Capítulo 3: Visualización de estructuras en tres dimensiones

Esta fue una de las primeras proteínas en hallarse en forma cristalina, en el
siglo XIX. Posteriormente, adquirió mucho protagonismo en el siglo XX, como
una de las “pioneras” en biología estructural.
3. La página resultante es el registro de la hemoglobina en la base de datos del PDB. La
entrada empieza con una referencia bibliográfica de los investigadores que publicaron
la estructura. Incluye la fecha de registro de la estructura así como la fecha de
publicación en el PDB.
4. A continuación se menciona la técnica experimental que se utilizó. Para este caso
específico, se usó cristalografía de rayos X. La resolución es de 2.2 Ángstrom y el valor
R es de 0.137. También se resumen otros datos técnicos de la cristalografía.
Resaltando conceptos: Resolución
La resolución es una medida de la cantidad de datos que se tomaron para
determinar la estructura. Si se toman muchos datos, la posición y distribución
de las densidades electrónicas es más precisa, por lo que se pueden
determinar más detalles.
Una resolución de 2.2 es suficiente para reconocer la estructura terciaria de la
proteína, pero insuficiente para tener claridad absoluta de la posición e
isomería de los aminoácidos del ‘side chain’.
Resaltando conceptos: Valor R
El valor R, en cambio, es una medida de la bondad de ajuste entre las
coordenadas que se presentan y las densidades electrónicas medidas. Se
puede entender como una medida de la exactitud del modelo.
Un valor de 0.13 es un índice bastante confiable. Recuerde que una
“estructura” al azar sin patrón general tiene un valor R entre 0.4 y 0.6, mientras
que estructuras confiables tienen valores R menores a 0.2.
5. En la parte inferior verá diferentes formas de categorizar esta proteína. Cada una de
las 4 cadenas - de las que se compone la hemoglobina - es catalogada según su
estructura secundaria (en este caso: sólo hélices alfa), y su ontología (hablaremos de
ontologías en el capítulo 4).
6. Haga clic en la pestaña “Biology & Chemistry”. Además de tener una descripción de
cada cadena de la hemoglobina (que incluye, por ejemplo, el peso molecular), se
presenta el órgano y en que medio se encuentran principalmente (en este caso:
sangre).
Más abajo se incluyen enlaces a registros del NCBI que se relacionan con la
hemoglobina, p.ej. OMIM, Entrez Gene y NCBI Books.
7. Haga clic en la pestaña “Sequence details”. En esta pestaña se puede ver la
correspondencia entre secuencia y estructura secundaria. Además permite la descarga
de la secuencia en formato FASTA y llegar al registro de esta proteína en Swiss-Prot.
8. Haga clic en el vínculo “Download Files” que se encuentra a la izquierda de la página y
seleccione “PDB File”. En la ventana de descarga escoja un lugar adecuado para bajar
el archivo, por ejemplo, la carpeta “Mis documentos”.
9. Cuando el archivo ya se haya descargado haga clic derecho sobre él, seleccione la
opción “Abrir con” y elija el WordPad.
Éste es el registro tal y como se almacena en la base de datos. Contiene casi toda la
información que hemos consultado hasta el momento, pero en un formato distinto.
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