Capítulo 3: Visualización de estructuras en tres dimensiones

Profundización
Protein Explorer
Vínculo a la página de instalación de Protein Explorer:
http://www.umass.edu/microbio/chime/getchime.htm
Uno de los primeros programas gratuitos para visualizar estructuras tridimensionales fue un
“plugin” llamado Chime, que fue desarrollado por la compañía MDL. Éste “plugin” todavía
puede descargarse desde la página de MDL, si bien su instalación es algo laboriosa.
Aún así, el hecho que Chime pudiera descargarse de forma gratuita, dio pie para que otros
desarrolladores crearan aplicaciones muy completas basadas en Chime. Protein Explorer es
una de ellas.
El creador de Protein Explorer es el mismo de Jmol, por lo que varios aspectos de la interfaz le
parecerán conocidos. Sin embargo, Protein Explorer es mucho más versátil que Jmol y es el
software no comercial más útil para biólogos estructurales.
En últimas, todo lo que se puede hacer en Protein Explorer se puede hacer en Jmol mediante
la consola (que se abre haciendo clic sobre “Jmol” en el render y seleccionando “Consola”),
que tiene las mismas instrucciones de un antecesor de los dos programas llamdado RasMol,
pero aprender los comandos toma tiempo y aún sabiéndolos hay cosas muy difíciles de lograr.
Esto hace que valga la pena tener instalado Protein Explorer en el computador, si hay el interés
de trabajar más a fondo con estructuras tridimensionales.
Atlas of Macromolecules
Esta es la página principal del Atlas de Macromoléculas:
http://www.umass.edu/microbio/chime/pe/atlas/atlas.htm
Basado en Protein Explorer, Eric Martz y colaboradores crearon un portal completo de
información acerca de estructuras que se puede consultar en línea:
http://www.proteinexplorer.org/
Hay muchos enlaces que vale la pena visitar en esta página, así en primera instancia uno se
sienta abrumado por su cantidad.
Uno de los enlaces más interesantes es el del Atlas de marcomoléculas. Muestra de manera
ordenada una cantidad de estructuras biológicas interesantes, desde enzimas y proteínas
estructurales hasta membranas y cápsides de virus. De esta página fueron tomados los PBD ID
del practiejemplo 1C.
Esta página incluye también vínculos a tutoriales de moléculas, que son animaciones
interactivas basadas en Protein Explorer o Jmol. La de Gramicidina, por ejemplo, muestra
cómo se integran a la membrana canales para el trasporte de agua.
Tutorial de Cn3D
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