GSAS安裝使用簡介 - NSRRC User Portal

GSAS 安 裝 使 用 簡 介楊 仲 準中 原 大 學 物 理 系Department of Physics, Chung Yuan Christian University

Out Line• GSAS 安 裝 設 定• CMPR 安 裝 設 定• GSAS 簡 易 使 用 說 明• CMPR 轉 出 GSAS 實 驗 檔 簡 易 使 用 說 明• CMPR 轉 出 GSAS 結 果 簡 易 使 用 說 明

1. GSAS 安 裝 設 定

www.langzeitarchivierung.de„Infrastructures for e-Science“„e-Infrastructures“• Digitale IuK, rechnergestützte Forschung VirtuelleInfrastrukturen• (Kommunikations)-Netzwerke, Kollaboration / DigitalePublikation• (weltweite) Verfügbarkeit von Rechenressourcen GRID• (weltweite) Verfügbarkeit von Daten und Informationen• historische Dimension?analog zur gedruckten bzw. traditionellenPublikationskette wird diese Verfügbarkeit implizitvorausgesetztnestor macht weiter: Gemeinsam digitales Wissen sichernnestor-Abschlussveranstaltung Berlin, 10.6.200955

GSAS 安 裝 設 定再 來 是 版 權 畫 面雙 擊 這 裡

GSAS 安 裝 設 定再 來 選 擇 .Exp 檔 的 關 聯 程 式 , 預 設 是 EXPGUI 編 輯 程 式 ,不 用 改 !雙 擊 這 裡

GSAS 安 裝 設 定再 來 選 擇 是 否 要 在 桌 面 建 立 圖 示 與 關 聯 .Exp 檔 不 用 改 !雙 擊 這 裡

GSAS 安 裝 設 定再 來 選 擇 安 裝 目 錄雙 擊 這 裡

www.langzeitarchivierung.deE-infrastructure: Strategiedebattenational/international V• National:Auftrag der Gemeinsamen Wissenschaftskonferenz desBundes und der Länder Auftrag an die Leibnitzgemeinschaft(+ weiterer Vertreter), ein Gesamtkonzept für dieFachinformationsinfrastruktur in Deutschland zu entwickeln.• Ansatz:– Identifikation von Kernthemen (u.a. LZA/Digitalisierung)– Schwerpunktbildung und Verantwortlichkeiten• Basis: Abschlußbericht der BLK-Arbeitsgruppe „Zukunftder Fachinformation“ von 2006, dort:– ‚Bedarfsbegründung‘– Aber auch: Ebenen der Zuständigkeitnestor macht weiter: Gemeinsam digitales Wissen sichernnestor-Abschlussveranstaltung Berlin, 10.6.20091212

GSAS 安 裝 設 定安 裝 完 成 ! 按 Finish 結 束 安 裝雙 擊 這 裡

2. CMPR 安 裝 設 定

CMPR 安 裝 設 定雙 擊 下 載 的 cmpr+logic.exe檔 案 , 會 看 到 下 面 的 畫 面 :稍 待 片 刻 這 個 畫 面 會 消 失

CMPR 安 裝 設 定然 後 出 現 說 明 畫 面 , 直 接 按 下 一 步 。雙 擊 這 裡

CMPR 安 裝 設 定然 後 依 然 是 說 明 畫 面 , 直 接 按 下 一 步 。雙 擊 這 裡

CMPR 安 裝 設 定然 後 依 然 是 說 明 畫 面 , 直 接 按 下 一 步 。如 果 沒 有 ICDD-JCPD 或 是 ICSD 等 繞 射 資 料 庫光 碟 可 以 把 這 一 格 取 消雙 擊 這 裡

CMPR 安 裝 設 定設 定 安 裝 目 錄 , 沒 有 要 改 變 的 話 直 接 按 下 一 步雙 擊 這 裡

CMPR 安 裝 設 定設 定 安 裝 的 群 組 , 沒 有 要 改 變 的 話 直 接 按 下 一 步雙 擊 這 裡

CMPR 安 裝 設 定說 明 安 裝 目 錄 、 檔 案 大 小 等 資 訊 視 窗 , 可 以直 接 按 下 一 步雙 擊 這 裡

CMPR 安 裝 設 定出 現 安 裝 畫 面 , 請 靜 待 安 裝 完 成 。

CMPR 安 裝 設 定安 裝 完 成 ! 按 Finish 結 束 安 裝雙 擊 這 裡

3. CMPR 轉 出 GSAS 實 驗 檔簡 易 使 用 說 明

CMPR 轉 出 GSAS 實 驗 檔 簡 易 使 用 說 明13a23b4檔 案 如 果 讀 取成 功 就 可 以 看到 實 驗 的 值 被畫 成 圖 , 如 上657aCMPR 支 援 的 所 有 儀 器 與檔 案 格 式 。 如 果 實 驗 的 儀器 並 沒 有 列 在 上 表 也 可 以把 實 驗 檔 轉 成 2θ 對 count的 XY data 純 文 字 模 式 。98

4. GSAS 簡 易 使 用 說 明

GSAS 簡 易 使 用 說 明點 選 EXPGUI 程 式出 現 右 圖 視 窗

GSAS 簡 易 使 用 說 明點 選 可 以 下 拉更 換 目 錄如 果 要 創 建 一 個 新 的exp 檔 案 可 以 在 這 裡打 入 要 命 名 的 檔 名如 果 有.exp 檔 案(GSAS的 設 定檔 ) 會 出現 在 這裡如 果 是 創 建 一 個 新 的 檔 案會 出 現 下 面 的 視 窗選 這 裡 可 以創 建 檔 案

GSAS 簡 易 使 用 說 明出 現 可 以 輸 入 檔 案 標 題 的 地 方 , 這 裡 僅 作 為 標 示 ,不 會 影 響 計 算 的 結 果輸 入 完 畢 按 這 裡 到 下 一 個 畫 面

GSAS 簡 易 使 用 說 明這 個 視 窗 就 是 我 們 主 要 設 定 精 算 參 數 的 視 窗設 定 好循 環 遞回 次 數後 請 選擇 分 頁”Phase”設 定 每 一 次 的 精 算 , 要跑 幾 次 遞 回 。 一 開 始 可以 先 設 定 少 一 點 。 如 果參 數 正 確 使 得 最 小 平 方法 收 斂 , 程 式 就 會 自 動停 止 遞 回 運 算 。 但 是 如果 有 參 數 設 定 不 當 , 會使 運 算 發 散 , 就 會 造 成參 數 變 成 奇 怪 的 字 元 ,而 需 要 重 設 。 所 以 起 始時 2~5 次 為 一 較 適 當 的遞 回 次 數

GSAS 簡 易 使 用 說 明Phase 分 頁 視 窗 可 以 設 定 樣 品 結 構 相選 這 裡設 定 Phase

GSAS 簡 易 使 用 說 明按 下 ”Add Phase” 後 會 出 現 這 一 個 畫 面 。 如 果 手 上 的 晶 體 結 構 資 料不 是 ”.cel”、”.cif”、”.exp” 等 電 子 型 式 的 檔 案 , 而 是 Paper 上 的 list,也 可 以 手 動 輸 入 。 否 則 可 以 由 紅 圈 的 地 方 選 擇 輸 入 , 不 必 再 填 任何 一 個 空 格 。如 果 要 手 動 輸 入 。Phase title 的 地 方 是 可 以 隨 便 填 , 只 是 一 個 作為 標 記 的 地 方 ,Space Group 的 地 方 就 要 小 心 格 式 , 一 般 而 言 ,符 號 與 符 號 間 要 有 空 格 。 如 I m -3 m 或 是 R -3 c 等 。a、b、c 為 填入 晶 格 常 數 的 地 方 α、β、γ 則 是 填 入 晶 軸 的 夾 角 。 填 完 後 按“Add”

GSAS 簡 易 使 用 說 明這 是 選 擇 使 用 匯 入 晶 格 資 料 檔 的 畫 面PS: 哪 裡 找 cif, 請 見 附 錄

GSAS 簡 易 使 用 說 明選 完 或 是 填 完 晶 格 資 料 檔 按 ”Add” 之 後 會 出 現 這 一 個 畫 面 ,顯 示 輸 入 的 空 間 群 對 等 對 稱 點 等 資 料 , 如 果 確 認 無 誤 就 可 以按 ”Continue”

GSAS 簡 易 使 用 說 明按 ”Continue” 之 後 會 出 現 要 你 輸 入 原 子 位 置 的 視 窗 。 如 果 是匯 入 的 方 式 , 應 該 已 經 會 出 現 原 子 位 置 的 檔 案 , 否 則 請 自 行輸 入 資 料 。 如 果 要 增 加 輸 入 的 原 子 位 置 的 空 格 請 按 ”More atomboxes”。 全 部 輸 入 完 畢 請 按 ”Add Atoms”

GSAS 簡 易 使 用 說 明當 Phase 全 部 輸 入 成 功 後 就 可 以 看 到 Phase 這 一 個 分 頁 變 成 現 在 的 畫 面 。再 來 就 是 要 設 定 繞 射 譜 圖 的 資 料 。 請 選 擇 Histogram 這 一 個 分 頁 。

GSAS 簡 易 使 用 說 明在 Histogram 這 一 個 分 頁 可 以 設 定 增 加 一 個 新 的 譜 圖 , 設 定 譜 圖 排 除 的區 域 與 設 定 哪 一 個 譜 圖 要 使 用 。 我 們 現 在 選 擇 ”Add New Histogram”

GSAS 簡 易 使 用 說 明輸 入 繞 射 譜 圖的 資 料編 輯 實 驗 儀 器參 數 檔選 擇 實 驗 儀 器參 數 檔選 擇 ”Add New Histogram” 會 跳 出 上 面 的 視 窗分 別 點 選 輸 入 繞 射 譜 圖 的 資 料 與 選 擇 實 驗 儀 器參 數 檔 會 跳 出 選 擇 檔 案 的 視 窗 。 將 檔 案 輸 入 。

GSAS 簡 易 使 用 說 明輸 入 完 成 後 選 擇 ”Add” 。

GSAS 簡 易 使 用 說 明這 是 輸 入 完 成 後 的 畫 面選 擇 修 改背 景 函 數

GSAS 簡 易 使 用 說 明按 下 ”Edit Backgound” 後 會 出 現 這 個 畫 面選 完 後 按 這 裡 結 束 設 定選 擇 函 數 ”1-Shifted Chebyschev” 這 是 ”Chebyschevpolynomial of the first kind” 函 數 可 以 把 他 視 為 多 項 式

GSAS 簡 易 使 用 說 明至 此 Histogram 設 定 完 畢 ,預 設 背 景 函 數 已 被 打 勾 代表 要 精 算 這 一 個 參 數 。同 時 我 們 可 以 選 擇 Scaling分 頁 與 Profile 分 頁 檢 查 看 看

GSAS 簡 易 使 用 說 明Scale factor 與 Phase Fraction 預 設 都 是 1如 果 只 有 單 一 項 ,Refine Scale 或 是Phase 1 都 是 相 同 的 , 因 為 最 後 要 把 他們 都 乘 起 來 , 如 果 有 兩 個 以 上 的 Phase同 通 常 都 是 固 定 Scale 為 1,Refine Phase的 fraction, 所 的 到 的 比 例 正 比 於 單 位 晶格 的 數 目

GSAS 簡 易 使 用 說 明21Profile 的 Function 1 為 Gaussian 函 數 、Function 2為 Pseudo Voiget 為 Gaussian 與 Lorentz 的 比 例 函數 。 通 常 中 子 使 用 Gaussian,X 光 使 用 PseudoVoiget 函 數當 檢 查 完 畢 後 先 按 ”powpref”, 亦 即 整 理 寫 入 欲 Refine 參 數 至 ”.exp” 檔 案 中如 果 沒 有 變 更 參 數 , 或 是 已 經 ”powpref” 完 後 要 選 擇 ”genles”, 亦 即 做 最 小平 方 法 運 算 。 在 目 前 , 請 先 按 ”powpref”

GSAS 簡 易 使 用 說 明這 是 按 下 ”powpref” 的 畫 面 , 跑 完 後 按 任 意 鍵 繼 續

GSAS 簡 易 使 用 說 明按 任 意 鍵 後 會 跑 出 這 一 個 畫 面 , 問 是 否 要 將 檔 案 更 換 成 新 的 檔 案這 裡 請 按 ”Load new”

GSAS 簡 易 使 用 說 明再 按 一 下 ”genles” 開 始 計 算 最 小 平 方

GSAS 簡 易 使 用 說 明χ 2 -godnees of fitR-reliable factor/Rp-R factor of profilewRp- weighted R factor of profile這 是 按 下 ”genles” 的 畫 面 , 跑 完 後 按 任 意 鍵 繼 續一 般 而 言 wRp 要 小 於 0.09,Rp 要 小 於 0.06,χ 2 要 小 於 2

GSAS 簡 易 使 用 說 明我 們 可 以 把 圖 秀 出 來 看 看 是 否 模 擬 得 很 好

GSAS 簡 易 使 用 說 明這 是 按 下 ’liveplot” 後 的 畫 面 。 紅 色 x 為 實 驗 值 , 綠 色 實 現 為 擬 合 值 ,紫 色 實 線 為 實 驗 值 與 擬 合 值 的 差 。 如 果 要 叫 出 預 測 繞 射 峰 的 位 置 請 按“Options”

GSAS 簡 易 使 用 說 明1234請 按 著 紅 圈 的 順 序 按 就 可 以 出 現 預 測 繞 射 峰 位 置 的 指 示

GSAS 簡 易 使 用 說 明可 以 看 到 繞 射 譜 圖 下 方 出 現 紫 色 小 棒 。 這 一 個 圖 形 視 窗 我 們 可 以 留 著不 要 關 掉 , 他 會 隨 著 我 們 的 精 算 一 路 更 新 。

GSAS 簡 易 使 用 說 明再 來 我 們 要 精 算 Zero offset與 晶 格 常 數 , 在 這 一 頁 先 選“Refine zero” 並 切 換 到 Phase分 頁 。

GSAS 簡 易 使 用 說 明將 ”Refine Cell” 打 勾 , 然 後 按 下 ”powpref” 結 束 後 按 下 任 意 鍵 ,並 在 跳 出 的 視 窗 按 下 ”Load new” 之 後 再 按 下 ”genles”。 結 束後 按 下 任 意 鍵 , 並 在 跳 出 的 視 窗 按 下 ”Load new” 。 如 同 計 算Background 與 Scaling 一 般 。

GSAS 簡 易 使 用 說 明現 在 要 精 算 峰 型 函 數 , 將 GU、GV、GW 三 個 Gausian 的 參 數 打勾 然 後 按 下 ”powpref” 結 束 後 按 下 任 意 鍵 , 並 在 跳 出 的 視 窗 按下 ”Load new” 之 後 再 按 下 ”genles”。 結 束 後 按 下 任 意 鍵 , 並在 跳 出 的 視 窗 按 下 ”Load new” 。 如 同 計 算 Background 與Scaling 一 般 。

GSAS 簡 易 使 用 說 明精 算 完 峰 型 函 數 , 所 有 的 原 子 全 選 , 並 把 ”X” 與 ”U” 的 參 數打 勾 然 後 按 下 ”powpref” 結 束 後 按 下 任 意 鍵 , 並 在 跳 出 的 視 窗按 下 ”Load new” 之 後 再 按 下 ”genles”。 結 束 後 按 下 任 意 鍵 ,並 在 跳 出 的 視 窗 按 下 ”Load new” 。 如 同 計 算 Background 與Scaling 一 般 。

GSAS 簡 易 使 用 說 明有 時 為 了 減 低 背 景 的 影 響可 以 依 照 我 們 的 想 法 編 輯背 景 函 數 , 在 這 裡 要 先 按下 ”Edit background

GSAS 簡 易 使 用 說 明滑 鼠 打 開 這 裡選 ”Fit Background Graphically”會 跳 出 右 圖 的 視 窗 。 選 ”zoom”用 滑 鼠 打 開 背 景 的 部 份 。

GSAS 簡 易 使 用 說 明此 時 選 ”Add”, 在 圖 上 點 選 認 為 是 背 景 的 地 方 , 並 在 Fit 旁 的選 項 選 擇 最 高 的 數 字 。 之 後 按 ”Fit”

GSAS 簡 易 使 用 說 明可 以 看 到 藍 色 虛 線 擬 合 了 我 們 設 定 的 地 方 , 如 果 覺 得 滿 意 就選 擇 ”Save in Exp file and Exit”, 不 然 可 以 再 加 點 繼 續 ”Fit”

回 到 這 一 個 畫 面 預 設”Refine background”是 沒 有 打 勾 的 。 請 打勾 並 按 ”powpref” 與”genles” 擬 合 之 。

如 果 Refine 的 過 程 中 想 要看 到 擬 合 的 指 標 係 數 好 不好 可 以 按 下 ”listview”, 他會 顯 示 最 近 一 次 的 結 果 。

GSAS 簡 易 使 用 說 明這 是 ”listview” 的 畫 面 他 已 經 將 重 要 的 參 數 以 螢 光 綠 標 起 來 以方 便 尋 找 。 看 完 可 以 留 在 一 邊 , 他 會 隨 你 的 精 算 自 動 更 新 , 或是 可 以 關 掉 他 , 需 要 時 再 點 一 次 ”listview” 打 開 這 個 視 窗 。

GSAS 簡 易 使 用 說 明當 精 算 的 到 的 最 佳 的 時 候 , 如 上 圖 , 紫 色 的 差 值 幾 乎 成 為 一 直 線 。χ 2 與 R-factor 都 到 達 最 佳 後 , 我 們 可 以 把 結 果 給 輸 出 。

GSAS 簡 易 使 用 說 明選 擇 ”Import/Export”->”pubtable”, 就 會 把 最 後 的 精 算 檔 案 輸 出 成 .tbl 檔 , 他 是 一 個 純 文 字 檔

GSAS 簡 易 使 用 說 明有 時 如 果 我 們 需 要 計 算 原 子 間 的 鍵 長 、 鍵 角 可 以 選 擇 ”Result”->”disagl”,就 會 把 最 後 精 算 的 鍵 長 鍵 角 輸 出 。

GSAS 簡 易 使 用 說 明鍵 長 鍵 角 輸 出 前 會 出 現 這 一 個 畫 面 , 按 ”Close & Save as”。

GSAS 簡 易 使 用 說 明會 跳 出 一 個 視 窗 問 你 要 存 檔 的 檔 名 與 位 置 , 預 設 是 以 exp檔 的 檔 名 作 檔 頭 ,”.dis” 做 副 檔 名 。

GSAS 簡 易 使 用 說 明1Al2O3 Neutron Powder Diffraction Pattern at Room Temperature PUBTABLE Version Win32 Jul 20 02:47:24 2006 Page 1|-----------------------------------------|| Program PUBTABLES Version Win32 || Generate crystal structure data tables || Distributed on Wed Sep 07 19:37:22 2005 ||-----------------------------------------||---------------------------------------------------------------|| Allen C. Larson and Robert B. Von Dreele || Manuel Lujan, Jr. Neutron Scattering Center, MS-H805 || Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, NM 87545 || || Copyright, 2000, The Regents of the University of California. ||---------------------------------------------------------------|GENLES was run on Jul 20 02:46:02 2006 Total cycles run 45The Current Least-Squares controls areMaximum number of cycles is 3I/SigI cut-off is 1.00Anisotropic thermal factors are defined byT = exp(h**2*astr**2*u11+... +2*h*k*astr*bstr*u12+... )這 頁 顯 示 輸 出 的 ”.tbl” 檔 案 格 式包 含 空 間 群 、 鍵 長 、 鍵 角 、 原 子位 置 、 溫 度 因 子 、 原 子 比 例 等 參 數Space group R -3 cThe lattice is centric R-centered trigonalMultiplicity of a general site is 36The symmetry of the point 0,0,0 contains 1barLaue symmetry 3barm1The equivalent positions are:( 1) X Y Z ( 2) -Y X-Y Z ( 3) Y-X -X Z( 4) Y-X Y 1/2+Z ( 5) -Y -X 1/2+Z ( 6) X X-Y 1/2+ZLattice constants area = 4.75994(6) b = A c = 12.99493(17)Alpha = 90 Beta = 90 Gamma = 120Cell volume = 254.981(5)Name X Y Z Ui/Ue*100 Site sym Mult Type Seq FractnAl1 0.000000 0.000000 0.35197(6) 0.241(15) 3 12 AL 1 1.0000O1 0.30648(8) 0.000000 0.250000 0.327(11) 2(100) 18 O 2 1.0000Thermal parameters multiplied by 100.0 areName U11 U22 U33 U12 U13 U23Al1 0.241(15) 0.24 0.24 0.00 0.00 0.00O1 0.327(11) 0.33 0.33 0.00 0.00 0.00

5. CMPR 轉 出 GSAS 結 果簡 易 使 用 說 明

CMPR 轉 出 GSAS 結 果 簡 易 使 用 說 明開 啟 CMPR 程 式

CMPR 轉 出 GSAS 結 果 簡 易 使 用 說 明這 是 預 設 CMPR 的 主 畫 面

CMPR 轉 出 GSAS 結 果 簡 易 使 用 說 明選 擇 ”GSAS EXP File” 並 切 換 目 錄 到 精 算 完 成 , 存 放 ”.exp” 檔 的 目 錄 下選 擇 要 輸 出 的 ”.exp” 檔

CMPR 轉 出 GSAS 結 果 簡 易 使 用 說 明選 完 以 後 會 出 現 這 一 個 畫 面 , 問 你 要 輸 出 哪 一 個 Histogram,如 果 只 有 一 個 就 直 接 按 ”OK” 即 可

CMPR 轉 出 GSAS 結 果 簡 易 使 用 說 明此 時 CMPR 會 讀 入 ”.obs”、”.calc”、”.bck”、”.dif”、”.ref1” 分 別 代 表觀 測 值 、 計 算 值 、 背 景 值 、 差 值 、 預 測 繞 射 峰 位 置

CMPR 轉 出 GSAS 結 果 簡 易 使 用 說 明同 時 也 會 畫 出 結 果 出 來

CMPR 轉 出 GSAS 結 果 簡 易 使 用 說 明請 選 擇 Write 分 頁 , 全 選 5 個 檔 案 , 選 輸 出 為 ”.csv” 檔 案並 按 ”Browse” 選 擇 目 錄 。

CMPR 轉 出 GSAS 結 果 簡 易 使 用 說 明按 ”Browse” 後 可 以 選 擇 目 錄 如 上 圖 。 選 完 按 ”OK”

CMPR 轉 出 GSAS 結 果 簡 易 使 用 說 明最 後 按 下 ”Write Selected Datasets” 會 出 現 ”File created” 視 窗 ,按 下 ”OK” 便 完 成 檔 案 輸 出

The End

附 錄 : 哪 裡 可 以 找 CIF 檔(Crystallographic Information File)開 放 式 的 晶 體 資 料 庫 , 可 以 到 :http://www.crystallography.net/ 下 載 , 其 介 面 如 下 :請 選 擇這 裡會 跳 到下 一 頁的 介 面

附 錄 : 哪 裡 可 以 找 CIF 檔(Crystallographic Information File)填 入 要 搜 尋 的材 料 中 , 所 含的 元 素 種 類 。這 裡 以La 1/8 Sr 7/8 MnO 3為 範 例 。

附 錄 : 哪 裡 可 以 找 CIF 檔(Crystallographic Information File)按 這下 載找 到 所 要 的 !