque réaction <strong>PCR</strong>.<br />
• Des gants doivent être portés.<br />
• Des tips résistants aux aérosols pour tous les mixs <strong>PCR</strong>.<br />
• Avant ouverture, les tubes doivent être centrifugés.<br />
• Ne pas pipeter avec la bouche. Ne pas fumer, manger ou boire dans les locaux où sont<br />
manipulés les réactifs.<br />
• Le kit ne doit pas être utilisé par les femmes enceintes.<br />
Conservation:<br />
• Le kit doit être mis à l’abri de la lumière.<br />
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DIA-EIC/<strong>DNA</strong>-050<br />
Pour tout problème/question, contacter :<br />
Tel: +32(0)43642050<br />
info@<strong>Diagenode</strong>.com<br />
Matériel non fourni<br />
• Pipettes<br />
• Tips stérils avec filtres<br />
• Powder-free gloves<br />
• Vortex<br />
• Centrifugeuse de paillasse<br />
• Tubes pour microcentrifugeuse) RNase/Dnase-free (1,5 and/or 2 ml)<br />
• Eau RNase/DNase-free<br />
• Kit d’isolation d’ADN (voir : échantillon <strong>Extraction</strong>/Isolation d’ADN)<br />
• Consommables et accessoires (tubes, microcentrifugeuse, plaques, plastique adhésif)<br />
pour un ABI 7000 ou un Biorad ICycler.<br />
• Taqman® Universal <strong>PCR</strong> Master Mix, Applied Biosystems (Roche)<br />
• Instrumentation <strong>PCR</strong> temps réel : ABI 7000 or Biorad ICycler.<br />
Collection de l’échantillon, stockage et transport<br />
I. Collection de l’échantillon<br />
Echantillons respiratoires:<br />
Les échantillons respiratoires humains tels que le lavage broncho-alvéolaire, crachat et<br />
écouvillon nasopharyngé peuvent être collectés.<br />
Echantillon sanguin:<br />
Les Echantillons sanguin tels que le sang total et/ou plasma peuvent être collectés.<br />
Echantillon urinaire.<br />
II. Stockage de l’échantillon<br />
L’échantillon humain peut être stocké à 4°C pendant un maximum de 24h ou de -20°C à -80°C<br />
pour une plus longue période.<br />
L’échantillon humain doit être stocké dans des tubes en polypropylène RNA/<strong>DNA</strong>se free. La<br />
sensibilité de la <strong>PCR</strong> peut être réduite suivant les répétions de cycles congélationdécongélation.<br />
III. Transport de l’échantillon<br />
L’échantillon humain doit être transporté dans un conteneur adapté. L’échantillon doit être<br />
transporté suivant les instructions locales et nationales sur le transport de matériel pathogène.<br />
• Les échantillons respiratoires humains et de plasma doivent être transportés à<br />
-20° C.<br />
• Les échantillons de sang total et d’urine doivent être transportés à +4° C.<br />
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DIA-EIC/<strong>DNA</strong>-050<br />
Protocole<br />
I. <strong>DNA</strong> extraction & inhibition control<br />
Le contrôle ADN d’extraction & d’inhibition de <strong>Diagenode</strong> est une culture virale contenant une<br />
charge virale de 1.000 TCID50/ml.<br />
Les résultats suivants sont obtenus avec l’utilisation du Nuclisens EASYMAG System<br />
(Biomerieux).<br />
Procédure:<br />
• 10 µl de chaque dilution extrait dans 500µl d’eau.<br />
• Nuclisens EASYMAG System on board extraction.<br />
• Elution dans 60 µl.<br />
• 5 µl utilisé for <strong>PCR</strong>.<br />
• TaqMan® Universal <strong>PCR</strong> mastermix (Applied Biosystems).<br />
• Les tests ont été réalisés sur un ABI Prism® 7000 instruments (Applied<br />
Biosystems).<br />
La valeur du Ct pour 1.000 TCID50/ml est +/-28,5. Le<br />
graphique montre également les résultats pour d’autres<br />
dilutions.<br />
(10.000 TCID50/ml est +/-24,8, 100 TCID50/ml est +/-<br />
31,5 et 10 TCID50/ml est +/-35)<br />
Pour l’extraction et l’isolation d’ADN d’un<br />
échantillon, ajouter 10µl de la culture virale<br />
contrôle dans l’échantillon juste avant le<br />
démarrage de la procédure d’extraction.<br />
(La concentration peut être modifiée afin d’adapter les<br />
<strong>PCR</strong> multiplexs avec la méthode d’extraction utilisée)<br />
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II. Sample <strong>Extraction</strong>/<strong>DNA</strong> Isolation<br />
<strong>Diagenode</strong> suggère plusieurs méthodes d’extraction pour éviter au maximum la présence<br />
d’inhibiteurs de <strong>PCR</strong>.<br />
• Nuclisens EASYMAG System (Biomerieux)<br />
Echantillons cliniques: prélèvement nasal, crachats, lavage broncho-alvéolaire.<br />
Les procédures de pré-extraction suivantes sont recommandées :<br />
Préparation pour sang total:<br />
• Collecter le sang total dans un tube traité à l’EDTA.<br />
NB: le tube contenant l’échantillon ne doivent pas être laissé à température ambiante plus de 4h<br />
(24 heures à + 4° C) jusqu’aux manipulations suivantes.<br />
• Utiliser 100 µl de sang total pour la procédure d’extraction (Nuclisens Lysis<br />
Buffer).<br />
Préparation de plasma provenant du sang total:<br />
• Collecter le sang total dans un tube traité à l’EDTA.<br />
• Centrifuger 15 minutes à 1,000 g.<br />
• Ouvrir le tube et collecter délicatement la fraction de plasma without disturbing<br />
the buffy coat layer, transférer le plasma dans un nouveau tube de stockage.<br />
NB: Si l’échantillon ne peut être utilisé dans les deux heures, le stocker à -20° C ou -70° C.<br />
• Utiliser 100 µl - 1ml de plasma pour la procédure d’extraction (Nuclisens Lysis<br />
Buffer).<br />
Préparation de sérum provenant du sang total:<br />
• Collecter le sang total dans un tube sec.<br />
• Laisser le tube à température ambiante jusqu’à la coagulation complète.<br />
• Séparer le sérum par centrifugation 15 min./1,000g.<br />
• Ouvrir le tube and transférer le sérum dans un nouveau tube de staockage.<br />
NB: Si l’échantillon ne peut être utilisé dans les deux heures, le stocker à -20° C ou -70° C.<br />
• Utiliser 100 µl-1ml de sérum pour la procédure d’extraction (Nuclisens Lysis<br />
Buffer).<br />
Expertoration, lavage broncho-alvéolaire (LBA):<br />
• 250 µl de crachats<br />
• Ajouter 250 µl de tampon protéinase K (1mg/ml protéinase K, 0,5% SDS, 20<br />
mM Tris-HCl, pH 8.3), vortexer<br />
• Laisser incuber 60 min. à 55°c<br />
• Utiliser les 500 µl de crachats pour la procédure d’extraction (Nuclisens Lysis<br />
Buffer)<br />
Prélèvement de gorge (isolation totale des acides nucléiques):<br />
• Ajouter 1 ml d’une solution saline à l’échantillon, vortexer<br />
• Incuber 1 min. à température ambiante, vortexer<br />
• Essorer l’écouvillon sur le coté du tube puis le retirer.<br />
NB: Si aucune autre manipulation n’est réaliser le même jour, l’échantillon doit être stocké à<br />
-70°C.<br />
• Utiliser les 200µl ainsi obtenus pour la procédure d’extraction (Nuclisens Lysis<br />
Buffer)<br />
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DIA-EIC/<strong>DNA</strong>-050<br />
Pour l’isolation d’ADN, se référencer au protocole Nuclisens lysis buffer, délivré avec le<br />
Nuclisens EasyMag System, avec les instructions suivantes:<br />
Volume d’ADN élué: 60µl<br />
• Autres systèmes d’extraction testés<br />
‣ Echantillons sanguin:<br />
<strong>DNA</strong> blood Miniprep Kit (Qiagen Ref. 51304)<br />
Suivre les instructions du constructeur avec ces indications:<br />
Volume de l’échantillon humain extrait: 140 µl<br />
Volume d’ADN isolé: 60 µl<br />
‣ Echantillons urinaire:<br />
Amplicor CT/NG specimen preparation kit (CT/NG prep) (Roche Ref. 20759414112)<br />
Suivre les instructions du constructeur avec ces indications:<br />
Volume de l’échantillon humain extrait: 500 µl<br />
Volume d’ADN isolé: 200 µl lysis buffer et 200 µl specimen diluent<br />
‣ Expectorations, lavage broncho-alvéolaire (LBA):<br />
Amplicor respiratory specimen preparation kit (RSP prep) (Roche Ref. 20756903122)<br />
Suivre les instructions du constructeur avec ces indications:<br />
Volume de l’échantillon humain extrait: 200 µl<br />
Volume d’ADN isolé: 300 µl (50 µl RL buffer and 50 µl RN buffer)<br />
Si une réaction <strong>PCR</strong> est lancée le même jour, l’ADN extrait peut être conservé dans la<br />
glace. Pour une conservation plus longue l’ADN doit être conserve à -20°C.<br />
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DIA-EIC/<strong>DNA</strong>-050<br />
III. <strong>PCR</strong> Reaction Set-up (ABI 7000, Icycler Biorad)<br />
25 µl -------------------- master mix 2X<br />
(non inclus: Taqman® Universal <strong>PCR</strong> Master Mix, Applied Biosystems (Roche))<br />
5 µl ---------------------- amorces et sonde pour le contrôle ADN d’<strong>Extraction</strong> & d’<strong>Inhibition</strong><br />
5 (or 10) µl ------------- amorces et sonde pour le pathogène humain recherché<br />
5 (or 10) µl ------------- échantillon<br />
Eau si nécessaire.<br />
-----------------------------------<br />
50 µl ---------- Volume final<br />
Attention :<br />
Un nouveau mix doit être préparé pour toute nouvelle <strong>PCR</strong>. Un master mix (non inclus) et<br />
amorces/sondes incluses dans le kit doivent être placés dans la glace pendant la préparation de<br />
la <strong>PCR</strong>.<br />
IV. <strong>Real</strong> <strong>Time</strong> <strong>PCR</strong> Instrument Set Up<br />
‣ Système <strong>PCR</strong> Temps Réel ABI 7000<br />
1. « Open a New File ».<br />
2. Sélectionner « suivant » et cliquer « Next ».<br />
a. Assay: Absolute<br />
b. Container: 96-well plate<br />
c. Template: Blank<br />
3. Cliquer OK.<br />
4. Sélectionner « Detectors ». Si nécessaire, créer de nouveaux détecteurs avec les configurations<br />
« reporter et le quencher » montré ci-dessous.<br />
Detector name Reporter Quencher<br />
DIA-<strong>DNA</strong>/EIC(YD)-050 Yellow Dye Vic (none)<br />
DIA-<strong>DNA</strong>/EIC(DR)-050 Orange Dye NED (none)<br />
DIA-<strong>DNA</strong>/EIC(Cy5)-050 Cy5 Cy5 (none)<br />
5. Sélectionner Passive Reference: Rox.<br />
6. Cliquer Next.<br />
7. Selectionner wells et ajouter les 2 detecteurs pour les puits utilisés.<br />
8. Cliquer Next.<br />
9. Vérifier la configuration en utilisant le « Well Inspector » dans « le Set Up Tab ». Vérifier<br />
que les reporteurs and quenchers sont configurés correctement et que la référence<br />
passive est Rox.<br />
10. Sélectionner « Instrument Tab » et définir le « Thermal Profile » comme décrit cidessous:<br />
Stage Description<br />
1 2 minutes à 50° C (1 cycle)<br />
2 10 minutes à 95° C (1 Cycle)<br />
3 Cycle program (40 Cycles)<br />
Step 1: 15 secondes à 95° C<br />
Step 2: 1 minute à 60° C<br />
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DIA-EIC/<strong>DNA</strong>-050<br />
11. Paramétrer le volume de l’échantillon à 50 µl.<br />
12. Paramétrer « Data Collection » au Stage 3, Step 2.<br />
13. Entrer les informations sur l’échantillon dans le « Set Up Tab ».<br />
14. Sauvegarder le fichier format .sds.<br />
15. Cliquer Start.<br />
‣ Biorad ICycler<br />
1. Sélectionner « In library ».<br />
2. Cliquer « View Protocol ».<br />
3. Cliquer « Create a new protocol ».<br />
4. Définir le « Thermal profile » comme décrit ci-dessous :<br />
Stage Description<br />
1 2 minutes à 50° C (1 cycle)<br />
2 10 minutes à 95° C (1 Cycle)<br />
3 Cycle program (40 Cycles)<br />
Step 1: 15 secondes à 95° C<br />
Step 2: 1 minute à 60° C<br />
5. Cliquer « Save this protocol ».<br />
6. Cliquer « Run with selected protocol ».<br />
7. Sélectionner « Edit plate set up ».<br />
8. Dans « Samples whole plate loading », entrer les informations sur l’échantillon.<br />
9. Dans « Select and load fluorophores », sélectionner les détecteurs comme montré cidessous:<br />
Detector name Reporter<br />
DIA-<strong>DNA</strong>/EIC(YD)-050 Yellow Dye Vic/Hex<br />
DIA-<strong>DNA</strong>/EIC(DR)-050 Orange Dye Vic/Hex<br />
DIA-<strong>DNA</strong>/EIC(Cy5)-050 Cy5 Cy5<br />
10. Cliquer « Save this plate set up».<br />
11. Cliquer « Run with selected protocol ».<br />
12. Dans « Run prep », sélectionner « 50 µl sample volume ».<br />
13. Dans « Select run purpose », sélectionner « <strong>PCR</strong> quantification melt curve ».<br />
14. Cliquer « Begin Run ».<br />
15. Sauvegarder le fichier en format .opd.<br />
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DIA-EIC/<strong>DNA</strong>-050<br />
V. Interpretation of Results<br />
Détection du signal<br />
Yellow dye<br />
Orange dye<br />
Cy5 dye<br />
Signal au-delà du seuil<br />
Signal en deçà du seuil<br />
Interprétation des résultats<br />
L’échantillon est positif<br />
pour le contrôle ADN<br />
d’<strong>Extraction</strong> & d’<strong>Inhibition</strong><br />
La <strong>PCR</strong> est valide.<br />
L’échantillon est négatif<br />
pour le contrôle ADN<br />
d’<strong>Extraction</strong> & d’<strong>Inhibition</strong><br />
La <strong>PCR</strong> n’est pas valide.<br />
Pour une <strong>PCR</strong> validée, les expériences suivantes doivent être réalisées à chaque<br />
lancement d’une <strong>PCR</strong>:<br />
• <strong>PCR</strong> négative : eau avec le contrôle ADN d’extraction & d’inhibition.<br />
• <strong>PCR</strong> positive : échantillon positif du pathogène humain recherché<br />
Les résultats suivants doivent être obtenus:<br />
Echantillon<br />
Détection du signal<br />
Détection du signal<br />
Yellow dye<br />
Dye for human pathogen<br />
Orange dye<br />
researched detection<br />
Cy5<br />
Eau Signal en deçà du seuil Signal au-delà du seuil<br />
Pathogène humain<br />
recherché<br />
Signal au-delà du seuil /<br />
Performance du contrôle interne<br />
La performance du contrôle ADN d’<strong>Extraction</strong> & d’<strong>Inhibition</strong> a été évalué sur 137 spécimens<br />
cliniques (lavage broncho-alvéolaire, expectoration and écouvillon/lavage nasopharyngé):<br />
• Les échantillons cliniques ont été extraits sur Nuclisens EASYMAG System<br />
(Biomerieux).<br />
(Voir II. <strong>Extraction</strong>/Isolation d’ADN de l’échantillon.)<br />
• Protocole <strong>PCR</strong>. (Voir III. Configuration des réactions <strong>PCR</strong> (ABI 7000, ICycler Biorad)<br />
• ABI 7000 <strong>Real</strong> <strong>Time</strong> <strong>PCR</strong> system.<br />
Le contrôle ADN d’<strong>Extraction</strong> & d’<strong>Inhibition</strong> a été ajouté à chaque échantillon avant l’extraction<br />
(Voir I. Contrôle ADN d’<strong>Extraction</strong> & d’<strong>Inhibition</strong>) Les résultats suivants ont été obtenus:<br />
N (échantillons) = 93<br />
Ct<br />
Moyenne des résultats 32,24<br />
Déviation standard 1,54<br />
Minimum 27<br />
Maximum 35<br />
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DIA-EIC/<strong>DNA</strong>-050<br />
Des résultats équivalents ont été obtenus avec la procédure d’extraction Qiagen <strong>DNA</strong> blood<br />
Miniprep Kit.<br />
(Voir II. <strong>Extraction</strong>/Isolation d’ADN de l’échantillon.)<br />
Résolution des problèmes<br />
‣ Isolation des acides nucléiques<br />
Se référer au manuel du constructeur.<br />
‣ <strong>PCR</strong><br />
Le signal détecté pour le contrôle ADN d’extraction et/ou d’inhibition est négatif ou faible :<br />
• Les conditions <strong>PCR</strong> ne correspondent pas avec le protocole. Vérifier les<br />
conditions <strong>PCR</strong>.<br />
• La réaction <strong>PCR</strong> est inhibée. Vérifier la méthode d’isolation d’ADN.<br />
• Les conditions de stockage ne correspondent pas avec les<br />
recommandations du kit.<br />
‣ Système <strong>PCR</strong> temps réel<br />
Se référer au manuel du constructeur.<br />
Spécifications<br />
I. Sensibilité<br />
Voir chapitre Performance du contrôle interne<br />
II. Specificité<br />
Les amorces et sondes spécifiques ont été obtenues à partir de littérature Elles ont également<br />
été vérifiées pour des possibles homologies avec d’autres séquences connues par comparaison<br />
de séquence.<br />
Les tests de réaction croisée ont été réalisés avec les espèces bactériennes suivantes :<br />
Neisseria meningitidis Legionella pneumophila Listeria monocytogenes<br />
Neisseria Gonoridae Mycoplasma pneumoniae Bartonella<br />
Streptococcus pneumoniae Bordetella Borrelia burgdorferi<br />
Streptococcus B Chlamydia pneumoniae Treponema pallidum<br />
Haemophilus influenzae<br />
Staphylococcus aureus<br />
Les tests de réaction croisée ont été réalisés avec les virus suivants :<br />
Adenovirus HBV CMV<br />
Varicella-Zoster Herpes Parvovirus<br />
Les tests de réaction croisée ont été réalisés avec les espèces fongiques suivantes :<br />
Aspergillus Candida(s)<br />
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DIA-EIC/<strong>DNA</strong>-050<br />
Les tests de réaction croisée ont été réalisés avec le parasite suivant :<br />
Toxoplasma gondii<br />
III. Evaluation du diagnostic<br />
Voir chapitre Performance du contrôle interne<br />
Limites<br />
• Tous les réactifs doivent être utilisés exclusivement pour le diagnostic in vitro.<br />
• Respecter les informations du manuel est obligatoire pour avoir un résultat optimal.<br />
• Des résultats reproductibles sont dépendants de la collection du spécimen en question,<br />
du transport, su stockage et des procédures.<br />
• Ce test à été validé pour être utilise avec un lavage bronchoalvéolaire, crachat et<br />
écouvillon/lavage nasopharyngé.<br />
• Ce test à été validé pour être utilise avec un ABI 7000 real <strong>Time</strong> <strong>PCR</strong> system et un<br />
Biorad ICycler system<br />
Note importante:<br />
Le Contrôle ADN d’<strong>Extraction</strong> & d’<strong>Inhibition</strong> <strong>PCR</strong> Temps Réel de <strong>Diagenode</strong> peut<br />
également être utilisé avec un ABI 7500 <strong>Real</strong> <strong>Time</strong> <strong>PCR</strong> system, Corbett Research Rotor-<br />
Gene 3000 TM <strong>Real</strong> time <strong>PCR</strong> System, Stratagene Mx3000P TM Q<strong>PCR</strong> System, Roche<br />
LightCycler® 2.0 ou 480 <strong>Real</strong> time <strong>PCR</strong> System.<br />
(Demander pour les paramètres).<br />
Contrôle qualité<br />
<strong>Diagenode</strong> a obtenu les certifications ISO 9001 et ISO 13485 pour le design, la production et la<br />
vente de kits diagnostic basés sur la technologie <strong>PCR</strong> temps réel.<br />
Le Contrôle ADN d’<strong>Extraction</strong> & d’<strong>Inhibition</strong> <strong>PCR</strong> Temps Réel de <strong>Diagenode</strong> est testé contre des<br />
éléments spécifiques prédéterminés pour assuré la qualité du produit.<br />
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Note pour l’acheteur<br />
Ce produit est optimisé pour la « polymerase chain reaction » (<strong>PCR</strong>) protégée par des brevets appartenant<br />
à Roche Molecular Systems, Inc., and F. Hoffmann-La Roche ltd. (Roche). Aucune licence sous ces<br />
brevets pour utiliser le procédé <strong>PCR</strong> n’est véhiculée expressément ou par implication de l’acheteur par<br />
l’achat de ce produit. Une licence pour l’utilisation du procédé <strong>PCR</strong> pour certaines activités de recherches<br />
et développement accompagne l’achat de certains réactifs de fournisseurs agréés, lorsqu’elle est utilisée en<br />
conjonction avec un thermocycleur authorisé ou est disponible d’Applied Biosystems. Des informations<br />
supplémentaires sur l’achat de licence pour utiliser le procédé <strong>PCR</strong> peuvent être obtenues en contactant le<br />
Director of Licensing at Applied Biosystems, 850 Lincoln Center Drive, Foster City, California 94404 ou<br />
à Roche Molecular Systems, Inc, 1145 Atlantic Avenue, Alameda, California 94501.<br />
• Applied Biosystems est une marque déposée et ABI Prism ® est une marque de Applera Corporation ou ses<br />
filiales aux USA et/ou certains autres pays.<br />
• Rotor-Gene 300 TM est une marque de Corbett Research.<br />
• LighCycler® 2.O or 480 est une marque de Roche.<br />
• Stratagene Mx3000P TM Q<strong>PCR</strong> System est une marque de Stratagene.<br />
• Nuclisens EASYMAG System est une marque de Biomerieux.<br />
• Amplicor respiratory specimen preparation kit (RSP prep) est une marque de Roche.<br />
• Amplicor CT/NG specimen preparation kit (CT/NG prep) est une marque de Roche..<br />
• QIAamp <strong>DNA</strong> Mini Kit (50) (Blood and Body Fluid Spin Protocol) est une marque de Qiagen.<br />
• Taqman® Universal <strong>PCR</strong> Master Mix est une marque de Applied Biosystems.<br />
Class Ea1: Virus pouvant causer des maladies aux animaux, et qui présente les caractéristiques<br />
suivantes (avec des degrés variables) : importance géographique limitée, faible transmission interespèces,<br />
vecteur ou porteur inexistant. Aucune mesure d’isolement particulière n’est requise. Il<br />
existe des traitements préventifs ou curatifs.<br />
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<strong>Diagenode</strong> S.A.<br />
CHU, Tour GIGA, B34 (3 e étage), avenue de l’Hôpital, 1<br />
Sart Tilman 4000 Liège- BELGIUM<br />
Tel: +32(0)43642050<br />
Fax: +32(0)43642051<br />
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