Capítulo 3: Visualización de estructuras en tres dimensiones

2. Los visualizadores tridimensionales por lo general no son muy aptos para desplegar de
manera simple la estructura primaria (Cn3D es la excepción). Sin embargo, intente lo
siguiente: Vuelva a la página de Jmol en que está cargada la molécula y haga clic en
“N ->C Rainbow”. Esto muestra únicamente el Backbone y permite distinguir el extremo
carboxi-terminal del extremo amino-terminal.
Detenga el Spin si lo tenga activo, centre y haga clic en el extremo carboxi-terminal (el
extremo rojo). Aparece en la parte inferior el aminoácido que se encuentra en esta
posición.
Haciendo clic en posiciones sucesivas del Backbone podrá ver el orden de los
aminoácidos.
3. Si bien no pudimos ver la estructura primaria de manera directa en Jmol, ocurre lo
contrario con la estructura secundaria. La primera visualización que carga Jmol se
conoce como Cartoon y resalta las hélices y láminas presentes. (Recuerde que puede
presionar “Reset” para tener la molécula de nuevo como al principio).
Está, sin embargo, el enlace “Secondary Structure”. Al hacer clic sobre él, las láminas
beta se resaltan en amarillo, las hélices alfa en rosado con la dirección (¿qué dirección
es esa?) y los giros se resaltan en azul.
4. Note que las dos cadenas centrales de la lámina beta son paralelas entre sí, mientras
que las dos cadenas exteriores son antiparalelas. Por lo tanto, esta lámina beta es del
tipo “mezcla” (mixed).
Entre las cadenas antiparalelas de la lámina beta hay un giro. Es un ángulo muy agudo
presente en el Backbone de la proteína.
5. Haga clic en “Vines...” y seleccione la casilla “Hide Sidechains”. ¿Nota la forma
zigzagueante de las láminas beta? El hecho que sean paralelas y zigzagueantes dio
origen a su nombre.
Ejercicio:
Ahora haga clic en la casilla “More detail: Show all non-water atoms colored by
element”. Con un poco de esfuerzo es posible ver todos los átomos de oxígeno que
hacen los puentes de hidrógeno orientados en la misma dirección.
Resaltando conceptos: Lámina beta
Como se puede visualizar en este caso, las láminas beta se forman a partir de
por lo menos dos sub-cadenas de aminoácidos. En este caso son cuatro. Las
cadenas se mantienen juntas entre sí mediante puentes de hidrógeno del
Backbone.
Dos cadenas antiparalelas pueden estar separadas entre sí por pocos átomos.
No ocurre lo mismo con dos cadenas que están paralelas entre sí. Ellas deben
tener una larga cadena de aminoácidos separándolas (o, como en este caso,
no tener conexión directa). Muchas veces, esta cadena que conecta las
láminas beta es una hélice alfa.
Con un poco más de esfuerzo es posible visualizar la orientación de los átomos de
oxígeno en la hélice alfa. Note que siempre están orientados en la misma dirección.
Cargue la molécula de hemoglobina: 2HHD. ¿Cuál es la estructura secundaria más
representativa de esta molécula? ¿Es principalmente alfa o principalmente beta?
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