线粒体证据揭示秦陵修陵劳工的来源 - 现代人类学通讯

袁 媛 等 : 线 粒 体 证 据 揭 示 秦 陵 修 陵 劳 工 的 来 源
研 究 报 告
古 DNA 的 一 个 明 显 特 征 [26], 不 是 污 染 。
2. 重 复 实 验
虽 然 古 DNA 存 在 碱 基 错 配 , 但 同 一 个 碱
基 错 配 在 多 次 抽 提 中 重 复 出 现 几 乎 是 不 可 能
的 [26] , 因 此 每 个 样 品 都 经 过 两 次 独 立 重 复
抽 提 。 重 复 实 验 从 预 处 理 样 本 开 始 , 获 得 的
序 列 结 果 与 之 前 的 序 列 比 对 , 如 存 在 较 大 差
异 , 则 舍 弃 该 样 品 ; 如 两 次 的 实 验 结 果 一 致 ,
则 认 为 该 序 列 是 可 靠 的 ; 如 部 分 信 息 位 点 一
致 , 则 再 次 对 样 品 进 行 重 复 实 验 。
3. 不 同 实 验 室 的 独 立 重 复
从 经 过 重 复 实 验 确 认 的 样 品 中 随 机 选 取
2 个 样 品 , 在 吉 林 大 学 边 疆 考 古 研 究 中 心 进
行 独 立 重 复 实 验 。DNA 抽 提 使 用 GENE
CLEAN Kit 或 Ancient DNA(Q-BIOgene);
12.5μl PCR 体 系 包 括 1U Taq 酶 ,200μM
dNTP,2.5mM MgCl2,50mM KCl,2μM 引
物 ( 表 1) 和 2mg/mL BSA。PCR 程 序 为 94°C
4min,6 个 循 环 (94°C 1min,58°C 55s,72°C
1min),34 个 循 环 (94°C 1min,54°C 55s,72°C
1min),72°C 延 伸 10min。PCR 产 物 在 ABI310
上 直 接 测 序 。
4. 古 代 DNA 分 子 特 性
所 有 19 个 样 品 都 显 示 出 一 定 的 古 代
DNA 分 子 特 性 ( 表 3), 包 括 不 同 克 隆 之 间 观
察 到 的 嵌 合 (chimeric) 序 列 [27,28]( 图 2) 以 及
408bp 的 长 片 段 的 扩 增 失 败 。 除 了 M60 带 有
16102T→C 这 一 罕 见 突 变 位 点 [29], 其 他 序 列
都 没 有 超 出 已 定 义 的 单 倍 群 位 点 。 对 mtDNA
HVRI 区 域 共 314 个 核 苷 酸 (16053-16366) 测
序 , 与 rCRS 比 对 , 共 有 45 个 置 换 (38 个 转
换 和 7 个 颠 换 ), 没 有 观 察 到 缺 失 和 插 入 。
虽 然 本 研 究 没 有 测 定 样 本 中 氨 基 酸 的 外
消 旋 性 , 但 是 该 19 个 样 本 在 实 验 室 内 和 实 验
室 间 的 重 复 实 验 都 得 到 一 致 的 结 果 , 即 可 判
断 必 定 存 在 内 源 DNA, 这 一 替 代 方 法 被 用 于
很 多 古 DNA 研 究 [26,30,31]。 为 确 定 样 品
DNA 的 片 段 长 度 和 拷 贝 数 存 在 负 相 关 性 , 需
要 测 定 内 源 DNA 的 含 量 , 但 是 初 步 的 实 时 定
量 PCR 显 示 , 样 品 中 的 抑 制 因 子 使 荧 光 信 号
不 稳 定 或 者 不 存 在 [32], 我 们 进 一 步 扩 增
408bp 的 片 段 [15,33,34], 所 有 样 品 均 无 扩 增
结 果 , 这 证 明 样 品 中 不 存 在 长 片 段 的 DNA( 即
可 能 的 污 染 )。
5. 排 除 实 验 人 员 污 染
将 实 验 人 员 的 mtDNA 序 列 与 获 得 的 样
本 DNA 序 列 做 比 较 , 以 排 除 所 得 序 列 来 自 实
验 人 员 ( 表 4)。
三 、 序 列 分 析
通 过 以 上 一 系 列 筛 选 , 我 们 从 50 个 样 品
中 获 得 19 个 可 靠 的 古 代 样 品 的 mtDNA( 表
5), 并 对 其 进 行 了 序 列 分 析 (http://www.ncbi.
nlm.nih.gov/Genbank/GenbankOverview.html,
EU700062-EU700080)。 线 粒 体 HVRI 单 倍 型 、
RFLP 结 果 以 及 单 倍 群 归 属 如 表 5。
表 5 秦 陵 劳 工 墓 样 品 的 mtDNAHVRI 单 倍 型 、RFLP 结 果 以 及 单 倍 群 归 属
Tab. 5 mtDNA HVRI and RFLP results of MBWs and individual haplogroup assignment.
样 品 单 倍 群 HVRI 单 倍 型
663 5176 12406 13262 10400 10398 4833
9bp
HaeIII AluI HpaI AluI AluI DdeI HhaI
M7 M8a 184-189-192-223-298-311-319 / + 2 + /
M17 B5b 140-183C-189-243-355 / + 1 + /
M21 F* 207-304-311 / / / / /
M31 N* 223-245 + / +
M37 F1b 183C-189-195G-232A-249-258C-304-311 / / +
M39 F1b 189-232A-249-265C-304-311 / / / /
M41 N9a 111-129-223-257A-261 / /
M43 N9a 129-223-257A-261 / + 2 + /
M47 N9a 223-257A-261-311 / +
M50 M7a 209-223 + +
M53 D* 223-299-325-362 / / 2 + /
M54 C 223-239-298-327-357 + + +
M57 F1a1 129-145-162-172-304 / + 2 T/ /
M60 G2a 92-102-223-227-272-278-319-362 + + +
M61 D5 164-172-182C-183C-189-223-362 / / 2 + /
M71 F1a1 162-172-304 / / / /
M86 A 223-290-311-319-362 + + 2 + /
M91 B5 140-183C-189-362 / + 1 + /
M98 B4a 182C-183C-189-217-261-360 / + 1 + /
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