Capítulo 3: Visualización de estructuras en tres dimensiones

En un extremo de la proteína (el extremo C-terminal) hay una región globular con tres
hélices alfa que rodean a dos átomos de calcio. En el otro extremo (el N-terminal)
también hay una región globular, pero sin ligandos. Estas dos regiones están unidas
por una larga hélice alfa.
Cada una de las partes nombradas – las dos regiones globulares y la región
separadora – es un dominio.
Es difícil definir un dominio, pero es menos difícil verlos. La asignación de dominios a
una proteína puede ser subjetiva en ocasiones. No por eso deja de ser útil la
convención, pues muchos de estos dominios son muy conservados.
Ejercicio:
Describa unos aspectos de la estructura terciaria de la proteína con PDB ID 1H8P. ¿Presenta
dominios diferentes?
Practiejemplo C - Estructura cuaternaria
En este practiejemplo vamos a visualizar la estructura cuaternaria de las proteínas. Ya lo
habíamos hecho antes con la hemoglobina: en la página del Protein Data Bank pudimos ver la
secuencia de cada cadena (la hemoglobina tiene 4), lo que nos dio a entender que era una
proteína con estructura cuaternaria.
1. Para visualizarlo en Jmol empecemos con una molécula menos compleja, el regulador
transcripcional Gal4 (en realidad sólo los primeros 65 residuos), que tiene el PDB ID
1D66.
¿Qué es un regulador transcripcional?
¿Qué es lo que diferencia un hígado de un páncreas? Las proteínas que
contienen. Pero, ¿qué regula que el páncreas produzca insulina y el hígado
no? La respuesta está en la regulación de la transcripción.
Recordemos que la transcripción es el proceso de generar ARN mensajero a
partir del ADN. En eucariontes (organismos que tienen un sistema de
membrana intracelular, entre los que nos incluimos nosotros) este proceso lo
realiza una enzima llamada RNA polimerasa II, que sólo se activa en presencia
de otras proteínas de unión al ADN llamadas reguladores transcripcionales.
Gal4 es uno de ellos, y en este capítulo estudiaremos su unión al ADN.
Al iniciar la molécula, cada una de las cadenas se presenta en un color diferente. Esto
permite reconocer, que Gal4 es un dímero.
4. Reconozca además los ligandos que tiene esta proteína. Esto se logra haciendo clic
sobre ellos o usando el boton “Ligands+”
5. Ahora visualice la hemoglobina. ¿Reconoce las cuatro cadenas de las que se
compone? En este caso los ligandos son grupos heme y grupos sulfato.
En resumen, en los dos practiejemplos anteriores hemos aprendido a aprovechar los vínculos
“Cartoon” y “All Models”. El primero nos permite ver elementos de estructura terciaria como los
puentes disulfuro, y estructura cuaternaria, pues cada cadena está en un color diferente.
El vínculo “All Models” nos proporciona, en el caso de la resonancia magnética nuclear, un
espectro de todos los modelos disponibles, que en algunos casos se relaciona con cambios
conformacionales de la proteína (estructura terciaria).
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