Package 'WGCNA' - UCLA Human Genetics

R topics documented: 3keepCommonProbes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107kMEcomparisonScatterplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108labeledBarplot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109labeledHeatmap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110labelPoints . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114labels2colors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115lowerTri2matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116matchLabels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117matrixToNetwork . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118mergeCloseModules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119metaAnalysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 122metaZfunction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127moduleColor.getMEprefix . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127moduleEigengenes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128moduleMergeUsingKME . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131moduleNumber . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133modulePreservation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134multiData.eigengeneSignificance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138multiSetMEs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140mutualInfoAdjacency . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143na . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146nearestCentroidPredictor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146nearestNeighborConnectivity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150nearestNeighborConnectivityMS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152networkConcepts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153networkScreening . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156networkScreeningGS . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157normalizeLabels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158nPresent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159nSets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159numbers2colors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160orderBranchesUsingHubGenes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161orderMEs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163overlapTable . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164overlapTableUsingKME . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 165pickHardThreshold . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167pickSoftThreshold . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169plotClusterTreeSamples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171plotColorUnderTree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173plotCor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174plotDendroAndColors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 175plotEigengeneNetworks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 177plotMat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180plotMEpairs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 181plotModuleSignificance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182plotNetworkHeatmap . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183populationMeansInAdmixture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184pquantile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186prepComma . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188preservationNetworkConnectivity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188projectiveKMeans . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190proportionsInAdmixture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 192